Metabolomik yang Dipermudah oleh Sonikasi dengan Kapasitas Pemrosesan Sampel yang Tinggi
Metabolomik adalah bidang penelitian yang menggunakan teknik dengan kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi untuk mengarakterisasi dan menguantifikasi molekul kecil dalam berbagai cairan biologis, seperti urine, serum, plasma, feses, dan saliva, sehingga mengungkap pola metabolik yang khas. Sonikator UIP400MTP dengan kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi, yang dirancang untuk pelat multisumur, merupakan alat yang andal untuk melisis sel dalam sampel-sampel ini, sehingga mempermudah pelepasan metabolit untuk analisis lanjutan. Pendekatan yang presisi dan andal ini sangat penting dalam metabolomik, yang mengutamakan rancangan penelitian yang akurat, preparasi sampel yang cermat, pengaturan platform yang dioptimalkan, analisis data yang menyeluruh, dan interpretasi biologis yang bermakna. Metabolomik menggunakan pendekatan tertarget, yang berfokus pada kelas molekul tertentu seperti karbohidrat, lipid, dan asam amino, serta teknik nontarget, yang memberikan gambaran luas tentang profil metabolik dalam suatu sampel, sehingga mengungkap kompleksitas pensinyalan metabolik yang rumit.
UIP400MTP adalah sonikator tanpa kontak dengan kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi untuk lisis sel dan ekstraksi metabolit dalam pelat multisumur
Preparasi Sampel dengan Kapasitas Pemrosesan yang Tinggi Menggunakan Sonikator Pelat 96 Sumur UIP400MTP
Penggunaan sonikator tanpa kontak UIP400MTP bersama pelat 96 sumur merupakan metode yang efisien untuk homogenisasi dan ekstraksi metabolit dengan kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi. Pengaturan ini menghindari kontak langsung dengan sampel, sehingga mengurangi risiko kontaminasi silang saat memproses beberapa sampel secara bersamaan.
Protokol Langkah demi Langkah untuk Homogenisasi Menggunakan Sonikator 96 Sumur UIP400MTP
- Preparasi Sampel Metabolomik
Penempatan Sampel: Masukkan setiap sampel (misalnya, feses, jaringan usus, atau isi lumen) ke dalam sumur terpisah pada pelat 96 sumur atau mikroplat.
Pelarut: Pelarut organik, seperti metanol, etanol, asetonitril, kloroform, dan campurannya (yang mengandung air), sangat penting untuk ekstraksi metabolit, karena membantu pelepasan metabolit intraseluler dari matriks seluler. Gunakan 100–300 µL pelarut per sumur, dengan memastikan volumenya cukup untuk merendam sampel sepenuhnya.
Standar Internal: Sebagai pilihan, tambahkan standar internal ke setiap sumur untuk normalisasi selama analisis metabolomik lanjutan. - Pengaturan Medium Kopling
Ketinggian Air: Letakkan pelat 96 sumur pada platform sonikasi yang telah diisi air (medium kopling) sebagaimana dijelaskan dalam buku panduan. - Konfigurasi Parameter UIP400MTP
Pengaturan Daya: Atur amplitudo ultrasonik ke 50–80% dari daya maksimum untuk homogenisasi yang efisien.
Mode Pulsa: Atur siklus sonikasi agar pulsa bergantian (misalnya, 30 detik AKTIF, 30 detik NONAKTIF) untuk memungkinkan pendinginan dan mencegah sampel mengalami panas berlebih.
Waktu total: 4–10 menit, bergantung pada kompleksitas dan ketahanan sampel.
Kontrol Suhu: Gunakan alat pendingin laboratorium untuk mempertahankan suhu air pada 4–8°C selama sonikasi guna melindungi metabolit yang sensitif terhadap panas. - Proses Sonikasi
Jalankan UIP400MTP untuk melakukan siklus sonikasi.
Pantau proses melalui antarmuka UIP400MTP.
Efek kavitasi akan menghomogenisasi sampel dan melisis sel di dalam sumur, sehingga melepaskan metabolit intraseluler ke dalam pelarut. - Pascasonikasi
Sentrifugasi: Setelah sonikasi, pindahkan isi pelat ke tabung penampung jika diperlukan. Sentrifugasi pada 4.000–6.000 × g selama 10 menit untuk mengendapkan debris tak larut dan material seluler menjadi pelet.
Pengumpulan Supernatan: Pindahkan supernatan dari setiap sumur dengan hati-hati ke tabung atau pelat baru untuk analisis.
