Pärmirakkude lüüsimine mikroplaatidel kõrge intensiivsusega ultrahelitöötluse abil
Mikrobioloogid ja bioteaduste uurijad, kes tegelevad Saccharomyces cerevisiae, Pichia pastoris / Komagataella phaffii, ja teiste pärmiuuringute valdkondade esindajad teavad seda probleemi hästi: pärmirakud on vastupidavad, nende reprodutseeritav lüüsimine võib osutuda keeruliseks ning proovide käsitsi purustamine muutub kiiresti pudelikaelaks, kui tuleb läbi vaadata palju tüvesid, kloone, kasvatustingimusi või ekspressioonikonstruktsioone.
Kõrge läbilaskevõimega pärmi lüüs mikrobioloogia, molekulaarbioloogia ja valguanalüüsi jaoks
Hielscheri mikroplaadi ultraheliseadmed, nagu UIP400MTP (400 W) ja UIP550MTP (550 W), pakuvad suure läbilaskevõimega lahendust pärmirakkude mehaaniliseks lüüsimiseks otse mikroplaatidel. Selle asemel, et töötada proove ükshaaval sondiga, saab kogu mikroplaati sonikeerida ühtsetes tingimustes. See muudab pärmi ultrahelilüüsi kiiremaks, korratavamaks ja lihtsamini integreeritavaks kaasaegsesse mikrobioloogiasse, valkude ekspressiooni, ensüümide sõelumisse ja oomika töövoogudesse.
Olgu teie eesmärgiks siis rekombinantvalkude eraldamine P. pastoris’est, pärmi lüsaatide valmistamine ensüümianalüüside jaoks, S. cerevisiae rakkude purustamine valguanalüüsi jaoks või kümnete pärmikloonide paralleelne sõelumine – Hielscheri mikroplaadi ultraheliseadmed tagavad võimsa kavitatsioonipõhise rakkude purustamise koos protsessi täpse juhtimisega.
Vaja on [...], mille lüüsimine oleks korratav Pagaripärmi, Isa, karjanevõi muid pärmi tüvesid mikroplaatidel? Teatage meile oma plaadi formaat, proovi maht, rakutihedus ja analüüsitav aine. Me aitame teil määrata kindlaks sobivad ultraheliparameetrid teie UIP400MTP või UIP550MTP töövoo jaoks.
Hielscheri mitme auguga plaadi ultraheli-seade pärmi lüüsimiseks – proovide ettevalmistamine suure läbilaskevõimega meetodil
Miks pärmirakud vajavad tõhusat mehaanilist lüüsi
Pärmirakke on raskem lüüsida kui paljusid bakterite või imetajate rakke, kuna neid kaitseb jäik rakusein, mis koosneb peamiselt polüsahhariididest, glükaanidest, mannoproteiinidest ja kitiinist. See rakusein tagab mehaanilise stabiilsuse, kuid piirab samas ka rakusiseste valkude, nukleiinhapete, metaboliitide ja ensüümide vabanemist.
Tavapärased pärmi lüüsimismeetodid hõlmavad helmenuristamist, ensümaatilist lagundamist, külmutamis-sulatamistsükleid, keemilist lüüsimist ja sondipõhist ultrahelitöötlust. Need meetodid võivad olla tõhusad, kuid neil on ka piirangud. Küpsistega purustamine võib põhjustada jääkide tekkimist ja kuumenemist, ensüümiline lagundamine võib suurendada kulusid ja tulemuste varieeruvust ning ühe proovi sondiga ultrahelitöötlus on aeganõudev, kui tuleb töödelda suurt arvu proove.
Kõrge intensiivsusega, suunatud ultraheli kavitatsioon ületab need piirangud, rakendades pärmi suspensioonile tugevaid mehaanilisi nihkejõude, rõhukõikumisi ja mikrovoole. Selle tulemuseks on rakuseinte ja membraanide kiire purunemine, paranenud rakusisene vabanemine ning väga hästi korratav proovide ettevalmistamine plaadiformaadis.
Mikroplaadi ultrahelitöötlus pärmi proovide paralleelseks ettevalmistamiseks
Seadmed Hielscher UIP400MTP ja UIP550MTP on mõeldud mikroplaatide, mitme auguga plaatide, PCR-plaatide ja sobivate proovialuste ühtlaseks ultrahelitöötluseks. Erinevalt sondiga ultrahelitöötlusest ei ole vaja proove eraldi töödelda. Kogu plaat allutatakse kontrollitud ultrahelienergiale, mistõttu sobib see töövoog suurepäraselt proovide paralleelseks töötlemiseks.
See on eriti kasulik järgmistel juhtudel:
- Sõelumine Pagaripärmi mutandid või ekspressioonitüved
- Lüüs Isa, karjane / K. phaffii kloonid pärast rekombinantse valgu ekspresseerimist
- Pärmi lüsaatide valmistamine ensüümi analüüside jaoks
- Valgu eraldamine SDS-PAGE, Western blot, ELISA, LC-MS/MS või aktiivsuse määramise jaoks
- Rakusiseste metaboliitide vabastamine metaboloomika jaoks
- DNA- ja RNA-proovide ettevalmistamine pärast sobivat järgnevat puhastamist
- Lüüsipuhvrite, lisandite ja ekstraheerimistingimuste suure läbilaskevõimega optimeerimine
Kuidas ultrahelikavitatatsioon häirib pärmirakkude tööd
Ultrahelitöötluse käigus tekitab fokuseeritud suure võimsusega ultraheli vedelproovis vahelduvaid survestus- ja harvendustsükleid. Piisava intensiivsuse korral põhjustavad need rõhukõikumised akustilist kavitatsiooni. Kavitatsioonimullid tekivad, võnguvad ja lagunevad, tekitades lokaalseid nihkejõude, mikrojette, turbulentsi ja tugevaid rõhugradiente.
Pärmi suspensioonides nõrgendavad ja purustavad need mehaanilised mõjud rakuseina ja rakumembraani. Rakusiseseid valke, ensüüme, nukleiinhappeid ja metaboliite vabaneb lüüsipuhvrisse. Kuna tegemist on mehaanilise protsessiga, saab seda kasutada paljude erinevate puhvrisüsteemidega ning kombineerida proteaasiinhibiitorite, redutseerijate, detergentide, soolade või kerge ensümaatilise eeltöötlusega.
Üldprotokoll: pärmirakkude lüüsimine mikroplaatidel
Järgnev protokoll pakub praktilist lähtepunkti pärmi lüüsimiseks, kasutades Hielscher UIP400MTP või UIP550MTP mikroplaadi ultraheliseadmeid. Parameetreid tuleks optimeerida vastavalt pärmi tüvele, rakutihedusele, sihtmolekulile, puhvri koostisele, plaadi tüübile ja järgnevale analüüsile.
1. Pärmirakkude kogumine ja pesemine
Kasvatage Saccharomyces, Pichia, Hansenula, Debaryomyces või mõnda muud pärmi tüve soovitud kasvatustingimustes. Eraldage rakud tsentrifuugimise teel ja eemaldage kasvukeskkond. Peske sett külma destilleeritud veega, PBS-ga või valitud lüüsipuhvriga, et eemaldada kasvukeskkonna jääkkomponendid, mis võivad segada edasist analüüsi.
Valgu eraldamiseks hoidke proove külmas ja töötage kiiresti. Kui proteaasid võivad probleeme tekitada, jahutage eelnevalt kõik puhvrid ja tarvikud.
2. Lahustage rakupellet uuesti
Lahustage pärmi sett sobivas külmas lüüsipuhvris. Valgu tõhusaks vabastamiseks on sageli kasulik kõrge rakutihedus. Alustuseks kasutage umbes 10–20% (mass/maht) märga rakusetti või tihedat suspensiooni, mis vastab optilisele tihedusele (OD)600 > 10, sõltuvalt analüüsist.
