Drosophila melanogaster nümunələrinin ultrasəs lizisi

Drosophila melanogaster, model orqanizm olaraq laboratoriyalarda geniş istifadə olunur. Bu səbəbdən Drosophila melanogaster nümunələrinin lizis, hüceyrə pozulması, protein çıxarılması və DNT-nin qırxılması kimi analitik hazırlıq mərhələləri tez-tez həyata keçirilməlidir. Ultrasonik parçalayıcılar etibarlı və effektivdir və lizis, protein çıxarılması və ya DNT parçalanması kimi müxtəlif tapşırıqları yalnız ultrasəs proses parametrlərini asanlıqla yerinə yetirmək üçün istifadə edilə bilər. Ultrasonik homogenizatorlar, bununla da geniş bir tətbiq sahəsi olan çevik alətlərdir.

Ultrasonik Liziz və Zülal Ekstraktı

Drosophila melanogaster is widely used as model organism in biological labs. Find here protocols for lysis, protein extracion and DNA shearing of D. melanogaster samples.Bioloji laboratoriyalarda ultrasəs dismbratorları üçün lizis, hüceyrənin solubilizasiyası, toxuma homogenləşdirilməsi və protein çıxarılması tipik tapşırıqlardır. Ultrasonik parçalayıcılar və hüceyrə pozucuları heyvan toxumalarını, həşəratları (məsələn, Drosophila melanogaster, C. elegans) və ya bitki nümunələrini homogenləşdirmək üçün çox uyğundur. Ultrasonikasiyanın sonrakı tətbiqləri hüceyrə süspansiyonlarının və qranulların lizisi və hüceyrə içi zülalların çıxarılmasıdır.
Ultrasonik lizis və protein çıxarılması, qurulmuş protokollar əsasında həyata keçirilə bilən olduqca etibarlı və təkrarlanan proseslərdir. Ultrasonik proses intensivliyi genlik, dövr / nəbz rejimi, temperatur və nümunə həcmi kimi sonikasiya parametrləri ilə tam şəkildə tənzimlənə bildiyindən, sübut olunmuş protokollar eyni nəticə ilə təkrarlana bilər.

Ultrasonik Nümunə Hazırlanmasının üstünlükləri

  • Yüksək səmərəli
  • Xüsusi nümunə materialına görə tənzimlənir
  • İstənilən həcm üçün uyğundur
  • Termal olmayan müalicə
  • reproducible nəticələri
  • Sadə və təhlükəsiz

Ultrasonik DNT və RNT Parçalanması

Hüceyrə lizisi və protein çıxarılmasından sonra, nümunə hazırlanmasında ümumi tələb olunan bir addım, məsələn, xromatin immunoprecipitasiya (ChIP) əvvəl DNT, RNT və xromatinin qırxılması və parçalanmasıdır. DNT və RNT parçalanması, DNT-ni fiziki qüvvələr tərəfindən bir araya gətirən kovalent bağları qıraraq etibarlı şəkildə əldə edilə bilər. Sonikasiya kimi fiziki qırxmadan istifadə edərək əvvəlcə DNT zəncirləri qırılır, sonra DNT daha kiçik parçalara ayrılır.
Ultrasonik DNT parçalanması, DNA-nın hədəf uzunluğuna qədər kəsilməsində etibarlı və effektivdir, məsələn 500 bp (baza cütləri). Ultrasonik DNA parçalanmasının əsas üstünlükləri arasında ultrasəs prosesi parametrlərinin və intensivliyinin dəqiq nəzarəti daxildir. Ultrasonik proses parametrləri sonikasiya intensivliyini, dövrlərini və vaxtını dəqiq şəkildə tənzimləməklə tənzimlənə bilər. Bu, istənilən DNT ölçülərinin yaradılmasına imkan verir və hədəflənmiş DNT uzunluğu etibarlı şəkildə istehsal edilə bilər və çoxaldıla bilər. Ultrasonik DNA kəsmə də yüksək molekulyar ağırlıqlı DNT parçaları yaratmaq üçün idealdır.

Ultrasonicator UP200Ht with microtip S26d2 for ultrasonic lysis of Drosophila samples

ultrasonikator Uf200 ः t Drosophila nümunələrinin sonikasiyası üçün 2 mm mikrotip S26d2 ilə

İnformasiya tələbi




Bizimlə əlaqə saxlayın Gizlilik Siyasəti.


