การตัดโครมาติน: ปริมาณงานสูงและความแม่นยําแบบไม่สัมผัส
การตัดโครมาตินเป็นขั้นตอนสําคัญในเวิร์กโฟลว์ชีววิทยาโมเลกุลจํานวนมาก ซึ่งช่วยให้สามารถแยกส่วนโครมาตินออกเป็นขนาดที่แม่นยําสําหรับการใช้งาน เช่น ChIP และ NGS เครื่อง sonicator แบบหลายหลุม UIP400MTP ปฏิวัติกระบวนการนี้ด้วยเทคโนโลยีแบบไม่สัมผัสที่มีปริมาณงานสูงให้ประสิทธิภาพความสามารถในการทําซ้ําและความสมบูรณ์ของตัวอย่างที่ไม่มีใครเทียบได้ บทความนี้จะสํารวจว่า UIP400MTP ช่วยลดความยุ่งยากและปรับปรุงการตัดโครมาตินได้อย่างไร ซึ่งตอบสนองความต้องการของการวิจัยสมัยใหม่
การตัดโครมาตินในวิทยาศาสตร์ชีวภาพ
การตัดโครมาติน ซึ่งเป็นกระบวนการแยกโครมาตินออกเป็นขนาดที่จัดการได้ เป็นขั้นตอนสําคัญในชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะอย่างยิ่งสําหรับการวิจัย epigenetics การตกตะกอนด้วยภูมิคุ้มกันโครมาติน (ChIP) และการจัดลําดับรุ่นต่อไป (NGS) เทคนิคนี้ใช้เพื่อแยกคอมเพล็กซ์ DNA-protein ศึกษาการดัดแปลงฮิสโตน และระบุโปรตีนที่จับกับ DNA การบรรลุการกระจายตัวของโครมาตินที่สม่ําเสมอและทําซ้ําได้เป็นสิ่งสําคัญสําหรับการได้ข้อมูลคุณภาพสูง และสิ่งนี้ขึ้นอยู่กับอุปกรณ์และวิธีการที่ใช้ในระหว่างกระบวนการตัดเป็นอย่างมาก
วิธีการตัดโครมาตินแบบดั้งเดิมมักมีความท้าทาย เช่น การปนเปื้อนของตัวอย่าง ผลลัพธ์ที่แปรผัน และความไร้ประสิทธิภาพของเวลา เมื่อการวิจัยขยายขนาด โดยเฉพาะอย่างยิ่งในสภาพแวดล้อมที่มีปริมาณงานสูง จึงมีความต้องการโซลูชันที่เป็นนวัตกรรมใหม่ที่เพิ่มขึ้นซึ่งรับประกันผลลัพธ์ที่สอดคล้องกันในหลายตัวอย่าง เครื่องโซนิคเตอร์แบบแผ่นมัลติเวล UIP400MTP นําเสนอวิธีการขั้นสูง ปริมาณงานสูง และไม่สัมผัส ซึ่งเป็นมาตรฐานใหม่ในการตัดโครมาติน
ปรับปรุงการตัดโครมาตินด้วย Mutli-Well Plate Sonicator UIP400MTP
UIP400MTP sonicator ที่มีปริมาณงานสูงโดดเด่นท่ามกลางเทคนิคการตัดโครมาตินเหนือกว่าวิธีการแบบดั้งเดิมเช่นการย่อยด้วยเอนไซม์และการตัดเชิงกล ด้วยการผสมผสานประสิทธิภาพปริมาณงานสูงเข้ากับการ sonication แบบไม่สัมผัสทําให้สามารถทําซ้ําความเร็วและความสมบูรณ์ของตัวอย่างที่เหนือกว่าทําให้เป็นตัวเลือกที่ต้องการสําหรับเวิร์กโฟลว์การวิจัยที่ทันสมัย
- ประสิทธิภาพปริมาณงานสูง
ความสามารถของ UIP400MTP ในการประมวลผลหลายตัวอย่างพร้อมกันช่วยประหยัดเวลาและความพยายามได้มาก ช่วยลดความจําเป็นในการจัดการตัวอย่างซ้ําๆ ด้วยตนเอง ทําให้นักวิจัยสามารถมุ่งเน้นไปที่การวิเคราะห์ปลายน้ําและเพิ่มผลผลิตโดยรวม - Sonication แบบไม่สัมผัสเพื่อความสมบูรณ์ของตัวอย่าง
การ sonication แบบไม่สัมผัสไม่เพียง แต่ปกป้องตัวอย่างจากการปนเปื้อน แต่ยังช่วยลดความเสี่ยงของการสึกหรอทางกลบนอุปกรณ์ สิ่งนี้ทําให้มั่นใจได้ว่าตัวอย่างทางชีวภาพที่ละเอียดอ่อนจะได้รับการประมวลผลในสภาพแวดล้อมที่มีการควบคุมและปลอดเชื้อ - การกระจายตัวสม่ําเสมอ
ความสามารถในการทําซ้ําเป็นรากฐานที่สําคัญของการวิจัยที่เชื่อถือได้ UIP400MTP ช่วยให้มั่นใจได้ว่าแต่ละหลุมจะได้รับแสงอัลตราโซนิกที่เหมือนกัน ความสม่ําเสมอนี้มีความสําคัญอย่างยิ่งสําหรับการทดลอง เช่น ChIP และ NGS ซึ่งความสม่ําเสมอในการเตรียมตัวอย่างส่งผลโดยตรงต่อคุณภาพของข้อมูล - ความสามารถในการปรับขนาดและความยืดหยุ่น
