Hromatīna bīde: augstas caurlaidspējas un bezkontakta precizitāte
Hromatīna nobīde ir kritisks solis daudzās molekulārās bioloģijas darbplūsmās, kas ļauj hromatīnu sadalīt precīzos izmēros tādiem lietojumiem kā ChIP un NGS. UIP400MTP vairāku urbumu plāksnes sonikators revolucionizē šo procesu ar savu augstas caurlaidspējas, bezkontakta tehnoloģiju, piedāvājot nepārspējamu efektivitāti, reproducējamību un parauga integritāti. Šajā rakstā aplūkots, kā UIP400MTP vienkāršo un uzlabo hromatīna bīdīšanu, apmierinot mūsdienu pētījumu prasības.
Hromatīna nobīde zinātnēs par dzīvību
Hromatīna nobīde, hromatīna sadalīšanas process pārvaldāmos izmēros, ir būtisks solis molekulārajā bioloģijā, jo īpaši epiģenētikas pētījumos, hromatīna imūnprecipitācijā (ChIP) un nākamās paaudzes sekvencēšanā (NGS). Šo metodi izmanto, lai izolētu DNS proteīnu kompleksus, pētītu histonu modifikācijas un identificētu DNS saistošos proteīnus. Lai iegūtu augstas kvalitātes datus, ir ļoti svarīgi panākt konsekventu un reproducējamu hromatīna fragmentāciju, un tas lielā mērā ir atkarīgs no bīdes procesā izmantotajām iekārtām un metodēm.
Tradicionālās hromatīna nobīdes metodes bieži rada tādas problēmas kā paraugu piesārņojums, mainīgi rezultāti un laika neefektivitāte. Pētniecībai paplašinoties, jo īpaši augstas caurlaidspējas apstākļos, pieaug pieprasījums pēc inovatīviem risinājumiem, kas nodrošina konsekventus rezultātus vairākos paraugos. UIP400MTP Multi-Well Plate Sonicator piedāvā uzlabotu, augstas caurlaidspējas un bezkontakta pieeju, nosakot jaunu hromatīna bīdes standartu.
Racionalizējiet hromatīna nobīdi ar Mutli-Well Plate Sonicator UIP400MTP
Augstas caurlaidspējas ultraskaņas UIP400MTP izceļas starp hromatīna bīdes metodēm, pārsniedzot tradicionālās metodes, piemēram, fermentatīvo gremošanu un mehānisko nobīdi. Apvienojot augstas caurlaidspējas efektivitāti ar bezkontakta ultraskaņu, tas piedāvā izcilu reproducējamību, ātrumu un parauga integritāti, padarot to par vēlamo izvēli mūsdienu pētniecības darbplūsmām.
- Augstas caurlaidspējas efektivitāte
UIP400MTP spēja vienlaikus apstrādāt vairākus paraugus ietaupa ievērojamu laiku un pūles. Tas novērš nepieciešamību pēc atkārtotas, manuālas paraugu apstrādes, ļaujot pētniekiem koncentrēties uz pakārtotajām analīzēm un palielinot vispārējo produktivitāti. - Bezkontakta ultraskaņas apstrāde parauga integritātei
Bezkontakta ultraskaņas apstrāde ne tikai aizsargā paraugus no piesārņojuma, bet arī samazina iekārtas mehāniskā nodiluma risku. Tas nodrošina, ka jutīgi bioloģiskie paraugi tiek apstrādāti kontrolētā un sterilā vidē. - Vienota sadrumstalotība
Reproducējamība ir uzticamu pētījumu stūrakmens. UIP400MTP nodrošina, ka katrs urbums saņem identisku ultraskaņas iedarbību, iegūstot vienādus hromatīna fragmentus. Šī vienveidība ir būtiska tādos eksperimentos kā ChIP un NGS, kur paraugu sagatavošanas konsekvence tieši ietekmē datu kvalitāti. - Mērogojamība un elastība
UIP400MTP ir piemērots gan neliela mēroga eksperimentiem, gan liela mēroga pētījumiem. Pētnieki var viegli pielāgot sistēmu dažādiem paraugu apjomiem, padarot to par daudzpusīgu rīku dažādiem lietojumiem. - Samazināts savstarpējas kontaminācijas risks
Tradicionālās metodes, kas ietver tiešu kontaktu, piemēram, zondes apstrāde ar ultraskaņu, rada paraugu inficēšanās risku. UIP400MTP bezkontakta pieeja novērš šo risku, padarot to īpaši piemērotu jutīgiem lietojumiem, piemēram, epiģenētiskiem pētījumiem.
Hromatīna nobīdes pielietojumi ar UIP400MTP
UIP400MTP ir ideāli piemērots:
- Hromatīna imūnprecipitācija (CHIP): Precīza hromatīna nobīde nodrošina optimālu antivielu saistīšanos ar specifiskiem DNS proteīnu kompleksiem.
- Nākamās paaudzes sekvencēšana (NGS): Vienota DNS fragmentācija ir kritiski svarīga bibliotēkas sagatavošanas sekvencēšanai, nodrošinot augstas kvalitātes lasījumus.
- Histonu modifikācijas pētījumi: Konsekvents hromatīna preparāts ļauj pētniekiem ar augstu precizitāti analizēt histona-DNS mijiedarbību.
