Metaboloomika toetamine suure läbilaskevõimega ultraheli töötlusega
Metaboloomika on uurimisvaldkond, mis kasutab suure läbilaskevõimega meetodeid väikeste molekulide iseloomustamiseks ja kvantifitseerimiseks mitmesugustes biovedelikes, näiteks uriinis, seerumis, plasmas, roojas ja süljes, paljastades ainulaadseid ainevahetuslikke signatuure. Suure läbilaskevõimega sonikaator UIP400MTP, mis on mõeldud mitmekaevulistele plaatidele, on võimas vahend rakkude lõhkumiseks nendes proovides ning hõlbustab metaboliitide vabanemist järgnevaks analüüsiks. See täpne ja usaldusväärne lähenemisviis on metaboloomikas hädavajalik, kus täpne uuringu kavandamine, hoolikas proovide ettevalmistus, optimeeritud platvormi seadistus, põhjalik andmeanalüüs ja tähenduslik bioloogiline tõlgendamine on ülimalt tähtsad. Metaboloomikas kasutatakse nii suunatud lähenemisviise, mis keskenduvad kindlatele molekuliklassidele, näiteks süsivesikutele, lipiididele ja aminohapetele, kui ka mittesuunatud meetodeid, mis annavad laia ülevaate proovi metaboolsetest profiilidest ning paljastavad ainevahetussignaalide keerulise mitmekesisuse.
UIP400MTP on kontaktivaba, suure läbilaskevõimega sonikaator rakkude lüüsiks ja metaboliitide ekstraktsiooniks mitmekaevulistes plaatides
Suure läbilaskevõimega proovide ettevalmistus 96-kaevulise plaadi sonikaatoriga UIP400MTP
Kontaktivaba sonikaatori UIP400MTP kasutamine koos 96-kaevuliste plaatidega on tõhus meetod suure läbilaskevõimega homogeniseerimiseks ja metaboliitide ekstraktsiooniks. See seadistus väldib otsest kontakti prooviga, vähendades ristsaastumise riski, kui töödeldakse samaaegselt mitut proovi.
Samm-sammuline protokoll homogeniseerimiseks 96-kaevulise sonikaatoriga UIP400MTP
- Metaboloomikaproovide ettevalmistus
Proovi paigutamine: Doseerige iga proov (nt roe, soolekude või luumeni sisu) 96-kaevulise plaadi või mikroplaadi eraldi kaevudesse.
Lahusti: Orgaanilised lahustid, näiteks metanool, etanool, atsetonitriil, kloroform ja nende (vesi)segud, on metaboliitide ekstraktsiooniks hädavajalikud, aidates rakumaatriksist vabastada rakusiseseid metaboliite. Kasutage kaevu kohta 100–300 µL lahustit, tagades piisava mahu proovi täielikuks uputamiseks.
Sisestandardid: Soovi korral lisage igasse kaevu sisestandardid normaliseerimiseks järgneva metaboloomikaanalüüsi ajal. - Sidekeskkonna seadistus
Veetase: Asetage 96-kaevuline plaat sonikeerimisplatvormile, mis on täidetud veega (sidekeskkonnaga), nagu on kirjeldatud kasutusjuhendis. - UIP400MTP parameetrite seadistus
Võimsuse seaded: Seadke ultraheli amplituud 50–80%-le maksimaalsest võimsusest tõhusa homogeniseerimise tagamiseks.
Impulssrežiim: Seadke sonikeerimistsükkel vahelduvatele impulssidele (nt 30 sekundit SEES, 30 sekundit VÄLJAS), et võimaldada jahtumist ja vältida proovi ülekuumenemist.
Kogukestus: 4–10 minutit, olenevalt proovi keerukusest ja jäikusest.
Temperatuuri reguleerimine: Kasutage laborijahutit, et hoida vett sonikeerimise ajal temperatuuril 4–8°C, kaitstes kuumustundlikke metaboliite. - Sonikeerimise protsess
Käivitage UIP400MTP sonikeerimistsüklite jaoks.
Jälgige protsessi UIP400MTP liidese kaudu.
Kavitatsiooniefekt homogeniseerib proovid ja lõhub kaevudes rakke, vabastades rakusisesed metaboliidid lahustisse. - Sonikeerimisjärgne töötlus
Tsentrifuugimine: Pärast sonikeerimist kandke plaadi sisu vajaduse korral kogumistorudesse. Tsentrifuugige kiirusel 4 000–6 000 × g 10 minutit, et lahustumatu praht ja rakumaterjal settida.
Supernatandi kogumine: Kandke supernatant ettevaatlikult igast kaevust analüüsiks uutesse torudesse või plaatidesse.
Valikuline kuivatamine: Kuivatage supernatandid vaakumkontsentraatoriga (nt SpeedVac), kui on vaja kontsentreerimist, ning lahustage seejärel uuesti väikeses koguses sobivas lahustis.
Kasutage ära UIP400MTP mitmekaevuliste plaatide sonikaatori suure läbilaskevõimega töötlusvõimsust ning hõlbustage oma metaboloomikauuringuid ja -analüüse!
UIP400MTP suure läbilaskevõimega sonikaator metaboloomikauuringuteks mitmekaevulistes plaatides, 96-kaevulistes plaatides, tuubides ja Petri tassides.
UIP400MTP mitmekaevuliste plaatide sonikaator suure läbilaskevõimega proovide ettevalmistuseks metaboloomikauuringutes.
Kontaktivaba sonikeerimise põhimõte sonikaatoriga UIP400MTP
UIP400MTP rakendab ultraheli lainet 96-süvendilise plaadi süvenditele kaudselt sidekeskkonna (nt vee) kaudu. Need lained tekitavad kavitatsiooni, mis lõhub rakke ja vabastab metaboliite ilma sonikaatori sondi ja proovi füüsilise kontaktita.
„Kirjutan, et tänada teid meie fantastilise kogemuse eest, mida saime teie sonikaatoriga UIP400MTP väljaheite mikrobioomi proovide ühtlaseks ja järjepidevaks bakterite lüüsiks. Nihutame suure läbilaskevõimega lüüsitehnoloogia piire ning teie seade sobib selleks ülesandeks väga hästi. Mõned peamised tugevused on:
- Kasutusmugavus – seade on lihtne kasutada ning kohandamine on menüüvalikute abil lihtne
- Suur läbilaskevõime – suurepärane plaatide käsitsemiseks, korraga 96 proovi
- Kõigi anumate ühtlane ultraheli töötlus – seade suutis anda kõigile süvenditele ühesuguse koguse ultraheli töötlust, mis oli meie rakenduse jaoks üliolulise tähtsusega
- Hielscheri meeskonna tugi – tugi oli suurepärane, olite meie jaoks alati olemas koolitusel, meie küsimustele vastamisel ja probleemide lahendamisel, pakkudes soovitusi, mis aitasid meil oma eesmärgini jõuda.
Täname veel kord teie abi ja toetuse eest, kui töötasime oma protokollide optimeerimise kallal.“
Mark D. Driscoll, Ph.D. – teadusdirektor (Chief Scientific Officer) – Intus Biosciences
Mitme süvendiga plaatide sonikaator UIP400MTP hõlbustab suure läbilaskevõimega proovide ettevalmistust, nt metaboliitide uuringutes ja analüüsis.
96-süvendilise plaadi sonikaator UIP400MTP: ultraheli edastav vedelik ümbritseb kõiki süvendeid ja tagab iga proovi ühtlase ultraheli töötluse
Mitme süvendiga plaatide sonikaatori UIP400MTP põhiomadused
| Suure läbilaskevõimega ultraheli töötlus | UIP400MTP sobib suurepäraselt 96-süvendilistele ja teistele mitme süvendiga plaatidele ning võimaldab mitut proovi korraga ja identselt ultraheliga töödelda, lühendades oluliselt proovide ettevalmistamise aega ja suurendades suure proovide arvuga testimise läbilaskevõimet. |
| Kasutage oma valitud mitme süvendiga plaati | UIP400MTP on mõeldud mis tahes standardsete mitme süvendiga plaatide, PCR-plaatide või mikrotiiterplaatide ultraheli töötluseks. Valite oma katsetele kõige sobivama plaadi. Kuna UIP400MTP ei vaja patenteeritud kulumaterjale, säästab see teile palju raha! |
| Kontaktivaba ultraheli töötlus | Mitme süvendiga plaatide sonikaator UIP400MTP rakendab intensiivset ultraheli ilma midagi proovi sisestamata. Saate ultraheliga töödelda suletud mitme süvendiga plaate, suletud anumaid ja viaale. Hielscher varustab teid kohandatud proovihoidikutega mis tahes mittestandardsete viaalide või anumate jaoks. |
| Täpsus ja kontroll | Täppisjuhtimine ja nutikas tarkvara võimaldavad teil seada ultraheli parameetrid optimaalselt oma konkreetsetele töötlusvajadustele. Saate iga katse jaoks maksimaalse ultraheli töötluse efektiivsuse ja tulemuslikkuse. |
