Yüksek Numune İşleme Kapasiteli Sonikasyonla Kolaylaştırılan Metabolomik
Metabolomik, idrar, serum, plazma, dışkı ve tükürük gibi çeşitli biyolojik sıvılardaki küçük molekülleri karakterize etmek ve miktarlarını belirlemek için yüksek numune işleme kapasiteli teknikler kullanan ve benzersiz metabolik imzaları ortaya çıkaran araştırma alanıdır. Çok kuyucuklu plakalar için tasarlanan yüksek numune işleme kapasiteli UIP400MTP sonikatörü, bu numunelerdeki hücrelerin lizisi için güçlü bir araçtır ve sonraki analizler için metabolitlerin serbest bırakılmasını kolaylaştırır. Bu hassas ve güvenilir yaklaşım; doğru çalışma tasarımının, titiz numune hazırlamanın, optimize edilmiş platform kurulumunun, kapsamlı veri analizinin ve anlamlı biyolojik yorumlamanın son derece önemli olduğu metabolomik için vazgeçilmezdir. Metabolomik, hem karbonhidratlar, lipitler ve amino asitler gibi belirli molekül sınıflarına odaklanan hedefli yaklaşımları hem de bir numunedeki metabolik profillere geniş bir genel bakış sunarak metabolik sinyalleşmenin girift karmaşıklığını ortaya çıkaran hedefsiz teknikleri kullanır.
UIP400MTP, çok kuyucuklu plakalarda hücre lizisi ve metabolit ekstraksiyonu için temassız, yüksek numune işleme kapasiteli bir sonikatördür
96 Kuyucuklu Plaka Sonikatörü UIP400MTP ile Yüksek Numune İşleme Kapasiteli Numune Hazırlama
Temassız UIP400MTP sonikatörünün 96 kuyucuklu plakalarla birlikte kullanılması, yüksek numune işleme kapasiteli homojenizasyon ve metabolit ekstraksiyonu için verimli bir yöntemdir. Bu düzenek, birden fazla numuneyi aynı anda işlerken numuneyle doğrudan teması önleyerek çapraz kontaminasyon riskini azaltır.
96 Kuyucuklu Plaka Sonikatörü UIP400MTP ile Homojenizasyon için Adım Adım Protokol
- Metabolomik Numunelerin Hazırlanması
Numune Yerleştirme: Her numuneyi (ör. dışkı, bağırsak dokusu veya lümen içeriği) 96 kuyucuklu bir plakanın veya mikroplakanın ayrı kuyucuklarına dağıtın.
Çözücü: Metanol, etanol, asetonitril, kloroform ve bunların (sulu) karışımları gibi organik çözücüler, hücre içi metabolitlerin hücresel matriksten serbest bırakılmasına yardımcı oldukları için metabolit ekstraksiyonunda vazgeçilmezdir. Numunenin tamamen sıvıya daldırılması için yeterli hacmi sağlayarak her kuyucuk için 100–300 µL çözücü kullanın.
İç Standartlar: İsteğe bağlı olarak, sonraki metabolomik analiz sırasında normalizasyon için her kuyucuğa iç standartlar ekleyin. - Aktarım Ortamının Hazırlanması
Su Seviyesi: 96 kuyucuklu plakayı, kılavuzda açıklandığı şekilde suyla (aktarım ortamı) doldurulmuş sonikasyon platformuna yerleştirin. - UIP400MTP Parametrelerinin Yapılandırılması
Güç Ayarları: Verimli homojenizasyon için ultrasonik genliği maksimum gücün %50–80’ine ayarlayın.
Darbe Modu: Soğumaya olanak tanımak ve numunenin aşırı ısınmasını önlemek için sonikasyon döngüsünü dönüşümlü darbelerle çalışacak şekilde ayarlayın (ör. 30 saniye AÇIK, 30 saniye KAPALI).
Toplam süre: Numunenin karmaşıklığına ve dayanıklılığına bağlı olarak 4–10 dakika.
Sıcaklık Kontrolü: Isıya duyarlı metabolitleri korumak için sonikasyon sırasında suyu 4–8°C sıcaklıkta tutacak bir laboratuvar soğutucusu kullanın. - Sonikasyon Süreci
Sonikasyon döngüleri için UIP400MTP sonikatörünü başlatın.
Süreci UIP400MTP arayüzü üzerinden izleyin.
Kavitasyon etkisi numuneleri homojenize edecek ve kuyucuklardaki hücreleri lizise uğratarak hücre içi metabolitleri çözücüye serbest bırakacaktır. - Sonikasyon Sonrası
Santrifüjleme: Sonikasyondan sonra, gerekirse plaka içeriğini toplama tüplerine aktarın. Çözünmeyen kalıntıları ve hücresel materyali çöktürmek için 4.000–6.000 × g’de 10 dakika santrifüjleyin.