Pengeringan Opsional: Keringkan supernatan menggunakan konsentrator vakum (misalnya, SpeedVac) jika diperlukan pemekatan, lalu rekonstitusi dalam sejumlah kecil pelarut yang sesuai.
Manfaatkan kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi dari sonikator pelat multisumur UIP400MTP dan permudah penelitian serta analisis metabolomik Anda!
Sonikator UIP400MTP dengan kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi untuk penelitian metabolomik dalam pelat multisumur, pelat 96 sumur, tabung, dan cawan Petri.
Sonikator Pelat Multisumur UIP400MTP untuk preparasi sampel dengan kapasitas pemrosesan yang tinggi dalam penelitian metabolomik.
Prinsip Sonikasi Tanpa Kontak dengan UIP400MTP
UIP400MTP menerapkan gelombang ultrasonik pada sumur-sumur pelat 96 sumur secara tidak langsung melalui medium kopling (misalnya, air). Gelombang ini menimbulkan kavitasi, yang menyebabkan disrupsi sel dan melepaskan metabolit tanpa kontak fisik antara probe sonikator dan sampel.
“Saya menulis untuk mengucapkan terima kasih atas pengalaman luar biasa kami dalam menggunakan sonikator UIP400MTP Anda untuk lisis bakteri yang seragam dan konsisten pada sampel mikrobioma feses. Kami terus memperluas batas kemampuan teknologi lisis dengan kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi, dan instrumen Anda sangat sesuai untuk tugas ini. Beberapa keunggulan utamanya adalah:
- Kemudahan pengoperasian – instrumen mudah digunakan, dan penyesuaian mudah dilakukan melalui pilihan menu
- Kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi – sangat baik untuk menangani pelat, dengan 96 sampel sekaligus
- Sonikasi merata pada semua wadah – perangkat mampu memberikan tingkat sonikasi yang sama ke semua sumur, yang sangat penting untuk aplikasi kami
- Dukungan dari tim Hielscher – dukungannya sangat baik, Anda selalu mendampingi kami dalam pelatihan, menjawab pertanyaan kami, dan menangani masalah, dengan saran yang membantu kami mencapai tujuan.
Sekali lagi terima kasih atas bantuan dan dukungan Anda selama kami mengoptimalkan protokol kami.”
Mark D. Driscoll, Ph.D. – Direktur Ilmiah – Intus Biosciences
Sonikator pelat multisumur UIP400MTP mempermudah preparasi sampel dengan kapasitas pemrosesan yang tinggi, misalnya dalam penelitian dan analisis metabolit.
Sonikator pelat 96 sumur UIP400MTP: Cairan penghantar ultrasonik mengelilingi semua sumur dan memberikan sonikasi yang seragam pada setiap sampel
Fitur Utama Sonikator Pelat Multisumur UIP400MTP
| Sonikasi dengan Kapasitas Pemrosesan Sampel yang Tinggi | Sangat sesuai untuk pelat 96 sumur dan pelat multisumur lainnya, UIP400MTP memungkinkan sonikasi beberapa sampel secara bersamaan dan identik, sehingga secara signifikan mempersingkat waktu preparasi sampel dan meningkatkan kapasitas pemrosesan dalam pengujian dengan jumlah sampel yang besar. |
| Gunakan Pelat Multisumur Pilihan Anda | UIP400MTP dirancang untuk melakukan sonikasi pada semua pelat multisumur standar, pelat PCR, atau pelat mikrotiter. Anda memilih pelat yang paling sesuai untuk eksperimen Anda. Karena UIP400MTP tidak memerlukan bahan habis pakai khusus dari produsen, Anda dapat menghemat banyak biaya! |
| Ultrasonikasi Tanpa Kontak | Sonikator Pelat Multisumur UIP400MTP menerapkan ultrasonik berintensitas tinggi tanpa memasukkan apa pun ke dalam sampel. Anda dapat melakukan sonikasi pada pelat multisumur yang tersegel, wadah tertutup, dan vial. Hielscher menyediakan dudukan sampel yang disesuaikan untuk semua vial atau wadah nonstandar. |
| Presisi dan Kontrol | Kontrol presisi dan perangkat lunak cerdas memungkinkan Anda mengatur parameter ultrasonik agar sesuai secara optimal dengan kebutuhan pemrosesan spesifik Anda. Anda memperoleh efisiensi dan efektivitas sonikasi maksimum untuk setiap eksperimen. |
