Metabolomics lettet af sonikering med høj kapacitet
Metabolomics er det forskningsfelt, der anvender high-throughput teknikker til at karakterisere og kvantificere små molekyler i forskellige biofluider, såsom urin, serum, plasma, afføring og spyt, hvilket afslører unikke metaboliske signaturer. Sonicatoren med høj kapacitet UIP400MTP, designet til plader med flere brønde, er et kraftfuldt værktøj til lysering af celler i disse prøver, hvilket letter frigivelsen af metabolitter til downstream-analyse. Denne præcise og pålidelige tilgang er afgørende for metabolomics, hvor nøjagtigt undersøgelsesdesign, omhyggelig prøveforberedelse, optimeret platformsopsætning, omfattende dataanalyse og meningsfuld biologisk fortolkning er altafgørende. Metabolomics anvender både målrettede tilgange, som fokuserer på specifikke klasser af molekyler som kulhydrater, lipider og aminosyrer, og ikke-målrettede teknikker, som giver et bredt overblik over de metaboliske profiler i en prøve, hvilket afslører den indviklede kompleksitet af metabolisk signalering.
UIP400MTP er en berøringsfri soniker med høj kapacitet til cellelyse og metabolitekstraktion i plader med flere brønde
Prøveforberedelse med høj kapacitet med 96-brønds plade Sonicator UIP400MTP
Brug af den berøringsfri soniker UIP400MTP i kombination med 96-brønds plader er en effektiv metode til homogenisering med høj kapacitet og metabolitekstraktion. Denne opsætning undgår direkte kontakt med prøven, hvilket reducerer risikoen for krydskontaminering under behandling af flere prøver samtidigt.
Trin-for-trin protokol til homogenisering med 96-brønds soniker UIP400MTP
- Forberedelse af metabolomiske prøver
Eksempel på placering: Dispenser hver sample (f.eks. afføring, tarmvæv eller luminalt indhold) i individuelle brønde på en 96-brønds plade eller mikroplade.
Opløsningsmiddel: Organiske opløsningsmidler, såsom methanol, ethanol, acetonitril, chloroform og deres (vandige) blandinger, er essentielle for metabolitekstraktion, hvilket hjælper med frigivelsen af intracellulære metabolitter fra den cellulære matrix. Brug 100-300 μL opløsningsmiddel pr. brønd, hvilket sikrer nok volumen til at nedsænke prøven helt.
Interne standarder: Tilføj eventuelt interne standarder til hver brønd til normalisering under downstream metabolomisk analyse. - Opsætning af koblingsmedium
Vandstand: Placer 96-brøndpladen på sonikeringsplatformen fyldt med vand (koblingsmediet) som beskrevet i manualen. - UIP400MTP Parameter Konfiguration
Strømindstillinger: Juster ultralydsamplituden til 50-80% af den maksimale effekt for effektiv homogenisering.
Puls-tilstand: Indstil sonikeringscyklussen til skiftende impulser (f.eks. 30 sekunder ON, 30 sekunder OFF) for at tillade afkøling og forhindre sample overophedning.
Samlet tid: 4-10 minutter, afhængigt af prøvens kompleksitet og sejhed.
Temperaturkontrol: Brug en laboratoriekøler til at holde vandet ved 4-8 ° C under sonikering for at beskytte varmefølsomme metabolitter. - sonikering proces
Start UIP400MTP for sonikeringscyklusser.
Overvåg processen via UIP400MTP-grænsefladen.
Kavitationseffekten vil homogenisere prøver og lyse celler i brøndene og frigive intracellulære metabolitter i opløsningsmidlet. - Efter sonikering
Centrifugering: Efter sonikering overføres pladens indhold til opsamlingsrør, hvis det er nødvendigt. Centrifuger ved 4.000-6.000 × g i 10 minutter til pellet uopløseligt affald og cellulært materiale.
Supernatant Kollektion: Overfør forsigtigt supernatanten fra hver brønd til nye rør eller plader til analyse.
Valgfri tørring: Tør supernatanter ved hjælp af en vakuumkoncentrator (f.eks. SpeedVac), hvis koncentration er påkrævet, og rekonstituer derefter i et lille volumen af det passende opløsningsmiddel.
Udnyt den høje kapacitetskapacitet i den UIP400MTP multi-brønds plade soniker og lette din metabolomiske forskning og analyse!
UIP400MTP ultralydator med høj kapacitet til metabolomisk forskning i plader med flere brønde, plader, rør og petriskåle med 96 brønde.
UIP400MTP Multiwell Plate Sonicator til prøveforberedelse med høj kapacitet i metabolomisk forskning.
Princippet om ikke-kontakt sonikering med UIP400MTP
UIP400MTP anvender ultralydsbølger på brøndene på en 96-brønds plade indirekte via et koblingsmedium (f.eks. vand). Disse bølger skaber kavitation, som forstyrrer celler og frigiver metabolitter uden fysisk kontakt mellem sonden og prøven.
“Jeg skriver for at takke dig for vores fantastiske oplevelse med at bruge din UIP400MTP soniker til ensartet og konsistent bakteriel lyse af fækale mikrobiomprøver. Vi skubber grænserne for lysisteknologi med høj kapacitet, og dit instrument er velegnet til opgaven. Nogle af de vigtigste højdepunkter er:
- Brugervenlighed – instrumentet er nemt at bruge, og tilpasning er ligetil ved hjælp af menuvalgene
- Høj gennemstrømning – Fremragende til håndtering af plader med 96 prøver ad gangen
- Selv sonikering af alle fartøjer – Enheden var i stand til at levere den samme mængde sonikering til alle brønde, hvilket var afgørende for vores applikation
- Support fra Hielscher-teamet – Supporten var fremragende, du var der altid for os i træningen, for at besvare vores spørgsmål og løse problemer med forslag, der hjalp os med at nå vores mål.
