Ultrazvočna DNA fragmentacija za naslednje gensko zaporedje

Naslednja generacija Zaporedje (NGS) zahteva zanesljivo omejevanje in razdrobljenost genomske DNK, da se zaporedje genomskih DNK sklopov in za ustvarjanje genomskih knjižnic. Nadzorovana razdrobljenost DNK v drobce DNK je bistven korak priprave vzorca, potreben pred zaporedjem DNK. Ultrasonication je dokazano kot učinkovita in zanesljiva tehnika za razdrobljenost DNK določene dolžine. Ultrazvočni protokoli razdrobljenosti DNK dosegajo rezultate razmnoževanja. Hielscher ultrasonicatorji so sposobni proizvajati široko paleto genomskih porazdelitve velikosti DNA fragmentov, natančno nadzorovati preko operacijskih parametrov. Ker hielscher ultrazvočno DNA shearing sistemi so na voljo za eno in več viale, kot tudi za mikroplats, priprava vzorca postane zelo učinkovita.

Prošnja za informacije




Upoštevajte naše Politika zasebnosti.


Ultrasonic DNA fragmentation is frequently used as sample preparation step in Next Generation Sequencing (NGS)

Elektroforetskimi analize genomske DNK E. coli EDL933 izpostavimo 0-15 min ultrazvoka. L označuje Ladder DNA. (Basselet et al. 2008)

Prednosti ultrazvočne razdrobljenosti DNK

  • ponočljive / pomnoževalne rezultate
  • natančno nastavljiv za pridobitev določene dolžine fragmentov
  • hitro obdelavo
  • rezultati razdrobljenosti DNK
  • naprave za vse volumne vzorcev (npr. več vial ali mikroplatov)
  • visok pretok
  • natančen nadzor temperature
  • preprosto, uporabniku prijazno delovanje

Naslednje gensko zaporedje: ultrazvočna DNA fragmentacija za pripravo knjižnice

Za izvedbo zaporedja naslednje generacije je treba izvesti tri osnovne korake (1) priprave knjižnic, (2) zaporedja in (3) analize podatkov. Med pripravo knjižnice je DNK razdrobljena, nato se fragmentni konci popravijo (polirani) z dodajanjem ene baze adenina, ciljni fragmenti pa se pretvorijo v dvojno nasukano DNK. Končno so tako imenovani adapterji pritrjeni z ligacijo, PCR ali tagmentacijo, tako da je končni knjižnično DNA izdelek lahko količinsko količinsko za zaporedje.
Razdrobljenost DNK z uporabo Sonication: Še posebej, če kratko berejo tehnologije zaporedja, kot je Illumina, ki ne more prebrati daljših DNA fragmentov takoj, je treba DNA stojala razdrobljena na določeno velikost, ki jo je mogoče zanesljivo doseči z ultrasonication.
Ultrasonication se lahko zanesljivo uporablja za DNA, RNK in kromatin fragmentacijo.

Kako ultrazvočna DNA fragmentacija deluje?

Sonication, znan tudi kot akustična obdelava vzorcev, je široko uporabljena metoda za fragmentiranje DNK. Za ultrazvočno omejevanje DNK so vzorci pod nadzorovanim pogojem izpostavljeni ultrazvočnim valovom. Delovni princip ultrazvočne razdrobljenosti DNK temelji na vibracijah in kavitacijo, ki jih ustvarjajo ultrazvočni valovi. Štrleče sile, ki izhajajo iz ultrazvočne (akustične) kavitacije zlomijo molekule DNK visoke molekulske mase. Nastavitev sonikacije, kot so intenzivnost (amplitude, trajanje), način pulzacije in temperatura omogočajo natančno razdrobljenost DNK na določeno želeno dolžino DNA fragmentov. Medtem ko se DNK pogosto zmanjša na 100 do 600 bp z ultrasonikacijo, se lahko ob uporabi blažjih ultrazvočnih pogojev pridobijo daljši DNA fragmenti do 1300 bp.

Ultrasonic homogenizers are reliable for DNA shearing

Ultrazvočno omejevanje DNK med ChIP – kromatin imuno
Prilagojeno iz Jkwchui pod CC-BY-SA.03

Nadzor temperature za preprečevanje razgradnje DNK

Dvojna molekularna oblika DNK je zelo občutljiva na povišane temperature, tako da je točen nadzor nad temperaturo med koraki priprave vzorca ključni dejavnik za zanesljive rezultate analize.
Ne glede na to, ali uporabljate Ultrasonicatorje Sonde Hielscher, VialTweeter ali UIP400MTP – neprekinjeno spremljanje in nadzor temperature je zagotovljeno zaradi senzorja temperature, ki ga je mogoče vklopiti, in programske opreme pametne naprave. Če želite ohraniti temperaturo v določenem območju, lahko nastavite zgornjo in spodnjo mejo temperature. Zato se bo ultrazvočniktor ustavili takoj, ko bo ta omejitev temperature prekinjena in bo samodejno še naprej sonicate, ko se je temperatura znižala za določen ∆T.
Prefinjena programska oprema Ultrasonicators Hielscher zagotavlja zanesljivo vzdrževanje idealnih vzorčnih pogojev zdravljenja.

Razdrobljenost DNK masnega vzorca z ultrazvočnim ultrasonikatorjem plošče UIP400MTP

Ultrasonic Multi-Sample Preparation Unit UIP400MTP for multi-well plate sonicationŠtevilo vzorcev v znanosti o življenju se je v zadnjem desetletju znatno povečalo. To pomeni, da je treba zelo veliko število vzorcev (npr. 384, 1536 ali 3456 dobrot na mikro ploščo) obdelati med pripravo vzorca in analizo pod dosledno enakimi pogoji, da se dosežejo primerljivi in veljavni rezultati. Z UIP400MTP, Hielscher Ultrasonics sledi trendu množične obdelave vzorcev. UIP400MTP je ultrazvočnitor za pripravo vzorca z uporabo mikroplatov. UIP400MTP lahko obdela plošče s 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 ali 3456 dobro. Odvisno od vrste mikroplate lahko vsak dobro ima običajno prostornino vzorca med deset nanolitri do več mililitrov. V raziskavah znanosti o življenju se UIP400MTP zelo pogosto uporablja za pripravo vzorcev pred analizami, kot je ELISA (encimsko povezan imunosorbent) ali PCR, Pred analitikom proteina, ali i za pripravak kromatina pred CHiP i CHiP-seq, identifikacijom histone modifikacije i drugim analitičnim terapijama (npr. gel elektroforeza, masna spektrometrija).

VialTweeter za praparacijo vzorcev do 10 vial

Popolno namestitev VialTweeter: VialTweeter votlina na ultrazvočno procesor UP200StVialTweeter je široko uporablja laboratorij ultrasonicator VialTweeter, ki omogoča učinkovito in udobno sonication do 10 viale hkrati. Ker se viale in epruvete (npr. eppendorf viale, viale za krio, centrifuge) posredno razkrijejo, se prepreči navzkrižna kontaminacija. Ker je na vsak vzorec dostavljena enaka intenzivnost ultrazvoka, so vsi rezultati sonikacije homogeni in pomnoževalni. VialTweeter ponuja vse pametne funkcije, kot so naše druge digitalne naprave (npr. pametni meni, programiranje nastavitev, nadzor temperature, daljinski upravljalnik itd.), tako da je zagotovljeno najvišje udobje uporabnika.

Več prstne sonde za microwell plošče

4 probe heads or 4 sonotrodes for simultaneous sonication of 4 samples at the same intensity with the Hielscher 200 watts ultrasonicator models UP200ST and UP200HTNa voljo za ultrazvočne sonde homogenizatorji UP200Ht in UP200St, sonde z več prsti s 4 ali 8 prsti so udobna možnost sonicate več vzorcev hkrati pod enakimi pogoji. Sonotroda MTP-24-8-96 je na primer sonda z osmimi prsti, ki je idealna za vključitev v avtomatizirane sisteme ali učinkovito ročno pripravo vzorcev dobrot večplastnih plošč. Sonotroda z več prsti je idealna za avtomatizirane laboratorije, kjer se večinoma obdelujejo kakljarji in epruvete s standardno ultrazvočno sonotrodo. Sonde z več prsti in standardnimi sondami se lahko hitro med seboj spremenijo v nekaj minutah, tako da se ultrazvočni senzor z eno sondo spremeni v multi-sondski ultrazvočni motilec.

Prošnja za informacije




Upoštevajte naše Politika zasebnosti.


Hielscher Ultrasonicators za razdrobljenost DNK

Hielscher Ultrasonics ponuja različne ultrazvočno zasnovane platforme za DNA, RNK, in kromatin fragmentacijo. Te različne platforme vključujejo ultrazvočne sonde (sonotrodes), posredne raztopine za sonication za hkratno pripravo vzorca več cevi ali več-dobro plošč (npr. 96-dobro plošče, mikrotiter plošče), sonoreaktorji, in ultrazvočni cuphorns. Vse platforme za omejevanje DNK napajajo frekvenčni, visokozmogljivi ultrazvočni procesorji, ki so natančno pod nadzorom in prinašajo pomnilljive rezultate.

Ultrazvočni procesorji za vsako vzorčno številko in velikost

Z Multi-sample ultrasonicators Hielscher VialTweeter (za do 10 epruvete) in UIP400MTP (za mikroplate/ večplastne plošče) je enostavno mogoče zmanjšati čas obdelave vzorcev zaradi intenzivne in natančno nadzorovati ultrasonication, medtem ko pridobi želeno porazdelitev velikosti DNA fragmentov in donos. Ultrazvočna fragmentacija DNK naredi pripravo vzorca učinkovito, zanesljivo in skalaljivo. Protokoli se lahko lineano razmeščajo od enega do številnih vzorcev z uporabo stalno nadzorovanega ultrazvoka.
Ultrasonicatorji sonde z enim do petimi prsti so idealni za pripravo manjših števil vzorcev. Hielscherjev laboratorijski ultrasonicatorji so na voljo v različnih velikostih, tako da vam lahko priporočamo idealno napravo za vašo aplikacijo in zahteve.

natančna kontrola procesov

Hielscher ultrasonicators can be remotely controlled via browser control. Sonication parameters can be monitored and adjusted precisely to the process requirements.Natančno nadzorovane nastavitve sonifikacije so ključnega pomena, saj izčrpna sonifikacija lahko uniči DNK, RNK in kromatin, vendar neustrezno ultrazvočno omejevanje ima predolgo DNK in kromatin fragmentov. Hielscher je digitalni ultrasonicators lahko enostavno nastavite na natančno sonication parameter. Posebne nastavitve sonication lahko shranite tudi kot programsko nastavitev za hitro ponovitev istega postopka.
Vsa sonication so samodejno protokolano in shranjena kot CSV datoteka na vgrajeni SD kartici. To omogoča natančno dokumentacijo izvedenih poskusov in omogoča enostavno revidiranje sonication teče.
Prek daljinskega upravljalnika brskalnika lahko vse digitalne ultrazvočne naprave upravljate in spremljate preko katerega koli standardnega brskalnika. Namestitev dodatne programske opreme ni potrebna, saj lan povezava omogoča zelo preprosto nastavitev plug-n-play.

Najvišja uporabniška prijaznost pri ultrazvočni pripravi vzorca

Vsi Hielscher ultrasonicatorji so namenjeni za dostavo ultrazvoka z visokimi zmogljivostmi, hkrati pa so vedno zelo uporabniku prijazni in enostavni za delovanje. Vse nastavitve so dobro strukturirane v jasnem meniju, do katerega lahko enostavno dostopate prek barvnega zaslona na dotik ali daljinskega upravljalnika brskalnika. Pametna programska oprema s programibilnimi nastavitvami in samodejnim snemanjem podatkov zagotavlja optimalne nastavitve sonikacije za zanesljive in pomnilljive rezultate. Čist in enostaven za uporabo meni vmesnik spremeni Hielscher ultrasonicators v uporabniku prijazne in učinkovite naprave.
Spodnja tabela vam daje navedbo približne zmogljivosti obdelave naših laboratorijskih ultrazvočnihtorjev, ki so idealne za naloge priprave vzorcev, kot so DNA in RNA fragmentacija, celična lyza kot tudi ekstrakcija beljakovin:

naprava Moč [W] Vrsta Obseg [ml]
UIP400MTP 400 za mikroplate 6 – 3456 dobrot
VialTweeter 200 za do 10 vial plus možnost vklopa spone 00,5 – 1,5
UP50H 50 Vrsta sonde 00,01 – 250
UP100H 100 Vrsta sonde 00,01 – 500
UP200Ht 200 Vrsta sonde 00,1 – 1.000
UP200St 200 Vrsta sonde 00,1 – 1.000
UP400St 400 Vrsta sonde 5,0 – 2.000
Cuphorn 200 CupHorn, sonoreaktor 10 – 200
GDmini2 200 Onesnaženje brez pretočno celico

Kontaktiraj nas! / Vprašajte nas!

