माइटोकॉन्ड्रियल डायग्नोस्टिक्स के लिए उच्च-थ्रूपुट नमूना तैयार करना
अनुसंधान और क्लीनिकों में माइटोकॉन्ड्रियल डायग्नोस्टिक्स अनुक्रमण, पीसीआर और जैव रासायनिक परख जैसी विभिन्न तकनीकों का उपयोग करके किया जाता है। इन विधियों का उपयोग डीएनए उत्परिवर्तन की पहचान करने और माइटोकॉन्ड्रियल फ़ंक्शन को मापने के लिए किया जाता है। अनुक्रमण आनुवंशिक उत्परिवर्तन का पता लगाने में मदद करता है, जबकि पीसीआर विशिष्ट डीएनए अनुक्रमों को निर्धारित कर सकता है। जैव रासायनिक परख माइटोकॉन्ड्रियल प्रोटीन और एंजाइमों की कार्यक्षमता का मूल्यांकन करते हैं।
माइटोकॉन्ड्रियल रोगों का निदान इन रोगों की स्पष्ट नैदानिक परिवर्तनशीलता के साथ-साथ दो अलग-अलग विरासत में मिले जीनोम के बीच जटिल बातचीत के कारण विशेष रूप से कठिन है: माइटोकॉन्ड्रियल डीएनए (mtDNA) और परमाणु जीनोम।
डीएनए निष्कर्षण और सोनिकेशन का उपयोग करके विखंडन
मांसपेशियों के ऊतकों से डीएनए निष्कर्षण विशेष रूप से उपयोगी होता है जब एमटीडीएनए में ऊतक-विशिष्ट परिवर्तनों का संदेह होता है। इन परिवर्तनों में क्रोनिक प्रगतिशील बाहरी नेत्रपेशीघात (सीपीईओ) में एमटीडीएनए के विलोपन, माइटोकॉन्ड्रियल मायोपैथी में एमटीडीएनए के बिंदु उत्परिवर्तन, या एल्पर्स सिंड्रोम में एमटीडीएनए की कमी शामिल हो सकती है। मांसपेशियों के ऊतकों से निकाले गए डीएनए का उपयोग विभिन्न आनुवंशिक परीक्षणों के लिए किया जा सकता है, जैसे कि दक्षिणी धब्बा और लंबी दूरी की पीसीआर को हटाने के लिए, कमी के लिए वास्तविक समय पीसीआर, या बिंदु उत्परिवर्तन के लिए अनुक्रमण।
सोनिकेशन, तीव्र अल्ट्रासाउंड तरंगों का उपयोग करके, माइटोकॉन्ड्रियल निदान में कई अनुप्रयोगों के लिए लागू किया जाता है। इसका उपयोग कोशिकाओं को माइटोकॉन्ड्रिया और डीएनए जैसे इंट्रासेल्युलर सामग्री निकालने के लिए किया जाता है, अनुक्रमण के लिए mtDNA और nDNA जैसे डीएनए को कतरनी करने और नमूनों को समरूप बनाने के लिए।
UIP400MTP उच्च throughput नमूना तैयार करने के लिए प्लेट Sonicator समान रूप से बहु-अच्छी तरह से और 96-अच्छी प्लेटों में नमूने सोनीकेट करता है
कोशिकाओं और ऊतकों से माइटोकॉन्ड्रिया को कैसे अलग करें
माइटोकॉन्ड्रियल अलगाव में दो आवश्यक चरण शामिल हैं: कोशिकाओं को उनकी सामग्री को जारी करने के लिए बाधित करना, और माइटोकॉन्ड्रियल अंशों को अलग करने और पुनर्प्राप्त करने के लिए अंतर सेंट्रीफ्यूजेशन को नियोजित करना।
सोनिकेशन
Hielscher sonicators मानक lysis बफ़र्स और किट के साथ संगत हैं, उन्हें माइटोकॉन्ड्रिया के अलगाव के लिए उपयुक्त बनाते हैं। सोनिकेशन दो मुख्य उद्देश्यों को पूरा करता है:
- कोशिका lysis: अल्ट्रासोनिक तरंगें कोशिका झिल्ली को बाधित करती हैं, इंट्रासेल्युलर सामग्री जारी करती हैं।
- माइटोकॉन्ड्रियल व्यवधान: बाद के चरण में सोनिकेशन माइटोकॉन्ड्रियल प्रोटीन या माइटोकॉन्ड्रियल डीएनए को छोड़ने के लिए माइटोकॉन्ड्रिया को खोल सकता है।
- mtDNA विखंडन: सोनिकेशन अनुक्रमण के लिए माइटोकॉन्ड्रियल डीएनए कतरनी करने के लिए एक विश्वसनीय तकनीक है।
