Mikroplastinka sonikatori ekspertlar taqrizidan oʻtgan proteomika tadqiqotida tasdiqlandi

Hielscher Ultrasonics oʻzining UIP400MTP ultratovushli mikroplastinka sonikatori Proteomics (2024) jurnalida chop etilgan, ekspertlar taqrizidan oʻtgan qiyosiy proteomika tadqiqotida muvaffaqiyatli tasdiqlanganini eʼlon qiladi. Tadqiqot mikroplastinkalar asosida namunalarni ultratovush bilan tayyorlash ilgʻor shotgun proteomikasi va terminomika ish jarayonlariga toʻliq mos keladigan, takrorlanuvchan natija beruvchi yuqori sifatli oqsil ekstraktlarini olish imkonini berishini koʻrsatadi.

«TermineR: Shotgun proteomikasi maʼlumotlaridan endogen proteolitik qayta ishlanish haqidagi axborotni ajratib olish» nomli maqola standart mass-spektrometriya maʼlumotlar toʻplamlaridan bevosita endogen proteolizni tahlil qilish uchun yangi bioinformatik tizimni taqdim etadi. Usulni tasdiqlash doirasida mualliflar toʻqimalarni gomogenizatsiya qilishning keng qoʻllaniladigan uchta usulini taqqosladilar: sharchalar bilan parchalash (Precellys), vannada ultratovush bilan ishlov berish (Bioruptor) va UIP400MTP yordamida mikroplastinkada ultratovush bilan ishlov berish.

Sunʼiy proteolizsiz taqqoslanadigan darajadagi proteom qamrovi

Qiyosiy tadqiqotning asosiy maqsadlaridan biri turli ekstraksiya usullari endogen proteolitik qayta ishlanishni oʻrganish uchun muhim boʻlgan yarim spetsifik peptidlarni aniqlash va ularning miqdorini oʻlchashga taʼsir qilish-qilmasligini baholash edi. Natijalar UIP400MTP asosida ultratovushli ekstraksiya qilish toʻliq spetsifik va yarim spetsifik peptidlarning barqaror nisbatlarini saqlagan holda, amalda qaror topgan mexanik parchalash usullari bilan taqqoslanadigan proteom qamroviga erishishini koʻrsatadi.
Muhimi, maʼlumotlar mikroplastinkada yuqori quvvatli ultratovush bilan ishlov berish oqsillarning sunʼiy parchalanishiga sabab boʻlmasligini koʻrsatib, terminomika va yarim spetsifik peptidlar tahlilida keng tarqalgan xavotirga javob beradi. Bu UIP400MTP biologik jihatdan mazmunli proteolitik belgilarni saqlagan holda namunalarni samarali parchalashini tasdiqlaydi.

Turli ekstraksiya usullarida yarim spetsifik peptidlarning miqdoriy natijalari takrorlanuvchanligi –
Yovvoyi tipdagi (WT, chapda) va gen nokaut qilingan (KO, oʻngda) namunalar uchun turli oqsil ekstraksiyasi usullarini taqqoslovchi, yarim spetsifik peptidlarning log2 oʻzgartirish qoʻllangan intensivliklari boʻyicha Pearson korrelyatsiyasi issiqlik xaritalari. UIP400MTP yordamida mikroplastinkada ultratovush bilan ishlov berish, sharchalar bilan parchalash (Precellys®) va vannada ultratovush bilan ishlov berish (Bioruptor®) oʻrtasida yuqori korrelyatsiya koeffitsiyentlari (odatda ≥0,95) kuzatiladi va bu miqdoriy natijalarning aʼlo darajada mos kelishini koʻrsatadi. Ushbu natijalar mikroplastinka asosida ultratovush bilan ishlov berish peptidlarning nisbiy miqdorlarini saqlashini hamda miqdoriy proteomika va terminomika tahlillariga toʻliq mos kelishini tasdiqlaydi.
Tadqiqot va grafikalar: ©Cosenza-Contreras et al. 2024

