Фрагментація хроматину: висока продуктивність і безконтактна точність
Фрагментація хроматину є критично важливим етапом багатьох робочих процесів у молекулярній біології, що дає змогу отримувати фрагменти хроматину точно заданих розмірів для таких застосувань, як ChIP і NGS. Ультразвуковий пристрій UIP400MTP для багатолункових планшетів докорінно змінює цей процес завдяки високопродуктивній безконтактній технології, забезпечуючи неперевершені ефективність, відтворюваність і цілісність зразків. У цій статті розглянуто, як UIP400MTP спрощує та вдосконалює фрагментацію хроматину, відповідаючи вимогам сучасних досліджень.
Фрагментація хроматину в науках про життя
Фрагментація хроматину – процес поділу хроматину на фрагменти розмірів, зручних для подальшої роботи, – є невід’ємним етапом у молекулярній біології, особливо в епігенетичних дослідженнях, імунопреципітації хроматину (ChIP) та секвенуванні нового покоління (NGS). Цей метод використовують для виділення комплексів ДНК–білок, вивчення модифікацій гістонів та ідентифікації ДНК-зв’язувальних білків. Досягнення стабільної та відтворюваної фрагментації хроматину є критично важливим для отримання високоякісних даних і значною мірою залежить від обладнання та методів, які застосовують під час фрагментації.
Традиційні методи фрагментації хроматину часто пов’язані з такими труднощами, як забруднення зразків, мінливість результатів і неефективне використання часу. Зі збільшенням масштабів досліджень, особливо в умовах високопродуктивної обробки, зростає попит на інноваційні рішення, що забезпечують стабільні результати для багатьох зразків. Ультразвуковий пристрій UIP400MTP для багатолункових планшетів пропонує передовий, високопродуктивний і безконтактний підхід, встановлюючи новий стандарт фрагментації хроматину.
Спростіть фрагментацію хроматину за допомогою ультразвукового пристрою UIP400MTP для багатолункових планшетів
Високопродуктивний ультразвуковий пристрій UIP400MTP вирізняється серед засобів фрагментації хроматину, перевершуючи традиційні методи, як-от ферментативне розщеплення та механічна фрагментація. Поєднуючи ефективність високопродуктивної обробки з безконтактною ультразвуковою обробкою, він забезпечує кращу відтворюваність, вищу швидкість і краще збереження цілісності зразків, що робить його пріоритетним вибором для сучасних дослідницьких робочих процесів.
- Ефективність високопродуктивної обробки
Здатність UIP400MTP одночасно обробляти багато зразків дає змогу значно заощаджувати час і зусилля. Він усуває потребу в повторюваних ручних маніпуляціях зі зразками, даючи дослідникам змогу зосередитися на подальших аналізах і підвищуючи загальну продуктивність. - Безконтактна ультразвукова обробка для збереження цілісності зразків
Безконтактна ультразвукова обробка не лише захищає зразки від забруднення, а й мінімізує ризик механічного зношування обладнання. Це забезпечує обробку чутливих біологічних зразків у контрольованому та стерильному середовищі. - Рівномірна фрагментація
Відтворюваність є наріжним каменем надійних досліджень. UIP400MTP забезпечує однаковий ультразвуковий вплив на кожну лунку, що дає змогу отримувати рівномірні фрагменти хроматину. Така рівномірність є критично важливою для експериментів на кшталт ChIP і NGS, у яких сталість підготовки зразків безпосередньо впливає на якість даних. - Масштабованість і гнучкість
UIP400MTP підходить як для невеликих експериментів, так і для масштабних досліджень. Дослідники можуть легко налаштовувати систему для різних об’ємів зразків, що робить її універсальним інструментом для різноманітних застосувань. - Знижений ризик перехресного забруднення
Традиційні методи, що передбачають безпосередній контакт, як-от ультразвукова обробка зондом, пов’язані з ризиком перенесення забруднень між зразками. Безконтактний підхід UIP400MTP усуває цей ризик, що робить його особливо придатним для чутливих застосувань, як-от епігенетичні дослідження.
Застосування UIP400MTP для фрагментації хроматину
UIP400MTP ідеально підходить для:
- Імунопреципітації хроматину (ChIP): Точна фрагментація хроматину забезпечує оптимальне зв’язування антитіл зі специфічними комплексами ДНК–білок.
- Секвенування нового покоління (NGS): Рівномірна фрагментація ДНК є критично важливою для підготовки бібліотек для секвенування та забезпечує високоякісні прочитання.
