Έρευνα μικροβιώματος και κλινική ανάλυση εξορθολογισμένη με υπερήχους
Κατεργασία με υπερήχους είναι μια ισχυρή τεχνική που χρησιμοποιείται ευρέως στην έρευνα μικροβιώματος και την κλινική ανάλυση, διευκολύνοντας την προετοιμασία δείγματος υψηλής απόδοσης. Η μέθοδος υπερήχων είναι ιδιαίτερα αποτελεσματική για την επεξεργασία σύνθετων βιολογικών δειγμάτων, όπως αυτά που περιέχουν μικροοργανισμούς. Η χρήση υπερήχων διευκολύνει την κυτταρική λύση, την εκχύλιση και την ανάλυση νουκλεϊνικών οξέων, πρωτεϊνών και μεταβολιτών, επιτρέποντας μια βαθύτερη κατανόηση των μικροβιακών κοινοτήτων και των ρόλων τους στην υγεία και τις ασθένειες. Hielscher υψηλής απόδοσης υπερήχων είναι γνωστή για την ακρίβεια, αποτελεσματικότητα, και αναπαραγώγιμα αποτελέσματα, καθιστώντας τους μια εξαιρετική επιλογή για μελέτες μικροβιώματος.
Επωφεληθείτε από υπερήχους υψηλής απόδοσης στην έρευνα μικροβιώματος
Ο υπερηχητικός πλάκα 96 φρεατίων UIP400MTP εξορθολογίζει την έρευνα μικροβιώματος με την προετοιμασία δειγμάτων υψηλής απόδοσης
Προετοιμασία δείγματος υψηλής απόδοσης με τον υπερηχητικό πλάκα 96 φρεατίων UIP400MTP
Εφαρμογές της υπερήχησης στην έρευνα μικροβιώματος
Αποτελεσματική κυτταρική λύση
Κατεργασία με υπερήχους είναι ιδιαίτερα αποτελεσματική στη λύση μικροβιακών κυττάρων, συμπεριλαμβανομένων εκείνων με σκληρά κυτταρικά τοιχώματα, όπως Gram-θετικά βακτήρια και μύκητες. Τα υπερηχητικά κύματα δημιουργούν φυσαλίδες σπηλαίωσης στο δείγμα, οι οποίες καταρρέουν και δημιουργούν κύματα κλονισμού που σπάνε τα ανοιχτά κυτταρικά τοιχώματα και μεμβράνες. Αυτή η διαδικασία εξασφαλίζει πλήρη κυτταρική διαταραχή και αποτελεσματική απελευθέρωση ενδοκυτταρικού περιεχομένου, όπως DNA, RNA και πρωτεΐνες.
Ελεγχόμενος κατακερματισμός DNA
Για εφαρμογές όπως η αλληλούχιση επόμενης γενιάς, είναι συχνά απαραίτητο να διατμηθεί το DNA σε μικρότερα, ομοιόμορφα θραύσματα. Κατεργασία με υπερήχους παρέχει ακριβή έλεγχο της διαδικασίας κατακερματισμού, επιτρέποντας στους ερευνητές να αποκτήσουν θραύσματα DNA του επιθυμητού μεγέθους. Αυτό το στοιχείο ελέγχου είναι κρίσιμο για την προετοιμασία βιβλιοθηκών αλληλουχίας και τη διασφάλιση δεδομένων ακολουθίας υψηλής ποιότητας.
Ενισχυμένη ομογενοποίηση δείγματος
Στην έρευνα για το μικροβίωμα, τα δείγματα συχνά περιέχουν ένα ποικίλο μείγμα μικροοργανισμών. Κατεργασία με υπερήχους βοηθά στην επίτευξη ομοιόμορφης κατανομής αυτών των μικροοργανισμών εντός του δείγματος, εξασφαλίζοντας συνεπή και αναπαραγώγιμα αποτελέσματα. Αυτή η ομογενοποίηση είναι ζωτικής σημασίας για την ακριβή ποσοτική ανάλυση, όπως ο προσδιορισμός της μικροβιακής αφθονίας ή η μέτρηση συγκεκριμένων μεταβολικών δραστηριοτήτων.