Drosophila melanogaster Ultrasonik Lizisi üçün Protokollar

Aşağıda Drosophila nümunələrinin ultrasəs yardımlı lizisi, protein çıxarılması və DNA və ya kromatin parçalanması üçün müxtəlif protokolları tapa bilərsiniz.

Çapraz bağlayan İmmunopresipitasiya (CLIP) Təhlili üçün Ultrasonik Lizis

CLIP təhlili əvvəllər bildirildiyi kimi bəzi dəyişikliklərlə aparıldı. 0 ilə 1 günlük yabanı tip qadınların təxminən 20 mq yumurtalıqları UV çapraz bağlandı (3 × 2000 μJ / cm2), 1 mL RCB tamponda buz üzərində homogenləşdirildi (50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 2.5 mM MgCl2,% 0,1 Triton X-100, 250 mM saxaroza, 1 mM DTT, 1 × EDTA içerməyən Tam Proteaz İnhibitorları, 1 mM PMSF) 300 U RNAseOUT ilə tamamlanmış və 30 dəqiqə buz üzərinə qoyulmuşdur. Homojenat, buzda,% 80 gücdə, beş dəfə 20 saniyəlik partlayışlarda beş dəfə Hielscher Ultrasonik İşlemcinin istifadəsi ilə 60 saniyəlik bir istirahət ilə sonikləşdirildi. UP100H (100 W, 30 kHz) və santrifüj edilmiş (4 ° C-də 5 dəqiqə 16000 × g). Çözünən ekstrakt 20 ° C-də 20 dəqiqə Protein-G dynabeads ilə 20 dəqiqə əvvəl təmizlənmişdir. İmmunoblotlaşdırma və RNT girişinin miqdarının təyin edilməsi üçün nümunələrin götürülməsindən sonra (1%), HP1, 50 μl Zülal-G dinabadları ilə 4 saat inkubasiya yolu ilə 450 mkl əvvəlcədən təmizlənmiş ekstraktdan anti-HP1 9A9 antikoru ilə immunopresipitasiya edildi. İmmunoprecipitates RCB ilə 4 dəfə yuyuldu. İmmunopresipitasiya olunmuş RNT-ləri yüngülləşdirmək üçün qranullu boncuklar 100 μL UltraPure DEPC ilə təmizlənmiş suda 5 dəqiqə qaynadılmışdır. RNT hazırlanması üçün bərpa olunan süpernatanta 900 μL Qiazol Reaktivi əlavə edildi. Təmizlənmiş RNT, istehsalçının protokoluna görə oligo dT, təsadüfi hexamerlər və SuperScript əks transkriptaz III istifadə edərək cDNA-nı sintez etmək üçün bir şablon olaraq istifadə edilmişdir.
(Cassale et al. 2019)

