Ultrazvuková fragmentácia DNA na sekvenovanie novej generácie
Sekvenovanie novej generácie (NGS) vyžaduje spoľahlivé štiepenie genómovej DNA šmykovými silami a jej fragmentáciu na sekvenovanie vlákien genómovej DNA a tvorbu genómových knižníc. Riadená fragmentácia DNA na fragmenty DNA je nevyhnutným krokom prípravy vzoriek pred sekvenovaním DNA. Sonikácia je overenou účinnou a spoľahlivou technikou fragmentácie DNA na fragmenty určitej dĺžky. Protokoly ultrazvukovej fragmentácie DNA poskytujú reprodukovateľné výsledky fragmentácie. Sonikátory Hielscher dokážu vytvárať širokú škálu distribúcií veľkostí fragmentov genómovej DNA, ktoré možno presne riadiť prostredníctvom prevádzkových parametrov. Keďže ultrazvukové systémy Hielscher na štiepenie DNA šmykovými silami sú dostupné pre jednotlivé aj viaceré liekovky, ako aj pre mikrotitračné platničky, príprava vzoriek je vysoko efektívna.
Sonikátor platničiek UIP400MTP na vysokokapacitnú prípravu vzoriek rovnomerne sonikuje vzorky vo viacjamkových a mikrotitračných platničkách aj v platničkách s 96 jamkami
- opakovateľné / reprodukovateľné výsledky
- presné nastavenie na dosiahnutie určitej dĺžky fragmentov
- rýchle spracovanie
- konzistentné výsledky fragmentácie DNA
- zariadenia pre akékoľvek objemy vzoriek (napr. viaceré liekovky alebo mikrotitračné platničky)
- vysoká kapacita spracovania vzoriek
- presná regulácia teploty
- jednoduchá, používateľsky prívetivá obsluha
Sekvenovanie novej generácie: ultrazvuková fragmentácia DNA na prípravu knižníc
Na vykonanie sekvenovania novej generácie je potrebné uskutočniť tri základné kroky: (1) prípravu knižnice, (2) sekvenovanie a (3) analýzu údajov. Počas prípravy knižnice sa DNA fragmentuje, potom sa konce fragmentov opravia (zarovnajú) pridaním jednej adenínovej bázy a cieľové fragmenty sa prevedú na dvojvláknovú DNA. Nakoniec sa ligáciou, PCR alebo tagmentáciou pripoja takzvané adaptéry, aby sa výsledný produkt DNA knižnice mohol kvantifikovať na sekvenovanie.
Fragmentácia DNA pomocou sonikácie: Najmä pri použití technológií sekvenovania krátkych úsekov, ako je Illumina, ktoré nedokážu ľahko čítať dlhšie fragmenty DNA, sa musia vlákna DNA fragmentovať na určitú veľkosť, čo možno spoľahlivo dosiahnuť sonikáciou.
Sonikáciu možno spoľahlivo použiť na fragmentáciu DNA, RNA a chromatínu.
Sekvenovanie novej generácie – príprava knižnice
Ultrazvuková fragmentácia DNA sa bežne používa pri príprave knižníc na sekvenovanie DNA pre platformy sekvenovania novej generácie (NGS). Táto technika sa využíva na rozbitie molekúl DNA na menšie fragmenty v požadovanom rozsahu veľkostí, čo uľahčuje nasledujúce kroky prípravy knižnice. Ultrazvuková fragmentácia DNA je zvyčajne potrebná vo fáze prípravy knižnice v pracovných postupoch NGS na fragmentáciu genómovej DNA na menšie časti vhodné na následné spracovanie a sekvenovanie. Zohráva kľúčovú úlohu pri zabezpečení úspešnosti sekvenačného experimentu tým, že vytvára fragmenty DNA v rozsahu veľkostí vhodnom pre konkrétnu používanú sekvenačnú platformu.
Elektroforetické analýzy genómovej DNA E. coli EDL933 vystavenej sonikácii počas 0 – 15 min. L označuje DNA rebríček. (Basselet et al. 2008)
Sekvenovanie novej generácie – kroky procesu:
- Ultrazvuková fragmentácia DNA: Pred vytvorením knižnice sa genómová DNA fragmentuje na menšie časti, s ktorými sa ľahšie pracuje. Ultrazvuková fragmentácia využíva vysokofrekvenčné zvukové vlny na štiepenie molekúl DNA šmykovými silami na fragmenty v požadovanom rozsahu veľkostí. Tento krok je kľúčový, pretože pomáha zabezpečiť, aby neskôr vytvorené sekvenačné čítania mali dĺžku vhodnú pre používanú sekvenačnú platformu. Rozsah veľkostí fragmentov možno upraviť podľa konkrétnych požiadaviek sekvenačného experimentu.
- Klonálna amplifikácia pomocou PCR: Po ultrazvukovej fragmentácii prechádzajú fragmenty DNA opravou koncov, ligáciou adaptérov a amplifikáciou pomocou PCR, čím vznikajú konečné knižnice na sekvenovanie DNA. Tieto kroky pripravujú fragmentované molekuly DNA na proces sekvenovania pridaním adaptérových sekvencií potrebných na naviazanie na sekvenačnú platformu a vytvorením väzbových miest pre priméry na amplifikáciu pomocou PCR.
- Sekvenovanie DNA syntézou: Po príprave sekvenačných knižníc sa začína proces sekvenovania DNA syntézou (SBS). Počas SBS sa sekvencia DNA určuje postupným pridávaním nukleotidov do komplementárneho vlákna. Tento krok zahŕňa cyklické reakcie začleňovania nukleotidov, snímanie a štiepenie, ktoré umožňujú určiť sekvenciu DNA na základe fluorescenčných signálov emitovaných začlenenými nukleotidmi.
- Masívne paralelné sekvenovanie: V poslednom kroku sa priestorovo oddelené, amplifikované templáty DNA sekvenujú súčasne masívne paralelným spôsobom. Tento vysokokapacitný prístup k sekvenovaniu umožňuje vytvoriť milióny až miliardy sekvenačných čítaní v jednom sekvenačnom behu, čo umožňuje efektívne a rýchle určovanie sekvencií DNA.
Ako funguje ultrazvuková fragmentácia DNA?
Sonikácia, známa aj ako akustické spracovanie vzoriek, je široko používaná metóda fragmentácie DNA. Pri ultrazvukovom štiepení DNA šmykovými silami sa vzorky vystavujú ultrazvukovým vlnám za kontrolovaných podmienok. Princíp ultrazvukovej fragmentácie DNA je založený na vibráciách a kavitácii vyvolaných ultrazvukovými vlnami. Šmykové sily vznikajúce v dôsledku ultrazvukovej (akustickej) kavitácie štiepia molekuly DNA s vysokou molekulovou hmotnosťou. Nastavenia sonikácie, ako sú intenzita (amplitúda, trvanie), pulzný režim a teplota, umožňujú presnú fragmentáciu DNA na fragmenty s určitou požadovanou dĺžkou. Zatiaľ čo sa DNA pomocou ultrazvuku často skracuje na 100 až 600 bp, pri použití miernejších podmienok sonikácie možno získať dlhšie fragmenty DNA s dĺžkou až 1300 bp.
Ultrazvukové štiepenie DNA šmykovými silami počas ChIP – imunoprecipitácie chromatínu
Upravené podľa Jkwchui na základe licencie CC-BY-SA.03
Regulácia teploty na zabránenie degradácii DNA
Dvojvláknová molekulová štruktúra DNA je veľmi citlivá na zvýšené teploty, preto je presná regulácia teploty počas jednotlivých krokov prípravy vzoriek rozhodujúcim faktorom na dosiahnutie spoľahlivých výsledkov analýzy.
Či už používate sondové sonikátory Hielscher, VialTweeter alebo UIP400MTP – nepretržité monitorovanie a reguláciu teploty zabezpečujú pripojiteľný snímač teploty a inteligentný softvér zariadenia. Na udržanie teploty v určitom rozsahu môžete nastaviť horný a dolný teplotný limit. Sonikátor preto preruší činnosť hneď po prekročení tohto teplotného limitu a automaticky obnoví sonikáciu, keď teplota klesne o nastavenú hodnotu ∆T.
Sofistikovaný softvér sonikátorov Hielscher zabezpečuje spoľahlivé udržiavanie ideálnych podmienok spracovania vzoriek.
