Lýza kvasinkových buniek v mikrotitračných platničkách pomocou vysokointenzívneho ultrazvukového ošetrzenia
Mikrobiológovia a výskumníci v oblasti prírodných vied, ktorí sa zaoberajú Saccharomyces cerevisiae, Pichia pastoris / Komagataella phaffii, a aj pri iných systémoch s kvasinkami je táto výzva dobre známa: kvasinkové bunky sú odolné, ich reprodukovateľná lýza môže byť náročná a ručné rozbíjanie vzoriek sa rýchlo stáva úzkym miestom, keď je potrebné skríningovať veľké množstvo kmeňov, klonov, kultivačných podmienok alebo expresných konštruktov.
Vysokokapacitná lýza kvasiniek pre mikrobiológiu, molekulárnu biológiu a analýzu proteínov
Ultrazvukové zariadenia spoločnosti Hielscher na mikrotitračné doštičky, ako napríklad modely UIP400MTP (400 W) a UIP550MTP (550 W), ponúkajú riešenie s vysokou priepustnosťou pre mechanickú lýzu kvasinkových buniek priamo v mikrotitračných doštičkách. Namiesto spracovávania vzoriek po jednej pomocou sondy je možné sonikovať celé mikrotitrové doštičky za rovnakých podmienok. Vďaka tomu je ultrazvuková lýza kvasiniek rýchlejšia, reprodukovateľnejšia a ľahšie integrovateľná do moderných mikrobiologických postupov, expresie proteínov, skríningu enzýmov a omických pracovných postupov.
Či už potrebujete izolovať rekombinantné proteíny z P. pastoris, pripraviť kvasinkové lýzaty pre enzymatické testy, rozbiť bunky S. cerevisiae na účely analýzy proteínov alebo paralelne skríningovať desiatky kvasinkových klonov, ultrazvukové zariadenia Hielscher pre mikrotitrové doštičky zabezpečujú výkonné rozbíjanie buniek na báze kavitácie s presnou kontrolou procesu.
Je potrebná reprodukovateľná lýza Pekárske droždie, Otec pastora, alebo iné kmeňe kvasiniek v mikrotitračných doštičkách? Uveďte nám formát doštičiek, objem vzorky, hustotu buniek a cieľovú analytickú látku. Pomôžeme vám určiť vhodné parametre ultrazvukovej úpravy pre váš pracovný postup s prístrojmi UIP400MTP alebo UIP550MTP.
Ultrazvukový prístroj Hielscher pre viacjamkové platničky určený na lýzu kvasiniek – príprava vzoriek pri vysokej priepustnosti
Prečo kvasinkové bunky vyžadujú účinnú mechanickú lýzu
Kvasinkové bunky sa ťažšie rozkladajú než mnohé bakteriálne alebo cicavčie bunky, pretože sú chránené pevnou bunkovou stenou, ktorá sa skladá hlavne z polysacharidov, glukánov, manoproteínov a chitínu. Táto bunková stena zabezpečuje mechanickú stabilitu, zároveň však obmedzuje uvoľňovanie intracelulárnych proteínov, nukleových kyselín, metabolitov a enzýmov.
Medzi bežné metódy lýzy kvasiniek patria rozbíjanie na guličkách, enzymatické štiepenie, cykly zmrazovania a rozmrazovania, chemická lýza a sonikácia pomocou sondy. Tieto metódy môžu byť účinné, majú však aj svoje obmedzenia. Rozbíjanie guličkami môže spôsobiť vznik úlomkov a zahrievanie, enzymatické štiepenie môže zvýšiť náklady a variabilitu a sonikácia sondou na jednej vzorke je časovo náročná, ak je potrebné spracovať veľký počet vzoriek.
Vysokointenzívna, zameraná ultrazvuková kavitácia prekonáva tieto obmedzenia pôsobením intenzívnych mechanických šmykových síl, kolísania tlaku a mikroprúdenia na suspenziu kvasiniek. Výsledkom je rýchle narušenie bunkových stien a membrán, zlepšené uvoľňovanie látok z buniek a vysoko reprodukovateľná príprava vzoriek vo forme platní.
