माइटोकॉन्ड्रियल निदान के लिए उच्च नमूना प्रसंस्करण क्षमता वाली नमूना तैयारी
अनुसंधान और क्लिनिकों में माइटोकॉन्ड्रियल निदान अनुक्रमण, PCR और जैवरासायनिक परीक्षणों जैसी विभिन्न तकनीकों का उपयोग करके किया जाता है। इन विधियों का उपयोग DNA उत्परिवर्तनों की पहचान करने और माइटोकॉन्ड्रिया की कार्यक्षमता मापने के लिए किया जाता है। अनुक्रमण आनुवंशिक उत्परिवर्तनों का पता लगाने में मदद करता है, जबकि PCR विशिष्ट DNA अनुक्रमों की मात्रा निर्धारित कर सकता है। जैवरासायनिक परीक्षण माइटोकॉन्ड्रियल प्रोटीनों और एंजाइमों की कार्यक्षमता का मूल्यांकन करते हैं।
माइटोकॉन्ड्रियल रोगों का निदान विशेष रूप से कठिन है, क्योंकि इन रोगों में स्पष्ट नैदानिक विविधता होती है और अलग-अलग तरीकों से वंशानुगत होने वाले दो जीनोमों के बीच जटिल अंतःक्रिया होती है: माइटोकॉन्ड्रियल DNA (mtDNA) और नाभिकीय जीनोम।
सोनिकेशन का उपयोग करके DNA निष्कर्षण और खंडन
मांसपेशी ऊतक से DNA निष्कर्षण विशेष रूप से तब उपयोगी होता है, जब mtDNA में ऊतक-विशिष्ट परिवर्तनों का संदेह हो। इन परिवर्तनों में क्रॉनिक प्रोग्रेसिव एक्सटर्नल ऑफ्थैल्मोप्लेजिया (CPEO) में mtDNA के विलोपन, माइटोकॉन्ड्रियल मायोपैथियों में mtDNA के बिंदु उत्परिवर्तन या Alpers सिंड्रोम में mtDNA की मात्रा में कमी शामिल हो सकती है। इसके बाद मांसपेशी ऊतक से निकाले गए DNA का उपयोग विभिन्न आनुवंशिक परीक्षणों के लिए किया जा सकता है, जैसे विलोपन के लिए सदर्न ब्लॉट और लॉन्ग-रेंज PCR, मात्रा में कमी के लिए रियल-टाइम PCR या बिंदु उत्परिवर्तनों के लिए अनुक्रमण।
तीव्र अल्ट्रासाउंड तरंगों का उपयोग करने वाला सोनिकेशन माइटोकॉन्ड्रियल निदान में कई अनुप्रयोगों के लिए इस्तेमाल किया जाता है। इसका उपयोग माइटोकॉन्ड्रिया और DNA जैसी अंतःकोशिकीय सामग्री निकालने के लिए कोशिकाओं का लयन करने, अनुक्रमण के लिए mtDNA और nDNA जैसे DNA को अपरूपण द्वारा खंडित करने और नमूनों का समांगीकरण करने के लिए किया जाता है।
उच्च नमूना प्रसंस्करण क्षमता वाली नमूना तैयारी के लिए UIP400MTP प्लेट सोनिकेटर मल्टी-वेल और 96-वेल प्लेटों में नमूनों का एकसमान सोनिकेशन करता है
कोशिकाओं और ऊतकों से माइटोकॉन्ड्रिया को कैसे पृथक करें
माइटोकॉन्ड्रिया के पृथक्करण में दो आवश्यक चरण शामिल हैं: कोशिकाओं की सामग्री मुक्त करने के लिए उनका विघटन करना और माइटोकॉन्ड्रियल अंशों को अलग करके प्राप्त करने के लिए विभेदी अपकेंद्रीकरण का उपयोग करना।
सोनिकेशन
Hielscher सोनिकेटर मानक लयन बफ़रों और किटों के साथ संगत हैं, जिससे वे माइटोकॉन्ड्रिया के पृथक्करण के लिए उपयुक्त हैं। सोनिकेशन दो मुख्य उद्देश्यों की पूर्ति करता है:
- कोशिका लयन: अल्ट्रासोनिक तरंगें कोशिका झिल्लियों का विघटन करती हैं, जिससे अंतःकोशिकीय सामग्री मुक्त होती है।
- माइटोकॉन्ड्रिया का विघटन: बाद के चरण में सोनिकेशन माइटोकॉन्ड्रिया को तोड़कर खोल सकता है, जिससे माइटोकॉन्ड्रियल प्रोटीन या माइटोकॉन्ड्रियल DNA मुक्त होता है।
- mtDNA खंडन: अनुक्रमण के लिए माइटोकॉन्ड्रियल DNA को अपरूपण द्वारा खंडित करने हेतु सोनिकेशन एक विश्वसनीय तकनीक है।
मल्टी-वेल प्लेट सोनिकेटर UIP400MTP माइटोकॉन्ड्रियल नमूनों की उच्च नमूना प्रसंस्करण क्षमता वाली तैयारी की सुविधा देता है। विभेदी अपकेंद्रीकरण के साथ मिलकर सोनिकेशन माइटोकॉन्ड्रिया के पृथक्करण की दक्षता बढ़ाता है और विभिन्न अनुवर्ती अनुप्रयोगों के लिए उपयुक्त अक्षुण्ण माइटोकॉन्ड्रिया की उच्च प्राप्ति सुनिश्चित करता है।
Hielscher UIP400MTP मल्टीवेल प्लेट सोनिकेटर किसी भी मानक प्लेट के साथ काम करता है
मल्टी-वेल प्लेट सोनिकेटर UIP400MTP उच्च नमूना प्रसंस्करण क्षमता वाली नमूना तैयारी के लिए अनेक लाभ प्रदान करता है, उदाहरण के लिए माइटोकॉन्ड्रियल निदान में।
अल्ट्रासोनिक mtDNA खंडन के लिए उदाहरणात्मक निर्देश
तैयारी और निष्कर्षण:
- C57BL/6 चूहों को ग्रीवा विस्थापन द्वारा मारा गया।
- यकृतों को शीघ्रता से निकाला गया और बर्फ जैसे ठंडे, निर्जीवाणु PBS में धोया गया।
माइटोकॉन्ड्रिया का पृथक्करण:
- माइटोकॉन्ड्रिया को 2-mL Dounce ऊतक ग्राइंडर और ऊतक के लिए माइटोकॉन्ड्रिया पृथक्करण किट का उपयोग करके पृथक किया गया।
- 700× g और 3,000× g पर प्रारंभिक अपकेंद्रीकरण।
- बफ़र C से धुलाई के दो अतिरिक्त चरण करें।
DNA का पृथक्करण:
- 700× g पर पहले अपकेंद्रीकरण से प्राप्त पेलेट का उपयोग नाभिकीय DNA (nDNA) को पृथक करने के लिए किया गया।
- स्पिन कॉलमों का उपयोग करके DNA को पृथक किया गया।
- पृथक किए गए माइटोकॉन्ड्रिया से माइटोकॉन्ड्रियल DNA (mtDNA) निकाला गया।
- अपरिष्कृत नाभिकीय निष्कर्षों से नाभिकीय DNA (nDNA) निकाला गया; दोनों प्रकार के DNA चूहे के यकृत ऊतक से प्राप्त किए गए थे।
DNA खंडन:
- 0.5-mm माइक्रो-टिप सोनोट्रोड वाले 30-kHz/50-W अल्ट्रासोनिक सोनिकेटर UP50H का उपयोग करके बर्फ पर DNA का खंडन 14 μm पर 2 × 30 सेकंड के लिए किया गया।
खंडन का दृश्यांकन और मात्रात्मक निर्धारण:
- अल्ट्रासोनिकेशन के बाद हुए विखंडन को SYBR safe DNA डाई की सहायता से 1% एगारोज़ जेल पर देखा गया।
- mtDNA और nDNA की सापेक्ष प्रचुरता qPCR द्वारा निर्धारित की गई।
(cf. Mariero et al., 2019)
उच्च नमूना प्रसंस्करण क्षमता वाली नमूना तैयारी के लिए, मल्टी-वेल प्लेट सोनिकेटर UIP400MTP मानक 96-वेल, मल्टी-वेल और माइक्रोटाइटर प्लेटों में बड़ी संख्या में नमूनों की तैयारी को सुगम बनाता है।
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सोनिकेशन द्वारा माइटोकॉन्ड्रिया के इष्टतम पृथक्करण के लिए सुझाव:
- तापमान नियंत्रण: सभी चरण 0°C से 4°C के तापमान पर पूरे करें। माइटोकॉन्ड्रिया की अखंडता और कार्यक्षमता बनाए रखने के लिए यह अत्यंत आवश्यक है।
- दक्षता और गति: तेज़ी से काम करें और माइटोकॉन्ड्रिया को केवल उतनी ही सीमा तक शुद्ध करें जितनी आपके विशिष्ट अनुप्रयोग के लिए आवश्यक है। अत्यधिक हेरफेर से माइटोकॉन्ड्रियल सामग्री की मात्रा में उल्लेखनीय कमी हो सकती है।
- निलंबनों का तनुकरण: पूरी पृथक्करण प्रक्रिया के दौरान कोशिका और कोशिकांग निलंबनों की सांद्रता कम रखें। इससे फँसने और समूहन के जोखिमों को न्यूनतम करने में मदद मिलती है, जिससे पृथक किए गए माइटोकॉन्ड्रिया की शुद्धता बेहतर होती है।
