ԴՆԹ-ի ուլտրաձայնային ֆրագմենտացում՝ հաջորդ սերնդի սեքվենավորման համար
Հաջորդ սերնդի սեքվենավորումը (NGS) պահանջում է գենոմային ԴՆԹ-ի հուսալի տրոհում՝ սահքի ուժերի ազդեցությամբ, և ֆրագմենտացում՝ գենոմային ԴՆԹ-ի շղթաները սեքվենավորելու և գենոմային գրադարաններ ստեղծելու համար։ ԴՆԹ-ի վերահսկվող մասնատումը ԴՆԹ-ի ֆրագմենտների նմուշապատրաստման էական փուլ է, որն անհրաժեշտ է կատարել ԴՆԹ-ի սեքվենավորումից առաջ։ Ապացուցված է, որ ուլտրաձայնային մշակումը արդյունավետ և հուսալի մեթոդ է ԴՆԹ-ն որոշակի երկարության ֆրագմենտների մասնատելու համար։ ԴՆԹ-ի ուլտրաձայնային ֆրագմենտացման արձանագրություններն ապահովում են ֆրագմենտացման վերարտադրելի արդյունքներ։ Hielscher ուլտրաձայնային սարքերը կարող են ապահովել գենոմային ԴՆԹ-ի ֆրագմենտների չափերի բաշխումների լայն տիրույթ, որը կարելի է ճշգրիտ վերահսկել աշխատանքային պարամետրերի միջոցով։ Քանի որ ԴՆԹ-ն սահքի ուժերով տրոհելու համար նախատեսված Hielscher ուլտրաձայնային համակարգերը հասանելի են ինչպես մեկ և բազմաթիվ սրվակների, այնպես էլ միկրոթիթեղների համար, նմուշապատրաստումը դառնում է խիստ արդյունավետ։
UIP400MTP թիթեղային ուլտրաձայնային սարքը ՝ նմուշապատրաստման բարձր թողունակություն ապահովելու համար, հավասարաչափ ուլտրաձայնային մշակման է ենթարկում նմուշները բազմահոր, միկրոտիտրային և 96-հորանի թիթեղներում
- կրկնելի / վերարտադրելի արդյունքներ
- ճշգրիտ կարգավորման հնարավորություն՝ ֆրագմենտի որոշակի երկարություն ստանալու համար
- արագ մշակում
- ԴՆԹ-ի ֆրագմենտացման կայուն արդյունքներ
- սարքեր՝ նմուշների ցանկացած ծավալների համար (օրինակ՝ բազմաթիվ սրվակների կամ միկրոթիթեղների համար)
- բարձր թողունակություն
- ջերմաստիճանի ճշգրիտ վերահսկում
- պարզ, օգտագործողի համար հարմար շահագործում
Հաջորդ սերնդի սեքվենավորում. ԴՆԹ-ի ուլտրաձայնային ֆրագմենտացում՝ գրադարանի պատրաստման համար
Հաջորդ սերնդի սեքվենավորում իրականացնելու համար անհրաժեշտ է կատարել երեք հիմնական փուլ՝ (1) գրադարանի պատրաստում, (2) սեքվենավորում և (3) տվյալների վերլուծություն։ Գրադարանի պատրաստման ընթացքում ԴՆԹ-ն ֆրագմենտացվում է, այնուհետև ֆրագմենտների ծայրերը վերականգնվում են (հղկվում)՝ ադենինի մեկ հիմք ավելացնելով, իսկ թիրախային ֆրագմենտները վերածվում են երկշղթա ԴՆԹ-ի։ Վերջում այսպես կոչված ադապտերները միացվում են լիգացման, PCR-ի կամ տագմենտացման միջոցով, որպեսզի հնարավոր լինի քանակապես որոշել գրադարանի վերջնական ԴՆԹ արտադրանքը՝ սեքվենավորման համար։
ԴՆԹ-ի ֆրագմենտացում ուլտրաձայնային մշակմամբ. Հատկապես կարճ ընթերցումներով սեքվենավորման տեխնոլոգիաներ, օրինակ՝ Illumina, կիրառելիս, որոնք չեն կարող հեշտությամբ ընթերցել ԴՆԹ-ի ավելի երկար ֆրագմենտները, ԴՆԹ-ի շղթաները պետք է մասնատվեն մինչև որոշակի չափ, ինչը կարելի է հուսալիորեն իրականացնել ուլտրաձայնային մշակմամբ։
Ուլտրաձայնային մշակումը կարելի է հուսալիորեն կիրառել ԴՆԹ-ի, ՌՆԹ-ի և քրոմատինի ֆրագմենտացման համար։
Հաջորդ սերնդի սեքվենավորում – գրադարանի պատրաստում
ԴՆԹ-ի ուլտրաձայնային ֆրագմենտացումը սովորաբար կիրառվում է հաջորդ սերնդի սեքվենավորման (NGS) հարթակների համար ԴՆԹ-ի սեքվենավորման գրադարաններ պատրաստելիս։ Այս մեթոդն օգտագործվում է ԴՆԹ-ի մոլեկուլները ցանկալի չափային տիրույթի ավելի փոքր ֆրագմենտների մասնատելու համար, ինչը հեշտացնում է գրադարանի պատրաստման հետագա փուլերը։ ԴՆԹ-ի ուլտրաձայնային ֆրագմենտացումը սովորաբար անհրաժեշտ է NGS աշխատանքային գործընթացների գրադարանի պատրաստման փուլում՝ գենոմային ԴՆԹ-ն հետագա մշակման և սեքվենավորման համար հարմար ավելի փոքր մասերի մասնատելու համար։ Այն վճռորոշ դեր է խաղում սեքվենավորման փորձի հաջողությունն ապահովելու գործում՝ ստեղծելով ԴՆԹ-ի ֆրագմենտներ այնպիսի չափային տիրույթում, որը համապատասխանում է օգտագործվող կոնկրետ սեքվենավորման հարթակին։
0 – 15 min տևողությամբ ուլտրաձայնային մշակման ենթարկված E. coli EDL933-ի գենոմային ԴՆԹ-ի էլեկտրոֆորետիկ վերլուծություններ։ L-ը ցույց է տալիս ԴՆԹ-ի չափային սանդղակը։ (Basselet et al. 2008)
Հաջորդ սերնդի սեքվենավորում – գործընթացի փուլերը.
- ԴՆԹ-ի ուլտրաձայնային ֆրագմենտացում. Գրադարանի կառուցումից առաջ գենոմային ԴՆԹ-ն մասնատվում է ավելի փոքր, ավելի հեշտ մշակվող մասերի։ Ուլտրաձայնային ֆրագմենտացումը ներառում է բարձր հաճախականության ձայնային ալիքների օգտագործումը՝ սահքի ուժերով ԴՆԹ-ի մոլեկուլները ցանկալի չափային տիրույթի ֆրագմենտների տրոհելու համար։ Այս փուլը վճռորոշ է, քանի որ օգնում է ապահովել, որ հետագայում ստացվող սեքվենավորման ընթերցումներն ունենան օգտագործվող սեքվենավորման հարթակին համապատասխան երկարություն։ Ֆրագմենտների չափային տիրույթը կարելի է կարգավորել՝ ելնելով սեքվենավորման փորձի հատուկ պահանջներից։
- Կլոնային ամպլիֆիկացում PCR-ի միջոցով. Ուլտրաձայնային ֆրագմենտացումից հետո ԴՆԹ-ի ֆրագմենտները ենթարկվում են ծայրերի վերականգնման, ադապտերների լիգացման և PCR ամպլիֆիկացման՝ ԴՆԹ-ի սեքվենավորման վերջնական գրադարանները ստանալու համար։ Այս քայլերը ֆրագմենտացված ԴՆԹ-ի մոլեկուլները նախապատրաստում են սեքվենավորման գործընթացին՝ ավելացնելով սեքվենավորման հարթակին կապվելու համար անհրաժեշտ ադապտերային հաջորդականություններ և ապահովելով պրայմերների կապման տեղամասեր PCR ամպլիֆիկացման համար։
- ԴՆԹ-ի սեքվենավորում սինթեզի միջոցով. Սեքվենավորման գրադարանների պատրաստումից հետո սկսվում է սինթեզի միջոցով ԴՆԹ-ի սեքվենավորման (SBS) գործընթացը։ SBS գործընթացի ընթացքում ԴՆԹ-ի հաջորդականությունը որոշվում է կոմպլեմենտար շղթային նուկլեոտիդների հաջորդական ավելացմամբ։ Այս քայլը ներառում է նուկլեոտիդների ներառման, պատկերման և ճեղքման ցիկլային ռեակցիաներ, որոնք թույլ են տալիս որոշել ԴՆԹ-ի հաջորդականությունը՝ ներառված նուկլեոտիդների արձակած ֆլուորեսցենտային ազդանշանների հիման վրա։
- Զանգվածային զուգահեռ սեքվենավորում. Վերջնական քայլում տարածականորեն առանձնացված, ամպլիֆիկացված ԴՆԹ-ի մատրիցները միաժամանակ սեքվենավորվում են զանգվածային զուգահեռ եղանակով։ Բարձր թողունակությամբ սեքվենավորման այս մոտեցումը հնարավորություն է տալիս սեքվենավորման մեկ գործարկման ընթացքում ստանալ միլիոնավորից մինչև միլիարդավոր սեքվենավորման ընթերցումներ՝ թույլ տալով արդյունավետ և արագ որոշել ԴՆԹ-ի հաջորդականությունները։
Ինչպե՞ս է գործում ԴՆԹ-ի ուլտրաձայնային ֆրագմենտացումը։