Ultrazvuková úprava mikrotitračných doštičiek na paralelné prípravu vzoriek kvasiniek
Zariadenia Hielscher UIP400MTP a UIP550MTP sú určené na rovnomernú sonikáciu mikrotitračných doštičiek, doštičiek s viacerými jamkami, PCR doštičiek a vhodných stojanov na vzorky. Na rozdiel od sonikácie pomocou sondy nie je potrebné vzorky spracovávať jednotlivo. Celá platnička je vystavená kontrolovanej ultrazvukovej energii, vďaka čomu je tento pracovný postup veľmi vhodný na paralelné spracovanie vzoriek.
To je obzvlášť užitočné pre:
- Skríning Pekárske droždie mutanty alebo expresné kmene
- Lýza Otec pastora / K. phaffii klony po expresii rekombinantného proteínu
- Príprava kvasinkových lyzátov pre enzymatické testy
- Extrakcia bielkovín pre SDS-PAGE, Western blot, ELISA, LC-MS/MS alebo testovanie aktivity
- Uvoľňovanie intracelulárnych metabolitov pre metabolomiku
- Príprava vzoriek DNA a RNA po vhodnej následnej purifikácii
- Optimalizácia lyzačných pufrov, prísad a podmienok extrakcie s vysokou priepustnosťou
Ako ultrazvuková kavitácia narúša kvasinkové bunky
Počas sonikácie vytvára zameraný vysokovýkonný ultrazvuk v kvapalnej vzorke striedavé cykly kompresie a zriedenia. Pri dostatočnej intenzite tieto kolísania tlaku vyvolávajú akustickú kavitáciu. Kavitčné bubliny sa tvoria, oscilujú a zrútia, čím vznikajú lokalizované šmykové sily, mikroprúdy, turbulencia a silné tlakové gradienty.
V suspenziách kvasiniek tieto mechanické účinky oslabujú a narúšajú bunkovú stenu a bunkovú membránu. Intracelulárne proteíny, enzýmy, nukleové kyseliny a metabolity sa uvoľňujú do lyzačného pufru. Keďže ide o mechanický proces, je možné ho použiť s mnohými rôznymi pufrovými systémami a kombinovať s inhibítormi proteáz, redukčnými činidlami, detergentmi, soľami alebo miernou enzymatickou predúpravou.
Všeobecný postup: Lýza kvasinkových buniek v mikrotitračných platničkách
Nasledujúci protokol poskytuje praktický východiskový bod pre lýzu kvasiniek pomocou ultrazvukového zariadenia na mikrotitračné doštičky Hielscher UIP400MTP alebo UIP550MTP. Parametre by sa mali optimalizovať podľa kmeňa kvasiniek, hustoty buniek, cieľovej molekuly, zloženia pufru, typu doštičky a následného testu.
1. Zber a umývanie kvasinkových buniek
Kultivujte kmeň kvasiniek Saccharomyces, Pichia, Hansenula, Debaryomyces alebo iný kmeň kvasiniek za požadovaných kultivačných podmienok. Bunky zberte centrifugáciou a odstráňte kultivačné médium. Peletu premyte studenou destilovanou vodou, PBS alebo zvoleným lýzovým pufrom, aby ste odstránili zvyšky zložiek média, ktoré by mohli ovplyvniť následnú analýzu.
Pri extrakcii bielkovín udržujte vzorky v chlade a pracujte rýchlo. Ak existuje riziko pôsobenia proteáz, vopred ochlaďte všetky pufre a spotrebný materiál.
2. Znovu suspendujte buněčný sediment
Kvasinkový pelet resuspendujte vo vhodnom studenom lýzovom pufri. Pre efektívne uvoľňovanie bielkovín je často výhodná vysoká hustota buniek. Ako východiskový bod použite približne 10–20 % w/v vlhkého bunkového peletu alebo hustú suspenziu zodpovedajúcu hodnote OD600 > 10, v závislosti od testu.
