קיטוע אולטרסוני של DNA לריצוף הדור הבא
ריצוף הדור הבא (NGS) מחייב גזירה וקיטוע אמינים של DNA גנומי כדי לרצף גדילי DNA גנומי וליצור ספריות גנומיות. הקיטוע המבוקר של DNA למקטעי DNA הוא שלב חיוני בהכנת הדגימות, הנדרש לפני ריצוף ה-DNA. טיפול אולטרסוני הוכח כטכניקה יעילה ואמינה לקיטוע DNA למקטעים באורך מסוים. פרוטוקולים לקיטוע אולטרסוני של DNA משיגים תוצאות קיטוע הניתנות לשחזור. המכשירים האולטרסוניים של Hielscher מסוגלים להפיק מגוון רחב של התפלגויות גדלים של מקטעי DNA גנומי, הניתנות לשליטה מדויקת באמצעות פרמטרי ההפעלה. מכיוון שמערכות Hielscher לגזירה אולטרסונית של DNA זמינות עבור בקבוקון יחיד ועבור בקבוקונים מרובים, וכן עבור מיקרופלטות, הכנת הדגימות נעשית יעילה ביותר.
מכשיר הסוניקציה לפלטות UIP400MTP להכנת דגימות בתפוקה גבוהה מבצע סוניקציה אחידה של דגימות בפלטות מרובות באריות, בפלטות מיקרוטיטר ובפלטות בעלות 96 באריות
- תוצאות הדירות / ניתנות לשחזור
- ניתן לכוונון מדויק לקבלת מקטעים באורך מסוים
- עיבוד מהיר
- תוצאות עקביות של קיטוע DNA
- מכשירים לכל נפחי הדגימות (למשל, בקבוקונים מרובים או מיקרופלטות)
- תפוקה גבוהה
- בקרת טמפרטורה מדויקת
- הפעלה פשוטה וידידותית למשתמש
ריצוף הדור הבא: קיטוע אולטרסוני של DNA להכנת ספריות
כדי לבצע ריצוף הדור הבא, יש לבצע את שלושת השלבים הבסיסיים: (1) הכנת ספרייה, (2) ריצוף ו-(3) ניתוח נתונים. במהלך הכנת הספרייה, ה-DNA מקוטע, ולאחר מכן קצות המקטעים מתוקנים (מלוטשים) באמצעות הוספת בסיס אדנין יחיד, ומקטעי המטרה מומרים ל-DNA דו-גדילי. לבסוף מחוברים מתאמים, כפי שהם מכונים, באמצעות ליגציה, PCR או טגמנטציה, כך שניתן לכמת את תוצר ה-DNA הסופי של הספרייה לצורך ריצוף.
קיטוע DNA באמצעות סוניקציה: בייחוד בעת שימוש בטכנולוגיות ריצוף של קריאות קצרות כגון Illumina, שאינן יכולות לקרוא בקלות מקטעי DNA ארוכים יותר, יש לקטע את גדילי ה-DNA לגודל מסוים, שאפשר להשיג באופן אמין באמצעות טיפול אולטרסוני.
ניתן להשתמש באופן אמין בטיפול אולטרסוני לקיטוע DNA, RNA וכרומטין.
ריצוף הדור הבא – הכנת ספריות
קיטוע אולטרסוני של DNA משמש בדרך כלל להכנת ספריות לריצוף DNA עבור פלטפורמות ריצוף הדור הבא (NGS). טכניקה זו משמשת לפירוק מולקולות DNA למקטעים קטנים יותר בטווח הגדלים הרצוי, ובכך מקלה על השלבים הבאים בהכנת הספרייה. קיטוע אולטרסוני של DNA נדרש בדרך כלל בשלב הכנת הספרייה בתהליכי עבודה של NGS, כדי לקטע DNA גנומי למקטעים קטנים יותר המתאימים לעיבוד ולריצוף בהמשך. הוא ממלא תפקיד מכריע בהבטחת הצלחת ניסוי הריצוף באמצעות יצירת מקטעי DNA בטווח הגדלים המתאים לפלטפורמת הריצוף המסוימת שבה משתמשים.
