UIP400MTP માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટરનો ઉપયોગ કરીને એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલ રચના
એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલ્સ, સ્ફટિકોની જેમ, ન્યુક્લિયેશન અને ત્યારબાદની વૃદ્ધિની પ્રક્રિયા દ્વારા રચાય છે. જો કે, ન્યુક્લિયેશનના ઉચ્ચ મુક્ત-ઊર્જા અવરોધને કારણે, સ્વયંભૂ એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલ રચના લાંબા સમય સુધી વિલંબના તબક્કા પછી જ થાય છે. અલ્ટ્રાસોનિકેશન એમીલોઇડ ન્યુક્લિયેશનને પ્રેરિત કરવા માટે એક શક્તિશાળી સાધન તરીકે ઉભરી આવ્યું છે, જેનાથી ફાઇબ્રિલ રચનાને નોંધપાત્ર રીતે વેગ મળે છે. થિયોફ્લેવિન ટી (ટીએચટી) ફ્લોરોસેન્સનો ઉપયોગ કરીને માઇક્રોપ્લેટ રીડર સાથે જોડવામાં આવે ત્યારે, અલ્ટ્રાસોનિકેશન એકસાથે અનેક નમૂનાઓમાં એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલ્સનું ઉચ્ચ-થ્રુપુટ શોધ સક્ષમ બનાવે છે.
UIP400MTP માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટર સાથે અલ્ટ્રાસોનિકલી પ્રેરિત એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલ રચના
UIP400MTP મલ્ટી-વેલ પ્લેટ સોનિકેટર સાથે, સંશોધન હેતુઓ માટે મોટી માત્રામાં સમાન ગુણવત્તાના એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલ્સને ઝડપથી સંશ્લેષણ કરી શકાય છે. આ કાર્યક્ષમ અભિગમ પ્રોટીન એમીલોઇડોજેનિસિટીનો અભ્યાસ કરવાની મંજૂરી આપે છે. આ તકનીક ઝડપી અને પ્રજનનક્ષમ એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલેશનને સરળ બનાવે છે, જેમ કે β2-માઇક્રોગ્લોબ્યુલિન (β2-m) સાથે દર્શાવવામાં આવ્યું છે, જે ડાયાલિસિસ-સંબંધિત એમીલોઇડોસિસ સાથે સંકળાયેલ એમીલોઇડોજેનિક પ્રોટીન છે.
સરળ પ્રાયોગિક અભિગમ: અલ્ટ્રાસોનિકલી પ્રેરિત એમીલોઇડ ફાઇબરિલેશન
ફાઇબ્રિલ રચનાને પ્રેરિત કરવા માટે, UIP400MTP મલ્ટી-વેલ પ્લેટ સોનિકેટરના કેન્દ્રમાં 96-વેલ માઇક્રોપ્લેટ મૂકવામાં આવી હતી, જે બધા કુવાઓમાં એકસમાન અલ્ટ્રાસોનિક એક્સપોઝર સુનિશ્ચિત કરે છે. પ્રાયોગિક પરિસ્થિતિઓ નીચે મુજબ હતી:
- દરેક કૂવામાં 0.2 મિલી β2-માઈક્રોગ્લોબ્યુલિન દ્રાવણ (0.3 મિલિગ્રામ/મિલી, pH 2.5) 5 μM ThT સાથે પૂરક હતું.
- પ્લેટ પર અલ્ટ્રાસોનિકેશન ચક્ર કરવામાં આવ્યું હતું, જેમ કે 1-મિનિટ અલ્ટ્રાસોનિકેશન અને ત્યારબાદ 9 મિનિટનો વિરામ.
- સોનિકેશન પછી, માઇક્રોપ્લેટ રીડરનો ઉપયોગ કરીને ThT ફ્લોરોસેન્સ માપવામાં આવ્યું.
(cf. So et al., 2011)
પરંપરાગત આંદોલન સાથે સરખામણી
પરંપરાગત આંદોલન પદ્ધતિઓની તુલનામાં, અલ્ટ્રાસોનિકેશનથી ફાઇબ્રિલ રચનાના લેગ તબક્કામાં ભારે ઘટાડો થયો. પરંપરાગત માઇક્રોપ્લેટ ધ્રુજારીની સ્થિતિમાં, 10 માંથી માત્ર 1 કુવાએ 20 કલાક પછી વધેલા ThT ફ્લોરોસેન્સનું પ્રદર્શન કર્યું. તેનાથી વિપરીત, સાયકલ કરેલ અલ્ટ્રાસોનિકેશન (15 મિનિટ સોનિકેશન અને ત્યારબાદ 5 મિનિટની શાંતિ) નો ઉપયોગ કરીને, પ્રથમ સોનિકેશન સારવાર પછી તરત જ નોંધપાત્ર ThT ફ્લોરોસેન્સ વધારો જોવા મળ્યો.
