Метаболоміка, чому сприяє високопродуктивна ультразвукова діагностика
Метаболоміка — це область досліджень, яка використовує високопродуктивні методи для характеристики та кількісної оцінки малих молекул у різних біорідинах, таких як сеча, сироватка, плазма, фекалії та слина, виявляючи унікальні метаболічні сигнатури. Високопродуктивний UIP400MTP ультразвуковий апарат, розроблений для багатолункових пластин, є потужним інструментом для лізу клітин у цих зразках, полегшуючи вивільнення метаболітів для подальшого аналізу. Цей точний і надійний підхід має важливе значення для метаболоміки, де точний дизайн дослідження, ретельна підготовка зразків, оптимізоване налаштування платформи, всебічний аналіз даних і змістовна біологічна інтерпретація мають першорядне значення. Метаболоміка використовує як цільові підходи, які зосереджуються на конкретних класах молекул, таких як вуглеводи, ліпіди та амінокислоти, так і нецільові методи, які надають широкий огляд метаболічних профілів у зразку, виявляючи складну складність метаболічної сигналізації.
UIP400MTP - це безконтактний, високопродуктивний ультразвуковий апарат для лізису клітин і екстракції метаболітів в багатолункових пластинах
Високопродуктивна підготовка зразків за допомогою 96-лункового пластинчастого сонікатора UIP400MTP
Використання UIP400MTP безконтактного ультразвукового апарату в поєднанні з 96-лунковими пластинами є ефективним методом високопродуктивної гомогенізації та екстракції метаболітів. Ця установка дозволяє уникнути прямого контакту зі зразком, зменшуючи ризик перехресного забруднення під час обробки кількох зразків одночасно.
Покроковий протокол гомогенізації з 96-лунковим сонікатором UIP400MTP
- Підготовка метаболомічних зразків
Розміщення зразків: Дозуйте кожен зразок (наприклад, фекалії, тканини кишечника або люмінальний вміст) в окремі лунки планшета або мікропланшета з 96 лунками.
Розчинник: Органічні розчинники, такі як метанол, етанол, ацетонітрил, хлороформ та їх (водні) суміші, необхідні для екстракції метаболітів, сприяючи вивільненню внутрішньоклітинних метаболітів із клітинного матриксу. Використовуйте 100–300 мкл розчинника на лунку, забезпечуючи достатній об'єм для повного занурення зразка.
Внутрішні стандарти: За бажанням додайте внутрішні стандарти до кожної лунки для нормалізації під час подальшого метаболомічного аналізу. - Зчеплення середньої установки
Рівень води: Помістіть пластину 96well на платформу для ультразвуку, наповнену водою (середовищем зчеплення), як описано в інструкції. - UIP400MTP Конфігурація параметрів
Налаштування живлення: Відрегулюйте амплітуду ультразвуку до 50–80% від максимальної потужності для ефективної гомогенізації.
Імпульсний режим: Встановіть цикл ультразвуку на чергування імпульсів (наприклад, 30 секунд увімкнено, 30 секунд вимкнено), щоб забезпечити охолодження та запобігти перегріву зразка.
Загальний час проведення: 4–10 хвилин, залежно від складності зразка та ударної в'язкості.
Контроль температури: Використовуйте лабораторний охолоджувач для підтримки води на рівні 4–8°C під час ультразвуку, щоб захистити метаболіти, чутливі до тепла. - Процес ультразвукового дослідження
Запустіть UIP400MTP для циклів ультразвукового дослідження.
Слідкуйте за процесом через інтерфейс UIP400MTP.
Ефект кавітації гомогенізує зразки та лізує клітини в лунках, вивільняючи внутрішньоклітинні метаболіти в розчинник. - Після УЗД
Центрифугування: Після ультразвукового дослідження перенесіть вміст пластини в пробірки для збору, якщо це необхідно. Центрифугуйте при дозі 4,000–6,000 × г протягом 10 хвилин, щоб гранулювати нерозчинні залишки та пористого матеріалу.
