DNS fragmentēšana ar ultraskaņu nākamās paaudzes sekvenēšanai
Nākamās paaudzes sekvenēšanai (NGS) ir nepieciešama uzticama genoma DNS sašķelšana ar bīdes spēkiem un fragmentēšana, lai sekvenētu genoma DNS pavedienus un izveidotu genoma bibliotēkas. Kontrolēta DNS sadalīšana fragmentos ir būtisks paraugu sagatavošanas posms pirms DNS sekvenēšanas. Apstrāde ar ultraskaņu ir pierādīta kā efektīva un uzticama metode noteikta garuma DNS fragmentu iegūšanai. DNS fragmentēšanas ar ultraskaņu protokoli nodrošina reproducējamus fragmentēšanas rezultātus. Hielscher ultraskaņas ierīces spēj nodrošināt plašu genoma DNS fragmentu izmēru sadalījumu klāstu, ko var precīzi kontrolēt ar darbības parametriem. Tā kā Hielscher sistēmas DNS sašķelšanai ar ultraskaņu ir pieejamas gan vienam un vairākiem flakoniem, gan mikroplatēm, paraugu sagatavošana kļūst ļoti efektīva.
UIP400MTP plašu ultraskaņas apstrādes ierīce liela paraugu skaita sagatavošanai vienmērīgi apstrādā ar ultraskaņu paraugus daudziedobju platēs, mikrotitrēšanas platēs un 96 iedobju platēs
- atkārtojami / reproducējami rezultāti
- precīzi regulējama noteikta fragmentu garuma iegūšanai
- ātra apstrāde
- vienmērīgi DNS fragmentēšanas rezultāti
- ierīces jebkādam paraugu tilpumam (piemēram, vairākiem flakoniem vai mikroplatēm)
- augsta paraugu apstrādes ražība
- precīza temperatūras kontrole
- vienkārša, lietotājam draudzīga lietošana
Nākamās paaudzes sekvenēšana: DNS fragmentēšana ar ultraskaņu bibliotēku sagatavošanai
Lai veiktu nākamās paaudzes sekvenēšanu, ir jāīsteno trīs pamatposmi: (1) bibliotēkas sagatavošana, (2) sekvenēšana un (3) datu analīze. Bibliotēkas sagatavošanas laikā DNS tiek fragmentēta, pēc tam fragmentu gali tiek laboti (nogludināti), pievienojot vienu adenīna bāzi, un mērķa fragmenti tiek pārveidoti par divpavedienu DNS. Visbeidzot ar ligēšanu, PCR vai tagmentēšanu tiek pievienoti tā dēvētie adapteri, lai varētu kvantitatīvi noteikt sekvenēšanai paredzēto bibliotēkas gala DNS produktu.
DNS fragmentēšana, izmantojot apstrādi ar ultraskaņu: Jo īpaši tad, ja izmanto īso nolasījumu sekvenēšanas tehnoloģijas, piemēram, Illumina, ar kurām garākus DNS fragmentus nevar viegli nolasīt, DNS pavedieni ir jāsadala noteikta izmēra fragmentos, ko var uzticami panākt ar apstrādi ar ultraskaņu.
Apstrādi ar ultraskaņu var uzticami izmantot DNS, RNS un hromatīna fragmentēšanai.
Nākamās paaudzes sekvenēšana – bibliotēku sagatavošana
DNS fragmentēšanu ar ultraskaņu plaši izmanto DNS sekvenēšanas bibliotēku sagatavošanā nākamās paaudzes sekvenēšanas (NGS) platformām. Šo metodi izmanto, lai sadalītu DNS molekulas mazākos fragmentos vēlamajā izmēru diapazonā, atvieglojot turpmākos bibliotēkas sagatavošanas posmus. DNS fragmentēšana ar ultraskaņu parasti ir nepieciešama NGS darbplūsmu bibliotēkas sagatavošanas posmā, lai sadalītu genoma DNS mazākos fragmentos, kas piemēroti turpmākai apstrādei un sekvenēšanai. Tai ir izšķiroša nozīme sekvenēšanas eksperimenta sekmīgas norises nodrošināšanā, jo tā rada DNS fragmentus izmantotajai sekvenēšanas platformai atbilstošā izmēru diapazonā.