אנליזות אלקטרופורטיות של DNA גנומי של E. coli EDL933 שעבר טיפול אולטרסוני במשך 0 – 15 min. האות L מציינת את סולם ה-DNA. (Basselet et al. 2008)
ריצוף הדור הבא – שלבי התהליך:
- קיטוע אולטרסוני של DNA: לפני בניית הספרייה, ה-DNA הגנומי מקוטע למקטעים קטנים יותר, שקל יותר לעבוד איתם. קיטוע אולטרסוני כולל שימוש בגלי קול בתדר גבוה כדי לגזור את מולקולות ה-DNA למקטעים בטווח הגדלים הרצוי. שלב זה חיוני משום שהוא מסייע להבטיח שקריאות הריצוף שייווצרו בהמשך יהיו באורך המתאים לפלטפורמת הריצוף שבה משתמשים. ניתן להתאים את טווח הגדלים של המקטעים לדרישות הספציפיות של ניסוי הריצוף.
- הגברה קלונלית באמצעות PCR: לאחר הקיטוע האולטרסוני, מקטעי ה-DNA עוברים תיקון קצוות, ליגציה של מתאמים והגברה באמצעות PCR ליצירת ספריות ריצוף ה-DNA הסופיות. שלבים אלה מכינים את מולקולות ה-DNA המקוטעות לתהליך הריצוף באמצעות הוספת רצפי מתאמים הנחוצים לקישור לפלטפורמת הריצוף ומספקים אתרי קישור לתחלים לצורך הגברה באמצעות PCR.
- ריצוף DNA באמצעות סינתזה: לאחר הכנת ספריות הריצוף, מתחיל תהליך ריצוף ה-DNA באמצעות סינתזה (SBS). במהלך SBS, רצף ה-DNA נקבע באמצעות הוספה עוקבת של נוקלאוטידים לגדיל המשלים. שלב זה כולל תגובות מחזוריות של שילוב נוקלאוטידים, דימות וביקוע, המאפשרות לקבוע את רצף ה-DNA על סמך האותות הפלואורסצנטיים הנפלטים מהנוקלאוטידים ששולבו.
- ריצוף מקבילי בהיקף עצום: בשלב האחרון, תבניות ה-DNA המוגברות, המופרדות זו מזו במרחב, מרוצפות בו-זמנית באופן מקבילי בהיקף עצום. גישת ריצוף זו בתפוקה גבוהה מאפשרת להפיק מיליוני עד מיליארדי קריאות ריצוף בהרצת ריצוף יחידה, ובכך מאפשרת קביעה יעילה ומהירה של רצפי DNA.
כיצד פועל קיטוע DNA אולטרסוני?
סוניקציה, המכונה גם עיבוד אקוסטי של דגימות, היא שיטה נפוצה לקיטוע DNA. לצורך גזירה אולטרסונית של DNA, הדגימות נחשפות לגלים אולטרסוניים בתנאים מבוקרים. עקרון הפעולה של קיטוע DNA אולטרסוני מבוסס על התנודות והקוויטציה הנוצרות על ידי הגלים האולטרסוניים. כוחות הגזירה הנובעים מקוויטציה אולטרסונית (אקוסטית) שוברים מולקולות DNA בעלות משקל מולקולרי גבוה. הגדרות הסוניקציה, כגון עוצמה (משרעת, משך), מצב פעימה וטמפרטורה, מאפשרות קיטוע מדויק של DNA למקטעי DNA באורך רצוי מסוים. אף שלעיתים קרובות DNA מקוצר ל-100 עד 600 bp באמצעות סוניקציה, ניתן לקבל מקטעי DNA ארוכים יותר, באורך של עד 1300 bp, כאשר משתמשים בתנאים אולטרסוניים מתונים יותר.
גזירה אולטרסונית של DNA במהלך ChIP – שיקוע חיסוני של כרומטין
עובד מתוך יצירה של Jkwchui בכפוף לרישיון CC-BY-SA.03
בקרת טמפרטורה למניעת התפרקות DNA
המבנה המולקולרי הדו-גדילי של DNA רגיש מאוד לטמפרטורות גבוהות, ולכן בקרה מדויקת של הטמפרטורה בשלבי הכנת הדגימות היא גורם מכריע לקבלת תוצאות אנליזה אמינות.
