Քրոմատինի կտրում ուլտրաձայնային եղանակով
Քրոմատինի շերտազատումը կարևորագույն քայլ է էպիգենետիկայի և մոլեկուլային կենսաբանության բազմաթիվ աշխատանքային հոսքերում, մասնավորապես՝ քրոմատինի իմունոպրեցիպիտացիայի (ChIP), ChIP-seq-ի և դրանց հետ կապված փորձարկումներում: Նպատակն է քրոմատինը մասնատել վերարտադրելի ԴՆԹ-սպիտակուցային համալիրների՝ պահպանելով էպիտոպի ամբողջականությունը և նվազագույնի հասցնելով նմուշի կորուստը: Հասանելի մեթոդների շարքում ուլտրաձայնային քրոմատինի մասնատումը դարձել է լայնորեն կիրառվող մոտեցում, քանի որ այն ապահովում է հուսալի, ռեակտիվներից զերծ մասնատում՝ գերազանց վերարտադրելիությամբ:
Ի՞նչ պետք է հաշվի առնել քրոմատինը կտրելիս։
Քրոմատինի արդյունավետ կտրումը պահանջում է փորձարարական պարամետրերի ուշադիր վերահսկողություն: Անպատշաճ մասնատումը կարող է խաթարել ChIP-ի հետագա փորձերը՝ առաջացնելով չափազանց մեծ, չափազանց քայքայված կամ նմուշների միջև անհամապատասխան բեկորներ:
Ամենակարևոր գործոններից մեկը ցանկալի բեկորների չափի բաշխումն է: ChIP և ChIP-seq կիրառությունների մեծ մասի համար 100-ից 600 հիմքային զույգերի միջև քրոմատինի բեկորները օպտիմալ են: Այս չափերի միջակայքը հնարավորություն է տալիս արդյունավետ իմունոպրեցիպիտացիա իրականացնել՝ միաժամանակ ապահովելով բավարար լուծաչափ գենոմային քարտեզագրման համար:
Մեկ այլ կարևոր գործոն է խաչաձև կապի արդյունավետությունը ուլտրաձայնային մշակումից առաջ: ChIP աշխատանքային հոսքերի մեծ մասը ներառում է ֆորմալդեհիդի ֆիքսացիա՝ սպիտակուց-ԴՆԹ փոխազդեցությունները կայունացնելու համար: Այնուամենայնիվ, չափազանց խաչաձև կապը կարող է քրոմատինն ավելի դիմացկուն դարձնել մասնատմանը, պահանջելով ավելի երկար ուլտրաձայնային մշակման ժամանակ և հնարավոր է՝ մեծացնելով ջերմային ազդեցությունը:
Ջերմաստիճանի վերահսկումը նույնպես կարևոր է: Ուլտրաձայնային մշակումը առաջացնում է տեղայնացված էներգիա, որը կարող է բարձրացնել նմուշի ջերմաստիճանը: Բարձրացված ջերմաստիճանները կարող են վնասել ԴՆԹ-ն կամ դենատուրացնել սպիտակուցները՝ ազդելով հակամարմինների ճանաչման վրա ChIP-ի ընթացքում: Հետևաբար, շատ հետազոտողներ իրականացնում են իմպուլսային ուլտրաձայնային ցիկլեր՝ զուգակցված սառեցման ինտերվալների հետ՝ նմուշի կայունությունը պահպանելու համար:
Նմուշի կոնցենտրացիան և ծավալը նույնպես ազդում են մասնատման արդյունավետության վրա: Բարձր կոնցենտրացիայի քրոմատինային սուսպենզիաները կարող են պահանջել ավելի երկար ուլտրաձայնային մշակման ժամանակ, մինչդեռ փոքր նմուշների ծավալները պահանջում են ճշգրիտ էներգիայի մատակարարում՝ չափազանց մշակումը կանխելու համար:
Վերջապես, ուլտրաձայնային սարքի ընտրությունը մեծապես ազդում է փորձարարական վերարտադրելիության վրա: Քրոմատինի կտրման համար նախատեսված սարքերը սովորաբար ապահովում են վերահսկվող ուլտրաձայնային էներգիա և ստանդարտացված նմուշի մշակում, ինչը հնարավորություն է տալիս հետևողականորեն մասնատել բազմաթիվ նմուշների միջև:
ԴՆԹ-ի ուլտրաձայնային կտրում Chip-ի ժամանակ – քրոմատինի իմունային նստվածք
Ո՞ր սոնիկատորը պետք է ընտրեմ քրոմատինի կտրման համար:
Տարբեր լաբորատոր աշխատանքային հոսքերը պահանջում են տարբեր ուլտրաձայնային կոնֆիգուրացիաներ: Օպտիմալ համակարգը մեծապես կախված է նմուշի թողունակությունից, ծավալից և փորձարարական ձևաչափից:
Զոնդային տիպի սոնիկատոր
