ქრომატინის გაჭრა ულტრაბგერითი მეთოდით
ქრომატინის გადაკვეთა კრიტიკული ეტაპია ეპიგენეტიკისა და მოლეკულური ბიოლოგიის მრავალ სამუშაო პროცესში, განსაკუთრებით ქრომატინის იმუნოპრეციპიტაციაში (ChIP), ChIP-seq-სა და მასთან დაკავშირებულ ანალიზებში. მიზანია ქრომატინის ფრაგმენტაცია რეპროდუცირებად დნმ-ცილის კომპლექსებად, ეპიტოპის მთლიანობის შენარჩუნებით და ნიმუშის დაკარგვის მინიმიზაციისას. არსებულ მეთოდებს შორის, ულტრაბგერითი ქრომატინის ფრაგმენტაცია ფართოდ გამოყენებადი მიდგომა გახდა, რადგან ის უზრუნველყოფს საიმედო, რეაგენტებისგან თავისუფალ ფრაგმენტაციას შესანიშნავი რეპროდუცირებადობით.
რა უნდა გავითვალისწინო ქრომატინის გამოყოფისას?
ქრომატინის ეფექტური დაშლა მოითხოვს ექსპერიმენტული პარამეტრების ფრთხილად კონტროლს. არასწორმა ფრაგმენტაციამ შეიძლება საფრთხე შეუქმნას ChIP ექსპერიმენტებს, რადგან წარმოქმნის ფრაგმენტებს, რომლებიც ან ძალიან დიდია, ან ზედმეტად დეგრადირებულია, ან ნიმუშებს შორის შეუსაბამოა.
ერთ-ერთი ყველაზე მნიშვნელოვანი ფაქტორი სასურველი ფრაგმენტის ზომის განაწილებაა. ChIP და ChIP-seq აპლიკაციების უმეტესობისთვის, 100-დან 600 ფუძე წყვილს შორის ქრომატინის ფრაგმენტები ოპტიმალურია. ზომის ეს დიაპაზონი უზრუნველყოფს ეფექტურ იმუნოპრეციპიტაციას და ამავდროულად უზრუნველყოფს საკმარის გარჩევადობას გენომური რუკისთვის.
კიდევ ერთი მნიშვნელოვანი ფაქტორია ჯვარედინი შეერთების ეფექტურობა ულტრაბგერითი გამოსხივების გამოყენებამდე. ChIP სამუშაო პროცესების უმეტესობა მოიცავს ფორმალდეჰიდის ფიქსაციას ცილა-დნმ ურთიერთქმედების სტაბილიზაციისთვის. თუმცა, ჭარბმა ჯვარედინი შეერთებამ შეიძლება ქრომატინი უფრო მდგრადი გახადოს ფრაგმენტაციის მიმართ, რაც მოითხოვს ულტრაბგერითი გამოსხივების უფრო ხანგრძლივ დროს და პოტენციურად ზრდის სითბოს ზემოქმედებას.
ტემპერატურის კონტროლი ასევე უმნიშვნელოვანესია. ულტრაბგერითი გამოსხივება წარმოქმნის ლოკალიზებულ ენერგიას, რომელსაც შეუძლია ნიმუშის ტემპერატურის აწევა. მომატებულმა ტემპერატურამ შეიძლება დააზიანოს დნმ ან დენატურირებული ცილები, რაც გავლენას ახდენს ანტისხეულების ამოცნობაზე ChIP-ის დროს. ამიტომ, ბევრი მკვლევარი ატარებს პულსირებულ ულტრაბგერით გამოსხივების ციკლებს გაგრილების ინტერვალებთან ერთად, ნიმუშის სტაბილურობის შესანარჩუნებლად.