בין שאתם משתמשים במכשירי הסוניקציה של Hielscher בעלי פרוב, ב-VialTweeter או ב-UIP400MTP – ניטור ובקרה רציפים של הטמפרטורה מובטחים הודות לחיישן טמפרטורה הניתן לחיבור ולתוכנה החכמה של המכשיר. כדי לשמור על הטמפרטורה בטווח מסוים, ניתן להגדיר גבול טמפרטורה עליון ותחתון. בהתאם לכך, מכשיר הסוניקציה ישהה את פעולתו ברגע שתהיה חריגה מגבול טמפרטורה זה, וימשיך אוטומטית בסוניקציה כאשר הטמפרטורה תרד בשיעור ∆T שהוגדר.
התוכנה המתקדמת של מכשירי הסוניקציה של Hielscher מבטיחה שמירה אמינה על תנאים אידיאליים לטיפול בדגימות.
קיטוע DNA במספר רב של דגימות באמצעות מכשיר הסוניקציה UIP400MTP לפלטות מרובות באריות
מספר הדגימות במדעי החיים גדל במידה ניכרת בעשור האחרון. משמעות הדבר היא שיש לעבד מספרים גדולים מאוד של דגימות (למשל, 384, 1536 או 3456 באריות בכל מיקרופלטה) במהלך הכנת הדגימות והאנליזה בתנאים אחידים באופן עקבי, כדי לקבל תוצאות בנות השוואה ותקפות. באמצעות UIP400MTP, חברת Hielscher Ultrasonics נותנת מענה למגמת העיבוד של דגימות בהיקף נרחב. UIP400MTP הוא מכשיר אולטרסוני להכנת דגימות באמצעות מיקרופלטות. UIP400MTP יכול לעבד לוחיות עם 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 או 3456 באריות. בהתאם לסוג המיקרופלטה, כל בארית יכולה בדרך כלל להכיל דגימה בנפח שבין עשרות ננוליטרים לכמה מיליליטרים. UIP400MTP נמצא בשימוש נרחב במחקר במדעי החיים, ומשמש לעיתים קרובות מאוד להכנת דגימות לפני בדיקות כגון ELISA (בדיקה אימונוסורבנטית מקושרת לאנזים) או PCR, לפני אנליזות חלבונים, וכן להכנת כרומטין לפני CHiP ו-CHiP-seq, לזיהוי מודיפיקציות בהיסטונים ולטיפולים אנליטיים נוספים (למשל, אלקטרופורזה בג'ל וספקטרומטריית מסות).
קראו עוד על עיבוד לוחיות PCR בתפוקה גבוהה!
VialTweeter להכנת דגימות בעד 10 בקבוקונים
VialTweeter הוא מכשיר אולטרסוני מעבדתי נפוץ, VialTweeter, המאפשר סוניקציה יעילה ונוחה של עד 10 בקבוקונים בו־זמנית. מכיוון שהבקבוקונים והמבחנות (למשל, בקבוקוני Eppendorf, בקבוקונים להקפאה ומבחנות צנטריפוגה) עוברים סוניקציה עקיפה, נמנע כל זיהום צולב. מכיוון שאותה עוצמת אולטרסאונד מועברת לכל דגימה, כל תוצאות הסוניקציה אחידות וניתנות לשחזור. VialTweeter מציע את כל התכונות החכמות הקיימות במכשירים הדיגיטליים האחרים שלנו (למשל, תפריט חכם, הגדרות הניתנות לתכנות, בקרת טמפרטורה, שליטה מרחוק וכו'), כך שמובטחת נוחות המשתמש הגבוהה ביותר.