E. coli EDL933 genoma DNS elektroforētiskās analīzes pēc 0 – 15 min ilgas apstrādes ar ultraskaņu. L apzīmē DNS garuma marķieri. (Basselet et al. 2008)
Nākamās paaudzes sekvenēšana – procesa posmi:
- DNS fragmentēšana ar ultraskaņu: Pirms bibliotēkas izveides genoma DNS tiek sadalīta mazākos, vieglāk apstrādājamos fragmentos. Fragmentēšanā ar ultraskaņu izmanto augstfrekvences skaņas viļņus, lai ar bīdes spēkiem sašķeltu DNS molekulas fragmentos vēlamajā izmēru diapazonā. Šis posms ir izšķiroši svarīgs, jo palīdz nodrošināt, ka vēlāk iegūtie sekvenēšanas nolasījumi būs izmantotajai sekvenēšanas platformai atbilstošā garumā. Fragmentu izmēru diapazonu var pielāgot atbilstoši sekvenēšanas eksperimenta konkrētajām prasībām.
- Klonālā amplifikācija ar PCR: Pēc fragmentēšanas ar ultraskaņu DNS fragmentiem veic galu reparāciju, adapteru ligāciju un PCR amplifikāciju, lai iegūtu galīgās DNS sekvenēšanas bibliotēkas. Šie posmi sagatavo fragmentētās DNS molekulas sekvenēšanas procesam, pievienojot adapteru sekvences, kas nepieciešamas saistīšanai ar sekvenēšanas platformu un nodrošina praimeru piesaistes vietas PCR amplifikācijai.
- DNS sekvenēšana sintēzes ceļā: Kad sekvenēšanas bibliotēkas ir sagatavotas, sākas DNS sekvenēšanas sintēzes ceļā (SBS) process. SBS laikā DNS sekvenci nosaka, secīgi pievienojot nukleotīdus komplementārajai ķēdei. Šis posms ietver cikliskas nukleotīdu iekļaušanas reakcijas, attēlveidošanu un šķelšanu, ļaujot noteikt DNS sekvenci pēc iekļauto nukleotīdu izstarotajiem fluorescences signāliem.
- Masveidā paralēla sekvenēšana: Pēdējā posmā telpiski nošķirtās, amplificētās DNS matrices sekvenē vienlaikus, masveidā paralēli. Šī augstas caurlaidspējas sekvenēšanas pieeja ļauj vienā sekvenēšanas reizē iegūt no miljoniem līdz miljardiem sekvenēšanas nolasījumu, nodrošinot efektīvu un ātru DNS sekvenču noteikšanu.
Kā darbojas DNS fragmentēšana ar ultraskaņu?
Apstrāde ar ultraskaņu, kas pazīstama arī kā paraugu akustiskā apstrāde, ir plaši izmantota DNS fragmentēšanas metode. Veicot DNS fragmentēšanu ar ultraskaņas radītu bīdes iedarbību, paraugus kontrolētos apstākļos pakļauj ultraskaņas viļņu iedarbībai. DNS fragmentēšanas ar ultraskaņu darbības princips ir balstīts uz ultraskaņas viļņu radītajām svārstībām un kavitāciju. Bīdes spēki, kas rodas ultraskaņas (akustiskās) kavitācijas rezultātā, sarauj DNS molekulas ar lielu molekulmasu. Tādi apstrādes ar ultraskaņu iestatījumi kā intensitāte (amplitūda, ilgums), pulsācijas režīms un temperatūra ļauj precīzi fragmentēt DNS līdz noteiktam vēlamajam DNS fragmentu garumam. Lai gan, izmantojot apstrādi ar ultraskaņu, DNS bieži saīsina līdz 100 līdz 600 bp, saudzīgākos apstrādes ar ultraskaņu apstākļos var iegūt garākus DNS fragmentus – līdz pat 1300 bp.