Fragmentácia DNA vo veľkom počte vzoriek pomocou sonikátora UIP400MTP pre viacjamkové platničky
Počty vzoriek vo vedách o živote sa za posledné desaťročie výrazne zvýšili. To znamená, že pri príprave a analýze vzoriek sa musia spracovať veľmi vysoké počty vzoriek (napr. 384, 1536 alebo 3456 jamiek na mikroplatničku) za trvalo rovnakých podmienok, aby sa získali porovnateľné a platné výsledky. S prístrojom UIP400MTP spoločnosť Hielscher Ultrasonics sleduje trend hromadného spracovania vzoriek. UIP400MTP je ultrazvukový prístroj na prípravu vzoriek pomocou mikroplatničiek. UIP400MTP dokáže spracovať platničky so 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 alebo 3456 jamkami. V závislosti od typu mikroplatničky môže každá jamka zvyčajne pojať objem vzorky od desiatok nanolitrov po niekoľko mililitrov. UIP400MTP, ktorý sa široko využíva vo výskume v oblasti vied o živote, sa veľmi často používa na prípravu vzoriek pred testami, ako sú ELISA (enzýmovo viazaný imunosorbentový test) alebo PCR, pred analýzou proteínov, ako aj na prípravu chromatínu pred CHiP a CHiP-seq, identifikáciou modifikácií histónov a ďalšími analytickými postupmi (napr. gélovou elektroforézou, hmotnostnou spektrometriou).
Prečítajte si viac o vysokokapacitnom spracovaní PCR platničiek!
VialTweeter na prípravu vzoriek až v 10 liekovkách
VialTweeter je široko používaný laboratórny ultrazvukový prístroj VialTweeter, ktorý umožňuje účinnú a pohodlnú sonikáciu až 10 liekoviek súčasne. Keďže liekovky a skúmavky (napr. liekovky Eppendorf, kryoliekovky, centrifugačné skúmavky) sa sonikujú nepriamo, zabraňuje sa akejkoľvek krížovej kontaminácii. Keďže na každú vzorku pôsobí ultrazvuk s rovnakou intenzitou, všetky výsledky sonikácie sú homogénne a reprodukovateľné. VialTweeter ponúka všetky inteligentné funkcie ako naše ostatné digitálne prístroje (napr. inteligentné menu, programovateľné nastavenia, reguláciu teploty, diaľkové ovládanie atď.), čím zabezpečuje najvyšší používateľský komfort.
Sondy s viacerými prstami pre mikrojamkové platničky
Sondy so 4 alebo 8 prstami, dostupné pre ultrazvukové sondové homogenizátory UP200Ht a UP200St, predstavujú pohodlnú možnosť sonikácie viacerých vzoriek súčasne za rovnakých podmienok. Napríklad sonotróda MTP-24-8-96 je sonda s ôsmimi prstami, ktorá je ideálna na integráciu do automatizovaných systémov alebo na efektívnu manuálnu prípravu vzoriek v jamkách viacjamkových platničiek. Sonotróda s viacerými prstami je ideálna pre automatizované laboratóriá, kde sa pomocou štandardnej ultrazvukovej sonotródy spracúvajú prevažne vzorky v kadičkách a skúmavkách. Sondy s viacerými prstami a štandardné sondy možno rýchlo vzájomne vymeniť v priebehu niekoľkých minút, čím sa ultrazvukový prístroj s jednou sondou premení na ultrazvukový dezintegrátor s viacerými sondami.
Ultrazvukové prístroje Hielscher na fragmentáciu DNA
Hielscher Ultrasonics ponúka rôzne platformy založené na ultrazvuku na fragmentáciu DNA, RNA a chromatínu. Tieto rôzne platformy zahŕňajú ultrazvukové sondy (sonotródy), riešenia nepriamej sonikácie na súčasnú prípravu vzoriek vo viacerých skúmavkách alebo viacjamkových platničkách (napr. 96-jamkových platničkách, mikrotitračných platničkách), sonoreaktory a ultrazvukové kalíškové sonotródy. Všetky platformy na strihanie DNA sú poháňané frekvenčne ladenými vysokovýkonnými ultrazvukovými procesormi, ktoré možno presne regulovať a ktoré poskytujú reprodukovateľné výsledky.
Ultrazvukové procesory pre akýkoľvek počet a veľkosť vzoriek
S ultrazvukovými prístrojmi Hielscher na spracovanie viacerých vzoriek VialTweeter (až pre 10 skúmaviek) a UIP400MTP (pre mikroplatničky/ viacjamkové platničky) možno vďaka intenzívnej a presne regulovateľnej sonikácii skrátiť čas spracovania vzoriek a zároveň dosiahnuť požadované rozdelenie veľkostí fragmentov DNA a výťažok. Ultrazvuková fragmentácia DNA umožňuje efektívnu, spoľahlivú a škálovateľnú prípravu vzoriek. Protokoly možno lineárne škálovať z jednej na veľký počet vzoriek použitím neustále regulovaného ultrazvuku.
Sondové ultrazvukové prístroje s jedným až piatimi prstami sú ideálne na prípravu menšieho počtu vzoriek. Laboratórne ultrazvukové prístroje Hielscher sú dostupné v rôznych veľkostiach, takže vám môžeme odporučiť ideálny prístroj pre vašu aplikáciu a požiadavky.
Presné riadenie procesu
Presne regulovateľné nastavenia sonikácie sú rozhodujúce, pretože nadmerná sonikácia môže zničiť DNA, RNA a chromatín, zatiaľ čo nedostatočné ultrazvukové strihanie vedie k príliš dlhým fragmentom DNA a chromatínu. Digitálne sonikátory Hielscher možno jednoducho nastaviť na presné parametre sonikácie. Konkrétne nastavenia sonikácie možno uložiť aj ako naprogramované nastavenie na rýchle zopakovanie rovnakého postupu.
Všetky sonikácie sa automaticky zaznamenávajú a ukladajú ako súbor CSV na zabudovanú kartu SD. To umožňuje presnú dokumentáciu vykonaných skúšok a jednoduchú spätnú kontrolu priebehu sonikácií.
Prostredníctvom diaľkového ovládania cez prehliadač možno všetky digitálne sonikátory ovládať a monitorovať pomocou ľubovoľného štandardného prehliadača. Inštalácia ďalšieho softvéru nie je potrebná, pretože pripojenie LAN umožňuje veľmi jednoduché nastavenie typu plug-and-play.
Najvyššia používateľská prívetivosť pri ultrazvukovej príprave vzoriek
Všetky sonikátory Hielscher sú navrhnuté tak, aby poskytovali vysokovýkonný ultrazvuk a zároveň boli vždy veľmi používateľsky prívetivé a jednoducho sa obsluhovali. Všetky nastavenia sú dobre usporiadané v prehľadnej ponuke, ktorá je ľahko dostupná prostredníctvom farebného dotykového displeja alebo diaľkového ovládania cez prehliadač. Inteligentný softvér s programovateľnými nastaveniami a automatickým zaznamenávaním údajov zabezpečuje optimálne nastavenia sonikácie na dosiahnutie spoľahlivých a reprodukovateľných výsledkov. Prehľadné a ľahko použiteľné rozhranie ponuky robí zo sonikátorov Hielscher používateľsky prívetivé a efektívne zariadenia.
Nasledujúca tabuľka poskytuje predstavu o približnej spracovateľskej kapacite našich laboratórnych sonikátorov, ktoré sú ideálne na úlohy prípravy vzoriek, ako je fragmentácia DNA a RNA, lýza buniek či extrakcia proteínov:
| Zariadenie | Výkon [W] | Typ | Objem [mL] |
|---|---|---|---|
| UIP400MTP | 400 | pre mikroplatničky | 6 – 3456 jamiek | VialTweeter | 200 | až pre 10 liekoviek s dodatočnou možnosťou prichytenia pomocou upínacieho zariadenia | 0,5 – 1,5 |
| UP50H | 50 | sondový | 0,01 – 250 |
| UP100H | 100 | sondový | 0,01 – 500 |
| UP200Ht | 200 | sondový | 0,1 – 1000 |
| UP200St | 200 | sondový | 0,1 – 1000 |
| UP400St | 400 | sondový | 5,0 – 2000 |
| CupHorn | 200 | CupHorn, sonoreaktor | 10 – 200 |
| GDmini2 | 200 | prietoková cela bez kontaminácie |
Kontaktujte nás! / Opýtajte sa nás!
Ultrazvuková jednotka na prípravu viacerých vzoriek VialTweeter umožňuje súčasnú sonikáciu až 10 liekoviek. Pomocou upínacieho zariadenia VialPress možno k prednej strane pritlačiť až 4 ďalšie skúmavky na intenzívnu sonikáciu.
Sonotróda MTP-24-8-96 má osem ultrazvukových sond na sonikáciu jamiek mikrotitračných platničiek.
Literatúra / Referencie
- Qiyun Liang, Christoph Ratzke (2025): Lysing diverse bacteria with the Hielscher UIP400MTP for DNA sequencing. Protocol Uni Tübingen 2025.