Αξιόπιστη εκχύλιση μεταβολιτών
Αξιόπιστη εκχύλιση μεταβολιτών με υπερήχους είναι μια ευρέως χρησιμοποιούμενη τεχνική στη μεταβολομική για την απομόνωση μικρών μορίων από βιολογικά δείγματα. Κατεργασία με υπερήχους χρησιμοποιεί μηχανικές δονήσεις που διαταράσσουν τις κυτταρικές μεμβράνες, διευκολύνοντας την απελευθέρωση ενδοκυτταρικών μεταβολιτών σε διαλύτη. Αυτή η μέθοδος είναι αποτελεσματική, αναπαραγώγιμη και συμβατή με διάφορους τύπους δειγμάτων, καθιστώντας την ένα πολύτιμο εργαλείο για υψηλής απόδοσης και στοχευμένες μεταβολομικές μελέτες. Διαβάστε περισσότερα σχετικά με την εκχύλιση μεταβολίτη με υπερήχους!
“Σας γράφω για να σας ευχαριστήσω για τη φανταστική εμπειρία μας χρησιμοποιώντας τον UIP400MTP σας υπερήχων για ομοιόμορφη και συνεπή βακτηριακή λύση δειγμάτων μικροβιώματος κοπράνων. Πιέζουμε το φάκελο για τεχνολογία λύσης υψηλής απόδοσης και το όργανό σας είναι κατάλληλο για την εργασία. Μερικά από τα βασικά σημεία είναι:
- Ευκολία λειτουργίας - το όργανο είναι εύκολο στη χρήση και η προσαρμογή είναι απλή χρησιμοποιώντας τις επιλογές μενού
- Υψηλή απόδοση - εξαιρετική για το χειρισμό πλακών, με 96 δείγματα κάθε φορά
- Ακόμη και υπερήχηση όλων των αγγείων - η συσκευή ήταν σε θέση να παραδώσει την ίδια ποσότητα υπερήχων σε όλα τα πηγάδια, κάτι που ήταν ζωτικής σημασίας για την εφαρμογή μας
- Η υποστήριξη από την ομάδα Hielscher ήταν εξαιρετική, ήσασταν πάντα εκεί για εμάς στην προπόνηση, για να απαντήσετε στις ερωτήσεις μας και να αντιμετωπίσετε προβλήματα, με προτάσεις που μας βοήθησαν να φτάσουμε στο στόχο μας.
Σας ευχαριστούμε και πάλι για τη βοήθεια και τη βοήθειά σας καθώς εργαζόμασταν για τη βελτιστοποίηση των πρωτοκόλλων μας.”
Mark D. Driscoll, Ph.D. – Επιστημονικός Διευθυντής – Intus Βιοεπιστήμες
Πώς εφαρμόζεται η υπερήχηση στην έρευνα και τη διάγνωση του μικροβιώματος;
Η μεταβολομική, η μεταγονιδιωματική και η μεταπρωτεομική είναι αλληλένδετες στην έρευνα του μικροβιώματος, καθώς παρέχουν συλλογικά μια ολοκληρωμένη κατανόηση των μικροβιακών κοινοτήτων και των λειτουργιών τους. Η λύση, ο καθαρισμός πρωτεϊνών και ο κατακερματισμός DNA / RNA είναι βασικά βήματα προετοιμασίας δείγματος που εξορθολογίζονται χρησιμοποιώντας το UIP400MTP υπερήχων πλάκας 96 φρεατίων.
Μεταβολομική και Ανάλυση Μεταβολώματος
Η μεταβολομική περιλαμβάνει τη συστηματική μελέτη των μεταβολιτών μικρών μορίων μέσα σε ένα βιολογικό σύστημα. Στην έρευνα μικροβιώματος, κατεργασία με υπερήχους χρησιμοποιείται για τη λύση μικροβιακών κυττάρων, απελευθερώνοντας ενδοκυτταρικούς μεταβολίτες. Οι υψηλοί αριθμοί δειγμάτων μπορούν να υποβληθούν σε γρήγορη επεξεργασία χρησιμοποιώντας την UIP400MTP υπερήχων πλάκας 96 φρεατίων. Οι εκχυλισμένοι μεταβολίτες στη συνέχεια ποσοτικοποιούνται χρησιμοποιώντας προηγμένες τεχνικές όπως φασματομετρία μάζας (MS) και φασματοσκοπία πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού (NMR). Τα δεδομένα που προκύπτουν παρέχουν ένα στιγμιότυπο της μεταβολικής κατάστασης ενός μικροβιώματος, αποκαλύπτοντας πληροφορίες σχετικά με τις βιοχημικές δραστηριότητες και αλληλεπιδράσεις εντός των μικροβιακών κοινοτήτων.