Typický pufr na lýzu proteínov kvasiniek môže obsahovať:
- pufrový systém, ako napríklad Tris-HCl, fosfátový pufr alebo HEPES
- soľ, napríklad NaCl alebo KCl
- kokteil inhibítorov proteázy
- voliteľné redukčné činidlo, ako napríklad DTT alebo β-merkaptoetanol
- voliteľný detergent, napríklad Triton X-100, NP-40, SDS alebo CHAPS, v závislosti od kompatibility s nasledujúcimi procesmi
- voliteľné inhibítory fosfatázy pre štúdie fosforylácie
V prípade náročných kmeňov kvasiniek alebo veľmi šetrnej extrakcie bielkovín je možné pred sonikáciou použiť krátku predúpravu pomocou Zymolyase, Lyticase alebo iného enzýmu rozkladajúceho bunkovú stenu. Táto enzymatická predúprava je voliteľná, môže však zvýšiť účinnosť lýzy alebo znížiť potrebnú intenzitu ultrazvuku.
3. Vložte vzorky do vhodnej mikrotitračnej platničky
Suspenziu kvasiniek naneste do mikrotitračnej platničky určenej na sonikáciu. Často sa uprednostňujú platničky s guľatým dnom, pretože zlepšujú odber vzoriek a znižujú počet mŕtvych zón. Pre zlepšenie reprodukovateľnosti použite vo všetkých jamkách rovnaké objemy vzoriek.
Tanier utesnite vhodnou tesniacou podložkou alebo fóliou, aby ste zabránili odparovaniu, tvorbe aerosólu a krížovej kontaminácii. Uistite sa, že tesnenie je kompatibilné s zvolenou teplotou a podmienkami sonikácie.
Typické pracovné objemy závisia od formátu doštičky a konkrétneho použitia. Medzi bežné formáty patria doštičky s 96 jamkami, doštičky s hlbokými jamkami, doštičky na PCR alebo vhodné stojany na skúmavky.
4. Nastavenie chladenia
Na lýzu kvasiniek je potrebná vysoká intenzita ultrazvuku a mechanické narušenie spôsobuje vznik tepla. Regulácia teploty je preto kľúčová, najmä pri analýze bielkovín, enzýmov, RNA alebo fosforylácie.
Použite vhodnú stratégiu chladenia, napríklad:
- vopred ochladený lýzový pufér
- predchladené mikrotitračné doštičky
- chladiace prestávky medzi intervalmi sonikácie
- externé chladenie ultrazvukovej platformy, ak je to potrebné
Cieľom je udržať vzorku dostatočne chladnú, aby sa zabránilo denaturácii bielkovín, inaktivácii enzýmov, degradácii RNA a teplotne podmieneným odchýlkam vo vzorke.
5. Suspenziu kvasiniek ošetrite ultrazvukom
Vložte uzavretú platničku do ultrazvukového zariadenia na mikrotitračné platničky Hielscher UIP400MTP alebo UIP550MTP a vyberte program pulznej sonikácie. Pulzná sonikácia sa odporúča, pretože umožňuje mechanické rozrušenie počas fáz „ON“ a odvod tepla počas fáz „OFF“.
Ako východiskový bod pre lýzu kvasinkových buniek:
| Parameter | Odporúčaný počiatočný rozsah | Účel |
|---|---|---|
| amplitúda | 60–100 % | Vysoká intenzita kavitácie pre odolné kvasinkové bunky |
| pulzný režim | 10–30 sekúnd zapnuté / 30–60 sekúnd vypnuté | Efektívna lýza s kontrolovaným nárastom teploty |
| Celkový čas v prevádzke | Päť až pätnásť minút | Upravte podľa kmeňa, hustoty a cieľovej molekuly |
| teplota | Udržujte vzorky v chlade | Chráňte bielkoviny, enzýmy, RNA a metabolity |
| Utesnenie dosky | Odporúčané | Zabraňuje odparovaniu, tvorbe aerosólov a krížovej kontaminácii |
V prípade vysoko rezistentných kvasinkových suspenzií, hustých biomasy P. pastoris alebo náročnej extrakcie rekombinantných proteínov postupne zvyšujte kumulatívny čas zapnutia. Pri tepelne citlivých proteínoch alebo enzýmových testoch používajte kratšie impulzy, dlhšie chladiace prestávky a nižšiu počiatočnú amplitúdu.
Vysokokapacitná lýza kvasiniek v multiwellových platniach pomocou zariadenia UIP400MTP
6. Vyčistiť lyzát
Po sonikácii odstreďte mikrotitračnú doštičku alebo preneste vzorky do skúmaviek na odstredivanie. Odstráňte bunkové zvyšky odstrediváním pri vhodnej rýchlosti a teplote. Zberte supernatant na ďalšiu analýzu.
V závislosti od účelu použitia sa lyzát môže využiť na:
- Kvantifikácia proteínov
- testy enzýmovej aktivity
- SDS-PAGE a Western blotting
- ELISA a imunologické testy
- Proteomika pomocou LC-MS/MS
- analýza metabolitov
- Čistenie DNA alebo RNA
7. Optimalizácia a zdokumentovanie metódy
Aby bola lýza kvasiniek reprodukovateľná, zdokumentujte všetky relevantné parametre, vrátane kmeňa, podmienok kultivácie a OD600, hmotnosť mokrej bunky, zloženie pufru, typ platničky, objem vzorky, amplitúda, cyklus impulzov, kumulatívny čas zapnutia, spôsob chladenia a konečná teplota vzorky.
Ak je ultrazvukový prístroj Hielscher vybavený funkciou automatického zaznamenávania údajov, procesné údaje je možné využiť na dokumentáciu, vývoj metód, zväčšovanie výrobného rozsahu a kontrolu kvality.
Tipy na optimalizáciu lýzy kvasiniek
Na dosiahnutie maximálneho uvoľnenia bielkovín použite husté kvasinkové suspenzie, vysokú intenzitu ultrazvuku a dostatočnú kumulatívnu dobu zapnutia. V prípade citlivých bielkovín znížte amplitúdu, predĺžte chladiace prestávky a počas celého cyklu udržujte platňu v chlade.
Ak je lýza neúplná, postupne predĺžte dobu sonikácie, vyskúšajte enzymatickú predúpravu, znížte viskozitu vzorky alebo optimalizujte pufr. Ak dochádza k degradácii proteínov alebo k strate ich aktivity, zlepšite chladenie, skráťte intervaly ON, pridajte inhibítory a overte, či je systém detergentov kompatibilný s cieľovým proteínom.
Keďže sa kmeňe kvasiniek podstatne líšia štruktúrou bunkovej steny, fázou rastu, expresným systémom a hustotou biomasy, odporúča sa použiť krátku optimalizačnú maticu. Napríklad vyskúšajte tri amplitúdy, dva pulzné cykly a dve celkové doby zapnutia, a potom vyhodnoťte účinnosť lýzy a integritu proteínov.
Nech už spracovávate len niekoľko testovacích doštičiek alebo vykonávate vysokokapacitný skríning kvasiniek, spoločnosť Hielscher vám pomôže vybrať správny ultrazvukový prístroj na mikrodoštičky a vypracovať spoľahlivý protokol lýzy. Kontaktujte nás a uveďte svoj kmeň kvasiniek, pracovný postup a požiadavky na priepustnosť!
Výhody ultrazvukových prístrojov Hielscher pre mikrotitrové doštičky pri lýze kvasiniek
Ultrazvukové zariadenia Hielscher pre mikrotitrové doštičky sú ideálne pre laboratóriá, ktoré potrebujú dosiahnuť reprodukovateľnú lýzu u veľkého počtu vzoriek. Eliminujú pomalú manipuláciu s jednou vzorkou po druhej, typickú pre sonikáciu pomocou sondy, a znižujú variabilitu spôsobenú ručným umiestňovaním sondy, hĺbkou ponorenia a rozdielmi v manipulácii medzi jednotlivými vzorkami.
Medzi hlavné výhody patrí:
- Vysokovýkonné spracovanie: Ošetrujte ultrazvukom viacero vzoriek kvasiniek súčasne v mikrotitračných platniach alebo v kompatibilných stojanoch na vzorky.
- Podmienky, za ktorých je možné experiment zopakovať: Zhodné podmienky sonikácie vo všetkých jamkách s cieľom dosiahnuť jednotné a porovnateľné výsledky lýzy.
- Žiadna krížová kontaminácia sondy: Vzorky zostávajú počas sonikácie uzavreté, čím sa znižuje prenos nečistôt a počet krokov potrebných na čistenie.
- Vhodné pre odolné bunky: Ultrazvuk s vysokou intenzitou prispieva k narušeniu bunkových stien kvasiniek.
- Efektívny pracovný postup: Ideálne na skríning kmeňov, klonov, podmienok expresie a lýzových pufrov.
- Efektívny pracovný postup: Programovateľné nastavenia, automatické zaznamenávanie údajov a vhodnosť pre laboratórnu automatizáciu.
Aplikácie v biotechnológii kvasiniek a vo výskume v oblasti vied o živej prírode
Ultrazvuková lýza kvasiniek v mikrotitračných platniach podporuje mnohé výskumné a skríningové pracovné postupy. Pri expresii rekombinantných proteínov je možné klony P. pastoris a S. cerevisiae lyzovať paralelne, aby bolo možné porovnať úrovne expresie alebo enzymatickú aktivitu. V systémovej biológii a omikách štandardizovaná lýza zlepšuje porovnateľnosť medzi rôznymi podmienkami. V mikrobiológii sonikácia podporuje rýchlu prípravu lýzatov z viacerých kmeňov, podmienok kultivačných médií alebo stresových ošetrení.
Medzi typické oblasti použitia patria:
- extrakcia kvasinkových bielkovín
- skríning rekombinantných proteínov
- skríning enzýmovej aktivity
- výber klonov po transformácii
- optimalizácia fermentácie
- príprava vzoriek pre proteomiku
- príprava vzoriek pre metabolomiku
- štúdie narušenia bunkovej steny
- mikrobiologické testy s vysokou priepustnosťou
Spoľahlivá lýza kvasiniek začína kontrolovanou sonikáciou
Lýza kvasiniek môže byť náročná pri väčšom počte vzoriek, avšak ultrazvukové zariadenia spoločnosti Hielscher určené pre mikrotitračné doštičky tento proces urýchľujú, zaisťujú jeho čistotu a lepšiu reprodukovateľnosť. Modely UIP400MTP a UIP550MTP umožňujú výskumníkom spracovávať celé doštičky za definovaných ultrazvukových podmienok, čím sa zvyšuje priepustnosť a zároveň znižuje potreba ručnej manipulácie.
Pre mikrobiológov, molekulárnych biológov, vedcov zaoberajúcich sa proteínmi a biotechnologické laboratóriá je ultrazvuková úprava mikrotitračných doštičiek výkonným nástrojom na efektívne a reprodukovateľné uvoľňovanie intracelulárnych zložiek kvasiniek.
Často kladené otázky týkajúce sa lýzy kvasinkových buniek pomocou ultrazvukovej úpravy v mikrotitračných doštičkách
Dajú sa kvasinkové bunky rozložiť pomocou ultrazvuku?
Áno. Kvasinkové bunky, ako napríklad Saccharomyces cerevisiae a Pichia pastoris, je možné rozložiť pomocou ultrazvukovej sonikácie s vysokou intenzitou. Ultrazvuková kavitácia vytvára silné mechanické šmykové sily, ktoré narušujú bunkovú stenu a membránu kvasiniek, čím sa uvoľňujú bielkoviny, enzýmy, nukleové kyseliny a metabolity.
