Chromatinové stříhání: vysoká propustnost a bezkontaktní přesnost
Stříhání chromatinu je kritickým krokem v mnoha pracovních postupech molekulární biologie, který umožňuje fragmentaci chromatinu do přesných velikostí pro aplikace, jako je ChIP a NGS. UIP400MTP vícejamkový destičkový sonikátor přináší revoluci do tohoto procesu díky své vysoce výkonné, bezkontaktní technologii, která nabízí bezkonkurenční účinnost, reprodukovatelnost a integritu vzorku. Tento článek zkoumá, jak UIP400MTP zjednodušuje a vylepšuje střih chromatinu, čímž splňuje požadavky moderního výzkumu.
Stříhání chromatinu v biologických vědách
Stříhání chromatinu, proces fragmentace chromatinu do zvládnutelných velikostí, je nezbytným krokem v molekulární biologii, zejména pro epigenetický výzkum, imunoprecipitaci chromatinu (ChIP) a sekvenování nové generace (NGS). Tato technika se používá k izolaci komplexů DNA-protein, studiu modifikací histonů a identifikaci proteinů vázajících DNA. Dosažení konzistentní a reprodukovatelné fragmentace chromatinu je rozhodující pro získání vysoce kvalitních dat, což do značné míry závisí na vybavení a metodách použitých během procesu stříhání.
Tradiční metody stříhání chromatinu často představují problémy, jako je kontaminace vzorku, proměnlivé výsledky a časová neefektivita. S rozšiřováním výzkumu, zejména v prostředí s vysokou propustností, roste poptávka po inovativních řešeních, která zajišťují konzistentní výsledky na více vzorcích. UIP400MTP Multi-Well Plate Sonicator nabízí pokročilý, vysoce výkonný a bezkontaktní přístup, který nastavuje nový standard ve stříhání chromatinu.
Zefektivněte stříhání chromatinu pomocí Mutli-Well Plate Sonicator UIP400MTP
Vysoce výkonný sonikátor UIP400MTP vyniká mezi technikami stříhání chromatinu a překonává tradiční metody, jako je enzymatické trávení a mechanické stříhání. Kombinací vysoké účinnosti s bezkontaktní sonikací nabízí vynikající reprodukovatelnost, rychlost a integritu vzorku, což z něj činí preferovanou volbu pro moderní výzkumné pracovní postupy.
- Vysoká efektivita
Schopnost UIP400MTP zpracovávat více vzorků současně šetří značný čas a úsilí. Eliminuje potřebu opakované ruční manipulace se vzorky, což umožňuje výzkumným pracovníkům soustředit se na následné analýzy a zvýšení celkové produktivity. - Bezkontaktní sonikace pro integritu vzorku
Bezkontaktní sonikace nejen chrání vzorky před kontaminací, ale také minimalizuje riziko mechanického opotřebení zařízení. Tím je zajištěno, že citlivé biologické vzorky jsou zpracovávány v kontrolovaném a sterilním prostředí. - Jednotná fragmentace
Reprodukovatelnost je základním kamenem spolehlivého výzkumu. UIP400MTP zajišťuje, že každá jamka obdrží stejnou ultrazvukovou expozici, čímž se získají rovnoměrné fragmenty chromatinu. Tato jednotnost je zásadní pro experimenty, jako jsou ChIP a NGS, kde konzistence při přípravě vzorků přímo ovlivňuje kvalitu dat. - Škálovatelnost a flexibilita
UIP400MTP je vhodný jak pro experimenty v malém měřítku, tak pro studie ve velkém měřítku. Výzkumníci mohou systém snadno upravit pro různé objemy vzorků, což z něj činí všestranný nástroj pro různé aplikace. - Snížené riziko křížové kontaminace
Tradiční metody, které zahrnují přímý kontakt, jako je sonikace sondy, s sebou nesou riziko kontaminace mezi vzorky. Bezkontaktní přístup UIP400MTP toto riziko eliminuje, takže je zvláště vhodný pro citlivé aplikace, jako jsou epigenetické studie.
Aplikace střihu chromatinu s UIP400MTP
UIP400MTP je ideální pro:
- Imunoprecipitace chromatinu (ChIP): Precizní střih chromatinu zajišťuje optimální vazbu protilátek na specifické DNA-proteinové komplexy.
- Sekvenování nové generace (NGS): Rovnoměrná fragmentace DNA je rozhodující pro přípravu sekvenační knihovny a zajišťuje vysoce kvalitní čtení.
- Studie modifikace histonů: Konzistentní příprava chromatinu umožňuje vědcům analyzovat interakce histon-DNA s vysokou přesností.
