Ultrazvučna fragmentacija DNK za sljedeće gensko sekvenciranje

Sekvenciranje naredne generacije (NGS) zahtijeva pouzdano sklanjanje i fragmentaciju genomske DNK kako bi se sekvencirale genomske DNK nit i stvorile biblioteke genoma. Kontrolirana fragmentacija DNK u fragmente DNK je bitan korak pripreme uzorka potreban prije sekvenciranja DNK. Ultrasonikacija se dokazuje kao efikasna i pouzdana tehnika za fragmentaciju DNK određene dužine. Ultrazvučni protokoli fragmentacije DNK postižu reprodukljive rezultate fragmentacije. Hielscherovi ultrasonikatori su sposobni proizvesti širok spektar genomske distribucije veličine fragmenta DNK, precizno kontrolisane preko operativnih parametara. Pošto su Hielscherovi ultrazvučni sistemi za šišanje DNK dostupni za jednostruke i više bočice kao i za mikroplate, priprema uzorka postaje vrlo efikasna.

Informativni zahtev




Zabilježi naš Politika privatnosti.


Ultrasonic DNA fragmentation is frequently used as sample preparation step in Next Generation Sequencing (NGS)

Elektroforetske analize genomske DNA E. coli EDL933 podvrgnuti na 0 - 15 min ultrasonication. L označava DNA Ladder. (Basselet et al. 2008)

Prednosti ultrazvučne fragmentacije DNK

  • ponoveni / reproducitivni rezultati
  • precizno podesivo za dobijanje određene dužine fragmenta
  • brza obrada
  • dosljedni rezultati fragmentacije DNK
  • uređaji za bilo koji volumen uzorka (npr. više bočica ili mikroplata)
  • high throughput
  • precizna kontrola temperature
  • jednostavna, user-friendly operacija

Next-Gen Sequencing: Ultrasonic DNA Fragmentation for Library Preparation

Da bi se izvelo sekvenciranje sledeće generacije, moraju se obaviti tri osnovna koraka (1) priprema biblioteke, (2) sekvenciranje, i (3) analiza podataka. Tokom pripreme biblioteke, DNK je fragmentiran, zatim se delovi popravljaju (poliraju) dodavanjem jedne baze adenina i ciljni fragmenti se pretvaraju u dvostruko nasukanu DNK. Konačno, tako se prilagodnici vezuju ligacijom, PCR-om ili tagmentacijom tako da se konačni bibliotečan DNK proizvod može kvantitirati za sekvenciranje.
Fragmentacija DNK koristeći Sonication: Posebno kada kratko èitane tehnologije sekvenciranja kao što je Illumina, koje ne mogu èitati duæe fragmente DNK, DNK stabovi moraju biti fragmentiran do određene velièine koja se može pouzdano postiæi ultrazvukom.
Ultrasonication se može pouzdano koristiti za fragmentaciju DNK, RNK i hromatina.

Kako radi ultrazvučna fragmentacija DNK?

Sonication, poznat i kao akustična obrada uzoraka, je široko korištena metoda za fragmentiranje DNK. Za ultrazvučno šišanje DNK uzorci su izloženi ultrazvučnim talasima pod kontrolisanim stanjem. Radni princip ultrazvučne fragmentacije DNK se zasniva na vibracijama i kavitacijama koje stvaraju ultrazvučni talasi. Smicne sile koje su rezultat ultrazvučne (akustične) kavitacije lome molekule DNK visoke molekularne težine. Podešavanje sonikacije kao što su intenzivnost (amplitude, trajanje), pulsacioni način i temperatura omogućavaju preciznu fragmentaciju DNK do određene željene dužine fragmenata DNK. Dok se DNK često smanjuje na 100 do 600 bp pomoću ultrasonikacije, duži fragmenti DNK do 1300 bp mogu se dobiti kada se primene blaži ultrazvučni uslovi.

