ამილოიდური ფიბრილის ფორმირება UIP400MTP მიკროპლატის სონიკატორის გამოყენებით
ამილოიდური ფიბრილები, ისევე როგორც კრისტალები, წარმოიქმნება ბირთვების და შემდგომი ზრდის პროცესში. თუმცა, ბირთვების მაღალი თავისუფალი ენერგიის ბარიერის გამო, ამილოიდური ფიბრილის სპონტანური ფორმირება ხდება მხოლოდ ხანგრძლივი ჩამორჩენის ფაზის შემდეგ. ულტრაბგერითი გამოვლინდა, როგორც ძლიერი ინსტრუმენტი ამილოიდის ნუკლეაციის ინდუქციისთვის, რითაც მნიშვნელოვნად აჩქარებს ფიბრილების წარმოქმნას. თიოფლავინის T (ThT) ფლუორესცენციის გამოყენებით მიკროპლატის მკითხველთან შერწყმისას, ულტრაბგერითი გამოვლენის საშუალებას იძლევა ამილოიდური ფიბრილების მაღალი გამტარუნარიანობის გამოვლენა მრავალ ნიმუშში ერთდროულად.
ულტრაბგერითი ინდუცირებული ამილოიდური ფიბრილის ფორმირება UIP400MTP მიკროპლეტის სონიკატორით
UIP400MTP მრავალ ჭაბურღილის ფირფიტის სონიკატორით, ამილოიდური ფიბრილების იგივე ხარისხის დიდი რაოდენობით შეიძლება სწრაფად სინთეზირებული იყოს კვლევის მიზნებისთვის. ეს ეფექტური მიდგომა იძლევა ცილის ამილოიდოგენურობის შესწავლის საშუალებას. ეს ტექნიკა ხელს უწყობს ამილოიდის სწრაფ და რეპროდუცირებად ფიბრილაციას, როგორც ეს ნაჩვენებია β2-მიკროგლობულინით (β2-m), ამილოიდოგენური ცილა, რომელიც ასოცირდება დიალიზთან დაკავშირებულ ამილოიდოზთან.
მარტივი ექსპერიმენტული მიდგომა: ულტრაბგერითი გამოწვეული ამილოიდური ფიბრილაცია
ფიბრილების წარმოქმნის გამოწვევის მიზნით, 96 ჭაბურღილი მოთავსდა UIP400MTP მრავალ ჭაბურღილის ფირფიტის სონიკატორის ცენტრში, რომელიც უზრუნველყოფს ულტრაბგერითი ზემოქმედების ერთგვაროვან ზემოქმედებას ყველა ჭაში. ექსპერიმენტული პირობები იყო შემდეგი:
- თითოეული ჭაბურღილი შეიცავდა 0,2 მლ β2-მიკროგლობულინის ხსნარს (0,3 მგ/მლ, pH 2,5) დამატებული 5 μM ThT-ით.
- ფირფიტას დაექვემდებარა ულტრაბგერითი ციკლები, როგორიცაა 1 წუთიანი ულტრაბგერითი გამოკვლევის შემდეგ 9 წუთიანი პაუზა.
- სონიკაციის შემდგომ, ThT ფლუორესცენცია გაზომილი იყო მიკროპლატის წამკითხველის გამოყენებით.
(შდრ. So et al., 2011)
შედარება ჩვეულებრივ აგიტაციასთან
ტრადიციულ აგიტაციის მეთოდებთან შედარებით, ულტრაბგერითი გამოკვლევით მკვეთრად ამცირებს ფიბრილების წარმოქმნის ჩამორჩენის ფაზას. ჩვეულებრივი მიკროფირფიტის შერყევის პირობებში, 10 ჭაბურღილიდან მხოლოდ 1-მა აჩვენა გაზრდილი ThT ფლუორესცენცია 20 საათის შემდეგ. ამის საპირისპიროდ, ციკლური ულტრაბგერითი გამოკვლევის გამოყენებით (15 წუთიანი ხმოვანი გამოსხივება, რასაც მოჰყვება 5 წუთიანი სიმშვიდე), ThT ფლუორესცენციის მნიშვნელოვანი მატება გამოვლინდა პირველი გაჟღერებით მკურნალობის შემდეგ.
ფიბრილაციის კინეტიკის სწრაფი აჩქარება
მიღებული შედეგები So et al. (2011) აჩვენა, რომ β2-მიკროგლობულინის სპონტანური ფიბრილის წარმოქმნა pH 2,5-ზე შეიძლება დაჩქარდეს რამდენიმე საათიდან სულ რაღაც 10-15 წუთამდე ულტრაბგერითი გამოკვლევით.