Զոնդային տիպի ուլտրաձայնային սարքը տիտանից պատրաստված զոնդի միջոցով ուլտրաձայնային էներգիան անմիջապես նմուշի մեջ է մատակարարում։ Այս կոնֆիգուրացիան ապահովում է շատ բարձր էներգիայի խտություն և, հետևաբար, հարմար է առանձին նմուշներում քրոմատինի կայուն խաթարման համար։
Զոնդային ուլտրաձայնային սարքերը հատկապես օգտակար են հետևյալի համար՝
- Փոքրից մինչև միջին նմուշների թվեր
- Դժվար մասնատվող քրոմատին
- ճկուն փորձարարական արձանագրություններ
Բազմա-խողովակային սոնիկատոր – VialTweeter
Միաժամանակ մի քանի նմուշներ մշակող լաբորատորիաների համար VialTweeter բազմա-խողովակային ուլտրաձայնային սարքը ապահովում է բարձր վերարտադրելիության լուծում: Համակարգը անուղղակիորեն փոխանցում է ուլտրաձայնային էներգիան սրվակի պահոցի միջոցով, թույլ տալով մի քանի կնքված խողովակների մասնատում նույնական պայմաններում:
Այս կարգավորումը կարևոր առավելություններ ունի.
- Բազմաթիվ նմուշների զուգահեռ քրոմատինի շեղում
- Զոնդի աղտոտվածության վերացում
- Բարձր վերարտադրելիություն խողովակների միջև
- ChIP նմուշի պատրաստման պարզեցված աշխատանքային հոսք
Նման բազմա-խողովակային համակարգերը լավ են հարմար ChIP-ի ռուտինային փորձերի և միջին արտադրողականության ուսումնասիրությունների համար։
Միկրոպլատային սոնիկատոր – UIP400MTP
Բարձր արտադրողականության էպիգենետիկական ուսումնասիրությունները ավելի ու ավելի են ապավինում միկրոթիթեղների վրա հիմնված նմուշների մշակմանը: UIP400MTP միկրոթիթեղների ուլտրաձայնային սարքը նախատեսված է քրոմատինը անմիջապես ստանդարտ միկրոթիթեղներում մասնատելու համար՝ առանց նմուշներ փոխանցելու:
Այս մոտեցումը հնարավորություն է տալիս.
- Տասնյակ կամ հարյուրավոր նմուշների միաժամանակյա մշակում
- Ավտոմատացմանը հարմար աշխատանքային հոսքեր
- Միատարր ուլտրաձայնային էներգիայի բաշխում հորատանցքերի միջև
- Նմուշի մշակման քայլերի զգալի կրճատում
Մեծ ChIP-seq սկրինինգային նախագծերի կամ բարձր թողունակությամբ էպիգենետիկ ուսումնասիրությունների համար միկրոպլետային ուլտրաձայնային կիրառումը ապահովում է բացառիկ մասշտաբայնություն և արդյունավետություն: Բազմաբաղադրիչ թիթեղային ուլտրաձայնային կիրառիչը՝ UIP400MTP-ն, հարմար է... ինտեգրում հեղուկների մշակման համակարգերի և ավտոմատացված լաբորատոր աշխատանքային հոսքերի հետ։
Ինչու՞ ընտրել ուլտրաձայնային մեթոդը քրոմատինի կտրման այլ տեխնիկաների փոխարեն։
Ֆերմենտատիվ մոտեցումների համեմատ, ChIP-ի համար ուլտրաձայնային մեթոդը ապահովում է անաչառ մասնատում, քանի որ գործընթացը կախված չէ հաջորդականությանը բնորոշ ֆերմենտային ակտիվությունից: Սա հատկապես կարևոր է գենոմի լայնածավալ էպիգենետիկ ուսումնասիրությունների համար, որտեղ միատարր ծածկույթը կարևոր է:
Մեկ այլ կարևոր առավելություն մասշտաբայնությունն է: Ուլտրաձայնային համակարգերը կարող են տեղավորել առանձին նմուշներ, բազմաթիվ խողովակներ կամ ամբողջական միկրոթիթեղներ, ինչը թույլ է տալիս լաբորատորիաներին ընտրել իրենց փորձարարական թողունակության համար ամենահարմար կոնֆիգուրացիան:
Վերջապես, ուլտրաձայնային մշակումը հիանալի վերահսկողություն է ապահովում բեկորների ֆրագմենտացիայի պարամետրերի նկատմամբ։ Իմպուլսային ցիկլերը, տևողությունը և հզորության մակարդակները կարգավորելով՝ հետազոտողները կարող են հուսալիորեն հասնել բեկորների չափի ցանկալի բաշխմանը։
Քրոմատինի մասնատումը ChIP նմուշների օպտիմիզացված ուլտրաձայնային մեթոդով։
(ա) կտրվածք չկա (գելի մեջ երկար բեկորներ կան).