Ուլտրաձայնային մշակումը, որը հայտնի է նաև որպես նմուշների ակուստիկ մշակում, ԴՆԹ-ի ֆրագմենտացման լայնորեն կիրառվող մեթոդ է։ ԴՆԹ-ի ուլտրաձայնային կտրատման համար նմուշները վերահսկվող պայմաններում ենթարկվում են ուլտրաձայնային ալիքների ազդեցությանը։ ԴՆԹ-ի ուլտրաձայնային ֆրագմենտացման աշխատանքի սկզբունքը հիմնված է ուլտրաձայնային ալիքների առաջացրած տատանումների և կավիտացիայի վրա։ Ուլտրաձայնային (ակուստիկ) կավիտացիայից առաջացող սահքի ուժերը խզում են բարձր մոլեկուլային զանգվածով ԴՆԹ-ի մոլեկուլները։ Ուլտրաձայնային մշակման կարգավորումները, ինչպիսիք են ինտենսիվությունը (ամպլիտուդ, տևողություն), իմպուլսային ռեժիմը և ջերմաստիճանը, թույլ են տալիս ճշգրիտ ֆրագմենտացնել ԴՆԹ-ն՝ ստանալով որոշակի ցանկալի երկարությամբ ԴՆԹ-ի ֆրագմենտներ։ Թեև ուլտրաձայնային մշակմամբ ԴՆԹ-ն հաճախ կարճացվում է մինչև 100–600 bp, ավելի մեղմ ուլտրաձայնային պայմանների կիրառմամբ կարելի է ստանալ ԴՆԹ-ի ավելի երկար՝ մինչև 1300 bp ֆրագմենտներ։
ԴՆԹ-ի ուլտրաձայնային կտրատում ChIP (քրոմատինի իմունոպրեցիպիտացիա) մեթոդի կիրառման ընթացքում
Հարմարեցված է Jkwchui հեղինակի նյութից՝ CC-BY-SA.03 լիցենզիայի ներքո
Ջերմաստիճանի վերահսկում՝ ԴՆԹ-ի քայքայումը կանխելու համար
ԴՆԹ-ի երկշղթա մոլեկուլային կառուցվածքը խիստ զգայուն է բարձր ջերմաստիճանների նկատմամբ, ուստի նմուշների նախապատրաստման փուլերում ջերմաստիճանի ճշգրիտ վերահսկումը հուսալի վերլուծական արդյունքներ ստանալու վճռորոշ գործոն է։
Անկախ նրանից՝ օգտագործում եք Hielscher ընկերության զոնդային ուլտրաձայնային սարքերը, VialTweeter սարքը, թե UIP400MTP սարքը, ջերմաստիճանի շարունակական մոնիթորինգն ու վերահսկումն ապահովվում են միացվող ջերմաստիճանային տվիչի և սարքի խելացի ծրագրային ապահովման շնորհիվ։ Ջերմաստիճանը որոշակի միջակայքում պահպանելու համար կարող եք սահմանել ջերմաստիճանի վերին և ստորին սահմաններ։ Հետևաբար, ուլտրաձայնային սարքը կդադարեցնի աշխատանքը ջերմաստիճանի այս սահմանը գերազանցելուն պես և ինքնաբերաբար կշարունակի ուլտրաձայնային մշակումը, երբ ջերմաստիճանը նվազի սահմանված ∆T չափով։
Hielscher ընկերության ուլտրաձայնային սարքերի կատարելագործված ծրագրային ապահովումն ապահովում է նմուշների մշակման իդեալական պայմանների հուսալի պահպանումը։
ԴՆԹ-ի ֆրագմենտացում մեծ թվով նմուշներում՝ բազմահոր պլանշետների համար նախատեսված UIP400MTP ուլտրաձայնային սարքով
Վերջին տասնամյակում կենսաբանական գիտություններում նմուշների քանակը զգալիորեն աճել է։ Սա նշանակում է, որ համադրելի և վավեր արդյունքներ ստանալու համար նմուշների նախապատրաստման և վերլուծության ընթացքում անհրաժեշտ է մշտապես միևնույն պայմաններում մշակել շատ մեծ քանակությամբ նմուշներ (օրինակ՝ յուրաքանչյուր միկրոթիթեղում 384, 1536 կամ 3456 փոսիկ)։ UIP400MTP սարքով Hielscher Ultrasonics ընկերությունը հետևում է նմուշների զանգվածային մշակման միտմանը։ UIP400MTP սարքը նախատեսված է միկրոթիթեղների օգտագործմամբ նմուշների ուլտրաձայնային նախապատրաստման համար։ UIP400MTP սարքը կարող է մշակել 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 կամ 3456 փոսիկ ունեցող թիթեղներ։ Կախված միկրոթիթեղի տեսակից՝ յուրաքանչյուր փոսիկ սովորաբար կարող է տեղավորել տասնյակ նանոլիտրից մինչև մի քանի միլիլիտր ծավալով նմուշներ։ Կենսաբանական գիտությունների հետազոտություններում լայնորեն կիրառվող UIP400MTP սարքը շատ հաճախ օգտագործվում է նմուշների նախապատրաստման համար՝ ELISA (ֆերմենտակապ իմունասորբենտային անալիզ) կամ ՊՇՌ հետազոտություններից, սպիտակուցների վերլուծությունից առաջ, ինչպես նաև քրոմատինի նախապատրաստման համար՝ CHiP և CHiP-seq հետազոտություններից, հիստոնների մոդիֆիկացիաների նույնականացումից և այլ վերլուծական մշակումներից (օրինակ՝ գելային էլեկտրոֆորեզից, զանգվածային սպեկտրաչափությունից) առաջ։
Կարդացեք ավելին ՊՇՌ թիթեղների՝ նմուշների բարձր թողունակությամբ մշակման մասին։
VialTweeter՝ մինչև 10 սրվակում նմուշների նախապատրաստման համար
VialTweeter սարքը լայնորեն կիրառվող լաբորատոր ուլտրաձայնային սարք է՝ VialTweeter, որը հնարավորություն է տալիս միաժամանակ արդյունավետ և հարմարավետ կերպով ուլտրաձայնով մշակել մինչև 10 սրվակ։ Քանի որ սրվակներն ու փորձանոթները (օրինակ՝ Eppendorf սրվակները, կրիոսրվակները, ցենտրիֆուգային փորձանոթները) ուլտրաձայնով մշակվում են անուղղակիորեն, բացառվում է ցանկացած խաչաձև աղտոտում։ Քանի որ յուրաքանչյուր նմուշին հաղորդվում է նույն ինտենսիվության ուլտրաձայն, ուլտրաձայնային մշակման բոլոր արդյունքները համասեռ են և վերարտադրելի։ VialTweeter սարքն առաջարկում է բոլոր խելացի գործառույթները, ինչպես մեր մյուս թվային սարքերը (օրինակ՝ խելացի ընտրացանկ, ծրագրավորվող կարգավորումներ, ջերմաստիճանի վերահսկում, հեռակառավարում և այլն), ինչի շնորհիվ ապահովվում է օգտագործման առավելագույն հարմարավետություն։
Բազմամատ զոնդեր՝ միկրոփոսիկավոր թիթեղների համար
UP200Ht և UP200St ուլտրաձայնային զոնդային հոմոգենիզատորների համար հասանելի 4 կամ 8 մատով բազմամատ զոնդերը հարմար տարբերակ են՝ միաժամանակ միևնույն պայմաններում բազմաթիվ նմուշներ ուլտրաձայնով մշակելու համար։ Օրինակ՝ MTP-24-8-96 սոնոտրոդը ութմատ զոնդ է, որն իդեալական է ավտոմատացված համակարգերում ինտեգրելու կամ բազմափոսիկ թիթեղների փոսիկներում նմուշները ձեռքով արդյունավետ նախապատրաստելու համար։ Բազմամատ սոնոտրոդն իդեալական է ավտոմատացման համար այն լաբորատորիաներում, որտեղ հիմնականում ստանդարտ ուլտրաձայնային սոնոտրոդով մշակվում են բաժակներ և փորձանոթներ։ Բազմամատ և ստանդարտ զոնդերը կարելի է արագ փոխարինել միմյանցով՝ ընդամենը մի քանի րոպեում միազոնդ ուլտրաձայնային սարքը վերածելով բազմազոնդ ուլտրաձայնային քայքայիչ սարքի։
Hielscher ուլտրաձայնային սարքեր՝ ԴՆԹ-ի ֆրագմենտացման համար
Hielscher Ultrasonics ընկերությունն առաջարկում է ուլտրաձայնի վրա հիմնված տարբեր հարթակներ՝ DNA, RNA և քրոմատին ֆրագմենտացնելու համար։ Այս տարբեր հարթակները ներառում են ուլտրաձայնային զոնդեր (սոնոտրոդներ), բազմաթիվ փորձանոթներում կամ բազմափոսիկ թիթեղներում (օրինակ՝ 96-փոսիկանի թիթեղներում, միկրոտիտրային թիթեղներում) նմուշների միաժամանակյա նախապատրաստման համար անուղղակի ուլտրաձայնային մշակման լուծումներ, սոնոռեակտորներ և ուլտրաձայնային CupHorn-ներ։ Սահքի ուժերով DNA տրոհելու բոլոր հարթակները գործարկվում են հաճախականությամբ կարգաբերված, բարձր արդյունավետությամբ ուլտրաձայնային պրոցեսորներով, որոնք հնարավոր է ճշգրիտ կառավարել և որոնք ապահովում են վերարտադրելի արդյունքներ։
Ուլտրաձայնային պրոցեսորներ՝ ցանկացած քանակի և ծավալի նմուշների համար
Hielscher ընկերության՝ բազմաթիվ նմուշների համար նախատեսված VialTweeter (մինչև 10 փորձանոթի համար) և UIP400MTP (միկրոթիթեղների/բազմափոսիկ թիթեղների համար) ուլտրաձայնային սարքերով հեշտությամբ հնարավոր է կրճատել նմուշների մշակման ժամանակը՝ ինտենսիվ և ճշգրիտ կառավարելի ուլտրաձայնային մշակման շնորհիվ՝ միաժամանակ ստանալով ԴՆԹ-ի ֆրագմենտների չափերի ցանկալի բաշխումն ու ելքը։ ԴՆԹ-ի ուլտրաձայնային ֆրագմենտացումը նմուշների նախապատրաստումը դարձնում է արդյունավետ, հուսալի և մասշտաբավորվող։ Մշտապես վերահսկվող ուլտրաձայն կիրառելով՝ արձանագրությունների մասշտաբը կարելի է գծային կերպով մեծացնել՝ մեկ նմուշից անցնելով բազմաթիվ նմուշների։