DNS fragmentēšana ar ultraskaņas radītu bīdes iedarbību ChIP – hromatīna imūnprecipitācijas – laikā
Pielāgots no Jkwchui saskaņā ar CC-BY-SA.03
Temperatūras kontrole DNS degradācijas novēršanai
DNS divpavedienu molekulārā struktūra ir ļoti jutīga pret paaugstinātu temperatūru, tāpēc precīza temperatūras kontrole paraugu sagatavošanas posmos ir izšķirošs faktors uzticamu analīžu rezultātu iegūšanai.
Neatkarīgi no tā, vai izmantojat Hielscher zondes tipa ultraskaņas ierīces, VialTweeter vai UIP400MTP, pievienojams temperatūras sensors un viedā ierīces programmatūra nodrošina nepārtrauktu temperatūras uzraudzību un kontroli. Lai uzturētu temperatūru noteiktā diapazonā, varat iestatīt augšējo un apakšējo temperatūras robežu. Tādējādi ultraskaņas ierīce apturēs darbību, tiklīdz šī temperatūras robeža tiks pārsniegta, un automātiski atsāks apstrādi ar ultraskaņu, kad temperatūra būs pazeminājusies par iestatīto ∆T.
Hielscher ultraskaņas ierīču pilnveidotā programmatūra nodrošina uzticamu ideālu paraugu apstrādes apstākļu uzturēšanu.
Liela paraugu skaita DNS fragmentēšana ar UIP400MTP daudziedobju plašu ultraskaņas ierīci
Pēdējās desmitgades laikā paraugu skaits dzīvības zinātnēs ir ievērojami palielinājies. Tas nozīmē, ka paraugu sagatavošanas un analīzes laikā ļoti liels paraugu skaits (piemēram, 384, 1536 vai 3456 iedobes katrā mikroplatē) jāapstrādā nemainīgi vienādos apstākļos, lai iegūtu salīdzināmus un derīgus rezultātus. Ar UIP400MTP Hielscher Ultrasonics seko paraugu masveida apstrādes tendencei. UIP400MTP ir ultraskaņas ierīce paraugu sagatavošanai mikroplatēs. UIP400MTP var apstrādāt plates ar 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 vai 3456 iedobēm. Atkarībā no mikroplates veida katrā iedobē parasti var ievietot paraugu, kura tilpums ir no dažiem desmitiem nanolitru līdz vairākiem mililitriem. UIP400MTP plaši izmanto dzīvības zinātņu pētījumos, un to ļoti bieži lieto paraugu sagatavošanai pirms tādām analīzēm kā ELISA (enzīmsaistītā imūnsorbcijas analīze) vai PCR, pirms olbaltumvielu analīzes, kā arī hromatīna sagatavošanai pirms CHiP un CHiP-seq, histonu modifikāciju identificēšanas un citām analītiskām procedūrām (piemēram, gela elektroforēzes, masspektrometrijas).
Lasiet vairāk par PCR plašu apstrādi ar augstu paraugu caurlaidspēju!
VialTweeter līdz pat 10 flakonu paraugu sagatavošanai
VialTweeter ir plaši izmantota laboratorijas ultraskaņas ierīce VialTweeter, kas ļauj efektīvi un ērti vienlaikus apstrādāt ar ultraskaņu līdz pat 10 flakoniem. Tā kā flakonus un mēģenes (piemēram, Eppendorf flakonus, krioflakonus, centrifūgas mēģenes) ar ultraskaņu apstrādā netieši, tiek novērsta jebkāda savstarpēja kontaminācija. Tā kā katram paraugam tiek pievadīta vienādas intensitātes ultraskaņa, visi apstrādes ar ultraskaņu rezultāti ir viendabīgi un reproducējami. VialTweeter piedāvā visas viedās funkcijas, kas pieejamas arī citās mūsu digitālajās ierīcēs (piemēram, viedo izvēlni, programmējamus iestatījumus, temperatūras kontroli, tālvadību utt.), tādējādi nodrošinot visaugstāko lietošanas ērtumu.