Süpernatantın Toplanması: Her kuyucuktaki süpernatantı analiz için yeni tüplere veya plakalara dikkatlice aktarın.
İsteğe Bağlı Kurutma: Konsantre etme gerekiyorsa süpernatantları bir vakum konsantratörü (ör. SpeedVac) kullanarak kurutun, ardından uygun çözücünün küçük bir hacminde yeniden çözün.
UIP400MTP çok kuyucuklu plaka sonikatörünün yüksek numune işleme kapasitesinden yararlanın ve metabolomik araştırma ve analizlerinizi kolaylaştırın!
UIP400MTP yüksek numune işleme kapasiteli sonikatörü – çok kuyucuklu plakalarda, 96 kuyucuklu plakalarda, tüplerde ve Petri kaplarında metabolomik araştırmalar için.
Metabolomik araştırmalarda yüksek numune işleme kapasiteli numune hazırlama için UIP400MTP Çok Kuyucuklu Plaka Sonikatörü.
UIP400MTP ile Temassız Sonikasyonun Prensibi
UIP400MTP, ultrasonik dalgaları bir aktarım ortamı (ör. su) aracılığıyla dolaylı olarak 96 kuyucuklu bir plakanın kuyucuklarına uygular. Bu dalgalar, sonikatör probu ile numune arasında fiziksel temas olmadan hücreleri parçalayan ve metabolitleri serbest bırakan kavitasyon oluşturur.
“Dışkı mikrobiyomu numunelerinin eşit ve tutarlı bakteriyel lizisi için UIP400MTP sonikatörünüzü kullanırken yaşadığımız harika deneyim için size teşekkür etmek üzere yazıyorum. Yüksek numune işleme kapasiteli lizis teknolojisinin sınırlarını zorluyoruz ve cihazınız bu görev için oldukça uygun. Öne çıkan başlıca özelliklerden bazıları şunlar:
- Kullanım kolaylığı – cihazın kullanımı kolay ve menü seçenekleriyle özelleştirme yapmak oldukça basit
- Yüksek numune işleme kapasitesi – aynı anda 96 numuneyle plakaların işlenmesi için mükemmel
- Tüm kaplarda eşit sonikasyon – cihaz tüm kuyucuklara aynı miktarda sonikasyon uygulayabildi; bu, uygulamamız için kritik öneme sahipti
- Hielscher ekibinin desteği – destek mükemmeldi; eğitim sırasında, sorularımızı yanıtlamak ve sorunları gidermek için her zaman yanımızdaydınız ve hedefimize ulaşmamıza yardımcı olan öneriler sundunuz.
Protokollerimizi optimize etmeye çalışırken sağladığınız yardım ve destek için tekrar teşekkür ederiz.”
Mark D. Driscoll, Ph.D. – Bilimsel İşler Başkanı – Intus Biosciences
UIP400MTP çok kuyucuklu plaka sonikatörü, örneğin metabolit araştırmalarında ve analizlerinde yüksek numune işleme kapasiteli numune hazırlamayı kolaylaştırır.
96 kuyucuklu plaka sonikatörü UIP400MTP: Ultrasonu ileten sıvı tüm kuyucukları çevreler ve her numunenin eşit şekilde sonikasyonunu sağlar
UIP400MTP Çok Kuyucuklu Plaka Sonikatörünün Temel Özellikleri
| Yüksek Numune İşleme Kapasiteli Sonikasyon | 96 kuyucuklu ve diğer çok kuyucuklu plakalara mükemmel uyum sağlayan UIP400MTP, birden fazla numunenin aynı anda ve aynı şekilde sonikasyonuna olanak tanıyarak numune hazırlama süresini önemli ölçüde kısaltır ve çok sayıda numune içeren testlerde numune işleme kapasitesini artırır. |
| İstediğiniz Çok Kuyucuklu Plakayı Kullanın | UIP400MTP, tüm standart çok kuyucuklu plakaları, PCR plakalarını veya mikrotitre plakalarını sonikasyona tabi tutmak üzere tasarlanmıştır. Deneyleriniz için en uygun plakayı siz seçersiniz. UIP400MTP cihaza özgü sarf malzemeleri gerektirmediğinden, bu size büyük miktarda tasarruf sağlar! |
| Temassız Ultrasonikasyon | UIP400MTP Çok Kuyucuklu Plaka Sonikatörü, numunenin içine herhangi bir şey yerleştirmeden yoğun ultrason uygular. Sızdırmaz şekilde kapatılmış çok kuyucuklu plakaları, kapalı kapları ve viyalleri sonikasyona tabi tutabilirsiniz. Hielscher, standart dışı tüm viyaller veya kaplar için size özel numune tutucuları sağlar. |
| Hassasiyet ve Kontrol | Hassas kontrol ve akıllı yazılım, ultrasonik parametreleri özel işleme gereksinimlerinize en uygun şekilde ayarlamanıza olanak tanır. Her deney için maksimum sonikasyon verimliliği ve etkinliği elde edersiniz. |
| Sıcaklık Kontrolü | Sonikasyonunuz için belirli bir sıcaklık ayarlayın. UIP400MTP plaka sonikatörü, numune sıcaklığını izleyebilir ve sonikasyonu buna göre ayarlayabilir. Devirdaim yapan bir soğutma sıvısı, hassas sıcaklık kontrolü için plakadaki her kuyucuğu soğutur. |
| Kayıt Tutma ve Uzaktan Kontrol | Her sonikasyon işlemi bir bilgisayardan kontrol edilebilir. Yazılım kurulumu gerekmez. UIP400MTP sonikatörünü uzaktan kontrol etmek ve izlemek için herhangi bir işletim sisteminde (ör. MacOS, Windows, Android, iOS veya Linux) standart tarayıcınızı (ör. Chrome, Firefox, Edge veya Safari) kullanabilirsiniz. Her sonikasyon işlemi, değerlendirme ve belgeleme için ayrıntılı bir sonikasyon kaydı oluşturur. Kayıt dosyası, Microsoft Excel, Apple Numbers veya OpenOffice Calc gibi tercih ettiğiniz bir programla açabileceğiniz, üreticiye özgü olmayan CSV biçimindedir. |
| Sağlam ve Güvenilir | Almanya’da en yüksek kalite standartlarına göre tasarlanan ve üretilen UIP400MTP, güçlü olmasının yanı sıra son derece dayanıklıdır. Tasarımı endüstriyel standartları karşılar ve zorlu bir laboratuvar ortamındaki günlük kullanımın yıpratıcı koşullarına kolayca dayanır. UIP400MTP sonikatörünü yüksek numune işleme kapasiteli işlemlerde haftanın 7 günü, günde 24 saat kesintisiz kullanabilirsiniz. |
- yüksek verimlilik
- en son teknoloji
- güvenilirlik ve sağlamlık
- ayarlanabilir, hassas süreç kontrolü
- akıllı yazılım
- akıllı özellikler (ör. programlanabilirlik, veri kaydı, uzaktan kontrol)
- kolay ve güvenli kullanım
- düşük bakım gereksinimi
- CIP (yerinde temizlik)
Tasarım, Üretim ve Danışmanlık – Almanya’da Üretilen Kalite
Hielscher sonikatörleri, en yüksek kalite ve tasarım standartlarıyla tanınır. Sağlamlık ve kolay kullanım, sonikatörlerimizin endüstriyel tesislere sorunsuz entegrasyonunu mümkün kılar. Hielscher sonikatörleri, ağır koşulların ve zorlu ortamların üstesinden kolayca gelir.
Hielscher Ultrasonics, ISO sertifikalı bir şirkettir ve en son teknolojiye ve kullanıcı dostu özelliklere sahip yüksek performanslı sonikatörlere özel önem verir. Elbette Hielscher sonikatörleri CE uyumludur ve UL, CSA ve RoHs gerekliliklerini karşılar.
Temassız UIP400MTP sonikatörü – mikroplakalarda metabolomik numune hazırlama için.
Literatür / Kaynaklar
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Metabolomik Araştırmalar Hakkında Sık Sorulan Sorular
Mikrobiyom Nedir?
Mikrobiyom, insan vücudu gibi belirli bir ortamda yaşayan bakteriler, virüsler, mantarlar ve arkeler dâhil mikroorganizmaların oluşturduğu topluluğun bütünü ve bunların genetik materyali anlamına gelir. Beslenme, yaşam tarzı ve çevre gibi faktörlerle şekillenirken metabolizmayı, bağışıklık işlevini ve patojenlere karşı korunmayı etkileyerek konak sağlığında kritik roller oynar.
Metabolomik Nedir?
Metabolomik, bir biyolojik sistemdeki metabolik süreçler sırasında üretilen küçük moleküller olan metabolitlerin kapsamlı biçimde incelenmesidir. Hücresel işlevleri, metabolik yolları ve bunların genetik, çevresel veya patolojik değişikliklere nasıl yanıt verdiğini anlamak için bu moleküllerin tanımlanmasını, miktarlarının belirlenmesini ve analizini kapsar.
Metabolom Nedir?
Metabolom, belirli bir zamanda bir hücre, doku veya organizma gibi bir biyolojik sistemde bulunan küçük moleküllerin, yani metabolitlerin tümüdür. Sistemin biyokimyasal aktivitesini ve fizyolojik durumunu yansıtarak metabolizma ve metabolizmanın çevreyle etkileşimleri hakkında bilgi sağlar.
Hielscher Ultrasonics, yüksek performanslı ultrasonik homojenizatörleri laboratuvar ölçeğinden endüstriyel ölçeğe kadar üretir.