Υπερηχητικός κατακερματισμός DNA για αλληλουχία επόμενης γενιάς
Η αλληλουχία επόμενης γενιάς (NGS) απαιτεί την αξιόπιστη διάτμηση και κατακερματισμό του γονιδιωματικών DNA προκειμένου να αλληλουχίες γονιδιωματικών σκελών DNA και να δημιουργηθούν βιβλιοθήκες γονιδιώματος. Ο ελεγχόμενος κατακερματισμός του DNA σε θραύσματα DNA είναι ένα απαραίτητο βήμα προετοιμασίας δείγματος που απαιτείται πριν από την αλληλουχία του DNA. Υπερήχους αποδεικνύεται ως αποτελεσματική και αξιόπιστη τεχνική για τον κατακερματισμό του DNA ορισμένων μήκους. Τα πρωτόκολλα υπερήχων κατακερματισμού DNA επιτυγχάνουν αναπαραγώγιμα αποτελέσματα κατακερματισμού. Hielscher υπερήχων είναι σε θέση να παράγουν ένα ευρύ φάσμα των διανυσματικών κατανομών μεγέθους θραυσμάτων DNA, με ακρίβεια ελέγχεται μέσω των παραμέτρων λειτουργίας. Δεδομένου ότι hielscher υπερήχων DNA διάτμηση συστήματα είναι διαθέσιμα για ενιαία και πολλαπλά φιαλίδια, καθώς και για μικροπλακέτες, η προετοιμασία του δείγματος γίνεται ιδιαίτερα αποτελεσματική.
Ηλεκτροφορητική ανάλυση γονιδιακού DNA της E. coli EDL933 υποβλήθηκε 0 - 15 λεπτά με υπερήχους. L υποδεικνύει τη σκάλα DNA. (Basselet et al. 2008)
- επαναλαμβανόμενα / αναπαραγώγιμα αποτελέσματα
- ακριβώς διευθετήσιμο για να λάβει ορισμένο μήκος θραυσμάτων
- ταχεία επεξεργασία
- συνεπή αποτελέσματα κατακερματισμού DNA
- συσκευές για τυχόν όγκους δείγματος (π.χ. πολλαπλά φιαλίδια ή μικροπλακέτες)
- υψηλή απόδοση
- ακριβής έλεγχος θερμοκρασίας
- απλή, φιλική προς το χρήστη λειτουργία
Αλληλουχία επόμενης γενιάς: Υπερηχητικός κατακερματισμός DNA για προετοιμασία βιβλιοθήκης
Για τη διεξαγωγή αλληλουχίας επόμενης γενιάς, πρέπει να πραγματοποιηθούν τα τρία βασικά στάδια (1) προετοιμασίας βιβλιοθήκης, (2) αλληλουχίας και (3) ανάλυσης δεδομένων. Κατά τη διάρκεια της προετοιμασίας της βιβλιοθήκης, το DNA είναι κατακερματισμένο, στη συνέχεια τα άκρα του θραύσματος επιδιορθώνονται (γυαλίζονται) με την προσθήκη μιας ενιαίας βάσης αδενίνης και τα θραύσματα-στόχοι μετατρέπονται σε διπλό λανθάνον DNA. Τέλος, οι λεγόμενοι προσαρμογείς συνδέονται με απολίνωση, PCR ή σήμανση, έτσι ώστε το τελικό προϊόν DNA βιβλιοθήκης να μπορεί να ποσοτικιστεί για αλληλουχία.
Κατακερματισμός DNA με κατεργασία με υπερήχους: Ειδικά όταν οι τεχνολογίες αλληλουχίας βραχείας ανάγνωσης όπως το Illumina, οι οποίες δεν μπορούν να διαβάσουν μακρύτερα θραύσματα DNA εύκολα, οι στάσεις DNA πρέπει να κατακερματιστούν σε ένα ορισμένο μέγεθος που μπορεί να επιτευχθεί αξιόπιστα με υπερήχους.
Υπερήχους μπορεί να χρησιμοποιηθεί αξιόπιστα για DNA, RNA και χρωματίνη κατακερματισμό.