פרובים מרובי אצבעות ללוחיות מיקרו־באריות
פרובים מרובי אצבעות בעלי 4 או 8 אצבעות, הזמינים להומוגנייזרים האולטרסוניים מסוג פרוב UP200Ht ו-UP200St, הם אפשרות נוחה לביצוע סוניקציה של כמה דגימות בו־זמנית באותם תנאים. לדוגמה, הסונוטרודה MTP-24-8-96 היא פרוב בעל שמונה אצבעות, האידיאלי לשילוב במערכות אוטומטיות או להכנה ידנית יעילה של דגימות בבאריות של לוחיות מרובות באריות. הסונוטרודה מרובת האצבעות אידיאלית לאוטומציה במעבדות שבהן מעבדים בעיקר דגימות בכוסות כימיות ובמבחנות באמצעות סונוטרודה אולטרסונית סטנדרטית. ניתן להחליף במהירות בין הפרובים מרובי האצבעות לפרובים הסטנדרטיים בתוך דקות ספורות, וכך להפוך את המכשיר האולטרסוני בעל הפרוב היחיד למכשיר אולטרסוני לפירוק תאים בעל פרובים מרובים.
מכשירים אולטרסוניים של Hielscher לפרגמנטציה של DNA
Hielscher Ultrasonics מציעה מגוון פלטפורמות מבוססות אולטרסאונד לפרגמנטציה של DNA, RNA וכרומטין. הפלטפורמות השונות כוללות פרובים אולטרסוניים (סונוטרודות), פתרונות סוניקציה עקיפה להכנת דגימות בו־זמנית במבחנות מרובות או בלוחיות מרובות באריות (למשל, לוחיות בעלות 96 באריות ולוחיות מיקרוטיטר), כורים אולטרסוניים ו-cuphorns אולטרסוניים. כל הפלטפורמות לגזירת DNA מופעלות באמצעות מעבדים אולטרסוניים בעלי ביצועים גבוהים ותדר מכוונן, המאפשרים בקרה מדויקת ומספקים תוצאות הניתנות לשחזור.
מעבדים אולטרסוניים לכל מספר וגודל של דגימות
באמצעות המכשירים האולטרסוניים של Hielscher לעיבוד דגימות מרובות, VialTweeter (לעד 10 מבחנות) ו-UIP400MTP (למיקרופלטות/לוחיות מרובות באריות), ניתן לקצר את זמן עיבוד הדגימות הודות לסוניקציה עוצמתית הניתנת לבקרה מדויקת, תוך השגת התפלגות הגדלים והתפוקה הרצויות של מקטעי DNA. פרגמנטציה אולטרסונית של DNA הופכת את הכנת הדגימות ליעילה, אמינה וניתנת להרחבה. ניתן להרחיב פרוטוקולים באופן ליניארי מדגימה אחת לדגימות רבות באמצעות הפעלת אולטרסאונד המבוקר באופן רציף.
מכשירים אולטרסוניים מסוג פרוב בעלי אצבע אחת עד חמש אצבעות אידיאליים להכנת מספר קטן יותר של דגימות. המכשירים האולטרסוניים המעבדתיים של Hielscher זמינים בגדלים שונים, כך שנוכל להמליץ לכם על המכשיר האידיאלי ליישום ולדרישות שלכם.
בקרת תהליך מדויקת
הגדרות סוניקציה הניתנות לבקרה מדויקת הן חיוניות, שכן סוניקציה נרחבת עלולה להרוס DNA, RNA וכרומטין, ואילו גזירה אולטרסונית בלתי מספקת מניבה מקטעי DNA וכרומטין ארוכים מדי. במכשירי האולטרסאונד הדיגיטליים של Hielscher ניתן להגדיר בקלות פרמטרים מדויקים לסוניקציה. ניתן גם לשמור הגדרות סוניקציה מסוימות כהגדרות מתוכנתות, לחזרה מהירה על אותו הליך.
כל טיפולי הסוניקציה מתועדים אוטומטית ונשמרים כקובץ CSV בכרטיס SD מובנה. כך מתאפשר תיעוד מדויק של הניסויים שבוצעו, וניתן לסקור בקלות את מחזורי הסוניקציה.
באמצעות שליטה מרחוק דרך הדפדפן, ניתן להפעיל ולנטר את כל מכשירי האולטרסאונד הדיגיטליים בכל דפדפן סטנדרטי. אין צורך בהתקנת תוכנה נוספת, שכן חיבור LAN מאפשר התקנה פשוטה מאוד בשיטת חבר והפעל.
