Metabolomika ar augstas caurlaidspējas apstrādi ar ultraskaņu
Metabolomika ir pētniecības joma, kurā izmanto augstas caurlaidspējas metodes, lai raksturotu un kvantitatīvi noteiktu mazas molekulas dažādos bioloģiskajos šķidrumos, piemēram, urīnā, serumā, plazmā, fēcēs un siekalās, atklājot unikālus vielmaiņas raksturlielumus. Augstas caurlaidspējas ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP, kas paredzēta daudziedobju platēm, ir jaudīgs rīks šūnu lizēšanai šajos paraugos, veicinot metabolītu izdalīšanos turpmākai analīzei. Šī precīzā un uzticamā pieeja ir būtiska metabolomikā, kur īpaši svarīga ir precīza pētījuma plānošana, rūpīga paraugu sagatavošana, optimizēta platformas konfigurācija, visaptveroša datu analīze un jēgpilna bioloģiskā interpretācija. Metabolomikā izmanto gan mērķētas pieejas, kas koncentrējas uz konkrētām molekulu klasēm, piemēram, ogļhidrātiem, lipīdiem un aminoskābēm, gan nemērķētas metodes, kas sniedz plašu pārskatu par parauga vielmaiņas profiliem, atklājot vielmaiņas signālpārneses sarežģītību.
UIP400MTP ir bezkontakta augstas caurlaidspējas ultraskaņas apstrādes ierīce šūnu lizēšanai un metabolītu ekstrakcijai daudziedobju platēs
Augstas caurlaidspējas paraugu sagatavošana ar 96 iedobju plašu ultraskaņas apstrādes ierīci UIP400MTP
Bezkontakta ultraskaņas apstrādes ierīces UIP400MTP izmantošana kopā ar 96 iedobju platēm ir efektīva metode augstas caurlaidspējas homogenizācijai un metabolītu ekstrakcijai. Šāda konfigurācija novērš tiešu saskari ar paraugu, samazinot savstarpējās kontaminācijas risku, vienlaikus apstrādājot vairākus paraugus.
Soli pa solim izklāstīts homogenizācijas protokols, izmantojot 96 iedobju plašu ultraskaņas apstrādes ierīci UIP400MTP
- Paraugu sagatavošana metabolomikas analīzei
Paraugu ievietošana: Ievietojiet katru paraugu (piemēram, fēces, zarnu audus vai zarnu lūmena saturu) atsevišķā 96 iedobju plates vai mikroplates iedobē.
Šķīdinātājs: Organiskie šķīdinātāji, piemēram, metanols, etanols, acetonitrils, hloroforms un to maisījumi (ar ūdeni), ir būtiski metabolītu ekstrakcijai, veicinot intracelulāro metabolītu izdalīšanos no šūnu matrices. Katrā iedobē izmantojiet 100–300 µL šķīdinātāja, nodrošinot pietiekamu tilpumu, lai paraugs būtu pilnībā iegremdēts.
Iekšējie standarti: Pēc izvēles pievienojiet katrai iedobei iekšējos standartus normalizācijai turpmākās metabolomikas analīzes laikā. - Ultraskaņas pārvades vides sagatavošana
Ūdens līmenis: Novietojiet 96 iedobju plati uz ultraskaņas apstrādes platformas, kas piepildīta ar ūdeni (ultraskaņas pārvades vidi), kā aprakstīts lietošanas instrukcijā. - UIP400MTP parametru konfigurēšana
Jaudas iestatījumi: Efektīvai homogenizācijai noregulējiet ultraskaņas amplitūdu uz 50–80% no maksimālās jaudas.
Impulsu režīms: Iestatiet ultraskaņas apstrādes ciklu ar mainīgiem impulsiem (piemēram, 30 sekundes IESLĒGTS, 30 sekundes IZSLĒGTS), lai nodrošinātu dzesēšanu un novērstu paraugu pārkaršanu.
Kopējais laiks: 4–10 minūtes atkarībā no parauga sarežģītības un mehāniskās izturības.
Temperatūras kontrole: Izmantojiet laboratorijas dzesētāju, lai ultraskaņas apstrādes laikā uzturētu ūdens temperatūru 4–8°C un aizsargātu siltumjutīgos metabolītus. - Ultraskaņas apstrādes process
Iedarbiniet UIP400MTP, lai veiktu ultraskaņas apstrādes ciklus.
Uzraugiet procesu, izmantojot UIP400MTP saskarni.
Kavitācijas iedarbība homogenizēs paraugus un lizēs šūnas iedobēs, atbrīvojot intracelulāros metabolītus šķīdinātājā. - Pēc ultraskaņas apstrādes
Centrifugēšana: Pēc ultraskaņas apstrādes vajadzības gadījumā pārnesiet plates saturu savākšanas mēģenēs. Centrifugējiet ar 4 000–6 000 × g 10 minūtes, lai nogulsnētu nešķīstošās atliekas un šūnu materiālu.
