Протокол культивування та відокремлення біоплівки Staphylococcus
Стандартизовані методи мають важливе значення для отримання надійних результатів досліджень. Тут наведено протокол культивування та відокремлення стафілококових біоплівок. Цей протокол зосереджений на оптимізованій високопродуктивній підготовці зразків із використанням ультразвукового пристрою UIP400MTP для багатолункових планшетів, що забезпечує ефективне високопродуктивне відокремлення біоплівок у 96-лункових планшетах. Протокол також містить основні етапи культивування, промивання та візуалізації біоплівок з акцентом на мінімізації варіабельності та забезпеченні відтворюваності.
Біоплівки Staphylococcus і дослідження антибіотиків
Біоплівки Staphylococcus відіграють ключову роль у персистентних інфекціях через свою стійкість до антибіотиків та імунних реакцій. Утворення біоплівки створює захисне середовище для бактерій, що ускладнює лікування інфекцій. Дослідження біоплівок часто зосереджуються на вивченні їхнього утворення, поведінки та чутливості до антимікробних засобів з акцентом на високопродуктивних методах для оптимізації експериментальних робочих процесів.
Ультразвуковий пристрій UIP400MTP для багатолункових планшетів надає значну перевагу в дослідженні біоплівок, забезпечуючи швидке й ефективне відокремлення біоплівок від 96-лункових планшетів. Цей пристрій рівномірно подає ультразвукову енергію до всіх лунок, забезпечуючи узгоджені результати та мінімізуючи варіабельність.
Протокол культивування та відокремлення біоплівки Staphylococcus
Нижче наведено покрокову інструкцію з культивування та відокремлення біоплівки Staphylococcus. Як приклад аналітичного етапу показано, як спектрофотометрично визначити кількість вирощеної біомаси шляхом забарвлення кристалічним фіолетовим.
Культивування біоплівки Staphylococcus
Необхідні матеріали:
- Стерильні плоскодонні 96-лункові полістирольні мікротитраційні планшети з кришками, оброблені для культивування тканин
- Триптиказо-соєвий бульйон (TSB) із 0,25% глюкози
- Шафа біологічної безпеки
Етапи:
- Підготуйте стерильне робоче середовище в шафі біологічної безпеки, щоб мінімізувати контамінацію.
- Додайте TSB, що містить 0,25% глюкози, у лунки мікротитраційного планшета. TSB без глюкози зазвичай не сприяє утворенню біоплівки, тому його слід використовувати лише як контроль, якщо це необхідно.
- Інокулюйте лунки бактеріальними штамами, підготовленими, як описано нижче:
- Підготуйте бактеріальні суспензії, забезпечивши відсутність попередньо сформованих скупчень клітин шляхом гомогенізації суспензій ультразвуковою обробкою або руйнування скупчень голкою калібру 23 з подальшим короткочасним перемішуванням на вортексі.
- Закрийте планшет його кришкою та інкубуйте за умов, оптимальних для утворення біоплівки (наприклад, за 37°C протягом 24 годин).
- Проводьте експеримент у трьох повторностях для кожного бактеріального штаму (три лунки на штам), щоб забезпечити надійність результатів.
- Виділіть шість лунок у кожному планшеті для негативних контролів. В одному 96-лунковому планшеті можна досліджувати до 30 штамів.
Візуалізація та промивання біоплівки
- Після інкубації обережно видаліть середовище, щоб не порушити біоплівку.
- Промийте кожну лунку чотири рази фізіологічним розчином, щоб видалити планктонні бактерії.
- Огляньте дно лунок на наявність білих ділянок, що свідчать про наявність біоплівки.
Відокремлення біоплівки за допомогою ультразвукового пристрою UIP400MTP для багатолункових планшетів
Налаштування та параметри пристрою:
- Ультразвуковий пристрій UIP400MTP для багатолункових планшетів
- Робочі налаштування: амплітуда 60%, циклічний режим із 60 секундами роботи / 30 секундами паузи
Етапи:
- Помістіть промитий мікротитраційний планшет на платформу UIP400MTP.
- Обробіть зразки ультразвуком за рекомендованих налаштувань (амплітуда 60%, 60 секунд роботи, 30 секунд паузи). Скоригуйте налаштування відповідно до бактеріального штаму.
- Запустіть ультразвукову обробку для відокремлення біоплівки. Ультразвукові хвилі руйнують матрикс біоплівки, вивільняючи прикріплені бактерії.
- UIP400MTP забезпечує рівномірний вплив у всіх лунках для отримання узгоджених результатів відокремлення.
Аналітичний етап: кількісне визначення біомаси відокремленої біоплівки Staphylococcus за допомогою кристалічного фіолетового (CV)
Необхідні матеріали:
- 0,1% розчин кристалічного фіолетового (CV)
- 95% етанол або 30% оцтова кислота (для солюбілізації)
- Мікропланшетний рідер, здатний виконувати вимірювання за довжини хвилі 570 nm
- Стерильні мікротитрувальні планшети для фарбування
Етапи:
- Підготовка планшета для фарбування: перенесіть 100 µL суспензії відокремленої біоплівки з кожної лунки планшета, обробленого ультразвуком, у відповідні лунки чистого стерильного 96-лункового мікротитрувального планшета. Це забезпечує чисте й однорідне середовище для фарбування.
- Фарбування відокремленої біоплівки: додайте 150 µL 0,1% розчину кристалічного фіолетового до кожної лунки, що містить суспензію відокремленої біоплівки. Обережно перемішайте піпетуванням, щоб забезпечити рівномірне змішування суспензії біоплівки та кристалічного фіолетового.
