Hielscher Ultrasonics
Θα χαρούμε να συζητήσουμε τη διεργασία σας.
Καλέστε μας: +49 3328 437-420
Γράψτε μας: [email protected]

Πρωτόκολλο πρωτεωμικής: Η κατεργασία με υπερήχους χωρίς επαφή βελτιώνει την προετοιμασία πεπτιδικών δειγμάτων για MS

Η πρωτεωμική με προσέγγιση από κάτω προς τα πάνω έχει καταστεί ακρογωνιαίος λίθος της σύγχρονης ανακάλυψης βιοδεικτών, της δομικής βιολογίας και της κλινικής διαγνωστικής. Με την πέψη των πρωτεϊνών σε πεπτίδια πριν από την ανάλυση με φασματομετρία μάζας (MS), οι ερευνητές μπορούν να επιτύχουν εκτενέστερη κάλυψη αλληλουχίας και πιο αξιόπιστη ποσοτικοποίηση. Ωστόσο, η προετοιμασία βιολογικών δειγμάτων υψηλής πολυπλοκότητας για MS παραμένει τεχνικά απαιτητική. Πρόσφατες μεθοδολογικές εξελίξεις αναδεικνύουν πώς η ελεγχόμενη κατεργασία με υπερήχους – συγκεκριμένα με τη συσκευή υπερήχων πολλαπλών σωληναρίων VialTweeter και τη συσκευή υπερήχων μικροπλακών UIP400MTP, που λειτουργούν χωρίς επαφή – μπορεί να απλοποιήσει σημαντικά αυτή τη ροή εργασίας, να βελτιώσει την αναπαραγωγιμότητα και να αποτρέψει συνήθη προβλήματα που περιορίζουν την απόδοση των οργάνων.
Βρείτε ένα λεπτομερές πρωτόκολλο προετοιμασίας δειγμάτων για τη λήψη πεπτιδίων κατάλληλου μεγέθους για ανάλυση με MS.

Ποιοι πρέπει να χρησιμοποιούν κατεργασία με υπερήχους χωρίς επαφή για την προετοιμασία πεπτιδικών δειγμάτων;

  • Εργαστήρια πρωτεωμικής με προσέγγιση από κάτω προς τα πάνω και ερευνητικής ανακάλυψης: Ερευνητές που προετοιμάζουν δείγματα υψηλής πολυπλοκότητας για ροές εργασίας LC-MS ή MALDI και χρειάζονται σταθερή ανάκτηση πεπτιδίων με υψηλή απόδοση από ποικίλα βιολογικά υποστρώματα.
  • Χρήστες S-Trap™ και παγίδευσης σε εναιώρημα: Ομάδες που βασίζονται στον καθαρισμό με μικροστήλες και χρειάζονται ελεγχόμενη διάτμηση του DNA για την αποτροπή της απόφραξης των στηλών και τη διασφάλιση της ομαλής φόρτωσης και πέψης των δειγμάτων.
  • Ομάδες κλινικής και μεταφραστικής έρευνας: Εργαστήρια που επεξεργάζονται ιστούς, κύτταρα, πλάσμα, ορό ή εγκεφαλονωτιαίο υγρό, όπου η αναπαραγωγιμότητα μεταξύ παρτίδων και η ακεραιότητα των δειγμάτων είναι κρίσιμες.
  • Ομάδες ποσοτικής και στοχευμένης MS: Εργαστήρια που διεξάγουν αυστηρές συγκριτικές μελέτες, στις οποίες οι συσκευές υπερήχων με καθετήρα ενέχουν κινδύνους διασταυρούμενης επιμόλυνσης που θα μπορούσαν να υπονομεύσουν την ποσοτικοποίηση πεπτιδίων χαμηλής αφθονίας.
  • Κεντρικές ερευνητικές υποδομές και μονάδες υψηλής διεκπεραιωτικής ικανότητας: Ομάδες που επεξεργάζονται ταυτόχρονα πολλαπλά βιολογικά επαναληπτικά δείγματα και επωφελούνται από την κατεργασία με υπερήχους σε κλειστά σωληνάρια μέσω του μπλοκ πολλαπλών σωληναρίων του VialTweeter, η οποία εξαλείφει την ανάγκη καθαρισμού του καθετήρα, μειώνει τον χρόνο χειρωνακτικής εργασίας και διατηρεί άσηπτες συνθήκες.
  • Ερευνητές μεταμεταφραστικών τροποποιήσεων (PTM) και δομής πρωτεϊνών: Ερευνητές που χρειάζονται ήπια κατεργασία με ελεγχόμενη θερμοκρασία για τη διατήρηση ευαίσθητων τροποποιήσεων και τη μεγιστοποίηση της κάλυψης αλληλουχίας κατά την κυτταρική λύση και την ομογενοποίηση.