ידידותיות למשתמש ברמה הגבוהה ביותר בהכנת דגימות אולטרסונית
כל מכשירי האולטרסאונד של Hielscher מתוכננים לספק אולטרסאונד בעל ביצועים גבוהים, ובה בעת להיות תמיד ידידותיים מאוד למשתמש וקלים לתפעול. כל ההגדרות מסודרות היטב בתפריט ברור, שאליו ניתן לגשת בקלות באמצעות צג מגע צבעוני או שליטה מרחוק דרך הדפדפן. התוכנה החכמה, הכוללת הגדרות מתוכנתות ורישום נתונים אוטומטי, מבטיחה הגדרות סוניקציה מיטביות לקבלת תוצאות אמינות וניתנות לשחזור. ממשק התפריט הנקי והקל לשימוש הופך את מכשירי האולטרסאונד של Hielscher לידידותיים למשתמש ויעילים.
הטבלה שלהלן מציגה את כושר העיבוד המשוער של מכשירי האולטרסאונד המעבדתיים שלנו, האידיאליים למשימות הכנת דגימות כגון פרגמנטציה של DNA ו-RNA, ליזיס של תאים וכן מיצוי חלבונים:
| מכשיר | הספק [W] | סוג | נפח [mL] |
|---|---|---|---|
| UIP400MTP | 400 | למיקרופלטות | 6 – 3456 באריות | VialTweeter | 200 | לעד 10 בקבוקונים, בתוספת אפשרות להצמדה באמצעות מהדק | 0.5 – 1.5 |
| UP50H | 50 | מסוג פרוב | 0.01 – 250 |
| UP100H | 100 | מסוג פרוב | 0.01 – 500 |
| UP200Ht | 200 | מסוג פרוב | 0.1 – 1000 |
| UP200St | 200 | מסוג פרוב | 0.1 – 1000 |
| UP400St | 400 | מסוג פרוב | 5.0 – 2000 |
| CupHorn | 200 | CupHorn, כור אולטרסוני | 10 – 200 |
| GDmini2 | 200 | תא זרימה ללא זיהום |
צרו איתנו קשר! / שאלו אותנו!
היחידה האולטרסונית להכנת דגימות מרובות VialTweeter מאפשרת סוניקציה של עד 10 בקבוקונים בו-זמנית. באמצעות התקן ההצמדה VialPress, ניתן להצמיד בלחיצה עד 4 מבחנות נוספות לחלק הקדמי לצורך סוניקציה אינטנסיבית.
לסונוטרודה MTP-24-8-96 יש שמונה פרובים אולטרסוניים לסוניקציה של באריות במיקרופלטות טיטר.
ספרות / מקורות
- Qiyun Liang, Christoph Ratzke (2025): Lysing diverse bacteria with the Hielscher UIP400MTP for DNA sequencing. Protocol Uni Tübingen 2025.
- Poptsova, M., Il'icheva, I., Nechipurenko, D. et al. (2014): Non-random DNA fragmentation in next-generation sequencing. Scientific Reports 4, 4532; 2014.
- Basselet P., Wegrzyn G., Enfors S.-O., Gabig-Ciminska M. (2008): Sample processing for DNA chip array-based analysis of enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC). Microbial Cell Factories 7:29. 2008.
- Wang Y., Joshu C.E., Curtis S.D., Douville C., Burk V.A., Ru M., Popoli M., Ptak J., Dobbyn L., Silliman N., Coresh J., Boerwinkle E., Prizment A., Bettegowda C., Kinzler K.W., Papadopoulos N., Platz E.A., Vogelstein B. (2025): Detection of cancers three years prior to diagnosis using plasma cell-free DNA. Cancer Discovery 2025 May.
- Doublier S., Riganti Ch., Voena C., Costamagna C., Aldieri E., Pescarmona G., Ghigo D., Bosia A. (008): RhoA Silencing Reverts the Resistance to Doxorubicin in Human Colon Cancer Cells. Molecular Cancer Research 6(10), 2008.