Πώς λειτουργεί ο υπερηχητικός κατακερματισμός του DNA;
Κατεργασία με υπερήχους, επίσης γνωστή ως ακουστική επεξεργασία δείγματος, είναι μια ευρέως χρησιμοποιούμενη μέθοδος για τον κατακερματισμό του DNA. Για υπερηχητική διάτμηση DNA, τα δείγματα εκτίθενται σε υπερηχητικά κύματα υπό ελεγχόμενη κατάσταση. Η αρχή εργασίας του υπερήχων κατακερματισμού του DNA βασίζεται στις δονήσεις και σπηλαίωση που παράγουν τα κύματα υπερήχων. Οι δυνάμεις διάτμησης που προκύπτουν από υπερήχων (ακουστική) σπηλαίωση σπάνε μόρια DNA υψηλού μοριακού βάρους. Η ρύθμιση της κατεργασίας με υπερήχους όπως η ένταση (πλάτος, διάρκεια), ο τρόπος παλμικής και η θερμοκρασία επιτρέπουν τον ακριβή κατακερματισμό του DNA σε ένα ορισμένο επιθυμητό μήκος των θραυσμάτων DNA. Ενώ το DNA συχνά μειώνεται σε 100 έως 600 bp χρησιμοποιώντας υπερήχους, μακρύτερα θραύσματα DNA μέχρι 1300 bp μπορούν να ληφθούν όταν εφαρμόζονται ηπιότερες υπερηχητικές συνθήκες.
Υπερηχητική διάτμηση DNA κατά τη διάρκεια του ChIP – χρωματίνης ανοσοκατακρήμνιση
Προσαρμοσμένο από Jkwchui κάτω από CC-BY-SA.03
Έλεγχος θερμοκρασίας για την πρόληψη της υποβάθμισης του DNA
Το διπλά λανθάνον μοριακό σχήμα του DNA είναι ιδιαίτερα ευαίσθητο σε αυξημένες θερμοκρασίες, έτσι ώστε ο ακριβής έλεγχος της θερμοκρασίας κατά τη διάρκεια των βημάτων προετοιμασίας του δείγματος να είναι ένας κρίσιμος παράγοντας για αξιόπιστα αποτελέσματα ανάλυσης.
Είτε χρησιμοποιείτε υπερήχους καθετήρα Hielscher, το VialTweeter ή το UIP400MTP – η συνεχής παρακολούθηση και έλεγχος της θερμοκρασίας εξασφαλίζεται λόγω ενός αισθητήρα θερμοκρασίας και του λογισμικού έξυπνης συσκευής. Για να διατηρήσετε τη θερμοκρασία μέσα σε ένα συγκεκριμένο εύρος, μπορείτε να ορίσετε ένα ανώτερο και χαμηλότερο όριο θερμοκρασίας. Κατά συνέπεια, ο υπερηχητικός θα σταματήσει μόλις ξεπεραστεί αυτό το όριο θερμοκρασίας και αυτόματα θα συνεχίσει να υπερήχων όταν η θερμοκρασία έχει μειωθεί κατά ένα σύνολο ∆T.
Το εξελιγμένο λογισμικό των υπερήχων Hielscher εξασφαλίζει την αξιόπιστη διατήρηση των ιδανικών συνθηκών επεξεργασίας δείγματος.
Μαζικός κατακερματισμός DNA δειγμάτων με τον υπερηχητικό πλάκας πολλαπλών φρεγατών UIP400MTP
Ο αριθμός των δειγμάτων στην επιστήμη της ζωής έχει αυξηθεί σημαντικά κατά την τελευταία δεκαετία. Αυτό σημαίνει ότι πολύ μεγάλος αριθμός δειγμάτων (π.χ. 384, 1536 ή 3456 πηγάδια ανά μικροπλάτη) πρέπει να υποβάλλονται σε επεξεργασία κατά την προετοιμασία και την ανάλυση του δείγματος υπό σταθερά ίσους όρους, προκειμένου να επιτευχθούν συγκρίσιμα και έγκυρα αποτελέσματα. Με το UIP400MTP, Hielscher Υπερήχους ακολουθεί την τάση της μαζικής επεξεργασίας δειγμάτων. Το UIP400MTP είναι υπερηχητικό για την προετοιμασία του δείγματος χρησιμοποιώντας μικροπιστώσεις. Το UIP400MTP μπορεί να επεξεργαστεί πλάκες με πηγάδια 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 ή 3456. Ανάλογα με τον τύπο μικροπλακών, κάθε πηγάδι μπορεί συνήθως να χωρέσει όγκους δείγματος μεταξύ δεκάδων νανολίτρων σε πολλά χιλιοστόλιτρα. Ευρέως χρησιμοποιημένος στην έρευνα επιστήμης ζωής, το UIP400MTP χρησιμοποιείται πολύ συχνά για την προετοιμασία δειγμάτων πριν από τις δοκιμασίες όπως ELISA (ενζυμική-συνδεδεμένη ανοσοσορβική δοκιμασία) ή PCR, πριν από την πρωτεϊνική ανάλυση, καθώς επίσης και για την προετοιμασία χρωματίνης πριν από CHiP και CHiP-seq, προσδιορισμός τροποποίησης histone, και άλλες αναλυτικές επεξεργασίες (π.χ. ηλεκτροφόρηση πηκτωμάτων, φασματομετρία μάζας).
