როგორ შეუძლია სონიკაციას ლიზოციმების სუპერმუხტვა ბაქტერიული უჯრედის ლიზისისთვის
, კატრინ ჰილშერი, გამოქვეყნდა Hielscher News-ში
ბაქტერიული უჯრედების გატეხვა ბიოტექნოლოგიაში, ფარმაცევტულ კვლევებსა და ცილების წარმოებაში კრიტიკული ნაბიჯია. ამ სამუშაოსთვის ერთ-ერთი ყველაზე გავრცელებული ინსტრუმენტია ლიზოციმი, ფერმენტი, რომელიც ასუსტებს ბაქტერიული უჯრედის კედლებს. თუმცა, მიუხედავად იმისა, რომ ლიზოციმი ეფექტურია, ის ხშირად არ არის საკმარისად სწრაფი ან ძლიერი. – განსაკუთრებით მაშინ, როდესაც საქმე გვაქვს მკვრივ კულტურებთან ან ცილების ზედმეტად ექსპრესიისთვის მოწყობილ ბაქტერიებთან.
სწორედ აქ ერთვება საქმეში ულტრაბგერითი დამუშავება. მკვლევარები სულ უფრო ხშირად ეყრდნობიან ულტრაბგერით დამუშავებას ლიზოციმზე დაფუძნებული უჯრედის ლიზისის მკვეთრად გასაუმჯობესებლად. ერთად გამოყენებისას, ლიზოციმი და ულტრაბგერითი დამუშავება ქმნის მაღალეფექტურ, დამატებით სისტემას, რომელიც უზრუნველყოფს უფრო სწრაფ, სრულყოფილ და უფრო რეპროდუცირებად შედეგებს.
რატომ არ არის ხშირად საკმარისი მხოლოდ ლიზოციმი
ლიზოციმი მოქმედებს პეპტიდოგლიკანის, ბაქტერიული უჯრედის კედლების ძირითადი სტრუქტურული კომპონენტის, დაშლით. ეს ფერმენტული მიდგომა ნაზია და ფართოდ გამოიყენება, განსაკუთრებით E. coli-ს წინააღმდეგ. თუმცა, რეალურ ლაბორატორიულ პირობებში, მხოლოდ ლიზოციმით მკურნალობა შეიძლება შეზღუდული იყოს.
საერთო გამოწვევები მოიცავს:
- უჯრედების არასრული დაშლა მაღალი სიმკვრივის ან აგრეგირებულ კულტურებში
- ხანგრძლივი ინკუბაციის პერიოდი
- შემცირებული ეფექტურობა ჭარბად გამოხატულ ან სტრეს-ადაპტირებულ ბაქტერიებში
- ცვალებადობა პარტიიდან პარტიამდე
ამ შეზღუდვებმა შეიძლება უარყოფითად იმოქმედოს შემდგომ პროცესებზე, როგორიცაა ცილის ექსტრაქცია, გასუფთავება და გაწმენდა, რაც საბოლოო ჯამში ამცირებს მოსავლიანობას და კონსისტენციას.
ლიზოციმ-სონიკაციის სინერგიის მეცნიერება
სონიკაცია მაღალი ინტენსივობის ულტრაბგერით ტალღებს შეჰყავს თხევად ნიმუშში. ეს ტალღები წარმოქმნის მიკროსკოპულ ბუშტებს, რომლებიც სწრაფად იშლება პროცესში, რომელიც ცნობილია როგორც კავიტაცია. შედეგად მიღებული ძვრის ძალები, წნევის ცვლილებები და მიკროჭავლები ფიზიკურად არღვევს უჯრედულ სტრუქტურებს.
როდესაც ულტრაბგერითი თერაპია გამოიყენება ლიზოციმით დამუშავების შემდეგ ან მასთან ერთად, ეს ორი მეთოდი ერთმანეთს რამდენიმე მნიშვნელოვანი გზით აძლიერებს:
- უჯრედის კედელზე უფრო მარტივი წვდომა
ლიზოციმი ასუსტებს ბაქტერიული უჯრედის კედელს, რაც მას გაცილებით დაუცველს ხდის ულტრაბგერითი ზემოქმედების შედეგად წარმოქმნილი მექანიკური ძალების მიმართ. - უჯრედების უფრო სწრაფი ლიზისი
ულტრაბგერითი ენერგია მკვეთრად ამცირებს უჯრედის სრული დაშლის მისაღწევად საჭირო დროს მხოლოდ ფერმენტულ დამუშავებასთან შედარებით. - უფრო ერთიანი დამუშავება
სონიკაცია აუმჯობესებს შერევას, რაც უზრუნველყოფს, რომ ყველა უჯრედი განიცდის როგორც ლიზოციმს, ასევე მექანიკურ სტრესს. - უფრო მაღალი ცილოვანი მოსავლიანობა
უფრო სრული ლიზისი ნიშნავს უჯრედშიდა ცილების, ფერმენტების და მეტაბოლიტების უფრო მეტ გამოთავისუფლებას, რაც აუმჯობესებს საერთო აღდგენას.
