Λύση κυττάρων ζύμης σε μικροπλάκες με κατεργασία με υπερήχους υψηλής έντασης

Οι μικροβιολόγοι και οι ερευνητές των βιοεπιστημών που εργάζονται με Saccharomyces cerevisiae, Pichia pastoris / Komagataella phaffii, καθώς και με άλλα συστήματα ζυμών, γνωρίζουν την πρόκληση: τα κύτταρα ζύμης είναι ανθεκτικά, η αναπαραγώγιμη λύση μπορεί να είναι δύσκολη και η χειροκίνητη διάρρηξη των δειγμάτων γίνεται γρήγορα περιοριστικός παράγοντας όταν πρέπει να ελεγχθούν πολλά στελέχη, κλώνοι, συνθήκες καλλιέργειας ή κατασκευές έκφρασης.

Λύση ζυμών υψηλής διεκπεραιωτικής ικανότητας για τη μικροβιολογία, τη μοριακή βιολογία και την ανάλυση πρωτεϊνών

Οι συσκευές υπερήχων μικροπλακών της Hielscher, όπως οι UIP400MTP (400 W) και UIP550MTP (550 W), παρέχουν μια λύση υψηλής διεκπεραιωτικής ικανότητας για τη μηχανική λύση κυττάρων ζύμης απευθείας σε μικροπλάκες. Αντί να υποβάλλονται τα δείγματα σε επεξεργασία ένα προς ένα με έναν καθετήρα υπερήχων, ολόκληρες μικροπλάκες μπορούν να υποβληθούν σε κατεργασία με υπερήχους υπό ομοιόμορφες συνθήκες. Έτσι, η λύση ζυμών με υπερήχους γίνεται ταχύτερη, πιο αναπαραγώγιμη και ευκολότερη στην ενσωμάτωσή της σε σύγχρονες ροές εργασίας μικροβιολογίας, έκφρασης πρωτεϊνών, ελέγχου ενζύμων και ομικών αναλύσεων.
Είτε χρειάζεται να απελευθερώσετε ανασυνδυασμένες πρωτεΐνες από P. pastoris, να παρασκευάσετε κυτταρολύματα ζυμών για ενζυμικές δοκιμασίες, να διαρρήξετε κύτταρα S. cerevisiae για ανάλυση πρωτεϊνών ή να ελέγξετε παράλληλα δεκάδες κλώνους ζυμών, οι συσκευές υπερήχων μικροπλακών της Hielscher παρέχουν ισχυρή κυτταρική διάρρηξη που βασίζεται στη σπηλαίωση, με ακριβή έλεγχο της διεργασίας.

Γιατί τα κύτταρα ζύμης απαιτούν αποτελεσματική μηχανική λύση

Η λύση των κυττάρων ζύμης είναι δυσκολότερη από εκείνη πολλών βακτηριακών κυττάρων ή κυττάρων θηλαστικών, επειδή προστατεύονται από ένα άκαμπτο κυτταρικό τοίχωμα που αποτελείται κυρίως από πολυσακχαρίτες, γλυκάνες, μαννοπρωτεΐνες και χιτίνη. Αυτό το κυτταρικό τοίχωμα παρέχει μηχανική σταθερότητα, αλλά περιορίζει επίσης την απελευθέρωση ενδοκυτταρικών πρωτεϊνών, νουκλεϊκών οξέων, μεταβολιτών και ενζύμων.
Οι συμβατικές μέθοδοι λύσης ζυμών περιλαμβάνουν τη μηχανική διάρρηξη με σφαιρίδια, την ενζυμική πέψη, τους κύκλους κατάψυξης–απόψυξης, τη χημική λύση και την κατεργασία με υπερήχους με καθετήρα. Αυτές οι μέθοδοι μπορούν να είναι αποτελεσματικές, αλλά έχουν επίσης περιορισμούς. Η μηχανική διάρρηξη με σφαιρίδια μπορεί να εισαγάγει θραύσματα και να προκαλέσει θέρμανση, η ενζυμική πέψη μπορεί να αυξήσει το κόστος και τη μεταβλητότητα, ενώ η κατεργασία με υπερήχους με καθετήρα για ένα δείγμα κάθε φορά είναι χρονοβόρα όταν πρέπει να υποβληθεί σε επεξεργασία μεγάλος αριθμός δειγμάτων.
Η εστιασμένη σπηλαίωση υπερήχων υψηλής έντασης υπερβαίνει αυτούς τους περιορισμούς ασκώντας έντονες μηχανικές δυνάμεις διάτμησης, διακυμάνσεις πίεσης και μικροροές στο εναιώρημα ζύμης. Το αποτέλεσμα είναι η ταχεία διάρρηξη των κυτταρικών τοιχωμάτων και μεμβρανών, η βελτιωμένη απελευθέρωση ενδοκυτταρικών συστατικών και η εξαιρετικά αναπαραγώγιμη προετοιμασία δειγμάτων σε πλάκες.