(բ) օպտիմալ ֆրագմենտացիայի պրոֆիլ (բեկորների հարստացում 200–600 զույգ հիմքով);
(գ) ԴՆԹ-ի ավելցուկային մասնատում (200 զույգ հիմքից կարճ բեկորների գերներկայացվածություն)
© Ջարիլո և այլք, 2018
Քրոմատինի կտրման տեխնիկաների համեմատություն
| Քրոմատինի կտրման մեթոդ | Սկզբունք | Առավելությունները | Սահմանափակումներ |
| sonication | Բարձր հաճախականության ակուստիկ էներգիան մեխանիկորեն մասնատում է քրոմատինը։ | Ռեակտիվ չպարունակող ֆրագմենտացիա, բարձր վերարտադրելիության արդյունքներ, ֆրագմենտների չափի կարգավորելի բաշխում, համատեղելի խաչաձև կապված քրոմատինի հետ, մասշտաբային՝ մեկ փորձանոթից մինչև բազմանմուշային և միկրոթիթեղային ձևաչափեր։ | Պահանջում է ուլտրաձայնային սարքավորումներ և ուլտրաձայնային պարամետրերի օպտիմալացում։ |
| Ֆերմենտային մարսողություն (MNase) | Միկրոկոկային նուկլեազը մարսում է ԴՆԹ-ն նուկլեոսոմների միջև։ | Նուրբ մասնատված է և օգտակար է բնիկ քրոմատինի վերլուծության համար։ | Ֆերմենտային կողմնակալություն, հաջորդականության նախապատվություն, մարսողության դժվար վերահսկելիություն, փորձերի միջև հնարավոր փոփոխականություն։ |
| Մեխանիկական կտրում (ասեղ / ներարկիչ) | Քրոմատինը խաթարվում է կրկնվող ֆիզիկական ուժի միջոցով։ | Պարզ մեթոդ, որը պահանջում է նվազագույն սարքավորումներ: | Վատ վերարտադրելիություն, բեկորի չափի սահմանափակ վերահսկողություն, բազմաթիվ նմուշների համար աշխատատար գործընթաց։ |
| Նեբուլիզացիա | Սեղմված օդը ԴՆԹ-ն մղում է փոքր անցքերի միջով՝ առաջացնելով մասնատում։ | Արագ մասնատման գործընթաց։ | Հնարավոր նմուշի կորուստ, սահմանափակ մասշտաբայնություն, պահանջում է մասնագիտացված սարքավորումներ։ |
Ինչպե՞ս քանակականացնել և որակել քրոմատինի արդյունքը ուլտրաձայնային մասնատումից հետո։
ChIP-ի համար ուլտրաձայնային մշակումից հետո հետազոտողները պետք է գնահատեն մասնատված քրոմատինի և՛ քանակը, և՛ որակը: Այս ստուգման քայլը ապահովում է, որ քրոմատինի մասնատումը համապատասխանի ChIP-qPCR կամ ChIP-seq-ի նման հետագա կիրառությունների պահանջներին:
Քանակական որոշումը սովորաբար սկսվում է ԴՆԹ-ի կոնցենտրացիայի չափմամբ: Սպեկտրոֆոտոմետրիկ մեթոդները, ինչպիսիք են նանո-կաթիլային վերլուծությունը կամ ֆլուորոմետրիկ փորձարկումները, ինչպիսին է Qubit ԴՆԹ-ի քանակական որոշումը, ապահովում են քրոմատինի ելքի հուսալի գնահատականներ՝ ապոսկրազարդումից և մաքրումից հետո:
Սակայն միայն ԴՆԹ-ի կոնցենտրացիան չի բացահայտում, թե արդյոք բեկորավորումը հաջող է եղել: Հետևաբար, հետազոտողները գնահատում են բեկորների չափի բաշխումը՝ օգտագործելով էլեկտրոֆորետիկ տեխնիկա: Ագարոզային գելի էլեկտրոֆորեզը մնում է ԴՆԹ-ի բեկորները վիզուալիզացնելու և ստուգելու համար, որ դրանց մեծամասնությունը գտնվում է նպատակային չափի միջակայքում:
Ավելի առաջադեմ լաբորատորիաները հաճախ օգտագործում են մազանոթային էլեկտրոֆորեզի համակարգեր, ինչպիսիք են Agilent Bioanalyzer-ը կամ TapeStation-ը: Այս հարթակները ապահովում են չափերի բաշխման ճշգրիտ պրոֆիլներ և թույլ են տալիս հետազոտողներին հայտնաբերել գերմասնատումը կամ թերի կտրումը:
