Pärmirakkude lüüs mikroplaatidel kõrge intensiivsusega ultraheli töötlusega
Mikrobioloogid ja bioteaduste teadlased, kes töötavad pärmiliikidega Saccharomyces cerevisiae, Pichia pastoris / Komagataella phaffii, ning muude pärmisüsteemidega, tunnevad seda väljakutset: pärmirakud on vastupidavad, reprodutseeritav lüüs võib olla keeruline ning proovide käsitsi lõhkumine muutub kiiresti kitsaskohaks, kui tuleb sõeluda paljusid tüvesid, kloone, kultiveerimistingimusi või ekspressioonikonstrukte.
Suure läbilaskevõimega pärmilüüs mikrobioloogias, molekulaarbioloogias ja valguanalüütikas
Hielscheri mikroplaadi sonikaatorid, näiteks UIP400MTP (400 W) ja UIP550MTP (550 W), pakuvad suure läbilaskevõimega lahenduse pärmirakkude mehaaniliseks lüüsiks otse mikroplaatidel. Proovide ükshaaval töötlemise asemel sondiga saab terveid mikroplaate sonikeerida ühtlastes tingimustes. See muudab ultraheli abil toimuva pärmilüüsi kiiremaks, paremini reprodutseeritavaks ja lihtsamini integreeritavaks tänapäevastesse mikrobioloogia-, valguekspressiooni-, ensüümide sõeluuringu- ja omics-töövoogudesse.
Olenemata sellest, kas peate vabastama rekombinantseid valke P. pastoris’est, valmistama pärmilüsaate ensüümanalüüsideks, lõhkuma S. cerevisiae’d valguanalüüsiks või sõeluma paralleelselt kümneid pärmikloone, pakuvad Hielscheri mikroplaadi sonikaatorid võimsat kavitatsioonil põhinevat rakkude lõhkumist täpse protsessijuhtimisega.
Vajate S. cerevisiae, P. pastoris või muude pärmitüvede reprodutseeritavat lüüsi mikroplaatidel? Öelge meile oma plaadiformaat, proovi maht, rakutihedus ja sihtanalüüt. Aitame teil määrata sobivad sonikeerimisparameetrid teie UIP400MTP või UIP550MTP töövoo jaoks.
Hielscheri mitmekordse süvendiga plaadi sonikaator pärmilüüsiks – proovide ettevalmistus suure läbilaskevõimega
Miks pärmirakud vajavad tõhusat mehaanilist lüüsi
Pärmirakke on raskem lüüsida kui paljusid bakteri- või imetajarakke, sest neid kaitseb jäik rakusein, mis koosneb peamiselt polüsahhariididest, glükaanidest, mannoproteiinidest ja kitiinist. See rakusein tagab mehaanilise stabiilsuse, kuid piirab ka rakusiseste valkude, nukleiinhapete, metaboliitide ja ensüümide vabanemist.
Tavapärased pärmilüüsi meetodid hõlmavad helmestega jahvatamist, ensümaatilist lagundamist, külmutamise-sulatamise tsükleid, keemilist lüüsi ja sondtüüpi sonikeerimist. Need meetodid võivad olla tõhusad, kuid neil on ka piiranguid. Helmestega jahvatamine võib tekitada prahti ja soojenemist, ensümaatiline lagundamine võib suurendada kulusid ja varieeruvust ning üksikproovide sondsonikeerimine on aeganõudev, kui tuleb töödelda suurt hulka proove.
Kõrge intensiivsusega fokuseeritud ultraheli kavitatsioon ületab need piirangud, rakendades pärmisuspensioonile intensiivseid mehaanilisi nihkejõude, rõhukõikumisi ja mikrovoolusid. Tulemuseks on rakuseinte ja membraanide kiire lõhkumine, parem rakusisese sisu vabanemine ning väga hästi reprodutseeritav proovide ettevalmistus plaadiformaadis.
Mikroplaadi sonikeerimine pärmiproovide paralleelseks ettevalmistuseks
Hielscher UIP400MTP ja UIP550MTP on mõeldud mikroplaatide, mitmekordse süvendiga plaatide, PCR-plaatide ja sobivate proovialuste ühtlaseks sonikeerimiseks. Erinevalt sondsonikeerimisest ei pea proove töötlema ükshaaval. Kogu plaat puutub kokku kontrollitud ultraheli energiaga, mistõttu sobib töövoog väga hästi proovide paralleelseks töötlemiseks.
