Միկրոպլանշետային սոնիկատորը վավերացվել է փորձագիտական գրախոսությամբ պրոտեոմիկայի ուսումնասիրության մեջ

Hielscher Ultrasonics-ը հայտարարում է, որ իր UIP400MTP ուլտրաձայնային միկրոպլետային սոնիկատորը հաջողությամբ վավերացվել է Proteomics (2024) ամսագրում հրապարակված համեմատական պրոտեոմիկայի ուսումնասիրության շրջանակներում։ Ուսումնասիրությունը ցույց է տալիս, որ ուլտրաձայնային միկրոպլետային նմուշի պատրաստումը ապահովում է վերարտադրելի, բարձրորակ սպիտակուցային քաղվածքներ, որոնք լիովին համատեղելի են առաջադեմ որսորդական պրոտեոմիկայի և տերմինոմիկայի աշխատանքային հոսքերի հետ։

Հրատարակությունը, “TermineR: Էնդոգեն պրոտեոլիտիկ մշակման վերաբերյալ տեղեկատվության արդյունահանում որսորդական պրոտեոմիկայի տվյալներից”, ներկայացնում է նոր կենսաինֆորմատիկական շրջանակ՝ էնդոգեն պրոտեոլիզի վերլուծության համար՝ անմիջապես ստանդարտ զանգվածային սպեկտրոմետրիայի տվյալների հավաքածուներից: Մեթոդի վավերացման շրջանակներում հեղինակները համեմատել են հյուսվածքների հոմոգենացման երեք լայնորեն օգտագործվող տեխնիկա՝ գնդիկներով հարված (Precellys), լոգանքի ուլտրաձայնայինացում (Bioruptor) և ուլտրաձայնային միկրոթիթեղային ուլտրաձայնայինացում՝ օգտագործելով UIP400MTP:

Համեմատելի պրոտեոմային ծածկույթ առանց արհեստական պրոտեոլիզի

Համեմատական ուսումնասիրության կենտրոնական նպատակն էր գնահատել, թե արդյոք տարբեր արդյունահանման մեթոդները ազդում են կիսա-սպեցիֆիկ պեպտիդների նույնականացման և քանակականացման վրա, որոնք կարևոր են էնդոգեն պրոտեոլիտիկ մշակման ուսումնասիրության համար: Արդյունքները ցույց են տալիս, որ UIP400MTP-ի վրա հիմնված ուլտրաձայնային արդյունահանումը հասնում է պրոտեոմի ծածկույթի, որը համեմատելի է հաստատված մեխանիկական խափանման մեթոդների հետ, միաժամանակ պահպանելով լիովին սպեցիֆիկ և կիսա-սպեցիֆիկ պեպտիդների հետևողական համամասնությունները:
Կարևոր է նշել, որ տվյալները ցույց են տալիս, որ բարձր հզորության ուլտրաձայնային միկրոպլատայի ուլտրաձայնային մշակումը չի ներմուծում արհեստական սպիտակուցի կտրում, ինչը լուծում է տերմինաբանության և կիսա-սպեցիֆիկ պեպտիդային վերլուծության մեջ տարածված մտահոգությունը: Սա հաստատում է, որ UIP400MTP-ն ապահովում է նմուշի արդյունավետ խափանում՝ միաժամանակ պահպանելով կենսաբանորեն նշանակալից պրոտեոլիտիկ ստորագրությունները:

Կիսահատուկ պեպտիդների քանակական վերարտադրելիությունը արդյունահանման մեթոդների միջև –
Կիսահատուկ պեպտիդների log2-վերափոխված ինտենսիվությունների Պիրսոնի կորելյացիոն ջերմային քարտեզները, որոնք համեմատում են սպիտակուցի արդյունահանման տարբեր մեթոդներ վայրի տիպի (WT, ձախ) և նոկաուտային (KO, աջ) նմուշների համար: UIP400MTP ուլտրաձայնային միկրոթիթեղային ուլտրաձայնային մշակման, հատիկների հարվածման (Precellys®) և լոգանքի ուլտրաձայնային մշակման (Bioruptor®) միջև դիտվում են բարձր կորելյացիոն գործակիցներ (սովորաբար ≥0.95), որոնք ցույց են տալիս գերազանց քանակական համաձայնություն: Այս արդյունքները հաստատում են, որ միկրոթիթեղային ուլտրաձայնային մշակումը պահպանում է պեպտիդների հարաբերական առատությունը և լիովին համատեղելի է քանակական պրոտեոմիկայի և տերմինոմիկայի վերլուծությունների հետ:
Ուսումնասիրություն և գրաֆիկա՝ ©Cosenza-Contreras et al. 2024 թ

Բարձր վերարտադրելիություն քանակական պրոտեոմիկայում

Ուսումնասիրությունը նաև հաղորդում է բարձր քանակական վերարտադրելիություն արդյունահանման մեթոդների միջև: Պեպտիդների ինտենսիվության Pearson-ի կորելյացիոն վերլուծությունները ցույց տվեցին UIP400MTP-ով մշակված նմուշների և գնդիկավոր հարվածով կամ լոգանքի ուլտրաձայնային եղանակով պատրաստված նմուշների միջև ուժեղ համաձայնություն, որտեղ կորելյացիայի գործակիցները սովորաբար գերազանցում են 0.95-ը:
Այս արդյունքները հաստատում են, որ ուլտրաձայնային միկրոթիթեղային ուլտրաձայնային կիրառումը պահպանում է պեպտիդների հարաբերական առատությունը, ինչը այն դարձնում է հարմար դիֆերենցիալ պրոտեոմիկայի, TMT-ի վրա հիմնված մուլտիպլեքսավորման և հիվանդությունների վրա կենտրոնացած ուսումնասիրությունների համար, որոնք պահանջում են ճշգրիտ քանակական համեմատություններ:

Ճշգրտության և արդյունահանման մեթոդով նույնականացված պեպտիդային նախորդների քանակը
Ֆերմենտային յուրահատկությամբ (լիովին յուրահատկ, C-ծայրային կիսա-յուրահատկ և N-ծայրային կիսա-յուրահատկ) դասակարգված նույնականացված պեպտիդային նախորդների քանակի համեմատություն՝ սպիտակուցի արդյունահանման երեք մեթոդներով՝ գնդիկներով հարված (Precellys®), լոգանքի ուլտրաձայնային մշակում (Bioruptor®) և ուլտրաձայնային միկրոպլետային ուլտրաձայնային մշակում՝ օգտագործելով UIP400MTP: Տվյալները ներկայացված են վայրի տիպի (WT) և նոկաուտային (KO) մկան երիկամների նմուշներից վերցված կենսաբանական կրկնօրինակների համար: Արդյունքները ցույց են տալիս համեմատելի պրոտեոմի ծածկույթ և պեպտիդային յուրահատկությունների նմանատիպ բաշխումներ բոլոր արդյունահանման մեթոդներում, ինչը ցույց է տալիս, որ UIP400MTP-ի վրա հիմնված միկրոպլետային ուլտրաձայնային մշակումը ապահովում է սպիտակուցի արդյունավետ արդյունահանում՝ առանց ոչ յուրահատկ պրոտեոլիտիկ կտրվածքը մեծացնելու:
Ուսումնասիրություն և գրաֆիկա՝ ©Cosenza-Contreras et al. 2024 թ

Բարձր թողունակության և ստանդարտացված պրոտեոմիկայի աշխատանքային հոսքերի ապահովում

Անկոնտակտային ուլտրաձայնային էներգիայի մատակարարումը 96-հոսանքային ամբողջական թիթեղների զուգահեռ մշակման հետ համատեղելով՝ UIP400MTP-ն ապահովում է բարձր թողունակությամբ, ստանդարտացված և ավտոմատացման հետ համատեղելի նմուշի պատրաստում: Հրապարակված ուսումնասիրության մեջ համակարգը հաջողությամբ ինտեգրվել է DIA-ով հագեցած, TMT-նշագրված պրոտեոմիկայի աշխատանքային հոսքի մեջ, որը կիրառվել է պոլիկիստոզ երիկամային հիվանդության մկան մոդելի վրա:
Հեղինակները եզրակացնում են, որ միկրոպլանշետների ուլտրաձայնացումը լիովին համատեղելի է ժամանակակից որսորդական պրոտեոմիկայի հետ և հնարավորություն է տալիս վերլուծել էնդոգեն պրոտեոլիզը՝ առանց աշխատատար կենսաքիմիական հարստացման քայլերի անհրաժեշտության։

Գիտականորեն հաստատված լուծումների նկատմամբ նվիրվածություն

“UIP400MTP-ի ներառումը խիստ, փորձագիտական համեմատական ուսումնասիրության մեջ ընդգծում է Hielscher Ultrasonics-ը’ գիտականորեն հաստատված նմուշների պատրաստման տեխնոլոգիաներ տրամադրելու հանձնառություն,” ասաց ընկերության ներկայացուցիչը։ “Պրոտեոմիկայի պահանջկոտ աշխատանքային հոսքերում անկախ վավերացումը կարևոր է այն լաբորատորիաների համար, որոնք փնտրում են հուսալի, վերարտադրելի և մասշտաբային լուծումներ։”
Ուսումնասիրությունն ամբողջությամբ հասանելի է որպես բաց մատչելիության հրատարակություն Proteomics-ում (DOI: 10.1002/pmic.202300491)

Գտեք տեղեկատվություն բազմա-հորատանցքային թիթեղային սոնիկատոր UIP400MTP-ի մասին այստեղ: