تکه تکه شدن DNA مافوق صوت برای توالی ژنرال بعدی

توالی یابی نسل بعدی (NGS) نیاز به شنیداری و تکه تکه شدن قابل اعتماد DNA ژنومیک به منظور توالی یابی رشته های DNA ژنومیک و ایجاد کتابخانه های ژنوم دارد. تکه تکه شدن کنترل شده DNA به قطعات DNA یک گام آماده سازی نمونه ضروری مورد نیاز قبل از توالی DNA است. امواج فراصوت به عنوان تکنیک کارآمد و قابل اعتماد برای تکه تکه شدن DNA از طول خاص ثابت شده است. پروتکل های تکه تکه شدن DNA مافوق صوت به نتایج تکه تکه شدن قابل تکثیر دست می یابند. سونوگرافی Hielscher قادر به تولید طیف گسترده ای از توزیع اندازه قطعه DNA ژنومیک, دقیقا قابل کنترل از طریق پارامترهای عامل. از آنجا که Hielscher سیستم های SHEARING DNA مافوق صوت برای ویال های تک و چند و همچنین برای میکروپلات در دسترس هستند, آماده سازی نمونه می شود بسیار کارآمد.

درخواست اطلاعات




توجه داشته باشید ما سیاست حفظ حریم خصوصی.


Ultrasonic DNA fragmentation is frequently used as sample preparation step in Next Generation Sequencing (NGS)

الکتروفورتیک تجزیه و تحلیل DNA ژنومی از E. coli EDL933 قرار 0 - 15 دقیقه امواج فراصوت. L نشان می دهد نردبان DNA است. (Basselet و همکاران 2008).

مزایای استفاده از تکه تکه شدن DNA مافوق صوت

  • نتایج قابل تکرار / قابل تکثیر
  • دقیقا قابل تنظیم برای به دست آوردن طول قطعه خاص
  • پردازش سریع
  • نتایج تکه تکه شدن DNA سازگار
  • دستگاه برای هر حجم نمونه (به عنوان نمونه، ویال های متعدد و یا میکروپلات)
  • توان بالا
  • کنترل دقیق دما
  • ساده، کاربر پسند عملیات

توالی ژنرال بعدی: تکه تکه شدن DNA مافوق صوت برای آماده سازی کتابخانه

به منظور انجام توالی نسل بعدی، سه مرحله اساسی (1) آماده سازی کتابخانه، (2) توالی، و (3) تجزیه و تحلیل داده ها باید انجام شود. در طول آماده سازی کتابخانه، DNA تکه تکه می شود، سپس انتهای قطعه با اضافه کردن یک پایه تک آدینین تعمیر (جلا) می شود و قطعات هدف به DNA دو رشته ای تبدیل می شوند. در نهایت به اصطلاح آداپتورها توسط بستن، PCR، یا تگمنتاسیون متصل می شوند تا محصول DNA کتابخانه نهایی برای توالی سازی کمی شود.
تکه تکه شدن DNA با استفاده از فراصوت: به خصوص هنگامی که کوتاه خواندن فن آوری های توالی مانند Illumina، که نمی تواند قطعات DNA طولانی تر به آسانی بخوانید، غرفه DNA باید به اندازه خاصی که می تواند قابل اعتماد توسط فراصوت به دست آورد تکه تکه.
امواج فراصوت را می توان قابل اعتماد برای DNA، RNA و تکه تکه شدن کروماتین استفاده می شود.

تکه تکه شدن DNA مافوق صوت چگونه کار می کند؟

فراصوت که با نام پردازش نمونه آکوستیک نیز شناخته می شود، روشی است که به طور گسترده ای برای تکه تکه کردن DNA استفاده می شود. برای shearing DNA مافوق صوت, نمونه ها در معرض امواج مافوق صوت تحت شرایط کنترل. اصل کار از تکه تکه شدن DNA مافوق صوت بر اساس ارتعاشات و حفره تولید شده توسط امواج سونوگرافی است. نیروهای براری که ناشی از حفره مافوق صوت (آکوستیک) شکستن مولکول های DNA با وزن مولکولی بالا. تنظیم فراصوت مانند شدت (دامنه، مدت زمان)، حالت ضربان و دما اجازه می دهد تا تکه تکه شدن دقیق DNA به طول مورد نظر خاصی از قطعات DNA. در حالی که DNA اغلب به 100 تا 600 bp با استفاده از امواج فراصوت کاهش می یابد, قطعات DNA طولانی تر تا 1300 bp را می توان به دست آورد زمانی که شرایط مافوق صوت خفیف تر اعمال می شود.