Ուլտրաձայնային մասնատումից հետո քրոմատինի որակը գնահատելիս հետազոտողները սովորաբար հաստատում են.
- ԴՆԹ բեկորների մեծ մասը ընկնում է 100-600 զույգ հիմքերի սահմաններում
- Հատվածների բաշխումը հետևողական է կրկնօրինակ նմուշների միջև
- ԴՆԹ-ի քայքայումը նվազագույն է
- Քրոմատինի ընդհանուր քանակը բավարար է նախատեսված ChIP վերլուծության համար։
Պատշաճ որակի վերահսկողությունը ապահովում է, որ ուլտրաձայնային քրոմատինի կտրման քայլը վերարտադրելի և կենսաբանորեն իմաստալից արդյունքներ է տալիս:
Եզրակացություն. Ուլտրաձայնային քրոմատինի կտրում հուսալի հետազոտության համար
Հուսալի քրոմատինի կտրումը հիմնարար նշանակություն ունի ChIP-ի և էպիգենետիկայի հաջող հետազոտությունների համար: Ուլտրաձայնային մասնատումը հզոր լուծում է, քանի որ այն հնարավորություն է տալիս ճշգրիտ, վերարտադրելի և ռեակտիվներից զերծ քրոմատինի խզում փորձարարական ձևաչափերի լայն շրջանակում:
Ուշադիր օպտիմալացնելով ուլտրաձայնային պարամետրերը, ստուգելով բեկորների չափի բաշխումը և ընտրելով համապատասխան ուլտրաձայնային համակարգը – անկախ նրանից, թե զոնդային տիպի սոնիկատոր է, բազմա-խողովակային VialTweeter, թե բարձր թողունակությամբ UIP400MTP միկրոպլետային սոնիկատոր – Հետազոտողները կարող են հասնել քրոմատինի հետևողական մասնատման, որը նպաստում է ChIP և ChIP-seq բարձրորակ արդյունքներին։
Քանի որ էպիգենետիկայի հետազոտությունները շարունակում են ընդլայնվել՝ ուղղված ավելի բարձր արտադրողականության և փորձարարական վերարտադրելիության մեծացմանը, ուլտրաձայնային քրոմատինի կտրումը մնում է ժամանակակից մոլեկուլային կենսաբանության լաբորատորիաների համար հասանելի ամենաբազմակողմանի և հուսալի մեթոդներից մեկը։
Դիզայն, արտադրություն և խորհրդատվություն – Որակյալ Արտադրված է Գերմանիայում
Hielscher ուլտրաձայնային սարքերը հայտնի են իրենց բարձր որակի և դիզայնի չափանիշներով: Հզորությունը և հեշտ շահագործումը թույլ են տալիս մեր ուլտրաձայնային սարքերի սահուն ինտեգրումը արդյունաբերական օբյեկտներում: Կոպիտ պայմանները և պահանջկոտ միջավայրերը հեշտությամբ կառավարվում են Hielscher ուլտրաձայնային սարքերի կողմից:
Hielscher Ultrasonics-ը ISO սերտիֆիկացված ընկերություն է և հատուկ շեշտադրում է կատարում բարձր արդյունավետության ուլտրաձայնային սարքերի վրա, որոնք բնութագրվում են ժամանակակից տեխնոլոգիաներով և օգտագործողների համար հարմարավետությամբ: Իհարկե, Hielscher ուլտրաձայնային սարքերը համապատասխանում են ԵԽ-ին և համապատասխանում են UL, CSA և RoH-ների պահանջներին:
Խողովակի դարակը սոնիֆիկացված է UIP400MTP-ում քրոմատինի կտրման համար
Գրականություն / Հղումներ
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mittal, N., Guimaraes, J.C., Gross, T. et al. (2017): The Gcn4 transcription factor reduces protein synthesis capacity and extends yeast lifespan. Nat Commun 8, 457 (2017).
