การเฉือนโครมาติน: รองรับตัวอย่างจำนวนมากและแม่นยำโดยไม่สัมผัส
การเฉือนโครมาตินเป็นขั้นตอนสำคัญในกระบวนการทำงานด้านอณูชีววิทยาหลายประเภท ช่วยให้สามารถทำให้โครมาตินแตกเป็นชิ้นที่มีขนาดแม่นยำสำหรับการใช้งาน เช่น ChIP และ NGS เครื่องอัลตราโซนิกสำหรับเพลตหลายหลุม UIP400MTP ปฏิวัติกระบวนการนี้ด้วยเทคโนโลยีแบบไม่สัมผัสที่รองรับตัวอย่างจำนวนมาก โดยให้ประสิทธิภาพ ความสามารถในการทำซ้ำให้ได้ผลเดิม และการรักษาความสมบูรณ์ของตัวอย่างที่ไม่มีใครเทียบได้ บทความนี้อธิบายว่า UIP400MTP ช่วยให้การเฉือนโครมาตินง่ายขึ้นและดีขึ้นอย่างไร เพื่อตอบสนองความต้องการของงานวิจัยสมัยใหม่
การเฉือนโครมาตินในวิทยาศาสตร์ชีวภาพ
การเฉือนโครมาติน ซึ่งเป็นกระบวนการทำให้โครมาตินแตกเป็นชิ้นที่มีขนาดเหมาะสมต่อการจัดการ เป็นขั้นตอนที่จำเป็นในอณูชีววิทยา โดยเฉพาะงานวิจัยด้านอีพิเจเนติกส์ การตกตะกอนโครมาตินด้วยวิธีภูมิคุ้มกัน (ChIP) และการหาลำดับเบสยุคใหม่ (NGS) เทคนิคนี้ใช้เพื่อแยกสารเชิงซ้อน DNA–โปรตีน ศึกษาการดัดแปลงฮิสโตน และระบุโปรตีนที่จับกับ DNA การทำให้โครมาตินแตกเป็นชิ้นอย่างสม่ำเสมอและทำซ้ำให้ได้ผลเดิมมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการได้ข้อมูลคุณภาพสูง ซึ่งขึ้นอยู่กับอุปกรณ์และวิธีการที่ใช้ในกระบวนการเฉือนเป็นอย่างมาก
วิธีการเฉือนโครมาตินแบบดั้งเดิมมักมีปัญหา เช่น การปนเปื้อนของตัวอย่าง ผลลัพธ์ที่แปรปรวน และการใช้เวลาอย่างไม่มีประสิทธิภาพ เมื่อขยายขนาดงานวิจัย โดยเฉพาะในบริบทที่ต้องจัดการตัวอย่างจำนวนมาก ความต้องการโซลูชันที่เป็นนวัตกรรมและรับประกันผลลัพธ์ที่สม่ำเสมอในตัวอย่างหลายตัวอย่างก็เพิ่มขึ้น เครื่องอัลตราโซนิกสำหรับเพลตหลายหลุม UIP400MTP นำเสนอวิธีการขั้นสูงที่รองรับตัวอย่างจำนวนมากและไม่สัมผัสตัวอย่าง เป็นการกำหนดมาตรฐานใหม่ในการเฉือนโครมาติน
เพิ่มความคล่องตัวในการเฉือนโครมาตินด้วยเครื่องอัลตราโซนิกสำหรับเพลตหลายหลุม UIP400MTP
เครื่องอัลตราโซนิกที่รองรับตัวอย่างจำนวนมาก UIP400MTP โดดเด่นในบรรดาเทคนิคการเฉือนโครมาติน โดยเหนือกว่าวิธีการแบบดั้งเดิม เช่น การย่อยด้วยเอนไซม์และการเฉือนเชิงกล ด้วยการผสานประสิทธิภาพในการจัดการตัวอย่างจำนวนมากเข้ากับการใช้คลื่นอัลตราโซนิกแบบไม่สัมผัส เครื่องนี้จึงให้ความสามารถในการทำซ้ำให้ได้ผลเดิม ความเร็ว และการรักษาความสมบูรณ์ของตัวอย่างที่เหนือกว่า ทำให้เป็นตัวเลือกที่ได้รับความนิยมสำหรับกระบวนการทำงานวิจัยสมัยใหม่
