Növbəti Nəsil Sıralaması üçün Ultrasonik DNA Parçalanması
Yeni Nəsil Sıralaması (NGS), genomik DNT zəncirlərini sıralamaq və genom kitabxanaları yaratmaq üçün genomik DNT -nin etibarlı kəsilməsini və parçalanmasını tələb edir. DNT -nin DNT parçalarına nəzarət edilən parçalanması, DNT -nin sıralanmasından əvvəl tələb olunan əsas nümunə hazırlıq mərhələsidir. Ultrasonication, müəyyən uzunluqdakı DNT parçalanması üçün təsirli və etibarlı bir texnika olaraq sübut edilmişdir. Ultrasonik DNA parçalanma protokolları təkrarlanan parçalanma nəticələrini əldə edir. Hielscher ultrasonicators, əməliyyat parametrləri ilə dəqiq idarə oluna bilən geniş bir genomik DNT parçası ölçüsü paylamaları istehsal edə bilir. Hielscher ultrasəsli DNT kəsmə sistemləri tək və çoxlu flakonlarda olduğu kimi mikroplakalarda da mövcud olduğundan nümunə hazırlığı yüksək səmərəli olur.
15 min ultrasonication - Elektroforetik 0 məruz E. coli EDL933 bir genom DNT təhlili. L DNA Ladder göstərir. (Basselet et al., 2008)
- təkrarlanabilir / təkrarlanan nəticələr
- müəyyən hissə uzunluğunu əldə etmək üçün dəqiq tənzimlənir
- sürətli işləmə
- ardıcıl DNT parçalanma nəticələri
- hər hansı bir nümunə həcmi üçün qurğular (məsələn, çoxlu flakonlar və ya mikroplakalar)
- yüksək ötürmə qabiliyyəti
- dəqiq temperatur nəzarəti
- sadə, istifadəçi dostu əməliyyat
Next-Gen Sequencing: Kitabxana Hazırlanması üçün Ultrasonik DNA Fraqmentasiyası
Növbəti nəsil ardıcıllığını həyata keçirmək üçün (1) kitabxana hazırlığı, (2) sıralama və (3) məlumat analizinin üç əsas addımı yerinə yetirilməlidir. Kitabxana hazırlığı zamanı DNT parçalanır, sonra parçaların ucları tək bir adenin bazası əlavə edilərək cilalanır və hədəf fraqmentlər ikiqat zəncirli DNT-yə çevrilir. Nəhayət, sözdə adapterlər ligasiya, PCR və ya etiketləmə ilə bağlanır ki, son kitabxana DNT məhsulu ardıcıllıqla ölçülsün.
Sonication istifadə edərək DNA parçalanması: Xüsusilə daha uzun DNA parçalarını asanlıqla oxuya bilməyən Illumina kimi qısa oxunan ardıcıllıq texnologiyaları, ultrasonikləşmə ilə etibarlı şəkildə əldə edilə bilən müəyyən bir ölçüyə qədər parçalanmalıdır.
Ultrasonication, DNA, RNT və xromatin parçalanması üçün etibarlı şəkildə istifadə edilə bilər.
Ultrasonik DNA parçalanması necə işləyir?
Akustik nümunə emalı olaraq da bilinən sonikasiya, DNT -ni parçalamaq üçün geniş istifadə edilən bir üsuldur. Ultrasonik DNT kəsmə üçün nümunələr nəzarət edilən vəziyyətdə ultrasəs dalğalarına məruz qalır. Ultrasonik DNT parçalanmasının iş prinsipi ultrasəs dalğalarının yaratdığı titrəmə və kavitasiyaya əsaslanır. Ultrasonik (akustik) kavitasiyadan yaranan kəsmə qüvvələri yüksək molekulyar çəkili DNT molekullarını qırır. Sıxlıq (amplituda, müddəti), pulsasiya rejimi və temperatur kimi sonikasiyanın təyin edilməsi, DNT parçalarının müəyyən bir uzunluğuna dəqiq DNT parçalanmasına imkan verir. DNT ultrasonikləşmə istifadə edərək tez -tez 100 ilə 600 bp -ə qədər azalsa da, mülayim ultrasəs şərtləri tətbiq edildikdə 1300 bp -ə qədər uzun DNT parçaları əldə edilə bilər.
ChIP zamanı ultrasəs DNT kəsmə – Kromatin immunoprecipitation
CC-BY-SA.03 altında Jkwchui-dən uyğunlaşdırılmışdır
DNT Degradasiyasını Önləmək üçün İstilik Nəzarəti
DNT-nin iki telli molekulyar forması yüksək temperaturlara çox həssasdır, belə ki, nümunə hazırlama mərhələlərində temperatur üzərində dəqiq nəzarət etibarlı analiz nəticələri üçün həlledici amildir.
Hielscher -in zond ultrasonicators, VialTweeter və ya UIP400MTP istifadə etməyinizdən asılı olmayaraq – qoşula bilən temperatur sensoru və ağıllı cihaz proqramı sayəsində davamlı temperatur monitorinqi və nəzarəti təmin edilir. İstiliyi müəyyən bir diapazonda saxlamaq üçün yuxarı və aşağı temperatur həddi təyin edə bilərsiniz. Nəticədə, ultrasonikator bu temperatur həddini aşan kimi durdurulacaq və temperatur ∆T aşağı salındıqda avtomatik olaraq sonikasiyaya davam edəcək.
Hielscher ultrasonicators -un mükəmməl proqramı ideal nümunə müalicə şəraitinin etibarlı saxlanmasını təmin edir.
UIP400MTP Multi-Well Plate Ultrasonicator ilə Kütləvi Nümunə DNA Parçalanması
Həyat elmində nümunə sayı son on ildə əhəmiyyətli dərəcədə artmışdır. Bu o deməkdir ki, müqayisə edilə bilən və etibarlı nəticələr əldə etmək üçün nümunələrin hazırlanması və təhlili zamanı ardıcıl bərabər şəraitdə çox sayda nümunə (məsələn, hər mikroplakada 384, 1536 və ya 3456 quyu) işlənməlidir. UIP400MTP ilə Hielscher Ultrasonics kütləvi nümunə emalı tendensiyasını izləyir. UIP400MTP, mikroplakalardan istifadə edərək nümunə hazırlamaq üçün bir ultrasəs cihazdır. UIP400MTP, 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 və ya 3456 quyu ilə lövhələri emal edə bilər. Mikro lövhənin növündən asılı olaraq, hər bir quyu adətən onlarla nanolitrdən bir neçə mililitrə qədər nümunə həcmi saxlaya bilir. Həyat elmi araşdırmalarında geniş istifadə olunan UIP400MTP, ELISA (fermentlə əlaqəli immunosorbent təhlili) və ya PCR kimi analizlərdən əvvəl, protein analizindən əvvəl nümunə hazırlamaq üçün, həmçinin CHiP və CHiP-seqonundan əvvəl, histon modifikasiyası üçün istifadə olunur. identifikasiya və digər analitik müalicələr (məsələn, gel elektroforezi, kütlə spektrometriyası).
10 Flakona qədər Nümunə Praparasiyası üçün VialTweeter
VialTweeter, eyni vaxtda 10 flakonun təsirli və rahat sonikasiyasına imkan verən geniş yayılmış laboratoriya ultrasonicator VialTweeter -dir. Şüşələr və sınaq boruları (məsələn, Eppendorf flakonları, krio flakonları, santrifüj borular) dolayı yolla sonikasiya edildiyindən hər hansı çarpaz çirklənmənin qarşısı alınır. Hər bir nümunəyə eyni ultrasəs intensivliyi verildiyi üçün bütün sonication nəticələri homojendir və təkrarlanır. VialTweeter, digər rəqəmsal cihazlarımız kimi bütün ağıllı xüsusiyyətləri (məsələn, ağıllı menyu, proqramlaşdırıla bilən parametrlər, temperaturun idarə edilməsi, uzaqdan idarəetmə və s.) Təklif edir ki, ən yüksək istifadəçi rahatlığı təmin edilsin.
Microwell Plitələr üçün Çox Barmaqlı Zondlar
Ultrasonik prob homogenizers UP200Ht və UP200St üçün mövcuddur, 4 və ya 8 barmaqlı çox barmaqlı problar eyni şəraitdə birdən çox nümunəni sonikasiya etmək üçün rahat bir seçimdir. Məsələn, sonotrode MTP-24-8-96, avtomatlaşdırılmış sistemlərə inteqrasiya və ya çox quyulu lövhələrdən quyuların səmərəli əl nümunəsi hazırlanması üçün ideal olan səkkiz barmaqlı bir zonddur. Çox barmaqlı sonotrode, əsasən standart bir ultrasəs sonotrod istifadə edən stəkanların və test borularının işləndiyi laboratoriyalar üçün avtomatlaşdırılmış maşınlar üçün idealdır. Çox barmaqlı və standart zondlar, bir problu ultrasonikatoru bir çox problu ultrasonik pozucuya çevirərək bir neçə dəqiqə ərzində sürətlə dəyişdirilə bilər.
DNT parçalanması üçün Hielscher Ultrasonicators
Hielscher Ultrasonics, DNT, RNT və xromatin parçalanması üçün müxtəlif ultrasəs əsaslı platformalar təqdim edir. Bu fərqli platformalara ultrasəs zondları (sonotrodlar), çoxlu borular və ya çox quyulu lövhələr (məsələn, 96 quyulu lövhələr, mikrotiter lövhələr), sonoreaktorlar və ultrasəs qabları eyni vaxtda nümunə hazırlamaq üçün dolayı sonikasiya həlləri daxildir. DNT kəsmə üçün bütün platformalar, dəqiq idarə oluna bilən və təkrarlanan nəticələr verən, tezliyi tənzimlənmiş, yüksək performanslı ultrasəs prosessorları ilə təchiz edilmişdir.
İstənilən Nümunə Sayı və Ölçü üçün Ultrasonik Prosessorlar
Hielscher-in çox nümunəli ultrasonikatorları VialTweeter (10-a qədər test borusu üçün) və UIP400MTP (mikroplakalar/ çoxlu boşqablar üçün) ilə, istədiyiniz DNT parçasının ölçüsü paylanmasını və verimini əldə edərkən, sıx və dəqiq nəzarət edilən ultrasonikləşmə sayəsində nümunə emal müddətini azaltmaq asan olur. . Ultrasonik DNA parçalanması nümunə hazırlamağı səmərəli, etibarlı və ölçeklendirilebilir edir. Daimi nəzarət edilən ultrasəs tətbiq etməklə protokollar birdən çoxsaylı nümunələrə qədər xətti miqyaslı ola bilər.
Kiçik nümunə nömrələrinin hazırlanması üçün birdən beşə qədər barmaqları olan ultrasonik aparatlar idealdır. Hielscher laboratoriya ultrasəs cihazları müxtəlif ölçülərdə mövcuddur ki, tətbiq və tələbləriniz üçün sizə ideal cihazı tövsiyə edə bilək.
dəqiq proses nəzarət
Tam sonifikasiya DNT, RNT və xromatini məhv edə biləcəyi üçün dəqiq nəzarət edilə bilən sonication parametrləri çox vacibdir, lakin qeyri -kafi ultrasəs kəsmə çox uzun DNT və xromatin parçaları ilə nəticələnir. Hielscher -in rəqəmsal ultrasonicators asanlıqla dəqiq sonication parametr üçün təyin edilə bilər. Xüsusi sonication parametrləri eyni prosedurun sürətli təkrarlanması üçün proqramlaşdırılmış bir ayar olaraq da saxlanıla bilər.
Bütün sonication avtomatik olaraq protokollaşdırılır və daxili bir SD kartda CSV faylı olaraq saxlanılır. Bu, yerinə yetirilən sınaqların dəqiq sənədləşdirilməsinə imkan verir və sonication işlərinin asanlıqla nəzərdən keçirilməsini mümkün edir.
Uzaqdan idarəetmə vasitəsi ilə bütün rəqəmsal ultrasəs cihazları istənilən standart brauzer vasitəsilə idarə oluna və izlənilə bilər. Əlavə proqram quraşdırılması tələb olunmur, çünki LAN bağlantısı çox sadə bir plug-n-play qurulmasına imkan verir.