ફાઇબરિલેશન ગતિશાસ્ત્રનું ઝડપી પ્રવેગક
સો એટ અલ. (2011) માંથી મેળવેલા પરિણામો દર્શાવે છે કે pH 2.5 પર β2-માઇક્રોગ્લોબ્યુલિનનું સ્વયંભૂ ફાઇબ્રિલ નિર્માણ અલ્ટ્રાસાઉન્ડ દ્વારા કેટલાક કલાકોથી માત્ર 10-15 મિનિટ સુધી ઝડપી બનાવી શકાય છે.
એટોમિક ફોર્સ માઇક્રોસ્કોપી (AFM) છબીઓએ પુષ્ટિ આપી છે કે દર 15 મિનિટે 10-મિનિટના અલ્ટ્રાસાઉન્ડ દ્વારા ઉત્પન્ન થતા ફાઇબ્રિલ્સ દર 10 મિનિટે 1-મિનિટના અલ્ટ્રાસાઉન્ડનો ઉપયોગ કરીને રચાયેલા ફાઇબ્રિલ્સથી મોર્ફોલોજિકલ રીતે અસ્પષ્ટ હતા. આ અલ્ટ્રાસાઉન્ડલી પ્રેરિત એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલેશનની પ્રજનનક્ષમતા અને મજબૂતાઈને પ્રકાશિત કરે છે.
દર 10 મિનિટે 1-મિનિટ અલ્ટ્રાસોનિકેશન દ્વારા ઉત્પાદિત એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલ્સની AFM છબીઓ (i), દર 15 મિનિટે 10-મિનિટ સોનિકેશન દ્વારા (ii), અને અલ્ટ્રાસોનિકેશન વિના સીડીંગ પ્રતિક્રિયા દ્વારા (iii). સફેદ સ્કેલ બાર 1 μm દર્શાવે છે.
અભ્યાસ અને છબીઓ: ©So et al., 2011
તટસ્થ pH સ્થિતિમાં ફાઇબરિલેશન
તટસ્થ pH પરિસ્થિતિઓમાં પણ, 1.5 કલાકના વિલંબ પછી ફાઇબ્રિલ રચના પ્રાપ્ત થઈ હતી, જે દર્શાવે છે કે અલ્ટ્રાસોનિકેશન ન્યુક્લિયેશન અને વૃદ્ધિ માટેના ઊર્જાસભર અવરોધને નોંધપાત્ર રીતે ઘટાડે છે. આ પૂર્વધારણાને વધુ સમર્થન આપે છે કે એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલેશન મુખ્યત્વે એક ભૌતિક પ્રતિક્રિયા છે, જે મોટાભાગે ન્યુક્લિયેશન ઊર્જા અવરોધ દ્વારા મર્યાદિત છે, જેને અલ્ટ્રાસોનિકેશન અસરકારક રીતે ઘટાડે છે.
એમીલોઇડ-સંબંધિત રોગ સંશોધન પર અસર
UIP400MTP માઇક્રોપ્લેટ સોનિકેટરનો ઉપયોગ કરીને એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલ્સનું સરળ અને વિશ્વસનીય નિર્માણ અલ્ઝાઇમર રોગ (AD) સંશોધન અને પાર્કિન્સન રોગ, પ્રકાર II ડાયાબિટીસ અને પ્રણાલીગત એમીલોઇડોસિસ જેવા અન્ય એમીલોઇડ-સંબંધિત વિકારો માટે નોંધપાત્ર અસરો ધરાવે છે. AD માં, એમીલોઇડ-β (Aβ) એકત્રીકરણ એક મુખ્ય રોગવિજ્ઞાનવિષયક ઓળખ છે, છતાં પરંપરાગત પદ્ધતિઓમાં લાંબા વિલંબ તબક્કાઓ અને પરિવર્તનશીલતાને કારણે તેના ફાઇબરિલેશન ગતિશાસ્ત્રનો અભ્યાસ કરવો પડકારજનક રહે છે. અલ્ટ્રાસોનિકેશન-સંચાલિત ફાઇબરિલ રચના ન્યુક્લિયેશનને વેગ આપે છે, ઉચ્ચ પ્રજનનક્ષમતા અને ઘટાડો પરિવર્તનશીલતાને સુનિશ્ચિત કરે છે, જે સંભવિત અવરોધકોને તપાસવા અને એમીલોઇડોજેનિક મિકેનિઝમ્સને સમજવા માટે મહત્વપૂર્ણ છે. વધુમાં, UIP400MTP ની ઉચ્ચ-થ્રુપુટ ક્ષમતા પ્રોટીન મિસફોલ્ડિંગ અને એકત્રીકરણમાં મોટા પાયે તપાસને સક્ષમ કરે છે, જે ફાઇબરિલ રચનાને મોડ્યુલેટ કરી શકે તેવા ઉપચારાત્મક એજન્ટોની શોધને સરળ બનાવે છે અને સંભવિત રીતે ન્યુરોડિજનરેટિવ પ્રગતિને ઘટાડી શકે છે.