Tüüpiline pärmi valkude lüüsipuhver võib sisaldada:
- puhversüsteem, näiteks Tris-HCl, fosfaadipuhver või HEPES
- sool, näiteks NaCl või KCl
- Proteaasi inhibiitori kokteil
- valikuline redutseerija, näiteks DTT või β-merkaptoetanool
- valikuline pindaktiivne aine, näiteks Triton X-100, NP-40, SDS või CHAPS, sõltuvalt järgnevate protsessidega ühilduvusest
- fosforüleerimisuuringuteks mõeldud valikulised fosfataasi inhibiitorid
Raskeid pärmi tüvesid või väga õrna valgu ekstraheerimist silmas pidades võib enne ultrahelitöötlust kasutada lühikest eeltöötlust Zymolyase’i, Lyticase’i või mõne muu rakuseina lagundava ensüümiga. See ensüümiline eeltöötlus on vabatahtlik, kuid võib parandada lüüsi tõhusust või vähendada vajalikku ultraheli intensiivsust.
3. Proovide üleviimine sobivasse mikroplaati
Vala pärmi suspensioon ultraheliga töötlemiseks sobivasse mikroplaati. Sageli eelistatakse ümmarguse põhjaga plaate, kuna need parandavad proovi kogumist ja vähendavad surnud tsoone. Kasuta kõikides kaevudes võrdseid proovimahte, et parandada tulemuste korratavust.
Sulge plaat sobiva sulgemismati või -kilega, et vältida aurustumist, aerosoolide tekkimist ja ristsaastumist. Veendu, et sulgemismaterjal sobiks valitud temperatuuri ja ultrahelitöötlemise tingimustega.
Tüüpilised töömahud sõltuvad plaadi formaadist ja kasutusotstarbest. Tavapärased formaadid on näiteks 96-auguga plaadid, sügavate aukudega plaadid, PCR-plaadid või sobivad proovitorude alused.
4. Jahutussüsteemi seadistamine
Pärmi lüüsimiseks on vaja suurt ultraheli intensiivsust ning mehaaniline purustamine tekitab soojust. Seetõttu on temperatuuri reguleerimine äärmiselt oluline, eriti valkude, ensüümide, RNA või fosforüleerimise analüüsi puhul.
Kasutage sobivat jahutusstrateegiat, näiteks:
- eeljahutatud lüüsipuhver
- eeljahutatud mikroplaadid
- jahutuspausid ultrahelitöötluse vaheaegadel
- ultrasonikatsiooniplatvormi välisjahutus, kui see on asjakohane
Eesmärk on hoida proovi piisavalt külmana, et vältida valkude denatureerumist, ensüümide inaktiveerumist, RNA lagunemist ja kuumusest tingitud proovi muutlikkust.
5. Pärmi suspensiooni sonikeerimine
Asetage suletud plaat Hielscher UIP400MTP või UIP550MTP mikroplaadi ultraheli-seadmesse ja valige impulss-ultraheliprogramm. Impulssrežiimi kasutamist soovitatakse, kuna see võimaldab mehaanilist purustamist sisselülitatud faaside ajal ja soojuse hajutamist väljalülitatud faaside ajal.
Pärmirakkude lüüsi alguspunktina:
| Parameeter | Soovitatav algvahemik | Eesmärk |
|---|---|---|
| Amplituud | 60–100 % | Kõrge kavitatsiooniintensiivsus vastupidavate pärmirakkude puhul |
| impulsi režiim | 10–30 sek sisse / 30–60 sek välja | Tõhus lüüs kontrollitud soojuse tekkimisega |
| Kogukestus (töötundides) | Viis kuni viisteist minutit | Kohandage vastavalt pingele, tihedusele ja sihtmolekulile |
| temperatuur | Hoidke proove külmas | Kaitse valke, ensüüme, RNA-d ja metaboliite |
| Plaadi tihendamine | Soovitatav | Võimaldab vältida aurustumist, aerosoolide teket ja ristsaastumist |
Kui tegemist on väga resistentsete pärmi suspensioonidega, tiheda P. pastoris’e biomassiga või raskesti ekstraheeritavate rekombinantvalkudega, suurendage kumulatiivset sisselülitusaega järk-järgult. Kuumustundlike valkude või ensüümi analüüside puhul kasutage lühemaid impulsse, pikemaid jahutuspausid ja madalamat algamplituudi.