- Fredlund E., Gidlund A., Olsen M., Börjesson T., Spliid N.H.H., Simonsson M. (2008): Method evaluation of Fusarium DNA extraction from mycelia and wheat for down-stream real-time PCR quantification and correlation to mycotoxin levels. Journal of Microbiological Methods 2008.
- Fritsche C., Sitz M., Weiland N., Breitling R., Pohl H.-D. (2007): Characterization of the growth behavior of Leishmania tarentolae – a new expression system for recombinant proteins. Journal of Basic Microbiology 47, 2007. 384–393.
- Ristola M., Arpiainen S., Saleem M. A., Mathieson P. W., Welsh G. I., Lehtonen S., Holthöfer H. (2009): Regulation of Neph3 gene in podocytes – key roles of transcription factors NF-κB and Sp1. BMC Molecular Biology 10:83, 2009.
- Rodriguez J., Vives L., Jorda M., Morales C., Munoz M., Vendrell E., Peinado M. A. (2008): Genome-wide tracking of unmethylated DNA Alu repeats in normal and cancer cells. Nucleic Acids Research Vol. 36, No. 3, 2008. 770-784.
- Weiske J. Huber O. (2006): The Histidine Triad Protein Hint1 Triggers Apoptosis Independent of Its Enzymatic Activity. The Journal of Biological chemistry. Vol. 281, No. 37, 2006. 27356–27366.
עובדות שכדאי לדעת
מהו ריצוף מהדור הבא?
ריצוף מהדור הבא, המכונה גם Next Gen Sequencing (NGS), ריצוף בתפוקה גבוהה או ריצוף מהדור השני, מתייחס לגישה של ריצוף מקבילי בהיקף עצום, שבה כמויות גדולות מאוד של DNA, הכוללות מיליוני מקטעים, מרוצפות בו-זמנית ובמקביל בכל הרצה.
לצורך ביצוע ריצוף מהדור הבא, שלושת השלבים הבסיסיים הבאים
- הכנת ספרייה,
- ריצוף, וכן
- ניתוח נתונים
נדרשים.
במהלך הכנת הספרייה, יש לפצל את גדילי ה-DNA למקטעי DNA באורך מסוים. סוניקציה היא אחת השיטות המועדפות לפרגמנטציה של DNA.
במהלך תהליך ריצוף ה-DNA נקבע סדר הנוקלאוטידים ב-DNA – המכונה רצף חומצת הגרעין. רצף חומצת הגרעין מורכב מארבעה בסיסים נוקלאוטידיים – אדנין, ציטוזין, גואנין ותימין – המקודדים מידע.
ריצוף מהדור הבא מניע את המחקר במדעי החיים וברפואה מותאמת אישית, שכן ריצוף DNA ו-RNA נמצא בשימוש נרחב במחקר גנומי, בחקר הסרטן, בחקר מחלות נדירות ומורכבות, במחקר מיקרוביאלי, בגנומיקה חקלאית ובתחומי מחקר רבים נוספים.
ריצוף מהדור הבא לעומת ריצוף סנגר
בעוד שריצוף מהדור הבא (NGS) מאפשר לרצף מספרים עצומים של דגימות גנומיות, ריצוף סנגר (המוכר גם כשיטת סיום השרשרת או כריצוף מהדור הראשון) מסוגל לרצף רק מספר קטן של דגימות. ריצוף סנגר מרצף רק מקטע DNA יחיד בכל פעם וניתן להשלימו ביום אחד. בזכות דיוקו, ריצוף סנגר נחשב גם לטכנולוגיית תקן הזהב, המשמשת לאימות תוצאות המתקבלות בריצוף מהדור הבא.