Prečo je lýza kvasinkových buniek náročnejšia ako lýza bakteriálnych buniek?
Kvasinkové bunky majú hrubú a mechanicky odolnú bunkovú stenu, ktorá sa skladá hlavne z glukánov, manoproteínov a chitínu. Vďaka tejto tuhej štruktúre je rozbitie kvasiniek náročnejšie ako v prípade mnohých bakteriálnych alebo cicavčích buniek. Preto lýza kvasiniek zvyčajne vyžaduje vyššiu intenzitu, dlhšie spracovanie alebo voliteľnú enzymatickú predúpravu.
Ktoré ultrazvukové zariadenia spoločnosti Hielscher sú vhodné na lýzu kvasiniek v mikrotitračných platničkách?
Zariadenia Hielscher UIP400MTP a UIP550MTP sú vhodné na vysokokapacitnú lýzu kvasiniek v mikrotitračných platniach. Model UIP400MTP je ideálny na rutinnú paralelnú prípravu vzoriek, zatiaľ čo model UIP550MTP poskytuje vyšší ultrazvukový výkon pre náročné úlohy lýzy, husté suspenzie a odolné kmene kvasiniek.
Je možné rozložiť Pichia pastoris v ultrazvukovom zariadení pre mikrotitrové doštičky?
Áno. Pichia pastoris, známa aj pod názvom Komagataella phaffii, sa dá rozložiť pomocou vysokointenzívneho ultrazvukového ošetrenia v mikrotitračnej platničke. Keďže P. pastoris môže vytvárať hustú biomasu a má pevnú bunkovú stenu, odporúča sa optimalizovať amplitúdu, cyklus impulzov, chladenie a celkovú dobu ultrazvukového ošetrenia.
Aké sú typické parametre sonikácie pri lýze kvasiniek?
Vhodný počiatočný rozsah je amplitúda 50–80 %, pulzný režim, napríklad 10–30 sekúnd zapnutia a 30–60 sekúnd vypnutia, a celková doba zapnutia 5–15 minút. Presné parametre závisia od kmeňa kvasiniek, hustoty buniek, objemu vzorky, typu platničky, pufru a cieľovej molekuly.
Prečo by sa lýza kvasiniek mala vykonávať v pulznom režime?
Pulzný režim obmedzuje hromadenie tepla počas ultrazvukovej úpravy. Počas fázy „ON“ dochádza k rozrušeniu buniek v dôsledku ultrazvukovej kavitácie. Počas fázy „OFF“ sa vzorka môže ochladiť. Je to dôležité, pretože nadmerné teplo môže spôsobiť denaturáciu bielkovín, znížiť aktivitu enzýmov, poškodiť RNA a ohroziť reprodukovateľnosť výsledkov.
Je pred sonikáciou kvasinkových buniek potrebná enzymatická predúprava?
Enzymatická predúprava nie je vždy potrebná, môže však zvýšiť účinnosť lýzy. Enzýmy, ako napríklad Zymolyase alebo Lyticase, čiastočne štiepia bunkovú stenu kvasiniek a môžu znížiť intenzitu ultrazvuku alebo čas potrebný na úplnú lýzu. To môže byť užitočné v prípade citlivých proteínov alebo náročných kmeňov.
Ako je možné zabrániť prehriatiu počas sonikácie kvasiniek?
Používajte vopred vychladené pufre, pulzný režim, chladiace prestávky a usporiadanie s chladenou platňou. Mikrotitračnú platňu nechajte uzavretú a pokiaľ je to možné, sledujte teplotu. V prípade citlivých proteínov používajte kratšie intervaly zapnutia, dlhšie intervaly vypnutia a vzorky spracúvajte za chladných podmienok.
Môže sonikácia v mikrotitračnej platničke nahradiť rozbíjanie kvasiniek pomocou guličiek?
