Mikroplitə Sonikatoru Peer-Reviewed Proteomics Study-də Təsdiqləndi

Hielscher Ultrasonics, UIP400MTP ultrasəs mikroplitə sonikatorunun Proteomics (2024) jurnalında dərc edilmiş müqayisəli proteomika tədqiqatında uğurla təsdiqləndiyini elan edir. Tədqiqat göstərir ki, ultrasəs mikroplitə əsaslı nümunə hazırlanması qabaqcıl ov tüfəngi proteomikası və terminomika iş axınları ilə tam uyğun olan təkrarlana bilən, yüksək keyfiyyətli protein ekstraktları təmin edir.

Nəşr, “TermineR: Tüfəng proteomikası məlumatlarından endogen proteolitik emal haqqında məlumatların çıxarılması”, standart kütlə spektrometriyası məlumat dəstlərindən birbaşa endogen proteolizin təhlili üçün yeni bioinformatika çərçivəsini təqdim edir. Metodun validasiyasının bir hissəsi olaraq, müəlliflər üç geniş istifadə olunan toxuma homogenizasiya texnikasını müqayisə etdilər: muncuq döymə (Precellys), vanna sonikasiyası (Bioruptor) və UIP400MTP istifadə edərək ultrasəs mikroplitə sonikasiyası.

Süni Proteoliz Olmadan Müqayisə Edilə Bilən Proteom Örtüyü

Müqayisəli tədqiqatın əsas məqsədi endogen proteolitik emalın öyrənilməsi üçün vacib olan yarı-spesifik peptidlərin müəyyənləşdirilməsinə və miqdarına müxtəlif ekstraksiya metodlarının təsir edib-etmədiyini qiymətləndirmək idi. Nəticələr göstərir ki, UIP400MTP əsaslı ultrasəs ekstraksiyası, tam spesifik və yarı-spesifik peptidlərin ardıcıl nisbətlərini qoruyarkən, müəyyən edilmiş mexaniki pozuntu metodları ilə müqayisə edilə bilən proteom örtüyünə nail olur.
Əhəmiyyətli olan odur ki, məlumatlar göstərir ki, yüksək güclü ultrasəs mikroplitə sonikasiyası süni zülal parçalanmasına səbəb olmur və bu da terminomika və yarı-spesifik peptid analizində geniş yayılmış problemi həll edir. Bu, UIP400MTP-nin bioloji cəhətdən mənalı proteolitik imzaları qoruyarkən səmərəli nümunə parçalanması təmin etdiyini təsdiqləyir.

Ekstraksiya üsulları arasında yarı-spesifik peptidlərin kəmiyyətcə təkrarlanması –
Vəhşi tipli (WT, solda) və nokaut (KO, sağda) nümunələr üçün müxtəlif zülal ekstraksiya metodlarını müqayisə edən yarı spesifik peptidlərin log2-transformasiya olunmuş intensivliklərinin Pearson korrelyasiya istilik xəritələri. UIP400MTP ultrasəs mikroplitə sonikasiyası, muncuq döymə (Precellys®) və vanna sonikasiyası (Bioruptor®) arasında yüksək korrelyasiya əmsalları (adətən ≥0.95) müşahidə olunur ki, bu da əla kəmiyyət uyğunluğunu nümayiş etdirir. Bu nəticələr mikroplitə əsaslı ultrasəsləşmənin nisbi peptid bolluğunu qoruduğunu və kəmiyyət proteomikası və terminomikası təhlilləri ilə tam uyğun olduğunu təsdiqləyir.
Tədqiqat və qrafika: ©Cosenza-Contreras et al. 2024

Kəmiyyət Proteomikasında Yüksək Təkrarlanma

Tədqiqat, ekstraksiya metodları arasında yüksək kəmiyyət təkrarlanma qabiliyyətini daha da bildirir. Peptid intensivliyinin Pearson korrelyasiya təhlilləri, UIP400MTP ilə işlənmiş nümunələrlə muncuq döymə və ya vanna ultrasəsi ilə hazırlanmış nümunələr arasında güclü uyğunluq aşkar etdi və korrelyasiya əmsalları adətən 0,95-dən çox oldu.
Bu tapıntılar ultrasəs mikroplitəsinin sonikasiyasının nisbi peptid bolluğunu qoruduğunu təsdiqləyir və bu da onu diferensial proteomika, TMT əsaslı multipleksləşdirmə və dəqiq kəmiyyət müqayisələri tələb edən xəstəliklərə yönəlmiş tədqiqatlar üçün çox uyğun edir.

Spesifiklik və ekstraksiya metoduna görə müəyyən edilmiş peptid prekursorlarının sayı
UIP400MTP istifadə edərək üç zülal ekstraksiyası metodu: muncuq döymə (Precellys®), vanna sonikasiyası (Bioruptor®) və ultrasəs mikroplitə sonikasiyası üzrə fermentativ spesifikliyə (tam spesifik, C-terminal yarı-spesifik və N-terminal yarı-spesifik) görə təsnif edilmiş peptid prekursorlarının sayının müqayisəsi. Vəhşi tip (WT) və nokaut (KO) siçan böyrək nümunələrindən bioloji replikalar üçün məlumatlar göstərilir. Nəticələr bütün ekstraksiya metodları üzrə müqayisə edilə bilən proteom örtüyünü və peptid spesifikliyinin oxşar paylanmasını nümayiş etdirir ki, bu da UIP400MTP əsaslı mikroplitə sonikasiyasının qeyri-spesifik proteolitik parçalanmanı artırmadan səmərəli zülal ekstraksiyası təmin etdiyini göstərir.
Tədqiqat və qrafika: ©Cosenza-Contreras et al. 2024

Yüksək məhsuldarlıqlı və standartlaşdırılmış proteomika iş axınlarının aktivləşdirilməsi

UIP400MTP, təmassız ultrasəs enerjisinin çatdırılmasını bütün 96 quyulu lövhələrin paralel emalı ilə birləşdirərək, yüksək məhsuldarlıqlı, standartlaşdırılmış və avtomatlaşdırmaya uyğun nümunə hazırlığını dəstəkləyir. Dərc olunmuş tədqiqatda sistem, polikistik böyrək xəstəliyinin siçan modelinə tətbiq olunan DIA ilə dəstəklənən, TMT ilə işarələnmiş proteomika iş axınına uğurla inteqrasiya edilmişdir.
Müəlliflər mikroplitə ultrasəsinin müasir ov tüfəngi proteomikası ilə tam uyğun olduğu və əmək tələb edən biokimyəvi zənginləşdirmə addımlarına ehtiyac olmadan endogen proteolizin təhlilinə imkan verdiyi qənaətinə gəlirlər.

Elmi cəhətdən təsdiqlənmiş həllərə sadiqlik

“UIP400MTP-nin ciddi, həmyaşıdlar tərəfindən nəzərdən keçirilmiş müqayisəli tədqiqata daxil edilməsi Hielscher Ultrasonics-i vurğulayır’ elmi cəhətdən təsdiqlənmiş nümunə hazırlama texnologiyaları təmin etmək öhdəliyi,” şirkət nümayəndəsi bildirib. “Güclü, təkrarlana bilən və miqyaslana bilən həllər axtaran laboratoriyalar üçün tələbkar proteomika iş axınlarında müstəqil validasiya vacibdir.”
Tam tədqiqat Proteomics (DOI) jurnalında açıq girişli bir nəşr kimi mövcuddur: 10.1002/pmic.202300491).

UIP400MTP çox quyulu boşqab sonikatoru haqqında məlumatı burada tapa bilərsiniz!