Екстракција екстрацелуларног матрикса соникатором UIP400MTP за плоче са 96 бунарчића

Традиционалне методе екстракције екстрацелуларног матрикса (EM) често обухватају више корака за разарање матрикса биофилма. Међутим, ове технике могу бити дуготрајне и недоследне, што доводи до варијабилности резултата. Со又никатор UIP400MTP за плоче са 96 бунарчића знатно олакшава процес екстракције EM, обезбеђујући високоефикасно, прецизно и равномерно разарање биофилма у форматима који омогућавају обраду великог броја узорака. UIP400MTP користи фокусирани ултразвук за стварање контролисане кавитације, ефикасно разграђујући матрикс биофилма уз очување вијабилности и интегритета ћелија уграђених у биофилм. Употреба уређаја UIP400MTP побољшава поновљивост и тачност накнадних испитивања, као што су метаболомичке и протеомичке анализе, тестови вијабилности и испитивања осетљивости на антимикробне агенсе. Поједностављивањем екстракције EM, UIP400MTP омогућава истраживачима да постигну доследне и висококвалитетне резултате, пружајући дубљи увид у динамику биофилма и његове интеракције са спољашњим агенсима.

Екстракција екстрацелуларног матрикса

Екстрацелуларни матрикс (EM) је кључна компонента биофилмова које формирају микроорганизми као што је Candida albicans. Састављен од полисахарида, протеина, липида и екстрацелуларне ДНК, EM обезбеђује структурни интегритет, посредује у адхезији на површине и значајно доприноси антимикробној резистенцији. Екстракција и анализа EM неопходне су за разумевање биологије биофилма, расветљавање механизама резистенције на лекове и идентификовање нових терапијских мета.

Протокол за екстракцију екстрацелуларног матрикса (EM) из биофилмова Candida albicans помоћу уређаја UIP400MTP

Овај протокол је усмерен на екстракцију екстрацелуларног матрикса (EM) статичких биофилмова Candida albicans. Укључивањем соникатора UIP400MTP замењују се традиционално стругање или кораци засновани на ензимима ради побољшања ефикасности и поновљивости.

Потребан материјал и опрема

Упутство за екстракцију EM корак по корак

1. Формирање статичког биофилма
   За статичке биофилмове, инокулишите C. albicans у бунарчиће плоче са 96 бунарчића користећи подлогу RPMI-1640. Сваки бунарчић треба да садржи једнаку запремину инокулума (нпр. 200 µL по бунарчићу).
   Инкубирајте плочу на 37°C у статичким условима током 24 сата како би се омогућило формирање биофилма на површинама бунарчића.
2. Припрема биофилма за екстракцију
   Након инкубације, пажљиво аспирирајте и одбаците истрошену подлогу из сваког бунарчића, не нарушавајући биофилм.
   Пажљиво исперите сваки бунарчић стерилним PBS (нпр. 200 µL) да бисте уклонили слабо причвршћене ћелије и планктонске остатке. Поновите овај корак два пута.
   Додајте свеж PBS или пуфер за екстракцију (нпр. 200 µL) у сваки бунарчић ради припреме за соникацију.
3. Соникација уређајем UIP400MTP
   Поставите плочу са 96 бунарчића која садржи PBS или пуфер за екстракцију у лежиште соникатора UIP400MTP. За правилно постављање плоче са више бунарчића пратите упутства из приручника.
   Соницирајте 5–6 минута при благим подешавањима (амплитуда 60%, импулсни режим), обезбеђујући равномерно разарање структуре биофилма и ослобађање компонената EM.
   Користите контролу температуре соникатора UIP400MTP (сензор температуре и подешавања) да бисте избегли прекомерно загревање или оштећење узорка.
4. Третман катјонском јоноизмењивачком смолом (CER)
   Пренесите соницирану течност из сваког бунарчића у нову плочу са 96 бунарчића.
   Додајте двоструку запремину суспензије CER (припремљене у PBS или пуферу) у сваки бунарчић (нпр. укупна запремина од 400 µL по бунарчићу).
   Заптите плочу и инкубирајте је на шејкеру за плоче или ротатору при 400 rpm током 3 сата како бисте омогућили везивање и изоловање компонената EM.
5. Раздвајање и филтрација
   Центрифугирајте плочу при 2.000 × g током 10 минута да бисте одвојили смолу и ћелије од супернатанта.
   Пажљиво пренесите супернатант који садржи EM из сваког бунарчића у нову плочу са 96 бунарчића.
   Филтрирајте супернатант кроз филтер од 0,22 µm користећи вакуумски систем са разводником за плоче или еквивалентан систем да бисте добили чист екстракт EM.
6. Анализа EM
   Користите технике као што је UPLC-Q-TOF-MS за нециљано профилисање метаболита или примените специфичне тестове (нпр. BCA за протеине и комплете за квантификацију триглицерида и угљених хидрата) да бисте окарактерисали компоненте EM.

Екстракција екстрацелуларног матрикса уз обраду великог броја узорака

Висока ефикасност екстракције екстрацелуларног матрикса (EM) соникатором UIP400MTP револуционисала је припрему узорака за испитивања која захтевају тачну анализу својстава биофилма. UIP400MTP користи ултразвучне таласе за прецизно и равномерно разарање матрикса биофилма, омогућавајући ефикасно ослобађање компонената EM уз очување вијабилности и интегритета ћелија. Овај приступ значајно побољшава поузданост испитивања као што су тестови вијабилности биофилма, протеомичке и метаболомичке студије и процене осетљивости на антимикробне агенсе.

За испитивања опоравка биофилма, као што је бројање јединица које формирају колоније (CFU), екстракција EM уређајем UIP400MTP обезбеђује несметан приступ реагенаса ћелијама уграђеним у биофилм. Слично томе, протеомичке и метаболомичке анализе, као што је UPLC-Q-TOF-MS, имају користи од изоловања протеина, липида и метаболита са високим приносом. UIP400MTP такође подржава прецизно испитивање осетљивости на антимикробне агенсе, омогућавајући тачно одређивање вредности MIC и MBEC за биофилм. Поред тога, ефикасна екстракција коју омогућава UIP400MTP помаже у испитивањима активности ензима, квантификацији компонената и структурним студијама, пружајући драгоцене увиде у улогу екстрацелуларних матрикса у архитектури биофилма, адхезији и механизмима резистенције.

Ова поновљива метода екстракције, која омогућава обраду великог броја узорака, оптимизује припрему EM и обезбеђује супериорне резултате у низу испитивања повезаних са биофилмом.