- Shih H.-T., Chen W.-Y., Liu K.-Y., Shih Z.-S., Chen Y.-J., Hsieh P.-C., et al. (2016): dBRWD3 Regulates Tissue Overgrowth and Ectopic Gene Expression Caused by Polycomb Group Mutations. PLoS Genetics 12(9): e1006262.
- José A. Jarillo, Dorota N. Komar, and Manuel Piñeiro (2018): The Use of the Chromatin Immunoprecipitation Technique for In Vivo Identification of Plant Protein–DNA Interactions. Chapter in book: Luis Oñate-Sánchez (ed.), Two-Hybrid Systems: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology, vol. 1794, 2018.
- Einig, E., Jin, C., Andrioletti, V. et al. (2023): RNAPII-dependent ATM signaling at collisions with replication forks. Nature Communications 14, 5147 (2023)
Հաճախակի տրվող հարցեր
Ի՞նչ է քրոմատինը։
Քրոմատինը ԴՆԹ-ի և դրան կից սպիտակուցների կառուցվածքային համալիր է, որը կազմակերպում է գենետիկական նյութը էուկարիոտ բջիջների կորիզում: Քրոմատինի հիմնական սպիտակուցները հիստոններն են, որոնց շուրջը ԴՆԹ-ն փաթաթվում է՝ ձևավորելով նուկլեոսոմներ: Այս կազմակերպումը խտացնում է ԴՆԹ-ն՝ միաժամանակ կարգավորելով գենետիկական տեղեկատվության հասանելիությունը այնպիսի գործընթացների համար, ինչպիսիք են տրանսկրիպցիան, վերարտադրությունը և ԴՆԹ-ի վերականգնումը:
Որո՞նք են քրոմատինի տեսակները։
Քրոմատինը սովորաբար դասակարգվում է երկու հիմնական ձևերի՝ էվքրոմատին և հետերոքրոմատին։ Էվքրոմատինը թույլ փաթեթավորված է և տրանսկրիպցիոն առումով ակտիվ, ինչը թույլ է տալիս գեներին հեշտությամբ մուտք գործել տրանսկրիպցիոն մեխանիզմի կողմից։ Հետերոքրոմատինն ավելի խիտ փաթեթավորված է և տրանսկրիպցիոն առումով ոչ ակտիվ, սովորաբար պարունակում է կրկնվող ԴՆԹ հաջորդականություններ կամ լռեցված գեներ։ Հետերոքրոմատինը կարելի է բաժանել կոնստիտուտիվ հետերոքրոմատինի, որը մնում է մշտապես խտացված, և ֆակուլտատիվ հետերոքրոմատինի, որը կարող է անցնել ակտիվ և ոչ ակտիվ վիճակների՝ կախված բջջային պայմաններից։
Ի՞նչ է քրոսլինքինգը։
Խաչաձև կապը կենսաքիմիական գործընթաց է, որն օգտագործվում է բիոմոլեկուլների միջև փոխազդեցությունները կայունացնելու համար՝ դրանց միջև կովալենտային կապեր առաջացնելով: Քրոմատինի հետազոտություններում խաչաձև կապը սովորաբար օգտագործվում է քրոմատինի ներսում սպիտակուց-ԴՆԹ փոխազդեցությունները վերլուծությունից առաջ պահպանելու համար: Քիմիական նյութեր, ինչպիսիք են ֆորմալդեհիդը, սովորաբար օգտագործվում են ԴՆԹ-ի և դրանց հետ կապված սպիտակուցների միջև շրջելի կովալենտային կապեր ստեղծելու համար, արդյունավետորեն... “սառեցում” մոլեկուլային փոխազդեցությունները ժամանակի որոշակի պահին: Այս կայունացումը թույլ է տալիս քրոմատինային համալիրները մասնատվել և մշակվել՝ առանց ԴՆԹ-ի և կարգավորող սպիտակուցների միջև բնիկ ասոցիացիաները կորցնելու, ինչը կարևոր է քրոմատինի իմունոպրեցիպիտացիայի (ChIP) նման տեխնիկաների համար:
Ի՞նչ է ChIP-ը։
Քրոմատինի իմունոպրեցիպիտացիան (ChIP) մոլեկուլային կենսաբանության մեթոդ է, որն օգտագործվում է քրոմատինի ներսում սպիտակուցների և ԴՆԹ-ի միջև փոխազդեցությունները հետազոտելու համար: Այս մեթոդով ԴՆԹ-սպիտակուցային համալիրները նախ կայունացվում են, սովորաբար խաչաձև կապակցման միջոցով, որից հետո քրոմատինը մասնատվում է: Թիրախային սպիտակուցին բնորոշ հակամարմինները օգտագործվում են սպիտակուց-ԴՆԹ համալիրները իմունոպրեցիպիտացնելու համար, ինչը թույլ է տալիս մեկուսացնել և վերլուծել դրանց հետ կապված ԴՆԹ հաջորդականությունները:
Ինչի՞ համար է օգտագործվում ChIP-ը։
ChIP-ը օգտագործվում է ԴՆԹ-ի հետ կապված որոշակի սպիտակուցներով, ինչպիսիք են տրանսկրիպցիոն գործոնները, հիստոնային մոդիֆիկացիաները կամ քրոմատինի հետ կապված կարգավորող սպիտակուցները, կապված գենոմային շրջանները նույնականացնելու համար: Այս տեխնիկան լայնորեն կիրառվում է գեների կարգավորման, էպիգենետիկ մոդիֆիկացիաների, տրանսկրիպցիոն գործոնների կապման տեղամասերի և քրոմատինի կառուցվածքի ուսումնասիրության համար: Երբ այն համակցվում է հետագա վերլուծական մեթոդների հետ, ինչպիսիք են քանակական ՊՇՌ-ը (ChIP-qPCR) կամ բարձր թողունակությամբ հաջորդականացումը (ChIP-seq), այն հնարավորություն է տալիս քարտեզագրել սպիտակուց-ԴՆԹ փոխազդեցությունները ամբողջ գենոմի վրա:
Որո՞նք են ChIP-ի տեսակները։
Գոյություն ունեն քրոմատինի իմունոպրեցիպիտացիայի մի քանի տարբերակներ՝ կախված փորձարարական դիզայնից և հետագա վերլուծությունից: Ամենատարածված մոտեցումներն են՝ ChIP-qPCR-ը, որը քանակականացնում է գենոմի որոշակի շրջանների հարստացումը, ChIP-seq-ը, որն օգտագործում է հաջորդ սերնդի հաջորդականացում՝ գենոմում սպիտակուց-ԴՆԹ փոխազդեցությունները քարտեզագրելու համար, և ChIP-chip-ը, որը համատեղում է ChIP-ը ԴՆԹ միկրոշարքերի վերլուծության հետ: Լրացուցիչ տարբերակներ, ինչպիսիք են բնիկ ChIP-ը (N-ChIP), որը վերլուծում է ոչ խաչաձև կապված քրոմատինը, և խաչաձև կապված ChIP-ը (X-ChIP), որն օգտագործում է քիմիական խաչաձև կապ՝ սպիտակուց-ԴՆԹ փոխազդեցությունները կայունացնելու համար, նույնպես լայնորեն օգտագործվում են՝ կախված հետազոտվող կենսաբանական հարցից:
Բարձր թողունակությամբ քրոմատինի կտրում միկրոպլատային սոնիկատորով UIP400MTP
Hielscher Ultrasonics-ը արտադրում է բարձր արդյունավետության ուլտրաձայնային հոմոգենիզատորներ լաբորատորիա դեպի արդյունաբերական չափս.