Αίτημα πληροφοριών



Πλήρης διάταξη VialTweeter: Η συσκευή υπερήχων πολλαπλών δειγμάτων VialTweeter επιτρέπει την κατεργασία πολλαπλών σφραγισμένων δειγμάτων με υπερήχους χωρίς επαφή.

Συσκευή υπερήχων πολλαπλών δειγμάτων “VialTweeter” για την προετοιμασία δειγμάτων χωρίς επαφή σε πολλαπλά σφραγισμένα φιαλίδια για πρωτεωμική

 

Πώς να επιλέξετε την ιδανική συσκευή υπερήχων για κυτταρική διάρρηξη και εκχύλιση πρωτεϊνών στην επιστήμη και την ανάλυσηΑυτός ο οδηγός εξηγεί ποιος τύπος συσκευής υπερήχων είναι καταλληλότερος για τις εργασίες προετοιμασίας δειγμάτων σας, όπως η λύση, η κυτταρική διάρρηξη, η απομόνωση πρωτεϊνών και ο κατακερματισμός DNA και RNA σε εργαστήρια, στην ανάλυση και στην έρευνα. Επιλέξτε τον ιδανικό τύπο συσκευής υπερήχων για την εφαρμογή σας, τον όγκο και τον αριθμό των δειγμάτων και τον ρυθμό επεξεργασίας. Η Hielscher Ultrasonics διαθέτει τον ιδανικό ομογενοποιητή υπερήχων για εσάς!
Αυτός ο οδηγός εξηγεί ποιος τύπος συσκευής υπερήχων είναι καταλληλότερος για τις εργασίες προετοιμασίας δειγμάτων σας, όπως η λύση, η κυτταρική διάρρηξη, η απομόνωση πρωτεϊνών και ο κατακερματισμός DNA και RNA σε εργαστήρια, στην ανάλυση και στην έρευνα. Επιλέξτε τον ιδανικό τύπο συσκευής υπερήχων για την εφαρμογή σας, τον όγκο και τον αριθμό των δειγμάτων και τον ρυθμό επεξεργασίας. Η Hielscher Ultrasonics διαθέτει τον ιδανικό ομογενοποιητή υπερήχων για εσάς!

 