- ประสิทธิภาพในการจัดการตัวอย่างจำนวนมาก
ความสามารถของ UIP400MTP ในการประมวลผลตัวอย่างหลายตัวอย่างพร้อมกันช่วยประหยัดเวลาและแรงงานได้อย่างมาก โดยขจัดความจำเป็นในการจัดการตัวอย่างด้วยมือซ้ำ ๆ ช่วยให้นักวิจัยมุ่งเน้นการวิเคราะห์ในขั้นตอนถัดไปและเพิ่มผลิตภาพโดยรวม - การใช้คลื่นอัลตราโซนิกแบบไม่สัมผัสเพื่อรักษาความสมบูรณ์ของตัวอย่าง
การใช้คลื่นอัลตราโซนิกแบบไม่สัมผัสไม่เพียงปกป้องตัวอย่างจากการปนเปื้อน แต่ยังลดความเสี่ยงของการสึกหรอเชิงกลของอุปกรณ์ให้เหลือน้อยที่สุดด้วย ซึ่งรับประกันว่าตัวอย่างชีวภาพที่ไวต่อการเปลี่ยนแปลงจะได้รับการประมวลผลในสภาพแวดล้อมที่ควบคุมได้และปราศจากเชื้อ - การทำให้แตกเป็นชิ้นอย่างสม่ำเสมอ
ความสามารถในการทำซ้ำให้ได้ผลเดิมเป็นรากฐานของงานวิจัยที่เชื่อถือได้ UIP400MTP รับประกันว่าแต่ละหลุมจะได้รับคลื่นอัลตราโซนิกเหมือนกัน ทำให้ได้ชิ้นส่วนโครมาตินที่สม่ำเสมอ ความสม่ำเสมอนี้มีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการทดลอง เช่น ChIP และ NGS ซึ่งความสม่ำเสมอในการเตรียมตัวอย่างส่งผลโดยตรงต่อคุณภาพข้อมูล - ความสามารถในการขยายขนาดและความยืดหยุ่น
UIP400MTP เหมาะสำหรับทั้งการทดลองขนาดเล็กและการศึกษาขนาดใหญ่ นักวิจัยสามารถปรับระบบให้เหมาะกับปริมาตรตัวอย่างที่แตกต่างกันได้อย่างง่ายดาย ทำให้เป็นเครื่องมืออเนกประสงค์สำหรับการใช้งานหลากหลายประเภท - ลดความเสี่ยงของการปนเปื้อนข้ามตัวอย่าง
วิธีการแบบดั้งเดิมที่มีการสัมผัสโดยตรง เช่น การใช้คลื่นอัลตราโซนิกผ่านโพรบ มีความเสี่ยงของการปนเปื้อนจากตัวอย่างหนึ่งไปยังอีกตัวอย่างหนึ่ง วิธีการแบบไม่สัมผัสของ UIP400MTP ขจัดความเสี่ยงนี้ ทำให้เหมาะอย่างยิ่งสำหรับการใช้งานที่ไวต่อการปนเปื้อน เช่น การศึกษาด้านอีพิเจเนติกส์
การประยุกต์ใช้การเฉือนโครมาตินด้วย UIP400MTP
UIP400MTP เหมาะอย่างยิ่งสำหรับ:
- การตกตะกอนโครมาตินด้วยวิธีภูมิคุ้มกัน (ChIP): การเฉือนโครมาตินอย่างแม่นยำรับประกันการจับของแอนติบอดีกับสารเชิงซ้อน DNA–โปรตีนที่จำเพาะได้อย่างเหมาะสมที่สุด
- การหาลำดับเบสยุคใหม่ (NGS): การทำให้ DNA แตกเป็นชิ้นอย่างสม่ำเสมอมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการเตรียมไลบรารีสำหรับการหาลำดับเบส เพื่อให้ได้ข้อมูลลำดับเบสที่อ่านได้คุณภาพสูง
- การศึกษาการดัดแปลงฮิสโตน: การเตรียมโครมาตินอย่างสม่ำเสมอช่วยให้นักวิจัยวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ระหว่างฮิสโตนกับ DNA ได้อย่างแม่นยำสูง