Kromatin İmmunopresipatasiya Analizi üçün Ultrasonik Lizis

Xromatin immunoprecipitasiya Menetin kiçik modifikasiyalarla təsvir etdiyi üsula görə aparılmışdır. 0 ilə 1 günlük yabanı tip qadınların təxminən 20 mq yumurtalıqları 1 ml NEB tamponda homojenləşdirildi (pH 8.0-da 10 mM HEPES-Na, 10 mM NaCl, pH 8, 0.5 mM-də 0.1 mM EGTA-Na PH 8-də EDTA-Na, 1 mM DTT,% 0,5 NP-40, 0,5 mM Spermidin, 0,15 mM Spermin, 1 × EDTA-olmayan Tam Proteaz İnhibitorları) homojenləşdirici / daldırma disperseri ilə 1 dəq (3000 dövr / dəq). Homojenat əvvəlcədən soyudulmuş bir şüşə dayağa köçürüldü və sıx bir pestle ilə 15 tam vuruş tətbiq edildi. Daha sonra sərbəst nüvələr 6000xg-də 10 dəqiqə ərzində 4 ° C-də santrifüj edildi. Nüvə ehtiva edən qranullar 1 ml NEB-də yenidən süspanse edildi və 20000 × g-də 20 dəqiqə ərzində sükroz qradiyenti (NEB-də 0.65 mL 1.6 M sukroz, NEB-də 0.35 mL 0.8 M sükroz). Qranul 1 ml NEB və formaldehiddə 1% -lik son konsentrasiyaya qədər yenidən süspansiyon edildi. Nüvələr otaq temperaturunda 10 dəqiqə çapraz bağlanmış və 1/10 vol. 1.375 M qlisin əlavə edilərək söndürülmüşdür. Nüvələr santrifüjlə 6000 × g-də 5 dəqiqə ərzində toplanmışdır. Nüvələr 1 mL NEB-də iki dəfə yuyulur və 1 mL lizis tamponunda (pH 7.6-da 15 mM HEPES-Na, 140 mM NaCl, 0.5 mM EGTA, pH 8-də 1 mM EDTA,% 1 Triton X-100, 0.5) mM DTT,% 0.1 Na Deoxycholate,% 0.1 SDS,% 0.5 N-lauroylsarcosine and 1 × EDTA-free Complete Protease inhibitorları. Nüvələr bir Hielscher Ultrasonik İşlemci istifadə edərək sonikasiya edildi UP100H (100 W, 30 kHz) altı dəfə 20 saniyə və buzda 1 dəqiqə. Sonikləşdirilmiş nüvələr 4 dəqiqə ərzində 4 dəqiqə ərzində 13000 × g-də santrifüj edilmişdir. Sonikasiya olunmuş kromatinin əksəriyyəti uzunluğu 500-1000 baza cütü (bp) idi. Hər immunoprecipitasiya üçün 10 μg HP1 9A9 monoklonal antikor iştirakı ilə (dönən təkərdə 4 ° C-də 3 saat) 15 μg kromatin inkübe edildi. Daha sonra, 50 μl dynabeads protein G əlavə edildi və gecə 4 ° C-də inkubasiya davam etdirildi. Supernatantlar atıldı və nümunələr iki dəfə Lizis Tamponunda yuyuldu (hər biri 4 ° C-də 15 dəqiqə yuyulur) və iki dəfə TE Buferində (1 mM EDTA, pH 8-də 10 mM TrisHCl). Xromatin boncuklardan iki addımda yuyulurdu; əvvəlcə 100 μl Eluition Buffer 1-də (10 mM EDTA,% 1 SDS, pH 8-də 50 mM TrisHCl) 65 ° C-də 15 dəqiqə, daha sonra santrifüj və üst fazın bərpası. Muncuq materialı 100 μl TE + 0.67% SDS-də yenidən çıxarılmışdır. Kombinə edilmiş eluat (200 μl) bir-birinə çarpaz əlaqələri bərpa etmək üçün bir gecədə 65 ° C-də inkübe edildi və 65 ° C-də 15 dəqiqə 50 μg / ml RNaseA ilə və 65 ° C-də 3 saat ərzində 500 μg / ml Proteinase K ilə müalicə edildi. Nümunələr fenol-xloroform çıxarıldı və etanol çökdü. DNT 25 μl suda yenidən süspansiyon edildi. DNT immunopresipitasiya olunmuş molekulyar analizləri maksimuma çatdırmaq üçün namizəd genlər, tək bir reaksiya içində oxşar ərimə temperaturu olan iki fərqli astar dəsti istifadə edilərək optimallaşdırılmış dupleks-PCR protokolu ilə cüt-cüt artırıldı.
(Casale et al. 2019)

Nümunələrin dolayı sonikasiyası üçün UP200St TD_CupHorn

UP200St TD_CupHorn DNA və kromatin qırxımı kimi nümunələrin dolayı sonikasiyası üçün