UIP400MTP นี้เหมาะสําหรับทั้งการทดลองขนาดเล็กและการศึกษาขนาดใหญ่ นักวิจัยสามารถปรับระบบสําหรับปริมาณตัวอย่างที่แตกต่างกันได้อย่างง่ายดาย - ลดความเสี่ยงของการปนเปื้อนข้าม
วิธีการแบบดั้งเดิมที่เกี่ยวข้องกับการสัมผัสโดยตรงเช่นการ sonication โพรบมีความเสี่ยงที่จะเกิดการปนเปื้อนจากตัวอย่างต่อตัวอย่าง วิธีการแบบไม่สัมผัสของ UIP400MTP ช่วยขจัดความเสี่ยงนี้ จึงเหมาะอย่างยิ่งสําหรับการใช้งานที่ละเอียดอ่อน เช่น การศึกษา epigenetic
การประยุกต์ใช้การตัดโครมาตินกับ UIP400MTP
UIP400MTP นี้เหมาะสําหรับ:
- การตกตะกอนของโครมาติน (ChIP): การตัดโครมาตินที่แม่นยําช่วยให้มั่นใจได้ถึงการจับแอนติบอดีกับคอมเพล็กซ์ดีเอ็นเอโปรตีนที่เฉพาะเจาะจงอย่างเหมาะสม
- การจัดลําดับรุ่นต่อไป (NGS): การกระจายตัวของ DNA ที่สม่ําเสมอเป็นสิ่งสําคัญสําหรับการเตรียมห้องสมุดตามลําดับ เพื่อให้มั่นใจว่าการอ่านมีคุณภาพสูง
- การศึกษาการดัดแปลงฮิสโตน: การเตรียมโครมาตินที่สอดคล้องกันช่วยให้นักวิจัยสามารถวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ระหว่างฮิสโตน-ดีเอ็นเอได้อย่างแม่นยํา
- การวิจัย Epigenetics: UIP400MTP สนับสนุนการตรวจสอบรูปแบบเมทิลเลชันดีเอ็นเอและการดัดแปลง epigenetic อื่น ๆ ผ่านการประมวลผลตัวอย่างที่ทําซ้ําได้
เครื่องอัลตราโซนิกประสิทธิภาพสูง
- ประสิทธิภาพสูง
- เทคโนโลยีล้ําสมัย
- ความน่าเชื่อถือ & กําลังกาย
- การควบคุมกระบวนการที่ปรับได้และแม่นยํา
- ชุด & แบบ อิน ไลน์
- สําหรับทุกโวลุ่ม
- ซอฟต์แวร์อัจฉริยะ
- คุณสมบัติอัจฉริยะ (เช่น ตั้งโปรแกรมได้ โปรโตคอลข้อมูล รีโมทคอนโทรล)
- ใช้งานง่ายและปลอดภัย
- การบํารุงรักษาต่ํา
- CIP (ทําความสะอาดในสถานที่)
การออกแบบ การผลิต และการให้คําปรึกษา – คุณภาพ ผลิตในประเทศเยอรมนี
เครื่องอัลตราโซนิก Hielscher เป็นที่รู้จักกันดีในด้านคุณภาพและมาตรฐานการออกแบบสูงสุด ความทนทานและใช้งานง่ายช่วยให้สามารถรวมเครื่องอัลตราโซนิกของเราเข้ากับโรงงานอุตสาหกรรมได้อย่างราบรื่น สภาพที่ขรุขระและสภาพแวดล้อมที่ต้องการสามารถจัดการได้ง่ายโดยเครื่องอัลตราโซนิกของ Hielscher
Hielscher Ultrasonics เป็น บริษัท ที่ได้รับการรับรองมาตรฐาน ISO และให้ความสําคัญเป็นพิเศษกับเครื่องอัลตราโซนิกประสิทธิภาพสูงที่มีเทคโนโลยีล้ําสมัยและเป็นมิตรกับผู้ใช้ แน่นอนว่าเครื่องอัลตราโซนิกของ Hielscher เป็นไปตามมาตรฐาน CE และตรงตามข้อกําหนดของ UL, CSA และ RoHs
ตารางด้านล่างให้ข้อบ่งชี้เกี่ยวกับความสามารถในการประมวลผลโดยประมาณของเครื่องอัลตราโซนิกขนาดห้องปฏิบัติการของเรา:
| อุปกรณ์ที่แนะนํา | ปริมาณแบทช์ | อัตราการไหล |
|---|---|---|
| UIP400MTP เครื่องโซนิคเตอร์แผ่น 96 หลุม | แผ่นมัลติเวล / ไมโครไทเตอร์ | ไม่ |
| อัลตราโซนิก CupHorn | CupHorn สําหรับขวดหรือบีกเกอร์ | ไม่ |
| จีดีมินิ 2 | เครื่องปฏิกรณ์ไมโครโฟลว์อัลตราโซนิก | ไม่ |
| ไวอัลทวีตเตอร์ | 0.5 ถึง 1.5 มล. | ไม่ |
| UP100H | 1 ถึง 500 มล. | 10 ถึง 200 มล. / นาที |
| UP200 ฮิต, UP200 เซนต์ | 10 ถึง 1000 มล. | 20 ถึง 200 มล. / นาที |
| UP400ST | 10 ถึง 2000 มล. | 20 ถึง 400 มล. / นาที |
| เครื่องปั่นตะแกรงอัลตราโซนิก | ไม่ | ไม่ |
UIP400MTP – การเตรียมตัวอย่างปริมาณงานสูงในไมโครเพลท
วรรณกรรม / อ้างอิง
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
คําถามที่พบบ่อย
การกระจายตัวของโครมาตินคืออะไร?