Μεταγονιδιωματική και Μεταγραφομική
Η μεταγονιδιωματική περιλαμβάνει την ολοκληρωμένη ανάλυση γενετικού υλικού που ανακτάται απευθείας από περιβαλλοντικά δείγματα. Κατεργασία με υπερήχους παίζει κρίσιμο ρόλο σε αυτή τη διαδικασία με τη λύση μικροβιακών κυττάρων για την εξαγωγή DNA υψηλής ποιότητας, το οποίο στη συνέχεια αλληλουχείται για να εντοπίσει και να ποσοτικοποιήσει τα μικροβιακά είδη που υπάρχουν. Στη μεταγραφομική, το RNA εξάγεται χρησιμοποιώντας παρόμοιες μεθόδους υπερήχων για τη μελέτη προφίλ γονιδιακής έκφρασης σε διαφορετικές μικροβιακές κοινότητες. Για την αλληλούχιση DNA και RNA, τα νουκλεϊνικά οξέα πρέπει να κατακερματιστούν σε ένα ορισμένο μήκος ζεύγους βάσεων. Όλες αυτές οι εργασίες εκτελούνται αξιόπιστα και γρήγορα από τον UIP400MTP υπερηχητικό υψηλής απόδοσης!
πρωτεομική
Οι πρωτεομικές αναλύσεις απαιτούν την εκχύλιση πρωτεϊνών από μικροβιακά κύτταρα. Κατεργασία με υπερήχους χρησιμοποιείται αποτελεσματικά για να διαταράξει τα κύτταρα, απελευθερώνοντας πρωτεΐνες στο διάλυμα. Αυτές οι πρωτεΐνες μπορούν στη συνέχεια να καθαριστούν και να αναλυθούν για να κατανοήσουν τους λειτουργικούς τους ρόλους μέσα σε ένα μικροβίωμα και τη συμμετοχή τους στις μεταβολικές οδούς. Με τον υπερήχων πλάκας UIP400MTP πολλαπλών φρεατίων, μπορείτε να εκτελέσετε το έργο της λύσης και της εκχύλισης πρωτεϊνών μέσα σε λίγα λεπτά δημιουργώντας αναπαραγώγιμα αποτελέσματα για την απόκτηση γνώσεων σχετικά με τις βιολογικές διεργασίες που οδηγούνται από πρωτεΐνες σε μικροβιακές κοινότητες.
μεταπρωτεομική
Η μεταπρωτεομική επεκτείνει την πρωτεομική ανάλυση σε ολόκληρες μικροβιακές κοινότητες, μελετώντας τη συλλογική περιεκτικότητα σε πρωτεΐνες για να κατανοήσει τη λειτουργική έκφραση και τις αλληλεπιδράσεις μέσα στο μικροβίωμα. Κατεργασία με υπερήχους χρησιμοποιείται για τη λύση των κυττάρων, απελευθερώνοντας τις πρωτεΐνες οι οποίες στη συνέχεια καθαρίζονται και αναλύονται μέσω τεχνικών όπως φασματομετρία μάζας. Αυτή η προσέγγιση παρέχει λεπτομερείς πληροφορίες σχετικά με τις ενεργές βιολογικές διεργασίες και προσαρμογές των μικροβιακών κοινοτήτων σε διάφορα περιβάλλοντα.
Επωφεληθείτε από την ικανότητα επεξεργασίας υψηλής απόδοσης του υπερηχητικού πλάκας UIP400MTP πολλαπλών φρεατίων και διευκολύνετε την έρευνα και την ανάλυση του μικροβιώματός σας!
UIP400MTP υπερήχων υψηλής απόδοσης για έρευνα μικροβιώματος σε πλάκες πολλαπλών φρεατίων, πλάκες 96 φρεατίων, σωλήνες και τρυβλία Petri.