Bioloji nümunələr üçün yüksək performanslı ultrasəs hüceyrə pozucuları

Hielscher Ultrasonics, hüceyrə pozulması, lizis, protein çıxarılması, DNT, RNT və xromatin parçalanması və digər analitik nümunə hazırlama addımları üçün yüksək performanslı ultrasəsləyicilərdən danışarkən uzun müddət təcrübəli ortağınızdır. Hərtərəfli ultrasəs laboratoriyası homogenizatorları və nümunə hazırlama vahidləri portfelini təqdim edən Hielscher, bioloji tətbiq və tələbləriniz üçün ideal ultrasəs cihazına malikdir.
lizisi üçün UP200St insonifier Probe tipliKimi mikro uclu klassik prob tipli ultrasonikator UP200St (200W; sol şəkilə baxın) və ya ultrasəs nümunəsi hazırlama vahidlərindən biri VialTweeter və ya UP200ST_TD_CupHorn ilə VialHolder tədqiqat və analitik laboratoriyalarında ən sevilən modellərdir. Klassik ultrasəs probu idealdır, daha az nümunə hazırlandıqda parçalanmalı, çıxarılmalı və ya parçalanmalıdır. Nümunə hazırlama bölmələri VialTweeter və UP200St_TD_CupHorn, eyni zamanda 10 və ya 5 flakona qədər eyni vaxtda sonikasiya etməyə imkan verir.
Yüksək seçmə nömrələri (məsələn, 96 quyulu lövhələr, mikrotitr lövhələri və s.) İşlənməlidirsə UIP400MTP ideal sonication quraşdırmadır. UIP400MTP, su ilə doldurulmuş və mikro quyu plitələrini tutmaq üçün kifayət qədər yerə sahib olan daha böyük bir kubok kimi işləyir. 400 vatt güclü ultrasəs prosessoru ilə işləyən UIP400MTP, hüceyrələri pozmaq, nümunələri lyse etmək, qranulları həll etmək, zülalları çıxarmaq və ya DNA-nı kəsmək üçün çox quyulu plitələrin çox bərabər və sıx bir sonikasiyası təmin edir.

Ağıllı proqram vasitəsilə dəqiq nəzarət

HDT sıra Hielscher sənaye prosessorları rahat və istifadəçi dostu browser uzaqdan nəzarət vasitəsilə idarə edə bilər.200 vattdan yuxarı olan bütün Hielscher sonication həlləri rəqəmsal rəngli toxunma ekranı və ağıllı bir proqramla təchiz edilmişdir. Bütün ultrasəs prosesi parametrlərini protokollaşdıran ağıllı məlumatların köməyi ilə ultrasonikator işə düşər başlamaz quraşdırılmış SD kartda CSV faylı olaraq avtomatik olaraq qeyd olunur. Bu, araşdırma və protokollaşdırma işlərini daha rahat edir. Sonikasiya sınaqlarından və ya nümunə hazırlanmasından sonra hər bir sonikasiya əməliyyatının sonikasiya parametrlərini nəzərdən keçirə və onları müqayisə edə bilərsiniz.
İntuitiv menyu vasitəsilə sonikasiya əvvəl çox sayda parametr təyin edilə bilər: Məsələn, nümunədəki temperaturu idarə etmək və onun termal deqradasiyasını qarşısını almaq üçün nümunə temperaturunun yuxarı həddi təyin edilə bilər. Ultrasonik bölmə ilə birlikdə yerləşdirilə bilən bir istilik sensoru, ultrasəs prosessoruna həqiqi sonikasiya temperaturu ilə bağlı geribildirim verir. Üst temperatur həddinə çatdıqda, ultrasəs cihazı setT dəstinin alt həddinə çatana qədər fasilə verir və yenidən avtomatik olaraq sonikasiya etməyə başlayır.
Xüsusi bir enerji girişi ilə sonikasiya tələb olunursa, sonikasiya işinin son ultrasəs enerjisini əvvəlcədən qura bilərsiniz. Əlbətdə ki, ultrasəs pulsasiyası və dövr rejimi ayrıca qurula bilər.
Ən uğurlu sonikasiya parametrlərinizi yenidən istifadə etmək üçün müxtəlif sonikasiya rejimlərini (məsələn, sonikasiya müddəti, intensivlik, dövr rejimi və s.) Əvvəlcədən təyin olunmuş rejimlər kimi saxlaya bilərsiniz ki, asan və sürətlə yenidən başlasınlar.
Daha çox iş rahatlığı üçün bütün rəqəmsal ultrasəs bölmələri istənilən ümumi brauzerdə brauzerin uzaqdan idarə olunması ilə işləyə bilər (məsələn, InternetExplorer, Safari, Chrome və s.). LAN bağlantısı sadə bir plug-n-play quraşdırmadır və heç bir əlavə proqram quraşdırılmasına ehtiyac yoxdur.
Hielscher-də bilirik ki, bioloji nümunələrin uğurlu sonikasiyası dəqiqlik və təkrarlanabilirlik tələb edir. Buna görə ultrasəs cihazlarımızı səmərəli, etibarlı, təkrarlanabilir və rahat bir nümunə hazırlamağa imkan verən bütün xüsusiyyətlərə sahib ağıllı cihazlar kimi dizayn etdik.