ნიმუშის კონცენტრაცია და მოცულობა ასევე გავლენას ახდენს ფრაგმენტაციის ეფექტურობაზე. მაღალი კონცენტრაციის ქრომატინის სუსპენზიებს შეიძლება დასჭირდეთ ულტრაბგერითი დამუშავების უფრო ხანგრძლივი დრო, ხოლო მცირე მოცულობის ნიმუშებს სჭირდებათ ზუსტი ენერგიის მიწოდება ზედმეტი დამუშავების თავიდან ასაცილებლად.
და ბოლოს, ულტრაბგერითი მოწყობილობის არჩევანი ძლიერ გავლენას ახდენს ექსპერიმენტული რეპროდუცირებადობაზე. ქრომატინის დაშლისთვის შექმნილი მოწყობილობები, როგორც წესი, უზრუნველყოფენ კონტროლირებად ულტრაბგერით ენერგიას და სტანდარტიზებულ ნიმუშის დამუშავებას, რაც უზრუნველყოფს მრავალ ნიმუშში თანმიმდევრულ ფრაგმენტაციას.
ულტრაბგერითი დნმ-ის გაპარსვა ჩიპ-ის დროს – ქრომატინის იმუნოპრეციპიტაცია
რომელი სონიკატორი უნდა ავირჩიო ქრომატინის გასაპრიალებლად?
სხვადასხვა ლაბორატორიული სამუშაო პროცესები მოითხოვს ულტრაბგერითი დამუშავების სხვადასხვა კონფიგურაციას. ოპტიმალური სისტემა დიდწილად დამოკიდებულია ნიმუშის გამტარუნარიანობაზე, მოცულობასა და ექსპერიმენტულ ფორმატზე.
ზონდის ტიპის სონიკატორი
ზონდის ტიპის სონიკატორი ულტრაბგერით ენერგიას პირდაპირ ნიმუშში ტიტანის ზონდის მეშვეობით აწვდის. ეს კონფიგურაცია უზრუნველყოფს ძალიან მაღალ ენერგიის სიმკვრივეს და შესაბამისად, შესაფერისია ცალკეულ ნიმუშებში ქრომატინის ძლიერი დარღვევისთვის.
ზონდის სონიკატორები განსაკუთრებით სასარგებლოა:
- მცირე და საშუალო ზომის ნიმუშების რაოდენობა
- ძნელად ფრაგმენტირებადი ქრომატინი
- მოქნილი ექსპერიმენტული პროტოკოლები
მრავალმილიანი სონიკატორი – VialTweeter
ლაბორატორიებისთვის, რომლებიც ერთდროულად ამუშავებენ რამდენიმე ნიმუშს, VialTweeter-ის მრავალმილისებრი სონიკატორი უზრუნველყოფს მაღალი რეპროდუცირების შესაძლებლობას. სისტემა ულტრაბგერით ენერგიას ირიბად გადასცემს ფლაკონის დამჭერის მეშვეობით, რაც საშუალებას იძლევა რამდენიმე დალუქული მილის ფრაგმენტაცია მოხდეს იდენტურ პირობებში.
ამ კონფიგურაციას მნიშვნელოვანი უპირატესობები აქვს:
- მრავალი ნიმუშის პარალელური ქრომატინის გადახრა
- ზონდის დაბინძურების აღმოფხვრა
- მაღალი რეპროდუცირებადობა მილებს შორის
- ChIP ნიმუშის მომზადების გამარტივებული სამუშაო პროცესი
ასეთი მრავალმილაკიანი სისტემები კარგად არის შესაფერისი ChIP-ის რუტინული ექსპერიმენტებისა და საშუალო გამტარუნარიანობის კვლევებისთვის.
მიკროპლატე სონიკატორი – UIP400MTP
მაღალი გამტარუნარიანობის ეპიგენეტიკური კვლევები სულ უფრო მეტად ეყრდნობა მიკროფირფიტებზე დაფუძნებულ ნიმუშის დამუშავებას. UIP400MTP მიკროფირფიტების სონიკატორი შექმნილია ქრომატინის ფრაგმენტაციისთვის პირდაპირ სტანდარტულ მიკროფირფიტებში ნიმუშების გადაცემის გარეშე.
