Экстракция внеклеточного матрикса с помощью 96-луночного ультразвукового аппарата UIP400MTP

Традиционные методы экстракции внеклеточного матрикса (ЭМ) часто включают в себя несколько этапов для разрушения биопленочного матрикса. Однако эти методы могут отнимать много времени и быть непоследовательными, что приводит к изменчивости результатов. С помощью 96-луночного ультразвукового аппарат UIP400MTP а значительно упрощается процесс ЭМ-экстракции, обеспечивая высокоэффективное, точное и равномерное разрушение биопленки в форматах с высокой пропускной способностью. UIP400MTP использует сфокусированный ультразвук для создания контролируемой кавитации, эффективно разрушая матрикс биопленки, сохраняя при этом жизнеспособность и целостность клеток, встроенных в биопленку. Использование UIP400MTP повышает воспроизводимость и точность последующих анализов, таких как метаболомный и протеомный анализы, тесты на жизнеспособность и исследования чувствительности к противомикробным препаратам. Оптимизируя экстракцию ЭМ, UIP400MTP позволяет исследователям получать стабильные и высококачественные результаты, предлагая более глубокое понимание динамики биопленки и взаимодействия с внешними агентами.

экстракция внеклеточного матрикса

Внеклеточный матрикс (ЭМ) является важным компонентом биопленок, образованных микроорганизмами, такими как Candida albicans. Состоящий из полисахаридов, белков, липидов и внеклеточной ДНК, ЭМ обеспечивает структурную целостность, опосредует адгезию к поверхностям и вносит значительный вклад в устойчивость к противомикробным препаратам. Извлечение и анализ ЭМ имеет важное значение для понимания биологии биопленки, выяснения механизмов лекарственной устойчивости и выявления новых терапевтических мишеней.

Протокол экстракции внеклеточного матрикса (ЭМ) из биопленок Candida albicans с использованием UIP400MTP

Этот протокол направлен на экстракцию внеклеточного матрикса (ЭМ) статических биопленок Candida albicans. Интеграция ультразвукового аппарата UIP400MTP для замены традиционного скребка или этапов на основе ферментов для повышения эффективности и воспроизводимости.

Необходимые материалы

Пошаговая инструкция по экстракции ЭМ

1. Образование статической биопленки
   Для получения статических биопленок вводят C. albicans в лунки 96-луночного планшета с использованием среды RPMI-1640. Каждая лунка должна содержать постоянный объем инокулюма (например, 200 мкл на лунку).
   Инкубируйте планшет при температуре 37°C в статических условиях в течение 24 часов, чтобы обеспечить образование биопленки на поверхности лунки.
2. Подготовка биопленки к экстракции
   После инкубации аккуратно отсадите и выбросьте отработанную среду из каждой лунки, не нарушая биопленку.
   Тщательно промойте каждую лунку стерильным PBS (например, 200 мкл), чтобы удалить слабо прикрепленные клетки и планктонный мусор. Повторите этот шаг дважды.
   Добавьте свежий PBS или экстракционный буфер (например, 200 мкл) в каждую лунку для подготовки к ультразвуковой обработке.
3. Ультразвуковая обработка с UIP400MTP
   Поместите 96-луночный планшет, содержащий PBS или экстракционный буфер, в лоток для ультразвукового аппарата UIP400MTP. Чтобы правильно разместить многолуночную пластину, следуйте инструкциям в руководстве.
   Обрабатывайте ультразвуком в течение 5-6 минут на щадящей настройке (амплитуда 60%, импульсный режим), обеспечивая равномерное нарушение структуры биопленки и высвобождение ЭМ-компонентов.
   Используйте контроль температуры ультразвукового аппарата UIP400MTP (датчик температуры и настройки), чтобы избежать чрезмерного нагрева или повреждения образца.
4. Обработка катионобменной смолой (CER)
   Перекачивайте ультразвуковую жидкость из каждой лунки на новую 96-луночную пластину.
   Добавьте в каждую лунку двукратный объем суспензии CER (приготовленной в PBS или буфере) (например, общий объем 400 мкл на лунку).
   Запечатайте планшет и инкубируйте его в вибростенде или ротаторе при 400 об/мин в течение 3 часов, чтобы обеспечить связывание и изоляцию электромагнитных компонентов.
5. Сепарация и фильтрация
   Центрифугируйте планшет при температуре 2000 × г в течение 10 минут, чтобы отделить смолу и клетки от надосадочной жидкости.
   Осторожно перенесите ЭМ-содержащую надосадочную жидкость из каждой лунки на новую 96-луночную пластину.
   Отфильтруйте надосадочную жидкость через фильтр 0,22 мкм с помощью пластинчатой вакуумной системы коллектора или ее эквивалента, чтобы получить чистый ЭМ-экстракт.
6. Анализ ЭМ
   Используйте такие методы, как UPLC-Q-TOF-MS для нецелевого профилирования метаболитов, или используйте специальные анализы (например, BCA для белков, триглицеридов и наборов для количественного определения углеводов) для характеристики компонентов ЭМ.

Высокопроизводительная экстракция внеклеточного матрикса

Высокая эффективность экстракции внеклеточного матрикса (ЭМ) с помощью ультразвукового аппарата UIP400MTP произвела революцию в подготовке образцов для анализов, требующих точного анализа свойств биопленки. UIP400MTP использует ультразвуковые волны для точного и равномерного разрушения матрицы биопленки, обеспечивая эффективное высвобождение ЭМ-компонентов при сохранении жизнеспособности и целостности клеток. Такой подход значительно повышает надежность таких анализов, как тесты на жизнеспособность биопленки, протеомные и метаболомные исследования, а также оценка чувствительности к противомикробным препаратам.

Для анализов восстановления биопленки, таких как подсчет колониеобразующих единиц (КОЕ), экстракция ЭМ с UIP400MTP обеспечивает беспрепятственный доступ реагентов к клеткам, встроенным в биопленку. Аналогичным образом, протеомные и метаболомные анализы, такие как UPLC-Q-TOF-MS, выигрывают от высокопродуктивного выделения белков, липидов и метаболитов. UIP400MTP также поддерживает точное тестирование чувствительности к противомикробным препаратам, что позволяет точно определять значения биопленки MIC и MBEC. Кроме того, эффективная экстракция, обеспечиваемая UIP400MTP, помогает в анализе активности ферментов, количественном определении компонентов и структурных исследованиях, что дает ценную информацию о роли внеклеточных матриц в архитектуре биопленки, адгезии и механизмах резистентности.

Этот высокопроизводительный, воспроизводимый метод экстракции оптимизирует подготовку ЭМ, обеспечивая превосходные результаты в ряде анализов, связанных с биопленкой.