- Poptsova, M., Il’icheva, I., Nechipurenko, D. et al. (2014): Non-random DNA fragmentation in next-generation sequencing. Scientific Reports 4, 4532; 2014.
- Basselet P., Wegrzyn G., Enfors S.-O., Gabig-Ciminska M. (2008): Sample processing for DNA chip array-based analysis of enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC). Microbial Cell Factories 7:29. 2008.
- Wang Y., Joshu C.E., Curtis S.D., Douville C., Burk V.A., Ru M., Popoli M., Ptak J., Dobbyn L., Silliman N., Coresh J., Boerwinkle E., Prizment A., Bettegowda C., Kinzler K.W., Papadopoulos N., Platz E.A., Vogelstein B. (2025): Detection of cancers three years prior to diagnosis using plasma cell-free DNA. Cancer Discovery 2025 May.
- Doublier S., Riganti Ch., Voena C., Costamagna C., Aldieri E., Pescarmona G., Ghigo D., Bosia A. (008): RhoA Silencing Reverts the Resistance to Doxorubicin in Human Colon Cancer Cells. Molecular Cancer Research 6(10), 2008.
- Fredlund E., Gidlund A., Olsen M., Börjesson T., Spliid N.H.H., Simonsson M. (2008): Method evaluation of Fusarium DNA extraction from mycelia and wheat for down-stream real-time PCR quantification and correlation to mycotoxin levels. Journal of Microbiological Methods 2008.
- Fritsche C., Sitz M., Weiland N., Breitling R., Pohl H.-D. (2007): Characterization of the growth behavior of Leishmania tarentolae – a new expression system for recombinant proteins. Journal of Basic Microbiology 47, 2007. 384–393.
- Ristola M., Arpiainen S., Saleem M. A., Mathieson P. W., Welsh G. I., Lehtonen S., Holthöfer H. (2009): Regulation of Neph3 gene in podocytes – key roles of transcription factors NF-κB and Sp1. BMC Molecular Biology 10:83, 2009.
- Rodriguez J., Vives L., Jorda M., Morales C., Munoz M., Vendrell E., Peinado M. A. (2008): Genome-wide tracking of unmethylated DNA Alu repeats in normal and cancer cells. Nucleic Acids Research Vol. 36, No. 3, 2008. 770-784.
- Weiske J. Huber O. (2006): The Histidine Triad Protein Hint1 Triggers Apoptosis Independent of Its Enzymatic Activity. The Journal of Biological chemistry. Vol. 281, No. 37, 2006. 27356–27366.
Užitočné fakty
Čo je sekvenovanie novej generácie?
Sekvenovanie novej generácie, označované aj ako Next Gen Sequencing (NGS), vysokopriepustné sekvenovanie alebo sekvenovanie druhej generácie, označuje prístup masívneho paralelného sekvenovania, pri ktorom sa v jednom behu súčasne paralelne sekvenujú veľmi veľké (masívne) množstvá DNA tvorené miliónmi fragmentov.
Na uskutočnenie sekvenovania novej generácie sú tri základné kroky
- príprava knižnice,
- sekvenovanie a
- analýza údajov
potrebné.
Počas prípravy knižnice sa vlákna DNA musia fragmentovať na fragmenty DNA určitej dĺžky. Sonikácia je jednou z preferovaných techník fragmentácie DNA.
Počas procesu sekvenovania DNA sa určuje poradie nukleotidov v DNA – známe ako sekvencia nukleovej kyseliny. Sekvencia nukleovej kyseliny je tvorená štyrmi nukleotidovými bázami – adenínom, cytozínom, guanínom a tymínom – ktoré kódujú informácie.
Sekvenovanie novej generácie posúva vpred výskum vo vedách o živote a personalizovanej medicíne, pretože sekvenovanie DNA a RNA sa vo veľkej miere využíva v genomickom výskume, výskume rakoviny, výskume zriedkavých a komplexných ochorení, mikrobiálnom výskume, agrigenomike a mnohých ďalších oblastiach výskumu.
Sekvenovanie novej generácie verzus Sangerovo sekvenovanie
Zatiaľ čo sekvenovanie novej generácie (NGS) umožňuje sekvenovať obrovské počty genomických vzoriek, Sangerovo sekvenovanie (známe aj ako metóda ukončenia reťazca alebo sekvenovanie prvej generácie) umožňuje sekvenovať iba malé počty vzoriek. Sangerovo sekvenovanie sekvenuje naraz iba jeden fragment DNA a možno ho dokončiť za jediný deň. Vďaka svojej presnosti sa Sangerovo sekvenovanie považuje aj za technológiu zlatého štandardu, ktorá sa používa na overovanie výsledkov získaných sekvenovaním novej generácie.