- Досліджень модифікацій гістонів: Стабільна підготовка хроматину дає дослідникам змогу аналізувати взаємодії гістонів із ДНК з високою точністю.
- Епігенетичних досліджень: UIP400MTP сприяє вивченню профілів метилювання ДНК та інших епігенетичних модифікацій завдяки відтворюваній обробці зразків.
Високопродуктивні ультразвукові пристрої
- висока ефективність
- найсучасніша технологія
- надійність і міцність
- регульоване, точне керування процесом
- періодична обробка та обробка в потоці
- для будь-якого об’єму
- інтелектуальне програмне забезпечення
- інтелектуальні функції (наприклад, можливість програмування, протоколювання даних, дистанційне керування)
- простота та безпека експлуатації
- мінімальне технічне обслуговування
- CIP (очищення без розбирання)
Проєктування, виробництво та консультування – якість, створена в Німеччині
Ультразвукові пристрої Hielscher добре відомі завдяки найвищим стандартам якості та проєктування. Міцність і простота експлуатації забезпечують безперешкодну інтеграцію наших ультразвукових пристроїв у промислові об’єкти. Ультразвукові пристрої Hielscher легко справляються з важкими умовами та вимогливими середовищами експлуатації.
Hielscher Ultrasonics – компанія, сертифікована за ISO, яка приділяє особливу увагу високопродуктивним ультразвуковим пристроям, що поєднують найсучаснішу технологію та зручність користування. Звісно, ультразвукові пристрої Hielscher відповідають вимогам CE, а також вимогам UL, CSA та RoHs.
Наведена нижче таблиця дає уявлення про приблизну продуктивність наших лабораторних ультразвукових пристроїв:
| Рекомендовані пристрої | Об’єм партії | Об’ємна витрата |
|---|---|---|
| Ультразвуковий пристрій UIP400MTP для 96-лункових планшетів | багатолункові / мікротитраційні планшети | n.a. |
| Ультразвуковий CupHorn | CupHorn для флаконів або хімічного стакана | n.a. |
| GDmini2 | ультразвуковий мікропроточний реактор | n.a. |
| VialTweeter | від 0,5 до 1,5mL | n.a. |
| UP100H | від 1 до 500mL | від 10 до 200mL/min |
| UP200Ht, UP200St | від 10 до 1000mL | від 20 до 200mL/min |
| UP400St | від 10 до 2000mL | від 20 до 400mL/min |
| Ультразвуковий струшувач сит | n.a. | n.a. |
Література / джерела
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Поширені запитання
Що таке фрагментація хроматину?
Фрагментація хроматину – це процес поділу хроматину, комплексу ДНК і білків, на менші фрагменти, зручні для подальшої роботи. Її проводять, щоб полегшити вивчення взаємодій ДНК із білками, модифікацій гістонів або доступності ДНК у таких молекулярно-біологічних застосуваннях, як імунопреципітація хроматину (ChIP) та секвенування нового покоління (NGS). Цей процес забезпечує фрагментацію хроматину до певного діапазону розмірів, зазвичай за допомогою фізичних методів, як-от ультразвукова обробка або ферментативне розщеплення, зі збереженням цілісності комплексів ДНК–білок для подальшого аналізу.
Що таке поперечне зшивання хроматину?
Поперечне зшивання хроматину – це біохімічний процес, який використовують для стабілізації взаємодій між ДНК і білками або іншими молекулами, пов’язаними з хроматином. Він передбачає застосування зшивальних агентів, як-от формальдегід, для створення ковалентних зв’язків між молекулами, що взаємодіють, фактично «заморожуючи» їхні взаємодії. Цей метод широко застосовують в імунопреципітації хроматину (ChIP) та споріднених аналізах для збереження нативної структури хроматину й полегшення ідентифікації взаємодій ДНК–білок або білок–білок під час подальшого аналізу.
Що спричиняє компактизацію хроматину?
Компактизація хроматину зумовлена насамперед взаємодіями між гістонами та ДНК, а також згортанням у структури вищого порядку, опосередкованим лінкерними гістонами (як-от H1), білками, пов’язаними з хроматином, та епігенетичними модифікаціями, такими як метилювання або деацетилювання гістонів. Ці чинники сприяють щільнішому пакуванню нуклеосом, зменшуючи доступність ДНК. Умови в клітині, як-от концентрації іонів, і такі процеси, як поділ клітин або пригнічення експресії генів, також сприяють компактизації хроматину.
Hielscher Ultrasonics виробляє високопродуктивні ультразвукові гомогенізатори від лабораторних до промислових розмірів.


