Microplate Sonicator potvrđen u recenziranoj studiji proteomike

Hielscher Ultrasonics objavljuje da je njegov UIP400MTP ultrazvučni sonikator sa mikropločama uspešno potvrđen u recenziranoj komparativnoj studiji proteomike objavljenoj u Proteomics (2024) . Studija pokazuje da ultrazvučna priprema uzoraka na bazi mikroploča pruža ponovljive, visokokvalitetne proteinske ekstrakte koji su u potpunosti kompatibilni sa naprednim tokovima rada sačmarice i terminomike.

Publikacija, “TermineR: Izdvajanje informacija o endogenoj proteolitičkoj obradi iz podataka proteomike sačmarice”, uvodi novi bioinformatički okvir za analizu endogene proteolize direktno iz standardnih skupova podataka masene spektrometrije. Kao deo validacije metode, autori su upoređivali tri najčešće korišćene tehnike homogenizacije tkiva: premlaćivanje perli (Precellis), sonikaciju za kupanje (Bioruptor) i ultrazvučnu ultrazvučnu mikroploču pomoću UIP400MTP.

Uporediva pokrivenost proteoma bez veštačke proteolize

Centralni cilj komparativne studije bio je da se proceni da li različite metode ekstrakcije utiču na identifikaciju i kvantifikaciju polu-specifičnih peptida, koji su kritični za proučavanje endogene proteolitičke obrade. Rezultati pokazuju da ultrazvučna ekstrakcija na bazi UIP400MTP-a postiže pokrivenost proteoma uporedivu sa utvrđenim metodama mehaničkog poremećaja, uz održavanje konzistentnih proporcija potpuno specifičnih i polu-specifičnih peptida.
Ono što je važno, podaci pokazuju da ultrazvučna ultrazvučna mikroploča velike snage ne uvodi veštačko cepanje proteina, što se bavi zajedničkom brigom u terminomici i polu-specifičnoj analizi peptida. Ovo potvrđuje da UIP400MTP obezbeđuje efikasan poremećaj uzoraka uz očuvanje biološki značajnih proteolitičkih potpisa.

Kvantitativna ponovljivost polu-specifičnih peptida preko metoda ekstrakcije –
Pearsonove korelacijske toplotne mape log2-transformisanih intenziteta polu-specifičnih peptida upoređujući različite metode ekstrakcije proteina za uzorke divljeg tipa (VT, levo) i nokaut (KO, desno). Visoki koeficijenti korelacije (obično ≥0.95) se primećuju između UIP400MTP ultrazvučne ultrazvučne mikroploče, premlaćivanja perli (Precellis®) i sonikacije za kupanje (Bioruptor®), pokazujući odličnu kvantitativnu saglasnost. Ovi rezultati potvrđuju da ultrazvuk na bazi mikroploča čuva relativne obilje peptida i potpuno je kompatibilan sa kvantitativnim proteomičkim i terminomskim analizama.
Studija i grafika: ©Cosenza-Contreras et al. 2024

Visoka ponovljivost u kvantitativnoj proteomici

Studija dalje izveštava o visokoj kvantitativnoj ponovljivosti u metodama ekstrakcije. Pearsonove korelacijske analize intenziteta peptida otkrile su snažnu saglasnost između uzoraka obrađenih UIP400MTP i onih pripremljenih pomoću premlaćivanja perli ili sonikacije kupatila, sa koeficijentima korelacije koji obično prelaze 0,95.
Ovi nalazi potvrđuju da ultrazvučna ultrazvučna mikroploča čuva relativne obilje peptida, što ga čini pogodnim za diferencijalnu proteomiku, multipleksiranje zasnovano na TMT-u i studije fokusirane na bolesti koje zahtevaju precizna kvantitativna poređenja.

Broj identifikovanih peptidnih prekursora specifičnošću i metodom ekstrakcije
Poređenje broja identifikovanih peptidnih prekursora klasifikovanih po enzimskoj specifičnosti (potpuno specifična, C-terminalna polu-specifična i N-terminalna polu-specifična) preko tri metode ekstrakcije proteina: premlaćivanje perli (Precellis®), sonikacija kupatila (Bioruptor®) i ultrazvučna ultrazvučna mikroploča pomoću UIP400MTP. Podaci su prikazani za biološke replike iz uzoraka bubrega miša divljeg tipa (VT) i nokauta (KO). Rezultati pokazuju uporedivu pokrivenost proteoma i slične distribucije peptidnih specifičnosti u svim metodama ekstrakcije, što ukazuje na to da ultrazvuk mikroploča na bazi UIP400MTP obezbeđuje efikasnu ekstrakciju proteina bez povećanja nespecifičnog proteolitičkog cepanja.
Studija i grafika: ©Cosenza-Contreras et al. 2024

Omogućavanje toka posla visoke propusnosti i standardizovane proteomike

Kombinovanjem beskontaktne ultrazvučne isporuke energije sa paralelnom obradom celih ploča sa 96 bunara, UIP400MTP podržava pripremu uzoraka visoke propusnosti, standardizovane i kompatibilne sa automatizacijom. U objavljenoj studiji, sistem je uspešno integrisan u DIA-omogućen, TMT-obeležen proteomski tok posla primenjen na mišji model policistične bolesti bubrega.
Autori zaključuju da je ultrazvuk mikroploča u potpunosti kompatibilan sa savremenom proteomikom sačmarice i omogućava analizu endogene proteolize bez potrebe za radno intenzivnim koracima biohemijskog obogaćivanja.

Posvećenost naučno potvrđenim rešenjima

“Uključivanje UIP400MTP u rigoroznu, revidiranu komparativnu studiju naglašava Hielscher Ultrasonics’ posvećenost pružanju naučno potvrđenih tehnologija pripreme uzoraka,” rekao je predstavnik kompanije. “Nezavisna validacija u zahtevnim tokovima proteomike je od suštinskog značaja za laboratorije koje traže robusna, ponovljiva i skalabilna rešenja.”
Puna studija je dostupna kao publikacija otvorenog pristupa u Proteomics (DOI: 10.1002/pmic.202300491).

Pronađite informacije o multi-well ploča sonicator UIP400MTP ovde!