- Epigenetický výzkum: UIP400MTP podporuje vyšetřování vzorců metylace DNA a dalších epigenetických modifikací prostřednictvím reprodukovatelného zpracování vzorků.
Vysoce výkonné ultrasonicators
- Vysoká efektivita
- Nejmodernější technologie
- spolehlivost & Robustnost
- Nastavitelné, přesné řízení procesu
- várka & Vložené
- pro libovolný svazek
- Inteligentní software
- chytré funkce (např. programovatelné, datové protokolování, dálkové ovládání)
- Snadná a bezpečná obsluha
- Nízké nároky na údržbu
- CIP (čištění na místě)
Projekce, výroba a poradenství – Kvalita Made in Germany
Hielscher ultrasonicators jsou dobře známí pro své nejvyšší standardy kvality a designu. Robustnost a snadná obsluha umožňují hladkou integraci našich ultrazvukových zařízení do průmyslových zařízení. Drsné podmínky a náročná prostředí jsou snadno zvládnutelné Hielscher ultrasonikators.
Hielscher Ultrasonics je společnost certifikovaná ISO a klade zvláštní důraz na vysoce výkonné ultrasonicators s nejmodernější technologií a uživatelskou přívětivostí. Samozřejmě, Hielscher ultrasonicators jsou v souladu s CE a splňují požadavky UL, CSA a RoHs.
Níže uvedená tabulka vám poskytuje přibližnou kapacitu zpracování našich laboratorních ultrasonicators:
| Doporučená zařízení | Objem dávky | Průtok |
|---|---|---|
| UIP400MTP 96-jamkový deskový sonikátor | vícejamkové / mikrotitrační destičky | Není k dispozici |
| Ultrazvukový CupHorn | CupHorn pro lahvičky nebo kádinku | Není k dispozici |
| GDmini2 řekl: | Ultrazvukový mikroprůtokový reaktor | Není k dispozici |
| VialTweeter | 0Přibližně 5 až 1,5 ml | Není k dispozici |
| UP100H | 1 až 500 ml | 10 až 200 ml / min |
| UP200Ht, UP200St | 10 až 1000 ml | 20 až 200 ml/min |
| UP400St | 10 až 2000 ml | 20 až 400 ml/min |
| Ultrazvuková sítová třepačka | Není k dispozici | Není k dispozici |
UIP400MTP – Vysoce výkonná příprava vzorků v mikrodestičkách
Literatura / Reference
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Nejčastější dotazy
Co je fragmentace chromatinu?
Fragmentace chromatinu je proces rozkladu chromatinu, komplexu DNA a proteinů, na menší, zvládnutelné fragmenty. Toho je dosaženo za účelem usnadnění studia interakcí DNA-protein, modifikací histonů nebo dostupnosti DNA v aplikacích molekulární biologie, jako je imunoprecipitace chromatinu (ChIP) a sekvenování nové generace (NGS). Proces zajišťuje, že chromatin je fragmentován na určitý rozsah velikostí, obvykle fyzikálními metodami, jako je sonikace nebo enzymatické trávení, při zachování integrity komplexů DNA-protein pro následnou analýzu.
Co je zesíťování chromatinu?
Zesíťování chromatinem je biochemický proces používaný ke stabilizaci interakcí mezi DNA a proteiny nebo jinými molekulami asociovanými s chromatinem. Zahrnuje použití síťovacích činidel, jako je formaldehyd, k vytvoření kovalentních vazeb mezi interagujícími molekulami, efektivně “mrazivý” jejich interakce na místě. Tato technika je široce používána v imunoprecipitaci chromatinu (ChIP) a souvisejících testech k zachování nativní struktury chromatinu a usnadnění identifikace interakcí DNA-protein nebo protein-protein během následné analýzy.
Co způsobuje zhutnění chromatinu?
Zhutnění chromatinu je primárně způsobeno interakcemi mezi histony a DNA, stejně jako skládáním vyšších řádů zprostředkovaným histony linkeru (jako H1), proteiny asociovanými s chromatinem a epigenetickými modifikacemi, jako je methylace nebo deacetylace histonů. Tyto faktory podporují těsnější balení nukleozomů, což snižuje přístup k DNA. Buněčné podmínky, jako jsou koncentrace iontů, a procesy, jako je buněčné dělení nebo umlčování genů, také přispívají ke zhutňování chromatinu.
Hielscher Ultrasonics vyrábí vysoce výkonné ultrazvukové homogenizátory od laboratoř k průmyslová velikost.