See on eriti kasulik järgmistel juhtudel:
- Sõelumine S. cerevisiae mutante või ekspressioonitüvesid
- Lüüsimine P. pastoris / K. phaffii kloonidel pärast rekombinantse valgu ekspressiooni
- Pärmilüsaatide ettevalmistus ensüümanalüüsideks
- Valkude ekstraktsioon SDS-PAGE, Western blot’i, ELISA, LC-MS/MS või aktiivsuse testimise jaoks
- Rakusiseste metaboliitide vabastamine metaboomikaks
- DNA ja RNA proovide ettevalmistus pärast sobivat järgnevat puhastamist
- Lüüsipuhvrite, lisandite ja ekstraktsioonitingimuste suure läbilaskevõimega optimeerimine
Kuidas ultraheli kavitatsioon pärmirakke lõhub
Ultraheli töötluse (sonikeerimise) ajal tekitab fokuseeritud suure võimsusega ultraheli vedelas proovis vahelduvaid kokkusurumis- ja hõrenemistsükleid. Piisava intensiivsuse korral tekitavad need rõhukõikumised akustilise kavitatsiooni. Kavitatsioonimullid tekivad, võnguvad ja kollabeeruvad, põhjustades lokaalseid nihkejõude, mikrojoasid, turbulentsi ja tugevaid rõhugradiente.
Värskendusrakkude suspensioonides nõrgestavad ja rebestavad need mehaanilised toimed rakuseina ja rakumembraani. Rakusisesed valgud, ensüümid, nukleiinhapped ja metaboliidid vabanevad lüüsipuhvrisse. Kuna protsess on mehaaniline, saab seda kasutada paljude erinevate puhversüsteemidega ning kombineerida proteaasi inhibiitorite, redutseerivate ainete, detergentide, soolade või leebe ensümaatilise eeltöötlusega.
Üldprotokoll: pärmirakkude lüüs mikroplaatidel
Järgnev protokoll annab praktilise lähtepunkti pärmi lüüsiks Hielscheri mikroplaadi sonikaatoriga UIP400MTP või UIP550MTP. Parameetreid tuleks optimeerida vastavalt pärmitüvele, rakutihedusele, sihtmolekulile, puhvri koostisele, plaadi tüübile ja järgnevale analüüsile.
1. Pärmirakkude kogumine ja pesemine
Kasvatage Saccharomyces’e, Pichia, Hansenula, Debaryomyces’e või mõnda muud pärmitüve soovitud kultiveerimistingimustes. Koguge rakud tsentrifuugimisega ja eemaldage kultuurisööde. Peske sadet külma destilleeritud vee, PBS-i või valitud lüüsipuhvriga, et eemaldada järelejäänud söötme komponendid, mis võivad järgnevat analüüsi segada.
Valgu ekstraheerimiseks hoidke proovid külmana ja töötage kiiresti. Kui proteaasid on probleemiks, jahutage kõik puhvrid ja kulumaterjalid eelnevalt.
2. Rakusette resuspendeerimine
Resuspendeerige pärmisade sobivas külmas lüüsipuhvris. Tõhusaks valgu vabastamiseks on sageli kasulik suur rakutihedus. Lähtepunktina kasutage ligikaudu 10–20% w/v märga rakusadet või tihedat suspensiooni, mis vastab OD600 > 10, sõltuvalt analüüsist.
Tüüpiline pärmi valgu lüüsipuhver võib sisaldada:
- puhversüsteemi, näiteks Tris-HCl, fosfaatpuhver või HEPES
- soola, näiteks NaCl või KCl
- proteaasi inhibiitorite segu
- valikuliselt redutseerivat ainet, näiteks DTT või β-merkaptoetanool
- valikuliselt detergenti, näiteks Triton X-100, NP-40, SDS või CHAPS, sõltuvalt järgneva analüüsi ühilduvusest
- valikuliselt fosfataasi inhibiitoreid fosforüülimisuuringute jaoks
Raskesti lüüsitavate pärmitüvede puhul või väga leebe valgu ekstraheerimise korral võib enne ultraheli töötlust kasutada lühikest eeltöötlust Zymolyase’i, Lyticase’i või mõne muu rakuseina lagundava ensüümiga. See ensümaatiline eeltöötlus on valikuline, kuid võib parandada lüüsi tõhusust või vähendada vajalikku ultraheli intensiivsust.