Το vialTweeter για το δείγμα praparation μέχρι 10 φιαλίδια
Το VialTweeter είναι ένα ευρέως χρησιμοποιούμενο εργαστήριο υπερήχων VialTweeter που επιτρέπει την αποτελεσματική και άνετη κατεργασία με υπερήχους έως και 10 φιαλίδια ταυτόχρονα. Δεδομένου ότι τα φιαλίδια και οι δοκιμαστικοί σωλήνες (π.χ. φιαλίδια Eppendorf, φιαλίδια κρυογονικής, σωλήνες φυγοκέντρησης) υπερήχων έμμεσα, αποφεύγεται οποιαδήποτε διασταυρούμενη μόλυνση. Καθώς η ίδια ένταση υπερήχων παραδίδεται σε κάθε δείγμα, όλα τα αποτελέσματα κατεργασίας με υπερήχους είναι ομοιογενή και αναπαραγώγιμα. Το VialTweeter προσφέρει όλα τα έξυπνα χαρακτηριστικά όπως και οι άλλες ψηφιακές συσκευές μας (π.χ. έξυπνο μενού, προγραμματιστήριες ρυθμίσεις, έλεγχος θερμοκρασίας, τηλεχειριστήριο κ.λπ.) έτσι ώστε να εξασφαλίζεται η υψηλότερη άνεση χρήστη.
Ανιχνευτές πολλαπλών δακτύλων για πλάκες Microwell
Διαθέσιμο για τους ομογενοποιητές υπερήχων UP200Ht και UP200St, οι ανιχνευτές πολλαπλών δακτύλων με 4 ή 8 δάχτυλα είναι μια άνετη επιλογή για την κατεργασία με υπερήχους πολλαπλού δείγματος ταυτόχρονα υπό τις ίδιες συνθήκες. Για παράδειγμα, το sonotrode MTP-24-8-96 είναι ένας αισθητήρας οκτώ δακτύλων, ο οποίος είναι ιδανικός για την ενσωμάτωση σε αυτοματοποιημένα συστήματα ή την αποτελεσματική χειροκίνητη προετοιμασία δείγματος των φρεαμάτων των πολυλειτουργικών πλακών. Η sonotrode πολλαπλών δακτύλων είναι ιδανική για αυτοματοποιημένα εργαστήρια, όπου επεξεργάζονται κυρίως ράμφη και δοκιμαστικούς σωλήνες χρησιμοποιώντας μια τυπική υπερηχητική sonotrode. Το multi-finger και οι τυποποιημένοι ανιχνευτές μπορούν να αλλάξουν γρήγορα μέσα σε λίγα λεπτά μετατρέποντας τον υπερηχητικό καθετήρα σε υπερηχητικό διασπαστή πολλαπλών ανιχνευτών.
Hielscher υπερήχων για τον κατακερματισμό του DNA
Hielscher Ultrasonics προσφέρει διάφορες πλατφόρμες με υπερήχους για DNA, RNA, και χρωματίνη κατακερματισμό. Αυτές οι διαφορετικές πλατφόρμες περιλαμβάνουν υπερήχους ανιχνευτές (sonotrodes), έμμεσες λύσεις κατεργασίας με υπερήχους για την ταυτόχρονη προετοιμασία δειγμάτων πολλαπλών σωλήνων ή πολυ-καλά πλάκες (π.χ. πλάκες 96 φρεάτια, πλάκες μικροτιτθήσεων), sonoreactors, και υπερήχων cuphorns. Όλες οι πλατφόρμες για διάτμηση DNA τροφοδοτούνται από επεξεργαστές υπερήχων υψηλής απόδοσης με συχνότητα, οι οποίοι είναι με ακρίβεια ελεγχόμενοι και παρέχουν αναπαραγώγιμα αποτελέσματα.