આ અભ્યાસ UIP400MTP મલ્ટી-વેલ પ્લેટ સોનિકેટરનો ઉપયોગ કરીને અલ્ટ્રાસોનિકેશનને એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલ રચનાને વેગ આપવા માટે અત્યંત કાર્યક્ષમ પદ્ધતિ તરીકે સ્થાપિત કરે છે. આ અભિગમના મુખ્ય ફાયદાઓમાં શામેલ છે:
- ફાઇબ્રિલેશન માટે લેગ ટાઇમમાં નાટકીય ઘટાડો.
- બધા કુવાઓમાં એકસમાન અલ્ટ્રાસાઉન્ડ એક્સપોઝર, પ્રજનનક્ષમ ફાઇબ્રિલ રચનાને સક્ષમ બનાવે છે.
- ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સ્ક્રીનીંગ ક્ષમતા, જે તેને પ્રોટીન એમાયલોઇડોજેનિસિટીના જીનોમ-વ્યાપી શોધ માટે યોગ્ય બનાવે છે.
અલ્ટ્રાસોનિકેશનને ThT ફ્લોરોસેન્સ ડિટેક્શન સાથે સંકલિત કરીને, આ પદ્ધતિ એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલેશનનો અભ્યાસ કરવા માટે એક ઝડપી, સ્કેલેબલ અને વિશ્વસનીય પ્લેટફોર્મ પૂરું પાડે છે. તેની કાર્યક્ષમતા અને ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સંભવિતતાને જોતાં, આ અભિગમ બાયોફિઝિકલ અને ફાર્માસ્યુટિકલ સંશોધન માટે એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલ્સના સરળ સંશ્લેષણને સરળ બનાવી શકે છે, જે એમીલોઇડ-સંબંધિત અભ્યાસો અને ડ્રગ સ્ક્રીનીંગ માટે એક આશાસ્પદ સાધન પ્રદાન કરે છે.
ઉચ્ચ થ્રુપુટ EM નિષ્કર્ષણ 96-વેલ પ્લેટ સોનિકેટર UIP400MTP સાથે
સાહિત્ય / સંદર્ભો
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Masatomo So, Hisashi Yagi, Kazumasa Sakurai, Hirotsugu Ogi, Hironobu Naiki, Yuji Goto (2011): Ultrasonication-Dependent Acceleration of Amyloid Fibril Formation. Journal of Molecular Biology, Volume 412, Issue 4, 2011. 568-577.
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
વારંવાર પૂછાતા પ્રશ્નો
એમીલોઇડ પ્રાઇમરી ન્યુક્લિયેશન શું છે?
એમાયલોઇડ પ્રાથમિક ન્યુક્લિયેશન એ એમાયલોઇડ ફાઇબ્રિલ રચનામાં પ્રારંભિક, દર-મર્યાદિત પગલું છે, જ્યાં મોનોમેરિક પ્રોટીન રચનાત્મક ફેરફારોમાંથી પસાર થાય છે અને એક મહત્વપૂર્ણ ન્યુક્લિયસમાં સ્વ-સંમેલન કરે છે. આ ન્યુક્લિયસ વધુ એકત્રીકરણ માટે નમૂના તરીકે કામ કરે છે.
એમીલોઇડોસિસમાં ફાઇબ્રિલ કેવી રીતે બને છે?