Ultrasonik Nümunə Hazırlamada Ən Yüksək İstifadəçi Dostu
Bütün Hielscher ultrasonicators yüksək performanslı ultrasəs çatdırmaq üçün nəzərdə tutulmuşdur, eyni zamanda həmişə çox istifadəçi dostu və istifadəsi asandır. Bütün parametrlər rəngli toxunma ekranı və ya brauzerin uzaqdan idarəetmə vasitəsi ilə asanlıqla əldə edilə bilən aydın bir menyuda yaxşı qurulmuşdur. Proqramlaşdırıla bilən parametrlərə və avtomatik məlumat qeydinə malik ağıllı proqram təminatı, etibarlı və təkrarlanan nəticələr üçün optimal sonication parametrlərini təmin edir. Təmiz və istifadəsi asan menyu interfeysi Hielscher ultrasonicatorlarını istifadəçi dostu və səmərəli cihazlara çevirir.
Aşağıdakı cədvəl, DNT və RNT parçalanması, hüceyrə lizisi və zülal çıxarılması kimi nümunə hazırlama vəzifələri üçün ideal olan laboratoriya ultrasəs cihazlarımızın təxmini işləmə qabiliyyətini göstərir.
| Qurğu | Güc [W] | Tipi | Volume [ml] |
|---|---|---|---|
| UIP400MTP | 400 | mikroplakalar üçün | 6 – 3456 quyu | VialTweeter | 200 | 10 flakona qədər, üstəgəl sıxma imkanı | 0.5 – 1.5 |
| UP50H | 50 | Probe tipli | 0.01 – 250 |
| UP100H | 100 | Probe tipli | 0.01 – 500 |
| Uf200 ः t | 200 | Probe tipli | 0.1 – 1000 |
| UP200St | 200 | Probe tipli | 0.1 – 1000 |
| UP400St | 400 | Probe tipli | 5.0 – 2000 |
| Cuphorn | 200 | CupHorn, sonoreactor | 10 – 200 |
| GDmini2 | 200 | çirklənmə-pulsuz axını mobil |
Bizimlə əlaqə saxlayın! Bizdən soruşun!
Ultrasonik çox nümunəli hazırlıq bölməsi VialTweeter eyni vaxtda 10 flakonun sonikasiyasına imkan verir. Kelepçe quraşdırılmış VialPress cihazı ilə sıx sonikasiya üçün ön tərəfə 4-ə qədər əlavə boruya basmaq olar.
Sonotrode MTP-24-8-96, mikrotiter plitələrin quyularının sonikasiyası üçün səkkiz ultrasəs sondasına malikdir.
Ədəbiyyat / İstinadlar
- Poptsova, M., Il’icheva, I., Nechipurenko, D. et al. (2014): Non-random DNA fragmentation in next-generation sequencing. Scientific Reports 4, 4532; 2014.
- Basselet P., Wegrzyn G., Enfors S.-O., Gabig-Ciminska M. (2008): Sample processing for DNA chip array-based analysis of enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC). Microbial Cell Factories 7:29. 2008.
- Doublier S., Riganti Ch., Voena C., Costamagna C., Aldieri E., Pescarmona G., Ghigo D., Bosia A. (008): RhoA Silencing Reverts the Resistance to Doxorubicin in Human Colon Cancer Cells. Molecular Cancer Research 6(10), 2008.
- Fredlund E., Gidlund A., Olsen M., Börjesson T., Spliid N.H.H., Simonsson M. (2008): Method evaluation of Fusarium DNA extraction from mycelia and wheat for down-stream real-time PCR quantification and correlation to mycotoxin levels. Journal of Microbiological Methods 2008.
- Fritsche C., Sitz M., Weiland N., Breitling R., Pohl H.-D. (2007): Characterization of the growth behavior of Leishmania tarentolae – a new expression system for recombinant proteins. Journal of Basic Microbiology 47, 2007. 384–393.