Υπερήχων επεξεργαστές για οποιοδήποτε αριθμό και μέγεθος δείγματος
Με πολλαπλών δειγμάτων υπερήχων Hielscher VialTweeter (για έως και 10 δοκιμαστικούς σωλήνες) και UIP400MTP (για μικροπλακέτες / πολυκύτταρες πλάκες) γίνεται εύκολα δυνατή η μείωση του χρόνου επεξεργασίας του δείγματος λόγω έντονης και με ακρίβεια ελεγχόμενη υπερήχων, ενώ λαμβάνει την επιθυμητή κατανομή και απόδοση μεγέθους θραύσματος DNA. Υπερήχων κατακερματισμός DNA καθιστά την προετοιμασία του δείγματος αποτελεσματική, αξιόπιστη και κλιμακούμενη. Τα πρωτόκολλα μπορούν να κλιμακωθούν γραμμικά από ένα σε πολλά δείγματα εφαρμόζοντας συνεχώς ελεγχόμενο υπέρηχο.
Οι υπερήχους καθετήρα με ένα έως πέντε δάχτυλα είναι ιδανικοί για την προετοιμασία μικρότερων αριθμών δειγμάτων. Εργαστηριακοί υπερήχοι Hielscher είναι διαθέσιμοι σε διάφορα μεγέθη, έτσι ώστε να μπορούμε να σας προτείνουμε την ιδανική συσκευή για την εφαρμογή και τις απαιτήσεις σας.
ακριβής έλεγχος διεργασίας
Ακριβώς ελεγχόμενες ρυθμίσεις κατεργασίας με υπερήχους είναι ζωτικής σημασίας, δεδομένου ότι η εξαντλητική ηχοποίηση μπορεί να καταστρέψει το DNA, το RNA και τη χρωματίνη, αλλά η ανεπαρκής υπερηχητική διάτμηση έχει ως αποτέλεσμα πολύ μεγάλο DNA και θραύσματα χρωματίνης. Ψηφιακοί υπερήχους Hielscher μπορεί εύκολα να ρυθμιστεί σε ακριβή παράμετρο κατεργασίας με υπερήχους. Συγκεκριμένες ρυθμίσεις κατεργασίας με υπερήχους μπορούν επίσης να αποθηκευτούν ως προγραμματισμένη ρύθμιση για γρήγορη επανάληψη της ίδιας διαδικασίας.
Όλες οι κατεργασία με υπερήχους είναι αυτόματα πρωτόκολλο και αποθηκεύονται ως αρχείο CSV σε ενσωματωμένη κάρτα SD. Αυτό επιτρέπει την ακριβή τεκμηρίωση των δοκιμών που εκτελούνται και καθιστά δυνατή την εύκολη αναθεώρηση των εκτελέσεων κατεργασίας με υπερήχους.
Μέσω του τηλεχειριστηρίου του προγράμματος περιήγησης, όλοι οι ψηφιακοί υπερήχοι μπορούν να λειτουργούν και να παρακολουθούνται μέσω οποιουδήποτε τυπικού προγράμματος περιήγησης. Δεν απαιτείται εγκατάσταση πρόσθετου λογισμικού, καθώς μια σύνδεση LAN επιτρέπει μια πολύ απλή ρύθμιση plug-n-play.
Υψηλότερη φιλικότητα προς το χρήστη στην προετοιμασία του υπερηχητικού δείγματος
Όλοι οι υπερήχους Hielscher έχουν σχεδιαστεί για να παρέχουν υπερήχους υψηλής απόδοσης, ενώ ταυτόχρονα είναι πάντα πολύ φιλικοί προς το χρήστη και εύκολοι στη λειτουργία. Όλες οι ρυθμίσεις είναι καλά δομημένες σε ένα σαφές μενού, το οποίο είναι εύκολα προσβάσιμο μέσω έγχρωμης οθόνης αφής ή τηλεχειριστηρίου προγράμματος περιήγησης. Το έξυπνο λογισμικό με προγραμματισιμές ρυθμίσεις και αυτόματη καταγραφή δεδομένων εξασφαλίζει βέλτιστες ρυθμίσεις κατεργασίας με υπερήχους για αξιόπιστα και αναπαραγώγιμα αποτελέσματα. Η καθαρή και εύχρηστη διεπαφή μενού μετατρέπει τους υπερήχους Hielscher σε φιλικές προς το χρήστη και αποτελεσματικές συσκευές.