Daudzpirkstu zondes mikroiedobju platēm
Daudzpirkstu zondes ar 4 vai 8 pirkstiem, kas pieejamas ultraskaņas zondes homogenizatoriem UP200Ht un UP200St, ir ērts risinājums vairāku paraugu vienlaicīgai apstrādei ar ultraskaņu vienādos apstākļos. Piemēram, sonotrode MTP-24-8-96 ir astoņpirkstu zonde, kas ir ideāli piemērota integrēšanai automatizētās sistēmās vai efektīvai manuālai paraugu sagatavošanai daudziedobju plašu iedobēs. Daudzpirkstu sonotrode ir ideāli piemērota automatizētām laboratorijām, kurās galvenokārt apstrādā paraugus vārglāzēs un mēģenēs, izmantojot standarta ultraskaņas sonotrodi. Daudzpirkstu un standarta zondes var ātri savstarpēji nomainīt dažu minūšu laikā, pārveidojot vienas zondes ultraskaņas ierīci par vairāku zonžu ultraskaņas dezintegratoru.
Hielscher ultraskaņas ierīces DNS fragmentēšanai
Hielscher Ultrasonics piedāvā dažādas uz ultraskaņu balstītas platformas DNS, RNS un hromatīna fragmentēšanai. Šīs dažādās platformas ietver ultraskaņas zondes (sonotrodes), netiešas apstrādes ar ultraskaņu risinājumus vienlaicīgai paraugu sagatavošanai vairākās mēģenēs vai daudziedobju platēs (piemēram, 96 iedobju platēs, mikrotitrēšanas platēs), sonoreaktorus un kausveida ultraskaņas sonotrodes. Visas DNS sašķelšanai ar bīdes spēkiem paredzētās platformas darbina augstas veiktspējas ultraskaņas procesori ar pieskaņotu frekvenci, kurus var precīzi vadīt un kuri nodrošina reproducējamus rezultātus.
Ultraskaņas procesori jebkuram paraugu skaitam un lielumam
Ar Hielscher vairāku paraugu ultraskaņas ierīcēm VialTweeter (līdz pat 10 mēģenēm) un UIP400MTP (mikroplatēm/ daudziedobju platēm) intensīva un precīzi vadāma apstrāde ar ultraskaņu ļauj samazināt paraugu apstrādes laiku, vienlaikus iegūstot vēlamo DNS fragmentu izmēru sadalījumu un iznākumu. DNS fragmentēšana ar ultraskaņu padara paraugu sagatavošanu efektīvu, uzticamu un mērogojamu. Izmantojot pastāvīgi kontrolētu ultraskaņu, protokolus var lineāri mērogot no viena parauga līdz daudziem paraugiem.
Ultraskaņas zondes ierīces ar vienu līdz pieciem pirkstiem ir ideāli piemērotas mazāka paraugu skaita sagatavošanai. Hielscher laboratorijas ultraskaņas ierīces ir pieejamas dažādos izmēros, tāpēc varam ieteikt jūsu lietojumam un prasībām ideāli piemērotu ierīci.
Precīza procesa kontrole
Precīzi kontrolējami apstrādes ar ultraskaņu iestatījumi ir būtiski, jo pārmērīga apstrāde ar ultraskaņu var iznīcināt DNS, RNS un hromatīnu, savukārt nepietiekama ultraskaņas izraisīta sašķelšana bīdes spēku ietekmē rada pārāk garus DNS un hromatīna fragmentus. Hielscher digitālajās ultraskaņas ierīcēs var viegli iestatīt precīzus apstrādes ar ultraskaņu parametrus. Konkrētus apstrādes ar ultraskaņu iestatījumus var arī saglabāt kā ieprogrammētus iestatījumus, lai ātri atkārtotu to pašu procedūru.
Visas apstrādes ar ultraskaņu tiek automātiski protokolētas un saglabātas CSV failā iebūvētajā SD kartē. Tas ļauj precīzi dokumentēt veiktos izmēģinājumus un viegli pārskatīt apstrādes ar ultraskaņu ciklus.
Izmantojot attālināto vadību pārlūkprogrammā, visas digitālās ultraskaņas ierīces var vadīt un uzraudzīt jebkurā standarta pārlūkprogrammā. Papildu programmatūras instalēšana nav nepieciešama, jo LAN savienojums nodrošina ļoti vienkāršu iestatīšanu pēc principa «pievieno un lieto».