Pärmi suure läbilaskevõimega lüüsimine mitme auguga plaatidel seadme UIP400MTP abil
6. Lüsati selitamine
Pärast ultrahelitöötlust tsentrifuugige mikroplaati või kandke proovid tsentrifuugimiseks proovitorudesse. Eemaldage rakujäägid tsentrifuugimise teel sobival kiirusel ja temperatuuril. Koguge supernatant edasiseks analüüsiks.
Sõltuvalt kasutusotstarbest võib lüsaati kasutada järgmistel eesmärkidel:
- Valgu kvantifitseerimine
- ensüümi aktiivsuse määramised
- SDS-PAGE ja Western blotting
- ELISA ja immuunanalüüsid
- LC-MS/MS-proteoomika
- metaboliitide analüüs
- DNA või RNA puhastamine
7. Meetodi optimeerimine ja dokumenteerimine
Pärmi rakkude lüüsi korratavuse tagamiseks dokumenteerige kõik asjakohased parameetrid, sealhulgas tüvi, kasvatustingimused ja optiline tihedus (OD)600, märg raku mass, puhvri koostis, plaadi tüüp, proovi maht, amplituud, impulssitsükkel, kumulatiivne sisselülitusaeg, jahutusmeetod ja proovi lõpptemperatuur.
Kui Hielscheri ultraheli seade on varustatud automaatse andmete salvestamise funktsiooniga, saab protsessiandmeid kasutada dokumenteerimiseks, meetodite väljatöötamiseks, tootmise mastaapimise jaoks ning kvaliteedikontrolliks.
Pärmi lüüsi optimeerimise näpunäited
Valgu maksimaalse vabanemise tagamiseks kasutage tihedaid pärmi suspensioone, kõrget ultraheli intensiivsust ja piisavat kumulatiivset töötamisaega. Tundlike valkude puhul vähendage amplituudi, pikendage jahutuspauside kestust ja hoidke plaat kogu protsessi vältel külmana.
Kui lüüs on ebapiisav, suurendage ultrahelitöötluse aega järk-järgult, katsetage ensümaatilist eeltöötlust, vähendage proovi viskoossust või optimeerige puhvrit. Kui valgud lagunevad või kaotavad aktiivsuse, parandage jahutust, lühendage sisselülitusintervalle, lisage inhibiitoreid ja veenduge, et detergentide süsteem sobib sihtvalguga kokku.
Kuna pärmi tüvede rakuseina struktuur, kasvufaas, ekspressioonisüsteem ja biomassi tihedus erinevad oluliselt, soovitatakse kasutada lühikest optimeerimismatriitsi. Näiteks võiks katsetada kolme amplituudi, kahte impulssitsüklit ja kahte ON-aja kogupikkust ning seejärel hinnata lüüsi efektiivsust ja valgu terviklikkust.
Olgu tegemist vaid mõne analüüsiplaadi töötlemisega või suure läbilaskevõimega pärmi sõelumisega, aitab Hielscher teil valida sobiva mikroplaadi ultraheliseadme ja töötada välja usaldusväärse lüüsiprotokolli. Võtke meiega ühendust ja andke teada oma pärmi tüvi, töövoog ning läbilaskevõime nõuded!