Επισκόπηση πρωτοκόλλου: Από ιστούς και κύτταρα σε πεπτίδια έτοιμα για MS

Η ευρέως υιοθετημένη ροή εργασίας πρωτεωμικής με προσέγγιση από κάτω προς τα πάνω, που περιγράφεται από τους Wojtkiewicz και συν., παρέχει μια αξιόπιστη μέθοδο με δυνατότητα κλιμάκωσης για την προετοιμασία πεπτιδικών δειγμάτων από ποικίλα βιολογικά υποστρώματα. Ξεκινώντας με 50–100 mg ιστού που έχει καταψυχθεί ακαριαία ή 1–20 εκατομμύρια κύτταρα, το πρωτόκολλο ενσωματώνει την τεχνολογία παγίδευσης σε εναιώρημα (S-Trap™) για την αποτελεσματική απομάκρυνση απορρυπαντικών, αλάτων και προσμείξεων πριν από την ενζυμική πέψη.
Μετά τη λύση, την ποσοτικοποίηση των πρωτεϊνών, την αναγωγή και την αλκυλίωση, το δείγμα οξινίζεται και φορτώνεται σε στήλη φυγοκέντρησης S-Trap™, όπου πραγματοποιείται πέψη με θρυψίνη/lysC. Τα πεπτίδια που προκύπτουν εκλούονται, ξηραίνονται και υποβάλλονται σε ανάλυση LC-MS. Όταν εφαρμόζεται σε 50 mg ανθρώπινου καρδιακού ιστού, αυτή η ροή εργασίας αποδίδει σταθερά επαρκή ποσότητα πεπτιδίων για 30–40 εγχύσεις, ταυτοποιώντας περισσότερες από 4.000 μοναδικές πρωτεΐνες ανά αναλυτική εκτέλεση. Παρότι η χημεία και ο καθαρισμός με στήλες είναι σαφώς καθορισμένα, η επιτυχία της διαδικασίας εξαρτάται σε μεγάλο βαθμό από τα αρχικά στάδια φυσικής διάρρηξης και διαχείρισης του DNA.
Το πρωτόκολλο συνιστά τη χρήση της συσκευής υπερήχων πολλαπλών σωληναρίων VialTweeter για τη λύση των κυττάρων και τη διάτμηση του DNA με κατεργασία με υπερήχους – και τα δύο στάδια είναι κρίσιμα για την ανάλυση πεπτιδίων.

Το VialTweeter μπορεί να δεχθεί έως και 10 κοινά εργαστηριακά φιαλίδια για ταυτόχρονη προετοιμασία δειγμάτων με υπερήχους

Το VialTweeter υποβάλλει σε κατεργασία με υπερήχους σφραγισμένα σωληνάρια Eppendorf των 1,0, 1,5 και 2,0mL, καθώς και διάφορα φιαλίδια NUNC

Λύση κυττάρων και ιστών με υπερήχους για την εκχύλιση πρωτεϊνών

Το Hielscher VialTweeter είναι μια συσκευή υπερήχων χωρίς επαφή που προετοιμάζει πολλαπλά δείγματα (π.χ. λύμα, ιστό) για φασματομετρία μάζαςΣτη ροή εργασίας της πρωτεωμικής «από κάτω προς τα πάνω», η κατεργασία με υπερήχους αποτελεί βασικό στάδιο της λύσης κυτταρικών δειγμάτων για την εκχύλιση πρωτεϊνών, με σκοπό την επακόλουθη ανάλυση με φασματομετρία μάζας. Μετά την προσθήκη ρυθμιστικού διαλύματος κυτταρικής λύσης με SDS στο κυτταρικό ίζημα, τα δείγματα υποβάλλονται σε κατεργασία με υπερήχους με τη συσκευή υπερήχων πολλαπλών σωληναρίων VialTweeter. Το πρωτόκολλο χρησιμοποιεί σωληνάρια μικροφυγοκέντρησης 1,5 mL και ορίζει τη λειτουργία της συσκευής υπερήχων σε ισχύ 30%, με 10 δευτερόλεπτα λειτουργίας και 10 δευτερόλεπτα παύσης, σε 3 επαναλαμβανόμενους κύκλους. Μετά από αναμονή 1 λεπτού, ο κύκλος επαναλαμβάνεται δύο ακόμη φορές. Τα δείγματα ψύχονται συνεχώς με πάγο.
Η διαδικασία αυτή όχι μόνο συμβάλλει στην κυτταρική διάρρηξη, αλλά είναι ειδικά απαραίτητη για τον διατμητικό κατακερματισμό του γονιδιωματικού DNA που απελευθερώνεται κατά τη λύση. Ο αποτελεσματικός διατμητικός κατακερματισμός του DNA είναι καθοριστικός για τη μείωση του ιξώδους του δείγματος και την αποτροπή της απόφραξης των στηλών S-Trap™, διασφαλίζοντας έτσι τη βέλτιστη ανάκτηση πρωτεϊνών και την αξιόπιστη επακόλουθη πέψη των πεπτιδίων.