Ultrasonic homogenizers are reliable for DNA shearing

Ultrazvučno šišanje DNK tokom CHIP-a – hromatin Imuniprecipitaciona
Adapted from Jkwchui under CC-BY-SA.03

Kontrola temperature za sprečavanje degradacije DNK

Dvostruko nasukani molekularni oblik DNK je vrlo osjetljiv na povišene temperature tako da je tačan nadzor nad temperaturom tokom koraka pripreme uzoraka presudan faktor za pouzdane rezultate analize.
Bilo da koristite Hielscherove ultrasonikatore sonde, VialTweeter ili UIP400MTP – kontinuirano praćenje i kontrola temperature je osigurano zbog plugable temperaturnog senzora i softvera pametnog uređaja . Kako bi se održala temperatura unutar određenog raspona, možete postaviti gornje i donje ograničenje temperature. Prema tome, ultrasonikator će pauzirati čim se prekorači ova ograničenja temperature i automatski će se nastaviti sonikirati kada se temperatura spusti za postavljeni ∆T.
Sofisticirani softver Hielscher ultrasonicators osigurava pouzdano održavanje idealnih uslova liječenja uzorkom.

Masovna fragmentacija DNK uzorka sa UIP400MTP multi-Well Plate Ultrasonicatorom

Ultrasonic Multi-Sample Preparation Unit UIP400MTP for multi-well plate sonicationBrojevi uzoraka u životnim naukama značajno su se povećali u posljednjih deset godina. To znači vrlo visok broj uzoraka (npr. 384, 1536 ili 3456 zveri po mikroplati) moraju biti obrađeni tokom pripreme uzoraka i analize pod dosljedno jednakim uvjetima kako bi se dobili usporediv i važeći rezultati. Sa UIP400MTP, Hielscher Ultrasonics prati trend obrade masovnih uzoraka. UIP400MTP je ultrasonikator za pripremu uzoraka pomoću mikroplata. UIP400MTP može obraditi ploče sa 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 ili 3456 wells. Ovisno o tipu mikroplate, svaki dobrotlašci obično mogu držati uzorke volumena između desetine nanolitara do nekoliko mililitara. Široko se koristi u istraživanjima životne nauke, UIP400MTP se vrlo često koristi za pripremu uzoraka prije ispitivanja kao što su ELISA (enzimom povezani imunosorbent assay) ili PCR, Prije analitike proteina, kao i za pripremu hromatina prije CHiP-a i CHiP-seqa, identifikaciju modifikacije histona i druge analitičke tretmane (npr. gel elektroforezu, masenu spektrometriju).

VialTweeter za praparaciju uzoraka do 10 bočica

Kompletna VialTweeter setup: VialTweeter dihtovanje na ultrazvučnih procesor UP200StVialTweeter je široko korišteni laboratorijski ultrasonicator VialTweeter koji omogućava učinkovito i udobno sonication do 10 bočica istovremeno. Pošto se bočice i probne cijevi (npr. bočice Eppendorf, krio bočice, centrifuge cijevi) indirektno sonikuju, izbjegava se bilo koja unakrsna kontaminacija. Kako se isti intezitet ultrazvuka isporučuje svakom uzorku, svi rezultati sonikacije su homogeni i razmnožavajući. VialTweeter nudi sve pametne funkcije kao što su naši drugi digitalni uređaji (npr. pametni meni, programljive postavke, kontrola temperature, daljinski upravljač itd.) tako da je osiguran najviši korisnik-komfor.

Sonde sa više prstiju za Mikrovel ploče

4 probe heads or 4 sonotrodes for simultaneous sonication of 4 samples at the same intensity with the Hielscher 200 watts ultrasonicator models UP200ST and UP200HTDostupno za ultrazvučne sonde homogenizatore UP200Ht i UP200St, sonde s više prstiju sa 4 ili 8 prstiju su udobna opcija za sonikirati više uzoraka u isto vrijeme pod istim uvjetima. Na primjer, sonotrode MTP-24-8-96 je sonda za osam prstiju, koja je idealna za integraciju u automatizirane sisteme ili efikasnu ručnu pripremu uzoraka zveri multi-well ploča. Sonotrode s više prstiju su idealne za automatizirane za laboratorije, gdje se obrađuju uglavnom pahuljasti i probne cijevi pomoću standardne ultrazvučne sonotrode. Višeprsti i standardne sonde mogu se brzo mijenjati u roku od nekoliko minuta pretvarajući ultrasonikator sa jednom sondom u višesonski ultrazvučni disruptor.

Informativni zahtev




Zabilježi naš Politika privatnosti.