Miqdoriy proteomikada yuqori takrorlanuvchanlik

Tadqiqotda, shuningdek, turli ekstraksiya usullarida miqdoriy natijalarning yuqori takrorlanuvchanligi qayd etilgan. Peptid intensivliklarining Pearson korrelyatsiyasi tahlillari UIP400MTP bilan ishlov berilgan namunalar va sharchalar bilan parchalash yoki vannada ultratovush bilan ishlov berish orqali tayyorlangan namunalar oʻrtasida kuchli moslikni koʻrsatdi; korrelyatsiya koeffitsiyentlari odatda 0,95 dan yuqori boʻldi.
Ushbu topilmalar mikroplastinkada ultratovush bilan ishlov berish peptidlarning nisbiy miqdorlarini saqlashini tasdiqlaydi va shu sababli bu usul differensial proteomika, TMT asosidagi multiplekslash hamda aniq miqdoriy taqqoslashlarni talab qiladigan, kasalliklarga yoʻnaltirilgan tadqiqotlar uchun juda mos keladi.

Spetsifiklik va ekstraksiya usuli boʻyicha aniqlangan peptid prekursorlari soni
Fermentativ spetsifiklik boʻyicha tasniflangan (toʻliq spetsifik, C-terminal yarim spetsifik va N-terminal yarim spetsifik) aniqlangan peptid prekursorlari sonining uchta oqsil ekstraksiyasi usuli boʻyicha taqqoslanishi: sharchalar bilan parchalash (Precellys®), vannada ultratovush bilan ishlov berish (Bioruptor®) va UIP400MTP yordamida mikroplastinkada ultratovush bilan ishlov berish. Yovvoyi tipdagi (WT) va gen nokaut qilingan (KO) sichqonlarning buyrak namunalaridan olingan biologik takrorlar uchun maʼlumotlar koʻrsatilgan. Natijalar barcha ekstraksiya usullarida proteom qamrovi taqqoslanadigan darajada ekanini va peptidlar spetsifikligining taqsimotlari oʻxshashligini koʻrsatadi; bu UIP400MTP asosida mikroplastinkada ultratovush bilan ishlov berish nospetsifik proteolitik parchalanishni oshirmasdan samarali oqsil ekstraksiyasini taʼminlashidan dalolat beradi.
Tadqiqot va grafikalar: ©Cosenza-Contreras et al. 2024


Yuqori unumdorlikdagi va standartlashtirilgan proteomika ish jarayonlarini amalga oshirish imkoniyati

Ultratovush energiyasini kontaktsiz uzatishni butun 96 uyachali plastinkalarga parallel ishlov berish bilan birlashtirib, UIP400MTP yuqori unumdorlikdagi, standartlashtirilgan va avtomatlashtirishga mos namuna tayyorlashni qoʻllab-quvvatlaydi. Chop etilgan tadqiqotda tizim buyrak polikistozi kasalligining sichqon modeliga qoʻllanilgan, DIA imkoniyatiga ega va TMT bilan belgilangan proteomika ish jarayoniga muvaffaqiyatli integratsiya qilindi.
Mualliflar mikroplastinkada ultratovush bilan ishlov berish zamonaviy shotgun proteomikasiga toʻliq mos keladi va koʻp mehnat talab qiladigan biokimyoviy boyitish bosqichlarisiz endogen proteolizni tahlil qilish imkonini beradi, degan xulosaga keladilar.

Ilmiy tasdiqlangan yechimlarni taqdim etishga sodiqlik

«UIP400MTP ning puxta oʻtkazilgan, ekspertlar taqrizidan oʻtgan qiyosiy tadqiqotga kiritilishi Hielscher Ultrasonics kompaniyasining ilmiy tasdiqlangan namuna tayyorlash texnologiyalarini taqdim etishga sodiqligini taʼkidlaydi», dedi kompaniya vakili. «Yuqori talablar qoʻyiladigan proteomika ish jarayonlarida mustaqil tasdiqlash ishonchli, takrorlanuvchan va koʻlamini kengaytirish mumkin boʻlgan yechimlarni izlayotgan laboratoriyalar uchun zarurdir.»
Tadqiqotning toʻliq matni Proteomics jurnalida ochiq foydalanish mumkin boʻlgan nashr sifatida mavjud (DOI: 10.1002/pmic.202300491).

Koʻp uyachali plastinkalar uchun UIP400MTP sonikatori haqida maʼlumotni shu yerdan toping!