Стрижка хроматину: висока пропускна здатність і безконтактна точність
Зрізання хроматину є критично важливим кроком у багатьох робочих процесах молекулярної біології, що дозволяє фрагментувати хроматин на точні розміри для таких застосувань, як ChIP і NGS. Багатолунковий пластинчастий сонник UIP400MTP революціонізує цей процес завдяки своїй високопродуктивній, безконтактній технології, пропонуючи неперевершену ефективність, відтворюваність і цілісність зразка. У цій статті досліджується, як UIP400MTP спрощує та покращує зрізання хроматину, відповідаючи вимогам сучасних досліджень.
Стрижка хроматину в науках про життя
Стрижка хроматину, процес фрагментації хроматину на керовані розміри, є важливим кроком у молекулярній біології, особливо для досліджень епігенетики, імунопреципітації хроматину (ChIP) та секвенування наступного покоління (NGS). Ця методика використовується для виділення комплексів ДНК-білок, вивчення модифікацій гістонів та ідентифікації ДНК-зв'язуючих білків. Досягнення стабільної та відтворюваної фрагментації хроматину має вирішальне значення для отримання високоякісних даних, і це значною мірою залежить від обладнання та методів, що використовуються під час процесу стрижки.
Традиційні методи стрижки хроматину часто пов'язані з такими проблемами, як забруднення зразка, варіативні результати та неефективність часу. У міру масштабування досліджень, особливо в умовах високої продуктивності, зростає попит на інноваційні рішення, які забезпечують стабільні результати на кількох зразках. Багатолунковий пластинчастий сонікатор UIP400MTP пропонує вдосконалений, високопродуктивний і безконтактний підхід, встановлюючи новий стандарт у стрижці хроматину.
Обтічне різання хроматину за допомогою пластинчастого сонікатора Mutli-Well UIP400MTP
Високопродуктивний ультразвуковий UIP400MTP виділяється серед технік стрижки хроматину, перевершуючи традиційні методи, такі як ферментативне травлення та механічне зрізання. Поєднуючи високу ефективність пропускної здатності з безконтактним ультразвуковим випромінюванням, він забезпечує чудову відтворюваність, швидкість і цілісність зразка, що робить його кращим вибором для сучасних дослідницьких робочих процесів.
- Висока ефективність
Здатність UIP400MTP обробляти кілька зразків одночасно економить значний час і зусилля. Це усуває потребу в повторюваній ручній обробці зразків, дозволяючи дослідникам зосередитися на подальших аналізах і підвищенні загальної продуктивності. - Безконтактна ультразвукова діагностика для цілісності зразка
Безконтактне ультразвукове дослідження не тільки захищає зразки від забруднення, але і мінімізує ризик механічного зносу обладнання. Це гарантує, що чутливі біологічні зразки обробляються в контрольованому та стерильному середовищі. - Рівномірна фрагментація
Відтворюваність є наріжним каменем надійних досліджень. UIP400MTP гарантує, що кожна лунка отримує ідентичне ультразвукове опромінення, що дає рівномірні фрагменти хроматину. Ця одноманітність має вирішальне значення для таких експериментів, як ChIP і NGS, де узгодженість у підготовці зразків безпосередньо впливає на якість даних. - Масштабованість і гнучкість
T UIP400MTP підходить як для невеликих за обсягом експериментів, так і для масштабних досліджень. Дослідники можуть легко налаштувати систему для різних обсягів зразків, що робить її універсальним інструментом для різних застосувань. - Зниження ризику перехресного зараження
Традиційні методи, які передбачають прямий контакт, такі як ультразвукова діагностика зонда, несуть ризик забруднення від зразка до зразка. Безконтактний підхід UIP400MTP усуває цей ризик, що робить його особливо придатним для чутливих застосувань, таких як епігенетичні дослідження.
Застосування стрижки хроматину за допомогою UIP400MTP
UIP400MTP ідеально підходить для:
- Імунопреципітація хроматину (ChIP): Точне зрізання хроматину забезпечує оптимальне зв'язування антитіл зі специфічними ДНК-білковими комплексами.
- Секвенування наступного покоління (NGS): Рівномірна фрагментація ДНК має вирішальне значення для секвенування підготовки бібліотеки, забезпечення високої якості зчитування.
- Дослідження модифікації гістонів: Послідовне отримання хроматину дозволяє дослідникам аналізувати взаємодію гістонів і ДНК з високою точністю.