- งานวิจัยด้านอีพิเจเนติกส์: UIP400MTP สนับสนุนการศึกษารูปแบบเมทิลเลชันของ DNA และการดัดแปลงทางอีพิเจเนติกส์อื่น ๆ ผ่านการประมวลผลตัวอย่างที่ทำซ้ำให้ได้ผลเดิม
เครื่องอัลตราโซนิกสมรรถนะสูง
- ประสิทธิภาพสูง
- เทคโนโลยีล้ำสมัย
- ความน่าเชื่อถือและความทนทาน
- การควบคุมกระบวนการที่แม่นยำและปรับได้
- แบบแบตช์และแบบอินไลน์
- สำหรับทุกปริมาตร
- ซอฟต์แวร์อัจฉริยะ
- คุณสมบัติอัจฉริยะ (เช่น การตั้งโปรแกรมได้ การบันทึกข้อมูล การควบคุมระยะไกล)
- ใช้งานง่ายและปลอดภัย
- ต้องการการบำรุงรักษาน้อย
- CIP (การทำความสะอาดโดยไม่ถอดอุปกรณ์)
การออกแบบ การผลิต และการให้คำปรึกษา – คุณภาพที่ผลิตในเยอรมนี
เครื่องอัลตราโซนิกของ Hielscher เป็นที่รู้จักกันดีในด้านมาตรฐานคุณภาพและการออกแบบระดับสูงสุด ความทนทานและการใช้งานที่ง่ายช่วยให้สามารถผสานเครื่องอัลตราโซนิกของเราเข้ากับสถานประกอบการอุตสาหกรรมได้อย่างราบรื่น เครื่องอัลตราโซนิกของ Hielscher รับมือกับสภาวะรุนแรงและสภาพแวดล้อมที่มีข้อเรียกร้องสูงได้อย่างง่ายดาย
Hielscher Ultrasonics เป็นบริษัทที่ได้รับการรับรอง ISO และให้ความสำคัญเป็นพิเศษกับเครื่องอัลตราโซนิกสมรรถนะสูงที่ใช้เทคโนโลยีล้ำสมัยและใช้งานง่าย แน่นอนว่าเครื่องอัลตราโซนิกของ Hielscher เป็นไปตามข้อกำหนด CE และตรงตามข้อกำหนดของ UL, CSA และ RoHs
ตารางด้านล่างแสดงความสามารถในการประมวลผลโดยประมาณของเครื่องอัลตราโซนิกขนาดห้องปฏิบัติการของเรา:
| อุปกรณ์ที่แนะนำ | ปริมาตรต่อแบตช์ | อัตราการไหล |
|---|---|---|
| เครื่องอัลตราโซนิกสำหรับเพลต 96 หลุม UIP400MTP | เพลตหลายหลุม / เพลตไมโครไทเทอร์ | ไม่ใช้กับกรณีนี้ |
| CupHorn อัลตราโซนิก | CupHorn สำหรับขวดตัวอย่างหรือบีกเกอร์ | ไม่ใช้กับกรณีนี้ |
| GDmini2 | เครื่องปฏิกรณ์อัลตราโซนิกแบบไหลระดับจุลภาค | ไม่ใช้กับกรณีนี้ |
| VialTweeter | 0.5 ถึง 1.5mL | ไม่ใช้กับกรณีนี้ |
| UP100H | 1 ถึง 500mL | 10 ถึง 200mL/min |
| UP200Ht, UP200St | 10 ถึง 1000mL | 20 ถึง 200mL/min |
| UP400St | 10 ถึง 2000mL | 20 ถึง 400mL/min |
| เครื่องเขย่าตะแกรงด้วยอัลตราโซนิก | ไม่ใช้กับกรณีนี้ | ไม่ใช้กับกรณีนี้ |
เอกสารวิชาการ / เอกสารอ้างอิง
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
คำถามที่พบบ่อย
การทำให้โครมาตินแตกเป็นชิ้นคืออะไร?
