Mikroplitalar sonikatori ekspertlar tomonidan ko'rib chiqilgan proteomika tadqiqotida tasdiqlangan

Hielscher Ultrasonics o'zining UIP400MTP ultratovushli mikroplastinka sonikatori Proteomics (2024) jurnalida chop etilgan qiyosiy proteomika tadqiqotida muvaffaqiyatli tasdiqlanganini e'lon qiladi. Tadqiqot shuni ko'rsatadiki, ultratovushli mikroplastinka asosida namuna tayyorlash ilg'or otishma proteomikasi va terminomika ish oqimlariga to'liq mos keladigan takrorlanadigan, yuqori sifatli oqsil ekstraktlarini taqdim etadi.

Nashr, “TermineR: Ot miltig'i proteomikasi ma'lumotlaridan endogen proteolitik ishlov berish haqida ma'lumot olish”, standart mass-spektrometriya ma'lumotlar to'plamlaridan to'g'ridan-to'g'ri endogen proteolizni tahlil qilish uchun yangi bioinformatika asosini taqdim etadi. Usulni tasdiqlashning bir qismi sifatida mualliflar uchta keng tarqalgan to'qima gomogenizatsiyasi texnikasini taqqosladilar: boncuklarni urish (Precellys), vanna sonikatsiyasi (Bioruptor) va UIP400MTP yordamida ultratovushli mikroplastinka sonikatsiyasi.

Sun'iy proteolizsiz taqqoslanadigan proteom qoplamasi

Qiyosiy tadqiqotning asosiy maqsadi turli xil ekstraksiya usullari endogen proteolitik ishlov berishni o'rganish uchun juda muhim bo'lgan yarim o'ziga xos peptidlarni aniqlash va miqdorini aniqlashga ta'sir qiladimi yoki yo'qligini baholash edi. Natijalar shuni ko'rsatadiki, UIP400MTP asosidagi ultratovushli ekstraksiya to'liq o'ziga xos va yarim o'ziga xos peptidlarning izchil nisbatlarini saqlab qolish bilan birga, o'rnatilgan mexanik buzilish usullariga o'xshash proteom qoplamasiga erishadi.
Muhimi, ma'lumotlar shuni ko'rsatadiki, yuqori quvvatli ultratovushli mikroplastinka sonikatsiyasi sun'iy oqsil parchalanishini joriy etmaydi, bu terminomika va yarim o'ziga xos peptid tahlilidagi keng tarqalgan muammoni hal qiladi. Bu UIP400MTP biologik jihatdan mazmunli proteolitik imzolarni saqlab qolish bilan birga samarali namunaviy parchalanishni ta'minlayotganini tasdiqlaydi.

Ekstraksiya usullari bo'yicha yarim o'ziga xos peptidlarning miqdoriy takrorlanishi –
Yovvoyi tipdagi (WT, chapda) va nokaut (KO, o'ngda) namunalar uchun turli xil oqsil ekstraksiya usullarini taqqoslaydigan yarim o'ziga xos peptidlarning log2-o'zgartirilgan intensivliklarining Pearson korrelyatsiya issiqlik xaritalari. UIP400MTP ultratovushli mikroplastinka sonikatsiyasi, munchoqni urish (Precellys®) va vanna sonikatsiyasi (Bioruptor®) o'rtasida yuqori korrelyatsiya koeffitsientlari (odatda ≥0,95) kuzatiladi, bu esa ajoyib miqdoriy kelishuvni namoyish etadi. Ushbu natijalar mikroplastinka asosidagi ultratovush tekshiruvi nisbiy peptid miqdorini saqlab qolishini va miqdoriy proteomika va terminomika tahlillari bilan to'liq mos kelishini tasdiqlaydi.
Tadqiqot va grafika: ©Cosenza-Contreras va boshqalar. 2024 yil

