Penelitian Mikrobioma dan Analisis Klinis Disederhanakan oleh Sonikasi
Sonikasi adalah teknik ampuh yang banyak digunakan dalam penelitian mikrobioma dan analisis klinis yang memfasilitasi persiapan sampel throughput tinggi. Metode ultrasonik sangat efektif untuk memproses sampel biologis yang kompleks, seperti yang mengandung mikroorganisme. Penggunaan sonikasi memfasilitasi lisis sel, ekstraksi dan analisis asam nukleat, protein, dan metabolit, memungkinkan pemahaman yang lebih dalam tentang komunitas mikroba dan peran mereka dalam kesehatan dan penyakit. Sonikator throughput tinggi Hielscher terkenal dengan presisi, efisiensi, dan hasil yang dapat direproduksi, menjadikannya pilihan yang sangat baik untuk studi mikrobioma.
Manfaatkan Sonikasi Throughput Tinggi dalam Penelitian Mikrobioma
Sonicator pelat 96-sumur UIP400MTP Menyederhanakan penelitian mikrobioma dengan persiapan sampel throughput tinggi
Persiapan Sampel Throughput Tinggi dengan Sonicator Pelat 96 Sumur UIP400MTP
Aplikasi Sonikasi dalam Penelitian Mikrobioma
Lisis Sel yang Efisien
Sonikasi sangat efektif dalam melisiskan sel mikroba, termasuk yang memiliki dinding sel yang keras, seperti bakteri Gram-positif dan jamur. Gelombang ultrasonik menghasilkan gelembung kavitasi dalam sampel, yang runtuh dan menciptakan gelombang kejut yang memecahkan dinding dan membran sel terbuka. Proses ini memastikan gangguan sel yang komprehensif dan pelepasan konten intraseluler yang efisien, seperti DNA, RNA, dan protein.
Fragmentasi DNA Terkontrol
Untuk aplikasi seperti pengurutan generasi berikutnya, seringkali perlu untuk menggeser DNA menjadi fragmen yang lebih kecil dan seragam. Sonikasi memberikan kontrol yang tepat atas proses fragmentasi, memungkinkan peneliti untuk mendapatkan fragmen DNA dengan ukuran yang diinginkan. Kontrol ini sangat penting untuk menyiapkan pustaka sekuensing dan memastikan data sekuens berkualitas tinggi.
Homogenisasi Sampel yang Ditingkatkan
Dalam penelitian mikrobioma, sampel sering mengandung beragam campuran mikroorganisme. Sonikasi membantu mencapai distribusi yang seragam dari mikroorganisme ini dalam sampel, memastikan hasil yang konsisten dan dapat direproduksi. Homogenisasi ini sangat penting untuk analisis kuantitatif yang akurat, seperti menentukan kelimpahan mikroba atau mengukur aktivitas metabolisme tertentu.
Ekstraksi Metabolit yang Andal
Ekstraksi metabolit yang andal dengan sonikasi adalah teknik yang banyak digunakan dalam metabolomik untuk mengisolasi molekul kecil dari sampel biologis. Sonikasi menggunakan getaran mekanis yang mengganggu membran sel, memfasilitasi pelepasan metabolit intraseluler ke dalam pelarut. Metode ini efisien, dapat direproduksi, dan kompatibel dengan berbagai jenis sampel, menjadikannya alat yang berharga untuk studi metabolomik throughput tinggi dan bertarget. Baca lebih lanjut tentang ekstraksi metabolit ultrasonik!
“Saya menulis untuk mengucapkan terima kasih atas pengalaman fantastis kami menggunakan UIP400MTP sonicator Anda untuk lisis bakteri yang seragam dan konsisten dari sampel mikrobioma tinja. Kami mendorong amplop untuk teknologi lisis throughput tinggi, dan instrumen Anda sangat cocok untuk tugas tersebut. Beberapa sorotan utama adalah:
- Kemudahan pengoperasian - instrumen mudah digunakan, dan penyesuaian mudah menggunakan pilihan menu
- Throughput tinggi- sangat baik untuk menangani pelat, dengan 96 sampel sekaligus
- Bahkan sonikasi semua pembuluh - perangkat ini mampu memberikan jumlah sonikasi yang sama ke semua sumur, yang sangat penting untuk aplikasi kami
- Dukungan dari tim Hielscher - dukungan sangat baik, Anda selalu ada untuk kami dalam pelatihan, untuk menjawab pertanyaan kami dan mengatasi masalah, dengan saran yang membantu kami mencapai tujuan kami.