การทำให้โครมาตินแตกเป็นชิ้นเป็นกระบวนการแยกโครมาติน ซึ่งเป็นสารเชิงซ้อนของ DNA และโปรตีน ออกเป็นชิ้นส่วนที่เล็กลงและมีขนาดเหมาะสมต่อการจัดการ โดยมีจุดประสงค์เพื่ออำนวยความสะดวกในการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่าง DNA กับโปรตีน การดัดแปลงฮิสโตน หรือความสามารถในการเข้าถึง DNA ในการใช้งานด้านอณูชีววิทยา เช่น การตกตะกอนโครมาตินด้วยวิธีภูมิคุ้มกัน (ChIP) และการหาลำดับเบสยุคใหม่ (NGS) กระบวนการนี้รับประกันว่าโครมาตินจะแตกเป็นชิ้นที่มีขนาดอยู่ในช่วงที่กำหนด โดยทั่วไปใช้วิธีทางกายภาพ เช่น การใช้คลื่นอัลตราโซนิกหรือการย่อยด้วยเอนไซม์ พร้อมกับรักษาความสมบูรณ์ของสารเชิงซ้อน DNA–โปรตีนสำหรับการวิเคราะห์ในขั้นตอนถัดไป
การเชื่อมขวางโครมาตินคืออะไร?
การเชื่อมขวางโครมาตินเป็นกระบวนการทางชีวเคมีที่ใช้เพื่อทำให้ปฏิสัมพันธ์ระหว่าง DNA กับโปรตีนหรือโมเลกุลอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับโครมาตินมีความเสถียร กระบวนการนี้ใช้สารเชื่อมขวาง เช่น ฟอร์มาลดีไฮด์ เพื่อสร้างพันธะโคเวเลนต์ระหว่างโมเลกุลที่มีปฏิสัมพันธ์กัน ซึ่งเสมือนเป็นการ “ตรึง” ปฏิสัมพันธ์เหล่านั้นไว้กับที่ เทคนิคนี้ใช้กันอย่างแพร่หลายในการตกตะกอนโครมาตินด้วยวิธีภูมิคุ้มกัน (ChIP) และการทดสอบที่เกี่ยวข้อง เพื่อรักษาโครงสร้างโครมาตินตามสภาพดั้งเดิมและอำนวยความสะดวกในการระบุปฏิสัมพันธ์ระหว่าง DNA กับโปรตีนหรือระหว่างโปรตีนกับโปรตีนในการวิเคราะห์ขั้นตอนถัดไป
อะไรทำให้โครมาตินอัดแน่น?
การอัดแน่นของโครมาตินเกิดจากปฏิสัมพันธ์ระหว่างฮิสโตนกับ DNA เป็นหลัก รวมถึงการพับตัวในระดับที่สูงขึ้นซึ่งอาศัยฮิสโตนเชื่อมต่อ (เช่น H1) โปรตีนที่เกี่ยวข้องกับโครมาติน และการดัดแปลงทางอีพิเจเนติกส์ เช่น เมทิลเลชันของฮิสโตนหรือการกำจัดหมู่อะเซทิล ปัจจัยเหล่านี้ส่งเสริมให้นิวคลีโอโซมจัดเรียงอัดแน่นยิ่งขึ้น ทำให้เข้าถึง DNA ได้น้อยลง สภาวะภายในเซลล์ เช่น ความเข้มข้นของไอออน และกระบวนการต่าง ๆ เช่น การแบ่งเซลล์หรือการยับยั้งการแสดงออกของยีน ก็มีส่วนทำให้โครมาตินอัดแน่นเช่นกัน
Hielscher Ultrasonics ผลิตเครื่องโฮโมจีไนเซอร์อัลตราโซนิกสมรรถนะสูงตั้งแต่ ขนาดห้องปฏิบัติการ ไปจนถึง ขนาดอุตสาหกรรม