Visaugstākā lietošanas ērtība paraugu sagatavošanā ar ultraskaņu
Visas Hielscher ultraskaņas ierīces ir izstrādātas, lai nodrošinātu augstas veiktspējas ultraskaņu, vienlaikus vienmēr saglabājot ļoti ērtu un vienkāršu lietošanu. Visi iestatījumi ir pārskatāmi sakārtoti skaidrā izvēlnē, kurai var viegli piekļūt krāsu skārienekrānā vai izmantojot attālināto vadību pārlūkprogrammā. Viedā programmatūra ar programmējamiem iestatījumiem un automātisku datu reģistrēšanu nodrošina optimālus apstrādes ar ultraskaņu iestatījumus uzticamu un reproducējamu rezultātu iegūšanai. Pārskatāmā un viegli lietojamā izvēlnes saskarne padara Hielscher ultraskaņas ierīces par ērti lietojamām un efektīvām ierīcēm.
Tālāk redzamā tabula sniedz priekšstatu par mūsu laboratorijas ultraskaņas ierīču aptuveno apstrādes jaudu; šīs ierīces ir ideāli piemērotas tādiem paraugu sagatavošanas uzdevumiem kā DNS un RNS fragmentēšana, šūnu līze un olbaltumvielu ekstrakcija:
| Ierīce | Jauda [W] | Veids | Tilpums [mL] |
|---|---|---|---|
| UIP400MTP | 400 | mikroplatēm | 6 – 3456 iedobes | VialTweeter | 200 | līdz 10 flakoniem, kā arī iespēja piestiprināt papildu paraugus ar piespiedējierīci | 0,5 – 1,5 |
| UP50H | 50 | zondes tipa | 0,01 – 250 |
| UP100H | 100 | zondes tipa | 0,01 – 500 |
| UP200Ht | 200 | zondes tipa | 0,1 – 1000 |
| UP200St | 200 | zondes tipa | 0,1 – 1000 |
| UP400St | 400 | zondes tipa | 5,0 – 2000 |
| CupHorn | 200 | CupHorn, ultraskaņas reaktors | 10 – 200 |
| GDmini2 | 200 | plūsmas šūna bez piesārņojuma |
Sazinieties ar mums! / Jautājiet mums!
Ultraskaņas ierīce vairāku paraugu sagatavošanai VialTweeter ļauj vienlaikus apstrādāt ar ultraskaņu līdz 10 flakoniem. Izmantojot piespiedējierīci VialPress, pie priekšpuses var piespiest līdz 4 papildu mēģenēm intensīvai apstrādei ar ultraskaņu.
Sonotrodei MTP-24-8-96 ir astoņas ultraskaņas zondes mikrotitrēšanas plašu iedobju apstrādei ar ultraskaņu.
Literatūra / Atsauces
- Qiyun Liang, Christoph Ratzke (2025): Lysing diverse bacteria with the Hielscher UIP400MTP for DNA sequencing. Protocol Uni Tübingen 2025.
- Poptsova, M., Il’icheva, I., Nechipurenko, D. et al. (2014): Non-random DNA fragmentation in next-generation sequencing. Scientific Reports 4, 4532; 2014.
- Basselet P., Wegrzyn G., Enfors S.-O., Gabig-Ciminska M. (2008): Sample processing for DNA chip array-based analysis of enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC). Microbial Cell Factories 7:29. 2008.
- Wang Y., Joshu C.E., Curtis S.D., Douville C., Burk V.A., Ru M., Popoli M., Ptak J., Dobbyn L., Silliman N., Coresh J., Boerwinkle E., Prizment A., Bettegowda C., Kinzler K.W., Papadopoulos N., Platz E.A., Vogelstein B. (2025): Detection of cancers three years prior to diagnosis using plasma cell-free DNA. Cancer Discovery 2025 May.
- Doublier S., Riganti Ch., Voena C., Costamagna C., Aldieri E., Pescarmona G., Ghigo D., Bosia A. (008): RhoA Silencing Reverts the Resistance to Doxorubicin in Human Colon Cancer Cells. Molecular Cancer Research 6(10), 2008.