UIP400MTP Multiwell Plate Sonicator για προετοιμασία δείγματος υψηλής απόδοσης στη διάγνωση μικροβιώματος.
Ο υπερηχητικός πλάκα πολλαπλών φρεατίων διευκολύνει UIP400MTP την προετοιμασία δειγμάτων υψηλής απόδοσης, π.χ. στην έρευνα και τη διάγνωση μικροβιώματος.
Υπερήχων πλάκας 96 φρεατίων UIP400MTP: Το υγρό μετάδοσης υπερήχων περιβάλλει όλα τα πηγάδια και παρέχει ομοιόμορφη υπερήχηση κάθε δείγματος
Βασικά χαρακτηριστικά του UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator
| υπερήχηση υψηλής απόδοσης | Ιδανικό για 96-φρεάτια και άλλες πλάκες πολλαπλών φρεατίων, το UIP400MTP επιτρέπει την ταυτόχρονη, πανομοιότυπη υπερήχηση πολλαπλών δειγμάτων, μειώνοντας σημαντικά τη διάρκεια της προετοιμασίας του δείγματος και αυξάνοντας την απόδοση των δοκιμών υψηλού αριθμού δειγμάτων. |
| Χρησιμοποιήστε την πλάκα πολλαπλών φρεατίων της επιλογής σας | Το UIP400MTP έχει σχεδιαστεί για να υπερήχων οποιεσδήποτε τυποποιημένες πλάκες πολλαπλών φρεατίων, πλάκες PCR ή πλάκες μικροτιτλοδότησης. Επιλέγετε την πλάκα που είναι πιο κατάλληλη για τα πειράματά σας. Καθώς η UIP400MTP δεν απαιτεί ιδιόκτητα αναλώσιμα, αυτό σας εξοικονομεί πολλά χρήματα! |
| Υπερήχους χωρίς επαφή | Το Multiwell Plate Sonicator UIP400MTP εφαρμόζει έντονο υπερηχογράφημα χωρίς να εισάγει τίποτα στο δείγμα. Μπορείτε να υπερήχων ealed πλάκες πολλαπλών πηγαδιών, κλειστά δοχεία και φιαλίδια. Hielscher σας προμηθεύει προσαρμοσμένες υποδοχές δειγμάτων για οποιαδήποτε μη τυποποιημένα φιαλίδια ή δοχεία. |
| Ακρίβεια και έλεγχος | Ο έλεγχος ακριβείας και το έξυπνο λογισμικό σάς επιτρέπουν να ρυθμίσετε τις παραμέτρους υπερήχων ώστε να ταιριάζουν βέλτιστα στις συγκεκριμένες ανάγκες επεξεργασίας σας. Παίρνετε τη μέγιστη αποδοτικότητα και αποτελεσματικότητα υπερήχων για κάθε πείραμα. |
| Έλεγχος θερμοκρασίας | Ορίστε μια συγκεκριμένη θερμοκρασία για την υπερήχηση σας. Ο υπερήχων πλάκας UIP400MTP μπορεί να παρακολουθεί τη θερμοκρασία του δείγματος και να ρυθμίζει ανάλογα την υπερήχηση. Ένα ανακυκλούμενο ψυκτικό υγρό ψύχει κάθε φρεάτιο στην πλάκα για ακριβή έλεγχο της θερμοκρασίας. |
| Πρωτόκολλο και τηλεχειριστήριο | Κάθε εκτέλεση υπερήχων μπορεί να ελεγχθεί από έναν υπολογιστή. Δεν απαιτείται εγκατάσταση λογισμικού. Μπορείτε να χρησιμοποιήσετε το τυπικό πρόγραμμα περιήγησής σας (π.χ. Chrome, Firefox, Edge ή Safari) σε οποιοδήποτε λειτουργικό σύστημα (π.χ. MacOS, Windows, Android, iOS ή Linux) για τον έλεγχο και την παρακολούθηση των UIP400MTP εξ αποστάσεως. Κάθε εκτέλεση υπερήχων παράγει ένα λεπτομερές πρωτόκολλο υπερήχων για αξιολόγηση και τεκμηρίωση. Το αρχείο πρωτοκόλλου είναι σε μη ιδιόκτητη μορφή CSV, την οποία μπορείτε να ανοίξετε με το πρόγραμμα που προτιμάτε, π.χ. Microsoft Excel, Apple Numbers ή OpenOffice Calc. |