Մեկից հինգ մատ ունեցող զոնդային ուլտրաձայնային սարքերն իդեալական են ավելի փոքր քանակությամբ նմուշների նախապատրաստման համար։ Hielscher ընկերության լաբորատոր ուլտրաձայնային սարքերը հասանելի են տարբեր չափերով, ուստի մենք կարող ենք առաջարկել ձեր կիրառությանն ու պահանջներին համապատասխան իդեալական սարքը։
Գործընթացի ճշգրիտ կառավարում
Ուլտրաձայնային մշակման ճշգրիտ կարգավորվող պարամետրերը վճռորոշ նշանակություն ունեն, քանի որ չափից ավելի ուլտրաձայնային մշակումը կարող է քայքայել ԴՆԹ-ն, ՌՆԹ-ն և քրոմատինը, իսկ անբավարար ուլտրաձայնային սահքային մասնատման հետևանքով ստացվում են ԴՆԹ-ի և քրոմատինի չափազանց երկար հատվածներ։ Hielscher ընկերության թվային ուլտրաձայնային սարքերում հեշտությամբ կարելի է սահմանել ուլտրաձայնային մշակման պարամետրերի ճշգրիտ արժեքները։ Ուլտրաձայնային մշակման որոշակի կարգավորումները կարելի է նաև պահպանել որպես ծրագրավորված կարգավորումներ՝ նույն ընթացակարգն արագ կրկնելու համար։
Ուլտրաձայնային մշակման բոլոր գործողություններն ինքնաբերաբար արձանագրվում և պահվում են ներկառուցված SD քարտի վրա՝ CSV ֆայլի տեսքով։ Սա թույլ է տալիս ճշգրիտ փաստագրել կատարված փորձերը և հեշտությամբ վերանայել ուլտրաձայնային մշակման առանձին գործարկումները։
Բրաուզերով հեռակառավարման միջոցով բոլոր թվային ուլտրաձայնային սարքերը կարելի է կառավարել և վերահսկել ցանկացած ստանդարտ բրաուզերով։ Լրացուցիչ ծրագրային ապահովման տեղադրում չի պահանջվում, քանի որ LAN կապն ապահովում է շատ պարզ միացում և անմիջական գործարկում։
Օգտագործման առավելագույն հարմարավետություն նմուշների ուլտրաձայնային պատրաստման ժամանակ
Hielscher ընկերության բոլոր ուլտրաձայնային սարքերը նախագծված են բարձր արդյունավետության ուլտրաձայն ապահովելու համար՝ միաժամանակ միշտ մնալով օգտագործողի համար շատ հարմար և հեշտ շահագործվող։ Բոլոր կարգավորումները հստակ դասավորված են պարզ ընտրացանկում, որը հեշտությամբ հասանելի է գունավոր սենսորային էկրանի կամ բրաուզերով հեռակառավարման միջոցով։ Ծրագրավորվող կարգավորումներով և տվյալների ինքնաշխատ գրանցմամբ խելացի ծրագրային ապահովումն ապահովում է ուլտրաձայնային մշակման օպտիմալ կարգավորումներ՝ հուսալի և վերարտադրելի արդյունքների համար։ Ընտրացանկի պարզ և հեշտ օգտագործվող միջերեսը Hielscher ընկերության ուլտրաձայնային սարքերը դարձնում է օգտագործողի համար հարմար և արդյունավետ սարքեր։
Ստորև բերված աղյուսակը պատկերացում է տալիս մեր լաբորատոր ուլտրաձայնային սարքերի մոտավոր մշակման կարողության մասին։ Դրանք իդեալական են նմուշների պատրաստման այնպիսի աշխատանքների համար, ինչպիսիք են ԴՆԹ-ի և ՌՆԹ-ի մասնատումը, բջիջների լիզիսը, ինչպես նաև սպիտակուցների էքստրակցիան։
| Սարք | Հզորություն [W] | Տեսակ | Ծավալ [mL] |
|---|---|---|---|
| UIP400MTP | 400 | միկրոթիթեղների համար | 6 – 3456 փոսիկ | VialTweeter | 200 | մինչև 10 սրվակի համար՝ սեղմակով ամրացնելու լրացուցիչ հնարավորությամբ | 0,5 – 1,5 |