- Ristola M., Arpiainen S., Saleem M. A., Mathieson P. W., Welsh G. I., Lehtonen S., Holthöfer H. (2009): Regulation of Neph3 gene in podocytes – key roles of transcription factors NF-κB and Sp1. BMC Molecular Biology 10:83, 2009.
- Rodriguez J., Vives L., Jorda M., Morales C., Munoz M., Vendrell E., Peinado M. A. (2008): Genome-wide tracking of unmethylated DNA Alu repeats in normal and cancer cells. Nucleic Acids Research Vol. 36, No. 3, 2008. 770-784.
- Weiske J. Huber O. (2006): The Histidine Triad Protein Hint1 Triggers Apoptosis Independent of Its Enzymatic Activity. The Journal of Biological chemistry. Vol. 281, No. 37, 2006. 27356–27366.
Bilmək lazımdır
Yeni Nəsil Sıralaması nədir?
Yeni nəsil ardıcıllığı, həmçinin yüksək məhsuldarlıq və ya ikinci nəsil ardıcıllığı olan Next Gen Sequencing (NGS), milyonlarla fraqmentin çox böyük (kütləvi) miqdarda DNT-nin eyni vaxtda paralel olaraq sıralandığı kütləvi paralel ardıcıllıq yanaşmasına aiddir. qaçış başına.
Növbəti nəsil ardıcıllığını həyata keçirmək üçün (1) kitabxana hazırlığı, (2) sıralama və (3) məlumat analizinin üç əsas addımı yerinə yetirilməlidir. Kitabxana hazırlığı zamanı DNT zəncirləri müəyyən uzunluqdakı DNT parçalarına bölünməlidir. Sonikasiya, DNT -ni parçalamaq üçün üstünlük verilən texnikalardan biridir.
DNT sıralama prosesi zamanı DNT -də nukleotidlərin sırası – nuklein turşusu ardıcıllığı olaraq bilinir. Nuklein turşusu ardıcıllığı dörd nukleotid əsasdan ibarətdir - adenin, sitozin, guanin, timin – məlumat üçün hansı kod.
DNT və RNT ardıcıllığı genomik araşdırmalarda, xərçəng araşdırmalarında, nadir və kompleks xəstəliklərin araşdırılmasında, mikrob araşdırmalarında, agrigenomikada və bir çox digər tədqiqat sahələrində çox istifadə edildiyindən, gələcək nəsil ardıcıllığı həyat elmində və fərdi tibbdə araşdırma aparır.
Yeni Nəsil Sıralaması vs Sanger Sıralaması
Yeni Nəsil Sıralaması (NGS) ilə birlikdə çoxlu sayda genomik nümunələri sıralamaq mümkündürsə, Sanger Sıralaması (zəncir sonlandırma metodu və ya Birinci Nəsil Sıralaması olaraq da bilinir) yalnız kiçik nümunə nömrələrini sıralamaq qabiliyyətinə malikdir. Sanger sıralaması bir anda yalnız bir DNT parçasını sıralayır və bir gündə edilə bilər. Dəqiqliyinə görə Sanger ardıcıllığı, yeni nəsil ardıcıllıqla əldə edilən nəticələri yoxlamaq üçün istifadə olunan qızıl standart texnologiya hesab olunur.
Sanger ardıcıllığı təxminən 800 bp (ümumiyyətlə zənginləşdirilməmiş DNT ilə 500-600 bp) oxu uzunluğuna çatır. Sanger ardıcıllığının daha uzun oxunma uzunluqları, xüsusən də genomun təkrarlanan bölgələrini sıralamaq baxımından digər sıralama üsullarından əhəmiyyətli üstünlüklər nümayiş etdirir. Qısa oxunan ardıcıllıq məlumatlarının çətinliyi, xüsusilə yeni genomların (de novo) sıralanması və yüksək dərəcədə yenidən qurulmuş genom seqmentlərinin sıralanmasında, adətən xərçəng genomlarında və ya struktur dəyişikliyi nümayiş etdirən xromosom bölgələrində görülən bir problemdir. [cp. Morozova və Marra, 2008]
Hielscher Ultrasonics, yüksək performanslı ultrasəs homogenizatorları istehsal edir Laboratoriya qədər sənaye ölçüsü.