Ο κρίσιμος ρόλος του διατμητικού κατακερματισμού του DNA με υπερήχους

Μία από τις συχνότερες αστοχίες στις ροές εργασίας που βασίζονται στο S-Trap™ είναι η απόφραξη της στήλης, η οποία προκαλείται σχεδόν αποκλειστικά από γονιδιωματικό DNA υψηλού μοριακού βάρους που απελευθερώνεται κατά την ομογενοποίηση κυττάρων ή ιστών. Το άθικτο DNA αυξάνει δραματικά το ιξώδες του δείγματος, παγιδεύει πεπτίδια και αποφράσσει τη μικροπορώδη κλίνη του ροφητικού υλικού S-Trap™.
Η κατεργασία με υπερήχους επιλύει αυτό το πρόβλημα κατακερματίζοντας μηχανικά το DNA σε μικρά, διαλυτά θραύσματα. Εφαρμόζοντας ελεγχόμενη ακουστική ενέργεια, το VialTweeter κατακερματίζει αποτελεσματικά τα νουκλεϊκά οξέα μέσω διάτμησης, χωρίς να παράγει υπερβολική θερμότητα ή να εισάγει ξένους επιμολυντές. Αυτή η μείωση του ιξώδους διασφαλίζει την ομαλή φόρτωση του δείγματος, σταθερές παροχές διέλευσης και την απρόσκοπτη εξέλιξη της κινητικής της πέψης.

Βελτιστοποιημένες παράμετροι κατεργασίας με υπερήχους με το VialTweeter

Το πρωτόκολλο καθορίζει ένα σχήμα κατεργασίας με υπερήχους υψηλής αναπαραγωγιμότητας, βελτιστοποιημένο για τη διατήρηση της ακεραιότητας των βιολογικών δειγμάτων και τη συμβατότητα με την επακόλουθη ανάλυση MS. Για δείγματα σε σωληνάρια μικροφυγοκέντρησης 1,5mL, με χρήση της συσκευής υπερήχων με μπλοκ χωρίς επαφή Hielscher VialTweeter, οι ακόλουθες παράμετροι επιτυγχάνουν λύση και βέλτιστο διατμητικό κατακερματισμό του DNA, διατηρώντας παράλληλα τη δομή των πρωτεϊνών:

  • Πλάτος ταλάντωσης: ισχύς 30%
  • Μοτίβο κύκλου: 10 δευτερόλεπτα ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΑ / 10 δευτερόλεπτα ΠΑΥΣΗ
  • Διάρκεια: 3 κύκλοι (10sec ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΑ/10sec ΠΑΥΣΗ) → αναμονή 1 λεπτού σε πάγο → επανάληψη 2 ακόμη φορές
  • Διαχείριση θερμοκρασίας: Τα δείγματα τοποθετούνται σε πάγο κατά την κατεργασία για την αποτροπή της θερμικής μετουσίωσης και της πρόωρης ενζυμικής δραστηριότητας

Αυτή η προσέγγιση παλμικής κατεργασίας με υπερήχους αποτρέπει την τοπική υπερθέρμανση, ελαχιστοποιεί την οξείδωση των πεπτιδίων και διασφαλίζει ομοιόμορφη ακουστική έκθεση σε όλα τα φιαλίδια. Η διάταξη κλειστών σωληναρίων εξαλείφει επίσης την ανάγκη καθαρισμού του ηχοτροδίου μεταξύ των δειγμάτων, μειώνοντας δραστικά τον χρόνο χειρωνακτικής εργασίας και τη μεταβλητότητα μεταξύ χειριστών.

 

UP200St με VialTweeter για επεξεργασία κλειστών φιαλιδίων με υπερήχουςΗ συσκευή υπερήχων πολλαπλών σωληναρίων χωρίς επαφή VialTweeter είναι ένα μοναδικό υπερηχητικό σύστημα για την ταυτόχρονη επεξεργασία έως και 10 σφραγισμένων φιαλιδίων υπό ακριβώς τις ίδιες συνθήκες, χωρίς διασταυρούμενη επιμόλυνση.
Η συσκευή υπερήχων πολλαπλών σωληναρίων χωρίς επαφή VialTweeter είναι ένα μοναδικό υπερηχητικό σύστημα για την ταυτόχρονη επεξεργασία έως και 10 σφραγισμένων φιαλιδίων υπό ακριβώς τις ίδιες συνθήκες, χωρίς διασταυρούμενη επιμόλυνση.