Hielscher Ultrasonicators za fragmentaciju DNK

Hielscher Ultrasonics nudi razne ultrazvučne platforme za DNK, RNK i fragmentaciju hromatina. Ove različite platforme uključuju ultrazvučne sonde (sonotrode), indirektna sonication rješenja za istovremenu pripremu uzoraka više cijevi ili multi-well ploča (npr. 96-dobro ploča, mikrotiter ploča), sonoreaktora, i ultrazvučnih cuphorns. Sve platforme za DNK šišanje su napajane frekvencijski podešenim, ultrazvučnim procesorima visokih performansi, koji su precizno kontrolisani i dostavljaju reprodukljive rezultate.

Ultrazvučni procesori za bilo koji broj uzorka i veličinu

Uz Hielscherove multi-uzorke ultrasonicators VialTweeter (za do 10 test cijevi) i UIP400MTP (za mikroplate/ multiwell ploče) postaje lako moguće smanjiti vrijeme obrade uzoraka zbog intenzivne i precizno kontrolirane ultrasonikacije uz dobivanje željene distribucije i prinosa veličine fragmenta DNK. Ultrazvučna fragmentacija DNK čini pripremu uzorka efikasnom, pouzdanom i skalablnom. Protokoli se mogu približno skalirati od jednog do brojnih uzoraka primjenom stalno kontroliranog ultrazvuka.
Ultrasonikatori sonde sa jednim do pet prstiju idealni su za pripremu manjih brojeva uzoraka. Hielscherovi laboratorijski ultrasonikatori dostupni su u raznim veličinama tako da vam možemo preporučiti idealan uređaj za vašu primjenu i zahtjeve.

preciznu kontrolu procesa

Hielscher ultrasonicators can be remotely controlled via browser control. Sonication parameters can be monitored and adjusted precisely to the process requirements.Precizno kontrolisane postavke sonikacije su presudne jer iscrpno sonifikacija može uništiti DNK, RNK i hromatin, ali neadekvatno ultrazvučno šišanje rezultira predugim fragmentima DNK i hromatina. Hielscherovi digitalni ultrasonicatori se lako mogu postaviti na precizan parametar sonication. Specifične postavke sonikacije se mogu sačuvati i kao programirana postavka za brzo ponavljanje istog postupka.
Sva sonication su automatski protokoliran i pohranjen kao CSV fajl na ugrađenoj SD-kartici. To omogućava preciznu dokumentaciju o izvršenim suđenjima i omogućava revizu sonication teče lako.
Preko daljinskog upravljača preglednika, svim digitalnim ultrasonikatorima se može upravljati i nadzirati putem bilo eg standardnog preglednika. Instalacija dodatnog softvera nije potrebna, pošto LAN veza omogućava vrlo jednostavno podešavanje plug-n-playa.

Najviši korisnik-friendliness in Ultrasonic Sample Preparation

Svi Hielscherovi ultrasonicatori su dizajnirani da isporuče ultrazvuk visokih performansi, dok su istovremeno uvijek vrlo korisni i laki za operirati. Sve postavke su dobro strukturirano u jasnom meniju, kojem se može lako pristupiti putem obojenih touch-displaya ili daljinskog upravljača preglednika. Pametni softver sa programiranim postavkama i automatskim snimanjem podataka osigurava optimalne postavke sonikacije za pouzdane i reprodukljive rezultate. Čist i jednostavan interfejs menija pretvara Hielscher ultrasonicators u korisnički i efikasne uređaje.
Tablica ispod vam daje naznaku o približnom kapacitetu obrade naših laboratorijskih ultrasonicatora, koji su idealni za zadatke pripreme uzoraka kao što su fragmentacija DNK i RNK, liza ćelija kao i ekstrakcija proteina:

uređaj Snaga [W] tip Volumen [ml]
UIP400MTP 400 za mikroplate 6 – 3456 wells
VialTweeter 200 za do 10 bočica plus mogućnost stezanja 0.5 – 1,5
UP50H 50 Probe tipa 0.01 – 250
UP100H 100 Probe tipa 0.01 – 500
Uf200 ः t 200 Probe tipa 0.1 – 1000
UP200St 200 Probe tipa 0.1 – 1000
UP400St 400 Probe tipa 5,0 – 2000
Cufir 200 Cufir, sonoreglumac 10 – 200
GDmini2 200 kontaminacija-slobodan protok ćeliju

Kontaktiraj nas! / Pitajte nas!