V mnohých pracovných postupoch áno. Ultrazvuková liečba mikrotitračných doštičiek môže nahradiť rozbíjanie guličiek, ak je potrebná čistá, reprodukovateľná a paralelná lýza. Eliminuje manipuláciu s guličkami, znižuje zložitosť spotrebného materiálu a zjednodušuje automatizáciu. Každú aplikáciu by však bolo potrebné validovať porovnaním výťažnosti lýzy, integrity proteínov a výkonnosti testu.
Je ultrazvuková úprava v mikrotitračnej platničke vhodná na extrakciu bielkovín z kvasiniek?
Áno. Ultrazvuková úprava v mikrotitračných doštičkách je veľmi vhodná na extrakciu bielkovín z kvasiniek, najmä ak je potrebné porovnať veľký počet klonov alebo kultivačných podmienok. Inhibítory proteáz, chladné pufre a kontrolované nastavenia impulzov pomáhajú zachovať kvalitu bielkovín.
Dá sa tá istá metóda použiť na extrakciu DNA, RNA aj bielkovín?
Možno použiť ten istý základný princíp sonikácie, avšak pufr a podmienky spracovania by mali byť prispôsobené cieľovej molekule. Pracovné postupy s proteínmi si vyžadujú inhibíciu proteáz a reguláciu teploty. Pracovné postupy s RNA si vyžadujú manipuláciu bez prítomnosti RNázy a intenzívne chladenie. Pracovné postupy s DNA môžu vyžadovať odlišné podmienky lýzy a purifikácie v závislosti od toho, či je požadovaná intaktná genomová DNA alebo fragmentovaná DNA.
Aký typ platničky by sa mal použiť na lýzu kvasiniek?
Použite mikrotitračnú platňu alebo platňu s hlbokými jamkami, ktorá je vhodná na sonikáciu a má primerané tesnenie. Pri práci so suspenziami sa často osvedčujú platne s okrúhlym dnom. Platňa by mala odolávať zvoleným podmienkam sonikácie, teplote vzorky a krokom centrifugácie.
Ako zistím, či je lýza kvasiniek dokončená?
Účinnosť lýzy možno overiť pomocou mikroskopie, výťažku bielkovín, enzýmovej aktivity, zníženia viskozity, analýzy SDS-PAGE, výťažku DNA/RNA alebo porovnaním so známou metódou lýzy. Pri vývoji metódy je potrebné vyhodnotiť nielen výťažok, ale aj kvalitu uvoľnenej cieľovej molekuly.
UIP400MTP alebo UIP550MTP: Ktorý ultrazvukový prístroj na mikrotitračné doštičky by ste si mali vybrať?
UIP400MTP je výkonný ultrazvukový prístroj pre mikrotitračné doštičky určený na rutinnú prípravu vzoriek s vysokou priepustnosťou, vrátane lýzy kvasiniek, extrakcie proteínov, fragmentácie DNA, odstraňovania biofilmu a prípravy testov. Je vhodný pre laboratóriá, ktoré potrebujú reprodukovateľnú sonikáciu v štandardných formátoch doštičiek.
Zariadenie UIP550MTP poskytuje vyšší ultrazvukový výkon a odporúča sa v prípadoch, keď náročnejšie aplikácie vyžadujú vyššiu akustickú intenzitu, kratšie doby spracovania, väčšie množstvá vzoriek alebo robustnejšie podmienky rozrušenia. Pri lýze kvasiniek je zariadenie UIP550MTP obzvlášť užitočné v prípade hustej biomasy, náročných kmeňov, väčších pracovných objemov a vysokokapacitného skríningu expresie.
Je možné automatizovať lýzu kvasiniek pomocou ultrazvukovej úpravy v mikrotitračnej platničke?
Áno. Sonikácia na mikrodoštičkách je veľmi vhodná pre automatizované laboratórne pracovné postupy, pretože vzorky zostávajú vo forme doštičiek. To umožňuje integráciu s pipetovacími systémami, manipuláciou s doštičkami, centrifugáciou, prípravou testov a pracovnými postupmi vysokokapacitného skríningu.
Literatúra / Referencie
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP550MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics 2024.