 

Βασικά πλεονεκτήματα για τις σύγχρονες ροές εργασίας πρωτεωμικής

Η ενσωμάτωση του VialTweeter στη διαδικασία πρωτεωμικής «από κάτω προς τα πάνω» προσφέρει αρκετά λειτουργικά και επιστημονικά οφέλη:

  1. Σταθερός κατακερματισμός του DNA: Η ομοιόμορφη παροχή ακουστικής ενέργειας σε όλα τα φιαλίδια διασφαλίζει αναπαραγώγιμη μείωση του ιξώδους και αποτρέπει τη μεταβλητότητα μεταξύ παρτίδων κατά τη φόρτωση του S-Trap™.
  2. Διατήρηση των ασταθών τροποποιήσεων: Η κατεργασία σε χαμηλή θερμοκρασία σε λουτρό πάγου προστατεύει τις μεταμεταφραστικές τροποποιήσεις (PTMs) και αποτρέπει τη συσσωμάτωση των πρωτεϊνών λόγω θερμότητας κατά την κυτταρική λύση.
  3. Απλούστευση της επακόλουθης επεξεργασίας: Τα προϊόντα λύσης που έχουν υποβληθεί σε κατεργασία με το VialTweeter μπορούν να διαυγαστούν απευθείας με φυγοκέντρηση και να ποσοτικοποιηθούν χωρίς πρόσθετα στάδια καθαρισμού, επιταχύνοντας τη μετάβαση στην πέψη με S-Trap™.
  4. Δυνατότητα αύξησης της κλίμακας και ευελιξία: Οι ίδιες ρυθμίσεις κατεργασίας με υπερήχους εφαρμόζονται τόσο σε δείγματα ιστών υψηλής πολυπλοκότητας όσο και σε κυτταρικά εναιωρήματα, υποστηρίζοντας ροές εργασίας πρωτεωμικής ανακάλυψης, στοχευμένης ποσοτικοποίησης και γλυκοπρωτεωμικής. Οι συσκευές υπερήχων μικροπλακών Hielscher επιτρέπουν την εύκολη αύξηση της κλίμακας για μεγάλους αριθμούς δειγμάτων σε πλάκες πολλαπλών βοθρίων.
Η εικόνα δείχνει το VialTeeter σε ψυχόμενο θάλαμο για τον ακριβή έλεγχο της θερμοκρασίας της διεργασίας κατά την εκχύλιση και την πέψη πρωτεϊνών για πρωτεωμική ανάλυση

Η συσκευή υπερήχων πολλαπλών σωληναρίων χωρίς επαφή VialTweeter μπορεί να λειτουργεί σε ψυχόμενους θαλάμους

Συσκευές υπερήχων για την προετοιμασία δειγμάτων πρωτεωμικής

Η προετοιμασία πεπτιδικών δειγμάτων υψηλής ποιότητας για φασματομετρία μάζας απαιτεί περισσότερα από την αποτελεσματική λύση – απαιτεί ακριβή έλεγχο του κατακερματισμού του DNA μέσω διάτμησης, της θερμοκρασίας και της πρόληψης της επιμόλυνσης. Ενσωματώνοντας το Hielscher VialTweeter στη ροή εργασίας σας για πρωτεωμική τύπου bottom-up, μπορείτε να εξαλείψετε την απόφραξη των στηλών S-Trap™, να εξασφαλίσετε αναπαραγώγιμη ανάκτηση πρωτεϊνών και να διατηρήσετε την καθαρότητα που απαιτείται για ευαίσθητες αναλύσεις MS. Είτε επεξεργάζεστε ανθρώπινο ιστό, καλλιεργημένα κύτταρα είτε σύνθετα κυτταρικά λύματα, η κατεργασία με υπερήχους σε μπλοκ παρέχει την αξιοπιστία, τη δυνατότητα κλιμάκωσης και τον έλεγχο της διεργασίας που απαιτούν τα σύγχρονα εργαστήρια πρωτεωμικής.
Για να αυξήσετε τον αριθμό των δειγμάτων, αξιοποιήστε τα μοντέλα συσκευών εστιασμένων υπερήχων χωρίς επαφή για μικροπλάκες UIP400MTP και UIP550MTP της Hielscher! Επεξεργαστείτε οποιαδήποτε τυπική πλάκα πολλαπλών βοθρίων για πρωτεωμική υψηλής διεκπεραιωτικής ικανότητας!