ეს მიდგომა საშუალებას იძლევა:
- ათობით ან ასობით ნიმუშის ერთდროული დამუშავება
- ავტომატიზაციისთვის მოსახერხებელი სამუშაო პროცესები
- ჭაბურღილებს შორის ულტრაბგერითი ენერგიის ერთგვაროვანი განაწილება
- ნიმუშის დამუშავების ეტაპების მნიშვნელოვანი შემცირება
ChIP-seq-ის დიდი სკრინინგის პროექტებისთვის ან მაღალი გამტარუნარიანობის ეპიგენეტიკური კვლევებისთვის, მიკროპლაკეტის სონიკაცია უზრუნველყოფს გამორჩეულ მასშტაბირებას და ეფექტურობას. მრავალჭაბურღიანი ფირფიტის სონიკატორი UIP400MTP კარგად არის შესაფერისი სითხის დამუშავების სისტემებსა და ავტომატიზირებულ ლაბორატორიულ სამუშაო პროცესებში ინტეგრაცია.
რატომ უნდა ავირჩიოთ სონიკაცია ქრომატინის სხვა ჭრის ტექნიკასთან შედარებით?
ფერმენტულ მიდგომებთან შედარებით, ChIP-ისთვის ულტრაბგერითი მეთოდით სინთეზირება უზრუნველყოფს მიუკერძოებელ ფრაგმენტაციას, რადგან პროცესი არ არის დამოკიდებული თანმიმდევრობით სპეციფიკურ ფერმენტულ აქტივობაზე. ეს განსაკუთრებით მნიშვნელოვანია გენომის მასშტაბით ეპიგენეტიკური კვლევებისთვის, სადაც ერთგვაროვანი დაფარვა აუცილებელია.
კიდევ ერთი მნიშვნელოვანი უპირატესობა მასშტაბირებაა. ულტრაბგერითი სისტემები შეიძლება მოიცავდეს ერთ ნიმუშს, რამდენიმე მილს ან მთლიან მიკროფირფიტებს, რაც ლაბორატორიებს საშუალებას აძლევს აირჩიონ ყველაზე შესაფერისი კონფიგურაცია მათი ექსპერიმენტული გამტარუნარიანობისთვის.
და ბოლოს, ულტრაბგერითი გამოკვლევა უზრუნველყოფს ფრაგმენტაციის პარამეტრების შესანიშნავ კონტროლს. იმპულსური ციკლების, ხანგრძლივობისა და სიმძლავრის დონის რეგულირებით, მკვლევარებს შეუძლიათ საიმედოდ მიაღწიონ სასურველ ფრაგმენტის ზომის განაწილებას.
ქრომატინის ფრაგმენტაცია ChIP ნიმუშების ოპტიმიზებული ულტრაბგერითი დამუშავებით.