| UP50H | 50 | զոնդային | 0,01 – 250 |
| UP100H | 100 | զոնդային | 0,01 – 500 |
| UP200Ht | 200 | զոնդային | 0,1 – 1000 |
| UP200St | 200 | զոնդային | 0,1 – 1000 |
| UP400St | 400 | զոնդային | 5,0 – 2000 |
| CupHorn | 200 | CupHorn, ուլտրաձայնային ռեակտոր | 10 – 200 |
| GDmini2 | 200 | աղտոտումից զերծ հոսքային բջիջ |
Կապվե՛ք մեզ հետ։ / Հարցրե՛ք մեզ։
Բազմաթիվ նմուշների ուլտրաձայնային պատրաստման VialTweeter սարքը հնարավորություն է տալիս միաժամանակ ուլտրաձայնով մշակել մինչև 10 սրվակ։ VialPress սեղմակային սարքի միջոցով մինչև 4 լրացուցիչ փորձանոթ կարելի է սեղմել առջևի մակերեսին՝ ինտենսիվ ուլտրաձայնային մշակման համար։
MTP-24-8-96 սոնոտրոդն ունի ութ ուլտրաձայնային զոնդ՝ միկրոտիտրային թիթեղների փոսիկների ուլտրաձայնային մշակման համար։
Գրականություն / Հղումներ
- Qiyun Liang, Christoph Ratzke (2025): Lysing diverse bacteria with the Hielscher UIP400MTP for DNA sequencing. Protocol Uni Tübingen 2025.
- Poptsova, M., Il’icheva, I., Nechipurenko, D. et al. (2014): Non-random DNA fragmentation in next-generation sequencing. Scientific Reports 4, 4532; 2014.
- Basselet P., Wegrzyn G., Enfors S.-O., Gabig-Ciminska M. (2008): Sample processing for DNA chip array-based analysis of enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC). Microbial Cell Factories 7:29. 2008.
- Wang Y., Joshu C.E., Curtis S.D., Douville C., Burk V.A., Ru M., Popoli M., Ptak J., Dobbyn L., Silliman N., Coresh J., Boerwinkle E., Prizment A., Bettegowda C., Kinzler K.W., Papadopoulos N., Platz E.A., Vogelstein B. (2025): Detection of cancers three years prior to diagnosis using plasma cell-free DNA. Cancer Discovery 2025 May.
- Doublier S., Riganti Ch., Voena C., Costamagna C., Aldieri E., Pescarmona G., Ghigo D., Bosia A. (008): RhoA Silencing Reverts the Resistance to Doxorubicin in Human Colon Cancer Cells. Molecular Cancer Research 6(10), 2008.
- Fredlund E., Gidlund A., Olsen M., Börjesson T., Spliid N.H.H., Simonsson M. (2008): Method evaluation of Fusarium DNA extraction from mycelia and wheat for down-stream real-time PCR quantification and correlation to mycotoxin levels. Journal of Microbiological Methods 2008.
- Fritsche C., Sitz M., Weiland N., Breitling R., Pohl H.-D. (2007): Characterization of the growth behavior of Leishmania tarentolae – a new expression system for recombinant proteins. Journal of Basic Microbiology 47, 2007. 384–393.
- Ristola M., Arpiainen S., Saleem M. A., Mathieson P. W., Welsh G. I., Lehtonen S., Holthöfer H. (2009): Regulation of Neph3 gene in podocytes – key roles of transcription factors NF-κB and Sp1. BMC Molecular Biology 10:83, 2009.
- Rodriguez J., Vives L., Jorda M., Morales C., Munoz M., Vendrell E., Peinado M. A. (2008): Genome-wide tracking of unmethylated DNA Alu repeats in normal and cancer cells. Nucleic Acids Research Vol. 36, No. 3, 2008. 770-784.
- Weiske J. Huber O. (2006): The Histidine Triad Protein Hint1 Triggers Apoptosis Independent of Its Enzymatic Activity. The Journal of Biological chemistry. Vol. 281, No. 37, 2006. 27356–27366.