Κατεργασία μικροπλακών με υπερήχους για παράλληλη προετοιμασία δειγμάτων ζυμών

Τα Hielscher UIP400MTP και UIP550MTP έχουν σχεδιαστεί για ομοιόμορφη κατεργασία με υπερήχους μικροπλακών, πλακών πολλαπλών βοθρίων, πλακών PCR και κατάλληλων υποδοχέων δειγμάτων. Σε αντίθεση με την κατεργασία με υπερήχους με καθετήρα, τα δείγματα δεν χρειάζεται να υποβάλλονται σε επεξεργασία μεμονωμένα. Ολόκληρη η πλάκα εκτίθεται σε ελεγχόμενη ενέργεια υπερήχων, καθιστώντας τη ροή εργασίας ιδιαίτερα κατάλληλη για παράλληλη επεξεργασία δειγμάτων.

Αυτό είναι ιδιαίτερα χρήσιμο για:

• Έλεγχο στελεχών S. cerevisiae που φέρουν μεταλλάξεις ή χρησιμοποιούνται για έκφραση
• Λύση κλώνων P. pastoris / K. phaffii μετά την έκφραση ανασυνδυασμένων πρωτεϊνών
• Παρασκευή κυτταρολυμάτων ζυμών για ενζυμικές δοκιμασίες
• Εκχύλιση πρωτεϊνών για SDS-PAGE, Western blot, ELISA, LC-MS/MS ή δοκιμές δραστικότητας
• Απελευθέρωση ενδοκυτταρικών μεταβολιτών για μεταβολομική ανάλυση
• Προετοιμασία δειγμάτων DNA και RNA μετά από κατάλληλο καθαρισμό σε επόμενο στάδιο
• Βελτιστοποίηση υψηλής διεκπεραιωτικής ικανότητας των ρυθμιστικών διαλυμάτων λύσης, των προσθέτων και των συνθηκών εκχύλισης

Πώς η σπηλαίωση υπερήχων διαρρηγνύει τα κύτταρα ζύμης

Κατά την κατεργασία με υπερήχους, οι εστιασμένοι υπέρηχοι υψηλής ισχύος δημιουργούν εναλλασσόμενους κύκλους συμπίεσης και αραίωσης στο υγρό δείγμα. Σε επαρκή ένταση, αυτές οι διακυμάνσεις πίεσης προκαλούν ακουστική σπηλαίωση. Οι φυσαλίδες σπηλαίωσης σχηματίζονται, ταλαντώνονται και καταρρέουν, παράγοντας τοπικές δυνάμεις διάτμησης, μικροπίδακες, τυρβώδη ροή και έντονες βαθμίδες πίεσης.
Στα εναιωρήματα ζυμομυκήτων, αυτές οι μηχανικές επιδράσεις αποδυναμώνουν και διαρρηγνύουν το κυτταρικό τοίχωμα και την κυτταρική μεμβράνη. Ενδοκυτταρικές πρωτεΐνες, ένζυμα, νουκλεϊκά οξέα και μεταβολίτες απελευθερώνονται στο ρυθμιστικό διάλυμα λύσης. Επειδή η διεργασία είναι μηχανική, μπορεί να χρησιμοποιηθεί με πολλά διαφορετικά ρυθμιστικά συστήματα και να συνδυαστεί με αναστολείς πρωτεασών, αναγωγικούς παράγοντες, απορρυπαντικά, άλατα ή ήπια ενζυμική προκατεργασία.

