میکروپلیت سونیکاتور اعتبارسنجی شده در مطالعه پروتئومیکس داوری شده

شرکت Hielscher Ultrasonics اعلام می کند که سونیکاتور میکروپلیت اولتراسونیک UIP400MTP آن ها با موفقیت در یک مطالعه مقایسه ای پروتئومیکس داوری شده که در مجله Proteomics (2024) منتشر شده است، اعتبارسنجی شده است. این مطالعه نشان می دهد که آماده سازی نمونه مبتنی بر میکروپلیت اولتراسونیک عصاره های پروتئینی با کیفیت بالا و قابل تکرارپذیری را ارائه می دهد که کاملا با روند پیشرفته پروتئومیکس و ترمینومیکس شاتگان سازگار است.

نشریه، “TermineR: استخراج اطلاعات درباره پردازش پروتئولیتیک درون زاد از داده های پروتئومیکس شاتگان”، چارچوب جدید بیوانفورماتیک را برای تحلیل پروتئولیز درون زاد مستقیما از مجموعه داده های استاندارد طیف سنجی جرمی معرفی می کند. به عنوان بخشی از اعتبارسنجی روش، نویسندگان سه تکنیک رایج همگن سازی بافت را مقایسه کردند: ضربه زدن به مهره (Precellys)، سونیک حمام (Bioruptor) و سونیک میکروپلیت اولتراسونیک با استفاده از UIP400MTP.

پوشش مشابه پروتئوم بدون پروتئولیز مصنوعی

هدف اصلی مطالعه مقایسه ای ارزیابی این بود که آیا روش های مختلف استخراج بر شناسایی و کمی سازی پپتیدهای نیمه اختصاصی که برای مطالعه پردازش پروتئولیتیک درون زاد حیاتی هستند، تأثیر می گذارند یا خیر. نتایج نشان می دهد که استخراج اولتراسونیک مبتنی بر UIP400MTP پوشش پروتئومی مشابه روش های اختلالی مکانیکی تثبیت شده را فراهم می کند، در حالی که نسبت های ثابتی از پپتیدهای کاملا خاص و نیمه اختصاصی حفظ می کند.
نکته مهم این است که داده ها نشان می دهند سونیک میکروپلیت اولتراسونیک با توان بالا باعث ایجاد برش مصنوعی پروتئین نمی شود و این موضوع نگرانی رایجی را در ترمینومیکس و تحلیل پپتیدهای نیمه اختصاصی برطرف می کند. این موضوع تأیید می کند که UIP400MTP اختلال مؤثر نمونه ها را فراهم می کند و در عین حال امضاهای پروتئولیتیک معنادار زیستی را حفظ می نماید.

تکرارپذیری کمی پپتیدهای نیمه اختصاصی در روش های استخراج مختلف –
نقشه های حرارتی همبستگی پیرسون از شدت های تبدیل شده به log2 پپتیدهای نیمه اختصاصی که روش های مختلف استخراج پروتئین را برای نمونه های نوع وحشی (WT، سمت چپ) و ناک اوت (KO، سمت راست) مقایسه می کند. ضرایب همبستگی بالا (معمولا ≥۰.۹۵) بین سونیک میکروپلیت اولتراسونیک UIP400MTP، ضربه زدن مهره (Precellys®) و سونیک حمام (Bioruptor®) مشاهده می شود که توافق کمی عالی را نشان می دهد. این نتایج تأیید می کند که فراصوت مبتنی بر میکروپلیت فراوانی نسبی پپتید را حفظ می کند و کاملا با تحلیل های کمی پروتئومیکس و ترمینومیکس سازگار است.
مطالعه و گرافیک ها: ©کوزنزا-کونترراس و همکاران ۲۰۲۴

تکرارپذیری بالا در پروتئومیک کمی

مطالعه همچنین تکرارپذیری کمی بالایی را در روش های استخراج گزارش می دهد. تحلیل های همبستگی پیرسون شدت پپتیدها تطابق قوی بین نمونه های پردازش شده UIP400MTP و نمونه هایی که با استفاده از ضرب مهره یا سونیک حمام تهیه شده بودند، نشان داد، با ضرایب همبستگی که معمولا بیش از ۰.۹۵ بودند.
این یافته ها تأیید می کنند که سونیک میکروپلیت اولتراسونیک فراوانی نسبی پپتید را حفظ می کند و آن را برای پروتئومیکس تفاضلی، مالتی پلکسینگ مبتنی بر TMT و مطالعات متمرکز بر بیماری که نیازمند مقایسه های کمی دقیق هستند، بسیار مناسب می سازد.

تعداد پیش سازهای پپتیدی شناسایی شده بر اساس ویژگی و روش استخراج
مقایسه تعداد پیش سازهای پپتیدی شناسایی شده که بر اساس اختصاصیت آنزیمی (کاملا اختصاصی، نیمه اختصاصی انتهای C و نیمه اختصاصی انتهای N) در سه روش استخراج پروتئین طبقه بندی شده اند: ضربه زدن به مهره (Precellys®)، سونیک حمام (Bioruptor®) و سونیک میکروپلیت اولتراسونیک با استفاده از UIP400MTP. داده ها برای تکرارهای زیستی از نمونه های کلیه موش نوع وحشی (WT) و ناک اوت (KO) نشان داده شده است. نتایج نشان دهنده پوشش مشابه پروتئوم و توزیع مشابه ویژگی های پپتیدی در تمام روش های استخراج است که نشان می دهد سونیک میکروپلیت مبتنی بر UIP400MTP استخراج مؤثر پروتئین را بدون افزایش برش پروتئولیتیک غیر اختصاصی فراهم می کند.
مطالعه و گرافیک ها: ©کوزنزا-کونترراس و همکاران ۲۰۲۴

فعال سازی جریان های کاری پروتئومیکس با توان عملیاتی بالا و استاندارد

با ترکیب انتقال انرژی اولتراسونیک بدون تماس با پردازش موازی کل صفحات ۹۶ چاه، UIP400MTP از آماده سازی نمونه با توان عملیاتی بالا، استاندارد و سازگار با اتوماسیون پشتیبانی می کند. در مطالعه منتشرشده، سیستم با موفقیت در یک جریان کاری پروتئومیکس مجهز به DIA و برچسب گذاری شده با TMT که روی مدل موش بیماری کلیه پلی کیستیک اعمال می شد، ادغام شد.
نویسندگان نتیجه می گیرند که فراصوت میکروپلیت کاملا با پروتئومیکس مدرن شاتگان سازگار است و امکان تحلیل پروتئولیز درون زاد را بدون نیاز به مراحل غنی سازی بیوشیمیایی پرزحمت فراهم می کند.

تعهد به راه حل های علمی معتبر

“گنجاندن UIP400MTP در یک مطالعه تطبیقی دقیق و داوری شده، تأکید بر Hielscher Ultrasonics است’ تعهد به ارائه فناوری های آماده سازی نمونه علمی تأییدشده،” نماینده شرکت گفت. “اعتبارسنجی مستقل در جریان های کاری پروتئومیکس پرتقاضا برای آزمایشگاه هایی که به دنبال راه حل های قوی، قابل تکرار و مقیاس پذیر هستند، ضروری است.”
مطالعه کامل به صورت انتشار دسترسی آزاد در پروتئومیکس (DOI: 10.1002/pmic.202300491).

اطلاعات مربوط به سونیکاتور صفحه ای چندچاهکی UIP400MTP اینجا پیدا کنید!