Ultrasonic homogenizers are reliable for DNA shearing

SHEARING DNA مافوق صوت در طول ChIP – immunoprecipitation کروماتین
اقتباس شده از Jkwchui تحت CC-BY-SA.03

کنترل دما برای جلوگیری از تخریب DNA

شکل مولکولی دو رشته ای DNA نسبت به دماهای بالا بسیار حساس است به طوری که کنترل دقیق بر دما در طول مراحل آماده سازی نمونه عامل بسیار مهمی برای نتایج تجزیه و تحلیل قابل اعتماد است.
این که آیا شما با استفاده از مافوق صوت کاوشگر Hielscher، VialTweeter و یا UIP400MTP – نظارت و کنترل مداوم دما به دلیل سنسور دمای قابل وصل و نرم افزار دستگاه هوشمند تضمین می شود. به منظور حفظ دما در یک محدوده خاص، شما می توانید یک حد دمای بالا و پایین تر تعیین کنید. در نتیجه، مافوق صوت به محض این حد دما بیش از مکث خواهد کرد و به طور خودکار به فراصوت ادامه خواهد داد زمانی که دما توسط مجموعه ای از ∆T کاهش یافته است.
نرم افزار پیچیده از Ultrasonicators Hielscher تضمین تعمیر و نگهداری قابل اعتماد از شرایط درمان نمونه ایده آل.

نمونه جرم قطعه قطعه DNA با UIP400MTP چند چاه صفحه فراصوت

Ultrasonic Multi-Sample Preparation Unit UIP400MTP for multi-well plate sonicationتعداد نمونه ها در علم زندگی در عرض یک دهه اخیر به طور قابل توجهی افزایش یافته است. این بدان معنی است که تعداد بسیار بالایی از نمونه ها (به عنوان نمونه، 384، 1536، یا 3456 چاه در هر میکروپلیت) باید در طول آمادگی نمونه پردازش و تجزیه و تحلیل تحت شرایط به طور مداوم برابر به منظور به دست آوردن نتایج قابل مقایسه و معتبر است. با UIP400MTP، اولتراسونیک Hielscher روند پردازش نمونه جرم را دنبال می کند. UIP400MTP مافوق صوت برای آماده سازی نمونه با استفاده از میکروپلات است. UIP400MTP می تواند صفحات با ۶، ۱۲، ۲۴، ۴۸، ۹۶، ۳۸۴، ۱۵۳۶، یا ۳۴۵۶ چاه را پردازش کند. بسته به نوع میکروپلات، هر چاه به طور معمول می تواند حجم نمونه را بین ده ها نانولیتر تا چند میلی لیتر نگه دارد. به طور گسترده ای در تحقیقات علوم زندگی استفاده می شود، UIP400MTP بسیار معمول برای آماده سازی نمونه قبل از سنجش مانند الیزا (سنجش ایمونوسوربنت مرتبط با آنزیم) یا PCR، قبل از تجزیه و تحلیل پروتئین، و همچنین برای آماده سازی کروماتین قبل از CHiP و CHiP-seq، شناسایی اصلاح هیستون، و دیگر درمان های تحلیلی (مانند، الکتروفورز ژل، طیف سنجی جرمی) استفاده می شود.

VialTweeter برای پراپاراسیون نمونه تا 10 ویال

راه اندازی VialTweeter کامل: sonotrode VialTweeter در پردازنده مافوق صوت UP200StVialTweeter به طور گسترده ای استفاده می شود آزمایشگاه سونوگرافی VialTweeter است که اجازه می دهد تا برای فراصوت موثر و راحت تا 10 ویال به طور همزمان است. از آنجا که ویال ها و لوله های آزمایش (مانند، ویال های اپندرف، ویال های کریو، لوله های سنتریفیوژ) به طور غیر مستقیم فراصوت می شوند، از هرگونه آلودگی متقابل اجتناب می شود. همان طور که شدت سونوگرافی به هر نمونه تحویل داده می شود، تمام نتایج فراصوت همگن و قابل تکثیر هستند. VialTweeter ارائه می دهد تمام ویژگی های هوشمند مانند دستگاه های دیجیتال دیگر ما (به عنوان مانند، منو هوشمند، تنظیمات قابل برنامه ریزی، کنترل دما، کنترل از راه دور و غیره) به طوری که بالاترین کاربر راحتی تضمین شده است.

کاوشگرهای چند انگشتی برای صفحات میکروول

4 probe heads or 4 sonotrodes for simultaneous sonication of 4 samples at the same intensity with the Hielscher 200 watts ultrasonicator models UP200ST and UP200HTدر دسترس برای هموژنیزرهای پروب مافوق صوت UP200Ht و UP200St، پروب چند انگشت با 4 یا 8 انگشتان دست یک گزینه راحت برای فراصوت نمونه های متعدد در همان زمان تحت شرایط مشابه است. به عنوان مثال، Sonotrode MTP-24-8-96 یک کاوشگر انگشت هشت است، که ایده آل برای ادغام به سیستم های خودکار و یا آماده سازی نمونه دستی کارآمد از چاه های صفحات چند چاه است. چند انگشت sonotrode ایده آل برای خودکار برای آزمایشگاه ها، که در آن بیشتر beakers و لوله های تست با استفاده از sonotrode سونوگرافی استاندارد پردازش شده است. پروب های چند انگشتی و استاندارد را می توان به سرعت در عرض چند دقیقه بین تغییر تبدیل مافوق صوت تک کاوشگر به یک مختل کننده مافوق صوت چند کاوشگر.

درخواست اطلاعات




توجه داشته باشید ما سیاست حفظ حریم خصوصی.


Hielscher Ultrasonicators برای تکه تکه شدن DNA

Hielscher سونوگرافی ارائه می دهد سیستم عامل های مختلف مبتنی بر سونوگرافی برای DNA, RNA, و تکه تکه شدن کروماتین. این سیستم عامل های مختلف عبارتند از پروب مافوق صوت (sonotrodes) ، راه حل های فراصوت غیر مستقیم برای آماده سازی نمونه همزمان از لوله های متعدد و یا صفحات چند چاه (به عنوان نمونه ، صفحات 96 چاه ، صفحات میکروتیتر) ، sonoreactors ، و cuphorns مافوق صوت. تمام سیستم عامل برای SHEARING DNA توسط فرکانس کوک شده، پردازنده های مافوق صوت با کارایی بالا، که دقیقا قابل کنترل و ارائه نتایج قابل تکثیر است.

پردازنده های مافوق صوت برای هر تعداد نمونه و اندازه

با Hielscher چند نمونه ultrasonicators VialTweeter (برای تا 10 لوله تست) و UIP400MTP (برای میکروپلات / صفحات مولتی ول) آن را به راحتی ممکن می شود برای کاهش زمان پردازش نمونه با توجه به امواج فراصوت شدید و دقیقا قابل کنترل در حالی که به دست آوردن توزیع اندازه قطعه DNA مورد نظر و عملکرد. تکه تکه شدن DNA مافوق صوت باعث آماده سازی نمونه کارآمد، قابل اعتماد و مقیاس پذیر می شود. پروتکل ها را می توان به صورت خطی از یک تا نمونه های متعدد با استفاده از سونوگرافی به طور مداوم کنترل شده مقیاس بندی کرد.
پروب سونوگرافی با یک تا پنج انگشت ایده آل برای آماده سازی اعداد نمونه کوچکتر هستند. اولتراسونیک آزمایشگاه Hielscher در اندازه های مختلف در دسترس هستند به طوری که ما می توانیم به شما توصیه دستگاه ایده آل برای برنامه شما و الزامات.