Колекція Supernatant: Обережно перенесіть супернатант з кожної свердловини в нові трубки або пластини для аналізу.
Опціонально для сушіння: Сухі супернатанти за допомогою вакуумного концентратора (наприклад, SpeedVac), якщо потрібна концентрація, потім відновлюють у невеликому об'ємі відповідного розчинника.
Скористайтеся перевагами високопродуктивної обчислювальної потужності багатолункового пластинчастого сонікатора UIP400MTP та полегшіть свої метаболомічні дослідження та аналіз!
UIP400MTP високопродуктивний звуковий апарат для метаболомічного дослідження в багатолункових тарілках, 96-лункових тарілках, трубках і чашках Петрі.
UIP400MTP Multiwell Plate Sonicator для високопродуктивної підготовки зразків у метаболомічних дослідженнях.
Принцип безконтактного УЗД з UIP400MTP
UIP400MTP подає ультразвукові хвилі на свердловини 96-лункової плити опосередковано через середовище сполучення (наприклад, воду). Ці хвилі створюють кавітацію, яка руйнує клітини та вивільняє метаболіти без фізичного контакту між зондом ультразвуку та зразком.
“Я пишу, щоб подякувати вам за наш фантастичний досвід використання вашого UIP400MTP ультразвукового апарату для рівномірного та послідовного бактеріального лізису зразків фекального мікробіому. Ми розширюємо межі технології лізису з високою пропускною здатністю, і ваш інструмент добре підходить для цього завдання. Ось деякі з ключових моментів:
- Простота експлуатації – Інструмент простий у використанні, а налаштування просте за допомогою вибору меню
- висока пропускна здатність – відмінно підходить для роботи з пластинами, з 96 зразками за раз
- Рівномірне УЗД всіх судин – Пристрій зміг доставити однакову кількість ультразвукового звуку до всіх свердловин, що було критично важливим для нашого застосування
- Підтримка від команди Hielscher – Підтримка була чудовою, ви завжди були поруч з нами на тренуваннях, щоб відповісти на наші запитання та вирішити проблеми, з пропозиціями, які допомогли нам досягти нашої мети.
Ще раз дякую за допомогу та сприяння, оскільки ми працювали над оптимізацією наших протоколів.”
Марк Д. Дрісколл, доктор філософії – Головний науковий співробітник – Інтус Біологічні науки
Багатолунковий пластинчастий сонник UIP400MTP сприяє високопродуктивній підготовці зразків, наприклад, при дослідженні та аналізі метаболітів.
96-лунковий пластинчастий сонікатор UIP400MTP: рідина, що передає ультразвук, оточує всі лунки та забезпечує рівномірне ультразвукове дослідження кожного зразка
Ключові характеристики багатолункового пластинчастого сонника UIP400MTP
| Ультразвукова діагностика з високою пропускною здатністю | Ідеально підходить для 96-лункових та інших багатолункових пластин, UIP400MTP дозволяє проводити одночасне, ідентичне ультразвукування кількох зразків, значно скорочуючи тривалість підготовки зразків і збільшуючи пропускну здатність тестування з високим числом зразків. |
| Використовуйте пластину Multiwell на ваш вибір | UIP400MTP призначений для ультразвукового дослідження будь-яких стандартних багатолункових пластин, ПЛР-пластин або планшетів з мікротитром. Ви вибираєте плиту, найбільш підходящу для ваших експериментів. Оскільки UIP400MTP не вимагає фірмових витратних матеріалів, це значно економить вам гроші! |
| Безконтактна ультразвукова терапія | Multiwell Plate Sonicator UIP400MTP застосовує інтенсивний ультразвук, нічого не вставляючи в зразок. Можна проводити ультразвукове дослідження в багатолункових пластинах, закритих посудинах і флаконах. Hielscher надає вам індивідуальні тримачі для зразків для будь-яких нестандартних флаконів або посудин. |
| Точність і контроль | Точне керування та інтелектуальне програмне забезпечення дозволяють оптимально встановлювати ультразвукові параметри відповідно до ваших конкретних потреб обробки. Ви отримуєте максимальну ефективність і результативність ультразвуку для кожного експерименту. |