3. Proovide ülekandmine sobivale mikroplaadile
Doseerige pärmisuspensioon ultraheli töötlusega ühilduvale mikroplaadile. Sageli eelistatakse ümara põhjaga plaate, sest need parandavad proovi kogumist ja vähendavad surnud tsoone. Reprodutseeritavuse parandamiseks kasutage kõikides süvendites võrdseid proovi mahtusid.
Sulgege plaat sobiva tihendusmati või -kilega, et vältida aurustumist, aerosooli teket ja ristsaastumist. Veenduge, et tihend sobib valitud temperatuuri ja ultraheli töötluse tingimustega.
Tüüpilised töömahud sõltuvad plaadi formaadist ja rakendusest. Levinud formaadid on 96-süvendilised plaadid, sügavate süvenditega plaadid, PCR-plaadid või sobivad katseklaasialused.
4. Jahutuse seadistamine
Pärmi lüüs nõuab suurt ultraheli intensiivsust ja mehaaniline desintegreerimine tekitab soojust. Temperatuuri kontroll on seetõttu kriitilise tähtsusega, eriti valgu-, ensüümi-, RNA- või fosforüülimisanalüüsi puhul.
Kasutage sobivat jahutusstrateegiat, näiteks:
- eelnevalt jahutatud lüüsipuhver
- eelnevalt jahutatud mikroplaadid
- jahutuspausid ultraheli töötluse intervallide vahel
- ultraheli töötlusplatvormi väline jahutus, kui see on kohaldatav
Eesmärk on hoida proov piisavalt külmana, et vältida valgu denatureerumist, ensüümi inaktiveerumist, RNA lagunemist ja kuumusest tingitud proovide varieeruvust.
5. Pärmisuspensiooni ultraheli töötlus
Asetage suletud plaat Hielscheri mikroplaatide sonikaatorisse UIP400MTP või UIP550MTP ja valige pulseeriv ultraheli töötluse programm. Pulseerimine on soovitatav, kuna see võimaldab mehaanilist lõhkumist ON-faasides ja soojuse hajumist OFF-faasides.
Algparameetritena pärmirakkude lüüsimiseks:
| Parameeter | Soovitatav algvahemik | Eesmärk |
|---|---|---|
| Amplituud | 60–100% | Kõrge kavitatsiooni intensiivsus vastupidavate pärmirakkude jaoks |
| Pulsirežiim | 10–30 sek ON / 30–60 sek OFF | Tõhus lüüs kontrollitud soojuse kogunemisega |
| Kumulatiivne ON-aeg | 5–15 min | Kohandage vastavalt tüvele, tihedusele ja sihtmolekulile |
| Temperatuur | Hoidke proovid külmana | Kaitseb valke, ensüüme, RNA-d ja metaboliite |
| Plaadi tihendamine | Soovitatav | Hoiab ära aurumise, aerosooli teket ja ristsaastumise |
Väga vastupidavate pärmisuspensioonide, tiheda P. pastoris’e biomassi või keerulise rekombinantvalgu ekstraheerimise korral suurendage kumulatiivset ON-aega järk-järgult. Kuumustundlike valkude või ensüümianalüüside puhul kasutage lühemaid pulsse, pikemaid jahutuspause ja madalamat algamplituudi.
Suure läbilaskevõimega pärmirakkude lüüs mitmekoopaplaatidel seadmega UIP400MTP
6. Lüsaadi selitamine
Pärast ultraheli töötlust tsentrifuugige mikroplaat või kandke proovid tsentrifuugimiseks katsutitesse. Eemaldage rakujäägid tsentrifuugimisega sobival kiirusel ja temperatuuril. Koguge supernatant edasiseks analüüsiks.
Sõltuvalt rakendusest võib lüsaati kasutada järgmiseks:
- valgu kvantifitseerimine
- ensüümi aktiivsuse analüüsid
- SDS-PAGE ja Western blot
- ELISA ja immuunanalüüsid
- LC-MS/MS proteoomika
- metaboliitide analüüs
- DNA või RNA puhastamine
7. Optimeerige ja dokumenteerige meetod
Reprodutseeritava pärmirakkude lüüsi tagamiseks dokumenteerige kõik olulised parameetrid, sealhulgas tüvi, kasvatustingimused, OD600, märja raku mass, puhvri koostis, plaadi tüüp, proovi maht, amplituud, pulsitsükkel, kumulatiivne ON-aeg, jahutusmeetod ja proovi lõpptemperatuur.