การกระจายตัวของโครมาตินเป็นกระบวนการสลายโครมาตินซึ่งเป็นคอมเพล็กซ์ของ DNA และโปรตีนออกเป็นชิ้นส่วนที่เล็กกว่าและจัดการได้ สิ่งนี้ทําได้เพื่ออํานวยความสะดวกในการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างดีเอ็นเอกับโปรตีนการดัดแปลงฮิสโตนหรือการเข้าถึงดีเอ็นเอในการใช้งานทางชีววิทยาระดับโมเลกุลเช่นการตกตะกอนด้วยภูมิคุ้มกันโครมาติน (ChIP) และการจัดลําดับรุ่นต่อไป (NGS) กระบวนการนี้ช่วยให้มั่นใจได้ว่าโครมาตินจะถูกแยกส่วนออกเป็นช่วงขนาดเฉพาะโดยทั่วไปจะใช้วิธีการทางกายภาพเช่นการย่อยสลายด้วยเอนไซม์ในขณะที่รักษาความสมบูรณ์ของคอมเพล็กซ์ดีเอ็นเอโปรตีนสําหรับการวิเคราะห์ปลายน้ํา
โครมาตินเชื่อมขวางคืออะไร?
การเชื่อมขวางโครมาตินเป็นกระบวนการทางชีวเคมีที่ใช้เพื่อรักษาเสถียรภาพของปฏิสัมพันธ์ระหว่างดีเอ็นเอและโปรตีนหรือโมเลกุลที่เกี่ยวข้องกับโครมาตินอื่นๆ เกี่ยวข้องกับการใช้สารเชื่อมขวาง เช่น ฟอร์มาลดีไฮด์ เพื่อสร้างพันธะโควาเลนต์ระหว่างโมเลกุลที่มีปฏิสัมพันธ์อย่างมีประสิทธิภาพ “เย็น” ปฏิสัมพันธ์ของพวกเขาในสถานที่ เทคนิคนี้ใช้กันอย่างแพร่หลายในการตกตะกอนด้วยภูมิคุ้มกันโครมาติน (ChIP) และการทดสอบที่เกี่ยวข้องเพื่อรักษาโครงสร้างโครมาตินดั้งเดิมและอํานวยความสะดวกในการระบุปฏิสัมพันธ์ระหว่างดีเอ็นเอกับโปรตีนหรือโปรตีนกับโปรตีนในระหว่างการวิเคราะห์ปลายน้ํา
อะไรทําให้เกิดการบดอัดของโครมาติน?
การบดอัดโครมาตินส่วนใหญ่เกิดจากปฏิสัมพันธ์ระหว่างฮิสโตนและดีเอ็นเอ ตลอดจนการพับลําดับที่สูงขึ้นซึ่งเป็นสื่อกลางโดยฮิสโตนตัวเชื่อมโยง (เช่น H1) โปรตีนที่เกี่ยวข้องกับโครมาติน และการดัดแปลง epigenetic เช่น ฮิสโตนเมทิลเลชันหรือดีอะซิทิเลชัน ปัจจัยเหล่านี้ส่งเสริมการบรรจุนิวคลีโอโซมที่แน่นขึ้น ซึ่งช่วยลดการเข้าถึงดีเอ็นเอ สภาวะของเซลล์ เช่น ความเข้มข้นของไอออน และกระบวนการต่างๆ เช่น การแบ่งเซลล์หรือการปิดเสียงของยีน ก็มีส่วนทําให้เกิดการบดอัดโครมาตินเช่นกัน
Hielscher Ultrasonics ผลิตโฮโมจีไนเซอร์อัลตราโซนิกประสิทธิภาพสูงจาก ห้องทดลอง ถึง ขนาดอุตสาหกรรม