Mikrobioma izpēte un klīniskā analīze, kas racionalizēta ar ultraskaņu
Ultraskaņas apstrāde ir spēcīga metode, ko plaši izmanto mikrobioma pētījumos un klīniskajā analīzē, kas atvieglo augstas caurlaidspējas paraugu sagatavošanu. Ultraskaņas metode ir īpaši efektīva, lai apstrādātu sarežģītus bioloģiskos paraugus, piemēram, tos, kas satur mikroorganismus. Ultraskaņas izmantošana atvieglo šūnu līzi, nukleīnskābju, olbaltumvielu un metabolītu ekstrakciju un analīzi, ļaujot dziļāk izprast mikrobu kopienas un to lomu veselībā un slimībās. Hielscher augstas caurlaidspējas ultraskaņas aparāti ir slaveni ar savu precizitāti, efektivitāti un reproducējamiem rezultātiem, padarot tos par lielisku izvēli mikrobioma pētījumiem.
Izmantojiet augstas caurlaidspējas ultraskaņas apstrādes priekšrocības mikrobioma pētniecībā
96 urbumu plāksnes ultraskaņas UIP400MTP racionalizē mikrobioma pētījumus, sagatavojot augstas caurlaidspējas paraugus
Augstas caurlaidspējas parauga sagatavošana ar 96 urbumu plāksnes Sonicator UIP400MTP
Ultraskaņas pielietojumi mikrobioma pētniecībā
Efektīva šūnu līze
Ultraskaņas apstrāde ir ļoti efektīva, lai lizētu mikrobu šūnas, tostarp tās, kurām ir izturīgas šūnu sienas, piemēram, grampozitīvas baktērijas un sēnītes. Ultraskaņas viļņi paraugā rada kavitācijas burbuļus, kas sabrūk un rada trieciena viļņus, kas izjauc atvērtās šūnu sienas un membrānas. Šis process nodrošina visaptverošus šūnu darbības traucējumus un efektīvu intracelulārā satura, piemēram, DNS, RNS un proteīnu, izdalīšanos.
Kontrolēta DNS fragmentācija
Tādiem lietojumiem kā nākamās paaudzes sekvencēšana bieži vien ir nepieciešams nobīdīt DNS mazākos, vienveidīgos fragmentos. Ultraskaņas apstrāde nodrošina precīzu sadrumstalotības procesa kontroli, ļaujot pētniekiem iegūt vēlamā izmēra DNS fragmentus. Šī kontrole ir būtiska, lai sagatavotu sekvencēšanas bibliotēkas un nodrošinātu augstas kvalitātes sekvences datus.
Uzlabota paraugu homogenizācija
Mikrobioma pētījumos paraugi bieži satur daudzveidīgu mikroorganismu sajaukumu. Ultraskaņas apstrāde palīdz sasniegt vienmērīgu šo mikroorganismu sadalījumu paraugā, nodrošinot konsekventus un reproducējamus rezultātus. Šī homogenizācija ir būtiska precīzai kvantitatīvai analīzei, piemēram, mikrobu pārpilnības noteikšanai vai specifisku vielmaiņas aktivitāšu mērīšanai.
Uzticama metabolītu ekstrakcija
Uzticama metabolītu ekstrakcija ar ultraskaņu ir plaši izmantota metabolomikas metode, lai izolētu mazas molekulas no bioloģiskiem paraugiem. Ultraskaņas apstrāde izmanto mehāniskas vibrācijas, kas traucē šūnu membrānas, veicinot intracelulāro metabolītu izdalīšanos šķīdinātājā. Šī metode ir efektīva, reproducējama un saderīga ar dažādiem paraugu veidiem, padarot to par vērtīgu rīku augstas caurlaidspējas un mērķtiecīgiem metabolomikas pētījumiem. Lasiet vairāk par ultraskaņas metabolītu ekstrakciju!
“Es rakstu, lai pateiktos jums par mūsu fantastisko pieredzi, izmantojot jūsu UIP400MTP sonikatoru, lai nodrošinātu vienmērīgu un konsekventu fekāliju mikrobioma paraugu baktēriju līzi. Mēs virzām aploksni augstas caurlaidspējas līzes tehnoloģijai, un jūsu instruments ir labi piemērots šim uzdevumam. Daži no galvenajiem akcentiem ir šādi:
- Vienkārša darbība- instruments ir viegli lietojams, un pielāgošana ir vienkārša, izmantojot izvēlnes izvēles
- Augsta caurlaidspēja- lieliski piemērota plākšņu apstrādei, ar 96 paraugiem vienlaikus
- Pat visu kuģu ultraskaņas apstrāde - ierīce spēja piegādāt tādu pašu daudzumu ultraskaņas uz visām akām, kas bija ļoti svarīgi mūsu lietojumam
- Hielscher komandas atbalsts- atbalsts bija lielisks, jūs vienmēr bijāt mums blakus treniņos, lai atbildētu uz mūsu jautājumiem un risinātu problēmas, ar ieteikumiem, kas palīdzēja mums sasniegt mūsu mērķi.
Vēlreiz paldies par jūsu palīdzību un palīdzību, jo mēs strādājām, lai optimizētu mūsu protokolus.”
Marks D. Driskols, Ph.D. – Galvenais zinātniskais darbinieks – Intus Biosciences
Kā ultraskaņas apstrāde tiek izmantota mikrobioma pētniecībā un diagnostikā?
Metabolomika, metagenomika un metaproteomika ir savstarpēji saistītas mikrobioma pētījumos, jo tās kopā sniedz visaptverošu izpratni par mikrobu kopienām un to funkcijām. Līze, olbaltumvielu attīrīšana un DNS / RNS sadrumstalotība ir būtiski paraugu sagatavošanas soļi, kas tiek racionalizēti, izmantojot 96 urbumu plāksnes ultraskaņas UIP400MTP.
Metabolomika un metabolomu analīze
Metabolomika ietver sistemātisku mazo molekulu metabolītu izpēti bioloģiskajā sistēmā. Mikrobioma pētījumos ultraskaņas apstrāde tiek izmantota, lai lizētu mikrobu šūnas, atbrīvojot intracelulāros metabolītus. Lielu paraugu skaitu var ātri apstrādāt, izmantojot 96 urbumu plates sonikatora UIP400MTP. Pēc tam ekstrahētos metabolītus kvantificē, izmantojot progresīvas metodes, piemēram, masspektrometriju (MS) un kodolmagnētiskās rezonanses (NMR) spektroskopiju. Iegūtie dati sniedz ieskatu mikrobioma vielmaiņas stāvoklī, atklājot ieskatu bioķīmiskajās aktivitātēs un mijiedarbībā mikrobu kopienās.
Metagenomika un metatranskriptomika
Metagenomika ietver visaptverošu ģenētiskā materiāla analīzi, kas iegūts tieši no vides paraugiem. Ultraskaņas apstrādei ir izšķiroša loma šajā procesā, lizējot mikrobu šūnas, lai iegūtu augstas kvalitātes DNS, kas pēc tam tiek sekvencēta, lai identificētu un kvantificētu esošās mikrobu sugas. Metatranskriptomikā RNS tiek iegūta, izmantojot līdzīgas ultraskaņas metodes, lai pētītu gēnu ekspresijas profilus dažādās mikrobu kopienās. DNS un RNS sekvencēšanai nukleīnskābēm jābūt sadrumstalotām līdz noteiktam bāzu garumam. Visus šos uzdevumus droši un ātri veic UIP400MTP augstas caurlaidspējas sonikators!
Proteomika
Proteomikas analīzēm nepieciešama proteīnu ekstrakcija no mikrobu šūnām. Ultraskaņas apstrāde tiek efektīvi izmantota, lai izjauktu šūnas, atbrīvojot olbaltumvielas šķīdumā. Pēc tam šos proteīnus var attīrīt un analizēt, lai izprastu to funkcionālās lomas mikrobiomā un to iesaistīšanos vielmaiņas ceļos. Izmantojot UIP400MTP vairāku urbumu plates sonikatoru, jūs varat veikt līzes un olbaltumvielu ekstrakcijas uzdevumu dažu minūšu laikā, radot reproducējamus rezultātus, lai gūtu ieskatu bioloģiskajos procesos, ko izraisa proteīni mikrobu kopienās.
metaproteomika
Metaproteomika paplašina proteomikas analīzi uz veselām mikrobu kopienām, pētot kolektīvo olbaltumvielu saturu, lai izprastu funkcionālo ekspresiju un mijiedarbību mikrobiomā. Ultraskaņas apstrāde tiek izmantota, lai lizētu šūnas, atbrīvojot olbaltumvielas, kuras pēc tam attīra un analizē, izmantojot tādas metodes kā masas spektrometrija. Šī pieeja sniedz detalizētu ieskatu aktīvajos bioloģiskajos procesos un mikrobu kopienu adaptācijā dažādās vidēs.
Izmantojiet UIP400MTP multi-well-plate sonicator augstās caurlaidspējas apstrādes jaudu un atvieglojiet mikrobioma izpēti un analīzi!
UIP400MTP augstas caurlaidspējas sonikators mikrobioma izpētei vairāku iedobju platēs, 96 iedobju platēs, mēģenēs un Petri trauciņos.
UIP400MTP Multiwell Plate Sonicator augstas caurlaidspējas paraugu sagatavošanai mikrobioma diagnostikā.
Vairāku urbumu plates ultraskaņas UIP400MTP atvieglo augstas caurlaidspējas paraugu sagatavošanu, piemēram, mikrobioma izpētē un diagnostikā.
96 urbumu plāksnes sonikators UIP400MTP: Ultraskaņas pārraides šķidrums ieskauj visas akas un nodrošina vienmērīgu katra parauga ultraskaņu
UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator galvenās iezīmes
| augstas caurlaidspējas ultraskaņas apstrāde | Lieliski piemērots 96 urbumiem un citām daudzprofilu plāksnēm, UIP400MTP ļauj vienlaicīgi, identiski apstrādāt ar ultraskaņu vairākiem paraugiem, ievērojami saīsinot paraugu sagatavošanas ilgumu un palielinot lielu paraugu skaita testēšanas caurlaidspēju. |
| Izmantojiet izvēlēto Multiwell plāksni | UIP400MTP ir paredzēts, lai apstrādātu visas standarta daudzvietīgās plāksnes, PCR plāksnes vai mikrotitrēšanas plāksnes. Jūs izvēlaties saviem eksperimentiem vispiemērotāko plati. Tā kā UIP400MTP nav nepieciešami patentēti palīgmateriāli, tas ietaupa daudz naudas! |
| Bezkontakta ultrasonikācija | Multiwell Plate Sonicator UIP400MTP izmanto intensīvu ultraskaņu, neko neievietojot paraugā. Jūs varat apstrādāt ealed daudzviet plāksnes, slēgtus traukus un flakonus. Hielscher piegādā jums pielāgotus paraugu turētājus visiem nestandarta flakoniem vai traukiem. |
| Precizitāte un kontrole | Precīza kontrole un viedā programmatūra ļauj optimāli iestatīt ultraskaņas parametrus, kas atbilst jūsu īpašajām apstrādes vajadzībām. Jūs saņemat maksimālu ultraskaņas apstrādes efektivitāti un efektivitāti katram eksperimentam. |
| temperatūras kontrole | Iestatiet noteiktu temperatūru jūsu ultraskaņas apstrādei. UIP400MTP plāksnes sonikators var uzraudzīt parauga temperatūru un attiecīgi pielāgot ultraskaņu. Recirkulācijas dzesēšanas šķidrums atdzesē katru iedobi platē, lai precīzi kontrolētu temperatūru. |
| Protokols un tālvadība | Katru ultraskaņas darbību var kontrolēt no datora. Programmatūras instalēšana nav nepieciešama. Varat izmantot savu standarta pārlūkprogrammu (piemēram, Chrome, Firefox, Edge vai Safari) jebkurā operētājsistēmā (piemēram, MacOS, Windows, Android, iOS vai Linux), lai attālināti vadītu un uzraudzītu UIP400MTP. Katrs ultraskaņas apstrādes posms rada detalizētu ultraskaņas apstrādes protokolu novērtēšanai un dokumentācijai. Protokola fails ir nepatentētā CSV formātā, kuru var atvērt ar vēlamo programmu, piemēram, Microsoft Excel, Apple Numbers vai OpenOffice Calc. |
| Izturīgs un uzticams | Projektēts un būvēts Vācijā atbilstoši augstākajiem kvalitātes standartiem, UIP400MTP ir ne tikai jaudīgs, bet arī ļoti izturīgs. Tā dizains atbilst rūpniecības standartiem un viegli iztur ikdienas lietošanas stingrību prasīgā laboratorijas vidē. Jūs varat izmantot UIP400MTP nepārtraukti 24 stundas 7 dienas nedēļā augstas caurlaidspējas operācijās. |
- augsta efektivitāte
- vismodernākās tehnoloģijas
- uzticamība & Stabilitāti
- regulējama, precīza procesa vadība
- inteliģenta programmatūra
- viedās funkcijas (piemēram, programmējamas, datu protokolēšana, tālvadības pults);
- viegli un droši lietojams
- zema apkope
- CIP (tīrā vietā)
Projektēšana, ražošana un konsultācijas – Kvalitāte ražots Vācijā
Hielscher ultrasonikatori ir labi pazīstami ar saviem augstākajiem kvalitātes un dizaina standartiem. Robustums un viegla darbība ļauj vienmērīgi integrēt mūsu ultrasonikatorus rūpnieciskajās iekārtās. Hielscher ultrasonikatori viegli apstrādā neapstrādātus apstākļus un prasīgu vidi.
Hielscher Ultrasonics ir ISO sertificēts uzņēmums un īpašu uzsvaru liek uz augstas veiktspējas ultrasonikatoriem, kas piedāvā vismodernākās tehnoloģijas un lietotājdraudzīgumu. Protams, Hielscher ultrasonikatori atbilst CE prasībām un atbilst UL, CSA un RoHs prasībām.
Bezkontakta ultraskaņas UIP400MTP mikrobioma paraugu sagatavošanai vairāku iedobju platēs.
Literatūra / Atsauces
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- InfoGraphic UIP400MTP – 96-well plate Ultrasonicator for High-Throughput Sample Prep – english – Hielscher Ultrasonics
- Jannike L. Krause, Sven-Bastiaan Haange, Stephanie S. Schäpe, Beatrice Engelmann, Ulrike Rolle-Kampczyk, Katarina Fritz-Wallace, Zhipeng Wang, Nico Jehmlich, Dominique Türkowsky, Kristin Schubert, Judith Pöppe, Katrin Bote, Uwe Rösler, Gunda Herberth, Martin von Bergen (2020): The glyphosate formulation Roundup® LB plus influences the global metabolome of pig gut microbiota in vitro. Science of The Total Environment, Volume 745, 2020.
- Tröscher-Mußotter, Johanna; Sáenz, Johan; Grindler, Sandra; Meyer, Jennifer; Kononov, Susanne; Mezger, Beate; Borda, Daniel; Frahm, Jana; Dänicke, Sven; Camarinha-Silva, Amelia; Huber, Korinna; Seifert, Jana (2021): Microbiome Clusters Disclose Physiologic Variances in Dairy Cows Challenged by Calving and Lipopolysaccharides. mSystems 2021.
- Jannike Lea Krause, Beatrice Engelmann, Stephanie Serena Schaepe, Ulrike Rolle-Kampczyk, Nico Jehmlich, Hyun-Dong Chang, Ulla Slanina, Maximillian Hoffman, Jörg Lehmann, Ana Claudia Zenclussen, Gunda Herberth, Martin von Bergen, Sven-Bastiaan Haange (2024): DSS treatment does not affect murine colonic microbiota in absence of thehost. Gut Microbes 2024.
Biežāk uzdotie jautājumi par mikrobioma pētījumiem
Ko ultraskaņas apstrāde nodara baktērijām?
Ultraskaņas apstrāde traucē baktēriju šūnas, izmantojot augstfrekvences skaņas viļņus, izraisot kavitāciju, kas rada trieciena viļņus un mehāniskus spēkus, izraisot šūnu līzi un intracelulārā satura izdalīšanos.
Kādas metodes tiek izmantotas mikrobiomu izpētei?
Mikrobiomu izpētes metodes ietver DNS sekvencēšanas metodes, piemēram, 16S rRNS gēnu sekvencēšanu un metagenomiku, kā arī transkriptomiku, proteomiku un metabolomiku, lai analizētu mikrobu funkcijas un mijiedarbību. Lai interpretētu iegūtos plašos datus, tiek izmantoti bioinformātikas rīki.
Kādas ir mikrobioma analīzē izmantotās metodes?
Mikrobioma analīzē izmantotās metodes ietver 16S rRNS gēnu sekvencēšanu taksonomiskai profilēšanai, metagenomisko sekvencēšanu visaptverošai ģenētiskai analīzei, metatranskriptomiku gēnu ekspresijas izpētei, metaproteomiku proteīnu analīzei un metabolomiku, lai identificētu vielmaiņas produktus. Bioinformātikas rīki ir būtiski datu apstrādei un interpretācijai.
Kas ir metabolomika, metagenomika un metaproteomika mikrobioma pētniecībā?
Mikrobioma pētījumos metabolomika analizē mikrobu radītās mazās molekulas un metabolītus, sniedzot ieskatu to vielmaiņas aktivitātēs. Metagenomika ietver mikrobu kopienu kolektīvo genomu sekvencēšanu, lai izprastu to ģenētisko sastāvu un funkcionālo potenciālu. Metaproteomika pēta visu mikrobioma olbaltumvielu saturu, atklājot gēnu funkcionālo ekspresiju un proteīnu lomu mikrobu kopienā.
Kas ir baktēriju kolonijas mikrobioma pētniecībā?
Baktēriju kolonijas mikrobioma pētījumos ir baktēriju grupas, kas audzētas no vienas vai dažām šūnām cietā augšanas vidē, veidojot redzamas kopas. Šīs kolonijas pārstāv klonu populācijas, ko izmanto, lai pētītu konkrētu baktēriju celmu īpašības, daudzveidību un funkcijas mikrobu kopienā.
Hielscher Ultrasonics ražo augstas veiktspējas ultraskaņas homogenizatorus no Lab līdz rūpnieciskais izmērs.