Kui Hielscheri sonikaator on varustatud automaatse andmete salvestamisega, saab protsessiandmeid kasutada dokumenteerimiseks, meetodi arendamiseks, mastaabi suurendamiseks ja kvaliteedikontrolliks.
Pärmirakkude lüüsi optimeerimise näpunäited
Maksimaalse valgu vabanemise saavutamiseks kasutage tihedaid pärmisuspensioone, kõrget ultraheli intensiivsust ja piisavat kumulatiivset ON-aega. Tundlike valkude puhul vähendage amplituudi, pikendage jahutuspause ja hoidke plaati kogu töötluse vältel külmana.
Kui lüüs on mittetäielik, pikendage ultraheli töötluse aega järk-järgult, katsetage ensümaatilist eeltöötlust, vähendage proovi viskoossust või optimeerige puhvrit. Kui valgud lagunevad või kaotavad aktiivsuse, parandage jahutust, lühendage ON-intervalle, lisage inhibiitoreid ja kontrollige, et detergendisüsteem sobib sihtvalguga.
Kuna pärmitüved erinevad oluliselt rakuseina struktuuri, kasvufaasi, ekspressioonisüsteemi ja biomassi tiheduse poolest, on soovitatav lühike optimeerimismaatriks. Näiteks katsetage kolme amplituudi, kahte pulsitsüklit ja kahte kogu ON-aega ning hinnake seejärel lüüsi tõhusust ja valgu terviklikkust.
Olenemata sellest, kas töötlete mõnda analüüsiplaati või viite läbi suure läbilaskevõimega pärmiskriininguid, aitab Hielscher teil valida sobiva mikroplaatide sonikaatori ja töötada välja töökindla lüüsiprotokolli. Võtke meiega ühendust, teatades oma pärmitüve, töövoo ja läbilaskevõime nõuded!
Hielscheri mikroplaatide sonikaatorite eelised pärmirakkude lüüsil
Hielscheri mikroplaatide sonikaatorid sobivad ideaalselt laboritele, kus on vaja reprodutseeritavat lüüsi paljude proovide puhul. Need kaotavad sondiga ultraheli töötluse aeglase ühe proovi korraga käsitsemise ning vähendavad varieeruvust, mida põhjustavad sondi käsitsi positsioneerimine, sukeldussügavus ja proovide vahelised käsitsemiserinevused.
Peamised eelised:
- Suure läbilaskevõimega töötlus: Sonikeerige paljusid pärmiproove paralleelselt mikroplaatides või ühilduvates proovialustes.
- Reprodutseeritavad tingimused: Samad ultraheli töötluse tingimused kõigis koobastes ühtlaste ja võrreldavate lüüsitulemuste saamiseks.
- Sondi ristsaastumist ei esine: Proovid püsivad ultraheli töötluse ajal suletuna, mis vähendab ülekannet ja puhastusetappe.
- Sobib vastupidavatele rakkudele: Suure intensiivsusega ultraheli toetab pärmirakkude rakuseinte lõhkumist.
- Tõhus töövoog: Ideaalne tüvede, kloonide, ekspressioonitingimuste ja lüüsipuhvrite sõeluuringuks.
- Tõhus töövoog: Programmeeritavad seaded, automaatne andmete logimine ja sobivus laboriautomaatikaga.
Rakendused pärmibiotehnoloogias ja bioteaduslikes uuringutes
Pärmi ultraheli lüüs mikroplaatidel toetab paljusid uurimis- ja sõeluuringu töövooge. Rekombinantse valgu ekspressiooni korral saab P. pastoris’e ja S. cerevisiae kloone lüüsida paralleelselt, et võrrelda ekspressioonitaset või ensüümide aktiivsust. Süsteemibioloogias ja omikas parandab standardiseeritud lüüs tingimuste vahelist võrreldavust. Mikrobioloogias toetab ultraheli töötlus (sonikeerimine) lüsaatide kiiret ettevalmistamist mitmest tüvest, söötmetingimusest või stressitöötlusest.
Tüüpilised rakendusvaldkonnad on järgmised:
- pärmi valkude ekstraheerimine
- rekombinantsete valkude sõeluuring
- ensüümide aktiivsuse sõeluuring
- kloonide valik pärast transformatsiooni
- fermentatsiooni optimeerimine
- proteoomika proovide ettevalmistus
- metaboloomika proovide ettevalmistus
- rakuseina lõhkumise uuringud
- suure läbilaskevõimega mikrobioloogilised analüüsid
Usaldusväärne pärmi lüüs algab kontrollitud ultraheli töötlusest
Pärmi lüüs võib proovide arvu kasvades olla keeruline, kuid Hielscheri mikroplaadi sonikaatorid muudavad protsessi kiiremaks, puhtamaks ja paremini reprodutseeritavaks. UIP400MTP ja UIP550MTP võimaldavad teadlastel töödelda terveid plaate määratletud ultraheli tingimustes, suurendades läbilaskevõimet ja vähendades käsitsi käsitsemist.
