Penelitian Mikrobioma dan Analisis Klinis Dipermudah dengan Sonikasi
Sonikasi merupakan teknik yang efektif dan banyak digunakan dalam penelitian mikrobioma serta analisis klinis untuk memfasilitasi preparasi sampel dengan kapasitas pemrosesan yang tinggi. Metode ultrasonik ini sangat efektif untuk memproses sampel biologis yang kompleks, seperti sampel yang mengandung mikroorganisme. Penggunaan sonikasi memfasilitasi lisis sel, ekstraksi dan analisis asam nukleat, protein, serta metabolit, sehingga memungkinkan pemahaman yang lebih mendalam tentang komunitas mikroba dan perannya dalam kesehatan dan penyakit. Sonikator Hielscher dengan kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi dikenal karena presisi, efisiensi, dan hasilnya yang dapat direproduksi, sehingga menjadi pilihan yang sangat baik untuk studi mikrobioma.
Manfaatkan Sonikasi dengan Kapasitas Pemrosesan Sampel yang Tinggi dalam Penelitian Mikrobioma
Sonikator pelat 96 sumur UIP400MTP mempermudah penelitian mikrobioma melalui preparasi sampel dengan kapasitas pemrosesan yang tinggi
Preparasi Sampel dengan Kapasitas Pemrosesan yang Tinggi Menggunakan Sonikator Pelat 96 Sumur UIP400MTP
Aplikasi Sonikasi dalam Penelitian Mikrobioma
Lisis Sel yang Efisien
Sonikasi sangat efektif untuk melisis sel mikroba, termasuk sel dengan dinding sel yang kuat, seperti bakteri Gram-positif dan fungi. Gelombang ultrasonik menghasilkan gelembung kavitasi dalam sampel yang kemudian runtuh dan menciptakan gelombang kejut yang memecah dinding serta membran sel. Proses ini memastikan disrupsi sel secara menyeluruh dan pelepasan kandungan intraseluler, seperti DNA, RNA, dan protein, secara efisien.
Fragmentasi DNA yang Terkendali
Untuk aplikasi seperti sekuensing generasi berikutnya, DNA sering kali perlu dipotong dengan gaya geser menjadi fragmen yang lebih kecil dan seragam. Sonikasi memberikan kontrol yang presisi atas proses fragmentasi, sehingga peneliti dapat memperoleh fragmen DNA dengan ukuran yang diinginkan. Kontrol ini sangat penting untuk menyiapkan pustaka sekuensing dan memastikan data sekuens berkualitas tinggi.
Homogenisasi Sampel yang Lebih Baik
Dalam penelitian mikrobioma, sampel sering kali mengandung campuran mikroorganisme yang beragam. Sonikasi membantu mencapai distribusi mikroorganisme yang seragam di dalam sampel, sehingga memastikan hasil yang konsisten dan dapat direproduksi. Homogenisasi ini sangat penting untuk analisis kuantitatif yang akurat, seperti menentukan kelimpahan mikroba atau mengukur aktivitas metabolik tertentu.
Ekstraksi Metabolit yang Andal
Ekstraksi metabolit yang andal melalui sonikasi merupakan teknik yang banyak digunakan dalam metabolomika untuk mengisolasi molekul kecil dari sampel biologis. Sonikasi menggunakan getaran mekanis yang mendisrupsi membran sel, sehingga memfasilitasi pelepasan metabolit intraseluler ke dalam pelarut. Metode ini efisien, dapat direproduksi, dan kompatibel dengan berbagai jenis sampel, sehingga menjadi alat yang berharga untuk studi metabolomika dengan kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi maupun studi metabolomika tertarget. Baca selengkapnya tentang ekstraksi metabolit ultrasonik!
“Saya menulis untuk mengucapkan terima kasih atas pengalaman luar biasa kami menggunakan sonikator UIP400MTP Anda untuk lisis bakteri yang seragam dan konsisten pada sampel mikrobioma feses. Kami terus mendorong batas kemampuan teknologi lisis dengan kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi, dan instrumen Anda sangat sesuai untuk tugas ini. Beberapa keunggulan utamanya adalah:
- Kemudahan pengoperasian – instrumen mudah digunakan, dan penyesuaian dapat dilakukan dengan mudah melalui pilihan menu
- Kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi – sangat baik untuk menangani pelat, dengan 96 sampel sekaligus
- Sonikasi yang merata pada semua wadah – perangkat mampu memberikan tingkat sonikasi yang sama pada semua sumur, yang sangat penting untuk aplikasi kami
- Dukungan dari tim Hielscher – dukungannya sangat baik; Anda selalu mendampingi kami dalam pelatihan, menjawab pertanyaan kami dan menangani masalah, dengan saran yang membantu kami mencapai tujuan.