| Контроль температури | Встановіть конкретну температуру для ультразвукового випромінювання. Сонікатор UIP400MTP пластин може контролювати температуру зразка та відповідним чином регулювати ультразвук. Рециркулююча охолоджуюча рідина охолоджує кожну лунку в пластині для точного контролю температури. |
| Протоколування та дистанційне керування | Кожним проведенням ультразвуку можна керувати з комп'ютера. Установка програмного забезпечення не потрібна. Ви можете використовувати свій стандартний браузер (наприклад, Chrome, Firefox, Edge або Safari) на будь-якій операційній системі (наприклад, MacOS, Windows, Android, iOS або Linux) для віддаленого керування та моніторингу UIP400MTP. Кожне проведення ультразвукового дослідження створює детальний протокол ультразвукового дослідження для оцінки та документування. Файл протоколу має непатентований формат CSV, який ви можете відкрити за допомогою бажаної програми, наприклад, Microsoft Excel, Apple Numbers або OpenOffice Calc. |
| Міцний і надійний | Спроектований і виготовлений в Німеччині за найвищими стандартами якості, UIP400MTP не тільки потужний, але й надзвичайно довговічний. Його конструкція відповідає промисловим стандартам і легко витримує суворі умови щоденного використання в вимогливих лабораторних умовах. Ви можете використовувати UIP400MTP безперервно 24 години, 7 днів на тиждень під час високопродуктивних операцій. |
- високий ККД
- Найсучасніші технології
- надійність & Надійності
- Регульований, точний контроль процесу
- Інтелектуальне програмне забезпечення
- інтелектуальні функції (наприклад, програмовані, протоколювання даних, дистанційне керування)
- Простота і безпека в експлуатації
- низькі експлуатаційні витрати
- CIP (прибирання на місці)
Проектування, виробництво та консалтинг – Якість зроблено в Німеччині
Ультразвукові апарати Hielscher добре відомі своїми найвищими стандартами якості та дизайну. Надійність і простота експлуатації дозволяють плавно інтегрувати наші ультразвукові апарати в промислові об'єкти. З важкими умовами та вимогливими умовами легко справляються ультразвукові апарати Hielscher.
Hielscher Ultrasonics є сертифікованою компанією ISO і приділяє особливу увагу високопродуктивним ультразвуковим апаратам, які відрізняються найсучаснішими технологіями та зручністю для використання. Звичайно, ультразвукові апарати Hielscher відповідають вимогам CE та відповідають вимогам UL, CSA та RoHs.
Безконтактний УЗД UIP400MTP для метаболомічної пробопідготовки в мікропланшетах.
Література / Список літератури
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Часті питання про метаболомічні дослідження
Що таке мікробіом?
Мікробіом – це колективне співтовариство мікроорганізмів, включаючи бактерії, віруси, гриби та археї, а також їх генетичний матеріал, який населяє певне середовище, наприклад, організм людини. Він відіграє важливу роль у здоров'ї господаря, впливаючи на метаболізм, імунну функцію та захист від патогенів, водночас формуючись під впливом таких факторів, як дієта, спосіб життя та навколишнє середовище.
Що таке метаболоміка?
Метаболоміка – це всебічне вивчення метаболітів, які є малими молекулами, що утворюються під час метаболічних процесів у біологічній системі. Це включає ідентифікацію, кількісну оцінку та аналіз цих молекул для розуміння клітинних функцій, метаболічних шляхів і того, як вони реагують на генетичні, екологічні або патологічні зміни.
Що таке метаболома?
Метаболом — це повний набір малих молекул, або метаболітів, присутніх у біологічній системі, такій як клітина, тканина або організм, у певний момент часу. Він відображає біохімічну активність і фізіологічний стан системи, надаючи уявлення про обмін речовин і його взаємодію з навколишнім середовищем.
Hielscher Ultrasonics виробляє високоефективні ультразвукові гомогенізатори з Лабораторії до промислові розміри.