Γενικό πρωτόκολλο: Λύση κυττάρων ζυμομυκήτων σε μικροπλάκες

Το ακόλουθο πρωτόκολλο παρέχει ένα πρακτικό σημείο εκκίνησης για τη λύση ζυμομυκήτων με τη χρήση της συσκευής υπερήχων μικροπλακών Hielscher UIP400MTP ή UIP550MTP. Οι παράμετροι θα πρέπει να βελτιστοποιούνται ανάλογα με το στέλεχος του ζυμομύκητα, την κυτταρική πυκνότητα, το μόριο-στόχο, τη σύνθεση του ρυθμιστικού διαλύματος, τον τύπο της πλάκας και την επακόλουθη δοκιμασία.

1. Συλλογή και πλύση των κυττάρων ζυμομυκήτων

Καλλιεργήστε Saccharomyces, Pichia, Hansenula, Debaryomyces ή άλλο στέλεχος ζυμομύκητα υπό τις επιθυμητές συνθήκες καλλιέργειας. Συλλέξτε τα κύτταρα με φυγοκέντρηση και απομακρύνετε το θρεπτικό μέσο καλλιέργειας. Πλύνετε το ίζημα με ψυχρό απεσταγμένο νερό, PBS ή το επιλεγμένο ρυθμιστικό διάλυμα λύσης, ώστε να απομακρυνθούν υπολειμματικά συστατικά του μέσου που ενδέχεται να επηρεάσουν την επακόλουθη ανάλυση.
Για την εκχύλιση πρωτεϊνών, διατηρείτε τα δείγματα ψυχρά και εργάζεστε γρήγορα. Εάν υπάρχει ανησυχία για τη δράση πρωτεασών, προψύξτε όλα τα ρυθμιστικά διαλύματα και τα αναλώσιμα.

2. Επαναιώρηση του κυτταρικού ιζήματος

Επαναιωρήστε το ίζημα ζυμομυκήτων σε κατάλληλο ψυχρό ρυθμιστικό διάλυμα λύσης. Για την αποτελεσματική απελευθέρωση πρωτεϊνών, η υψηλή κυτταρική πυκνότητα είναι συχνά πλεονεκτική. Ως σημείο εκκίνησης, χρησιμοποιήστε περίπου 10–20% w/v υγρό κυτταρικό ίζημα ή πυκνό εναιώρημα που αντιστοιχεί σε OD₆₀₀ > 10, ανάλογα με τη δοκιμασία.

Ένα τυπικό ρυθμιστικό διάλυμα λύσης για την εκχύλιση πρωτεϊνών από ζυμομύκητες μπορεί να περιέχει:

• ρυθμιστικό σύστημα, όπως Tris-HCl, φωσφορικό ρυθμιστικό διάλυμα ή HEPES
• άλας, όπως NaCl ή KCl
• μείγμα αναστολέων πρωτεασών
• προαιρετικά, αναγωγικό παράγοντα, όπως DTT ή β-μερκαπτοαιθανόλη
• προαιρετικά, απορρυπαντικό, όπως Triton X-100, NP-40, SDS ή CHAPS, ανάλογα με τη συμβατότητα με τα επόμενα στάδια
• προαιρετικά, αναστολείς φωσφατασών για μελέτες φωσφορυλίωσης

Για δύσκολα στελέχη ζυμομυκήτων ή για πολύ ήπια εκχύλιση πρωτεϊνών, μπορεί να χρησιμοποιηθεί σύντομη προκατεργασία με Zymolyase, Lyticase ή άλλο ένζυμο που διασπά το κυτταρικό τοίχωμα πριν από την κατεργασία με υπερήχους. Αυτή η ενζυμική προκατεργασία είναι προαιρετική, αλλά ενδέχεται να βελτιώσει την αποτελεσματικότητα της λύσης ή να μειώσει την απαιτούμενη ένταση των υπερήχων.