Ζητήστε περισσότερες πληροφορίες

Βελτιώστε την προετοιμασία των δειγμάτων σας για πρωτεωμική ανάλυση!
Ενημερώστε μας για τον όγκο των δειγμάτων σας! Η ομάδα ειδικών μας στην επεξεργασία με υπερήχους θα σας προτείνει την καταλληλότερη διαμόρφωση εστιασμένης συσκευής υπερήχων χωρίς επαφή, προσαρμοσμένη στη ροή εργασίας σας στην πρωτεωμική!





Επεξεργασία σε κλειστά σωληνάρια έναντι παραδοσιακών συσκευών υπερήχων με ηχοτρόδιο

Παραδοσιακά, οι ερευνητές χρησιμοποιούσαν συσκευές υπερήχων με ηχοτρόδιο άμεσης επαφής για τον κατακερματισμό του DNA μέσω διάτμησης. Παρότι είναι αποτελεσματικά, τα συστήματα με ηχοτρόδιο εισάγουν αρκετούς κρίσιμους περιορισμούς στις ροές εργασίας πρωτεωμικής:

  • Κίνδυνος διασταυρούμενης επιμόλυνσης: Η επαναχρησιμοποίηση ενός ηχοτροδίου σε πολλά δείγματα προκαλεί μεταφορά υλικού μέσω αερολυμάτων και εισάγει επιμολυντές από άλλα δείγματα, οι οποίοι αλλοιώνουν τα αποτελέσματα της ποσοτικής ανάλυσης MS.
  • Απώλεια δείγματος: Η άμεση εισαγωγή μπορεί να οδηγήσει σε πιτσίλισμα, εξάτμιση και προσκόλληση πολύτιμων πεπτιδίων στην επιφάνεια του ηχοτροδίου.
  • Καθαρισμός: Η σχολαστική απομάκρυνση των επιμολυντών από το ηχοτρόδιο μεταξύ διαδοχικών αναλύσεων είναι χρονοβόρα και συχνά ατελής, υπονομεύοντας τις μελέτες πρωτεϊνών χαμηλής αφθονίας.

Η συσκευή υπερήχων τύπου μπλοκ VialTweeter επεξεργάζεται τα δείγματα εξ ολοκλήρου μέσα σε σφραγισμένα σωληνάρια μικροφυγοκέντρησης. Αυτός ο σχεδιασμός κλειστού συστήματος εξαλείφει την επαφή του ηχοτροδίου με το δείγμα, αποτρέπει τη δημιουργία αερολυμάτων και διατηρεί αυστηρά άσηπτες συνθήκες καθ’ όλη τη διάρκεια της ομογενοποίησης και της λύσης. Για τα εργαστήρια που επεξεργάζονται ιστικά λύματα υψηλής πολυπλοκότητας ή πολλαπλές κυτταρικές σειρές, αυτό μεταφράζεται σε καθαρότερα δεδομένα MS, υψηλότερη ανάκτηση πεπτιδίων και πιο αξιόπιστα βιολογικά επαναληπτικά δείγματα.

Κλιμάκωση για προετοιμασία δειγμάτων υψηλής διεκπεραιωτικής ικανότητας σε πλάκες πολλαπλών βοθρίων

Με τα μοντέλα συσκευών υπερήχων για μικροπλάκες UIP400MTP και UIP550MTP, η επεξεργασία σε σωληνάρια μπορεί εύκολα να κλιμακωθεί σε επεξεργασία δειγμάτων υψηλής διεκπεραιωτικής ικανότητας σε οποιαδήποτε τυπική πλάκα πολλαπλών βοθρίων.