Miqdoriy proteomikada yuqori takrorlanuvchanlik

Tadqiqot shuningdek, ekstraksiya usullari bo'yicha yuqori miqdoriy takrorlanuvchanlikni ko'rsatadi. Peptid intensivligining Pearson korrelyatsiya tahlillari UIP400MTP bilan ishlov berilgan namunalar va munchoqni urish yoki vanna sonikatsiyasi yordamida tayyorlangan namunalar o'rtasida kuchli moslikni aniqladi, korrelyatsiya koeffitsientlari odatda 0,95 dan oshadi.
Ushbu topilmalar ultratovushli mikroplitalar sonikatsiyasi nisbiy peptid miqdorini saqlab qolishini tasdiqlaydi, bu esa uni differentsial proteomika, TMT asosidagi multiplekslash va aniq miqdoriy taqqoslashni talab qiladigan kasalliklarga yo'naltirilgan tadqiqotlar uchun juda mos qiladi.

Spesifiklik va ekstraksiya usuli bo'yicha aniqlangan peptid prekursorlari soni
UIP400MTP yordamida uchta oqsil ekstraksiya usuli bo'yicha fermentativ o'ziga xoslik (to'liq o'ziga xos, C-terminal yarim o'ziga xos va N-terminal yarim o'ziga xos) bo'yicha tasniflangan aniqlangan peptid prekursorlari sonini taqqoslash: munchoqni urish (Precellys®), vanna sonikatsiyasi (Bioruptor®) va ultratovushli mikroplastinka sonikatsiyasi. Yovvoyi tipdagi (WT) va nokautli (KO) sichqoncha buyrak namunalaridan olingan biologik replikalar uchun ma'lumotlar ko'rsatilgan. Natijalar barcha ekstraksiya usullari bo'yicha taqqoslanadigan proteom qoplamasini va peptid o'ziga xosliklarining o'xshash taqsimotini ko'rsatadi, bu UIP400MTP asosidagi mikroplastinka sonikatsiyasi o'ziga xos bo'lmagan proteolitik bo'linishni oshirmasdan samarali oqsil ekstraksiyasini ta'minlashini ko'rsatadi.
Tadqiqot va grafika: ©Cosenza-Contreras va boshqalar. 2024 yil

Yuqori o'tkazuvchanlik va standartlashtirilgan proteomika ish oqimlarini yoqish

Kontaktsiz ultratovush energiyasini yetkazib berishni butun 96 quduqli plastinkalarni parallel qayta ishlash bilan birlashtirish orqali UIP400MTP yuqori o'tkazuvchanlikdagi, standartlashtirilgan va avtomatlashtirishga mos keladigan namunalarni tayyorlashni qo'llab-quvvatlaydi. Nashr qilingan tadqiqotda tizim polikistik buyrak kasalligining sichqoncha modeliga qo'llaniladigan DIA-yoqilgan, TMT-yorliqli proteomika ish jarayoniga muvaffaqiyatli integratsiya qilindi.
Mualliflar mikroplastinka ultratovush tekshiruvi zamonaviy miltiq proteomikasi bilan to'liq mos keladi va mehnat talab qiladigan biokimyoviy boyitish bosqichlariga ehtiyoj sezmasdan endogen proteolizni tahlil qilish imkonini beradi degan xulosaga kelishdi.

Ilmiy jihatdan tasdiqlangan yechimlarga sodiqlik

“UIP400MTP ning qat'iy, ekspertlar tomonidan ko'rib chiqilgan qiyosiy tadqiqotga kiritilishi Hielscher Ultrasonics ni ta'kidlaydi’ ilmiy jihatdan tasdiqlangan namunalarni tayyorlash texnologiyalarini taqdim etishga sodiqlik,” dedi kompaniya vakili. “Proteomikaning talabchan ish oqimlarida mustaqil tasdiqlash mustahkam, takrorlanadigan va kengaytiriladigan yechimlarni izlayotgan laboratoriyalar uchun juda muhimdir.”
To'liq tadqiqot Proteomics (DOI) da ochiq kirish huquqiga ega nashr sifatida mavjud. 10.1002/pmic.202300491).

UIP400MTP ko'p quduqli plastinka sonikatori haqida ma'lumotni bu erda toping!