کنترل دقیق فرآیند

Hielscher ultrasonicators can be remotely controlled via browser control. Sonication parameters can be monitored and adjusted precisely to the process requirements.تنظیمات فراصوت دقیقا قابل کنترل بسیار مهم هستند از سونیفیکاسیون جامع می تواند DNA، RNA و کروماتین را از بین ببرند، اما نتایج شکننده مافوق صوت ناکافی در DNA بیش از حد طولانی و قطعات کروماتین. امواج فراصوت دیجیتال Hielscher را می توان به راحتی به پارامتر فراصوت دقیق تنظیم شده است. تنظیمات فراصوت خاص نیز می تواند به عنوان تنظیمات برنامه ریزی شده برای تکرار سریع از همان روش ذخیره می شود.
تمام فراصوت به طور خودکار پروتکل و ذخیره شده به عنوان فایل CSV بر روی کارت SD ساخته شده است. این اجازه می دهد تا برای مستند سازی دقیق از کارآزمایی های انجام شده و این امکان را به تجدید نظر در فراصوت اجرا می شود به راحتی.
از طریق کنترل از راه دور مرورگر، تمام سونوگرافی دیجیتال را می توان از طریق هر مرورگر استاندارد عمل و نظارت. نصب و راه اندازی نرم افزار اضافی مورد نیاز نیست ، از اتصال LAN اجازه می دهد تا بسیار ساده پلاگین n - بازی راه اندازی.

بالاترین کاربر دوستی در آماده سازی نمونه مافوق صوت

همه Hielscher ultrasonicators طراحی شده اند برای ارائه سونوگرافی با عملکرد بالا, در حالی که در همان زمان همیشه بسیار کاربر پسند و آسان به کار. تمام تنظیمات به خوبی در یک منوی روشن ساختار یافته اند، که به راحتی می تواند از طریق صفحه نمایش لمسی رنگی یا کنترل از راه دور مرورگر قابل دسترسی باشد. نرم افزار هوشمند با تنظیمات قابل برنامه ریزی و ضبط خودکار داده ها، تنظیمات فراصوت مطلوب را برای نتایج قابل اعتماد و قابل تکثیر تضمین می کند. تمیز و آسان برای استفاده از رابط منو به نوبه خود Ultrasonicators Hielscher را به دستگاه های کاربر پسند و کارآمد.
جدول زیر به شما می دهد نشانه ای از ظرفیت پردازش تقریبی از سونوگرافی آزمایشگاه ما, که ایده آل برای وظایف آماده سازی نمونه مانند DNA و تکه تکه شدن RNA, لیز سلول و همچنین استخراج پروتئین:

دستگاه قدرت [W] نوع حجم [میلی لیتر]
UIP400MTP ۴۰۰ برای میکروپلیت ها 6 – چاه های ۳۴۵۶
VialTweeter(ویال گروهی) ۲۰۰ تا 10 ویال به علاوه امکان گیره در 00.5 – ۱/۵
UP50H ۵۰ پروب نوع 0.01 – ۲۵۰
UP100H ۱۰۰ پروب نوع 0.01 – ۵۰۰
UP200Ht ۲۰۰ پروب نوع 00.1 – ۱۰۰۰
UP200St ۲۰۰ پروب نوع 00.1 – ۱۰۰۰
UP400St ۴۰۰ پروب نوع ۵/۰ – ۲۰۰۰
Cuphorn ۲۰۰ CupHorn، sonoreactor 10 – ۲۰۰
GDmini2 ۲۰۰ سلول جریانی بدون آلاینده

تماس با ما! / از ما بپرسید!

برای اطلاعات بیشتر بپرسید

لطفا فرم زیر را برای درخواست اطلاعات اضافی در مورد پردازنده مافوق صوت ، برنامه های کاربردی و قیمت استفاده کنید. ما خوشحال خواهد شد که به بحث در مورد روند خود را با شما و به شما ارائه سیستم اولتراسونیک جلسه مورد نیاز خود را!









لطفا توجه داشته باشید ما سیاست حفظ حریم خصوصی.


The VialTweeter is a MultiSample Ultraonicator that allows for reliable sample preparation under precisely controlled temperature conditions.