Sangerovo sekvenovanie dosahuje dĺžky čítaní približne 800bp (zvyčajne 500–600bp pri neobohatenej DNA). Dlhšie čítania pri Sangerovom sekvenovaní prinášajú významné výhody oproti iným metódam sekvenovania, najmä pri sekvenovaní repetitívnych oblastí genómu. Obmedzenia sekvenčných údajov z krátkych čítaní predstavujú problém najmä pri sekvenovaní nových genómov (de novo) a pri sekvenovaní výrazne prestavaných úsekov genómu, ktoré sa typicky vyskytujú v nádorových genómoch alebo v oblastiach chromozómov vykazujúcich štruktúrnu variabilitu. [cp. Morozova and Marra, 2008]
DNA – deoxyribonukleová kyselina – jej formy a funkcie
Každá forma DNA má jedinečné vlastnosti a využitie, čím prispieva k širokému spektru výskumných oblastí vrátane onkológie, genetiky, forenzných vied a evolučnej biológie. Sonikátory Hielscher predstavujú vysoko účinné a spoľahlivé riešenie na izoláciu a fragmentáciu DNA a RNA na účely vašich analýz. V nasledujúcom zozname vysvetľujeme jednotlivé formy DNA a rozdeľujeme ich podľa biologického kontextu a funkcií:
- Genomická DNA (gDNA)
Genomická DNA (gDNA): Úplný súbor DNA v organizme zahŕňajúci kódujúce (gény) aj nekódujúce oblasti. - Extracelulárna DNA
Cirkulujúca nádorová DNA (ctDNA): Fragmenty DNA uvoľňované nádorovými bunkami do krvného obehu.
Bezbunková DNA (cfDNA): Fragmenty DNA voľne cirkulujúce v krvnom obehu, ktoré pochádzajú z rôznych tkanív. - Extrachromozómová kruhová DNA (eccDNA): Kruhové molekuly DNA nachádzajúce sa mimo chromozómov v eukaryotických bunkách.
Vírusová DNA: DNA pochádzajúca z vírusov, buď integrovaná do genómu hostiteľa, alebo vo forme epizomálnej DNA. - Mitochondriálna DNA
Mitochondriálna DNA (mtDNA): DNA nachádzajúca sa v mitochondriách, ktorá sa dedí po matke a podieľa sa na tvorbe energie. - Plazmidová DNA
Plazmidová DNA: Malé kruhové molekuly DNA, ktoré sa replikujú nezávisle od chromozómovej DNA, bežne sa nachádzajú v baktériách a používajú sa v genetickom inžinierstve. - Jadrová DNA
Jadrová DNA (nDNA): DNA obsiahnutá v jadre eukaryotických buniek, ktorá tvorí väčšinu genetického materiálu organizmu. - DNA jednej bunky
DNA jednej bunky (scDNA): DNA extrahovaná z jednej bunky, používaná na podrobnú genomickú analýzu na úrovni jednotlivých buniek. - Rekombinantná DNA
Rekombinantná DNA (rDNA): Molekuly DNA vytvorené laboratórnymi metódami genetickej rekombinácie na spojenie genetického materiálu z viacerých zdrojov. - Špecializované formy
Environmentálna DNA (eDNA): DNA získaná z environmentálnych vzoriek (pôda, voda) bez izolácie zdrojových organizmov
Starobylá DNA (aDNA): DNA extrahovaná zo starobylých vzoriek, ktorá poskytuje poznatky o evolučnej biológii a dávnych populáciách. - Chromozómová DNA
Chromozómová DNA: DNA tvoriaca chromozómy v bunkovom jadre, ktorá zahŕňa kódujúce aj nekódujúce oblasti. - Vírusové a syntetické formy
Vírusová DNA: DNA pochádzajúca z vírusov, ktorá môže byť buď integrovaná do genómov hostiteľov, alebo existovať ako samostatné entity.
Syntetická DNA: Umelo syntetizované sekvencie DNA vytvorené chemickými procesmi, často používané vo výskume a biotechnológiách.
Hielscher Ultrasonics vyrába vysokovýkonné ultrazvukové homogenizátory od laboratórnych až po priemyselné veľkosti.