| Στιβαρό και αξιόπιστο | Σχεδιασμένο και κατασκευασμένο στη Γερμανία σύμφωνα με τα υψηλότερα πρότυπα ποιότητας, το UIP400MTP δεν είναι μόνο ισχυρό αλλά και εξαιρετικά ανθεκτικό. Ο σχεδιασμός του πληροί τα βιομηχανικά πρότυπα και αντέχει εύκολα στις κακουχίες της καθημερινής χρήσης σε ένα απαιτητικό εργαστηριακό περιβάλλον. Μπορείτε να χρησιμοποιείτε το UIP400MTP συνεχώς 24 ώρες, 7 ημέρες την εβδομάδα σε λειτουργίες υψηλής απόδοσης. |
- υψηλή απόδοση
- Τεχνολογία αιχμής
- αξιοπιστία & Ευρωστία
- Ρυθμιζόμενος, ακριβής έλεγχος της διαδικασίας
- έξυπνο λογισμικό
- έξυπνες λειτουργίες (π.χ. προγραμματιζόμενες, πρωτόκολλο δεδομένων, τηλεχειριστήριο)
- εύκολο και ασφαλές στη λειτουργία
- χαμηλή συντήρηση
- CIP (επιτόπιος καθαρισμός)
Σχεδιασμός, Κατασκευή και Συμβουλευτική – Ποιότητα Made in Germany
Hielscher υπερήχων είναι γνωστή για την υψηλότερη ποιότητα και τα πρότυπα σχεδιασμού τους. Η ευρωστία και η εύκολη λειτουργία επιτρέπουν την ομαλή ενσωμάτωση των υπερήχων μας σε βιομηχανικές εγκαταστάσεις. Οι σκληρές συνθήκες και τα απαιτητικά περιβάλλοντα αντιμετωπίζονται εύκολα από τους υπερήχους Hielscher.
Hielscher Υπέρηχοι είναι μια πιστοποιημένη εταιρεία ISO και δίνουν ιδιαίτερη έμφαση σε υψηλής απόδοσης υπερήχων που διαθέτουν state-of-the-art τεχνολογία και φιλικότητα προς το χρήστη. Φυσικά, Hielscher υπερήχων είναι CE συμβατό και πληρούν τις απαιτήσεις των UL, CSA και RoHs.
Υπερήχων χωρίς επαφή UIP400MTP για προετοιμασία δείγματος μικροβιώματος σε πλάκες πολλαπλών κοιλοτήτων.
Βιβλιογραφία / Αναφορές
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- InfoGraphic UIP400MTP – 96-well plate Ultrasonicator for High-Throughput Sample Prep – english – Hielscher Ultrasonics
- Jannike L. Krause, Sven-Bastiaan Haange, Stephanie S. Schäpe, Beatrice Engelmann, Ulrike Rolle-Kampczyk, Katarina Fritz-Wallace, Zhipeng Wang, Nico Jehmlich, Dominique Türkowsky, Kristin Schubert, Judith Pöppe, Katrin Bote, Uwe Rösler, Gunda Herberth, Martin von Bergen (2020): The glyphosate formulation Roundup® LB plus influences the global metabolome of pig gut microbiota in vitro. Science of The Total Environment, Volume 745, 2020.
- Tröscher-Mußotter, Johanna; Sáenz, Johan; Grindler, Sandra; Meyer, Jennifer; Kononov, Susanne; Mezger, Beate; Borda, Daniel; Frahm, Jana; Dänicke, Sven; Camarinha-Silva, Amelia; Huber, Korinna; Seifert, Jana (2021): Microbiome Clusters Disclose Physiologic Variances in Dairy Cows Challenged by Calving and Lipopolysaccharides. mSystems 2021.