Ο παρακάτω πίνακας σας δίνει μια ένδειξη της κατά προσέγγιση ικανότητας επεξεργασίας των εργαστηριακών υπερήχων μας, οι οποίοι είναι ιδανικοί για εργασίες προετοιμασίας δειγμάτων όπως κατακερματισμό DNA και RNA, λύση κυττάρων καθώς και εκχύλιση πρωτεϊνών:
| Συσκευή | Ισχύς [W] | Τύπος | Όγκος [mL] |
|---|---|---|---|
| UIP400MTP | 400 | για μικροπιστώσεις | 6 – 3456 πηγάδια | VialTweeter | 200 | για έως και 10 φιαλίδια συν δυνατότητα σύσφιξης | 0.5 – 1,5 |
| UP50H | 50 | Probe-τύπου | 0.01 – 250 |
| UP100H | 100 | Probe-τύπου | 0.01 – 500 |
| Uf200 ः t | 200 | Probe-τύπου | 0.1 – 1000 |
| UP200St | 200 | Probe-τύπου | 0.1 – 1000 |
| UP400St | 400 | Probe-τύπου | 5,0 – 2000 |
| Cuphorn | 200 | Κιούθορν, ηθοποιός | 10 – 200 |
| GDmini2 | 200 | χωρίς κυψέλες ροής χωρίς μόλυνση |
Επικοινωνήστε μαζί μας! / Ρωτήστε μας!
Η υπερηχητική μονάδα προετοιμασίας πολλαπλών δειγμάτων VialTweeter επιτρέπει την ταυτόχρονη υπερήχηση έως και 10 φιαλιδίων. Με τη συσκευή σύσφιξης VialPress, μπορούν να πιεστούν έως και 4 επιπλέον σωλήνες στο μπροστινό μέρος για έντονη υπερήχηση.
Το sonotrode MTP-24-8-96 έχει οκτώ υπερήχους καθετήρες για την υπερήχηση των φρεατίων των πλακών μικροτιτήρα.
Λογοτεχνία / Αναφορές
- Poptsova, M., Il’icheva, I., Nechipurenko, D. et al. (2014): Non-random DNA fragmentation in next-generation sequencing. Scientific Reports 4, 4532; 2014.
- Basselet P., Wegrzyn G., Enfors S.-O., Gabig-Ciminska M. (2008): Sample processing for DNA chip array-based analysis of enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC). Microbial Cell Factories 7:29. 2008.
- Doublier S., Riganti Ch., Voena C., Costamagna C., Aldieri E., Pescarmona G., Ghigo D., Bosia A. (008): RhoA Silencing Reverts the Resistance to Doxorubicin in Human Colon Cancer Cells. Molecular Cancer Research 6(10), 2008.
- Fredlund E., Gidlund A., Olsen M., Börjesson T., Spliid N.H.H., Simonsson M. (2008): Method evaluation of Fusarium DNA extraction from mycelia and wheat for down-stream real-time PCR quantification and correlation to mycotoxin levels. Journal of Microbiological Methods 2008.
- Fritsche C., Sitz M., Weiland N., Breitling R., Pohl H.-D. (2007): Characterization of the growth behavior of Leishmania tarentolae – a new expression system for recombinant proteins. Journal of Basic Microbiology 47, 2007. 384–393.
- Ristola M., Arpiainen S., Saleem M. A., Mathieson P. W., Welsh G. I., Lehtonen S., Holthöfer H. (2009): Regulation of Neph3 gene in podocytes – key roles of transcription factors NF-κB and Sp1. BMC Molecular Biology 10:83, 2009.
- Rodriguez J., Vives L., Jorda M., Morales C., Munoz M., Vendrell E., Peinado M. A. (2008): Genome-wide tracking of unmethylated DNA Alu repeats in normal and cancer cells. Nucleic Acids Research Vol. 36, No. 3, 2008. 770-784.
- Weiske J. Huber O. (2006): The Histidine Triad Protein Hint1 Triggers Apoptosis Independent of Its Enzymatic Activity. The Journal of Biological chemistry. Vol. 281, No. 37, 2006. 27356–27366.
