მიკროპლატიან სონიკაცია შოტგან პროტეომიკაში – გამოყენების შენიშვნა

თოფის პროტეომიკა დამოკიდებულია ეფექტურ, რეპროდუცირებად ნიმუშის მომზადებაზე, რათა გადაიყვანოს რთული ბიოლოგიური მასალა LC-MS/MS-მზა პეპტიდებად. UIP400MTP მიკროფირფიტის სონიკატორი მხარს უჭერს ამ პროცესს მცირე მოცულობის ნიმუშების სტანდარტიზებული, პარალელური გაჟონვის საშუალებით, რაც ეხმარება ლაბორატორიებს გააუმჯობესონ შეფერხება, ექსტრაქცია და ხელახალი ხსნა მიკროფირფიტაზე დაფუძნებულ სამუშაო პროცესებში. განაცხადის ეს შენიშვნა აღწერს, თუ როგორ შეიძლება UIP400MTP ინტეგრირებული იყოს პროტეომური ნიმუშის მომზადებაში, გამოქვეყნებული უჯრედგარე-ვეზიკულის სამუშაო პროცესის გამოყენებით PLA2G12A/Th17 კვლევებიდან, როგორც ლაბორატორიულად გამოცდილი მაგალითი.

მიკროფირფიტის გაჟონვა უფრო რეპროდუცირებადი თოფის პროტეომიკისთვის

For proteomics researchers, reproducible sample preparation is critical for high-quality LC-MS/MS data. The UIP400MTP microplate sonicator supports standardized, parallel sonication in plate-based and small-volume/high-throughput workflows.

It is especially useful for laboratories working with:

• Large sample sets that require consistent processing across many wells
• Limited-input material, where sample loss and variability must be minimized
• Lipid-rich samples, such as extracellular vesicles
• Complex biological preparations that require efficient disruption, extraction, or resolubilization
• Comparative shotgun proteomics, where reproducibility across conditions and replicates is essential

By integrating microplate sonication before digestion, researchers can improve sample readiness for:

• Protein extraction and resolubilization
• Trypsin/Lys-C digestion
• Nano-LC/MS/MS acquisition
• Quantitative downstream proteomics analysis

 

Scale your proteomics sample prep with confidence!
Learn how microplate sonication helps reduce manual variability, improve sample disruption, and prepare complex biological samples for reliable LC-MS/MS analysis.

Ინფორმაციის მოთხოვნა


ელფოსტის მისამართი (აუცილებელია)


პროდუქტი ან ინტერესის სფერო



ვეთანხმები კონფიდენციალურობის პოლიტიკას









Ინფორმაციის მოთხოვნა

Microplate sonication can benefit:

• Proteomics core facilities
• EV research laboratories
• Immunology and cell-biology labs
• Translational research groups
• Life-science teams scaling from single-sample prep to higher-throughput workflows

მაღალი გამტარუნარიანობის ნიმუშის მომზადება უჯრედგარე ვეზიკულების პროტეომის ანალიზისთვის

რა არის თოფის პროტეომიკა?

Shotgun proteomics has become a central analytical strategy for characterizing complex biological samples, from whole-cell lysates and tissue extracts to purified organelles, extracellular vesicles, and low-input clinical specimens. Its core strength lies in the coupling of protein digestion, high-resolution liquid chromatography-tandem mass spectrometry, and computational peptide-to-protein inference. However, the quality of the final proteome dataset is determined long before the sample reaches the mass spectrometer. Efficient sample disruption, protein solubilization, removal of interfering substances, reproducible enzymatic digestion, and robust peptide recovery are all decisive for depth of coverage and quantitative reliability.
პროტეომიკის მკვლევრებისთვის და სიცოცხლის მეცნიერებების ლაბორატორიებისთვის, რომლებიც მუშაობენ შეზღუდულ ან ძვირფას ნიმუშებთან, ნიმუშის მომზადება ხშირად ბოთლნეკია.

