Mikroplitə sonikatoru rəyçilər tərəfindən qiymətləndirilmiş proteomika tədqiqatında təsdiqlənib

Hielscher Ultrasonics bildirir ki, onun UIP400MTP ultrasəs mikroplitə sonikatoru Proteomics (2024) jurnalında dərc edilmiş, rəyçilər tərəfindən qiymətləndirilmiş müqayisəli proteomika tədqiqatında uğurla təsdiqlənib. Tədqiqat göstərir ki, mikroplitələrdə ultrasəslə nümunə hazırlanması qabaqcıl shotgun proteomikası və terminomika iş axınları ilə tam uyğun olan, təkrarlana bilən, yüksək keyfiyyətli zülal ekstraktları əldə etməyə imkan verir.

“TermineR: Shotgun proteomikası məlumatlarından endogen proteolitik emal haqqında məlumatın çıxarılması” adlı nəşr standart kütlə spektrometriyası məlumat dəstlərindən birbaşa endogen proteolizin təhlili üçün yeni bioinformatika çərçivəsi təqdim edir. Metodun təsdiqlənməsinin bir hissəsi olaraq müəlliflər geniş istifadə olunan üç toxuma homogenləşdirmə üsulunu müqayisə ediblər: kürəciklərlə mexaniki parçalama (Precellys), ultrasəs vannasında işləmə (Bioruptor) və UIP400MTP ilə mikroplitələrdə ultrasəslə işləmə.

Süni proteoliz olmadan müqayisə edilə bilən proteom əhatəsi

Müqayisəli tədqiqatın əsas məqsədlərindən biri müxtəlif ekstraksiya üsullarının endogen proteolitik emalın öyrənilməsi üçün mühüm olan yarımspesifik peptidlərin identifikasiyasına və miqdarının təyininə təsir edib-etmədiyini qiymətləndirmək idi. Nəticələr göstərir ki, UIP400MTP ilə ultrasəs ekstraksiyası tam spesifik və yarımspesifik peptidlərin sabit nisbətlərini qoruyaraq, mövcud mexaniki parçalama üsulları ilə müqayisə edilə bilən proteom əhatəsi təmin edir.
Mühüm olaraq, məlumatlar göstərir ki, mikroplitələrin yüksək güclü ultrasəslə işlənməsi zülalların süni parçalanmasına səbəb olmur və bununla terminomikada və yarımspesifik peptidlərin təhlilində geniş yayılmış bir narahatlığa aydınlıq gətirir. Bu, UIP400MTP cihazının bioloji baxımdan mənalı proteolitik əlamətləri qoruyaraq nümunələrin səmərəli parçalanmasını təmin etdiyini təsdiqləyir.

Müxtəlif ekstraksiya üsullarında yarımspesifik peptidlərin kəmiyyət nəticələrinin təkrarlana bilməsi –
Vəhşi tipli (WT, solda) və gen nokautlu (KO, sağda) nümunələr üçün müxtəlif zülal ekstraksiyası üsullarını müqayisə edən, yarımspesifik peptidlərin log2 çevrilməsinə məruz qalmış intensivliklərinin Pirson korrelyasiya istilik xəritələri. UIP400MTP ilə mikroplitələrin ultrasəslə işlənməsi, kürəciklərlə mexaniki parçalama (Precellys®) və ultrasəs vannasında işləmə (Bioruptor®) arasında yüksək korrelyasiya əmsalları (adətən ≥0,95) müşahidə olunur ki, bu da kəmiyyət nəticələrinin əla uyğunluğunu nümayiş etdirir. Bu nəticələr mikroplitələrdə ultrasəslə işləmənin peptidlərin nisbi miqdarlarını qoruduğunu və kəmiyyət proteomikası və terminomika təhlilləri ilə tam uyğun olduğunu təsdiqləyir.
Tədqiqat və qrafiklər: ©Cosenza-Contreras et al. 2024