Hielscheri mikroplaadi ultraheliseadmete eelised pärmi lüüsimisel
Hielscheri mikroplaadi ultraheliseadmed on ideaalsed laboritele, kus on vaja tagada paljude proovide puhul korratav lüüs. Need välistavad sondiga ultrahelitöötluse aeglase, ühe proovi kaupa toimuva käitlemise ning vähendavad variatiivsust, mis tuleneb sondi käsitsi paigutamisest, sukeldamissügavusest ja proovidevahelistest käitlemis erinevustest.
Peamised eelised on järgmised:
- Suure läbilaskevõimega töötlemine: Töötlege ultraheliga mitut pärmi proovi paralleelselt mikroplaatidel või sobivates proovialustites.
- Kordamisvõimalused: Kõikides kaevudes kasutatakse samu ultrahelitöötlemise tingimusi, et tagada ühtlased ja võrreldavad lüüsitulemused.
- Proovide vaheline ristsaastumine puudub: Proovid jäävad ultrahelitöötluse ajal suletuks, mis vähendab saaste ülekandumist ja puhastamisetappe.
- Sobib vastupidavatele rakkudele: Kõrge intensiivsusega ultraheli soodustab pärmirakkude rakuseinte purunemist.
- Tõhus töövoog: Ideaalne tüvede, kloonide, ekspressioonitingimuste ja lüüsipuhvrite sõelumiseks.
- Tõhus töövoog: Programmeeritavad seaded, automaatne andmete salvestamine ning sobivus laboratoorse automatiseerimise jaoks.
Rakendused pärmi biotehnoloogias ja eluteaduste uurimistöös
Pärmi ultrahelilüüs mikroplaatidel toetab paljusid uurimis- ja sõelumisprotsesse. Rekombinantse valgu ekspressioonis on võimalik P. pastoris’e ja S. cerevisiae kloone lüüsida paralleelselt, et võrrelda ekspressioonitasemeid või ensüümi aktiivsust. Süsteemibioloogias ja oomikavaldkonnas parandab standardiseeritud lüüsitamine tingimustevahelist võrreldavust. Mikrobioloogias võimaldab ultraheli kasutamine valmistada kiiresti lüsaate mitmetest tüvedest, erinevates kasvukeskkondades või stressiolukordades.
Tüüpilised kasutusvaldkonnad on järgmised:
- pärmi valgu ekstraheerimine
- rekombinantse valgu sõelumine
- ensüümiaktiivsuse sõelumine
- kloonide valik pärast transformatsiooni
- kääritamise optimeerimine
- proteoomika proovide ettevalmistamine
- metabolomika proovide ettevalmistamine
- rakuseina kahjustumise uuringud
- suure läbilaskevõimega mikrobioloogilised analüüsid
Usaldusväärne pärmi lüüsimine algab kontrollitud ultrahelitöötlusega
Pärmi lüüsimine võib osutuda keeruliseks, kui proovide arv suureneb, kuid Hielscheri mikroplaadi ultraheliseadmed muudavad protsessi kiiremaks, puhtamaks ja korratavamaks. Seadmed UIP400MTP ja UIP550MTP võimaldavad teadlastel töödelda terveid plaate kindlaksmääratud ultrahelitingimustes, suurendades läbilaskevõimet ja vähendades samal ajal käsitsitööd.
Mikrobioloogide, molekulaarbioloogide, valkude uurijate ja biotehnoloogialaborite jaoks on mikroplaadi ultrahelitöötlus võimas vahend, mille abil saab rakusiseseid pärmi komponente tõhusalt ja korratavalt vabastada.
Korduma kippuvad küsimused seoses pärmirakkude lüüsimisega mikroplaadi ultrahelitöötluse abil
Kas pärmirakke on võimalik ultraheliga lüüsida?
Jah. Pärmirakke, nagu Saccharomyces cerevisiae ja Pichia pastoris, on võimalik lüüsida kõrge intensiivsusega ultrahelitöötlemise abil. Ultrahelikavitatioon tekitab tugevaid mehaanilisi nihkejõude, mis lõhustavad pärmiraku seina ja membraani, vabastades valke, ensüüme, nukleiinhappeid ja metaboliite.