ריצוף סנגר משיג אורכי קריאה של כ־800bp (בדרך כלל 500–600bp עם DNA שלא הועשר). אורכי הקריאה הארוכים יותר בריצוף סנגר מקנים יתרונות משמעותיים על פני שיטות ריצוף אחרות, במיוחד בריצוף אזורים חזרתיים בגנום. האתגר שמציבים נתוני ריצוף בעלי קריאות קצרות בולט במיוחד בריצוף גנומים חדשים (de novo) ובריצוף מקטעי גנום שעברו ארגון מחדש במידה רבה, בדרך כלל מהסוג הנצפה בגנומים סרטניים או באזורים בכרומוזומים המציגים שונות מבנית. [cp. Morozova and Marra, 2008]
DNA – חומצה דאוקסיריבונוקלאית – צורותיה ותפקידיה
לכל צורה של DNA מאפיינים ויישומים ייחודיים, התורמים למגוון רחב של תחומי מחקר, ובהם אונקולוגיה, גנטיקה, מדע פורנזי וביולוגיה אבולוציונית. מכשירי הסוניקציה של Hielscher הם פתרון יעיל ואמין במיוחד לבידוד ולפרגמנטציה של DNA ו־RNA לצורכי האנליזה שלכם. ברשימה שלהלן אנו מסבירים על הצורות השונות של DNA ומסווגים אותן לפי ההקשר הביולוגי והתפקידים שלהן:
- DNA גנומי (gDNA)
DNA גנומי (gDNA): מכלול ה־DNA באורגניזם, הכולל הן אזורים מקודדים (גנים) והן אזורים שאינם מקודדים. - DNA חוץ־תאי
DNA גידולי במחזור הדם (ctDNA): מקטעי DNA המשתחררים לזרם הדם מתאי גידול.
DNA חופשי מתאים (cfDNA): מקטעי DNA המצויים באופן חופשי במחזור הדם ומקורם ברקמות שונות. - DNA מעגלי חוץ־כרומוזומלי (eccDNA): מולקולות DNA מעגליות המצויות מחוץ לכרומוזומים בתאים איקריוטיים.
DNA נגיפי: DNA שמקורו בנגיפים, המשולב בגנום המאכסן או מצוי כ־DNA אפיזומלי. - DNA מיטוכונדריאלי
DNA מיטוכונדריאלי (mtDNA): DNA המצוי במיטוכונדריה, מועבר בתורשה מהאם ומעורב בהפקת אנרגיה. - DNA פלסמידי
DNA פלסמידי: מולקולות DNA קטנות ומעגליות המשתכפלות באופן בלתי תלוי ב־DNA הכרומוזומלי, מצויות בדרך כלל בחיידקים ומשמשות בהנדסה גנטית. - DNA גרעיני
DNA גרעיני (nDNA): DNA המצוי בגרעין של תאים איקריוטיים ומהווה את רוב החומר הגנטי באורגניזם. - DNA מתא יחיד
DNA מתא יחיד (scDNA): DNA המופק מתא יחיד ומשמש לאנליזה גנומית מפורטת ברמת התא הבודד. - DNA רקומביננטי
DNA רקומביננטי (rDNA): מולקולות DNA הנוצרות בשיטות מעבדתיות של רקומבינציה גנטית כדי לשלב חומר גנטי ממקורות מרובים. - צורות מיוחדות
DNA סביבתי (eDNA): DNA הנאסף מדגימות סביבתיות (קרקע, מים) ללא בידוד האורגניזמים שמהם הוא מגיע
DNA עתיק (aDNA): DNA המופק מדגימות עתיקות ומספק תובנות על ביולוגיה אבולוציונית ועל אוכלוסיות קדומות. - DNA כרומוזומלי
DNA כרומוזומלי: DNA המרכיב את הכרומוזומים בגרעין התא וכולל הן אזורים מקודדים והן אזורים שאינם מקודדים. - צורות נגיפיות וסינתטיות
DNA נגיפי: DNA שמקורו בנגיפים, העשוי להשתלב בגנומים של מאכסנים או להתקיים כישויות עצמאיות.
DNA סינתטי: רצפי DNA המסונתזים באופן מלאכותי בתהליכים כימיים ומשמשים לעיתים קרובות במחקר ובביוטכנולוגיה.
Hielscher Ultrasonics מייצרת הומוגנייזרים אולטרסוניים עתירי ביצועים במגוון גדלים, החל מגודל מעבדתי ועד גודל תעשייתי.