Փաստեր, որոնք արժե իմանալ
Ի՞նչ է հաջորդ սերնդի սեքվենավորումը։
Հաջորդ սերնդի սեքվենավորումը, որը հայտնի է նաև որպես NGS, բարձր թողունակությամբ սեքվենավորում կամ երկրորդ սերնդի սեքվենավորում, վերաբերում է զանգվածային զուգահեռ սեքվենավորման մոտեցմանը, որի դեպքում յուրաքանչյուր գործարկման ընթացքում միաժամանակ և զուգահեռ սեքվենավորվում են ԴՆԹ-ի միլիոնավոր հատվածների շատ մեծ՝ զանգվածային քանակություններ։
Հաջորդ սերնդի սեքվենավորում իրականացնելու համար երեք հիմնական փուլերը՝
- գրադարանի պատրաստումը,
- սեքվենավորումը և
- տվյալների վերլուծությունը
անհրաժեշտ են։
Գրադարանի պատրաստման ընթացքում ԴՆԹ-ի շղթաները պետք է մասնատվեն որոշակի երկարության ԴՆԹ-ի հատվածների։ Ուլտրաձայնային մշակումը ԴՆԹ-ի մասնատման նախընտրելի մեթոդներից մեկն է։
ԴՆԹ-ի սեքվենավորման ընթացքում որոշվում է ԴՆԹ-ում նուկլեոտիդների հերթականությունը, որը հայտնի է որպես նուկլեինաթթվի հաջորդականություն։ Նուկլեինաթթվի հաջորդականությունը կազմված է չորս նուկլեոտիդային հիմքերից՝ ադենինից, ցիտոզինից, գուանինից և թիմինից, որոնք կոդավորում են տեղեկությունը։
Հաջորդ սերնդի սեքվենավորումը խթանում է կենսաբանական գիտությունների և անհատականացված բժշկության ոլորտներում հետազոտությունները, քանի որ ԴՆԹ-ի և ՌՆԹ-ի սեքվենավորումը լայնորեն կիրառվում է գենոմային հետազոտություններում, քաղցկեղի, հազվադեպ և բարդ հիվանդությունների, միկրոօրգանիզմների հետազոտություններում, ագրոգենոմիկայում և հետազոտական շատ այլ ոլորտներում։
Հաջորդ սերնդի սեքվենավորման և Սենգերի սեքվենավորման համեմատությունը
Մինչ հաջորդ սերնդի սեքվենավորումը (NGS) հնարավորություն է տալիս սեքվենավորել գենոմային նմուշների ահռելի քանակություն, Սենգերի սեքվենավորումը (հայտնի նաև որպես շղթայի ավարտման մեթոդ կամ առաջին սերնդի սեքվենավորում) հնարավորություն է տալիս սեքվենավորել միայն փոքր քանակությամբ նմուշներ։ Սենգերի սեքվենավորմամբ միաժամանակ սեքվենավորվում է ԴՆԹ-ի միայն մեկ հատված, և այն կարող է իրականացվել մեկ օրվա ընթացքում։ Իր ճշգրտության շնորհիվ Սենգերի սեքվենավորումը համարվում է նաև ոսկե ստանդարտ հանդիսացող տեխնոլոգիա, որն օգտագործվում է հաջորդ սերնդի սեքվենավորմամբ ստացված արդյունքները ստուգելու համար։
Սենգերի սեքվենավորմամբ ստացվում են մոտավորապես 800bp երկարությամբ ընթերցումներ (սովորաբար՝ 500–600bp՝ չհարստացված ԴՆԹ-ի դեպքում)։ Սենգերի սեքվենավորման ընթերցումների ավելի մեծ երկարությունը զգալի առավելություններ է ապահովում սեքվենավորման այլ մեթոդների համեմատ, հատկապես գենոմի կրկնվող շրջանների սեքվենավորման առումով։ Կարճ ընթերցումներով սեքվենավորման տվյալների հետ կապված դժվարությունը հատկապես խնդրահարույց է նոր գենոմների սեքվենավորման (de novo) և խիստ վերադասավորված գենոմային հատվածների սեքվենավորման դեպքում, որոնք սովորաբար հանդիպում են քաղցկեղային գենոմներում կամ կառուցվածքային փոփոխականություն ցուցաբերող քրոմոսոմային շրջաններում։ [cp. Morozova and Marra, 2008]
ԴՆԹ – դեզօքսիռիբոնուկլեինաթթու – դրա ձևերն ու գործառույթները
ԴՆԹ-ի յուրաքանչյուր ձև ունի յուրահատուկ բնութագրեր և կիրառություններ՝ նպաստելով հետազոտական ոլորտների լայն շրջանակի զարգացմանը, ներառյալ ուռուցքաբանությունը, գենետիկան, դատափորձագիտական գիտությունը և էվոլյուցիոն կենսաբանությունը։ Hielscher ուլտրաձայնային սարքերը բարձր արդյունավետությամբ և հուսալի լուծում են ձեր վերլուծական նպատակների համար ԴՆԹ-ի և ՌՆԹ-ի առանձնացման ու հատվածավորման համար։ Ստորև բերված ցանկում բացատրում ենք ԴՆԹ-ի առանձին ձևերը և դասակարգում դրանք՝ ըստ իրենց կենսաբանական համատեքստի և գործառույթների․
- Գենոմային ԴՆԹ (gDNA)
Գենոմային ԴՆԹ (gDNA)․ Օրգանիզմի ԴՆԹ-ի ամբողջական հավաքակազմը, որը ներառում է ինչպես կոդավորող (գեներ), այնպես էլ չկոդավորող շրջանները։ - Արտաբջջային ԴՆԹ
Շրջանառվող ուռուցքային ԴՆԹ (ctDNA)․ ԴՆԹ-ի հատվածներ, որոնք ուռուցքային բջիջներից արտազատվում են արյան հուն։
Բջջազերծ ԴՆԹ (cfDNA)․ Տարբեր հյուսվածքներից ծագող ԴՆԹ-ի հատվածներ, որոնք ազատ շրջանառվում են արյան հունում։ - Արտաքրոմոսոմային օղակաձև ԴՆԹ (eccDNA)․ Օղակաձև ԴՆԹ-ի մոլեկուլներ, որոնք էուկարիոտ բջիջներում գտնվում են քրոմոսոմներից դուրս։
Վիրուսային ԴՆԹ․ Վիրուսներից ծագող ԴՆԹ, որը կա՛մ ինտեգրված է տիրոջ գենոմում, կա՛մ առկա է որպես էպիսոմային ԴՆԹ։ - Միտոքոնդրիալ ԴՆԹ
Միտոքոնդրիալ ԴՆԹ (mtDNA)․ Միտոքոնդրիումներում տեղակայված ԴՆԹ, որը ժառանգվում է մայրական գծով և մասնակցում է էներգիայի արտադրությանը։ - Պլազմիդային ԴՆԹ
Պլազմիդային ԴՆԹ․ ԴՆԹ-ի փոքր, օղակաձև մոլեկուլներ, որոնք կրկնապատկվում են քրոմոսոմային ԴՆԹ-ից անկախ, սովորաբար հանդիպում են բակտերիաներում և օգտագործվում են գենային ճարտարագիտության մեջ։ - Կորիզային ԴՆԹ
Կորիզային ԴՆԹ (nDNA)․ Էուկարիոտ բջիջների կորիզում պարունակվող ԴՆԹ, որը կազմում է օրգանիզմի գենետիկական նյութի մեծ մասը։ - Մեկ բջջի ԴՆԹ
Մեկ բջջի ԴՆԹ (scDNA)․ Մեկ բջջից անջատված ԴՆԹ, որն օգտագործվում է առանձին բջջի մակարդակով մանրամասն գենոմային վերլուծության համար։ - Ռեկոմբինանտ ԴՆԹ
Ռեկոմբինանտ ԴՆԹ (rDNA)․ ԴՆԹ-ի մոլեկուլներ, որոնք ձևավորվում են գենետիկական ռեկոմբինացիայի լաբորատոր մեթոդներով՝ բազմաթիվ աղբյուրներից ստացված գենետիկական նյութը միավորելու համար։ - Մասնագիտացված ձևեր
Շրջակա միջավայրի ԴՆԹ (eDNA)․ Շրջակա միջավայրի նմուշներից (հող, ջուր) հավաքված ԴՆԹ՝ առանց այն օրգանիզմներն առանձնացնելու, որոնցից այն ծագում է
Հնագույն ԴՆԹ (aDNA)․ Հնագույն նմուշներից անջատված ԴՆԹ, որը տեղեկություններ է տալիս էվոլյուցիոն կենսաբանության և հնագույն պոպուլյացիաների մասին։ - Քրոմոսոմային ԴՆԹ
Քրոմոսոմային ԴՆԹ․ ԴՆԹ, որը կազմում է բջջակորիզի քրոմոսոմները՝ ներառելով ինչպես կոդավորող, այնպես էլ չկոդավորող շրջանները։ - Վիրուսային և սինթետիկ ձևեր
Վիրուսային ԴՆԹ․ Վիրուսներից ստացված ԴՆԹ, որը կարող է կա՛մ ինտեգրված լինել տերերի գենոմներում, կա՛մ գոյություն ունենալ որպես անկախ միավորներ։
Սինթետիկ ԴՆԹ․ Քիմիական գործընթացներով ստեղծված, արհեստականորեն սինթեզված ԴՆԹ-ի հաջորդականություններ, որոնք հաճախ օգտագործվում են հետազոտություններում և կենսատեխնոլոգիայում։
Hielscher Ultrasonics արտադրում է բարձր արդյունավետությամբ ուլտրաձայնային հոմոգենիզատորներ՝ լաբորատոր չափերից մինչև արդյունաբերական չափերը։