3. Μεταφορά των δειγμάτων σε κατάλληλη μικροπλάκα

Κατανείμετε το εναιώρημα ζυμομυκήτων σε μικροπλάκα συμβατή με κατεργασία με υπερήχους. Συχνά προτιμώνται πλάκες με στρογγυλό πυθμένα, επειδή βελτιώνουν τη συλλογή του δείγματος και μειώνουν τις νεκρές ζώνες. Χρησιμοποιήστε ίσους όγκους δείγματος σε όλα τα βοθρία για να βελτιώσετε την αναπαραγωγιμότητα.
Σφραγίστε την πλάκα με κατάλληλο τάπητα ή μεμβράνη σφράγισης για να αποτρέψετε την εξάτμιση, τον σχηματισμό αερολυμάτων και τη διασταυρούμενη επιμόλυνση. Βεβαιωθείτε ότι το μέσο σφράγισης είναι συμβατό με την επιλεγμένη θερμοκρασία και τις συνθήκες κατεργασίας με υπερήχους.
Οι τυπικοί όγκοι εργασίας εξαρτώνται από τη διάταξη της πλάκας και την εφαρμογή. Συνήθεις επιλογές περιλαμβάνουν πλάκες 96 βοθρίων, πλάκες βαθιών βοθρίων, πλάκες PCR ή κατάλληλες βάσεις σωληναρίων.

4. Ρύθμιση της ψύξης

Η λύση ζυμομυκήτων απαιτεί υψηλή ένταση υπερήχων και η μηχανική διάρρηξη παράγει θερμότητα. Ο έλεγχος της θερμοκρασίας είναι επομένως κρίσιμος, ιδιαίτερα για την ανάλυση πρωτεϊνών, ενζύμων, RNA ή φωσφορυλίωσης.

Χρησιμοποιήστε κατάλληλη στρατηγική ψύξης, όπως:

• προψυγμένο ρυθμιστικό διάλυμα λύσης
• προψυγμένες μικροπλάκες
• παύσεις ψύξης μεταξύ των διαστημάτων κατεργασίας με υπερήχους
• εξωτερική ψύξη της πλατφόρμας κατεργασίας με υπερήχους, όπου εφαρμόζεται

Στόχος είναι το δείγμα να διατηρείται αρκετά ψυχρό ώστε να αποτρέπονται η μετουσίωση των πρωτεϊνών, η αδρανοποίηση των ενζύμων, η αποδόμηση του RNA και η μεταβλητότητα των δειγμάτων που προκαλείται από τη θερμότητα.

5. Κατεργασία του εναιωρήματος ζυμομυκήτων με υπερήχους

Τοποθετήστε τη σφραγισμένη μικροπλάκα στη συσκευή υπερήχων για μικροπλάκες Hielscher UIP400MTP ή UIP550MTP και επιλέξτε ένα πρόγραμμα παλμικής κατεργασίας με υπερήχους. Συνιστάται η παλμική λειτουργία, επειδή επιτρέπει τη μηχανική διάρρηξη κατά τις φάσεις ενεργοποίησης (ON) και την απαγωγή θερμότητας κατά τις φάσεις απενεργοποίησης (OFF).
Ως σημείο εκκίνησης για τη λύση κυττάρων ζύμης:

Για εναιωρήματα ζύμης με ιδιαίτερα υψηλή αντοχή, πυκνή βιομάζα P. pastoris ή δύσκολη εκχύλιση ανασυνδυασμένων πρωτεϊνών, αυξήστε σταδιακά τον συνολικό χρόνο ενεργοποίησης (ON). Για θερμοευαίσθητες πρωτεΐνες ή ενζυμικές δοκιμασίες, χρησιμοποιήστε βραχύτερους παλμούς, μεγαλύτερες παύσεις ψύξης και χαμηλότερο αρχικό πλάτος ταλάντωσης.

Λύση ζυμών με υψηλή διεκπεραιωτική ικανότητα σε μικροπλάκες πολλαπλών βοθρίων με το UIP400MTP

6. Διαυγάστε το κυτταρικό λύμα

Μετά την κατεργασία με υπερήχους, φυγοκεντρήστε τη μικροπλάκα ή μεταφέρετε τα δείγματα σε σωληνάρια για φυγοκέντρηση. Απομακρύνετε τα κυτταρικά υπολείμματα με φυγοκέντρηση σε κατάλληλη ταχύτητα και θερμοκρασία. Συλλέξτε το υπερκείμενο για την επακόλουθη ανάλυση.

Ανάλογα με την εφαρμογή, το κυτταρικό λύμα μπορεί να χρησιμοποιηθεί για:

• ποσοτικό προσδιορισμό πρωτεϊνών
• δοκιμασίες ενζυμικής δραστικότητας
• SDS-PAGE και ανοσοαποτύπωση Western
• ELISA και ανοσοδοκιμασίες
• πρωτεωμική ανάλυση με LC-MS/MS
• ανάλυση μεταβολιτών
• καθαρισμό DNA ή RNA

7. Βελτιστοποιήστε και τεκμηριώστε τη μέθοδο

Για αναπαραγώγιμη λύση ζυμών, καταγράψτε όλες τις σχετικές παραμέτρους, συμπεριλαμβανομένων του στελέχους, της συνθήκης καλλιέργειας, της OD₆₀₀, της υγρής κυτταρικής μάζας, της σύνθεσης του ρυθμιστικού διαλύματος, του τύπου μικροπλάκας, του όγκου δείγματος, του πλάτους ταλάντωσης, του κύκλου παλμών, του συνολικού χρόνου ενεργοποίησης (ON), της μεθόδου ψύξης και της τελικής θερμοκρασίας του δείγματος.
Εάν η συσκευή υπερήχων Hielscher διαθέτει αυτόματη καταγραφή δεδομένων, τα δεδομένα της διεργασίας μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τεκμηρίωση, ανάπτυξη μεθόδων, αύξηση της κλίμακας και ποιοτικό έλεγχο.

Συμβουλές βελτιστοποίησης για τη λύση ζυμών

Για μέγιστη απελευθέρωση πρωτεϊνών, χρησιμοποιήστε πυκνά εναιωρήματα ζύμης, υψηλή ένταση υπερήχων και επαρκή συνολικό χρόνο ενεργοποίησης (ON). Για ευαίσθητες πρωτεΐνες, μειώστε το πλάτος ταλάντωσης, παρατείνετε τις παύσεις ψύξης και διατηρείτε τη μικροπλάκα κρύα καθ’ όλη τη διάρκεια της κατεργασίας.
Εάν η λύση είναι ατελής, αυξήστε σταδιακά τον χρόνο κατεργασίας με υπερήχους, δοκιμάστε ενζυμική προκατεργασία, μειώστε το ιξώδες του δείγματος ή βελτιστοποιήστε το ρυθμιστικό διάλυμα. Εάν οι πρωτεΐνες αποικοδομούνται ή χάνουν τη δραστικότητά τους, βελτιώστε την ψύξη, συντομεύστε τα διαστήματα ενεργοποίησης (ON), προσθέστε αναστολείς και επαληθεύστε ότι το σύστημα απορρυπαντικών είναι συμβατό με την πρωτεΐνη-στόχο.
Επειδή τα στελέχη ζυμών διαφέρουν σημαντικά ως προς τη δομή του κυτταρικού τοιχώματος, τη φάση ανάπτυξης, το σύστημα έκφρασης και την πυκνότητα βιομάζας, συνιστάται ένας μικρός πειραματικός πίνακας βελτιστοποίησης. Για παράδειγμα, δοκιμάστε τρία πλάτη ταλάντωσης, δύο κύκλους παλμών και δύο συνολικούς χρόνους ενεργοποίησης (ON) και, στη συνέχεια, αξιολογήστε την αποτελεσματικότητα της λύσης και την ακεραιότητα των πρωτεϊνών.

Πλεονεκτήματα των συσκευών υπερήχων για μικροπλάκες της Hielscher για τη λύση ζυμών

Οι συσκευές υπερήχων για μικροπλάκες της Hielscher είναι ιδανικές για εργαστήρια που χρειάζονται αναπαραγώγιμη λύση σε πολλά δείγματα. Εξαλείφουν την αργή επεξεργασία ενός δείγματος κάθε φορά με καθετήρα υπερήχων και μειώνουν τη μεταβλητότητα που προκαλείται από τη χειροκίνητη τοποθέτηση του καθετήρα, το βάθος εμβάπτισης και τις διαφορές στον χειρισμό μεταξύ δειγμάτων.