એમાયલોઇડિસિસમાં, મિસફોલ્ડેડ પ્રોટીન ન્યુક્લિયેશન-આધારિત પોલિમરાઇઝેશન દ્વારા એકત્ર થાય છે. એકવાર ન્યુક્લિયસ બને છે, ત્યારે મોનોમર્સ ઝડપથી ગૌણ ન્યુક્લિયેશન અને ટેમ્પ્લેટેડ વૃદ્ધિ દ્વારા β-શીટ-સમૃદ્ધ તંતુઓમાં લંબાય છે, જે એમાયલોઇડ થાપણો તરફ દોરી જાય છે.
એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલ પોલીમોર્ફિઝમ શું છે?
એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલ પોલીમોર્ફિઝમ એ સમાન પ્રોટીન દ્વારા રચાયેલા ફાઇબ્રિલ્સમાં માળખાકીય ભિન્નતાનો ઉલ્લેખ કરે છે. ફાઇબ્રિલ મોર્ફોલોજી, પ્રોટોફિલેમેન્ટ ગોઠવણી અને મોલેક્યુલર પેકિંગમાં તફાવત પર્યાવરણીય પરિસ્થિતિઓ, પરિવર્તનો અથવા વિવિધ એકત્રીકરણ માર્ગોને કારણે ઉદ્ભવે છે.
એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલ્સ અને પ્લેક્સ વચ્ચે શું તફાવત છે?
એમીલોઇડ ફાઇબ્રિલ્સ રેખીય, β-શીટથી ભરપૂર પ્રોટીન સમૂહ છે, જ્યારે એમીલોઇડ પ્લેક્સ એ એકત્રિત ફાઇબ્રિલ્સના બાહ્યકોષીય થાપણો છે, જે ઘણીવાર લિપિડ્સ, ધાતુઓ અને કોષીય ભંગાર સાથે મિશ્રિત થાય છે, જેમ કે અલ્ઝાઇમર જેવા ન્યુરોડિજનરેટિવ રોગોમાં જોવા મળે છે.
આલ્ફા-સિન્યુક્લિન અને એમીલોઇડ વચ્ચે શું તફાવત છે?
આલ્ફા-સિન્યુક્લિન એ એક ન્યુરોનલ પ્રોટીન છે જે સિનેપ્ટિક કાર્યમાં સામેલ છે, પરંતુ રોગવિજ્ઞાનવિષયક પરિસ્થિતિઓમાં, તે ખોટી રીતે ફોલ્ડ થાય છે અને એમીલોઇડ જેવા ફાઇબ્રિલ્સ બનાવે છે. “એમીલોઇડ” એ સામાન્ય શબ્દ ખોટી રીતે ફોલ્ડ કરેલા, ફાઇબ્રિલર પ્રોટીન સમૂહ માટે છે, જ્યારે આલ્ફા-સિન્યુક્લિન ફાઇબ્રિલ્સ પાર્કિન્સન જેવા રોગો માટે વિશિષ્ટ છે.
પ્રોટીન ફાઇબ્રિલ શું છે?
પ્રોટીન ફાઇબ્રિલ એ ખૂબ જ ક્રમબદ્ધ, β-શીટથી સમૃદ્ધ, ફિલામેન્ટસ સમૂહ છે જે ખોટી રીતે ફોલ્ડ કરેલા અથવા આંશિક રીતે ખુલેલા પ્રોટીન દ્વારા રચાય છે. આ ફાઇબ્રિલ્સ સામાન્ય રીતે અદ્રાવ્ય હોય છે અને ન્યુક્લિયેશન-આધારિત પોલિમરાઇઝેશન દ્વારા ઉદ્ભવે છે. તેઓ વિવિધ રોગવિજ્ઞાનવિષયક પરિસ્થિતિઓ સાથે સંકળાયેલા છે, જેમાં એમાયલોઇડોસિસ અને ન્યુરોડિજનરેટિવ રોગો (દા.ત., અલ્ઝાઇમર, પાર્કિન્સન)નો સમાવેશ થાય છે. જો કે, કેટલાક કાર્યાત્મક પ્રોટીન ફાઇબ્રિલ્સ જૈવિક પ્રણાલીઓમાં અસ્તિત્વ ધરાવે છે, જેમ કે બેક્ટેરિયામાં કર્લી ફાઇબર અને કરોળિયામાં રેશમ ફાઇબર.
Hielscher Ultrasonics થી ઉચ્ચ-પ્રદર્શન અલ્ટ્રાસોનિક હોમોજેનાઇઝર્સનું ઉત્પાદન કરે છે પ્રયોગશાળા પ્રતિ ઔદ્યોગિક કદ.