Kəmiyyət proteomikasında yüksək təkrarlanma qabiliyyəti

Tədqiqat həmçinin müxtəlif ekstraksiya üsullarında kəmiyyət nəticələrinin yüksək təkrarlanma qabiliyyətinə malik olduğunu bildirir. Peptid intensivliklərinin Pirson korrelyasiya təhlilləri UIP400MTP ilə işlənmiş nümunələrlə kürəciklərlə mexaniki parçalama və ya ultrasəs vannasında işləmə vasitəsilə hazırlanmış nümunələr arasında güclü uyğunluq aşkar edib; korrelyasiya əmsalları adətən 0,95-dən yüksək olub.
Bu tapıntılar mikroplitələrin ultrasəslə işlənməsinin peptidlərin nisbi miqdarlarını qoruduğunu təsdiqləyir və bu üsulu diferensial proteomika, TMT əsaslı multipleksləşdirmə və dəqiq kəmiyyət müqayisələri tələb edən, xəstəliklərə yönəlmiş tədqiqatlar üçün çox uyğun edir.

Spesifikliyə və ekstraksiya üsuluna görə identifikasiya edilmiş peptid prekursorlarının sayı
Fermentativ spesifikliyə görə təsnif edilmiş (tam spesifik, C-terminal yarımspesifik və N-terminal yarımspesifik) identifikasiya edilmiş peptid prekursorlarının sayının üç zülal ekstraksiyası üsulu üzrə müqayisəsi: kürəciklərlə mexaniki parçalama (Precellys®), ultrasəs vannasında işləmə (Bioruptor®) və UIP400MTP ilə mikroplitələrin ultrasəslə işlənməsi. Vəhşi tipli (WT) və gen nokautlu (KO) siçanların böyrək nümunələrindən alınmış bioloji təkrarlar üçün məlumatlar göstərilir. Nəticələr bütün ekstraksiya üsullarında müqayisə edilə bilən proteom əhatəsini və peptid spesifikliklərinin oxşar paylanmasını nümayiş etdirir; bu da UIP400MTP ilə mikroplitələrin ultrasəslə işlənməsinin qeyri-spesifik proteolitik parçalanmanı artırmadan səmərəli zülal ekstraksiyası təmin etdiyini göstərir.
Tədqiqat və qrafiklər: ©Cosenza-Contreras et al. 2024


Yüksək nümunə emalı məhsuldarlığına malik və standartlaşdırılmış proteomika iş axınlarının təmin edilməsi

Təmassız ultrasəs enerjisinin ötürülməsini bütöv 96 yuvalı plitələrin paralel işlənməsi ilə birləşdirən UIP400MTP yüksək nümunə emalı məhsuldarlığına malik, standartlaşdırılmış və avtomatlaşdırmaya uyğun nümunə hazırlanmasını dəstəkləyir. Dərc edilmiş tədqiqatda sistem polikistik böyrək xəstəliyinin siçan modelinə tətbiq edilmiş, DIA imkanlı və TMT ilə işarələnmiş proteomika iş axınına uğurla inteqrasiya olunub.
Müəlliflər belə nəticəyə gəlirlər ki, mikroplitələrin ultrasəslə işlənməsi müasir shotgun proteomikası ilə tam uyğundur və çox əmək tələb edən biokimyəvi zənginləşdirmə mərhələlərinə ehtiyac olmadan endogen proteolizin təhlilinə imkan verir.

Elmi cəhətdən təsdiqlənmiş həllərə sadiqlik

“UIP400MTP cihazının ciddi, rəyçilər tərəfindən qiymətləndirilmiş müqayisəli tədqiqata daxil edilməsi Hielscher Ultrasonics şirkətinin elmi cəhətdən təsdiqlənmiş nümunə hazırlama texnologiyaları təqdim etməyə sadiqliyini vurğulayır”, – deyə şirkət nümayəndəsi bildirib. “Yüksək tələbləri olan proteomika iş axınlarında müstəqil təsdiqləmə etibarlı, təkrarlana bilən və miqyası artırıla bilən həllər axtaran laboratoriyalar üçün zəruridir.”
Tam tədqiqat Proteomics jurnalında açıq girişli nəşr kimi mövcuddur (DOI: 10.1002/pmic.202300491).

Çoxyuvalı plitə sonikatoru UIP400MTP haqqında məlumatı burada tapın!