Соникатор за микроплоче валидиран у рецензираној протеомској студији

Hielscher Ultrasonics објављује да је његов ултразвучни соникатор за микроплоче UIP400MTP успешно валидиран у рецензираној упоредној протеомској студији објављеној у часопису Proteomics (2024). Студија показује да ултразвучна припрема узорака у микроплочама даје поновљиве, висококвалитетне протеинске екстракте који су у потпуности компатибилни са напредним радним токовима шотган протеомике и терминомике.

Публикација „TermineR: Издвајање информација о ендогеној протеолитичкој обради из података шотган протеомике“ представља нови биоинформатички оквир за анализу ендогене протеолизе директно из стандардних скупова података масене спектрометрије. У оквиру валидације методе, аутори су упоредили три уобичајене технике хомогенизације ткива: механичко разбијање куглицама (Precellys), соникацију у ултразвучном купатилу (Bioruptor) и ултразвучну соникацију микроплоча помоћу уређаја UIP400MTP.

Упоредива покривеност протеома без вештачке протеолизе

Један од главних циљева упоредне студије био је да се процени да ли различите методе екстракције утичу на идентификацију и квантификацију полуспецифичних пептида, који су кључни за проучавање ендогене протеолитичке обраде. Резултати показују да ултразвучна екстракција помоћу уређаја UIP400MTP постиже покривеност протеома упоредиву са утврђеним методама механичког разбијања, уз одржавање уједначених удела потпуно специфичних и полуспецифичних пептида.
Значајно је да подаци показују да ултразвучна соникација микроплоча велике снаге не изазива вештачко цепање протеина, чиме се разрешава честа недоумица у терминомици и анализи полуспецифичних пептида. То потврђује да UIP400MTP омогућава ефикасно разбијање узорака уз очување биолошки значајних протеолитичких образаца.

Квантитативна поновљивост полуспецифичних пептида при различитим методама екстракције –
Топлотне мапе Пирсонове корелације log2-трансформисаних интензитета полуспецифичних пептида које пореде различите методе екстракције протеина за узорке дивљег типа (WT, лево) и узорке са искљученим геном (KO, десно). Високи коефицијенти корелације (обично ≥0,95) уочени су између ултразвучне соникације микроплоча уређајем UIP400MTP, механичког разбијања куглицама (Precellys®) и соникације у ултразвучном купатилу (Bioruptor®), што показује одлично квантитативно слагање. Ови резултати потврђују да ултразвучна обрада у микроплочама очувава релативне заступљености пептида и да је у потпуности компатибилна са анализама у квантитативној протеомици и терминомици.
Студија и графички прикази: ©Cosenza-Contreras et al. 2024

Висока поновљивост у квантитативној протеомици

Студија такође наводи високу квантитативну поновљивост при различитим методама екстракције. Анализе Пирсонове корелације интензитета пептида показале су снажно слагање између узорака обрађених уређајем UIP400MTP и оних припремљених механичким разбијањем куглицама или соникацијом у ултразвучном купатилу, са коефицијентима корелације који су обично премашивали 0,95.
Ови налази потврђују да ултразвучна соникација микроплоча очувава релативне заступљености пептида, што је чини веома погодном за диференцијалну протеомику, мултиплексирање засновано на TMT-у и студије усмерене на болести које захтевају прецизна квантитативна поређења.

Број идентификованих пептидних прекурсора према специфичности и методи екстракције
Поређење броја идентификованих пептидних прекурсора класификованих према ензимској специфичности (потпуно специфични, C-терминално полуспецифични и N-терминално полуспецифични) при примени три методе екстракције протеина: механичког разбијања куглицама (Precellys®), соникације у ултразвучном купатилу (Bioruptor®) и ултразвучне соникације микроплоча помоћу уређаја UIP400MTP. Приказани су подаци за биолошке репликате узорака бубрега мишева дивљег типа (WT) и мишева са искљученим геном (KO). Резултати показују упоредиву покривеност протеома и сличне расподеле специфичности пептида при свим методама екстракције, што указује на то да соникација микроплоча помоћу уређаја UIP400MTP омогућава ефикасну екстракцију протеина без повећања неспецифичног протеолитичког цепања.
Студија и графички прикази: ©Cosenza-Contreras et al. 2024


Омогућавање протеомских радних токова високе пропусности и стандардизованих протеомских радних токова

Комбиновањем бесконтактног преноса ултразвучне енергије са паралелном обрадом целих плоча са 96 бунарчића, UIP400MTP подржава припрему узорака високе пропусности која је стандардизована и компатибилна са аутоматизацијом. У објављеној студији систем је успешно интегрисан у протеомски радни ток који омогућава DIA и користи TMT обележавање, примењен на мишји модел полицистичне болести бубрега.
Аутори закључују да је ултразвучна обрада микроплоча у потпуности компатибилна са савременом шотган протеомиком и да омогућава анализу ендогене протеолизе без потребе за радно захтевним корацима биохемијског обогаћивања.

Посвећеност научно валидираним решењима

„Укључивање уређаја UIP400MTP у ригорозну, рецензирану упоредну студију истиче посвећеност компаније Hielscher Ultrasonics пружању научно валидираних технологија за припрему узорака“, изјавио је представник компаније. „Независна валидација у захтевним протеомским радним токовима неопходна је за лабораторије које траже робусна, поновљива и скалабилна решења.“
Комплетна студија доступна је као публикација са отвореним приступом у часопису Proteomics (DOI: 10.1002/pmic.202300491).

Овде пронађите информације о соникатору за плоче са више бунарчића UIP400MTP!