Протокол за култивиране и отделяне на стафилококови биофилми
Стандартизираните методи са от съществено значение за надеждните резултати от изследванията. Тук можете да намерите протокол за култивиране и отделяне на стафилококови биофилми. Този протокол се фокусира върху оптимизирана подготовка на проби с висок капацитет за обработка чрез ултразвуковия апарат за многоямкови плаки UIP400MTP за ефективно отделяне на биофилми с висока производителност в 96-ямкови плаки. Протоколът съдържа и ключови стъпки за култивиране, промиване и визуализация на биофилми, с акцент върху свеждането до минимум на вариабилността и осигуряването на възпроизводимост.
Изследвания на стафилококови биофилми и антибиотици
Стафилококовите биофилми играят ключова роля при персистиращите инфекции поради устойчивостта си към антибиотици и имунни реакции. Образуването на биофилми осигурява защитна среда за бактериите, което затруднява лечението на инфекциите. Изследванията на биофилмите често се фокусират върху разбирането на тяхното образуване, поведение и чувствителност към антимикробни средства, с акцент върху методи с висока производителност за оптимизиране на експерименталните работни процеси.
Ултразвуковият апарат за многоямкови плаки UIP400MTP предлага значително предимство при изследванията на биофилми, като позволява бързото и ефективното им отделяне от 96-ямкови плаки. Това устройство подава равномерно ултразвукова енергия към всички ямки, като осигурява последователни резултати и същевременно свежда до минимум вариабилността.
Протокол за култивиране и отделяне на стафилококови биофилми
По-долу ви водим стъпка по стъпка през процеса на култивиране и отделяне на стафилококов биофилм. Като примерна аналитична стъпка ви показваме как да определите количествено култивираната биомаса чрез спектрофотометрия след оцветяване с кристалвиолет.
Култивиране на стафилококов биофилм
Необходими материали:
- Стерилни 96-ямкови полистиренови микротитърни плаки с плоско дъно и капаци, с повърхност, обработена за тъканни култури
- Триптиказо-соев бульон (TSB) с 0,25% глюкоза
- Бокс за биологична безопасност
Стъпки:
- Подгответе стерилна работна среда в бокс за биологична безопасност, за да сведете до минимум контаминацията.
- Добавете TSB, съдържащ 0,25% глюкоза, в ямките на микротитърната плака. TSB без глюкоза обикновено не подпомага образуването на биофилми и трябва да се използва само като контрола, ако е необходимо.
- Инокулирайте ямките с бактериални щамове, подготвени по описания по-долу начин:
- Пригответе бактериални суспензии, като осигурите липсата на предварително образувани клетъчни струпвания чрез хомогенизиране на суспензиите с ултразвукова обработка или чрез разбиване на струпванията с игла 23 G и кратко разбъркване на вортекс.
- Затворете плътно плаката с капака ѝ и инкубирайте при оптимални условия за образуване на биофилм (например 37°C за 24 часа).
- Проведете експеримента в три повторения за всеки бактериален щам (три ямки на щам), за да осигурите надеждност.
- Отделете шест ямки на плака за отрицателни контроли. В една 96-ямкова плака могат да бъдат изследвани до 30 щама.
Визуализация и промиване на биофилма
- След инкубацията отстранете внимателно хранителната среда, за да избегнете нарушаване на биофилма.
- Промийте всяка ямка четири пъти с физиологичен разтвор, за да отстраните планктонните бактерии.
- Огледайте дъното на ямките за бели петна, показващи наличието на биофилм.
Отделяне на биофилма с ултразвуковия апарат за многоямкови плаки UIP400MTP
Настройка и параметри на устройството:
- Ултразвуков апарат за многоямкови плаки UIP400MTP
- Работни настройки: 60% амплитуда, цикличен режим с 60 секунди включено / 30 секунди изключено
Стъпки:
- Поставете промитата микротитърна плака върху платформата на UIP400MTP.
- Обработете пробите с ултразвук при препоръчителните настройки (60% амплитуда, 60 секунди включено, 30 секунди изключено). Адаптирайте настройките към бактериалния щам.
- Стартирайте ултразвуковата обработка, за да отделите биофилма. Ултразвуковите вълни разрушават матрицата на биофилма, като освобождават прикрепените бактерии.
- UIP400MTP осигурява равномерно въздействие във всички ямки за последователни резултати при отделянето.
Аналитична стъпка: количествено определяне на биомасата на отделения стафилококов биофилм с кристалвиолет (CV)
Необходими материали:
- 0,1% разтвор на кристалвиолет (CV)
- 95% етанол или 30% оцетна киселина (за солюбилизация)
- Четец за микроплаки, способен да измерва при 570 nm
- Стерилни микротитърни плаки за оцветяване
Стъпки:
- Подготовка на плаката за оцветяване: Прехвърлете 100 µL от суспензията на отделения биофилм от всяка ямка на обработената с ултразвук плака в съответните ямки на чиста, стерилна 96-ямкова микротитърна плака. Това осигурява чиста и еднородна среда за оцветяване.
- Оцветяване на отделения биофилм: Добавете 150 µL от 0,1% разтвор на кристалвиолет във всяка ямка, съдържаща суспензията на отделения биофилм. Пипетирайте внимателно, за да осигурите равномерно смесване на суспензията на биофилма и кристалвиолета.