(ა) არ ხდება ცვეთის წარმოქმნა (გელში გრძელი ფრაგმენტებია);
(ბ) ოპტიმალური ფრაგმენტაციის პროფილი (ფრაგმენტების გამდიდრება 200–600 bp-ით);
(გ) დნმ-ის ჭარბი ფრაგმენტაცია (200 bp-ზე მოკლე ფრაგმენტების ჭარბი წარმომადგენლობა)
© ჯარილო და სხვ., 2018
ქრომატინის ჭრის ტექნიკის შედარება
| ქრომატინის ჭრის მეთოდი | პრინციპი | უპირატესობები | შეზღუდვები |
| გაჟონვა | მაღალი სიხშირის აკუსტიკური ენერგია მექანიკურად ფრაგმენტებს ქრომატინს. | რეაგენტების გარეშე ფრაგმენტაცია, მაღალი რეპროდუცირებადობის შედეგები, ფრაგმენტების ზომის რეგულირებადი განაწილება, თავსებადია ჯვარედინად შეკავშირებულ ქრომატინთან, მასშტაბირებადი ერთი მილიდან მრავალნიმუშიან და მიკროფირფიტის ფორმატებამდე. | საჭიროებს ულტრაბგერითი დამუშავების აღჭურვილობას და ულტრაბგერითი დამუშავების პარამეტრების ოპტიმიზაციას. |
| ფერმენტული მონელება (MNase) | მიკროკოკური ნუკლეაზა ამუშავებს დნმ-ს ნუკლეოსომებს შორის. | ნაზი ფრაგმენტაცია და სასარგებლოა ნატიური ქრომატინის ანალიზისთვის. | ფერმენტული მიკერძოება, თანმიმდევრობის უპირატესობა, მონელების კონტროლის სირთულე, ექსპერიმენტებს შორის პოტენციური ცვალებადობა. |
| მექანიკური ჭრა (ნემსი / შპრიცი) | ქრომატინი განმეორებითი ფიზიკური ძალის ზემოქმედებით ირღვევა. | მარტივი მეთოდი, რომელიც მოითხოვს მინიმალურ აღჭურვილობას. | ცუდი რეპროდუცირებადობა, ფრაგმენტის ზომის შეზღუდული კონტროლი, შრომატევადი პროცესი მრავალი ნიმუშისთვის. |
| ნებულიზაცია | შეკუმშული ჰაერი დნმ-ს მცირე ნახვრეტების გავლით აიძულებს, რაც ფრაგმენტაციას იწვევს. | სწრაფი ფრაგმენტაციის პროცესი. | ნიმუშის შესაძლო დაკარგვა, შეზღუდული მასშტაბირება, მოითხოვს სპეციალიზებულ აღჭურვილობას. |
როგორ გავზომო და დავაკვალიფიცირო ქრომატინის მოსავლიანობა ულტრაბგერითი ფრაგმენტაციის შემდეგ?
ChIP-ისთვის ულტრაბგერითი დამუშავების შემდეგ, მკვლევარებმა უნდა შეაფასონ ფრაგმენტირებული ქრომატინის როგორც რაოდენობა, ასევე ხარისხი. ეს ვერიფიკაციის ეტაპი უზრუნველყოფს, რომ ქრომატინის ფრაგმენტაცია აკმაყოფილებს შემდგომი აპლიკაციების, როგორიცაა ChIP-qPCR ან ChIP-seq, მოთხოვნებს.
რაოდენობრივი განსაზღვრა, როგორც წესი, დნმ-ის კონცენტრაციის გაზომვით იწყება. სპექტროფოტომეტრიული მეთოდები, როგორიცაა ნანოწვეთოვანი ანალიზი ან ფლუორომეტრიული ანალიზები, როგორიცაა Qubit დნმ-ის რაოდენობრივი განსაზღვრა, ქრომატინის მოსავლიანობის სანდო შეფასებას იძლევა დეჯროსაბმინგისა და გაწმენდის შემდეგ.
თუმცა, მხოლოდ დნმ-ის კონცენტრაცია არ აჩვენებს, წარმატებული იყო თუ არა ფრაგმენტაცია. ამიტომ, მკვლევარები ფრაგმენტის ზომის განაწილებას ელექტროფორეზული ტექნიკის გამოყენებით აფასებენ. აგაროზული გელის ელექტროფორეზი კვლავ ხშირად გამოყენებულ მიდგომად რჩება დნმ-ის ფრაგმენტების ვიზუალიზაციისა და იმის დასადასტურებლად, რომ მათი უმრავლესობა სამიზნე ზომის დიაპაზონში ჯდება.
უფრო მოწინავე ლაბორატორიები ხშირად იყენებენ კაპილარული ელექტროფორეზის სისტემებს, როგორიცაა Agilent Bioanalyzer ან TapeStation. ეს პლატფორმები უზრუნველყოფს ზომის განაწილების ზუსტ პროფილებს და საშუალებას აძლევს მკვლევარებს აღმოაჩინონ ზედმეტი ფრაგმენტაცია ან არასრული ძვრა.