ექსტრაცელულარულ ვეზიკულებთან დაკავშირებული გამოწვევები პროტეომიკაში

Extracellular vesicles (EVs), for example, represent a particularly demanding sample class. They are membrane-bound, lipid-rich, nanoscale particles with relatively low protein yield and a high potential for carry-over of lipids, salts, detergents, serum proteins, and other matrix components. These features can interfere with digestion efficiency, chromatographic performance, electrospray stability, and peptide identification. A preparation workflow for EV proteomics must therefore be strong enough to disrupt vesicle structures and solubilize protein cargo, while remaining compatible with downstream enzymatic digestion and LC-MS/MS analysis.
ამ კონტექსტში, მიკროფირფიტებთან თავსებადი ულტრაბგერითი გთავაზობთ პრაქტიკულ მიდგომას განმეორებადი, პარალელიზებული ნიმუშის დამუშავებისთვის. Hielscher microplate sonicator მოდელები UIP400MTP (400 W) და UIP550MTP (550 W) განკუთვნილია ნიმუშების sonication in multiwell ფირფიტები და მცირე მოცულობის ჭურჭელი, მხარს უჭერს უფრო მაღალი გამტარუნარიანობის workflows, ვიდრე ჩვეულებრივი ერთჯერადი ზონდის sonicators. პროტეომიკის ლაბორატორიებისთვის ეს ფორმატი მიმზიდველია, რადგან მას შეუძლია შეამციროს პრაქტიკული ცვალებადობა, გააუმჯობესოს მრავალი ნიმუშის პარალელური დამუშავება და უფრო ბუნებრივად ინტეგრირდეს ფირფიტებზე დაფუძნებული ნიმუშის მომზადების მილსადენებში.

სამაგალითო სამუშაო პროცესი

ბოლოდროინდელი უჯრედგარე ვეზიკულის პროტეომიკის სამუშაო პროცესი PLA2G12A-ზე ორიენტირებულ Th17-უჯრედულ ბიოლოგიაში იძლევა სასარგებლო, ლაბორატორიულად გამოცდილ მაგალითს იმისა, თუ როგორ შეიძლება მიკროფირფიტის სონიკატორი UIP400MTP ჩაერთოს თოფის პროტეომიკის ნიმუშის მომზადებაში. ამ კვლევის სერიაში, ელექტრომობილების ნიმუშები დამუშავდა პროტეომის ანალიზისთვის მეთანოლის დამუშავების, UIP400MTP გაჟონვის, ცენტრიფუგაციის, გაშრობის, ტრიფსინის/ლის-C მონელების და ნანო ნაკადის LC-მაღალი გარჩევადობის ტანდემის MS-ის გამოყენებით. იგივე ბიოლოგიური ნაშრომი პირველად დაფიქსირდა როგორც bioRxiv პრეპრინტი და შემდგომში გამოქვეყნდა Cell Reports-ში, სადაც პროტეომიკის ანალიზმა ხელი შეუწყო დაახასიათოს, თუ როგორ ცვლის PLA2G12A ელექტრომობილების ტვირთის ცილებს პათოგენური T-უჯრედების პასუხების კონტექსტში.

მრავალ ჭაბურღილის სონიკატორი UIP400MTP

რატომ მიკროფირფიტის გაჟონვა?
The UIP400MTP enables standardized, parallel sonication of small-volume samples. This is useful when reproducibility, low sample input, and multi-sample throughput are important.


ხარისხის კონტროლის შემოწმების სია

• დაადასტურეთ ყველა ნიმუშში ერთიანი EV პროტეინის ექვივალენტი შეყვანა.
• გამოიყენეთ შემთხვევითი ან გაწონასწორებული ნიმუშების დამუშავების განლაგებები.
• შეინარჩუნეთ მეტანოლის მოცულობა, სონიკაციის დრო, გაშრობის დრო და პეპტიდის დაშლის მოცულობა შეუცვლელი.
• მოათვალიერეთ პეპტიდის მოსავლიანობა და საერთო პროტეინის იდენტიფიკაციები.
• ჩამოწერეთ გამოტოვებული გაჭრის სიხშირე და პეპტიდის სიგრძის განაწილება.
• შეამოწმეთ ქრომატოგრაფიული პიკის ფორმა და შენარჩუნების დროის გამეორებადობა.
• შეიყვანეთ ცარიელი ნიმუშები მონიტორინგის მიზნით გადაცმობის გამოსავლენად.
• გამოიყენეთ შეკრული QC ნიმუშები დიდი კვლევებისათვის.
• შეფასეთ გამეორების ცვლადობის კოეფიციენტი.
• გამოიყენეთ PCA ან მსგავს მეთოდებს პარტიის ეფექტებისა ან გამორჩეული ნიმუშების დასადგენად.

პროტოკოლის რეკომენდაციები

როცა ეს სამუშაო პროცესი ქვეყნდება ან დოკუმენტდება, მიუთითეთ EV-ის შეყვანის რაოდენობა, ფირფიტის ფორმატიო, მეთანოლის მოცულობა, UIP400MTP-ის ამპლიტუდა და სონიკაციის დრო, ცენტრიფუგირების პირობები, სარეცხი მეთოდი, დიგესტირების ბუფერი, ენზიმის კონცენტრაცია, დიგესტირების დრო, აციდურობის პირობები, LC-MS/MS პლატფორმა, შეძენის რეჟიმი, პროგრამის ვერსია, მონაცემთა ბაზა, FDR-ის ზღვარი, ნორმალიზაციის მეთოდი და სტატისტიკური სამუშაო პროცესი.
ყველა Hielscher-ის მიკროფირფიტის სონიკატორი ავტომატურად ანიჭებს მნიშვნელოვან პროცესურ პარამეტრებს, როგორიცაა ამპლიტუდა, სონიკაციის ხანგრძლივობა და ტემპერატურა, დათარიღებითა და დროის მარკერით, როგორც CSV ფაილი ინტეგრირებულ SD კარტაზე. მონაცემთა პროტოკოლირება გამეორებადობისა და ხარისხის კონტროლისთვის არასდროს ყოფილა მარტივი!

კვლევა დეტალურად: EV თოფი პროტეომიკა PLA2G12A კვლევაში

P
In the EV preparation workflow, Th17 cells were cultured in medium containing exosome-depleted fetal bovine serum. Culture supernatants were first centrifuged to remove cells, filtered through a 0.22 µm filter, concentrated by ultrafiltration/ultracentrifugation, washed, resuspended in PBS, and quantified by BCA protein assay. This upstream EV preparation ensured that a defined protein-equivalent amount of EV material could be carried into the proteomics workflow.
For shotgun proteomic analysis, the authors used EV samples corresponding to 5 µg protein equivalents. These samples were dried in PCR tubes, and 25 µL methanol was added. The samples were then sonicated for 3 minutes using the UIP400MTP microplate sonicator. Following sonication, the samples were centrifuged at 4°C for 20 minutes at 19,000 × g. After removal of 20 µL supernatant, the samples were centrifuged to dryness. Proteins were then dissolved by sonication in 4 µL trypsin/Lys-C solution at 100 ng/µL in 50 mM ammonium bicarbonate. Digestion was performed for 2 hours at 37°C with shaking at 300 rpm. The digest was acidified with 1 µL of 1.25% trifluoroacetic acid and submitted to nano-flow LC-high-resolution tandem mass spectrometry.
This workflow highlights several useful principles for low-input EV proteomics. First, the input was normalized by protein equivalent, which is important when comparing EVs from different genotypes or treatments. Second, methanol was used before sonication, supporting disruption and extraction while avoiding detergent systems that may complicate LC-MS/MS. Third, the sonication step was short and standardized, which is compatible with parallel sample processing. Fourth, trypsin/Lys-C digestion was performed in a very small volume, reducing dilution and supporting low-input peptide recovery. Finally, direct transition from digestion to acidification and LC-MS/MS minimized unnecessary handling steps.
ქვედა დინების LC-MS/MS მეთოდმა გამოიყენა ნანო-ნაკადის შებრუნებული ფაზის განცალკევება Q-Exactive HF Orbitrap მასის სპექტრომეტრით. ნიმუშები ხაფანგში იყო C18 წინასწარ სვეტზე, შემდეგ გამოყოფილი იყო 50 μm შიდა დიამეტრის ანალიტიკურ სვეტზე 200 ნლ/წთ და 40°C. გრადიენტი გადიოდა დაბალი ორგანული გამხსნელიდან 35% გამხსნელამდე B 60 წუთის განმავლობაში, რასაც მოჰყვა მაღალი ორგანული რეცხვა და ხელახალი წონასწორობა. გაფანტული სკლეროზის შეძენა განხორციელდა პოზიტიური იონური რეჟიმში მონაცემთა დამოუკიდებელი შეძენის გამოყენებით უფრო მაღალი ენერგიის შეჯახების დისოციაციით. DIA ნედლეული ფაილები გაანალიზდა DIA-NN 1.8-ის გამოყენებით სილიკოში პროგნოზირებული სპექტრული ბიბლიოთეკით.