- Инкубация: Оставете плаката да се инкубира при стайна температура за 15 минути, за да може кристалвиолетът ефективно да оцвети биомасата.
- Промиване: След инкубацията внимателно отстранете разтвора на кристалвиолет от ямките, без да нарушавате биомасата. Промийте всяка ямка три пъти със стерилен физиологичен разтвор, за да отстраните несвързаното багрило.
- Изсушаване: Оставете плаката да изсъхне на въздух при стайна температура или в бокс със стерилен въздушен поток. Избягвайте нагряване, тъй като то може да промени резултатите.
- Солюбилизация: Добавете 200 µL от 95% етанол (или 30% оцетна киселина, в зависимост от стандартните лабораторни практики) във всяка ямка, за да солюбилизирате свързания кристалвиолет. Разбъркайте внимателно чрез пипетиране или разклащане на плаката за 10 минути при стайна температура.
- Измерване: Измерете оптичната плътност (OD) на разтвора на солюбилизирания кристалвиолет при 570 nm с четец за микроплаки.
- Анализ на данните: Извадете средната стойност на OD570 на отрицателните контроли (ямки с TSB, но без бактериален инокулум) от стойностите за експерименталните ямки, за да отчетете фоновото оцветяване. Запишете и анализирайте данните.
Забележка: Проведете експеримента в три повторения за всяко условие, за да осигурите възпроизводимост. Осигурете правилно боравене с кристалвиолет и етанол, като спазвате протоколите за безопасност и обезвреждане.
Основните предимства на UIP400MTP с един поглед:
- Обработка с висока производителност: Проектиран специално за многоямкови плаки, което ви позволява да обработвате множество проби едновременно.
- Равномерно разпределение на ултразвука: Осигурява еднакъв ултразвуков интензитет във всички ямки, като дава последователни резултати за всички проби.
- Използвайте всяка стандартна плака: UIP400MTP може да обработва всякакви стандартни многоямкови плаки, петриеви блюда и стативи с епруветки. Не са необходими скъпи плаки, предназначени само за конкретния апарат!
- Удобен за потребителя интерфейс: Лесен за настройване и управление, което го прави отлично средство за повишаване на производителността в лабораторията. Програмируемите настройки и автоматизацията улесняват стандартизацията на процесите!
Отделяне на биофилми с висока производителност с ултразвуковия апарат за 96-ямкови плаки UIP400MTP
Литература / Източници
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
Често задавани въпроси
Какво представляват извънклетъчните полимерни вещества (EPS)?
Извънклетъчните полимерни вещества (EPS) са сложна смес от биополимери, съставена основно от полизахариди, белтъци, нуклеинови киселини и липиди, които се секретират от микроорганизмите в биофилмите. EPS образуват защитна матрица, която обгръща микробната общност, осигурява структурна цялост, способства за адхезията към повърхности и защитава клетките от стресови фактори на средата, включително антибиотици и имунни реакции.
Какво се разбира под планктонни бактерии?
Планктонните бактерии са свободно плаващи едноклетъчни микроорганизми, които съществуват в суспензия, например в течна култура или телесни течности, вместо да са прикрепени към повърхности или да образуват структурирани общности като биофилмите.
Каква е разликата между биофилмите и планктонните бактерии?
Основната разлика между биофилмите и планктонните бактерии е в тяхната организация. Биофилмите са структурирани, прикрепени към повърхности общности от бактерии, вградени в матрица от извънклетъчни полимерни вещества (EPS), докато планктонните бактерии са свободно плаващи и нямат такава структурна организация.
По-трудно ли е бактериите в биофилмите да се третират с антибиотици, отколкото планктонните бактерии?
Бактериите в биофилмите са значително по-трудни за третиране с антибиотици в сравнение с планктонните бактерии. Матрицата на биофилма действа като физическа бариера, а бактериите в нея проявяват променени метаболитни състояния и повишена устойчивост на стрес, което допринася за намалената ефикасност на антибиотиците.
Могат ли биофилмите да бъдат унищожени с антибиотици?
Биофилмите понякога могат да бъдат напълно унищожени с антибиотици, но това е трудно. Ефективното лечение често изисква високи концентрации на антибиотици, специфични комбинации или допълващи терапии, тъй като матрицата от EPS и механизмите на бактериална резистентност защитават биофилма.
Адхерентни бактерии ли са бактериите от род Staphylococcus?
Бактериите от род Staphylococcus са добре известни със способността си да се прикрепват. Те лесно се прикрепват към повърхности и образуват биофилми, особено върху медицински изделия или тъкани на гостоприемника, което ги прави основен фактор за персистиращи инфекции.
Какви видове бактерии от род Staphylococcus съществуват?
Бактериите от род Staphylococcus включват няколко вида, като най-известните са Staphylococcus aureus и Staphylococcus epidermidis. S. aureus е патогенен и може да причини тежки инфекции, докато S. epidermidis често се свързва с инфекции на медицински изделия, обусловени от биофилми.
Какво представлява кристалвиолетът?
Кристалвиолетът е основно багрило, широко използвано за оцветяване на биологични материали. В микробиологията се използва за оценка на образуването на биофилми чрез оцветяване на биомасата, която след това може да бъде определена количествено чрез спектрофотометрия.
Hielscher Ultrasonics произвежда високопроизводителни ултразвукови хомогенизатори с размери от лабораторни до промишлени.