ულტრაბგერითი ფრაგმენტაციის შემდეგ ქრომატინის ხარისხის შეფასებისას, მკვლევარები, როგორც წესი, ადასტურებენ:
- დნმ-ის ფრაგმენტების უმეტესობა 100-600 bp დიაპაზონშია.
- ფრაგმენტების განაწილება თანმიმდევრულია განმეორებით ნიმუშებს შორის
- დნმ-ის დეგრადაცია მინიმალურია
- ქრომატინის საერთო მოსავლიანობა საკმარისია დაგეგმილი ChIP ანალიზისთვის
სათანადო ხარისხის კონტროლი უზრუნველყოფს, რომ ულტრაბგერითი ქრომატინის დაშლის ნაბიჯი წარმოქმნის რეპროდუცირებად და ბიოლოგიურად მნიშვნელოვან შედეგებს.
დასკვნა: ულტრაბგერითი ქრომატინის ჭრა საიმედო კვლევისთვის
ქრომატინის საიმედო ძვრა ფუნდამენტურია ChIP-ისა და ეპიგენეტიკის წარმატებული კვლევისთვის. ულტრაბგერითი ფრაგმენტაცია გვთავაზობს ძლიერ გადაწყვეტას, რადგან ის საშუალებას იძლევა ქრომატინის ზუსტი, რეპროდუცირებადი და რეაგენტებისგან თავისუფალი დაშლისა ექსპერიმენტული ფორმატების ფართო სპექტრში.
სონიკაციის პარამეტრების ფრთხილად ოპტიმიზაციით, ფრაგმენტის ზომის განაწილების გადამოწმებით და შესაბამისი სონიკაციის სისტემის შერჩევით – იქნება ეს ზონდის ტიპის სონიკატორი, მრავალმილის VialTweeter თუ მაღალი გამტარუნარიანობის UIP400MTP მიკროპლატე სონიკატორი – მკვლევრებს შეუძლიათ მიაღწიონ ქრომატინის თანმიმდევრულ ფრაგმენტაციას, რაც უზრუნველყოფს ChIP და ChIP-seq-ის მაღალი ხარისხის შედეგებს.
ვინაიდან ეპიგენეტიკური კვლევა აგრძელებს გაფართოებას უფრო მაღალი გამტარუნარიანობისა და ექსპერიმენტული რეპროდუცირებისკენ, ულტრაბგერითი ქრომატინის გახევა თანამედროვე მოლეკულური ბიოლოგიის ლაბორატორიებისთვის ხელმისაწვდომ ერთ-ერთ ყველაზე მრავალმხრივ და საიმედო მეთოდად რჩება.
დიზაინი, წარმოება და კონსულტაცია – ხარისხი დამზადებულია გერმანიაში
Hielscher ულტრაბგერითები ცნობილია მათი უმაღლესი ხარისხისა და დიზაინის სტანდარტებით. გამძლეობა და მარტივი მუშაობა საშუალებას იძლევა ჩვენი ულტრაბგერითი აპარატების გლუვი ინტეგრაცია სამრეწველო ობიექტებში. უხეში პირობები და მომთხოვნი გარემო ადვილად უმკლავდება Hielscher ულტრაბგერითებს.
Hielscher Ultrasonics არის ISO სერთიფიცირებული კომპანია და განსაკუთრებული აქცენტი კეთდება მაღალი ხარისხის ულტრაბგერაზე, რომელიც აღჭურვილია უახლესი ტექნოლოგიით და მომხმარებლის კეთილგანწყობით. რა თქმა უნდა, Hielscher ულტრაბგერითები შეესაბამება CE და აკმაყოფილებს UL, CSA და RoHs მოთხოვნებს.