मल्टी-वेल प्लेट सोनिकेटर UIP400MTP माइटोकॉन्ड्रियल नमूनों के उच्च-थ्रूपुट नमूना तैयार करने की अनुमति देता है। अंतर सेंट्रीफ्यूजेशन के संयोजन के साथ, सोनिकेशन माइटोकॉन्ड्रियल अलगाव की दक्षता को बढ़ाता है, विभिन्न डाउनस्ट्रीम अनुप्रयोगों के लिए उपयुक्त बरकरार माइटोकॉन्ड्रिया की उच्च पैदावार सुनिश्चित करता है।
Hielscher UIP400MTP मल्टीवेल प्लेट sonicator किसी भी मानक प्लेट के साथ काम करता है
मल्टी-वेल प्लेट सोनिकेटर UIP400MTP उच्च-थ्रूपुट नमूना तैयार करने के लिए कई लाभ प्रदान करता है, उदाहरण के लिए माइटोकॉन्ड्रियल डायग्नोस्टिक में।
अल्ट्रासोनिक mtDNA विखंडन के लिए अनुकरणीय निर्देश
तैयारी और निष्कर्षण:
- C57BL/6 चूहों को गर्भाशय ग्रीवा अव्यवस्था द्वारा मार दिया गया था।
- लिवर जल्दी से निकाले गए और बर्फ-ठंडे बाँझ पीबीएस में धोए गए।
माइटोकॉन्ड्रिया अलगाव:
- माइटोकॉन्ड्रिया को 2-एमएल ड्यूंस टिशू ग्राइंडर और टिशू के लिए माइटोकॉन्ड्रिया आइसोलेशन किट का उपयोग करके अलग किया गया था।
- 700× ग्राम और 3,000× ग्राम पर प्रारंभिक सेंट्रीफ्यूजेशन।
- बफर सी के साथ दो अतिरिक्त धोने के कदम करें।
डीएनए अलगाव:
- 700× ग्राम पर पहले centrifugation से गोली परमाणु डीएनए (nDNA) को अलग करने के लिए इस्तेमाल किया गया था.
- डीएनए स्पिन स्तंभों का उपयोग कर अलग किया गया था.
- माइटोकॉन्ड्रियल डीएनए (mtDNA) को पृथक माइटोकॉन्ड्रिया से निकाला गया था।
- परमाणु डीएनए (एनडीएनए) कच्चे परमाणु अर्क से निकाला गया था, दोनों माउस यकृत ऊतक से।
डीएनए विखंडन:
- डीएनए को 30-kHz/50-W अल्ट्रासोनिक सोनिकेटर UP50H का उपयोग करके 2 × 30 सेकंड के लिए 14 माइक्रोन पर 0.5-मिमी माइक्रो-टिप सोनोट्रोड के साथ बर्फ पर खंडित किया गया था।
विखंडन दृश्य और परिमाणीकरण:
- अल्ट्रासोनिफिकेशन के बाद विखंडन को SYBR सुरक्षित डीएनए डाई के साथ 1% agarose जेल पर कल्पना की गई थी।
- mtDNA और nDNA की सापेक्ष बहुतायत qPCR द्वारा निर्धारित किया गया था.
(सीएफ. मारिएरो एट अल., 2019)
उच्च-थ्रूपुट नमूना तैयार करने के लिए, मल्टी-वेल प्लेट सोनिकेटर UIP400MTP मानक 96-अच्छी तरह से, मल्टी-वेल और माइक्रोटिटर प्लेटों में बड़े नमूना संख्याओं की तैयारी की सुविधा प्रदान करता है।
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Sonication का उपयोग कर इष्टतम माइटोकॉन्ड्रिया अलगाव के लिए युक्तियाँ:
- तापमान नियंत्रण: 0 डिग्री सेल्सियस से 4 डिग्री सेल्सियस की तापमान सीमा पर सभी चरणों का संचालन करें। माइटोकॉन्ड्रिया की अखंडता और कार्यक्षमता को बनाए रखने के लिए यह महत्वपूर्ण है।
- दक्षता और गति: तेजी से काम करें और माइटोकॉन्ड्रिया को केवल अपने विशिष्ट आवेदन के लिए आवश्यक सीमा तक शुद्ध करें। अत्यधिक हेरफेर से माइटोकॉन्ड्रियल सामग्री का महत्वपूर्ण नुकसान हो सकता है।
- निलंबन का कमजोर पड़ना: अलगाव प्रक्रिया के दौरान सेल और ऑर्गेनेल निलंबन की कम सांद्रता बनाए रखें। यह फँसाने और एग्लूटिनेशन के जोखिमों को कम करने में मदद करता है, जिससे पृथक माइटोकॉन्ड्रिया की शुद्धता में सुधार होता है।
