Արտաբջջային մատրիքսի էքստրակցիա 96-հորանի UIP400MTP ուլտրաձայնային սարքով
Ավանդական արտաբջջային մատրիքսի (ԱՄ) էքստրակցիայի մեթոդները հաճախ ներառում են բազմաթիվ փուլեր՝ կենսաթաղանթային մատրիքսը քայքայելու համար։ Այնուամենայնիվ, այդ տեխնիկաները կարող են ժամանակատար և ոչ միատեսակ լինել՝ հանգեցնելով արդյունքների տատանումների։ 96-հորանի թիթեղի ուլտրաձայնային սարք UIP400MTP-ի կիրառմամբ ԱՄ-ի էքստրակցիայի գործընթացը զգալիորեն հեշտանում է՝ ապահովելով կենսաթաղանթի չափազանց արդյունավետ, ճշգրիտ և միատեսակ քայքայումը բարձր թողունակությամբ ձևաչափերում։ UIP400MTP սարքը կիրառում է ուղղորդված ուլտրաձայն՝ վերահսկվող կավիտացիա առաջացնելով՝ արդյունավետ քայքայելով կենսաթաղանթի մատրիքսը՝ միաժամանակ պահպանելով կենսաթաղանթում պարփակված բջիջների կենսունակությունն ու ամբողջականությունը։ UIP400MTP-ի կիրառումը մեծացնում է հաջորդող անալիզների՝ մետաբոլոմիկական և պրոտեոմիկական վերլուծությունների, կենսունակության թեստերի և հակամանրէային զգայունության հետազոտությունների վերարտադրելիությունն ու ճշգրտությունը։ ԱՄ-ի էքստրակցիան պարզեցնելով՝ UIP400MTP սարքը հետազոտողներին հնարավորություն է տալիս ստանալ միատեսակ և բարձր որակի արդյունքներ՝ առաջարկելով ավելի խոր պատկերացում կենսաթաղանթների դինամիկայի և արտաքին գործակալների հետ փոխազդեցությունների մասին։
Արտաբջջային մատրիքսի էքստրակցիա
Արտաբջջային մատրիքսը (ԱՄ) Candida albicans-ի նման միկրոօրգանիզմների կողմից ձևավորված կենսաթաղանթների կարևոր բաղադրիչն է։ Պոլիսախարիդներից, սպիտակուցներից, լիպիդներից և արտաբջջային ԴՆԹ-ից կազմված ԱՄ-ը ապահովում է կառուցվածքային ամբողջականություն, միջնորդում է մակերևույթներին կպչունն ու էական ներդրում ունի հակամանրէային դիմադրության մեջ։ ԱՄ-ի էքստրակցիան և վերլուծությունը անհրաժեշտ են կենսաթաղանթի կենսաբանությունը հասկանալու, դեղորայքային դիմադրության մեխանիզմները բացահայտելու և նոր թերապևտիկ թիրախներ հայտնաբերելու համար։
UIP400MTP-ի կիրառմամբ Candida albicans կենսաթաղանթներից արտաբջջային մատրիքսի (ԱՄ) էքստրակցիայի արձանագրություն
Այս արձանագրությունը կենտրոնանում է ստացիոնար Candida albicans կենսաթաղանթների արտաբջջային մատրիքսի (ԱՄ) էքստրակցիայի վրա՝ ներգրավելով UIP400MTP ուլտրաձայնային սարքը՝ ավանդական քերելու կամ ֆերմենտային փուլերը փոխարինելու՝ բարելավված արդյունավետության և վերարտադրելիության համար։
Անհրաժեշտ նյութեր
Քայլ առ քայլ ընթացակարգ ԱՄ-ի էքստրակցիայի համար
- Ստացիոնար կենսաթաղանթի ձևավորում
Ստացիոնար կենսաթաղանթների համար C. albicans-ը ցանեք 96-հորանի թիթեղի փոսիկներում՝ RPMI-1640 միջավայրի կիրառմամբ։ Յուրաքանչյուր փոսիկ պետք է պարունակի ինոկուլի միատեսակ ծավալ (օրինակ՝ 200 µL մեկ փոսիկի համար)։
Թիթեղը պահեք 37°C ջերմաստիճանում՝ ստացիոնար պայմաններում 24 ժամ տևողությամբ՝ փոսիկների մակերեսներին կենսաթաղանթը ձևավորելու համար։ - Կենսաթաղանթի նախապատրաստում էքստրակցիայի համար
Ինկուբացիայից հետո զգուշորեն դուրս քաշեք և հեռացրեք օգտագործված միջավայրը յուրաքանչյուր փոսիկից՝ չխանգարելով կենսաթաղանթին։
Յուրաքանչյուր փոսիկ մանրակրկիտ ողողեք ստերիլ PBS-ով (օրինակ՝ 200 µL)՝ թույլ կպած բջիջները և պլանկտոնային մնացորդները հեռացնելու համար։ Կրկնեք այս փուլը երկու անգամ։
Յուրաքանչյուր փոսիկի մեջ ավելացրեք թարմ PBS կամ էքստրակցիայի բուֆեր (օրինակ՝ 200 µL)՝ ուլտրաձայնային մշակմանը նախապատրաստվելու համար։ - Ուլտրաձայնային մշակում UIP400MTP-ով
PBS-ով կամ էքստրակցիայի բուֆերով լցված 96-հորանի թիթեղը տեղադրեք UIP400MTP ուլտրաձայնային սարքի տակդիրի մեջ։ Բազմահոր թիթեղը ճիշտ տեղադրելու համար հետևեք ձեռնարկի հրահանգներին։
Կատարեք ուլտրաձայնային մշակում 5–6 րոպե մեղմ կարգավորմամբ (60% ամպլիտուդ, իմպուլսային ռեժիմ)՝ ապահովելով կենսաթաղանթի կառուցվածքի միատեսակ քայքայումը և ԱՄ բաղադրիչների ազատումը։
Կիրառեք UIP400MTP ուլտրաձայնային սարքի ջերմաստիճանի վերահսկումը (ջերմաստիճանի սենսոր և կարգավորումներ)՝ չափից դուրս գերտաքացումը կամ նմուշի վնասումը կանխելու համար։ - Կատիոնափոխանակիչ խեժի (CER) մշակում
Ուլտրաձայնային մշակում ստացած հեղուկը յուրաքանչյուր փոսիկից փոխանցեք նոր 96-հորանի թիթեղի մեջ։
Յուրաքանչյուր փոսիկի մեջ ավելացրեք CER սուսպենզիայի (պատրաստված PBS-ում կամ բուֆերում) երկու անգամ ավելի մեծ ծավալ (օրինակ՝ 400 µL ընդհանուր ծավալ մեկ փոսիկի համար)։
Թիթեղը պլոմբավեք և պահեք թիթեղային թափահարիչի կամ ռոտատորի վրա 400 rpm արագությամբ 3 ժամ տևողությամբ՝ ԱՄ բաղադրիչների կապումն ու անջատումը իրականացնելու համար։ - Անջատում և ֆիլտրացում
Թիթեղը ցենտրիֆուգեք 2 000 × g-ով 10 րոպե տևողությամբ՝ խեժը և բջիջները վերնստվածքից անջատելու համար։
ԱՄ պարունակող վերնստվածքը զգուշորեն փոխանցեք յուրաքանչյուր փոսիկից նոր 96-հորանի թիթեղի մեջ։
Վերնստվածքը ֆիլտրեք 0,22 µm ֆիլտրի միջով՝ կիրառելով թիթեղի վրա հիմնված վակուումային մանիֆոլդային համակարգ կամ համարժեք սարք՝ մաքուր ԱՄ էքստրակտ ստանալու համար։ - ԱՄ-ի վերլուծություն
Մետաբոլիտների ոչ թիրախային պրոֆիլավորման համար կիրառեք UPLC-Q-TOF-MS-ի նման տեխնիկաներ, կամ օգտագործեք հատուկ անալիզներ (օրինակ՝ BCA՝ սպիտակուցների, տրիգլիցերիդների և ածխաջրերի քանակավորման հավաքածուներ)՝ ԱՄ բաղադրիչները բնութագրելու համար։
UIP400MTP սարքը ապահովում է հուսալի նմուշապատրաստում և գոյություն ունեցող լաբորատոր աշխատանքային գործընթացների հետ հեշտ ինտեգրում
Բարձր թողունակությամբ արտաբջջային մատրիքսի էքստրակցիա
UIP400MTP ուլտրաձայնային սարքի կիրառմամբ արտաբջջային մատրիքսի (ԱՄ) էքստրակցիայի բարձր արդյունավետությունը հեղափոխել է նմուշապատրաստումը այն անալիզների համար, որոնք պահանջում են կենսաթաղանթի հատկանիշների ճշգրիտ վերլուծություն։ UIP400MTP սարքը կիրառում է ուլտրաձայնային ալիքներ՝ կենսաթաղանթի մատրիքսը ճշգրիտ և միատեսակ կերպով քայքայելով, ինչը հնարավորություն է տալիս ԱՄ բաղադրիչների արդյունավետ ազատման՝ միաժամանակ պահպանելով բջիջների կենսունակությունն ու ամբողջականությունը։ Այս մոտեցումը էականորեն մեծացնում է այնպիսի անալիզների հուսալիությունը, ինչպիսիք են կենսաթաղանթի կենսունակության թեստերը, պրոտեոմիկական և մետաբոլոմիկական հետազոտությունները և հակամանրէային զգայունության գնահատումները։