- Інкубація: інкубуйте планшет за кімнатної температури протягом 15 хвилин, щоб кристалічний фіолетовий ефективно забарвив біомасу.
- Промивання: після інкубації обережно видаліть розчин кристалічного фіолетового з лунок, не порушуючи біомасу. Промийте кожну лунку тричі стерильним фізіологічним розчином, щоб видалити незв’язаний барвник.
- Висушування: дайте планшету висохнути на повітрі за кімнатної температури або в боксі зі стерильним повітряним потоком. Уникайте нагрівання, оскільки це може змінити результати.
- Солюбілізація: додайте до кожної лунки 200 µL 95% етанолу (або 30% оцтової кислоти, залежно від стандартних лабораторних практик), щоб солюбілізувати зв’язаний кристалічний фіолетовий. Обережно перемішуйте піпетуванням або струшуванням планшета протягом 10 хвилин за кімнатної температури.
- Вимірювання: виміряйте оптичну густину (OD) розчину солюбілізованого кристалічного фіолетового за довжини хвилі 570 nm за допомогою мікропланшетного рідера.
- Аналіз даних: відніміть середнє значення OD570 негативних контролів (лунок із TSB, але без бактеріального інокуляту) від значень для дослідних лунок, щоб урахувати фонове забарвлення. Запишіть і проаналізуйте дані.
Примітка: виконуйте експеримент у трьох повторностях для кожної умови, щоб забезпечити відтворюваність. Забезпечте належне поводження з кристалічним фіолетовим та етанолом, дотримуючись протоколів безпеки й утилізації.
Основні переваги UIP400MTP:
- Високопродуктивна обробка: Розроблений спеціально для багатолункових планшетів, що дає змогу обробляти кілька зразків одночасно.
- Рівномірний розподіл ультразвуку: Забезпечує однакову інтенсивність ультразвуку в усіх лунках, даючи узгоджені результати для всіх зразків.
- Використовуйте будь-який стандартний планшет: UIP400MTP може обробляти будь-які стандартні багатолункові планшети, чашки Петрі та штативи з пробірками. Дорогі спеціальні планшети виробника не потрібні!
- Зручний інтерфейс: Простий у налаштуванні та керуванні, що робить його чудовим інструментом для підвищення продуктивності лабораторії. Програмовані налаштування й автоматизація сприяють стандартизації процесу!
Високопродуктивне відокремлення біоплівок за допомогою ультразвукового пристрою для 96-лункових планшетів UIP400MTP
Література / Посилання
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
Поширені запитання
Що таке позаклітинні полімерні речовини (EPS)?
Позаклітинні полімерні речовини (EPS) – це складна суміш біополімерів, переважно полісахаридів, білків, нуклеїнових кислот і ліпідів, які виділяють мікроорганізми в біоплівках. EPS утворюють захисний матрикс, який оточує мікробну спільноту, забезпечує структурну цілісність, опосередковує адгезію до поверхонь і захищає клітини від стресових чинників середовища, зокрема антибіотиків та імунних реакцій.
Що мають на увазі під планктонними бактеріями?
Планктонні бактерії – це одноклітинні мікроорганізми, які вільно плавають і перебувають у суспензії, наприклад у рідкій культурі або рідинах організму, а не прикріплюються до поверхонь чи утворюють структуровані спільноти, як-от біоплівки.
У чому різниця між біоплівкою та планктонними бактеріями?
Ключова відмінність між біоплівкою та планктонними бактеріями полягає в їхній організації. Біоплівки – це структуровані, прикріплені до поверхні спільноти бактерій, занурених у матрикс із позаклітинних полімерних речовин (EPS), тоді як планктонні бактерії вільно плавають і не мають такої структурної організації.
Чи складніше лікувати антибіотиками інфекції, спричинені бактеріями в біоплівках, ніж інфекції, спричинені планктонними бактеріями?
Бактерії в біоплівках значно важче піддаються лікуванню антибіотиками порівняно з планктонними бактеріями. Матрикс біоплівки діє як фізичний бар’єр, а бактерії всередині нього мають змінені метаболічні стани та підвищену стійкість до стресу, що сприяє зниженню ефективності антибіотиків.
Чи можна знищити біоплівки антибіотиками?
Іноді біоплівки можна повністю знищити антибіотиками, проте це складне завдання. Ефективне лікування часто потребує високих концентрацій антибіотиків, певних комбінацій або допоміжних методів терапії, оскільки матрикс позаклітинних полімерних речовин (EPS) і механізми стійкості бактерій захищають біоплівку.
Чи є Staphylococcus адгезивними бактеріями?
Бактерії Staphylococcus добре відомі своєю здатністю до адгезії. Вони легко прикріплюються до поверхонь, утворюючи біоплівки, особливо на медичних виробах або тканинах організму-хазяїна, що робить їх одним з основних чинників персистентних інфекцій.
Які існують види бактерій Staphylococcus?
Бактерії Staphylococcus охоплюють кілька видів, найвідомішими з яких є Staphylococcus aureus і Staphylococcus epidermidis. S. aureus є патогенним і може спричиняти тяжкі інфекції, тоді як S. epidermidis зазвичай пов’язаний з інфекціями на медичних виробах, зумовленими біоплівками.
Що таке кристалічний фіолетовий?
Кристалічний фіолетовий – це основний барвник, який широко застосовують для фарбування біологічних матеріалів. У мікробіології його використовують для оцінювання утворення біоплівок шляхом фарбування біомаси, кількість якої потім можна визначити спектрофотометрично.
Hielscher Ultrasonics виробляє високопродуктивні ультразвукові гомогенізатори від лабораторних до промислових масштабів.