 

Η συσκευή υπερήχων μικροπλακών UIP400MTP επιτρέπει την ταυτόχρονη εκχύλιση πρωτεϊνών από δείγματα σε πλάκες πολλαπλών φρεατίων και πλάκες πολλαπλής διήθησης – διευκολύνοντας την προετοιμασία μεγάλου αριθμού δειγμάτων στην πρωτεωμική

Συσκευή υπερήχων για πλάκες πολλαπλών βοθρίων UIP400MTP για εκχύλιση πρωτεϊνών από δείγματα με υψηλή διεκπεραιωτική ικανότητα



Συχνές ερωτήσεις σχετικά με την κατεργασία με υπερήχους για την προετοιμασία πεπτιδικών δειγμάτων

Γιατί απαιτείται κατεργασία με υπερήχους πριν από την επεξεργασία πεπτιδίων με S-Trap™;


Η κατεργασία με υπερήχους είναι απαραίτητη για τον κατακερματισμό μέσω διάτμησης του γονιδιωματικού DNA υψηλού μοριακού βάρους που απελευθερώνεται κατά τη λύση κυττάρων ή ιστών. Το άθικτο DNA αυξάνει δραστικά το ιξώδες του δείγματος, γεγονός που μπορεί να αποφράξει τη μικροστήλη S-Trap™ και να παγιδεύσει πεπτίδια, μειώνοντας σοβαρά την ανάκτηση και τη συμβατότητα με την ανάλυση MS.

Πώς βελτιώνει η συσκευή υπερήχων τύπου μπλοκ VialTweeter την προετοιμασία δειγμάτων σε σύγκριση με τις παραδοσιακές συσκευές υπερήχων με ηχοτρόδιο;


Σε αντίθεση με τις συσκευές υπερήχων με ηχοτρόδιο άμεσης επαφής, οι οποίες απαιτούν προσεκτικό καθαρισμό μεταξύ διαδοχικών αναλύσεων και ενέχουν κίνδυνο μεταφοράς υλικού μέσω αερολυμάτων, το VialTweeter επεξεργάζεται τα δείγματα εξ ολοκλήρου μέσα σε σφραγισμένα φιαλίδια και σωληνάρια μικροφυγοκέντρησης. Αυτός ο σχεδιασμός κλειστών σωληναρίων εξαλείφει τη διασταυρούμενη επιμόλυνση, αποτρέπει την απώλεια δείγματος και διατηρεί αυστηρά άσηπτες συνθήκες καθ’ όλη τη διάρκεια της ομογενοποίησης και της κυτταρικής λύσης.

Ποιες είναι οι βέλτιστες παράμετροι κατεργασίας με υπερήχους για την προετοιμασία δειγμάτων πρωτεωμικής;


Για βιολογικά δείγματα όπως κύτταρα και ιστοί, το συνιστώμενο πρωτόκολλο χρησιμοποιεί συσκευή υπερήχων VialTweeter στο 30% της ισχύος, με κύκλο 10 δευτερολέπτων λειτουργίας / 10 δευτερολέπτων παύσης, ο οποίος επαναλαμβάνεται 3 φορές. Τα δείγματα πρέπει να διατηρούνται σε πάγο κατά την επεξεργασία και ο κύκλος να επαναλαμβάνεται δύο ακόμη φορές εάν υποβάλλονται σε επεξεργασία ≥5 εκατομμύρια κύτταρα. (πρβλ. Wojtkiewicz et al., 2021)

Τι πρέπει να κάνω εάν η στήλη S-Trap™ αποφραχθεί κατά τη φόρτωση του δείγματος;


Η απόφραξη της στήλης προκαλείται συνήθως από υψηλό ιξώδες λόγω του DNA ή από ανεπαρκή διαύγαση. Για να το αντιμετωπίσετε, φυγοκεντρήστε σχολαστικά το κυτταρικό σας λύμα πριν από τη μεταφορά με πιπέτα και διασφαλίστε ότι το DNA έχει κατακερματιστεί επαρκώς μέσω διάτμησης με κατεργασία με υπερήχους.