Կենսաթաղանթի վերականգնման անալիզների, ինչպիսին է գաղութ առաջացնող միավորների (CFU) հաշվարկը, դեպքում UIP400MTP-ով ԱՄ-ի էքստրակցիան ապահովում է ռեագենտների արգելազուրկ մուտքը կենսաթաղանթում պարփակված բջիջներ։ Նմանապես, օգտակար են պրոտեոմիկական և մետաբոլոմիկական վերլուծությունները, ինչպիսին է UPLC-Q-TOF-MS-ը՝ սպիտակուցների, լիպիդների և մետաբոլիտների բարձր ելուքով անջատումից։ UIP400MTP-ը նաև աջակցում է հակամանրէային զգայունության ճշգրիտ թեստավորմանը՝ թույլ տալով կենսաթաղանթի MIC և MBEC արժեքների ճշգրիտ որոշում։ Բացի այդ, UIP400MTP-ի միջոցով դյուրացված արդյունավետ էքստրակցիան օգուտ է բերում ֆերմենտային ակտիվության անալիզներին, բաղադրիչների քանակավորմանը և կառուցվածքային հետազոտություններին՝ արժեքավոր պատկերացումներ ընձեռելով արտաբջջային մատրիքսների դերի մասին կենսաթաղանթի կառուցվածքում, կպչունության և դիմադրության մեխանիզմներում։
Այս բարձր թողունակություն ունեցող, վերարտադրելի էքստրակցիայի մեթոդը օպտիմալացնում է ԱՄ-ի պատրաստումը՝ ապահովելով գերազանց արդյունքներ կենսաթաղանթի հետ կապված անալիզների լայն շարքում։
Բարձր թողունակությամբ ԱՄ էքստրակցիա 96-հորանի թիթեղի ուլտրաձայնային սարք UIP400MTP-ով
Գրականություն / Հղումներ
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator — Non-Contact Sonicator — Hielscher Ultrasonics
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Հաճախ տրվող հարցեր
Ո՞րն է արտաբջջային մատրիքսի նպատակը։
Արտաբջջային մատրիքսը (ԱՄ կամ ECM) ապահովում է բջիջների կառուցվածքային հենարանը, կարգավորում է միջբջջային հաղորդակցությունը և ազդում է բջջի վարքագծի վրա։
Ի՞նչ է արտաբջջային մատրիքսը ապահովում հյուսվածքների համար։
Հյուսվածքների համար ԱՄ-ը հանդես է գալիս որպես հենակառույց, որը պահպանում է կառուցվածքային ամբողջականությունը, հեշտացնում է մեխանիկական դիմացկունությունը և միջնորդում է կենսաքիմիական ազդանշանները՝ կարգավորելով այնպիսի գործընթացներ, ինչպիսիք են աճը, տարբերակումն ու վերականգնումը։
Ի՞նչ է արտաբջջային մատրիքսի կպչունությունը։
Արտաբջջային մատրիքսի կպչունությունը բջիջների և ԱՄ-ի միջև փոխազդեցությունն է, որը հիմնականում միջնորդվում է մակերևութային կպչման մոլեկուլներով, ինչպիսիք են ինտեգրինները՝ հնարավորություն տալով բջջի ամրացման, ազդանշանների փոխանցման և միգրացիայի համար։
Ի՞նչու է արտաբջջային մատրիքսը էքստրակցվում անալիզների համար։
ԱՄ-ը էքստրակցվում է անալիզների համար՝ իր կազմությունը ուսումնասիրելու, բջջային գործընթացներում իր դերը հասկանալու և հիվանդության զարգացման վրա իր ազդեցությունը հետազոտելու համար, ներառյալ կենսաթաղանթի ձևավորումը և հակամանրէային դիմադրությունը։
Որո՞նք են արտաբջջային մատրիքսի տարածված էքստրակցիայի ընթացակարգերը։
Տարածված էքստրակցիայի ընթացակարգերից են ֆիզիկական մեթոդները, ինչպիսին է ուլտրաձայնային մշակումը, դետերգենտներով կամ աղերով քիմիական մշակումները և ֆերմենտային մարսումը՝ ԱՄ բաղադրիչները իրենց ամբողջականությունը պահպանելով անջատելու համար։
Ի՞նչ է բջջազերծված արտաբջջային մատրիքսը (dECM)։
Բջջազերծված արտաբջջային մատրիքսը (dECM) ստացվում է՝ հյուսվածքից հեռացնելով բջջային նյութը՝ միաժամանակ պահպանելով ԱՄ-ի կառուցվածքային և կենսաքիմիական հատկությունները։ Այն կիրառվում է վերականգնողական բժշկության մեջ՝ որպես հենակառույց հյուսվածքային ինժեներիայի և բջջային կուլտուրաների համար։
Կարդացեք ավելին արտաբջջային մատրիքսի ուլտրաձայնային մշակմամբ օժանդակված բջջազերծման մասին։
Hielscher Ultrasonics ընկերությունն արտադրում է բարձր արդյունավետության ուլտրաձայնային հոմոգենիզատորներ՝ լաբորատոր չափերից մինչև արդյունաբերական չափեր։