- Fredlund E., Gidlund A., Olsen M., Börjesson T., Spliid N.H.H., Simonsson M. (2008): Method evaluation of Fusarium DNA extraction from mycelia and wheat for down-stream real-time PCR quantification and correlation to mycotoxin levels. Journal of Microbiological Methods 2008.
- Fritsche C., Sitz M., Weiland N., Breitling R., Pohl H.-D. (2007): Characterization of the growth behavior of Leishmania tarentolae – a new expression system for recombinant proteins. Journal of Basic Microbiology 47, 2007. 384–393.
- Ristola M., Arpiainen S., Saleem M. A., Mathieson P. W., Welsh G. I., Lehtonen S., Holthöfer H. (2009): Regulation of Neph3 gene in podocytes – key roles of transcription factors NF-κB and Sp1. BMC Molecular Biology 10:83, 2009.
- Rodriguez J., Vives L., Jorda M., Morales C., Munoz M., Vendrell E., Peinado M. A. (2008): Genome-wide tracking of unmethylated DNA Alu repeats in normal and cancer cells. Nucleic Acids Research Vol. 36, No. 3, 2008. 770-784.
- Weiske J. Huber O. (2006): The Histidine Triad Protein Hint1 Triggers Apoptosis Independent of Its Enzymatic Activity. The Journal of Biological chemistry. Vol. 281, No. 37, 2006. 27356–27366.
Noderīgi fakti
Kas ir nākamās paaudzes sekvenēšana?
Nākamās paaudzes sekvenēšana (NGS), ko dēvē arī par augstas caurlaidspējas sekvenēšanu vai otrās paaudzes sekvenēšanu, ir masveida paralēlās sekvenēšanas pieeja, kurā vienā ciklā vienlaikus paralēli sekvenē ļoti lielu (masveida) DNS daudzumu, kas ietver miljoniem fragmentu.
Lai veiktu nākamās paaudzes sekvenēšanu, trīs pamatposmi –
- bibliotēkas sagatavošana,
- sekvenēšana un
- datu analīze
– ir nepieciešami.
Bibliotēkas sagatavošanas laikā DNS pavedieni jāsadala noteikta garuma DNS fragmentos. Apstrāde ar ultraskaņu ir viena no vēlamajām DNS fragmentēšanas metodēm.
DNS sekvenēšanas procesā nosaka nukleotīdu secību DNS, ko sauc par nukleīnskābes secību. Nukleīnskābes secību veido četras nukleotīdu bāzes – adenīns, citozīns, guanīns un timīns –, kas kodē informāciju.
Nākamās paaudzes sekvenēšana veicina pētniecību dzīvības zinātnēs un personalizētajā medicīnā, jo DNS un RNS sekvenēšanu plaši izmanto genomikas pētījumos, vēža pētniecībā, retu un sarežģītu slimību pētniecībā, mikroorganismu pētniecībā, lauksaimniecības genomikā un daudzās citās pētniecības jomās.
Nākamās paaudzes sekvenēšana salīdzinājumā ar Sangera sekvenēšanu
Lai gan ar nākamās paaudzes sekvenēšanu (NGS) ir iespējams sekvenēt milzīgu skaitu genomisko paraugu, Sengera sekvenēšana (pazīstama arī kā ķēdes terminācijas metode vai pirmās paaudzes sekvenēšana) ļauj sekvenēt tikai nelielu paraugu skaitu. Ar Sengera sekvenēšanu vienlaikus sekvenē tikai vienu DNS fragmentu, un to var veikt vienas dienas laikā. Precizitātes dēļ Sengera sekvenēšanu uzskata arī par zelta standarta tehnoloģiju, ko izmanto, lai pārbaudītu ar nākamās paaudzes sekvenēšanu iegūtos rezultātus.
Ar Sengera sekvenēšanu iegūst aptuveni 800bp garus nolasījumus (parasti 500–600bp, izmantojot nebagātinātu DNS). Sengera sekvenēšanas garākie nolasījumi sniedz būtiskas priekšrocības salīdzinājumā ar citām sekvenēšanas metodēm, īpaši genoma atkārtoto reģionu sekvenēšanā. Īso nolasījumu sekvenču datu radītās grūtības ir īpaši aktuālas jaunu genomu sekvenēšanā (de novo) un tādu genoma segmentu sekvenēšanā, kuros notikušas plašas pārkārtošanās un kuri parasti sastopami vēža genomos vai hromosomu reģionos ar strukturālām variācijām. [cp. Morozova and Marra, 2008]
DNS – dezoksiribonukleīnskābe – tās formas un funkcijas
Katrai DNS formai ir unikālas īpašības un pielietojumi, kas sniedz ieguldījumu plašā pētniecības jomu klāstā, tostarp onkoloģijā, ģenētikā, tiesu ekspertīzē un evolūcijas bioloģijā. Hielscher ultraskaņas ierīces ir ļoti efektīvs un uzticams risinājums DNS un RNS izolēšanai un fragmentēšanai jūsu analīžu vajadzībām. Tālāk sniegtajā sarakstā skaidrojam konkrētās DNS formas un iedalām tās pēc bioloģiskā konteksta un funkcijām:
- Genomiskā DNS (gDNA)
Genomiskā DNS (gDNA): Organisma pilnais DNS kopums, kas ietver gan kodējošos reģionus (gēnus), gan nekodējošos reģionus. - Ārpusšūnu DNS
Cirkulējošā audzēja DNS (ctDNA): DNS fragmenti, ko audzēja šūnas izdala asinsritē.
Brīvā ārpusšūnu DNS (cfDNA): DNS fragmenti, kas brīvi cirkulē asinsritē un ir radušies dažādos audos. - Ārpushromosomu cirkulārā DNS (eccDNA): Cirkulāras DNS molekulas, kas eikariotu šūnās atrodas ārpus hromosomām.
Vīrusu DNS: Vīrusu izcelsmes DNS, kas ir vai nu integrēta saimniekorganisma genomā, vai atrodas episomālas DNS veidā. - Mitohondriju DNS
Mitohondriju DNS (mtDNA): DNS, kas atrodas mitohondrijos, tiek pārmantota pa mātes līniju un piedalās enerģijas ražošanā. - Plazmīdu DNS
Plazmīdu DNS: Nelielas, cirkulāras DNS molekulas, kas replicējas neatkarīgi no hromosomālās DNS, bieži sastopamas baktērijās un tiek izmantotas gēnu inženierijā. - Kodola DNS
Kodola DNS (nDNA): DNS, kas atrodas eikariotu šūnu kodolā un veido lielāko daļu organisma ģenētiskā materiāla. - Atsevišķas šūnas DNS
Atsevišķas šūnas DNS (scDNA): DNS, kas iegūta no vienas šūnas un tiek izmantota detalizētai genoma analīzei atsevišķas šūnas līmenī. - Rekombinantā DNS
Rekombinantā DNS (rDNA): DNS molekulas, kas izveidotas ar laboratorijas ģenētiskās rekombinācijas metodēm, lai apvienotu ģenētisko materiālu no vairākiem avotiem. - Specializētās formas
Vides DNS (eDNA): DNS, kas iegūta no vides paraugiem (augsnes, ūdens), neizolējot organismus, no kuriem tā cēlusies
Senā DNS (aDNA): DNS, kas iegūta no seniem paraugiem un sniedz ieskatu evolūcijas bioloģijā un senajās populācijās. - Hromosomālā DNS
Hromosomālā DNS: DNS, kas veido hromosomas šūnas kodolā un ietver gan kodējošos, gan nekodējošos reģionus. - Vīrusu un sintētiskās formas
Vīrusu DNS: Vīrusu izcelsmes DNS, kas var būt vai nu integrēta saimniekorganismu genomos, vai pastāvēt kā neatkarīgas vienības.
Sintētiskā DNS: Mākslīgi sintezētas DNS sekvences, kas izveidotas ķīmiskos procesos un bieži tiek izmantotas pētniecībā un biotehnoloģijā.
Hielscher Ultrasonics ražo augstas veiktspējas ultraskaņas homogenizatorus izmēros no laboratorijas izmēra līdz rūpnieciskajam izmēram.