Sekali lagi terima kasih atas bantuan dan bantuan Anda saat kami bekerja untuk mengoptimalkan protokol kami.”
Mark D. Driscoll, Ph.D. – Kepala Petugas Ilmiah – Ilmu Hayati Intus
Bagaimana Sonikasi Diterapkan dalam Penelitian dan Diagnostik Mikrobioma?
Metabolomik, metagenomik, dan metaproteomik terjalin dalam penelitian mikrobioma karena secara kolektif memberikan pemahaman yang komprehensif tentang komunitas mikroba dan fungsinya. Lisis, pemurnian protein dan fragmentasi DNA / RNA adalah langkah persiapan sampel penting yang disederhanakan menggunakan UIP400MTP sonicator pelat 96 sumur.
Analisis Metabolomik dan Metabolom
Metabolomik melibatkan studi sistematis tentang metabolit molekul kecil dalam sistem biologis. Dalam penelitian mikrobioma, sonikasi digunakan untuk melisiskan sel mikroba, melepaskan metabolit intraseluler. Jumlah sampel yang tinggi dapat diproses dengan cepat menggunakan UIP400MTP sonicator pelat 96 sumur. Metabolit yang diekstraksi kemudian diukur menggunakan teknik canggih seperti spektrometri massa (MS) dan spektroskopi resonansi magnetik nuklir (NMR). Data yang dihasilkan memberikan gambaran tentang keadaan metabolisme mikrobioma, mengungkapkan wawasan tentang aktivitas biokimia dan interaksi dalam komunitas mikroba.
Metagenomik dan Metatranskriptomik
Metagenomik melibatkan analisis komprehensif materi genetik yang dipulihkan langsung dari sampel lingkungan. Sonikasi memainkan peran penting dalam proses ini dengan melisiskan sel mikroba untuk mengekstrak DNA berkualitas tinggi, yang kemudian diurutkan untuk mengidentifikasi dan mengukur spesies mikroba yang ada. Dalam metatranskriptomik, RNA diekstraksi menggunakan metode sonikasi serupa untuk mempelajari profil ekspresi gen di berbagai komunitas mikroba. Untuk pengurutan DNA dan RNA, asam nukleat harus terfragmentasi hingga panjang pasangan basa tertentu. Semua tugas ini dilakukan dengan andal dan cepat oleh sonicator throughput tinggi UIP400MTP!
proteomik
Analisis proteomik membutuhkan ekstraksi protein dari sel mikroba. Sonikasi secara efektif digunakan untuk mengganggu sel, melepaskan protein ke dalam larutan. Protein ini kemudian dapat dimurnikan dan dianalisis untuk memahami peran fungsionalnya dalam mikrobioma dan keterlibatannya dalam jalur metabolisme. Dengan sonicator pelat multi-sumur UIP400MTP, Anda dapat melakukan tugas lisis dan ekstraksi protein dalam hitungan menit menciptakan hasil yang dapat direproduksi untuk mendapatkan wawasan tentang proses biologis yang didorong oleh protein dalam komunitas mikroba.
metaproteomik
Metaproteomik memperluas analisis proteomik ke seluruh komunitas mikroba, mempelajari kandungan protein kolektif untuk memahami ekspresi fungsional dan interaksi dalam mikrobioma. Sonikasi digunakan untuk melisiskan sel, melepaskan protein yang kemudian dimurnikan dan dianalisis melalui teknik seperti spektrometri massa. Pendekatan ini memberikan wawasan terperinci tentang proses biologis aktif dan adaptasi komunitas mikroba di berbagai lingkungan.
Manfaatkan kapasitas pemrosesan throughput tinggi dari UIP400MTP sonicator pelat multi-sumur dan fasilitasi penelitian dan analisis mikrobioma Anda!
UIP400MTP sonicator throughput tinggi untuk penelitian mikrobioma di pelat multi-sumur, pelat 96 sumur, tabung dan cawan Petri.
UIP400MTP Multiwell Plate Sonicator untuk preparasi sampel throughput tinggi dalam diagnostik mikrobioma.
Sonicator pelat multi-sumur UIP400MTP memfasilitasi persiapan sampel throughput tinggi, misalnya dalam penelitian dan diagnostik mikrobioma.