- Епігенетичні дослідження: UIP400MTP підтримує дослідження закономірностей метилювання ДНК та інших епігенетичних модифікацій за допомогою відтворюваної обробки зразків.
Високоефективні ультразвукові апарати
- високий ККД
- Найсучасніші технології
- надійність & Надійності
- Регульований, точний контроль процесу
- Пакетний & Вбудовані
- на будь-який обсяг
- Інтелектуальне програмне забезпечення
- інтелектуальні функції (наприклад, програмовані, протоколювання даних, дистанційне керування)
- Простота і безпека в експлуатації
- низькі експлуатаційні витрати
- CIP (прибирання на місці)
Проектування, виробництво та консалтинг – Якість зроблено в Німеччині
Ультразвукові апарати Hielscher добре відомі своїми найвищими стандартами якості та дизайну. Надійність і простота експлуатації дозволяють плавно інтегрувати наші ультразвукові апарати в промислові об'єкти. З важкими умовами та вимогливими умовами легко справляються ультразвукові апарати Hielscher.
Hielscher Ultrasonics є сертифікованою компанією ISO і приділяє особливу увагу високопродуктивним ультразвуковим апаратам, які відрізняються найсучаснішими технологіями та зручністю для використання. Звичайно, ультразвукові апарати Hielscher відповідають вимогам CE та відповідають вимогам UL, CSA та RoHs.
Наведена нижче таблиця дає уявлення про приблизну потужність обробки наших ультразвукових апаратів лабораторного розміру:
| Рекомендовані пристрої | Об'єм партії | Витрата |
|---|---|---|
| UIP400MTP 96-лунковий пластинчастий звуковий апарат | Багатолункові / мікротитрові пластини | Н.А. |
| Ультразвуковий CupHorn | CupHorn для флаконів або мензурки | Н.А. |
| GDmini2 | Ультразвуковий мікропотоковий реактор | Н.А. |
| VialTweeter | 0від .5 до 1.5 мл | Н.А. |
| UP100H | Від 1 до 500 мл | Від 10 до 200 мл/хв |
| UP200Ht, UP200St | Від 10 до 1000 мл | Від 20 до 200 мл/хв |
| UP400St | Від 10 до 2000 мл | Від 20 до 400 мл/хв |
| Ультразвуковий шейкер для сита | Н.А. | Н.А. |
Література / Список літератури
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Поширені запитання
Що таке фрагментація хроматину?
Фрагментація хроматину — це процес розщеплення хроматину, комплексу ДНК і білків, на менші, керовані фрагменти. Це досягається для полегшення вивчення взаємодії ДНК і білка, модифікації гістонів або доступності ДНК у програмах молекулярної біології, таких як імунопреципітація хроматину (ChIP) та секвенування наступного покоління (NGS). Процес гарантує, що хроматин фрагментується до певного діапазону розмірів, як правило, за допомогою фізичних методів, таких як ультразвукова діагностика або ферментативне травлення, зберігаючи при цьому цілісність комплексів ДНК-білок для подальшого аналізу.
Що таке зшивання хроматину?
Зшивання хроматину — це біохімічний процес, який використовується для стабілізації взаємодії між ДНК і білками або іншими хроматин-асоційованими молекулами. Він передбачає використання зшиваючих агентів, таких як формальдегід, для створення ковалентних зв'язків між взаємодіючими молекулами, ефективно “Заморожування” їх взаємодія на місці. Цей метод широко використовується в імунопреципітації хроматину (ChIP) та пов'язаних з ним аналізах для збереження нативної структури хроматину та полегшення ідентифікації ДНК-білкових або білково-білкових взаємодій під час подальшого аналізу.
Що спричиняє ущільнення хроматину?
Ущільнення хроматину в основному спричинене взаємодією між гістонами та ДНК, а також складанням вищого порядку, опосередкованим лінкерними гістонами (наприклад, H1), хроматин-асоційованими білками та епігенетичними модифікаціями, такими як метилювання або деацетилювання гістонів. Ці фактори сприяють більш щільному пакуванню нуклеосом, зменшуючи доступ до ДНК. Клітинні умови, такі як концентрація іонів, і такі процеси, як поділ клітин або замовчування генів, також сприяють ущільненню хроматину.
Hielscher Ultrasonics виробляє високоефективні ультразвукові гомогенізатори з Лабораторії до промислові розміри.




