Екстракция на извънклетъчен матрикс с 96-ямковия Sonicator UIP400MTP

Традиционните методи за екстракция на извънклетъчен матрикс (ЕМ) често включват множество стъпки за нарушаване на матрицата на биофилма. Тези техники обаче могат да отнемат много време и да бъдат непоследователни, което води до променливост в резултатите. С 96-ямковия ултразвуков UIP400MTP процесът на екстракция на електромагнитна енергия е значително улеснен, осигурявайки високоефективно, прецизно и равномерно разрушаване на биофилма във формати с висока производителност. UIP400MTP използва фокусиран ултразвук, за да генерира контролирана кавитация, ефективно разграждайки матрицата на биофилма, като същевременно запазва жизнеспособността и целостта на вградените в биофилма клетки. Използването на UIP400MTP подобрява възпроизводимостта и точността на анализите надолу по веригата, като метаболомни и протеомни анализи, тестове за жизнеспособност и изследвания за антимикробна чувствителност. Чрез рационализиране на екстракцията на ЕМ, UIP400MTP позволява на изследователите да постигнат последователни и висококачествени резултати, предлагайки по-задълбочен поглед върху динамиката на биофилма и взаимодействията с външни агенти.

екстракция с извънклетъчен матрикс

Извънклетъчният матрикс (ЕМ) е критичен компонент на биофилмите, образувани от микроорганизми като Candida albicans. Съставен от полизахариди, протеини, липиди и извънклетъчна ДНК, ЕМ осигурява структурна цялост, медиира адхезията към повърхностите и допринася значително за антимикробната резистентност. Извличането и анализирането на ЕМ е от съществено значение за разбирането на биологията на биофилма, изясняването на механизмите на лекарствена резистентност и идентифицирането на нови терапевтични цели.

Протокол за екстракция на извънклетъчен матрикс (ЕМ) от биофилми на Candida albicans с помощта на UIP400MTP

Този протокол се фокусира върху извличането на извънклетъчния матрикс (ЕМ) на статични биофилми на Candida albicans. Интегриране на UIP400MTP ултразвука, за да замени традиционните стъпки за изстъргване или ензимни стъпки за подобрена ефективност и възпроизводимост.

Необходими материали

Инструкции стъпка по стъпка за извличане на EM

1. Образуване на статичен биофилм
   За статични биофилми, инокулирайте C. albicans в ямките на 96-ямкова плоча, като използвате среда RPMI-1640. Всяка ямка трябва да съдържа постоянен обем инокулум (напр. 200 μL на ямка).
   Инкубира се плочата при 37°C при статични условия в продължение на 24 часа, за да се даде възможност за образуване на биофилм върху повърхностите на кладенеца.
2. Подготовка на биофилм за екстракция
   След инкубация внимателно аспирирайте и изхвърлете отработената среда от всяка кладенеца, без да нарушавате биофилма.
   Изплакнете внимателно всяка от тях със стерилен PBS (напр. 200 μL), за да отстраните свободно прикрепените клетки и планктонните отломки. Повторете тази стъпка два пъти.
   Добавете пресен PBS или екстракционния буфер (напр. 200 μL) към всяка ямка, за да се подготвите за ултразвук.
3. Развлюбяване с UIP400MTP
   Поставете плочата с 96 ямки, съдържаща PBS или екстракционен буфер, в тавата на UIP400MTP ултразвуков уред. За да поставите правилно плочата с много ямки, следвайте инструкциите на ръководството.
   Сонирайте за 5-6 минути при нежна настройка (60% амплитуда, импулсен режим), осигурявайки равномерно нарушаване на структурата на биофилма и освобождаване на ЕМ компоненти.
   Използвайте контрол на температурата на UIP400MTP ултразвука (температурен сензор и настройки), за да избегнете прекомерно нагряване или повреда на пробата.
4. Обработка с катионообменна смола (CER)
   Прехвърлете ултразвуковата течност от всяка ямка в нова плоча с 96 ямки.
   Добавя се двоен обем суспензия на CER (приготвена в PBS или буфер) към всяка ямка (напр. общ обем 400 μL на ямка).
   Запечатайте плочата и я инкубирайте върху шейкър или ротатор при 400 оборота в минута за 3 часа, за да позволите свързването и изолирането на EM компонентите.
5. Разделяне и филтриране
   Центрофугирайте плочата при 2000 × g за 10 минути, за да отделите смолата и клетките от супернатанта.
   Внимателно прехвърлете супернатанта, съдържаща EM, от всяка ямка в нова плоча с 96 ямки.
   Филтрирайте супернатанта през филтър от 0,22 μm с помощта на плоча вакуумна колекторна система или еквивалент, за да се получи чист EM екстракт.
6. Анализ на EM
   Използвайте техники като UPLC-Q-TOF-MS за профилиране на нецелеви метаболити или използвайте специфични анализи (напр. BCA за протеини, триглицериди и комплекти за количествено определяне на въглехидрати), за да характеризирате EM компонентите.

Екстракция с висока производителност на извънклетъчен матрикс

Високата ефективност на екстракцията на извънклетъчен матрикс (ЕМ) с UIP400MTP ултразвук революционизира подготовката на пробите за анализи, изискващи точен анализ на свойствата на биофилма. UIP400MTP използва ултразвукови вълни за прецизно и равномерно разрушаване на биофилмовата матрица, позволявайки ефективното освобождаване на електромагнитни компоненти, като същевременно запазва жизнеспособността и целостта на клетките. Този подход значително повишава надеждността на анализи като тестове за жизнеспособност на биофилма, протеомни и метаболомни изследвания и оценки на антимикробната чувствителност.

За тестове за възстановяване на биофилм, като например преброяване на колониеобразуващи единици (CFU), екстракцията на електромагнитна енергия с UIP400MTP осигурява безпрепятствен достъп на реагенти до клетките, вградени в биофилм. По същия начин протеомните и метаболомните анализи, като UPLC-Q-TOF-MS, се възползват от високодобивната изолация на протеини, липиди и метаболити. UIP400MTP също така поддържа прецизно тестване за антимикробна чувствителност, което позволява точно определяне на стойностите на биофилма, MIC и MBEC. Освен това, ефективната екстракция, улеснена от UIP400MTP, подпомага анализите за ензимна активност, количественото определяне на компонентите и структурните изследвания, предлагайки ценна информация за ролята на извънклетъчните матрици в архитектурата на биофилма, адхезията и механизмите на резистентност.

Този високопроизводителен, възпроизводим метод на екстракция оптимизира ЕМ подготовката, осигурявайки превъзходни резултати в редица анализи, свързани с биофилма.