| Kontrol Suhu | Tetapkan suhu tertentu untuk sonikasi Anda. Sonikator pelat UIP400MTP dapat memantau suhu sampel dan menyesuaikan sonikasi berdasarkan suhu tersebut. Cairan pendingin yang bersirkulasi ulang mendinginkan setiap sumur pada pelat untuk kontrol suhu yang presisi. |
| Pencatatan dan Kontrol Jarak Jauh | Setiap proses sonikasi dapat dikontrol dari komputer. Tidak diperlukan instalasi perangkat lunak. Anda dapat menggunakan peramban standar (misalnya Chrome, Firefox, Edge, atau Safari) pada sistem operasi apa pun (misalnya MacOS, Windows, Android, iOS, atau Linux) untuk mengontrol dan memantau UIP400MTP dari jarak jauh. Setiap proses sonikasi menghasilkan catatan sonikasi terperinci untuk evaluasi dan dokumentasi. Berkas catatan tersebut menggunakan format CSV nonproprietari, yang dapat Anda buka dengan program pilihan Anda, misalnya Microsoft Excel, Apple Numbers, atau OpenOffice Calc. |
| Kokoh dan Andal | Dirancang dan dibuat di Jerman sesuai standar kualitas tertinggi, UIP400MTP tidak hanya bertenaga tetapi juga sangat tahan lama. Desainnya memenuhi standar industri dan mampu dengan mudah menghadapi tuntutan penggunaan sehari-hari di lingkungan laboratorium yang menuntut. Anda dapat menggunakan UIP400MTP secara terus-menerus selama 24 jam, 7 hari seminggu dalam operasi dengan kapasitas pemrosesan sampel yang tinggi. |
- efisiensi tinggi
- teknologi mutakhir
- keandalan & kekokohan
- kontrol proses yang dapat disesuaikan dan presisi
- perangkat lunak cerdas
- fitur cerdas (misalnya, dapat diprogram, pencatatan data, kontrol jarak jauh)
- mudah dan aman dioperasikan
- kebutuhan perawatan rendah
- CIP (pembersihan di tempat)
Desain, Manufaktur, dan Konsultasi – Kualitas Buatan Jerman
Sonikator ultrasonik Hielscher terkenal karena standar kualitas dan desainnya yang tertinggi. Kekokohan dan kemudahan pengoperasian memungkinkan integrasi sonikator ultrasonik kami secara lancar ke dalam fasilitas industri. Sonikator ultrasonik Hielscher mampu menangani kondisi berat dan lingkungan yang menuntut dengan mudah.
Hielscher Ultrasonics adalah perusahaan bersertifikasi ISO dan memberikan perhatian khusus pada sonikator ultrasonik berkinerja tinggi yang dilengkapi teknologi mutakhir dan mudah digunakan. Tentu saja, sonikator ultrasonik Hielscher sesuai dengan ketentuan CE dan memenuhi persyaratan UL, CSA, dan RoHs.
Sonikator tanpa kontak UIP400MTP untuk preparasi sampel metabolomik dalam mikroplat.
Literatur / Referensi
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Pertanyaan yang Sering Diajukan tentang Penelitian Metabolomik
Apa Itu Mikrobioma?
Mikrobioma merujuk pada keseluruhan komunitas mikroorganisme, termasuk bakteri, virus, jamur, dan arkea, beserta materi genetiknya, yang menghuni lingkungan tertentu, seperti tubuh manusia. Mikrobioma berperan penting dalam kesehatan inang dengan memengaruhi metabolisme, fungsi imun, dan perlindungan terhadap patogen, sementara komposisinya dipengaruhi oleh faktor-faktor seperti pola makan, gaya hidup, dan lingkungan.
Apa Itu Metabolomik?
Metabolomik adalah studi menyeluruh tentang metabolit, yaitu molekul kecil yang dihasilkan selama proses metabolik dalam suatu sistem biologis. Metabolomik melibatkan identifikasi, kuantifikasi, dan analisis molekul-molekul ini untuk memahami fungsi seluler, jalur metabolik, dan responsnya terhadap perubahan genetik, lingkungan, atau patologis.
Apa Itu Metabolom?
Metabolom adalah keseluruhan molekul kecil, atau metabolit, yang terdapat dalam suatu sistem biologis, seperti sel, jaringan, atau organisme, pada waktu tertentu. Metabolom mencerminkan aktivitas biokimia dan keadaan fisiologis sistem tersebut, sehingga memberikan wawasan tentang metabolisme dan interaksinya dengan lingkungan.
Hielscher Ultrasonics memproduksi homogenizer ultrasonik berkinerja tinggi mulai dari skala laboratorium hingga industri.