Sekali lagi, terima kasih atas bantuan dan dukungan Anda selama kami berupaya mengoptimalkan protokol kami.”
Mark D. Driscoll, Ph.D. – Direktur Ilmiah – Intus Biosciences
Bagaimana Sonikasi Diterapkan dalam Penelitian dan Diagnostik Mikrobioma?
Metabolomika, metagenomika, dan metaproteomika saling berkaitan dalam penelitian mikrobioma karena secara bersama-sama memberikan pemahaman yang menyeluruh tentang komunitas mikroba dan fungsinya. Lisis, pemurnian protein, dan fragmentasi DNA / RNA merupakan langkah-langkah penting dalam preparasi sampel yang dipermudah dengan menggunakan sonikator pelat 96 sumur UIP400MTP.
Metabolomika dan Analisis Metabolom
Metabolomika mencakup studi sistematis tentang metabolit berupa molekul kecil di dalam suatu sistem biologis. Dalam penelitian mikrobioma, sonikasi digunakan untuk melisis sel mikroba, sehingga melepaskan metabolit intraseluler. Sampel dalam jumlah besar dapat diproses dengan cepat menggunakan sonikator pelat 96 sumur UIP400MTP. Metabolit yang diekstraksi kemudian dikuantifikasi menggunakan teknik canggih seperti spektrometri massa (MS) dan spektroskopi resonansi magnetik nuklir (NMR). Data yang dihasilkan memberikan gambaran keadaan metabolik suatu mikrobioma pada saat tertentu, sehingga mengungkap wawasan tentang aktivitas biokimia dan interaksi di dalam komunitas mikroba.
Metagenomika dan Metatranskriptomika
Metagenomika mencakup analisis menyeluruh terhadap materi genetik yang diperoleh langsung dari sampel lingkungan. Sonikasi berperan penting dalam proses ini dengan melisis sel mikroba untuk mengekstraksi DNA berkualitas tinggi, yang kemudian disekuensing untuk mengidentifikasi dan mengkuantifikasi spesies mikroba yang ada. Dalam metatranskriptomika, RNA diekstraksi menggunakan metode sonikasi serupa untuk mempelajari profil ekspresi gen pada berbagai komunitas mikroba. Untuk sekuensing DNA dan RNA, asam nukleat harus difragmentasi hingga panjang pasangan basa tertentu. Semua tugas ini dilakukan secara andal dan cepat oleh sonikator UIP400MTP dengan kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi!
Proteomika
Analisis proteomik memerlukan ekstraksi protein dari sel mikroba. Sonikasi digunakan secara efektif untuk mendisrupsi sel, sehingga melepaskan protein ke dalam larutan. Protein ini kemudian dapat dimurnikan dan dianalisis untuk memahami peran fungsionalnya di dalam mikrobioma serta keterlibatannya dalam jalur metabolik. Dengan sonikator pelat multisumur UIP400MTP, Anda dapat melakukan lisis dan ekstraksi protein dalam hitungan menit, menghasilkan hasil yang dapat direproduksi untuk memperoleh wawasan tentang proses biologis yang digerakkan oleh protein dalam komunitas mikroba.
Metaproteomika
Metaproteomika memperluas analisis proteomik ke seluruh komunitas mikroba dengan mempelajari kandungan protein kolektif untuk memahami ekspresi fungsional dan interaksi di dalam mikrobioma. Sonikasi digunakan untuk melisis sel dan melepaskan protein, yang kemudian dimurnikan dan dianalisis melalui teknik seperti spektrometri massa. Pendekatan ini memberikan wawasan terperinci tentang proses biologis aktif dan adaptasi komunitas mikroba di berbagai lingkungan.
Manfaatkan kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi dari sonikator pelat multisumur UIP400MTP dan permudah penelitian serta analisis mikrobioma Anda!
Sonikator UIP400MTP dengan kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi untuk penelitian mikrobioma pada pelat multisumur, pelat 96 sumur, tabung, dan cawan Petri.
Sonikator Pelat Multisumur UIP400MTP untuk preparasi sampel dengan kapasitas pemrosesan yang tinggi dalam diagnostik mikrobioma.
Sonikator pelat multisumur UIP400MTP memfasilitasi preparasi sampel dengan kapasitas pemrosesan yang tinggi, misalnya dalam penelitian dan diagnostik mikrobioma.
Sonikator pelat 96 sumur UIP400MTP: Cairan penghantar ultrasonik mengelilingi semua sumur dan memberikan sonikasi yang seragam pada setiap sampel
Fitur Utama Sonikator Pelat Multisumur UIP400MTP
| Sonikasi dengan Kapasitas Pemrosesan Sampel yang Tinggi | Sangat sesuai untuk pelat 96 sumur dan pelat multisumur lainnya, UIP400MTP memungkinkan sonikasi beberapa sampel secara bersamaan dan identik, sehingga secara signifikan memperpendek durasi preparasi sampel dan meningkatkan kapasitas pemrosesan untuk pengujian sampel dalam jumlah besar. |
| Gunakan Pelat Multisumur Pilihan Anda | UIP400MTP dirancang untuk melakukan sonikasi pada pelat multisumur standar apa pun, pelat PCR, atau pelat mikrotiter. Anda memilih pelat yang paling sesuai untuk eksperimen Anda. Karena UIP400MTP tidak memerlukan bahan habis pakai khusus milik produsen, Anda dapat menghemat banyak biaya! |
| Sonikasi Tanpa Kontak | Sonikator Pelat Multisumur UIP400MTP menerapkan ultrasonik intens tanpa memasukkan apa pun ke dalam sampel. Anda dapat melakukan sonikasi pada pelat multisumur yang tersegel, wadah tertutup, dan vial. Hielscher menyediakan dudukan sampel yang disesuaikan untuk vial atau wadah nonstandar apa pun. |
| Presisi dan Kontrol | Kontrol yang presisi dan perangkat lunak cerdas memungkinkan Anda mengatur parameter ultrasonik agar sesuai secara optimal dengan kebutuhan pemrosesan spesifik Anda. Anda memperoleh efisiensi dan efektivitas sonikasi maksimum untuk setiap eksperimen. |
| Kontrol Suhu | Tetapkan suhu tertentu untuk sonikasi Anda. Sonikator pelat UIP400MTP dapat memantau suhu sampel dan menyesuaikan sonikasi berdasarkan suhu tersebut. Cairan pendingin yang disirkulasikan ulang mendinginkan setiap sumur pada pelat untuk kontrol suhu yang presisi. |
| Pencatatan dan Kontrol Jarak Jauh | Setiap proses sonikasi dapat dikontrol dari komputer. Tidak diperlukan instalasi perangkat lunak. Anda dapat menggunakan peramban standar Anda (misalnya Chrome, Firefox, Edge, atau Safari) pada sistem operasi apa pun (misalnya MacOS, Windows, Android, iOS, atau Linux) untuk mengontrol dan memantau UIP400MTP dari jarak jauh. Setiap proses sonikasi menghasilkan catatan sonikasi terperinci untuk evaluasi dan dokumentasi. Berkas catatan tersebut menggunakan format CSV nonproprietari yang dapat Anda buka dengan program pilihan Anda, misalnya Microsoft Excel, Apple Numbers, atau OpenOffice Calc. |
| Kokoh dan Andal | Dirancang dan dibuat di Jerman sesuai standar kualitas tertinggi, UIP400MTP tidak hanya bertenaga, tetapi juga sangat tahan lama. Desainnya memenuhi standar industri dan mampu dengan mudah bertahan terhadap penggunaan sehari-hari yang berat di lingkungan laboratorium dengan tuntutan tinggi. Anda dapat menggunakan UIP400MTP secara terus-menerus selama 24 jam, 7 hari seminggu dalam operasi dengan kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi. |
- efisiensi tinggi
- teknologi mutakhir
- keandalan & kekokohan
- kontrol proses yang dapat disesuaikan dan presisi
- perangkat lunak cerdas
- fitur cerdas (misalnya, dapat diprogram, pencatatan data, kontrol jarak jauh)
- mudah dan aman dioperasikan
- sedikit perawatan
- CIP (pembersihan di tempat)
Desain, Manufaktur, dan Konsultasi – Kualitas Buatan Jerman
Sonikator Hielscher dikenal karena standar kualitas dan desainnya yang tertinggi. Kekokohan dan kemudahan pengoperasian memungkinkan integrasi sonikator kami secara lancar ke dalam fasilitas industri. Kondisi berat dan lingkungan dengan tuntutan tinggi dapat ditangani dengan mudah oleh sonikator Hielscher.
Hielscher Ultrasonics merupakan perusahaan bersertifikasi ISO dan memberikan perhatian khusus pada sonikator berkinerja tinggi yang dilengkapi teknologi mutakhir serta mudah digunakan. Tentu saja, sonikator Hielscher mematuhi ketentuan CE dan memenuhi persyaratan UL, CSA, dan RoHs.