| Temperatuuri reguleerimine | Määrake oma ultraheli töötluse jaoks kindel temperatuur. Plaadisonikaator UIP400MTP suudab jälgida proovi temperatuuri ja ultraheli töötlust vastavalt kohandada. Ringlev jahutusvedelik jahutab plaadi iga süvendit täpse temperatuuri reguleerimise tagamiseks. |
| Protokollimine ja kaugjuhtimine | Iga ultraheli töötluse tsüklit saab juhtida arvutist. Tarkvara paigaldamine ei ole vajalik. UIP400MTP kaugjuhtimiseks ja jälgimiseks saate kasutada oma tavalist brauserit (nt Chrome, Firefox, Edge või Safari) mis tahes operatsioonisüsteemis (nt MacOS, Windows, Android, iOS või Linux). Iga ultraheli töötluse tsükkel loob üksikasjaliku ultraheli töötluse protokolli hindamiseks ja dokumenteerimiseks. Protokollifail on mittepatenteeritud CSV-vormingus ja selle saate avada oma eelistatud programmiga, nt Microsoft Excel, Apple Numbers või OpenOffice Calc. |
| Töökindel ja usaldusväärne | UIP400MTP on projekteeritud ja valmistatud Saksamaal kõrgeimate kvaliteedistandardite järgi ning on mitte ainult võimas, vaid ka märkimisväärselt vastupidav. Selle konstruktsioon vastab tööstusstandarditele ja peab kergesti vastu nõudliku laborikeskkonna igapäevase kasutuse koormusele. Sonikaatorit UIP400MTP saate kasutada pidevalt 24 tundi ööpäevas, 7 päeva nädalas suure läbilaskevõimega töös. |
- kõrge efektiivsus
- tipptasemel tehnoloogia
- töökindlus ja vastupidavus
- reguleeritav, täpne protsessijuhtimine
- intelligentne tarkvara
- nutikad funktsioonid (nt programmeeritavus, andmete protokollimine, kaugjuhtimine)
- lihtne ja ohutu kasutada
- väike hooldusvajadus
- CIP (kohapealne puhastus, clean-in-place)
Disain, tootmine ja nõustamine – Saksamaal valmistatud kvaliteet
Hielscheri ultraheli seadmed on tuntud oma kõrgeima kvaliteedi ja disainistandardite poolest. Töökindlus ja lihtne kasutamine võimaldavad meie ultraheli seadmeid sujuvalt tööstusrajatistesse integreerida. Hielscheri ultraheli seadmed saavad kergesti hakkama rasketes tingimustes ja nõudlikes keskkondades.
Hielscher Ultrasonics on ISO sertifitseeritud ettevõte ning pöörab erilist tähelepanu suure jõudlusega ultraheli seadmetele, mis põhinevad tipptehnoloogial ja on kasutajasõbralikud. Loomulikult vastavad Hielscheri ultraheli seadmed CE nõuetele ning täidavad UL-i, CSA ja RoHs nõudeid.
Kontaktivaba sonikaator UIP400MTP metaboolsete proovide ettevalmistamiseks mikroplaatidel.
Kirjandus / viited
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Korduma kippuvad küsimused metaboolika uuringute kohta
Mis on mikrobioom?
Mikrobioom tähendab mikroorganismide – sealhulgas bakterite, viiruste, seente ja arhede – kogukonda ning nende geneetilist materjali, mis asustab teatud keskkonda, näiteks inimkeha. Sellel on peamine roll peremeesorganismi tervises, kuna see mõjutab ainevahetust, immuunfunktsiooni ja kaitset patogeenide vastu, samal ajal kui seda kujundavad sellised tegurid nagu toitumine, elustiil ja keskkond.
Mis on metaboolika?
Metaboolika on metaboliitide põhjalik uurimine; metaboliidid on väikesed molekulid, mis tekivad bioloogilise süsteemi ainevahetusprotsesside käigus. See hõlmab nende molekulide identifitseerimist, kvantifitseerimist ja analüüsi, et mõista rakufunktsioone, ainevahetusradu ja seda, kuidas need reageerivad geneetilistele, keskkonnast tulenevatele või patoloogilistele muutustele.
Mis on metaboom?
Metaboom on bioloogilises süsteemis, näiteks rakus, koes või organismis, antud ajahetkel esinevate väikeste molekulide ehk metaboliitide täielik kogum. See peegeldab süsteemi biokeemilist aktiivsust ja füsioloogilist seisundit, andes ülevaate ainevahetusest ja selle vastasmõjudest keskkonnaga.
Hielscher Ultrasonics toodab suure jõudlusega ultraheli homogenisaatoreid alates labori kuni tööstusliku suuruseni.