Ултразвукова фрагментация на ДНК за следващо секвиране на Gen

Следващо поколение Секвениране (NGS) изисква надеждното срязване и фрагментиране на геномната ДНК с цел последователност на геномните ДНК нишки и за създаване на геномни библиотеки. Контролираната фрагментация на ДНК в ДНК фрагменти е съществена стъпка за подготовка на пробите, необходима преди ДНК-то да се последователност. Ultrasonication се доказва като ефикасна и надеждна техника за фрагментиране на ДНК с определена дължина. Ултразвуковите протоколи за фрагментиране на ДНК постигат възпроизводими резултати от разпокъсаността. Hielscher ultrasonicators са способни да произвеждат широка гама от геномни разпределения на размера на ДНК фрагмента, прецизно контролируеми чрез работните параметри. Тъй като ултразвуковите системи за срязване на ДНК hielscher са налични за единични и множество флакони, както и за микроплаки, подготовката на пробите става високоефективна.

Следващо-Gen последователност: Ултразвукова фрагментация на ДНК за подготовка на библиотека

За да се извърши последователност от следващо поколение, трябва да се извършат трите основни стъпки на (1) подготовка на библиотеката, (2) последователност и (3) анализ на данните. По време на библиотечната подготовка ДНК се фрагментира, след което фрагментните краища се ремонтират (полират) чрез добавяне на единична аденинова основа и целевите фрагменти се превръщат в двойно заседнала ДНК. Накрая така наречените адаптери са прикрепени чрез лигиране, PCR или тагментиране, така че крайният библиотечен ДНК продукт да може да бъде количествен за последователност.
Фрагментиране на ДНК с помощта на Sonication: Особено когато технологии за късо четене на последователности като Illumina, които не могат да четат по-дълги ДНК фрагменти лесно, ДНК стойките трябва да бъдат разпокъсани до определен размер, който може да бъде постигнат надеждно чрез ултразвук.
Ultrasonication може надеждно да се използва за ДНК, РНК и хроматин фрагментация.

Как работи ултразвуковата фрагментация на ДНК?

Ултразвукът, известен също като акустична обработка на проби, е широко използван метод за фрагментиране на ДНК. За ултразвуково срязване на ДНК пробите са изложени на ултразвукови вълни при контролирано състояние. Работният принцип на ултразвуковата ДНК фрагментация се основава на вибрациите и кавитацията, генерирани от ултразвуковите вълни. Силите на срязване, които са резултат от ултразвукова (акустична) кавитация прекъсне високо молекулни ДНК молекули. Настройката на ултразвук като интензивност (амплитуда, продължителност), пулсационен режим и температура позволяват прецизна ДНК фрагментация до определена желана дължина от ДНК фрагменти. Докато ДНК често се намалява до 100 до 600 bp с помощта на ултразвук, по-дълги ДНК фрагменти до 1300 bp могат да бъдат получени, когато се прилагат по-леки ултразвукови условия.

Контрол на температурата за предотвратяване на разграждането на ДНК

Двойно блокираната молекулна форма на ДНК е силно чувствителна към повишени температури, така че точният контрол върху температурата по време на стъпките за подготовка на пробите да е решаващ фактор за надеждните резултати от анализа.
Независимо дали използвате ultrasonicators на сондата на Hielscher, VialTweeter или UIP400MTP – е осигурено непрекъснато наблюдение и управление на температурата поради плъгин температурен датчик и софтуера на смарт устройството. За да поддържате температурата в определен диапазон, можете да зададете горна и долна температурна граница. Вследствие на това ултразвуковият уред ще направи пауза веднага след превишаването на тази температурна граница и автоматично ще продължи да се ултразвукова, когато температурата се е понижила с набор ∆T.
Изтънченят софтуер на ultrasonicators Hielscher гарантира надеждната поддръжка на идеални условия за обработка на проби.

Масова примерна ДНК фрагментация с UIP400MTP мулти-кладенец плоча ultrasonicator

Примерните числа в науката за живота са се увеличили значително в рамките на последното десетилетие. Това означава много висок брой проби (напр., 384, 1536 или 3456 кладенци на микроплака) трябва да бъдат обработени по време на подготовката и анализа на пробите при последователно равни условия, за да се получат сравними и валидни резултати. С UIP400MTP, Hielscher Ultrasonics следва тенденцията на масова обработка на проби. UIP400MTP е ултразвуков уред за подготовка на проби с помощта на микроплаки. UIP400MTP може да обработва плочи с 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536, или 3456 кладенци. В зависимост от типа микроплака всеки кладенец обикновено може да държи обеми проби между десетки нанолитри до няколко милилитра. Широко използван в научните изследвания в областта на живота, UIP400MTP се използва много често за подготовка на проби преди асистенции като ELISA (ензимно свързан имуносорбентен асай) или PCR, Преди анализ на протеини, както и за хроматин подготовка преди CHiP и CHiP-seq, хистон модификация идентификация, и други аналитични лечения (напр., гел електрофореза, масспектрометрия).