İndi bizimlə əlaqə qurun və bioloji nümunələrinizdən və lazımi hazırlıq mərhələlərindən danışın. Sizə ən uyğun ultrasəs nümunəsi hazırlama cihazı təklif edəcəyik və protokol və tövsiyələr kimi əlavə məlumatlarda sizə kömək edəcəyik.

Aşağıdakı cədvəl çoxsaylı nümunələrin rahat, etibarlı hazırlanması üçün ultrasəs sistemlərimizin ultrasəs mikro uçlarından və klassik ultrasəs homogenizatorlarından MultiSample ultrasonikatorlarına qədər təxmini işləmə qabiliyyətinin göstəricisini verir:

Partiyanın həcmi Axın tövsiyə Cihazlar
96 quyu / mikrotiter plitələr na UIP400MTP
10 flakon 0,5 ilə 1,5 ml arasında na UP200St at VialTweeter
Dolayı sonikasiya üçün CupHorn, məsələn, 5 flakona qədər na UP200ST_TD_CupHorn
0.01 - 250 ml 5 ilə 100 ml / dəq UP50H
0.01 ilə 500mL arasındadır 10 200ml / dəq UP100H
0.02 - 1L 20 400ml / dəq Uf200 ः t / UP200St
10 2000ml üçün 20 400ml / dəq Uf200 ः t, UP400St
0.25 - 5L arasında 0.05 - 1L / dəq UIP500hdT

Bizimlə əlaqə saxlayın! Bizdən soruşun!

Daha ətraflı məlumat üçün müraciət edin

Zəhmət olmasa, ultrasəs prosessorları, tətbiqetmələr və qiymətlər haqqında əlavə məlumat tələb etmək üçün aşağıdakı formadan istifadə edin. Prosesinizi sizinlə müzakirə etməkdən və tələblərinizə cavab verən bir ultrasəs sistemini təklif etməkdən məmnun olarıq!









Xahiş edirik unutmayın Gizlilik Siyasəti.


The VialTweeter is a MultiSample Ultraonicator that allows for reliable sample preparation under precisely controlled temperature conditions.

Ultrasonik çox nümunəli hazırlıq bölməsi VialTweeter eyni vaxtda 10 flakonun sonikasiyasına imkan verir. Kelepçe quraşdırılmış VialPress cihazı ilə sıx sonikasiya üçün ön tərəfə 4-ə qədər əlavə boruya basmaq olar.

Ədəbiyyat / İstinadlar



Hielscher Ultrasonics supplies high-performance ultrasonic homogenizers from lab to industrial size.

Yüksək performanslı ultrasəs! Hielscher-in məhsul çeşidi, kompakt laboratoriya ultrasəs aparatından dəzgah üstü qurğulardan tam sənaye ultrasəs sistemlərinə qədər olan bütün spektri əhatə edir.


Bilmək lazımdır

Metabolomics

Metabolomics, hüceyrələr, biofluidlər, toxumalar və ya orqanizmlərdə mövcud olan metabolitlər olaraq bilinən kiçik molekulların öyrənilməsidir. Bu kiçik molekullar və onların bioloji sistemdəki qarşılıqlı təsirləri “metabolome” çətiri termini ilə ümumiləşdirilir və tədqiqat sahəsinə metabolomika deyilir. Metabolik tədqiqatlar sürətlə inkişaf edən həssas təbabət sahəsi ilə sıx bağlıdır. Metaboomanın və müxtəlif xəstəliklərlə əlaqəsinin anlaşılması ətraf mühit, həyat tərzi, genetika və molekulyar fenotipdə fərdi dəyişkənlik olarkən xəstəliklərin qarşısının alınması və klinik baxım strategiyalarının inkişafına kömək edir. Metabolik molekulların hüceyrələrdən sərbəst buraxılması üçün ultrasəsləmədən tez-tez bioloji laboratoriyalarda hüceyrə pozulması, lizis və zülalların, lipidlərin və digər molekulların çıxarılması kimi analitikdən əvvəl nümunə hazırlanması üçün istifadə olunur.