- नमूने का आयतन: एक ही बड़े पैमाने की तैयारी के बजाय छोटे पैमाने की कई तैयारियाँ चुनें। इस दृष्टिकोण से आम तौर पर बेहतर प्राप्ति होती है, क्योंकि पैमाना बढ़ाने से पुनर्प्राप्त किए जा सकने वाले माइटोकॉन्ड्रिया की मात्रा आनुपातिक रूप से नहीं बढ़ती। मल्टी-वेल प्लेट सोनिकेटर UIP400MTP माइटोकॉन्ड्रिया के पृथक्करण के लिए कोशिकाओं के तेज़ और विश्वसनीय लयन के साथ-साथ माइटोकॉन्ड्रिया से प्रोटीन के निष्कर्षण को भी सुगम बनाता है।
ये दिशानिर्देश अल्ट्रासोनिक लयन और अपकेंद्रीकरण का उपयोग करने वाली पृथक्करण प्रक्रिया को अधिक दक्ष बनाएँगे, जिससे आगे के अनुप्रयोगों के लिए उपयुक्त उच्च गुणवत्ता वाली माइटोकॉन्ड्रियल तैयारियाँ प्राप्त होंगी।
Hielscher सोनिकेटर – जर्मनी में निर्मित गुणवत्ता
Hielscher अल्ट्रासोनिकेटर अपनी सर्वोच्च गुणवत्ता और डिज़ाइन मानकों के लिए प्रसिद्ध हैं। मज़बूती और आसान संचालन हमारे अल्ट्रासोनिकेटरों को औद्योगिक सुविधाओं में सहजता से एकीकृत करने में सक्षम बनाते हैं। Hielscher अल्ट्रासोनिकेटर कठोर परिस्थितियों और चुनौतीपूर्ण परिवेश में भी आसानी से काम करते हैं।
Hielscher Ultrasonics एक ISO प्रमाणित कंपनी है और अत्याधुनिक तकनीक तथा उपयोग में सुगमता वाले उच्च प्रदर्शन के अल्ट्रासोनिकेटरों पर विशेष ज़ोर देती है। निस्संदेह, Hielscher अल्ट्रासोनिकेटर CE के अनुरूप हैं और UL, CSA तथा RoHs की आवश्यकताओं को पूरा करते हैं।
साहित्य / संदर्भ
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
माइटोकॉन्ड्रिया और माइटोकॉन्ड्रियल निदान के बारे में अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न
माइटोकॉन्ड्रिया क्या हैं?
माइटोकॉन्ड्रिया झिल्ली से घिरे कोशिकांग हैं, जो अधिकांश यूकैरियोटिक जीवों की कोशिकाओं में पाए जाते हैं। इन्हें कोशिका के ऊर्जागृह कहा जाता है क्योंकि ये कोशिकीय श्वसन की प्रक्रिया के माध्यम से एडेनोसिन ट्राइफॉस्फेट (ATP) के रूप में ऊर्जा उत्पन्न करते हैं। इसके अतिरिक्त, माइटोकॉन्ड्रिया का अपना DNA होता है और ये कोशिका चक्र तथा कोशिका मृत्यु के नियमन सहित अन्य कोशिकीय प्रक्रियाओं में प्रमुख भूमिका निभाते हैं।
mtDNA को जीनोमिक DNA से क्या अलग करता है?
माइटोकॉन्ड्रियल DNA (mtDNA) कई प्रमुख पहलुओं में जीनोमिक DNA (gDNA) से भिन्न होता है। MtDNA माइटोकॉन्ड्रिया में स्थित होता है, वृत्ताकार होता है और मातृवंशीय रूप से विरासत में मिलता है, जबकि gDNA कोशिका के केंद्रक में स्थित होता है, रैखिक होता है और माता-पिता दोनों से विरासत में मिलता है। MtDNA बहुत छोटा होता है और केवल 37 जीनों को कूटबद्ध करता है, जबकि gDNA में लगभग 20,000–25,000 जीन होते हैं। MtDNA प्रत्येक कोशिका में अनेक प्रतियों में मौजूद होता है, इसकी उत्परिवर्तन दर अधिक होती है और यह मुख्य रूप से माइटोकॉन्ड्रिया के कार्य में शामिल प्रोटीनों के लिए कूटबद्ध करता है। इसके विपरीत, gDNA आम तौर पर द्विगुणित होता है, इसकी उत्परिवर्तन दर कम होती है और यह जीव के विकास तथा कार्य के लिए आवश्यक जीनों के व्यापक समूह को कूटबद्ध करता है। इसके अतिरिक्त, mtDNA का प्रतिलेखन और अनुवादन माइटोकॉन्ड्रिया के भीतर होता है, जबकि gDNA का प्रतिलेखन केंद्रक में और अनुवादन कोशिकाद्रव्य में होता है। ये अंतर उनकी अलग-अलग भूमिकाओं और विकासवादी उत्पत्ति को दर्शाते हैं।
कोशिका-मुक्त निष्कर्ष क्या है?