VialTweeter за Проба Прапарация до 10 флакона

VialTweeter е широко използван лабораторен ultrasonicator VialTweeter, който позволява ефективната и комфортна ултразвукова обработка на до 10 флакона едновременно. Тъй като флаконите и епруветките (напр., флаконите Eppendorf, крио флаконите, центрофугните тръби) са с ултразвук непряко, се избягва всяко кръстосано замърсяване. Тъй като една и съща интензивност на ултразвука се доставя на всяка проба, всички резултати от ултразвука са хомогенни и възпроизводими. VialTweeter предлага всички интелигентни функции като другите ни цифрови устройства (напр., интелигентно меню, програмируеми настройки, контрол на температурата, дистанционно управление и т.н.), така че да се гарантира най-висок потребителски комфорт.

Мулти-пръстови сонди за микроуел плочи

Налични за ултразвуковите хомогенизатори на сонда UP200Ht и UP200St, сондите с няколко пръста с 4 или 8 пръста са удобна опция за ултразвукова множествена проба едновременно при същите условия. Например сонотродът MTP-24-8-96 е осем пръстова сонда, която е идеална за интегриране в автоматизирани системи или ефикасната ръчна подготовка на пробата на кладенците на много кладенец плочи. Сонотродът с няколко пръста е идеален за автоматизиран за лаборатории, където се обработват предимно бехерови и епруветки, използващи стандартен ултразвуков сонотрод. Многопръстият и стандартният сонди могат бързо да бъдат интер-променени в рамките на няколко минути, трансформирайки ултразвуковия сондиатор с една сонда в ултразвуков нарушител с няколко сонда.

Hielscher ultrasonicators за разпокъсаността на ДНК

Hielscher Ultrasonics предлага различни платформи, базирани на ултразвук за ДНК, РНК, и хроматин фрагментация. Тези различни платформи включват ултразвукови сонди (сонотроди), решения за непряка ултразвукова обработка за едновременната проба подготовка на множество тръби или много кладенец плочи (напр., 96-кладенец плочи, микротитър плочи), сонореактори, и ултразвукови cuphorns. Всички платформи за ДНК срязване се захранват от честотно настроени, високопроизводителни ултразвукови процесори, които са прецизно контролируеми и дават възпроизводими резултати.

Ултразвукови процесори за всеки примерен номер и размер

С многопробните ultrasonicators VialTweeter на Hielscher (за до 10 епруветки) и UIP400MTP (за микроплаки / мултиуел плочи) става Лесно е възможно да се намали времето за обработка на пробите поради интензивна и прецизно контролируема ултразвукова обработка, докато се получи желаното разпределение и добив на размер на фрагмента от ДНК. Ултразвуковата ДНК фрагментация прави подготовката на пробите ефикасна, надеждна и мащабируема. Протоколите могат да бъдат линейно мащабирани от една до многобройни проби чрез прилагане на постоянно контролиран ултразвук.
Ултразвуковите уреди на сондата с един до пет пръста са идеални за приготвяне на по-малки номера на пробите. Лабораторните ultrasonicators на Hielscher са на разположение на различни размери, за да можем да ви препоръчаме идеалното устройство за вашето приложение и изисквания.

прецизен контрол на процеса

Точно контролируемите настройки за ултразвук са от решаващо значение, тъй като изчерпателното сонификация може да унищожи ДНК, РНК и хроматин, но неадекватните ултразвукови срязване водят до твърде дълги ДНК и хроматин фрагменти. Цифровите ултразвукови апарати на Hielscher могат лесно да бъдат настроени на прецизен параметър ултразвук. Специфичните настройки за ултразвук могат да бъдат записани и като програмирана настройка за бързо повторение на същата процедура.
Всички ултразвук автоматично се протоколират и съхраняват като CSV файл на вградена SD-карта. Това дава възможност за точна документация на извършените опити и дава възможност да се преразгледа sonication тече лесно.
Чрез дистанционното управление на браузъра всички цифрови ултразвукови апарати могат да бъдат управлявани и наблюдавани чрез всеки стандартен браузър. Инсталирането на допълнителен софтуер не се изисква, тъй като LAN връзка позволява много проста настройка plug-n-play.

Най-висока удобност за потребителя в ултразвуковата подготовка на пробите

Всички ultrasonicators Hielscher са предназначени да доставят ултразвук с висока производителност, докато в същото време винаги са много удобни за потребителя и лесни за работа. Всички настройки са добре структурирани в ясно меню, до което лесно може да се стигне чрез цветен сензорен дисплей или дистанционно управление на браузъра. Интелигентният софтуер с програмируеми настройки и автоматично записване на данни осигурява оптимални настройки за ултразвук за надеждни и възпроизводими резултати. Чистият и лесен за използване интерфейс на менюто превръщат ultrasonicators Hielscher в удобни за потребителя и ефективни устройства.
Таблицата по-долу ви дава индикация за приблизителния капацитет за обработка на нашите лабораторни ултразвукови апарати, които са идеални за задачи за подготовка на проби като разпокъсаност на ДНК и РНК, клетъчен лизис, както и извличане на протеини: