Apstrāde ar ultraskaņu atvieglo mikrobioma pētniecību un klīnisko analīzi
Apstrāde ar ultraskaņu ir iedarbīga metode, ko plaši izmanto mikrobioma pētniecībā un klīniskajā analīzē un kas atvieglo paraugu sagatavošanu ar augstu ražību. Ultraskaņas metode ir īpaši efektīva sarežģītu bioloģisko paraugu, piemēram, mikroorganismus saturošu paraugu, apstrādei. Apstrāde ar ultraskaņu atvieglo šūnu līzi, nukleīnskābju, olbaltumvielu un metabolītu ekstrakciju un analīzi, ļaujot padziļināti izprast mikroorganismu kopienas un to nozīmi veselībā un slimībās. Hielscher augstas ražības ultraskaņas apstrādes ierīces ir pazīstamas ar savu precizitāti, efektivitāti un reproducējamiem rezultātiem, tāpēc tās ir lieliska izvēle mikrobioma pētījumiem.
Izmantojiet augstas ražības ultraskaņas apstrādes priekšrocības mikrobioma pētniecībā
96 iedobju plašu ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP atvieglo mikrobioma pētniecību, nodrošinot paraugu sagatavošanu ar augstu ražību
Paraugu sagatavošana ar augstu ražību, izmantojot 96 iedobju plašu ultraskaņas apstrādes ierīci UIP400MTP
Ultraskaņas apstrādes pielietojumi mikrobioma pētniecībā
Efektīva šūnu līze
Apstrāde ar ultraskaņu ir ļoti efektīva mikroorganismu šūnu līzei, arī tādu šūnu līzei, kurām ir izturīgi šūnapvalki, piemēram, grampozitīvajām baktērijām un sēnēm. Ultraskaņas viļņi paraugā rada kavitācijas burbuļus, kas saplok un rada triecienviļņus, kuri pārrauj šūnapvalkus un membrānas. Šis process nodrošina pilnīgu šūnu sagraušanu un efektīvu šūnu iekšējā satura, piemēram, DNS, RNS un olbaltumvielu, atbrīvošanu.
Kontrolēta DNS fragmentēšana
Tādiem pielietojumiem kā nākamās paaudzes sekvenēšana bieži nepieciešams ar bīdes spēku palīdzību sadalīt DNS mazākos, vienāda izmēra fragmentos. Apstrāde ar ultraskaņu nodrošina precīzu fragmentēšanas procesa kontroli, ļaujot pētniekiem iegūt vēlamā izmēra DNS fragmentus. Šī kontrole ir būtiska sekvenēšanas bibliotēku sagatavošanai un augstas kvalitātes sekvenču datu nodrošināšanai.
Uzlabota paraugu homogenizācija
Mikrobioma pētniecībā paraugi bieži satur daudzveidīgu mikroorganismu maisījumu. Apstrāde ar ultraskaņu palīdz panākt šo mikroorganismu vienmērīgu sadalījumu paraugā, nodrošinot konsekventus un reproducējamus rezultātus. Šī homogenizācija ir būtiska precīzai kvantitatīvai analīzei, piemēram, mikroorganismu daudzuma noteikšanai vai specifisku metabolisko aktivitāšu mērīšanai.
Uzticama metabolītu ekstrakcija
Uzticama metabolītu ekstrakcija ar ultraskaņu ir metabolomikā plaši izmantota metode mazu molekulu izolēšanai no bioloģiskiem paraugiem. Apstrādē ar ultraskaņu tiek izmantotas mehāniskas svārstības, kas sagrauj šūnu membrānas, veicinot intracelulāro metabolītu izdalīšanos šķīdinātājā. Šī metode ir efektīva, reproducējama un piemērota dažādiem paraugu veidiem, tāpēc tā ir vērtīgs rīks gan augstas ražības, gan mērķētiem metabolomikas pētījumiem. Lasiet vairāk par metabolītu ekstrakciju ar ultraskaņu!
“Rakstu, lai pateiktos jums par mūsu lielisko pieredzi, izmantojot jūsu ultraskaņas apstrādes ierīci UIP400MTP vienmērīgai un konsekventai baktēriju līzei fekāliju mikrobioma paraugos. Mēs paplašinām augstas ražības līzes tehnoloģijas iespēju robežas, un jūsu ierīce ir labi piemērota šim uzdevumam. Dažas no galvenajām priekšrocībām ir:
- Vienkārša lietošana – ierīci ir viegli lietot, un tās pielāgošana ir vienkārša, izmantojot izvēlnes iespējas
- Augsta paraugu apstrādes ražība – lieliski piemērota plašu apstrādei, vienlaikus apstrādājot 96 paraugus
- Vienmērīga visu trauku apstrāde ar ultraskaņu – ierīce spēja nodrošināt vienādu ultraskaņas iedarbību visās iedobēs, un tas bija būtiski mūsu pielietojumam
- Hielscher komandas atbalsts – atbalsts bija lielisks, jūs vienmēr bijāt līdzās apmācību laikā, atbildējāt uz mūsu jautājumiem un risinājāt problēmas, sniedzot ieteikumus, kas palīdzēja mums sasniegt mērķi.
Vēlreiz pateicamies par jūsu palīdzību un atbalstu mūsu protokolu optimizēšanā.”
Mark D. Driscoll, Ph.D. – zinātniskais direktors – Intus Biosciences
Kā apstrādi ar ultraskaņu izmanto mikrobioma pētniecībā un diagnostikā?
Metabolomika, metagenomika un metaproteomika mikrobioma pētniecībā ir savstarpēji saistītas, jo kopā tās sniedz visaptverošu izpratni par mikroorganismu kopienām un to funkcijām. Līze, olbaltumvielu attīrīšana un DNS / RNS fragmentēšana ir būtiski paraugu sagatavošanas posmi, kurus atvieglo 96 iedobju plašu ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP.
Metabolomika un metaboloma analīze
Metabolomika ietver bioloģiskās sistēmas mazmolekulāro metabolītu sistemātisku izpēti. Mikrobioma pētniecībā apstrādi ar ultraskaņu izmanto mikroorganismu šūnu līzei, atbrīvojot intracelulāros metabolītus. Izmantojot 96 iedobju plašu ultraskaņas apstrādes ierīci UIP400MTP, var ātri apstrādāt lielu skaitu paraugu. Pēc tam ekstrahētos metabolītus kvantitatīvi nosaka, izmantojot progresīvas metodes, piemēram, masspektrometriju (MS) un kodolmagnētiskās rezonanses (NMR) spektroskopiju. Iegūtie dati sniedz mikrobioma metaboliskā stāvokļa momentuzņēmumu, ļaujot izprast bioķīmisko aktivitāti un mijiedarbību mikroorganismu kopienās.
Metagenomika un metatranskriptomika
Metagenomika ietver tieši no vides paraugiem iegūtā ģenētiskā materiāla visaptverošu analīzi. Apstrādei ar ultraskaņu šajā procesā ir izšķiroša nozīme: tā izraisa mikroorganismu šūnu līzi, lai ekstrahētu augstas kvalitātes DNS, kuru pēc tam sekvenē, lai identificētu paraugā esošās mikroorganismu sugas un noteiktu to daudzumu. Metatranskriptomikā RNS ekstrahē, izmantojot līdzīgas ultraskaņas apstrādes metodes, lai pētītu gēnu ekspresijas profilus dažādās mikroorganismu kopienās. DNS un RNS sekvenēšanai nukleīnskābes jāsadala fragmentos ar noteiktu garumu bāzu pāros. Visus šos uzdevumus uzticami un ātri veic augstas ražības ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP!
Proteomika
Proteomikas analīzēm nepieciešama olbaltumvielu ekstrakcija no mikroorganismu šūnām. Apstrādi ar ultraskaņu efektīvi izmanto šūnu sagraušanai, atbrīvojot olbaltumvielas šķīdumā. Pēc tam šīs olbaltumvielas var attīrīt un analizēt, lai izprastu to funkcionālo lomu mikrobiomā un iesaisti vielmaiņas ceļos. Ar daudzu iedobju plašu ultraskaņas apstrādes ierīci UIP400MTP jūs varat veikt līzi un olbaltumvielu ekstrakciju dažu minūšu laikā, iegūstot reproducējamus rezultātus, kas ļauj izprast olbaltumvielu nodrošinātos bioloģiskos procesus mikroorganismu kopienās.
Metaproteomika
Metaproteomika paplašina proteomikas analīzi, attiecinot to uz veselām mikroorganismu kopienām un pētot to kopējo olbaltumvielu sastāvu, lai izprastu funkcionālo ekspresiju un mijiedarbību mikrobiomā. Apstrādi ar ultraskaņu izmanto šūnu līzei, atbrīvojot olbaltumvielas, kuras pēc tam attīra un analizē ar tādām metodēm kā masspektrometrija. Šī pieeja sniedz detalizētu ieskatu mikroorganismu kopienu aktīvajos bioloģiskajos procesos un pielāgošanās mehānismos dažādās vidēs.
Izmantojiet daudzu iedobju plašu ultraskaņas apstrādes ierīces UIP400MTP augsto paraugu apstrādes ražību un atvieglojiet mikrobioma izpēti un analīzi!
Augstas ražības ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP mikrobioma izpētei daudzu iedobju platēs, 96 iedobju platēs, mēģenēs un Petri traukos.
Daudzu iedobju plašu ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP augstas ražības paraugu sagatavošanai mikrobioma diagnostikā.
Daudzu iedobju plašu ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP atvieglo augstas ražības paraugu sagatavošanu, piemēram, mikrobioma pētniecībā un diagnostikā.
96 iedobju plašu ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP: ultraskaņu pārvadošais šķidrums aptver visas iedobes un nodrošina katra parauga vienmērīgu apstrādi ar ultraskaņu
Daudzu iedobju plašu ultraskaņas apstrādes ierīces UIP400MTP galvenās īpašības
| Augstas ražības apstrāde ar ultraskaņu | UIP400MTP ir lieliski piemērota 96 iedobju un citām daudzu iedobju platēm un ļauj vienlaikus identiski apstrādāt ar ultraskaņu vairākus paraugus, būtiski saīsinot paraugu sagatavošanas laiku un palielinot ražību liela paraugu skaita testēšanā. |
| Izmantojiet daudzu iedobju plati pēc savas izvēles | UIP400MTP ir paredzēta jebkuru standarta daudzu iedobju plašu, PCR plašu vai mikrotitrēšanas plašu apstrādei ar ultraskaņu. Jūs izvēlaties saviem eksperimentiem vispiemērotāko plati. Tā kā UIP400MTP nav nepieciešami ražotājam specifiski palīgmateriāli, jūs ietaupāt daudz naudas! |
| Bezkontakta apstrāde ar ultraskaņu | Daudziedobju plašu ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP izmanto intensīvu ultraskaņu, neko neievietojot paraugā. Ar ultraskaņu var apstrādāt hermētiski noslēgtas daudziedobju plates, slēgtus traukus un flakonus. Hielscher piegādā pielāgotus paraugu turētājus jebkādiem nestandarta flakoniem vai traukiem. |
| Precizitāte un vadība | Precīza vadība un viedā programmatūra ļauj iestatīt ultraskaņas parametrus tā, lai tie optimāli atbilstu jūsu konkrētajām apstrādes vajadzībām. Katrā eksperimentā jūs iegūstat maksimālu ultraskaņas apstrādes efektivitāti un iedarbīgumu. |
| Temperatūras kontrole | Iestatiet konkrētu temperatūru apstrādei ar ultraskaņu. Plašu ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP var uzraudzīt parauga temperatūru un attiecīgi pielāgot apstrādi ar ultraskaņu. Recirkulējošs dzesēšanas šķidrums dzesē katru plates iedobi, nodrošinot precīzu temperatūras kontroli. |
| Protokolēšana un attālinātā vadība | Katru ultraskaņas apstrādes ciklu var vadīt no datora. Programmatūras instalēšana nav nepieciešama. Jūs varat izmantot savu ierasto pārlūkprogrammu (piemēram, Chrome, Firefox, Edge vai Safari) jebkurā operētājsistēmā (piemēram, MacOS, Windows, Android, iOS vai Linux), lai attālināti vadītu un uzraudzītu UIP400MTP. Katrā ultraskaņas apstrādes ciklā tiek izveidots detalizēts ultraskaņas apstrādes protokols izvērtēšanai un dokumentēšanai. Protokola fails ir atvērtā CSV formātā, un to var atvērt ar jūsu izvēlēto programmu, piemēram, Microsoft Excel, Apple Numbers vai OpenOffice Calc. |
| Izturīga un uzticama | UIP400MTP ir izstrādāta un ražota Vācijā atbilstoši visaugstākajiem kvalitātes standartiem, un tā ir ne vien jaudīga, bet arī ārkārtīgi izturīga. Tās konstrukcija atbilst rūpnieciskajiem standartiem un viegli iztur ikdienas lietošanas slodzi prasīgā laboratorijas vidē. UIP400MTP var nepārtraukti izmantot 24 stundas diennaktī, 7 dienas nedēļā darbībās ar lielu paraugu caurlaidspēju. |
- augsta efektivitāte
- vismodernākās tehnoloģijas
- uzticamība un izturība
- regulējama, precīza procesa vadība
- vieda programmatūra
- viedās funkcijas (piemēram, programmēšanas iespēja, datu protokolēšana, attālinātā vadība)
- vienkārša un droša lietošana
- nelielas apkopes prasības
- CIP (tīrīšana uz vietas)
Projektēšana, ražošana un konsultācijas – Vācijā radīta kvalitāte
Hielscher ultraskaņas apstrādes ierīces ir plaši pazīstamas ar visaugstākajiem kvalitātes un konstrukcijas standartiem. Izturība un vienkārša lietošana ļauj mūsu ultraskaņas apstrādes ierīces viegli integrēt rūpnieciskajās ražotnēs. Hielscher ultraskaņas apstrādes ierīces viegli tiek galā ar skarbiem apstākļiem un prasīgu vidi.
Hielscher Ultrasonics ir ISO sertificēts uzņēmums, kas īpašu uzmanību pievērš augstas veiktspējas ultraskaņas apstrādes ierīcēm ar vismodernākajām tehnoloģijām un ērtu lietošanu. Protams, Hielscher ultraskaņas apstrādes ierīces atbilst CE prasībām un izpilda UL, CSA un RoHs prasības.
Bezkontakta ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP mikrobioma paraugu sagatavošanai daudziedobju platēs.
Literatūra / Atsauces
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- InfoGraphic UIP400MTP – 96-well plate Ultrasonicator for High-Throughput Sample Prep – english – Hielscher Ultrasonics
- Jannike L. Krause, Sven-Bastiaan Haange, Stephanie S. Schäpe, Beatrice Engelmann, Ulrike Rolle-Kampczyk, Katarina Fritz-Wallace, Zhipeng Wang, Nico Jehmlich, Dominique Türkowsky, Kristin Schubert, Judith Pöppe, Katrin Bote, Uwe Rösler, Gunda Herberth, Martin von Bergen (2020): The glyphosate formulation Roundup® LB plus influences the global metabolome of pig gut microbiota in vitro. Science of The Total Environment, Volume 745, 2020.
- Tröscher-Mußotter, Johanna; Sáenz, Johan; Grindler, Sandra; Meyer, Jennifer; Kononov, Susanne; Mezger, Beate; Borda, Daniel; Frahm, Jana; Dänicke, Sven; Camarinha-Silva, Amelia; Huber, Korinna; Seifert, Jana (2021): Microbiome Clusters Disclose Physiologic Variances in Dairy Cows Challenged by Calving and Lipopolysaccharides. mSystems 2021.
- Jannike Lea Krause, Beatrice Engelmann, Stephanie Serena Schaepe, Ulrike Rolle-Kampczyk, Nico Jehmlich, Hyun-Dong Chang, Ulla Slanina, Maximillian Hoffman, Jörg Lehmann, Ana Claudia Zenclussen, Gunda Herberth, Martin von Bergen, Sven-Bastiaan Haange (2024): DSS treatment does not affect murine colonic microbiota in absence of thehost. Gut Microbes 2024.
Biežāk uzdotie jautājumi par mikrobioma pētniecību
Kā apstrāde ar ultraskaņu iedarbojas uz baktērijām?
Apstrāde ar ultraskaņu sagrauj baktēriju šūnas, izmantojot augstfrekvences skaņas viļņus, kas izraisa kavitāciju. Tā rada triecienviļņus un mehāniskus spēkus, izraisot šūnu līzi un intracelulārā satura izdalīšanos.
Kādas metodes izmanto mikrobiomu pētīšanai?
Mikrobiomu pētīšanas metodes ietver DNS sekvenēšanas paņēmienus, piemēram, 16S rRNS gēna sekvenēšanu un metagenomiku, kā arī transkriptomiku, proteomiku un metabolomiku mikroorganismu funkciju un mijiedarbības analīzei. Lielā iegūto datu apjoma interpretēšanai izmanto bioinformātikas rīkus.
Kādus paņēmienus izmanto mikrobioma analīzē?
Mikrobioma analīzē izmantotie paņēmieni ietver 16S rRNS gēna sekvenēšanu taksonomiskā profila noteikšanai, metagenomisko sekvenēšanu visaptverošai ģenētiskajai analīzei, metatranskriptomiku gēnu ekspresijas pētīšanai, metaproteomiku olbaltumvielu analīzei un metabolomiku vielmaiņas produktu identificēšanai. Bioinformātikas rīki ir būtiski datu apstrādei un interpretēšanai.
Kas ir metabolomika, metagenomika un metaproteomika mikrobioma pētniecībā?
Mikrobioma pētniecībā metabolomika analizē mikrobu radītās mazās molekulas un metabolītus, sniedzot ieskatu to metaboliskajā aktivitātē. Metagenomika ietver mikroorganismu kopienu kopējo genomu sekvenēšanu, lai izprastu to ģenētisko sastāvu un funkcionālo potenciālu. Metaproteomika pēta visu mikrobioma olbaltumvielu kopumu, atklājot gēnu funkcionālo ekspresiju un olbaltumvielu lomu mikroorganismu kopienā.
Kas ir baktēriju kolonijas mikrobioma pētniecībā?
Baktēriju kolonijas mikrobioma pētniecībā ir baktēriju grupas, kas uz cietas barotnes izaugušas no vienas vai dažām šūnām, veidojot redzamus sakopojumus. Šīs kolonijas ir klonālas populācijas, ko izmanto, lai pētītu konkrētu baktēriju celmu īpašības, daudzveidību un funkcijas mikroorganismu kopienā.
Hielscher Ultrasonics ražo augstas veiktspējas ultraskaņas homogenizatorus no laboratorijas mēroga līdz rūpnieciskam mērogam.