Miks on pärmirakke raskem lüüsida kui bakterirakke?
Pärmirakkudel on paks ja mehaaniliselt vastupidav rakusein, mis koosneb peamiselt glükaanidest, mannoproteiinidest ja kitiinist. Selle jäiga struktuuri tõttu on pärmi rakke raskem lagundada kui paljusid bakterite või imetajate rakke. Seetõttu nõuab pärmi lüüs tavaliselt suuremat intensiivsust, pikemat töötlemisaega või valikulist ensümaatilist eeltöötlust.
Millised Hielscheri ultraheli seadmed sobivad pärmi lüüsimiseks mikroplaatidel?
Hielscheri seadmed UIP400MTP ja UIP550MTP sobivad pärmide suure läbilaskevõimega lüüsimiseks mikroplaatidel. UIP400MTP on ideaalne rutiinseks paralleelseks proovide ettevalmistamiseks, samas kui UIP550MTP pakub suuremat ultrahelivõimsust nõudlike lüüsimisülesannete, tihedate suspensioonide ja vastupidavate pärmi tüvede jaoks.
Kas Pichia pastoris’t on võimalik lüüsida mikroplaadi ultraheli-lüsisaatoris?
Jah. Pichia pastoris’t, mida tuntakse ka nimetusega Komagataella phaffii, on võimalik lüüsida kõrge intensiivsusega mikroplaadi ultrahelitöötluse abil. Kuna P. pastoris võib moodustada tiheda biomassi ja tal on tugev rakusein, on soovitatav optimeerida amplituudi, impulssitsüklit, jahutust ja ultrahelitöötluse koguaega.
Millised on tüüpilised ultraheliparameetrid pärmi lüüsimiseks?
Sobiv algvahemik on amplituudiga 50–80%, impulssrežiim (nt 10–30 sekundit sisse ja 30–60 sekundit välja) ning kumulatiivne sisselülitusaeg 5–15 minutit. Täpsed parameetrid sõltuvad pärmi tüvest, rakutihedusest, proovi mahust, plaadi tüübist, puhvrist ja sihtmolekulist.
Miks tuleks pärmi lüüsimist teostada impulssrežiimis?
Impulssrežiim vähendab soojuse kogunemist ultrahelitöötluse ajal. Sisselülitatud faasis purustab ultrahelikavatsioon rakud. Väljalülitatud faasis saab proov jahtuda. See on oluline, kuna liigne soojus võib denatureerida valke, vähendada ensüümide aktiivsust, lagundada RNA-d ja kahjustada tulemuste korratavust.
Kas pärmirakkude ultrahelitöötlemise eel on vaja teha ensümaatiline eeltöötlus?
Enümaatiline eeltöötlus ei ole alati vajalik, kuid see võib parandada lüüsi tõhusust. Enüümid, nagu Zymolyase või Lyticase, lagundavad osaliselt pärmi rakuseina ja võivad vähendada täieliku lüüsi saavutamiseks vajalikku ultraheli intensiivsust või aega. See võib olla kasulik tundlike valkude või raskesti töödeldavate tüvede puhul.
Kuidas saab ära hoida ülekuumenemist pärmi ultrahelitöötlemise ajal?
Kasutage eeljahutatud puhvreid, impulssrežiimi, jahutuspausid ja jahutatud mikroplaadi seadistust. Hoidke mikroplaat suletuna ja jälgige temperatuuri, kui see on võimalik. Tundlike valkude puhul kasutage lühemaid sisselülitusintervalle, pikemaid väljalülitusintervalle ning töötlege proove külmades tingimustes.
Kas mikroplaadi ultrahelitöötlus võib asendada pärlitega purustamist pärmi lüüsimiseks?
Paljudes töövoogudes küll. Mikroplaadi ultrahelitöötlus võib asendada helme-peksmist, kui on vaja puhtat, korratavat ja paralleelset lüüsi. See võimaldab vältida helmete käitlemist, vähendab tarvikute mitmekesisust ja lihtsustab automatiseerimist. Siiski tuleks iga rakendus valideerida, võrreldes lüüsi saagikust, valgu terviklikkust ja analüüsi tulemuslikkust.
Kas mikroplaadi ultrahelitöötlus sobib valkude eraldamiseks pärmist?
Jah. Mikroplaadi ultrahelitöötlus sobib hästi valkude eraldamiseks pärmist, eriti juhul, kui tuleb võrrelda paljusid kloone või kasvatustingimusi. Proteaasiinhibiitorid, külmavad puhvrid ja reguleeritavad impulssiseaded aitavad säilitada valkude kvaliteeti.
Kas sama meetodit saab kasutada nii DNA, RNA kui ka valkude eraldamiseks?
Kasutada võib sama põhilist ultrahelitöötluse põhimõtet, kuid puhvrit ja protsessitingimusi tuleks kohandada vastavalt sihtmolekulile. Valgu töötlemisel on vaja proteaasi inhibeerimist ja temperatuuri reguleerimist. RNA töötlemisel on vaja RNase-vaba käitlemist ja tugevat jahutamist. DNA töötlemisel võivad olla vajalikud erinevad lüüsi- ja puhastamistingimused, sõltuvalt sellest, kas soovitakse saada tervet genoomset DNA-d või fragmenteeritud DNA-d.
Millist petri taldrikut tuleks kasutada pärmi lüüsimiseks?
Kasutage ultraheliga töötlemiseks sobivat mikroplaati või sügavate kaevudega plaati, millel on sobiv sulgemissüsteem. Ümmarguse põhjaga plaadid on sageli kasulikud suspensioonide käitlemisel. Plaat peab vastu pidama valitud ultraheliga töötlemise tingimustele, proovi temperatuurile ja tsentrifuugimisetappidele.
Kuidas ma tean, kas pärmi lüüs on lõpule viidud?
Lüüsi efektiivsust saab kontrollida mikroskoobi abil, valgu saagise, ensüümi aktiivsuse, viskoossuse vähenemise, SDS-PAGE analüüsi, DNA/RNA saagise või võrdluse teel teadaoleva lüüsimeetodiga. Meetodi väljatöötamisel tuleb hinnata nii vabanenud sihtmolekuli saagist kui ka kvaliteeti.
UIP400MTP või UIP550MTP: millise mikroplaadi ultraheli-seadme peaksite valima?
UIP400MTP on võimas mikroplaadi ultraheliseade proovide rutiinseks suure läbilaskevõimega ettevalmistamiseks, sealhulgas pärmi lüüsimiseks, valkude ekstraheerimiseks, DNA tükeldamiseks, biofilmi eemaldamiseks ja analüüside ettevalmistamiseks. Seade sobib laboritele, kus on vaja standardformaadis plaatidel teostada korratavat ultrahelitöötlust.
Seade UIP550MTP pakub suuremat ultrahelivõimsust ja seda soovitatakse kasutada nõudlikumate rakenduste puhul, kus on vaja suuremat akustilist intensiivsust, lühemaid töötlemisaegu, suuremaid proovikoguseid või jõulisemaid purustamistingimusi. Pärmi lüüsi puhul on seade UIP550MTP eriti kasulik tiheda biomassi, raskesti töödeldavate tüvede, suuremate töömahude ja suure läbilaskevõimega ekspressiooni sõelumise korral.
Kas pärmi lüüsimist mikroplaadi ultrahelitöötlemise abil on võimalik automatiseerida?
Jah. Mikroplaadil põhinev ultrahelitöötlus sobib hästi automatiseeritud laboritöövoogudesse, kuna proovid jäävad plaadile. See võimaldab integreerimist pipeteerimissüsteemidega, plaadikäitlemisega, tsentrifuugimisega, analüüside ettevalmistamisega ja suure läbilaskevõimega sõelumise töövoogudega.
Kirjandus / Viited
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP550MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics 2024.