Traži više informacija

Molimo koristite formular ispod da Zatražit dodatne informacije o ultrazvučnim procesorima, aplikacijama i cijeni. Biće nam drago da diskutujemo o vašem procesu sa vama i da vam ponudimo ultrazvučni sistem.









Molim vas, obratite se našem Politika privatnosti.


The VialTweeter is a MultiSample Ultraonicator that allows for reliable sample preparation under precisely controlled temperature conditions.

Ultrazvučna jedinica za pripremu više uzoraka VialTweeter omogućava istovremeno sonikaciju do 10 bočica. Uz stezaljku uređaja VialPress, do 4 dodatne cijevi se mogu pritisnuti na prednju stranu za intenzivno sonication.


Sonotrode MTP-24-8-96 ima osam ultrazvučnih sondi za sonication wells of microtiter plates.

Sonotrode MTP-24-8-96 ima osam ultrazvučnih sondi za sonication wells of microtiter plates.



Književnost/reference

Činjenice vredi znati

Šta je sekvenciranje sledeće generacije?

Sekvenciranje sljedeće generacije, također Sljedeće Gen Sequencing (NGS), visokoputno sekvenciranje ili sekvenciranje druge generacije, odnosi se na pristup masivnog paralelnog sekvenciranja, gdje su vrlo velike (masivne) količine DNK miliona fragmenata sekvencirani istovremeno paralelno po runu.
Da bi se izvelo sekvenciranje sledeće generacije, moraju se obaviti tri osnovna koraka (1) priprema biblioteke, (2) sekvenciranje, i (3) analiza podataka. Tokom pripreme biblioteke, DNK nit se mora rascjepkati u DNK fragmente određene dužine. Sonication je jedna od najpoћeljuжih tehnika fragmentacije DNK.
Tokom procesa sekvenciranja DNK, poredak nukleotida u DNK – poznat kao sekvenca nukleinih kiselina - određuje se. Sekvenca nukleinske kiseline se sačinjava iz četiri nukleotidne baze – adenina, cistozina, guanina, timina – koji kod za informacije.
Sekvenciranje sljedeće generacije je gonna istraživanja u životnoj nauci i personaliziranoj medicini budući da se SEKVENCIRANJE DNK i RNK umnogome koriste u genomskim istraživanjima, istraživanju raka, istraživanju rijetkih i složenih bolesti, mikrobijskim istraživanjima, agrigenomiji i mnogim drugim istraživačkim poljima.

Next Generation Sequencing vs Sanger Sequencing

Dok je sa Sekvencingom naredne generacije (NGS) moguće sekvencirati masivne brojeve genominih uzoraka, Sequencing Sanger (poznat i kao metoda prekida lanca ili First Generation Sequencing) ima samo mogućnost sekvenciranja malih brojeva uzoraka. Sekvenciranje Sengera sekvenciљe samo jedan fragment DNK u jednom trenutku i moћe se postiжi u jednom danu. Zbog svoje acccuracy, Sengerova sekvenca se također smatra tehnologijom zlatnog standarda, koja se koristi za verifikaciju rezultata dobivenih sekvencingom Sljedeće generacije.
Sekvenciranje sangera postiže dužine čitati od približno 800bp (tipično 500-600bp s neobogaćenom DNK). Duže dužine čitati u Sanger sekvencingu prikazuju značajne prednosti u odnosu na druge metode sekvenciranja posebno u smislu sekvenciranja repetitivnih regija genoma. Izazov kratko čitanih podataka sekvenci je posebno pitanje u sekvenciranju novih genoma (de novo) i u sekvenciranju visoko preuređenih genoma segmenata, obično onih viđenih kod genoma raka ili u regionima hromosoma koji pokazuju strukturnu varijaciju. [cp. Morozova i Marra, 2008]


High performance ultrasonics! Hielscher's product range covers the full spectrum from the compact lab ultrasonicator over bench-top units to full-industrial ultrasonic systems.

Hielscher Ultrasonics proizvodi ultrazvučne homogenizatore visokih performansi od laboratorija u industrijske veličine.