- नमूना मात्रा: एक बड़े के बजाय कई छोटे पैमाने की तैयारी का विकल्प चुनें। इस दृष्टिकोण के परिणामस्वरूप आम तौर पर बेहतर पैदावार होती है, क्योंकि स्केलिंग आनुपातिक रूप से वसूली योग्य माइटोकॉन्ड्रिया की मात्रा में वृद्धि नहीं करती है। मल्टी-वेल प्लेट सोनिकेटर UIP400MTP माइटोकॉन्ड्रिया अलगाव के साथ-साथ माइटोकॉन्ड्रिया से प्रोटीन निष्कर्षण के लिए सेल के तेजी से और विश्वसनीय लाइसिस की सुविधा प्रदान करता है।
ये दिशानिर्देश अल्ट्रासोनिक लसीका और सेंट्रीफ्यूजेशन का उपयोग करके अलगाव प्रक्रिया को अधिक कुशल बना देंगे, जिससे डाउनस्ट्रीम अनुप्रयोगों के लिए उपयुक्त उच्च गुणवत्ता वाले माइटोकॉन्ड्रियल तैयारी प्राप्त होगी।
Hielscher Sonicators – गुणवत्ता जर्मनी में निर्मित
Hielscher अल्ट्रासोनिकेटर अपने उच्चतम गुणवत्ता और डिजाइन मानकों के लिए प्रसिद्ध हैं। मजबूती और आसान संचालन औद्योगिक सुविधाओं में हमारे अल्ट्रासोनिकेटर के सुचारू एकीकरण की अनुमति देता है। किसी न किसी स्थिति और मांग वातावरण आसानी से Hielscher ultrasonicators द्वारा नियंत्रित कर रहे हैं।
Hielscher Ultrasonics एक आईएसओ प्रमाणित कंपनी है और अत्याधुनिक प्रौद्योगिकी और उपयोगकर्ता-मित्रता की विशेषता वाले उच्च प्रदर्शन अल्ट्रासोनिकेटर पर विशेष जोर देती है। बेशक, Hielscher अल्ट्रासोनिकेटर सीई के अनुरूप हैं और उल, सीएसए और RoHs की आवश्यकताओं को पूरा करते हैं।
साहित्य/सन्दर्भ
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
माइटोकॉन्ड्रिया और माइटोकॉन्ड्रियल डायग्नोस्टिक के बारे में अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न
माइटोकॉन्ड्रिया क्या हैं?
माइटोकॉन्ड्रिया झिल्ली-बद्ध अंग हैं जो अधिकांश यूकेरियोटिक जीवों की कोशिकाओं में पाए जाते हैं। उन्हें सेल के पावरहाउस के रूप में जाना जाता है क्योंकि वे सेलुलर श्वसन की प्रक्रिया के माध्यम से एडेनोसिन ट्राइफॉस्फेट (एटीपी) के रूप में ऊर्जा का उत्पादन करते हैं। इसके अतिरिक्त, माइटोकॉन्ड्रिया का अपना डीएनए होता है और कोशिका चक्र और कोशिका मृत्यु के नियमन सहित अन्य सेलुलर प्रक्रियाओं में महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है।
जीनोमिक डीएनए से mtDNA को क्या अलग करता है?
माइटोकॉन्ड्रियल डीएनए (mtDNA) जीनोमिक डीएनए (gDNA) से कई प्रमुख तरीकों से भिन्न होता है। एमटीडीएनए माइटोकॉन्ड्रिया में स्थित है, गोलाकार है, और मातृ रूप से विरासत में मिला है, जबकि जीडीएनए कोशिका नाभिक में स्थित है, रैखिक है, और माता-पिता दोनों से विरासत में मिला है। एमटीडीएनए बहुत छोटा है, केवल 37 जीन एन्कोडिंग करता है, जबकि जीडीएनए में लगभग 20,000-25,000 जीन होते हैं। एमटीडीएनए प्रति सेल कई प्रतियों में मौजूद है, इसमें उच्च उत्परिवर्तन दर है, और मुख्य रूप से माइटोकॉन्ड्रियल फ़ंक्शन में शामिल प्रोटीन के लिए कोड हैं। इसके विपरीत, जीडीएनए आमतौर पर द्विगुणित होता है, इसकी उत्परिवर्तन दर कम होती है, और जीव के विकास और कार्य के लिए आवश्यक जीन की एक विशाल सरणी को एन्कोड करता है। इसके अतिरिक्त, mtDNA प्रतिलेखन और अनुवाद माइटोकॉन्ड्रिया के भीतर होता है, जबकि जीडीएनए प्रतिलेखन नाभिक में होता है, और अनुवाद साइटोप्लाज्म में होता है। ये अंतर उनकी विशिष्ट भूमिकाओं और विकासवादी उत्पत्ति को दर्शाते हैं।
सेल-फ्री एक्सट्रैक्ट क्या है?