Vprašajte za več informacij

Prosimo, uporabite spodnji obrazec, da zahteva dodatne informacije o ultrazvočni procesorji, aplikacije in ceno. Mi bo z veseljem razpravljali vaš proces z vami in vam ponudimo ultrazvočni sistem, ki izpolnjuje vaše zahteve!









Prosimo, upoštevajte naše Politika zasebnosti.


The VialTweeter is a MultiSample Ultraonicator that allows for reliable sample preparation under precisely controlled temperature conditions.

Ultrazvočna enota za pripravo več vzorcev VialTweeter omogoča hkratno sonikacijo do 10 vial. S priklopno napravo VialPress lahko do 4 dodatne cevi pritisnete na sprednjo stran za intenzivno sonication.


Sonotroda MTP-24-8-96 ima osem ultrazvočnih sond za sonikacijo vohunov mikrotiterskih plošč.

Sonotroda MTP-24-8-96 ima osem ultrazvočnih sond za sonikacijo vohunov mikrotiterskih plošč.



Literatura/reference

Dejstva je treba vedeti

Kaj je zaporedje naslednje generacije?

Zaporedje naslednje generacije, tudi Naslednje gensko zaporedje (NGS), visoko-pretočno zaporedje ali zaporedje druge generacije, se nanaša na pristop masivnega vzporednega zaporedja, kjer so vzporedno vzporedno na tek zaporedne zelo velike (masivne) količine DNK milijonov fragmentov.
Za izvedbo zaporedja naslednje generacije je treba izvesti tri osnovne korake (1) priprave knjižnic, (2) zaporedja in (3) analize podatkov. Med pripravo knjižnice je treba DNA sklope razdrobljene na delce DNK določene dolžine. Sonication je ena izmed prednostnih tehnik kot fragment DNK.
Med procesom sekvencij DNK je vrstni red jekleotidov v DNA – znan kot zaporedje jedrtnih kislin – se določi. Zaporedje jedrenje kisline je sestavljeno iz štirih baz jeklenitotid – adenin, citozin, guanin, timin – katero kodo za informacije.
Zaporedje naslednje generacije je gonilno raziskovanje v znanosti o življenju in personalizirano medicino, saj se zaporedje DNK in RNK močno uporablja pri genomskih raziskavah, raziskavah raka, raziskavah redkih in kompleksnih bolezni, mikrobnih raziskavah, agrogenomiki in številnih drugih raziskovalnih področjih.

Zaporedje naslednje generacije proti Sequencing Sanger

Medtem ko je z zaporedjem naslednje generacije (NGS) možno zaporedje masivnega števila genomskih vzorcev, ima zaporedje Sanger Sequencing (znano tudi kot metoda za ukinitev verige ali zaporedje prve generacije) le možnost zaporedja majhnih števil vzorcev. Sanger zaporedje samo zaporedje enega DNA fragment naenkrat in se lahko doseže v enem samem dnevu. Zaradi svoje natančnosti se zaporedje Sanger šteje tudi za zlato standardno tehnologijo, ki se uporablja za preverjanje rezultatov, pridobljenih z zaporedjem naslednje generacije.
Zaporedje sangerja doseže dolžino branja približno 800bp (običajno 500-600bp z neobogateno DNK). Daljše dolžine branja v sangerjevem zaporedju prikazujejo pomembne prednosti pred drugimi metodami zaporedja, še posebej v smislu zaporedja ponavljajočih se regij genoma. Izziv kratko berenih podatkov o zaporedju je še posebej vprašanje v zaporedju novih genomov (de novo) in pri zaporedju zelo preusmerjenih genomskih segmentov, običajno tistih, ki jih vidimo na genomih raka ali v regijah kromosomov, ki kažejo strukturno variacijo. [cp. Morozova in Marra, 2008]


High performance ultrasonics! Hielscher's product range covers the full spectrum from the compact lab ultrasonicator over bench-top units to full-industrial ultrasonic systems.

Hielscher Ultrasonics proizvaja visoko zmogljivost ultrazvočnih homogenizatorjev iz laboratorij do industrijske velikosti.