- Epiģenētiskie pētījumi: UIP400MTP atbalsta DNS metilēšanas modeļu un citu epiģenētisko modifikāciju izpēti, izmantojot reproducējamu paraugu apstrādi.
Augstas veiktspējas ultrasonikatori
- augsta efektivitāte
- vismodernākās tehnoloģijas
- uzticamība & Stabilitāti
- regulējama, precīza procesa vadība
- Partijas & Iekļautās
- jebkuram sējumam
- inteliģenta programmatūra
- viedās funkcijas (piemēram, programmējamas, datu protokolēšana, tālvadības pults);
- viegli un droši lietojams
- zema apkope
- CIP (tīrā vietā)
Projektēšana, ražošana un konsultācijas – Kvalitāte ražots Vācijā
Hielscher ultrasonikatori ir labi pazīstami ar saviem augstākajiem kvalitātes un dizaina standartiem. Robustums un viegla darbība ļauj vienmērīgi integrēt mūsu ultrasonikatorus rūpnieciskajās iekārtās. Hielscher ultrasonikatori viegli apstrādā neapstrādātus apstākļus un prasīgu vidi.
Hielscher Ultrasonics ir ISO sertificēts uzņēmums un īpašu uzsvaru liek uz augstas veiktspējas ultrasonikatoriem, kas piedāvā vismodernākās tehnoloģijas un lietotājdraudzīgumu. Protams, Hielscher ultrasonikatori atbilst CE prasībām un atbilst UL, CSA un RoHs prasībām.
Zemāk redzamajā tabulā ir sniegta norāde par mūsu laboratorijas lieluma ultrasonikatoru aptuveno apstrādes jaudu:
| Ieteicamās ierīces | Partijas apjoms | Plūsmas ātrums |
|---|---|---|
| UIP400MTP 96 urbumu plāksnes Sonicator | vairāku iedobju / mikrotitru plāksnes | n.p. |
| Ultraskaņas CupHorn | CupHorn flakoniem vai vārglāzei | n.p. |
| GDmini2 | Ultraskaņas mikroplūsmas reaktors | n.p. |
| VialTweeter | 0.5 līdz 1,5 ml | n.p. |
| UP100H | 1 līdz 500 ml | 10 līdz 200 ml/min |
| UP200Ht, UP200St | 10 līdz 1000 ml | 20 līdz 200 ml/min |
| UP400St | 10 līdz 2000 ml | 20 līdz 400 ml/min |
| Ultraskaņas sieta kratītājs | n.p. | n.p. |
UIP400MTP – Augstas caurlaidspējas paraugu sagatavošana mikroplatēs
Literatūra / Atsauces
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Biežāk uzdotie jautājumi
Kas ir hromatīna sadrumstalotība?
Hromatīna fragmentācija ir process, kurā hromatīns, DNS un proteīnu komplekss, tiek sadalīts mazākos, pārvaldāmos fragmentos. Tas tiek panākts, lai atvieglotu DNS un proteīnu mijiedarbības, histonu modifikāciju vai DNS pieejamības izpēti molekulārās bioloģijas lietojumos, piemēram, hromatīna imūnprecipitācijā (ChIP) un nākamās paaudzes sekvencēšanā (NGS). Process nodrošina, ka hromatīns ir sadrumstalots līdz noteiktam izmēru diapazonam, parasti ar fiziskām metodēm, piemēram, ultraskaņu vai fermentatīvo gremošanu, vienlaikus saglabājot DNS proteīnu kompleksu integritāti lejupējai analīzei.
Kas ir hromatīna šķērssaistīšana?
Hromatīna šķērssaistīšana ir bioķīmisks process, ko izmanto, lai stabilizētu mijiedarbību starp DNS un proteīniem vai citām ar hromatīnu saistītām molekulām. Tas ietver šķērssaistīšanas līdzekļu, piemēram, formaldehīda, izmantošanu, lai efektīvi radītu kovalentās saites starp mijiedarbojošām molekulām “Sasalšanas” to mijiedarbību. Šo metodi plaši izmanto hromatīna imūnprecipitācijā (ChIP) un ar to saistītajos testos, lai saglabātu dabisko hromatīna struktūru un atvieglotu DNS-proteīna vai proteīna-proteīna mijiedarbības identificēšanu lejupējās analīzes laikā.
Kas izraisa hromatīna sablīvēšanos?
Hromatīna sablīvēšanos galvenokārt izraisa mijiedarbība starp histoniem un DNS, kā arī augstākas kārtas locīšana, ko mediē linkeru histoni (piemēram, H1), ar hromatīnu saistīti proteīni un epiģenētiskas modifikācijas, piemēram, histonu metilēšana vai deacetilācija. Šie faktori veicina ciešāku nukleozomu iepakošanu, samazinot piekļuvi DNS. Hromatīna sablīvēšanos veicina arī šūnu apstākļi, piemēram, jonu koncentrācija, un tādi procesi kā šūnu dalīšanās vai gēnu apklusināšana.
Hielscher Ultrasonics ražo augstas veiktspējas ultraskaņas homogenizatorus no Lab līdz rūpnieciskais izmērs.