कोशिका-मुक्त अर्क एक ऐसा विलयन है जिसमें विघटित कोशिकाओं की सामग्री होती है, जिसमें प्रोटीन, न्यूक्लिक अम्ल और अन्य कोशिकीय घटक शामिल हैं, लेकिन अक्षुण्ण कोशिका झिल्लियाँ नहीं होतीं। इस अर्क का उपयोग जैवरासायनिक और आणविक जीवविज्ञान अनुसंधान में इन विट्रो कोशिकीय प्रक्रियाओं का अध्ययन करने के लिए किया जाता है, जिससे शोधकर्ता जीवित कोशिकाओं के बाहर अभिक्रियाओं और क्रियाविधियों का विश्लेषण कर सकते हैं।
माइटोकॉन्ड्रियल निदान में PCR परीक्षण क्या भूमिका निभाते हैं?
PCR परीक्षण माइटोकॉन्ड्रियल DNA (mtDNA) में उत्परिवर्तनों, विलोपनों या प्रतिलिपि संख्या में विविधताओं का पता लगाने में सक्षम बनाकर माइटोकॉन्ड्रियल निदान में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं। ये माइटोकॉन्ड्रियल विकारों से जुड़े रोगजनक वेरिएंट की पहचान के लिए विशिष्ट mtDNA क्षेत्रों के प्रवर्धन की सुविधा देते हैं। मात्रात्मक PCR (qPCR) और लंबी दूरी की PCR जैसी PCR-आधारित तकनीकों का उपयोग mtDNA की अखंडता, हेटरोप्लाज्मी के स्तर और mtDNA की कमी का आकलन करने के लिए भी किया जाता है, जिससे माइटोकॉन्ड्रियल कार्य और रोग के बारे में आवश्यक जानकारी मिलती है।
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विभेदक अपकेंद्रीकरण क्या है?
विभेदक अपकेंद्रीकरण कोशिका अंशांकन और माइटोकॉन्ड्रिया के पृथक्करण के लिए व्यापक रूप से उपयोग की जाने वाली तकनीक है। यह विधि कोशिकीय संरचनाओं को उनके अवसादन गुणांक के आधार पर अलग करती है, जो घनत्व और आकार दोनों पर निर्भर करता है। इस प्रक्रिया में विशिष्ट घनत्व वाले बफ़रयुक्त लवण विलयनों में मौजूद नमूनों पर विभिन्न स्तरों का अपकेंद्रीय बल लगाया जाता है। समान अवसादन गुणांक वाली संरचनाएँ संग्रह नली के तल पर एक ही समय पर बैठ जाती हैं, जिससे उन्हें प्राप्त किया जा सकता है।
माइटोकॉन्ड्रिया के पृथक्करण के लिए विभेदक अपकेंद्रीकरण का उपयोग कैसे किया जाता है?
विभेदक अपकेंद्रीकरण शोधकर्ताओं को माइटोकॉन्ड्रियल अंशों को अन्य कोशिकीय घटकों से प्रभावी ढंग से अलग करने में सक्षम बनाता है। माइटोकॉन्ड्रिया के पृथक्करण में अपकेंद्रीकरण के कई चरण और उसके बाद पृथक सामग्री का संग्रह शामिल होता है।
प्रारंभिक अपकेंद्रीकरण: बड़े कोशिकीय मलबे और केंद्रकों को अवसादित करने के लिए कम अपकेंद्रीय बल लगाएँ।
बाद के अपकेंद्रीकरण चरण: माइटोकॉन्ड्रिया से समृद्ध अंशों को अवसाद के रूप में एकत्र करने के लिए अपकेंद्रीय बल को चरणबद्ध ढंग से बढ़ाएँ। अपकेंद्रीकरण का प्रत्येक चरण क्रमशः अधिक अवसादन गुणांक वाली संरचनाओं को हटाता है।
अंशों का संग्रह: प्रत्येक अपकेंद्रीकरण के बाद अवसाद को एकत्र किया जाता है और अगले अंश को अलग करने के लिए अधिप्लवी द्रव पर अधिक g-बल लगाए जाते हैं। इसे तब तक दोहराया जाता है जब तक माइटोकॉन्ड्रिया की वांछित शुद्धता प्राप्त न हो जाए।