Sonikator tanpa kontak UIP400MTP untuk preparasi sampel mikrobioma pada pelat multisumur.
Literatur / Referensi
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- InfoGraphic UIP400MTP – 96-well plate Ultrasonicator for High-Throughput Sample Prep – english – Hielscher Ultrasonics
- Jannike L. Krause, Sven-Bastiaan Haange, Stephanie S. Schäpe, Beatrice Engelmann, Ulrike Rolle-Kampczyk, Katarina Fritz-Wallace, Zhipeng Wang, Nico Jehmlich, Dominique Türkowsky, Kristin Schubert, Judith Pöppe, Katrin Bote, Uwe Rösler, Gunda Herberth, Martin von Bergen (2020): The glyphosate formulation Roundup® LB plus influences the global metabolome of pig gut microbiota in vitro. Science of The Total Environment, Volume 745, 2020.
- Tröscher-Mußotter, Johanna; Sáenz, Johan; Grindler, Sandra; Meyer, Jennifer; Kononov, Susanne; Mezger, Beate; Borda, Daniel; Frahm, Jana; Dänicke, Sven; Camarinha-Silva, Amelia; Huber, Korinna; Seifert, Jana (2021): Microbiome Clusters Disclose Physiologic Variances in Dairy Cows Challenged by Calving and Lipopolysaccharides. mSystems 2021.
- Jannike Lea Krause, Beatrice Engelmann, Stephanie Serena Schaepe, Ulrike Rolle-Kampczyk, Nico Jehmlich, Hyun-Dong Chang, Ulla Slanina, Maximillian Hoffman, Jörg Lehmann, Ana Claudia Zenclussen, Gunda Herberth, Martin von Bergen, Sven-Bastiaan Haange (2024): DSS treatment does not affect murine colonic microbiota in absence of thehost. Gut Microbes 2024.
Pertanyaan yang Sering Diajukan tentang Penelitian Mikrobioma
Apa yang Dilakukan Sonikasi terhadap Bakteri?
Sonikasi mendisrupsi sel bakteri dengan menggunakan gelombang suara berfrekuensi tinggi, yang menyebabkan kavitasi yang menghasilkan gelombang kejut dan gaya mekanis, sehingga mengakibatkan lisis sel dan pelepasan kandungan intraseluler.
Metode Apa yang Digunakan untuk Mempelajari Mikrobioma?
Metode untuk mempelajari mikrobioma mencakup teknik sekuensing DNA seperti sekuensing gen 16S rRNA dan metagenomika, serta transkriptomika, proteomika, dan metabolomika untuk menganalisis fungsi dan interaksi mikroba. Perangkat bioinformatika digunakan untuk menafsirkan data dalam jumlah besar yang dihasilkan.
Teknik Apa yang Digunakan dalam Analisis Mikrobioma?
Teknik yang digunakan dalam analisis mikrobioma mencakup sekuensing gen 16S rRNA untuk pembuatan profil taksonomi, sekuensing metagenomik untuk analisis genetik menyeluruh, metatranskriptomika untuk mempelajari ekspresi gen, metaproteomika untuk menganalisis protein, dan metabolomika untuk mengidentifikasi produk metabolik. Perangkat bioinformatika sangat penting untuk pemrosesan dan interpretasi data.
Apa Itu Metabolomika, Metagenomika, dan Metaproteomika dalam Penelitian Mikrobioma?
Dalam penelitian mikrobioma, metabolomika menganalisis molekul kecil dan metabolit yang dihasilkan oleh mikroba, sehingga memberikan wawasan tentang aktivitas metaboliknya. Metagenomika mencakup sekuensing genom kolektif komunitas mikroba untuk memahami komposisi genetik dan potensi fungsionalnya. Metaproteomika mempelajari seluruh kandungan protein suatu mikrobioma, sehingga mengungkap ekspresi fungsional gen dan peran protein di dalam komunitas mikroba.
Apa Itu Koloni Bakteri dalam Penelitian Mikrobioma?
Koloni bakteri dalam penelitian mikrobioma merupakan kelompok bakteri yang ditumbuhkan dari satu atau beberapa sel pada medium pertumbuhan padat, sehingga membentuk kumpulan yang terlihat. Koloni ini mewakili populasi klonal yang digunakan untuk mempelajari karakteristik, keragaman, dan fungsi galur bakteri tertentu di dalam komunitas mikroba.
Hielscher Ultrasonics memproduksi homogenizer ultrasonik berkinerja tinggi dari skala laboratorium hingga industri.