Tube rack sonified in the UIP400MTP for chromatin shearing
ლიტერატურა / ლიტერატურა
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mittal, N., Guimaraes, J.C., Gross, T. et al. (2017): The Gcn4 transcription factor reduces protein synthesis capacity and extends yeast lifespan. Nat Commun 8, 457 (2017).
- Shih H.-T., Chen W.-Y., Liu K.-Y., Shih Z.-S., Chen Y.-J., Hsieh P.-C., et al. (2016): dBRWD3 Regulates Tissue Overgrowth and Ectopic Gene Expression Caused by Polycomb Group Mutations. PLoS Genetics 12(9): e1006262.
- José A. Jarillo, Dorota N. Komar, and Manuel Piñeiro (2018): The Use of the Chromatin Immunoprecipitation Technique for In Vivo Identification of Plant Protein–DNA Interactions. Chapter in book: Luis Oñate-Sánchez (ed.), Two-Hybrid Systems: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology, vol. 1794, 2018.
- Einig, E., Jin, C., Andrioletti, V. et al. (2023): RNAPII-dependent ATM signaling at collisions with replication forks. Nature Communications 14, 5147 (2023)
ხშირად დასმული შეკითხვები
რა არის ქრომატინი?
ქრომატინი დნმ-ისა და მასთან დაკავშირებული ცილების სტრუქტურული კომპლექსია, რომელიც აწყობს გენეტიკურ მასალას ეუკარიოტული უჯრედების ბირთვში. ქრომატინის პირველადი ცილებია ჰისტონები, რომელთა გარშემოც დნმ არის შემოხვეული ნუკლეოსომების წარმოსაქმნელად. ეს ორგანიზაცია აკომპაქტებს დნმ-ს და ამავდროულად არეგულირებს გენეტიკურ ინფორმაციაზე წვდომას ისეთი პროცესებისთვის, როგორიცაა ტრანსკრიფცია, რეპლიკაცია და დნმ-ის შეკეთება.
რა არის ქრომატინის ტიპები?
ქრომატინი ზოგადად ორ ძირითად ფორმად კლასიფიცირდება: ევქრომატინი და ჰეტეროქრომატინი. ევქრომატინი თავისუფლად შეფუთულია და ტრანსკრიფციულად აქტიურია, რაც ტრანსკრიფციული მექანიზმისთვის გენებზე წვდომის საშუალებას იძლევა. ჰეტეროქრომატინი უფრო მჭიდროდ შეფუთულია და ტრანსკრიფციულად არააქტიურია, როგორც წესი, შეიცავს განმეორებად დნმ-ის თანმიმდევრობებს ან დუმილ გენებს. ჰეტეროქრომატინი შეიძლება დაიყოს კონსტიტუციურ ჰეტეროქრომატინად, რომელიც მუდმივად კონდენსირებული რჩება და ფაკულტატურ ჰეტეროქრომატინად, რომელსაც შეუძლია აქტიურ და არააქტიურ მდგომარეობებს შორის გადართვა უჯრედული პირობებიდან გამომდინარე.
რა არის კროსლინკინგი?
ჯვარედინი შეერთება არის ბიოქიმიური პროცესი, რომელიც გამოიყენება ბიომოლეკულებს შორის ურთიერთქმედების სტაბილიზაციისთვის მათ შორის კოვალენტური ბმების წარმოქმნით. ქრომატინის კვლევაში ჯვარედინი შეერთება ჩვეულებრივ გამოიყენება ქრომატინში ცილა-დნმ ურთიერთქმედების შესანარჩუნებლად ანალიზამდე. ქიმიური აგენტები, როგორიცაა ფორმალდეჰიდი, როგორც წესი, გამოიყენება დნმ-სა და მასთან დაკავშირებულ ცილებს შორის შექცევადი კოვალენტური კავშირების შესაქმნელად, ეფექტურად. “გაყინვა” მოლეკულური ურთიერთქმედებები დროის კონკრეტულ მომენტში. ეს სტაბილიზაცია საშუალებას იძლევა ქრომატინის კომპლექსების ფრაგმენტაცია და დამუშავება დნმ-სა და მარეგულირებელ ცილებს შორის ნატიური ასოციაციების დაკარგვის გარეშე, რაც აუცილებელია ისეთი ტექნიკისთვის, როგორიცაა ქრომატინის იმუნოპრეციპიტაცია (ChIP).