Γεγονότα που αξίζει να γνωρίζουμε
Τι είναι η αλληλουχία επόμενης γενιάς;
Η αλληλουχία επόμενης γενιάς, επίσης Next Gen Sequencing (NGS), αλληλουχία υψηλής απόδοσης ή αλληλουχία δεύτερης γενιάς, αναφέρεται στην προσέγγιση της μαζικής παράλληλης αλληλουχίας, όπου πολύ μεγάλες (τεράστιες) ποσότητες DNA εκατομμυρίων θραυσμάτων αλληλουχούνται ταυτόχρονα παράλληλα ανά διαδρομή.
Για τη διεξαγωγή αλληλουχίας επόμενης γενιάς, πρέπει να πραγματοποιηθούν τα τρία βασικά στάδια (1) προετοιμασίας βιβλιοθήκης, (2) αλληλουχίας και (3) ανάλυσης δεδομένων. Κατά τη διάρκεια της προετοιμασίας της βιβλιοθήκης, τα σκέλη DNA πρέπει να είναι κατακερματισμένα σε θραύσματα DNA ορισμένου μήκους. Κατεργασία με υπερήχους είναι μια από τις προτιμώμενες τεχνικές για τον κατακερματισμό του DNA.
Κατά τη διάρκεια της διαδικασίας αλληλουχίας του DNA, η σειρά των νουκλεοτιδίων στο DNA – γνωστή ως αλληλουχία νουκλεϊνικού οξέος – προσδιορίζεται. Η αλληλουχία νουκλεϊνικού οξέος αποτελείται από τέσσερις βάσεις νουκλεοτιδίων – αδενίνη, κυτοσίνη, γουανίνη, θυμίνη – ποιος κωδικός για πληροφορίες.
Η αλληλουχία επόμενης γενιάς οδηγεί την έρευνα στην επιστήμη της ζωής και την εξατομικευμένη ιατρική, καθώς η αλληλουχία DNA και RNA χρησιμοποιείται σε μεγάλο βαθμό στη γονιδιωματική έρευνα, την έρευνα για τον καρκίνο, την έρευνα σπάνιων και σύνθετων ασθενειών, τη μικροβιακή έρευνα, την αγρογενετική και πολλούς άλλους ερευνητικούς τομείς.
Αλληλουχία επόμενης γενιάς εναντίον αλληλουχίας Sanger
Ενώ με την αλληλουχία επόμενης γενιάς (NGS) είναι δυνατή η αλληλουχία μαζικών αριθμών γονιδιωματικών δειγμάτων, η αλληλουχία Sanger (επίσης γνωστή ως μέθοδος τερματισμού αλυσίδας ή αλληλουχία πρώτης γενιάς) έχει μόνο την ικανότητα να αλληλουχεί μικρούς αριθμούς δειγμάτων. Η αλληλουχία του Sanger ακολουθεί μόνο ένα μόνο θραύσμα DNA κάθε φορά και μπορεί να επιτευχθεί σε μία μόνο ημέρα. Λόγω της acccuracy του, η αλληλουχία Sanger θεωρείται επίσης η τεχνολογία χρυσού προτύπου, η οποία χρησιμοποιείται για την επαλήθευση των αποτελεσμάτων που λαμβάνονται από την αλληλουχία επόμενης γενιάς.
Η αλληλουχία Sanger επιτυγχάνει μήκη ανάγνωσης περίπου 800bp (συνήθως 500-600bp με μη εμπλουτισμένο DNA). Τα μακρύτερα μήκη ανάγνωσης στην αλληλουχία Sanger παρουσιάζουν σημαντικά πλεονεκτήματα σε σχέση με άλλες μεθόδους αλληλουχίας, ειδικά όσον αφορά την αλληλουχία επαναλαμβανόμενων περιοχών του γονιδιώματος. Μια πρόκληση των βραχυπρόθεσμων δεδομένων ακολουθίας είναι ιδιαίτερα ένα ζήτημα στην αλληλουχία νέων γονιδιωμάτων (de novo) και στην αλληλουχία εξαιρετικά αναδιαταραγμένων τμημάτων γονιδιώματος, συνήθως εκείνων που παρατηρούνται από γονιδιώματα καρκίνου ή σε περιοχές χρωμοσωμάτων που παρουσιάζουν δομικές διακυμάνσεις. [cp. Μορόζοβα και Μάρα, 2008]
Hielscher υπέρηχοι κατασκευάζει υψηλής απόδοσης υπερήχων ομογενοποιητές από Εργαστήριο προς την βιομηχανικό μέγεθος.