एक सेल-फ्री एक्सट्रैक्ट एक समाधान है जिसमें प्रोटीन, न्यूक्लिक एसिड और अन्य सेलुलर घटकों सहित लाइस्ड कोशिकाओं की सामग्री होती है, लेकिन बरकरार सेल झिल्ली के बिना। इस अर्क का उपयोग जैव रासायनिक और आणविक जीव विज्ञान अनुसंधान में इन विट्रो में सेलुलर प्रक्रियाओं का अध्ययन करने के लिए किया जाता है, जिससे शोधकर्ताओं को जीवित कोशिकाओं के बाहर प्रतिक्रियाओं और तंत्रों का विश्लेषण करने में सक्षम बनाया जा सकता है।
माइटोकॉन्ड्रियल डायग्नोस्टिक्स में पीसीआर टेस्ट क्या भूमिका निभाते हैं?
पीसीआर परीक्षण माइटोकॉन्ड्रियल डीएनए (एमटीडीएनए) में उत्परिवर्तन, विलोपन, या कॉपी संख्या विविधताओं का पता लगाने में सक्षम करके माइटोकॉन्ड्रियल डायग्नोस्टिक्स में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं। वे माइटोकॉन्ड्रियल विकारों से जुड़े रोगजनक वेरिएंट की पहचान करने के लिए विशिष्ट mtDNA क्षेत्रों के प्रवर्धन की अनुमति देते हैं। पीसीआर-आधारित तकनीक, जैसे मात्रात्मक पीसीआर (क्यूपीसीआर) और लंबी दूरी की पीसीआर, का उपयोग एमटीडीएनए अखंडता, हेटरोप्लाज्मी स्तर और एमटीडीएनए की कमी का आकलन करने के लिए भी किया जाता है, जो माइटोकॉन्ड्रियल फ़ंक्शन और बीमारी में आवश्यक अंतर्दृष्टि प्रदान करता है।
जानें कि UIP400MTP माइक्रोप्लेट सोनिकेटर पीसीआर परीक्षण और परख की सुविधा कैसे देता है!
विभेदक सेंट्रीफ्यूजेशन क्या है?
विभेदक सेंट्रीफ्यूजेशन सेल फ्रैक्शनेशन और माइटोकॉन्ड्रियल अलगाव के लिए व्यापक रूप से इस्तेमाल की जाने वाली तकनीक है। यह विधि उनके अवसादन गुणांक के आधार पर सेलुलर संरचनाओं को अलग करती है, जो घनत्व और आकार दोनों पर निर्भर करती है। इस प्रक्रिया में विशिष्ट घनत्व के साथ बफर नमक समाधान में नमूनों के लिए केन्द्रापसारक बल के विभिन्न स्तरों को लागू करना शामिल है। समान अवसादन गुणांक वाली संरचनाएं एक ही समय में संग्रह ट्यूब के निचले भाग में बस जाएंगी, जिससे उनकी वसूली की अनुमति मिलेगी।
माइटोकॉन्ड्रिया अलगाव के लिए विभेदक सेंट्रीफ्यूजेशन का उपयोग कैसे किया जाता है?
विभेदक सेंट्रीफ्यूजेशन शोधकर्ताओं को अन्य सेलुलर घटकों से माइटोकॉन्ड्रियल अंशों को प्रभावी ढंग से अलग करने की अनुमति देता है। माइटोकॉन्ड्रिया के अलगाव में कई सेंट्रीफ्यूजेशन चरण और आइसोलेट की बाद की वसूली शामिल है।
प्रारंभिक सेंट्रीफ्यूजेशन: तलछट बड़े सेलुलर मलबे और नाभिक के लिए एक कम केन्द्रापसारक बल लागू करें।
बाद के सेंट्रीफ्यूजेशन: माइटोकॉन्ड्रिया से समृद्ध अंशों को गोली देने के लिए केन्द्रापसारक बल को चरणबद्ध रूप से बढ़ाएं। प्रत्येक सेंट्रीफ्यूजेशन चरण उत्तरोत्तर उच्च अवसादन गुणांक के साथ संरचनाओं को हटा देता है।
अंश वसूली: प्रत्येक सेंट्रीफ्यूजेशन के बाद, गोली एकत्र की जाती है, और अगले अंश को अलग करने के लिए सतह पर तैरनेवाला उच्च जी-बलों के अधीन होता है। यह तब तक दोहराया जाता है जब तक कि माइटोकॉन्ड्रिया की वांछित शुद्धता प्राप्त नहीं हो जाती।