Τα βασικά πλεονεκτήματα περιλαμβάνουν:

• Επεξεργασία με υψηλή διεκπεραιωτική ικανότητα: Υποβάλετε πολλά δείγματα ζύμης παράλληλα σε κατεργασία με υπερήχους σε μικροπλάκες ή συμβατές βάσεις δειγμάτων.
• Αναπαραγώγιμες συνθήκες: Ίδιες συνθήκες κατεργασίας με υπερήχους σε όλα τα βοθρία για ομοιόμορφα, συγκρίσιμα αποτελέσματα λύσης.
• Χωρίς διασταυρούμενη επιμόλυνση από τον καθετήρα: Τα δείγματα παραμένουν σφραγισμένα κατά την κατεργασία με υπερήχους, μειώνοντας τη μεταφορά υπολειμμάτων μεταξύ δειγμάτων και τα βήματα καθαρισμού.
• Κατάλληλες για ανθεκτικά κύτταρα: Οι υπέρηχοι υψηλής έντασης υποστηρίζουν τη διάρρηξη των κυτταρικών τοιχωμάτων των ζυμών.
• Αποδοτική ροή εργασίας: Ιδανική για τον έλεγχο στελεχών, κλώνων, συνθηκών έκφρασης και ρυθμιστικών διαλυμάτων λύσης.
• Αποδοτική ροή εργασίας: Προγραμματιζόμενες ρυθμίσεις, αυτοματοποιημένη καταγραφή δεδομένων και καταλληλότητα για εργαστηριακό αυτοματισμό.

Εφαρμογές στη βιοτεχνολογία ζυμών και στην έρευνα των βιοεπιστημών

Η λύση ζυμών με υπερήχους σε μικροπλάκες υποστηρίζει πολλές ροές εργασίας έρευνας και ελέγχου. Στην έκφραση ανασυνδυασμένων πρωτεϊνών, οι κλώνοι P. pastoris και S. cerevisiae μπορούν να υποβληθούν σε λύση παράλληλα, ώστε να συγκριθούν τα επίπεδα έκφρασης ή η ενζυμική δραστικότητα. Στη βιολογία συστημάτων και στις ομικές επιστήμες, η τυποποιημένη λύση βελτιώνει τη συγκρισιμότητα μεταξύ συνθηκών. Στη μικροβιολογία, η κατεργασία με υπερήχους υποστηρίζει την ταχεία παρασκευή λυμάτων από πολλαπλά στελέχη, συνθήκες θρεπτικών μέσων ή κατεργασίες καταπόνησης.
Οι συνήθεις τομείς εφαρμογής περιλαμβάνουν:

• εκχύλιση πρωτεϊνών από ζύμες
• έλεγχο ανασυνδυασμένων πρωτεϊνών
• έλεγχο ενζυμικής δραστικότητας
• επιλογή κλώνων μετά τον μετασχηματισμό
• βελτιστοποίηση της ζύμωσης
• προετοιμασία δειγμάτων για πρωτεωμική ανάλυση
• προετοιμασία δειγμάτων για μεταβολομική ανάλυση
• μελέτες διάρρηξης του κυτταρικού τοιχώματος
• μικροβιολογικές δοκιμασίες υψηλής διεκπεραιωτικής ικανότητας

Η αξιόπιστη λύση ζυμών ξεκινά με ελεγχόμενη κατεργασία με υπερήχους

Η λύση ζυμών μπορεί να είναι δύσκολη όταν αυξάνεται ο αριθμός των δειγμάτων, αλλά οι συσκευές υπερήχων μικροπλακών της Hielscher καθιστούν τη διαδικασία ταχύτερη, καθαρότερη και πιο αναπαραγώγιμη. Τα UIP400MTP και UIP550MTP επιτρέπουν στους ερευνητές να επεξεργάζονται ολόκληρες πλάκες υπό καθορισμένες συνθήκες υπερήχων, αυξάνοντας τη διεκπεραιωτική ικανότητα και μειώνοντας παράλληλα τους χειροκίνητους χειρισμούς.
Για τους μικροβιολόγους, τους μοριακούς βιολόγους, τους επιστήμονες που μελετούν πρωτεΐνες και τα εργαστήρια βιοτεχνολογίας, η κατεργασία μικροπλακών με υπερήχους αποτελεί ισχυρό εργαλείο για την αποδοτική και αναπαραγώγιμη απελευθέρωση ενδοκυτταρικών συστατικών των ζυμών.

Βιβλιογραφία / Αναφορές

• FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
• FactSheet UIP550MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
• Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
• Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics 2024.