Mikrobioloogidele, molekulaarbioloogidele, valguteadlastele ja biotehnoloogialaboritele on mikroplaadi ultraheli töötlus võimas vahend pärmi rakusiseste komponentide tõhusaks ja reprodutseeritavaks vabastamiseks.
Korduma kippuvad küsimused pärmirakkude lüüsi kohta mikroplaadi ultraheli töötlusega
Kas pärmirakke saab lüüsida ultraheli töötlusega?
Jah. Pärmirakke, näiteks Saccharomyces cerevisiae ja Pichia pastoris, saab lüüsida suure intensiivsusega ultraheli töötlusega. Ultraheli kavitatsioon tekitab tugevaid mehaanilisi nihkejõude, mis lõhuvad pärmi rakuseina ja membraani ning vabastavad valke, ensüüme, nukleiinhappeid ja metaboliite.
Miks on pärmirakke raskem lüüsida kui bakterirakke?
Pärmirakkudel on paks ja mehaaniliselt vastupidav rakusein, mis koosneb peamiselt glükaanidest, mannoproteiinidest ja kitiinist. See jäik struktuur muudab pärmi lõhkumise keerulisemaks kui paljude bakteri- või imetajarakkude oma. Seetõttu nõuab pärmi lüüs tavaliselt suuremat intensiivsust, pikemat töötlust või valikulist ensümaatilist eeltöötlust.
Millised Hielscheri sonikaatorid sobivad pärmi lüüsiks mikroplaatidel?
Hielscher UIP400MTP ja UIP550MTP sobivad suure läbilaskevõimega pärmi lüüsiks mikroplaatidel. UIP400MTP sobib ideaalselt rutiinseks paralleelseks proovide ettevalmistuseks, samas kui UIP550MTP pakub suuremat ultraheli võimsust nõudlike lüüsiülesannete, tihedate suspensioonide ja vastupidavate pärmitüvede jaoks.
Kas Pichia pastoris’e saab mikroplaadi sonikaatoris lüsaadiks lõhkuda?
Jah. Pichia pastoris’t, tuntud ka kui Komagataella phaffii, saab lüüsida suure intensiivsusega mikroplaadi ultraheli töötlusega. Kuna P. pastoris võib moodustada tihedat biomassi ja tal on vastupidav rakusein, on soovitatav optimeerida amplituudi, impulsstsüklit, jahutust ja kogu ultraheli töötluse aega.
Millised on pärmi lüüsi tüüpilised ultraheli töötluse parameetrid?
Kasulik algusvahemik on 50–80% amplituud, impulssrežiim, näiteks 10–30 sekundit ON ja 30–60 sekundit OFF, ning 5–15 minutit kumulatiivset ON-aega. Täpsed parameetrid sõltuvad pärmitüvest, rakutihedusest, proovi mahust, plaadi tüübist, puhvrist ja sihtmolekulist.
Miks tuleks pärmi lüüsi teostada impulssrežiimis?
Impulssrežiim vähendab ultraheli töötluse ajal soojuse kogunemist. ON-faasi ajal lõhub ultraheli kavitatsioon rakke. OFF-faasi ajal saab proov jahtuda. See on oluline, sest liigne kuumus võib denatureerida valke, vähendada ensüümide aktiivsust, lagundada RNA-d ja kahjustada reprodutseeritavust.
Kas enne pärmirakkude ultraheli töötlust on vajalik ensümaatiline eeltöötlus?
Ensümaatiline eeltöötlus ei ole alati vajalik, kuid see võib parandada lüüsi efektiivsust. Ensüümid, nagu Zymolyase või Lyticase, lagundavad pärmirakuseina osaliselt ja võivad vähendada täieliku lüüsi jaoks vajalikku ultraheli intensiivsust või aega. See võib olla kasulik tundlike valkude või raskesti töödeldavate tüvede puhul.
Kuidas vältida ülekuumenemist pärmide sonikeerimisel?