Πώς ωφελεί η κατεργασία με υπερήχους χωρίς επαφή τις ροές εργασίας ποσοτικής πρωτεωμικής;


Σε ποσοτικές μελέτες, ακόμη και ίχνη διασταυρούμενης επιμόλυνσης μεταξύ δειγμάτων μπορούν να αλλοιώσουν τις μετρήσεις πεπτιδίων χαμηλής αφθονίας. Η επεξεργασία πολλαπλών φιαλιδίων σε κλειστά σωληνάρια με το VialTweeter εξαλείφει την εισαγωγή ανιχνευτή υπερήχων, διασφαλίζει την αναπαραγωγιμότητα μεταξύ παρτίδων και διατηρεί την ακεραιότητα των δειγμάτων για ακριβείς συγκριτικές αναλύσεις.

Ποια απόδοση πρωτεϊνών και ποιο βάθος ανάλυσης MS μπορώ να αναμένω από αυτό το πρωτόκολλο;


Ξεκινώντας με 50 mg ανθρώπινου καρδιακού ιστού ή 5 εκατομμύρια κύτταρα, η ροή εργασίας S-Trap™ αποδίδει συνήθως επαρκή ποσότητα πεπτιδίων για 30–50 εγχύσεις LC-MS, με σταθερή ταυτοποίηση περισσότερων από 4.000 μοναδικών πρωτεϊνών ανά αναλυτική εκτέλεση. (πρβλ. Wojtkiewicz et al., 2021)

 

Βιβλιογραφία / Αναφορές

UIP400MTP: συσκευή υπερήχων για πλάκες στις βιοεπιστήμεςΣε αυτό το σύντομο βίντεο βλέπετε το Hielscher UIP400MTP, μια ισχυρή συσκευή υπερήχων 400 βατ, σχεδιασμένη για πλάκες πολλαπλών βοθρίων, πλάκες PCR και σωληνάρια δειγμάτων, ιδανική για εφαρμογές υψηλής έντασης όπως η κυτταρική λύση, ο κατακερματισμός DNA/RNA και η εκχύλιση πρωτεϊνών. Σε αντίθεση με τα λουτρά υπερήχων, διαθέτει υπερηχητική κεφαλή κυπέλλου υψηλής έντασης που εξασφαλίζει ομοιόμορφη υπερηχητική επεξεργασία σε όλα τα βοθρία, με ακριβή έλεγχο του πλάτους ταλάντωσης, της ισχύος και της παλμικής λειτουργίας. Περιλαμβάνει χρονοδιακόπτη, αισθητήρα θερμοκρασίας και ψύξη με υδατόλουτρο, με προαιρετικό εξωτερικό ψύκτη, για σταθερά αποτελέσματα. Με πιστοποίηση ISO και συμμόρφωση με τα πρότυπα UL, RoHS και CE, αυτή η συσκευή υπερήχων υποστηρίζει λειτουργία 24/7 για ροές εργασίας υψηλής διεκπεραιωτικής ικανότητας.

Η Hielscher Ultrasonics παρέχει ισχυρές συσκευές υπερήχων χωρίς επαφή για την προετοιμασία δειγμάτων και την κλινική ανάλυση. Η συσκευή υπερήχων UIP400MTP για πλάκες πολλαπλών φρεατίων, το VialTweeter, το CupHorn και η συσκευή υπερήχων ροής GDmini2 επεξεργάζονται τα δείγματα χωρίς να τα αγγίζουν.

Η Hielscher Ultrasonics παρέχει ισχυρές συσκευές υπερήχων χωρίς επαφή για την προετοιμασία δειγμάτων και την κλινική ανάλυση. Η συσκευή υπερήχων UIP400MTP για πλάκες πολλαπλών φρεατίων, το VialTweeter, το CupHorn και η συσκευή υπερήχων ροής GDmini2 επεξεργάζονται τα δείγματα χωρίς να τα αγγίζουν.

Θα χαρούμε να συζητήσουμε τη διεργασία σας.

✕