Supernatanta savākšana: Uzmanīgi pārnesiet supernatantu no katras iedobes jaunās mēģenēs vai platēs analīzei.
Žāvēšana pēc izvēles: Ja nepieciešama koncentrēšana, izžāvējiet supernatantus, izmantojot vakuuma koncentratoru (piemēram, SpeedVac), un pēc tam izšķīdiniet atlikumu nelielā daudzumā piemērota šķīdinātāja.
Izmantojiet daudziedobju plašu ultraskaņas apstrādes ierīces UIP400MTP augstas caurlaidspējas apstrādes iespējas un atvieglojiet savus metabolomikas pētījumus un analīzi!
Augstas caurlaidspējas ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP metabolomikas pētījumiem daudziedobju platēs, 96 iedobju platēs, mēģenēs un Petri traukos.
Daudziedobju plašu ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP augstas caurlaidspējas paraugu sagatavošanai metabolomikas pētījumos.
Bezkontakta ultraskaņas apstrādes princips ar UIP400MTP
UIP400MTP netieši pievada ultraskaņas viļņus 96 iedobīšu plates iedobītēm caur ultraskaņas pārvades vidi (piemēram, ūdeni). Šie viļņi rada kavitāciju, kas sagrauj šūnas un atbrīvo metabolītus bez fiziska kontakta starp ultraskaņas apstrādes ierīces zondi un paraugu.
“Rakstu, lai pateiktos jums par mūsu lielisko pieredzi, izmantojot jūsu ultraskaņas apstrādes ierīci UIP400MTP vienmērīgai un atkārtojamai baktēriju līzei fekāliju mikrobioma paraugos. Mēs paplašinām augsta paraugu apstrādes ražīguma līzes tehnoloģijas iespēju robežas, un jūsu ierīce ir labi piemērota šim uzdevumam. Dažas no galvenajām priekšrocībām ir:
- Vienkārša lietošana – ierīci ir viegli lietot, un to ir vienkārši pielāgot, izmantojot izvēlnes opcijas
- Augsts paraugu apstrādes ražīgums – lieliski piemērota darbam ar platēm, apstrādājot 96 paraugus vienlaikus
- Vienmērīga visu trauku apstrāde ar ultraskaņu – ierīce spēja nodrošināt vienādu ultraskaņas iedarbības apjomu visās iedobītēs, kas mūsu lietojumam bija izšķiroši svarīgi
- Hielscher komandas atbalsts – atbalsts bija izcils; jūs vienmēr bijāt gatavi mums palīdzēt apmācībās, atbildēt uz mūsu jautājumiem un risināt problēmas, sniedzot ieteikumus, kas palīdzēja mums sasniegt mērķi.
Vēlreiz pateicamies par jūsu palīdzību un atbalstu, kamēr strādājām pie mūsu protokolu optimizēšanas.”
Mark D. Driscoll, Ph.D. – zinātniskais direktors – Intus Biosciences
Daudziedobīšu plašu ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP atvieglo paraugu sagatavošanu ar augstu ražīgumu, piemēram, metabolītu pētniecībā un analīzē.
96 iedobīšu plašu ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP: ultraskaņu pārvadošais šķidrums aptver visas iedobītes un nodrošina katra parauga vienmērīgu apstrādi ar ultraskaņu
Daudziedobīšu plašu ultraskaņas apstrādes ierīces UIP400MTP galvenās īpašības
| Apstrāde ar ultraskaņu ar augstu paraugu apstrādes ražīgumu | UIP400MTP ir ideāli piemērota 96 iedobīšu platēm un citām daudziedobīšu platēm un ļauj vienlaikus identiski apstrādāt vairākus paraugus ar ultraskaņu, ievērojami saīsinot paraugu sagatavošanas laiku un palielinot liela paraugu skaita testēšanas ražīgumu. |
| Izmantojiet daudziedobīšu plati pēc savas izvēles | UIP400MTP ir paredzēta jebkuru standarta daudziedobīšu plašu, PCR plašu vai mikrotitrēšanas plašu apstrādei ar ultraskaņu. Jūs izvēlaties saviem eksperimentiem vispiemērotāko plati. Tā kā UIP400MTP nav nepieciešami tikai šai ierīcei paredzēti patentēti palīgmateriāli, tas ļauj jums ietaupīt daudz naudas! |
| Bezkontakta apstrāde ar ultraskaņu | Daudziedobīšu plašu ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP nodrošina intensīvu ultraskaņas iedarbību, neko neievietojot paraugā. Ar ultraskaņu varat apstrādāt hermētiski noslēgtas daudziedobīšu plates, aizvērtus traukus un flakonus. Hielscher piegādā jums pielāgotus paraugu turētājus jebkuriem nestandarta flakoniem vai traukiem. |
| Precizitāte un vadība | Precīza vadība un viedā programmatūra ļauj iestatīt ultraskaņas parametrus tā, lai tie optimāli atbilstu jūsu konkrētajām apstrādes vajadzībām. Katrā eksperimentā jūs iegūstat maksimālu apstrādes ar ultraskaņu efektivitāti un iedarbīgumu. |
| Temperatūras kontrole | Iestatiet konkrētu temperatūru apstrādei ar ultraskaņu. Plašu ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP var uzraudzīt paraugu temperatūru un attiecīgi pielāgot apstrādi ar ultraskaņu. Recirkulējošs dzesēšanas šķidrums atdzesē katru plates iedobīti, nodrošinot precīzu temperatūras kontroli. |
| Protokolēšana un tālvadība | Katru apstrādes ar ultraskaņu ciklu var vadīt no datora. Programmatūras instalēšana nav nepieciešama. Varat izmantot savu ierasto pārlūkprogrammu (piemēram, Chrome, Firefox, Edge vai Safari) jebkurā operētājsistēmā (piemēram, MacOS, Windows, Android, iOS vai Linux), lai attālināti vadītu un uzraudzītu UIP400MTP. Katrs apstrādes ar ultraskaņu cikls izveido detalizētu apstrādes protokolu izvērtēšanai un dokumentēšanai. Protokola fails ir atvērtā CSV formātā, un to var atvērt ar jūsu izvēlēto programmu, piemēram, Microsoft Excel, Apple Numbers vai OpenOffice Calc. |
| Izturīga un uzticama | UIP400MTP ir projektēta un izgatavota Vācijā atbilstoši visaugstākajiem kvalitātes standartiem, un tā ir ne tikai jaudīga, bet arī īpaši izturīga. Tās konstrukcija atbilst rūpnieciskajiem standartiem un viegli iztur ikdienas lietošanas slodzi prasīgā laboratorijas vidē. UIP400MTP var izmantot nepārtraukti 24 stundas diennaktī, 7 dienas nedēļā darbībās ar augstu paraugu apstrādes ražīgumu. |
- augsta efektivitāte
- vismodernākā tehnoloģija
- uzticamība un izturība
- regulējama, precīza procesa vadība
- viedā programmatūra
- viedās funkcijas (piem., programmējamība, datu protokolēšana, tālvadība)
- vienkārša un droša lietošana
- nelielas apkopes prasības
- CIP (tīrīšana uz vietas)
Projektēšana, ražošana un konsultācijas – Vācijā radīta kvalitāte
Hielscher ultraskaņas apstrādes ierīces ir labi pazīstamas ar saviem visaugstākajiem kvalitātes un projektēšanas standartiem. Izturība un vienkārša lietošana ļauj mūsu ultraskaņas apstrādes ierīces viegli integrēt rūpnieciskajās ražotnēs. Hielscher ultraskaņas apstrādes ierīces viegli tiek galā ar skarbiem apstākļiem un prasīgu darba vidi.
Hielscher Ultrasonics ir ISO sertificēts uzņēmums, kas īpašu uzmanību pievērš augstas veiktspējas ultraskaņas apstrādes ierīcēm ar vismodernākajām tehnoloģijām un ērtu lietošanu. Protams, Hielscher ultraskaņas apstrādes ierīces atbilst CE prasībām, kā arī UL, CSA un RoHs prasībām.
Bezkontakta ultraskaņas apstrādes ierīce UIP400MTP metabolomikas paraugu sagatavošanai mikroplatēs.
Literatūra / Atsauces
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Bieži uzdotie jautājumi par metabolomikas pētījumiem
Kas ir mikrobioms?
Mikrobioms ir mikroorganismu, tostarp baktēriju, vīrusu, sēņu un arheju, kopums un to ģenētiskais materiāls noteiktā vidē, piemēram, cilvēka organismā. Tam ir būtiska nozīme saimniekorganisma veselībā, jo tas ietekmē vielmaiņu, imūnsistēmas darbību un aizsardzību pret patogēniem, savukārt pašu mikrobiomu veido tādi faktori kā uzturs, dzīvesveids un vide.
Kas ir metabolomika?
Metabolomika ir visaptveroša metabolītu izpēte. Metabolīti ir mazas molekulas, kas veidojas vielmaiņas procesos bioloģiskā sistēmā. Metabolomika ietver šo molekulu identificēšanu, kvantitatīvu noteikšanu un analīzi, lai izprastu šūnu funkcijas, vielmaiņas ceļus un to reakciju uz ģenētiskām, vides vai patoloģiskām izmaiņām.
Kas ir metaboloms?
Metaboloms ir visu mazo molekulu jeb metabolītu kopums, kas noteiktā brīdī atrodas bioloģiskā sistēmā, piemēram, šūnā, audos vai organismā. Tas atspoguļo sistēmas bioķīmisko aktivitāti un fizioloģisko stāvokli, sniedzot ieskatu vielmaiņā un tās mijiedarbībā ar vidi.
Hielscher Ultrasonics ražo augstas veiktspējas ultraskaņas homogenizatorus no laboratorijas mēroga līdz rūpnieciska mēroga iekārtām.