Endnu en gang tak for din hjælp og hjælp, mens vi arbejdede på at optimere vores protokoller.”
Mark D. Driscoll, Ph.D. – Ledende videnskabelig officer – Intus Biosciences
Multi-brønds plade sonikeren UIP400MTP letter prøveforberedelse med høj kapacitet, f.eks. i metabolitforskning og analyse.
96-brønds plade soniker UIP400MTP: Den ultralydstransmitterende væske omgiver alle brønde og giver ensartet sonikering af hver prøve
Nøglefunktioner i UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator
| Høj gennemstrømning sonikering | Perfekt egnet til 96-brønde og andre multiwell-plader, giver UIP400MTP mulighed for samtidig, identisk sonikering af flere prøver, hvilket forkorter varigheden af prøveforberedelsen betydeligt og øger gennemstrømningen af test med højt prøveantal. |
| Brug Multiwell-pladen efter eget valg | UIP400MTP er designet til at sonikere alle standard multiwell-plader, PCR-plader eller mikrotiterplader. Du vælger den plade, der passer bedst til dine eksperimenter. Da UIP400MTP ikke kræver proprietære forbrugsstoffer, sparer du mange penge! |
| Ikke-kontakt ultralydbehandling | Multiwell Plate Sonicator anvender UIP400MTP intens ultralyd uden at indsætte noget i prøven. Du kan sonikere ealed multiwell plader, lukkede kar og hætteglas. Hielscher leverer dig tilpassede prøveholdere til alle ikke-standardiserede hætteglas eller beholdere. |
| Præcision og kontrol | Præcisionskontrol og smart software giver dig mulighed for at indstille ultralydsparametrene, så de passer optimalt til dine specifikke behandlingsbehov. Du får maksimal sonikeringseffektivitet og effektivitet til hvert eksperiment. |
| Temperaturkontrol | Indstil en bestemt temperatur for din sonikering. Den UIP400MTP plade sonicator kan overvåge sample temperatur og justere sonikeringen i overensstemmelse hermed. En recirkulerende kølevæske afkøler hver brønd i pladen for præcis temperaturkontrol. |
| Protokol og fjernbetjening | Hver sonikeringskørsel kan styres fra en computer. Ingen softwareinstallation er nødvendig. Du kan bruge din standardbrowser (f.eks. Chrome, Firefox, Edge eller Safari) på ethvert operativsystem (f.eks. MacOS, Windows, Android, iOS eller Linux) til at styre og overvåge UIP400MTP eksternt. Hver sonikeringskørsel producerer en detaljeret sonikeringsprotokol til evaluering og dokumentation. Protokolfilen er i et ikke-proprietært CSV-format, som du kan åbne med dit foretrukne program, f.eks. Microsoft Excel, Apple Numbers eller OpenOffice Calc. |
| Robust og pålidelig | Designet og bygget i Tyskland efter højeste kvalitetsstandarder, UIP400MTP er ikke kun kraftfuld, men også bemærkelsesværdigt holdbar. Dens design opfylder industrielle standarder og modstår nemt belastningerne ved daglig brug i et krævende laboratoriemiljø. Du kan bruge UIP400MTP uafbrudt 24 timer, 7 dage om ugen i operationer med høj kapacitet. |
- høj effektivitet
- Avanceret teknologi
- pålidelighed & Robusthed
- justerbar, præcis processtyring
- Intelligent software
- smarte funktioner (f.eks. programmerbar, dataprotokol, fjernbetjening)
- Nem og sikker at betjene
- lav vedligeholdelse
- CIP (rengøring på stedet)
Design, produktion og rådgivning – Kvalitet fremstillet i Tyskland
Hielscher ultralydapparater er kendt for deres højeste kvalitet og designstandarder. Robusthed og nem betjening muliggør en jævn integration af vores ultralydapparater i industrielle faciliteter. Hårde forhold og krævende miljøer håndteres let af Hielscher ultralydsapparater.
Hielscher Ultrasonics er et ISO-certificeret firma og lægger særlig vægt på højtydende ultralydapparater med avanceret teknologi og brugervenlighed. Selvfølgelig er Hielscher ultralydapparater CE-kompatible og opfylder kravene i UL, CSA og RoHs.
Berøringsfri soniker UIP400MTP til forberedelse af metabolomiske prøver i mikroplader.
Litteratur / Referencer
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Ofte stillede spørgsmål om metabolomisk forskning
Hvad er mikrobiomet?
Mikrobiomet refererer til det kollektive samfund af mikroorganismer, herunder bakterier, vira, svampe og arkæer, samt deres genetiske materiale, der bebor et bestemt miljø, såsom den menneskelige krop. Det spiller afgørende roller i værtssundheden ved at påvirke stofskiftet, immunfunktionen og beskyttelsen mod patogener, samtidig med at det formes af faktorer som kost, livsstil og miljø.
Hvad er Metabolomics?
Metabolomics er det omfattende studie af metabolitter, som er små molekyler, der produceres under metaboliske processer i et biologisk system. Det involverer identifikation, kvantificering og analyse af disse molekyler for at forstå cellulære funktioner, metaboliske veje, og hvordan de reagerer på genetiske, miljømæssige eller patologiske ændringer.
Hvad er metabolomet?
Metabolomet er det komplette sæt af små molekyler eller metabolitter, der er til stede i et biologisk system, såsom en celle, væv eller organisme, på et givet tidspunkt. Det afspejler systemets biokemiske aktivitet og fysiologiske tilstand og giver indsigt i stofskiftet og dets interaktioner med miljøet.
Hielscher Ultrasonics fremstiller højtydende ultralydshomogenisatorer fra Lab til industriel størrelse.