UIP400MTP sonicator pelat 96 sumur: Cairan pemancar ultrasound mengelilingi semua sumur dan memberikan sonikasi yang seragam dari setiap sampel
Fitur Utama Sonicator Pelat Multi-sumur UIP400MTP
| Sonikasi throughput tinggi | Sangat cocok untuk 96-sumur dan pelat multiwell lainnya, UIP400MTP memungkinkan sonikasi simultan dan identik dari beberapa sampel, secara signifikan mempersingkat durasi persiapan sampel dan meningkatkan throughput pengujian jumlah sampel yang tinggi. |
| Gunakan pelat multiwell pilihan Anda | UIP400MTP ini dirancang untuk sonikasi pelat multiwell standar, pelat PCR, atau pelat mikrotiter. Anda memilih piring yang paling cocok untuk eksperimen Anda. Karena UIP400MTP tidak memerlukan bahan habis pakai berpemilik, ini menghemat banyak uang! |
| Ultrasonikasi Non-Kontak | Multiwell Plate Sonicator UIP400MTP menerapkan ultrasound intens tanpa memasukkan apa pun ke dalam sampel. Anda dapat sonikasi pelat multiwell ealed, bejana tertutup, dan vial. Hielscher memasok Anda pemegang sampel yang disesuaikan untuk botol atau bejana non-standar. |
| Presisi dan Kontrol | Kontrol presisi dan perangkat lunak cerdas memungkinkan Anda mengatur parameter ultrasonik agar sesuai dengan kebutuhan pemrosesan spesifik Anda secara optimal. Anda mendapatkan efisiensi dan efektivitas sonikasi maksimum untuk setiap percobaan. |
| kontrol suhu | Atur suhu tertentu untuk sonikasi Anda. Sonicator pelat UIP400MTP dapat memantau suhu sampel dan menyesuaikan sonikasi yang sesuai. Cairan pendingin yang bersirkulasi kembali mendinginkan setiap sumur di pelat untuk kontrol suhu yang tepat. |
| Protokol dan Remote Control | Setiap sonikasi dapat dikontrol dari komputer. Tidak diperlukan instalasi perangkat lunak. Anda dapat menggunakan browser standar Anda (misalnya Chrome, Firefox, Edge, atau Safari) pada sistem operasi apa pun (misalnya MacOS, Windows, Android, iOS, atau Linux) untuk mengontrol dan memantau UIP400MTP dari jarak jauh. Setiap sonikasi menghasilkan protokol sonikasi terperinci untuk evaluasi dan dokumentasi. File protokol dalam format CSV non-eksklusif, yang dapat Anda buka dengan program pilihan Anda, misalnya Microsoft Excel, Apple Numbers, atau OpenOffice Calc. |
| kuat dan dapat diandalkan | Dirancang dan dibangun di Jerman dengan standar kualitas tertinggi, UIP400MTP ini tidak hanya bertenaga tetapi juga sangat tahan lama. Desainnya memenuhi standar industri dan dengan mudah menahan kerasnya penggunaan sehari-hari di lingkungan laboratorium yang menuntut. Anda dapat menggunakan UIP400MTP terus menerus 24 jam, 7 hari seminggu dalam operasi throughput tinggi. |
- efisiensi yang sangat tinggi
- Teknologi canggih
- handal & sangat kuat
- kontrol proses yang dapat disesuaikan dan tepat
- Perangkat Lunak Cerdas
- Fitur pintar (misalnya, dapat diprogram, protokol data, remote control)
- Mudah dan aman dioperasikan
- biaya pemeliharaan yang rendah
- CIP (bersihkan di tempat)
Desain, Manufaktur, dan Konsultasi – Kualitas Buatan Jerman
Ultrasonicators Hielscher terkenal dengan kualitas dan standar desainnya yang tertinggi. Ketahanan dan pengoperasian yang mudah memungkinkan integrasi ultrasonicator kami ke dalam fasilitas industri. Kondisi kasar dan lingkungan yang menuntut mudah ditangani oleh ultrasonicator Hielscher.
Hielscher Ultrasonics adalah perusahaan bersertifikat ISO dan memberikan penekanan khusus pada ultrasonicators berkinerja tinggi yang menampilkan teknologi canggih dan keramahan pengguna. Tentu saja, ultrasonicators Hielscher sesuai dengan CE dan memenuhi persyaratan UL, CSA dan RoHs.
UIP400MTP sonicator non-kontak untuk persiapan sampel mikrobioma dalam pelat multi-sumur.
Literatur / Referensi
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- InfoGraphic UIP400MTP – 96-well plate Ultrasonicator for High-Throughput Sample Prep – english – Hielscher Ultrasonics
- Jannike L. Krause, Sven-Bastiaan Haange, Stephanie S. Schäpe, Beatrice Engelmann, Ulrike Rolle-Kampczyk, Katarina Fritz-Wallace, Zhipeng Wang, Nico Jehmlich, Dominique Türkowsky, Kristin Schubert, Judith Pöppe, Katrin Bote, Uwe Rösler, Gunda Herberth, Martin von Bergen (2020): The glyphosate formulation Roundup® LB plus influences the global metabolome of pig gut microbiota in vitro. Science of The Total Environment, Volume 745, 2020.
- Tröscher-Mußotter, Johanna; Sáenz, Johan; Grindler, Sandra; Meyer, Jennifer; Kononov, Susanne; Mezger, Beate; Borda, Daniel; Frahm, Jana; Dänicke, Sven; Camarinha-Silva, Amelia; Huber, Korinna; Seifert, Jana (2021): Microbiome Clusters Disclose Physiologic Variances in Dairy Cows Challenged by Calving and Lipopolysaccharides. mSystems 2021.
- Jannike Lea Krause, Beatrice Engelmann, Stephanie Serena Schaepe, Ulrike Rolle-Kampczyk, Nico Jehmlich, Hyun-Dong Chang, Ulla Slanina, Maximillian Hoffman, Jörg Lehmann, Ana Claudia Zenclussen, Gunda Herberth, Martin von Bergen, Sven-Bastiaan Haange (2024): DSS treatment does not affect murine colonic microbiota in absence of thehost. Gut Microbes 2024.
Pertanyaan yang Sering Diajukan tentang Penelitian Mikrobioma
Apa yang dilakukan Sonikasi terhadap Bakteri?
Sonikasi mengganggu sel bakteri dengan menggunakan gelombang suara frekuensi tinggi, menyebabkan kavitasi yang menghasilkan gelombang kejut dan gaya mekanis, yang mengarah pada lisis sel dan pelepasan isi intraseluler.
Metode Apa yang Digunakan untuk Mempelajari Mikrobioma?
Metode untuk mempelajari mikrobioma meliputi teknik pengurutan DNA seperti pengurutan gen 16S rRNA dan metagenomik, serta transkriptomik, proteomik, dan metabolomik untuk menganalisis fungsi dan interaksi mikroba. Alat bioinformatika digunakan untuk menafsirkan data besar yang dihasilkan.
Apa Teknik yang digunakan dalam Analisis Mikrobioma?
Teknik yang digunakan dalam analisis mikrobioma meliputi pengurutan gen 16S rRNA untuk profil taksonomi, pengurutan metagenomik untuk analisis genetik yang komprehensif, metatranskriptomik untuk mempelajari ekspresi gen, metaproteomik untuk menganalisis protein, dan metabolomik untuk mengidentifikasi produk metabolik. Alat bioinformatika sangat penting untuk pemrosesan dan interpretasi data.
Apa itu Metabolomik, Metagenomik, dan Metaproteomik dalam Penelitian Mikrobioma?
Dalam penelitian mikrobioma, metabolomik menganalisis molekul kecil dan metabolit yang dihasilkan oleh mikroba, memberikan wawasan tentang aktivitas metabolisme mereka. Metagenomik melibatkan pengurutan genom kolektif komunitas mikroba untuk memahami komposisi genetik dan potensi fungsionalnya. Metaproteomik mempelajari seluruh kandungan protein mikrobioma, mengungkapkan ekspresi fungsional gen dan peran yang dimainkan protein dalam komunitas mikroba.
Apa itu Koloni Bakteri dalam Penelitian Mikrobioma?
Koloni bakteri dalam penelitian mikrobioma adalah kelompok bakteri yang tumbuh dari satu atau beberapa sel pada media pertumbuhan padat, membentuk kelompok yang terlihat. Koloni ini mewakili populasi klonal yang digunakan untuk mempelajari karakteristik, keanekaragaman, dan fungsi strain bakteri tertentu dalam komunitas mikroba.
Hielscher Ultrasonics memproduksi homogenizer ultrasonik berkinerja tinggi dari laboratorium hingga ukuran industri.