- Jannike Lea Krause, Beatrice Engelmann, Stephanie Serena Schaepe, Ulrike Rolle-Kampczyk, Nico Jehmlich, Hyun-Dong Chang, Ulla Slanina, Maximillian Hoffman, Jörg Lehmann, Ana Claudia Zenclussen, Gunda Herberth, Martin von Bergen, Sven-Bastiaan Haange (2024): DSS treatment does not affect murine colonic microbiota in absence of thehost. Gut Microbes 2024.
Συχνές ερωτήσεις σχετικά με την έρευνα για το μικροβίωμα
Τι κάνει υπερήχηση στα βακτήρια?
Κατεργασία με υπερήχους διαταράσσει τα βακτηριακά κύτταρα χρησιμοποιώντας ηχητικά κύματα υψηλής συχνότητας, προκαλώντας σπηλαίωση που δημιουργεί κρουστικά κύματα και μηχανικές δυνάμεις, οδηγώντας σε κυτταρική λύση και απελευθέρωση ενδοκυτταρικού περιεχομένου.
Ποιες μέθοδοι χρησιμοποιούνται για τη μελέτη του μικροβιώματος;
Οι μέθοδοι για τη μελέτη του μικροβιώματος περιλαμβάνουν τεχνικές αλληλούχισης DNA όπως η αλληλούχιση γονιδίων 16S rRNA και η μεταγονιδιωματική, καθώς και η μεταγραφωματική, η πρωτεομική και η μεταβολομική για την ανάλυση μικροβιακών λειτουργιών και αλληλεπιδράσεων. Τα εργαλεία βιοπληροφορικής χρησιμοποιούνται για την ερμηνεία των τεράστιων δεδομένων που παράγονται.
Ποιες είναι οι τεχνικές που χρησιμοποιούνται στην ανάλυση μικροβιώματος;
Οι τεχνικές που χρησιμοποιούνται στην ανάλυση μικροβιώματος περιλαμβάνουν αλληλούχιση γονιδίων 16S rRNA για ταξινομικό προφίλ, μεταγονιδιωματική αλληλούχιση για ολοκληρωμένη γενετική ανάλυση, μεταγραφομική για τη μελέτη της γονιδιακής έκφρασης, μεταπρωτεομική για την ανάλυση πρωτεϊνών και μεταβολομική για τον εντοπισμό μεταβολικών προϊόντων. Τα εργαλεία βιοπληροφορικής είναι απαραίτητα για την επεξεργασία και την ερμηνεία των δεδομένων.
Τι είναι η Μεταβολομική, η Μεταγονιδιωματική και η Μεταπρωτεομική στην Έρευνα του Μικροβιώματος;
Στην έρευνα του μικροβιώματος, η μεταβολομική αναλύει τα μικρά μόρια και τους μεταβολίτες που παράγονται από τα μικρόβια, παρέχοντας πληροφορίες για τις μεταβολικές τους δραστηριότητες. Η μεταγονιδιωματική περιλαμβάνει την αλληλούχιση των συλλογικών γονιδιωμάτων των μικροβιακών κοινοτήτων για την κατανόηση της γενετικής τους σύνθεσης και του λειτουργικού δυναμικού τους. Η μεταπρωτεομική μελετά ολόκληρη την περιεκτικότητα σε πρωτεΐνες ενός μικροβιώματος, αποκαλύπτοντας τη λειτουργική έκφραση των γονιδίων και τους ρόλους που παίζουν οι πρωτεΐνες στη μικροβιακή κοινότητα.
Τι είναι οι βακτηριακές αποικίες στην έρευνα μικροβιώματος;
Οι βακτηριακές αποικίες στην έρευνα μικροβιώματος είναι ομάδες βακτηρίων που αναπτύσσονται από ένα ή λίγα κύτταρα σε ένα στερεό μέσο ανάπτυξης, σχηματίζοντας ορατές ομάδες. Αυτές οι αποικίες αντιπροσωπεύουν κλωνικούς πληθυσμούς που χρησιμοποιούνται για τη μελέτη των χαρακτηριστικών, της ποικιλομορφίας και των λειτουργιών συγκεκριμένων βακτηριακών στελεχών μέσα σε μια μικροβιακή κοινότητα.
Hielscher Υπέρηχοι κατασκευάζει υψηλής απόδοσης υπερήχων ομογενοποιητές από εργαστήριο προς βιομηχανικό μέγεθος.