რა არის ChIP?
ქრომატინის იმუნოპრეციპიტაცია (ChIP) არის მოლეკულური ბიოლოგიის ტექნიკა, რომელიც გამოიყენება ქრომატინის შიგნით ცილებსა და დნმ-ს შორის ურთიერთქმედების შესასწავლად. ამ მეთოდით, დნმ-ცილის კომპლექსები თავდაპირველად სტაბილიზდება, როგორც წესი, ჯვარედინი შეერთებით, ხოლო შემდეგ ქრომატინი ფრაგმენტირდება. სამიზნე ცილისთვის სპეციფიკური ანტისხეულები გამოიყენება ცილა-დნმ კომპლექსების იმუნოპრეციპიტაციისთვის, რაც საშუალებას იძლევა ასოცირებული დნმ-ის თანმიმდევრობების იზოლირებისა და ანალიზის.
რისთვის გამოიყენება ChIP?
ChIP გამოიყენება სპეციფიკური დნმ-ასოცირებული ცილებით, როგორიცაა ტრანსკრიფციის ფაქტორები, ჰისტონის მოდიფიკაციები ან ქრომატინთან ასოცირებული მარეგულირებელი ცილები, შეკავშირებული გენომური რეგიონების იდენტიფიცირებისთვის. ტექნიკა ფართოდ გამოიყენება გენის რეგულაციის, ეპიგენეტიკური მოდიფიკაციების, ტრანსკრიფციის ფაქტორების შეკავშირების ადგილების და ქრომატინის სტრუქტურის შესასწავლად. ისეთ ანალიტიკურ მეთოდებთან შერწყმისას, როგორიცაა რაოდენობრივი პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქცია (ChIP-qPCR) ან მაღალი გამტარუნარიანობის სეკვენირება (ChIP-seq), ის საშუალებას იძლევა გენომის მასშტაბით მოხდეს ცილა-დნმ ურთიერთქმედების რუკების შექმნა.
რა არის ChIP-ის ტიპები?
ქრომატინის იმუნოპრეციპიტაციის რამდენიმე ვარიანტი არსებობს ექსპერიმენტული დიზაინისა და შემდგომი ანალიზის მიხედვით. ყველაზე გავრცელებული მიდგომებია ChIP-qPCR, რომელიც განსაზღვრავს კონკრეტული გენომური რეგიონების გამდიდრებას; ChIP-seq, რომელიც იყენებს ახალი თაობის სეკვენირებას გენომში ცილა-დნმ-ის ურთიერთქმედების დასაფიქსირებლად; და ChIP-chip, რომელიც აერთიანებს ChIP-ს დნმ-ის მიკროჩიპის ანალიზთან. დამატებითი ვარიანტები, როგორიცაა ნატიური ChIP (N-ChIP), რომელიც აანალიზებს არაჯვარედინად შეკავშირებულ ქრომატინს და ჯვარედინად შეკავშირებული ChIP (X-ChIP), რომელიც იყენებს ქიმიურ ჯვარედინ შეკავშირებას ცილა-დნმ-ის ურთიერთქმედების სტაბილიზაციისთვის, ასევე ფართოდ გამოიყენება გამოკვლევის ბიოლოგიური საკითხის მიხედვით.
მაღალი გამტარუნარიანობის ქრომატინის გაცვეთა მიკროპლატების სონიკატორით UIP400MTP
Hielscher Ultrasonics აწარმოებს მაღალი ხარისხის ულტრაბგერითი ჰომოგენიზატორებისგან ლაბორატორია რომ სამრეწველო ზომა.