ლიზოციმით დახმარებული სონიკაციის ტიპიური სამუშაო პროცესი
ლაბორატორიებში, რომლებიც ჭარბად გამოხატულ ბაქტერიულ შტამებთან მუშაობენ, კარგად ჩამოყალიბებული სამუშაო პროცესი აერთიანებს ფერმენტულ და ულტრაბგერით ლიზისს:
- უჯრედების რესუსპენზია
შეგროვებული ბაქტერიული გრანულები რესუსპენდირდება შესაბამის ლიზისის ბუფერში, რომელიც შეიცავს ლიზოციმს, როგორც წესი, 0.1–1 მგ/მლ კონცენტრაციით. მსუბუქი ულტრაბგერითი დამუშავება ხელს უწყობს უჯრედების სწრაფ და ერთგვაროვან რესუსპენზიას. - ფერმენტული წინასწარი დამუშავება
სუსპენზია ინკუბირებულია 10-30 წუთის განმავლობაში კონტროლირებად ტემპერატურაზე (ჩვეულებრივ 4°C-დან 25°C-მდე), რაც ლიზოციმს საშუალებას აძლევს დაასუსტოს უჯრედის კედელი. - ულტრაბგერითი დარღვევა
წინასწარ დამუშავებული სუსპენზია ულტრაბგერითი დამუშავების მეთოდით Hielscher-ის ულტრაბგერითი პროცესორის გამოყენებით ულტრაბგერითი დამუშავების მეთოდით ხორციელდება, ოპტიმიზირებული ამპლიტუდით, პულსური რეჟიმით და გაგრილებით. - განმარტება
უჯრედის ნარჩენები შორდება ცენტრიფუგირებით ან ფილტრაციით, რის შედეგადაც რჩება გასუფთავებული ლიზატი, რომელიც მდიდარია სამიზნე ცილებით.
რატომ ირჩევენ მკვლევარები Hielscher Sonicators-ს
Hielscher-ის ულტრაბგერითი მოწყობილობები განსაკუთრებით კარგად ერგება ლიზოზიმით დახმარებულ უჯრედულ ლიზისს მათი სიზუსტისა და მოქნილობის წყალობით. ძირითადი უპირატესობებია:
- რეგულირებადი ამპლიტუდა და ენერგიის შეყვანა რეპროდუცირებადი დამუშავებისთვის
- პულსური რეჟიმის მუშაობა სითბოს დაგროვების შესამცირებლად
- ეფექტური კავიტაცია მოცულობებისა და სიბლანტის ფართო დიაპაზონში
- მიკროლიტრიანი ლაბორატორიული ნიმუშებიდან სამრეწველო წარმოებამდე მარტივი მასშტაბირება
ეს კომბინაცია Hielscher-ის სისტემებს ღირებულ ინსტრუმენტებად აქცევს როგორც კვლევით ლაბორატორიებში, ასევე მასშტაბურ საწარმოო გარემოში.
მრავალ ჭაბურღილის სონიკატორი UIP400MTP მაღალი წარმადობის ნიმუშის მომზადებისთვის
შედეგების ოპტიმიზაციის ძირითადი ფაქტორები
ლიზოციმით დახმარებული სონიკაციისგან მაქსიმალური სარგებლის მისაღებად, მკვლევარები ყურადღებით არეგულირებენ რამდენიმე პარამეტრს:
- ლიზოციმის კონცენტრაცია: ხარჯების გასაკონტროლებლად და შემდგომი ჩარევის მინიმიზაციისთვის გამოიყენეთ ყველაზე დაბალი ეფექტური დოზა.
- ულტრაბგერითი ენერგია: გამოიყენეთ საკმარისი სიმძლავრე სრული ლიზისის უზრუნველსაყოფად მგრძნობიარე ცილების დაზიანების გარეშე.
- ტემპერატურის მართვა: გაგრილების სისტემები ან ყინულის აბაზანები ხელს უწყობს სითბოს მიმართ მგრძნობიარე სამიზნეების დაცვას.
- პულსის პარამეტრები: პერიოდული სონიკაცია აუმჯობესებს კავიტაციის ეფექტურობას და ნიმუშის სტაბილურობას.
ლიზოსიმების გაძლიერება სონიკაციით!
ლიზოციმისა და ულტრაბგერითი დისპრუციის შერწყმა ბაქტერიული უჯრედების ლიზისის საიმედო, მაღალი ხარისხის გადაწყვეტას წარმოადგენს. ულტრაბგერითი დამუშავება აძლიერებს ფერმენტული დამუშავების ეფექტურობას, რაც უზრუნველყოფს უფრო სწრაფ დამუშავებას, უფრო სრულ დისპრუციას და უჯრედშიდა პროდუქტების უფრო მაღალ მოსავლიანობას.
ზუსტად კონტროლირებადი და მასშტაბირებადი ულტრაბგერითი სისტემებით, როგორიცაა Hielscher-ის სისტემები, მკვლევარებს შეუძლიათ დახვეწონ თავიანთი სამუშაო პროცესები თანამედროვე ბიოტექნოლოგიის მოთხოვნების დასაკმაყოფილებლად. – იქნება ეს პატარა ლაბორატორიაში თუ სამრეწველო წარმოების ხაზში.
ბაქტერიების ლიზისი მაღალი გამტარუნარიანობით UIP400MTP მიკროპლატე სონიკატორით
ლიტერატურა / ლიტერატურა
- Ghosh, A., Bhar, K. & Siddhanta, A. (2019): Oxygen sequestration by Leghemoglobin is positively regulated via its interaction with another late nodulin, Nlj16 of Lotus japonicus. Journal of Plant Biochemistry and Biotechnology 28, 2019. 414–423.
- Hannah K. Lembke; Adeline Espinasse; Mckenna G. Hanson; Christian J. Grimme;Zhe Tan; Theresa M. Reineke; Erin E. Carlson (2023): Cationic Polymers Enable Internalization of Negatively Charged Chemical Probes into Bacteria. ACS Chem Biol . 2023 September 15; 18(9): 2063–2072.
- Müller MRA, Ehrmann MA, Vogel RF (2000): Multiplex PCR for the Detection ofLactobacillus pontis and Two Related Species in a Sourdough Fermentation. Applied Environmental Microbiology 66, 2000.
- Di Giosia, Matteo; Bomans, Paul; Bottoni, Andrea; Cantelli, Andrea; Falini, Giuseppe; Franchi, Paola; Guarracino, Giuseppe; Friedrich, Heiner; Lucarini, Marco; Paolucci, Francesco; Rapino, Stefania; Sommerdijk, Nico; Soldà, Alice; valle, Francesco ; Zerbetto, Francesco; Calvaresi, Matteo (2018): Proteins as Supramolecular Hosts for C60: A True Solution of C60 in Water. Nanoscale 10(21); 2018.
ხშირად დასმული შეკითხვები
რა არის ლიზოზიმები?
ლიზოზიმები ანტიმიკრობული ფერმენტებია, რომლებიც აკატალიზებენ β(1→4) გლიკოზიდური ბმების ჰიდროლიზს პეპტიდოგლიკანში, ბაქტერიული უჯრედის კედლების ძირითად სტრუქტურულ კომპონენტში, რაც იწვევს უჯრედის კედლის შესუსტებას და ლიზისს, განსაკუთრებით გრამდადებით ბაქტერიებსა და გამტარიან გრამუარყოფით უჯრედებში.
რა არის ლიზოსომების გამოყენებით უჯრედის ლიზისის უპირატესობები და შეზღუდვები?
ლიზოზიმების გამოყენებით უჯრედის ლიზისს ისეთი უპირატესობები აქვს, როგორიცაა რბილი რეაქციის პირობები, ცილის ფუნქციონალურობის შენარჩუნება და დაბალი მექანიკური სტრესი, თუმცა ის შეზღუდულია ნელი კინეტიკით, მკვრივ ან რეზისტენტულ ბაქტერიულ კულტურებში არასრული ლიზისით, ინტაქტური გრამუარყოფითი გარე მემბრანების მიმართ შემცირებული ეფექტურობით და უჯრედის ფიზიოლოგიისა და ზრდის პირობების მიხედვით ცვალებადობით.
როგორ აძლიერებს ლიზოზიმები სონიკაციით?
სონიკაცია აძლიერებს ლიზოზიმის აქტივობას ბაქტერიული უჯრედის კედლების მექანიკურად დარღვევითა და გამტარიანობით კავიტაციით გამოწვეული ძვრის ძალების მეშვეობით, რაც ზრდის ფერმენტების წვდომას პეპტიდოგლიკანზე, აჩქარებს ლიზისის კინეტიკას და იწვევს უჯრედის უფრო სრულ და ერთგვაროვან დაშლას.