واحد آماده سازی چند نمونه مافوق صوت VialTweeter(ویال گروهی) اجازه می دهد تا برای فراصوت همزمان تا 10 ویال. با گیره در دستگاه VialPress، تا 4 لوله های اضافی را می توان به جلو برای فراصوت شدید فشرده شده است.


Sonotrode MTP-24-8-96 دارای هشت پروب مافوق صوت برای فراصوت از چاه های صفحات میکروتیتر.

Sonotrode MTP-24-8-96 دارای هشت پروب مافوق صوت برای فراصوت از چاه های صفحات میکروتیتر.



ادبیات/منابع

آمار ارزشمند دانستن

توالی نسل بعدی چیه؟

توالی یابی نسل بعدی، همچنین توالی یابی بعدی Gen (NGS)، توالی یابی با توان بالا یا توالی نسل دوم، اشاره به رویکرد توالی یابی موازی عظیم دارد، جایی که مقادیر بسیار بزرگ (عظیم) DNA میلیون ها قطعه به طور همزمان به صورت موازی در هر اجرا توالی یابی می شوند.
به منظور انجام توالی نسل بعدی، سه مرحله اساسی (1) آماده سازی کتابخانه، (2) توالی، و (3) تجزیه و تحلیل داده ها باید انجام شود. در طول آماده سازی کتابخانه، رشته های DNA باید به تکه های DNA با طول خاصی تکه تکه شوند. فراصوت یکی از تکنیک های ترجیح داده شده برای تکه تکه کردن DNA است.
طی فرایند توالی DNA، ترتیب هسته لئوتیدها در DNA – شناخته شده به عنوان توالی اسید هسته ای – تعیین می شود. توالی اسید هسته ای از چهار باز هسته ای تشکیل شده است - آدینین، سیتوزین، گوانین، تیمین – کد کد برای اطلاعات.
توالی نسل بعدی رانندگی تحقیقات در علم زندگی و پزشکی شخصی از توالی DNA و RNA به شدت در تحقیقات ژنومیک، تحقیقات سرطان، تحقیقات بیماری های نادر و پیچیده، تحقیقات میکروبی، اگریژنومیک و بسیاری از زمینه های تحقیقاتی دیگر استفاده می شود.

توالی نسل بعدی در مقابل توالی سانگر

در حالی که با توالی نسل بعدی (NGS) می توان تعداد عظیم نمونه های ژنومیک را توالی یابی کرد، توالی یابی سانگر (که با نام روش خاتمه زنجیره ای یا توالی یابی نسل اول نیز شناخته می شود) تنها قابلیت توالی یابی اعداد نمونه کوچک را دارد. توالی سانگر تنها یک قطعه DNA واحد را در یک زمان توالی یابی می کند و می تواند در یک روز انجام شود. با توجه به تدفين آن، توالی سانگر نيز به عنوان تکنولوژی استاندارد طلا در نظر گرفته می شود، که برای بررسی نتايج بدست آمده توسط توالی نسل بعدی مورد استفاده قرار می گيرد.
توالی سانگر به طول خواندن حدود ۸۰۰bp (به طور معمول ۵۰۰ تا ۶۰۰bp با DNA غیر غنی شده) دست می یابد. طول های طولانی تر خوانده شده در توالی سانگر مزایای قابل توجهی را نسبت به دیگر روش های توالی به ویژه از نظر توالی مناطق تکراری ژنوم نمایش می دهند. چالشی از داده های توالی کوتاه خوانده شده به ویژه مسئله ای در توالی یابی ژنوم های جدید (de novo) و در توالی یابی بخش های ژنوم بسیار دوباره مرتب شده است، به طور معمول کسانی که از ژنوم های سرطان یا در مناطقی از کروموزوم ها دیده می شوند که تنوع ساختاری از خود نشان می دهند. [cp. Morozova and Marra, 2008]


High performance ultrasonics! Hielscher's product range covers the full spectrum from the compact lab ultrasonicator over bench-top units to full-industrial ultrasonic systems.

Hielscher Ultrasonics تولید هموژنیزرهای مافوق صوت با کارایی بالا از ازمایشگاه ها تا اندازه صنعتی.