Kasutage eelnevalt jahutatud puhvreid, impulssrežiimi, jahutuspause ja jahutatud plaadiseadistust. Hoidke mikroplaat suletuna ning jälgige võimaluse korral temperatuuri. Tundlike valkude puhul kasutage lühemaid ON-intervalle, pikemaid OFF-intervalle ning töödelge proove külmades tingimustes.
Kas mikroplaadi sonikeerimine võib pärmide lüüsimisel asendada kuulveskiga (bead beating) lõhkumist?
Paljudes töövoogudes küll. Mikroplaadi sonikeerimine võib asendada kuulveskiga lõhkumist (bead beating), kui on vaja puhast, reprodutseeritavat ja paralleelset lüüsi. See välistab kuulikeste käsitsemise, vähendab kulumaterjalidega seotud keerukust ja lihtsustab automatiseerimist. Siiski tuleks iga rakendus valideerida, võrreldes lüüsi saagist, valkude terviklikkust ja analüüsi toimivust.
Kas mikroplaadi sonikeerimine sobib valkude ekstraheerimiseks pärmist?
Jah. Mikroplaadi sonikeerimine sobib hästi valkude ekstraheerimiseks pärmist, eriti kui tuleb võrrelda paljusid kloone või kultiveerimistingimusi. Proteaasi inhibiitorid, külmad puhvrid ja kontrollitud impulsiseadistused aitavad säilitada valgu kvaliteeti.
Kas sama meetodit saab kasutada DNA, RNA ja valkude ekstraheerimiseks?
Kasutada saab sama sonikeerimise põhiprintsiipi, kuid puhvrit ja protsessitingimusi tuleks kohandada sihtmolekuli järgi. Valgu töövood nõuavad proteaaside inhibeerimist ja temperatuuri kontrolli. RNA töövood nõuavad RNaasivaba käsitsemist ja tugevat jahutust. DNA töövood võivad nõuda erinevaid lüüsi- ja puhastustingimusi sõltuvalt sellest, kas soovitakse terviklikku genoomset DNA-d või fragmenteeritud DNA-d.
Millist tüüpi plaati tuleks pärmide lüüsimiseks kasutada?
Kasutage sonikeerimiseks sobivat mikroplaati või sügavkaevuga plaati koos sobiva sulgemisega. Ümara põhjaga plaadid on suspensioonide käsitsemisel sageli kasulikud. Plaat peaks taluma valitud sonikeerimistingimusi, proovi temperatuuri ja tsentrifuugimisetappe.
Kuidas teada saada, kas pärmide lüüs on täielik?
Lüüsi efektiivsust saab kontrollida mikroskoopia, valgusaagise, ensüümi aktiivsuse, viskoossuse languse, SDS-PAGE analüüsi, DNA/RNA saagise või tuntud lüüsimeetodiga võrdlemise teel. Meetodi arendamisel hinnake nii vabanenud sihtmolekuli saagist kui ka kvaliteeti.
UIP400MTP või UIP550MTP: millise mikroplaadi sonikaatori peaksite valima?
UIP400MTP on võimas mikroplaadi sonikaator igapäevaseks suure läbilaskevõimega proovide ettevalmistamiseks, sealhulgas pärmide lüüsiks, valkude ekstraheerimiseks, DNA nihkelõhkumiseks, biokile eraldamiseks ja analüüsi ettevalmistamiseks. See sobib laboritele, kus on vaja reprodutseeritavat sonikeerimist standardsetes plaadivormingutes.
UIP550MTP pakub suuremat ultraheli võimsust ja seda soovitatakse siis, kui nõudlikumad rakendused vajavad tugevamat akustilist intensiivsust, lühemaid töötlusaegu, suuremaid proovikoormusi või jõulisemaid desintegreerimistingimusi. Pärmide lüüsiks on UIP550MTP eriti kasulik tiheda biomassi, raskesti töödeldavate tüvede, suuremate töömahtude ja suure läbilaskevõimega ekspressiooniskriininguks.
Kas pärmide lüüsi mikroplaadi sonikeerimisega saab automatiseerida?
Jah. Mikroplaadil põhinev sonikeerimine sobib hästi automatiseeritud laboritöövoogudele, kuna proovid jäävad plaadivormingusse. See toetab integreerimist pipeteerimissüsteemide, plaatide käsitsemise, tsentrifuugimise, analüüsi ettevalmistamise ja suure läbilaskevõimega skriininguga töövoogudega.
Kirjandus / viited
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP550MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics 2024.