ატომური ძალის მიკროსკოპის (AFM) სურათებმა დაადასტურა, რომ ყოველ 15 წუთში 10-წუთიანი ულტრაბგერითი გამომუშავების შედეგად წარმოქმნილი ფიბრილები მორფოლოგიურად არ განსხვავდებოდა მათგან, რომლებიც წარმოიქმნებოდა 1 წუთიანი ულტრაბგერითი ყოველ 10 წუთში. ეს ხაზს უსვამს ულტრაბგერითი გამოწვეულ ამილოიდური ფიბრილაციის განმეორებადობას და გამძლეობას.

ამილოიდური ფიბრილების AFM გამოსახულებები, რომლებიც წარმოიქმნება 1-წუთიანი ულტრაბგერითი გამოკვლევით ყოველ 10 წუთში (i), 10-წთ-სონიკიციით ყოველ 15 წუთში (ii) და დათესვის რეაქციით ულტრაბგერითი გამოკვლევის გარეშე (iii). თეთრი მასშტაბის ზოლი წარმოადგენს 1 მკმ-ს.
კვლევა და სურათები: ©So et al., 2011
ფიბრილაცია ნეიტრალურ pH პირობებში
ნეიტრალურ pH პირობებშიც კი, ფიბრილების ფორმირება მიიღწევა 1,5 საათის შეფერხების შემდეგ, რაც ადასტურებს, რომ ულტრაბგერითი მოქმედება მნიშვნელოვნად აქვეითებს ენერგეტიკულ ბარიერს ნუკლეაციისა და ზრდისთვის. ეს შემდგომში მხარს უჭერს ჰიპოთეზას, რომ ამილოიდური ფიბრილაცია, ძირითადად, ფიზიკური რეაქციაა, დიდწილად შეზღუდული ბირთვული ენერგიის ბარიერით, რომელსაც ულტრაბგერითი ეფექტი ეფექტურად ამცირებს.
გავლენა ამილოიდთან დაკავშირებულ დაავადებათა კვლევაზე
ამილოიდური ფიბრილების მარტივი და საიმედო ფორმირება UIP400MTP მიკროპლატის სონიკატორის გამოყენებით მნიშვნელოვან გავლენას ახდენს ალცჰეიმერის დაავადების (AD) კვლევაზე და ამილოიდთან დაკავშირებულ სხვა დარღვევებზე, როგორიცაა პარკინსონის დაავადება, II ტიპის დიაბეტი და სისტემური ამილოიდოზი. AD-ში, ამილოიდი-β (Aβ) აგრეგაცია არის ძირითადი პათოლოგიური მახასიათებელი, მაგრამ მისი ფიბრილაციის კინეტიკის შესწავლა კვლავ რთულია ხანგრძლივი ჩამორჩენის ფაზებისა და ჩვეულებრივი მეთოდების ცვალებადობის გამო. ულტრაბგერითი ფიბრილის ფორმირება აჩქარებს ნუკლეაციას, უზრუნველყოფს მაღალ რეპროდუქციულობას და შემცირებულ ცვალებადობას, რაც გადამწყვეტია პოტენციური ინჰიბიტორების სკრინინგისთვის და ამილოიდოგენური მექანიზმების გასაგებად. გარდა ამისა, UIP400MTP-ის მაღალი გამტარუნარიანობის შესაძლებლობას იძლევა ფართომასშტაბიანი გამოკვლევები ცილების არასწორი დაკეცვისა და აგრეგაციის შესახებ, რაც ხელს უწყობს თერაპიული აგენტების აღმოჩენას, რომლებსაც შეუძლიათ ფიბრილების ფორმირების მოდულირება და პოტენციურად შეამსუბუქონ ნეიროდეგენერაციული პროგრესირება.
ეს კვლევა ადგენს ულტრაბგერითი გამომუშავებას UIP400MTP მრავალ ჭაბურღილის ფირფიტის სონიკატორის გამოყენებით, როგორც უაღრესად ეფექტური მეთოდი ამილოიდური ფიბრილის წარმოქმნის დასაჩქარებლად. ამ მიდგომის ძირითადი უპირატესობები მოიცავს:
- ფიბრილაციის შეფერხების დროის მკვეთრი შემცირება.
- ერთიანი ულტრაბგერითი ზემოქმედება ყველა ჭაბურღილზე, რაც საშუალებას იძლევა რეპროდუცირებადი ფიბრილის ფორმირება.
- მაღალი გამტარუნარიანობის სკრინინგის შესაძლებლობა, რაც მას შესაფერისს ხდის პროტეინის ამილოიდოგენურობის გენომის ფართო ძიებისთვის.
ულტრაბგერითი ThT ფლუორესცენციის გამოვლენასთან ინტეგრაციით, ეს მეთოდი უზრუნველყოფს სწრაფ, მასშტაბურ და საიმედო პლატფორმას ამილოიდური ფიბრილაციის შესასწავლად. მისი ეფექტურობისა და მაღალი წარმადობის პოტენციალის გათვალისწინებით, ამ მიდგომამ შეიძლება ხელი შეუწყოს ამილოიდური ფიბრილების ადვილად სინთეზს ბიოფიზიკური და ფარმაცევტული კვლევისთვის, რაც პერსპექტიულ ინსტრუმენტს გვთავაზობს ამილოიდთან დაკავშირებული კვლევებისა და წამლების სკრინინგისთვის.

მაღალი გამტარუნარიანობის EM მოპოვება 96 ჭაბურღილის ფირფიტის სონიკატორი UIP400MTP
ლიტერატურა / ლიტერატურა
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Masatomo So, Hisashi Yagi, Kazumasa Sakurai, Hirotsugu Ogi, Hironobu Naiki, Yuji Goto (2011): Ultrasonication-Dependent Acceleration of Amyloid Fibril Formation. Journal of Molecular Biology, Volume 412, Issue 4, 2011. 568-577.
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
ხშირად დასმული შეკითხვები
რა არის ამილოიდის პირველადი ნუკლეაცია?
ამილოიდის პირველადი ნუკლეაცია არის საწყისი, სიჩქარის შემზღუდველი საფეხური ამილოიდური ფიბრილის ფორმირებაში, სადაც მონომერული ცილები განიცდიან კონფორმაციულ ცვლილებებს და თვითშეიკრიბება კრიტიკულ ბირთვში. ეს ბირთვი ემსახურება როგორც შაბლონს შემდგომი აგრეგაციისთვის.
როგორ ყალიბდება ფიბრილი ამილოიდოზის დროს?
ამილოიდოზის დროს, არასწორად დაკეცილი ცილები აგრეგირებულია ნუკლეაციაზე დამოკიდებული პოლიმერიზაციის გზით. მას შემდეგ, რაც ბირთვი წარმოიქმნება, მონომერები სწრაფად ვრცელდება β-ფურცლით მდიდარ ბოჭკოებად მეორადი ნუკლეაციისა და შაბლონური ზრდის გზით, რაც იწვევს ამილოიდის დეპოზიტებს.
რა არის ამილოიდური ფიბრილის პოლიმორფიზმი?
ამილოიდური ფიბრილის პოლიმორფიზმი ეხება სტრუქტურულ ვარიაციებს ფიბრილებში, რომლებიც წარმოიქმნება ერთი და იგივე ცილისგან. ფიბრილების მორფოლოგიაში, პროტოფილამენტის მოწყობასა და მოლეკულურ შეფუთვაში განსხვავებები წარმოიქმნება გარემო პირობების, მუტაციების ან აგრეგაციის სხვადასხვა გზების გამო.
რა განსხვავებაა ამილოიდის ფიბრილებსა და დაფებს შორის?
ამილოიდური ფიბრილები არის წრფივი, β-ფურცლებით მდიდარი ცილოვანი აგრეგატები, ხოლო ამილოიდური დაფები არის აგრეგირებული ფიბრილების უჯრედგარე დეპოზიტები, რომლებიც ხშირად შერეულია ლიპიდებთან, ლითონებთან და უჯრედულ ნამსხვრევებთან, როგორც ეს ჩანს ნეიროდეგენერაციულ დაავადებებში, როგორიცაა ალცჰეიმერი.
რა განსხვავებაა ალფა-სინუკლეინსა და ამილოიდს შორის?
ალფა-სინუკლეინი არის ნეირონული ცილა, რომელიც მონაწილეობს სინაფსურ ფუნქციაში, მაგრამ პათოლოგიურ პირობებში ის არასწორად იკეცება და აყალიბებს ამილოიდის მსგავს ფიბრილებს. “ამილოიდი” არის ზოგადი ტერმინი არასწორად დაკეცილი, ბოჭკოვანი ცილის აგრეგატებისთვის, ხოლო ალფა-სინუკლეინის ფიბრილები სპეციფიკურია პარკინსონის მსგავსი დაავადებებისთვის.
რა არის პროტეინის ფიბრილი?
ცილის ფიბრილი არის უაღრესად მოწესრიგებული, β-ფურცლებით მდიდარი, ძაფისებრი აგრეგატი, რომელიც წარმოიქმნება არასწორად დაკეცილი ან ნაწილობრივ გაშლილი ცილებისგან. ეს ფიბრილები, როგორც წესი, უხსნადია და წარმოიქმნება ნუკლეაციაზე დამოკიდებული პოლიმერიზაციის შედეგად. ისინი დაკავშირებულია სხვადასხვა პათოლოგიურ მდგომარეობასთან, მათ შორის ამილოიდოზებთან და ნეიროდეგენერაციულ დაავადებებთან (მაგ. ალცჰეიმერის, პარკინსონის დაავადება). თუმცა, ზოგიერთი ფუნქციური ცილის ფიბრილები არსებობს ბიოლოგიურ სისტემებში, როგორიცაა curli ბოჭკოები ბაქტერიებში და აბრეშუმის ბოჭკოები ობობებში.

Hielscher Ultrasonics აწარმოებს მაღალი ხარისხის ულტრაბგერითი ჰომოგენიზატორებისგან ლაბორატორია რომ სამრეწველო ზომა.