ליזיס של תאי שמרים במיקרופלטות באמצעות סוניקציה בעוצמה גבוהה
מיקרוביולוגים וחוקרים במדעי החיים העובדים עם Saccharomyces cerevisiae, Pichia pastoris / Komagataella phaffii, ובמערכות שמרים אחרות מכירים את האתגר: תאי שמרים עמידים, השגת ליזיס הדיר עלולה להיות קשה, ופירוק ידני של דגימות הופך במהירות לצוואר בקבוק כאשר יש לסרוק זנים, שיבוטים, תנאי תרבית או קונסטרוקטים לביטוי רבים.
ליזיס של שמרים בתפוקה גבוהה למיקרוביולוגיה, לביולוגיה מולקולרית ולאנליזת חלבונים
מכשירי הסוניקציה למיקרופלטות של Hielscher, כגון UIP400MTP (400 W) ו-UIP550MTP (550 W), מספקים פתרון בתפוקה גבוהה לליזיס מכני של תאי שמרים ישירות במיקרופלטות. במקום לעבד דגימות בזו אחר זו באמצעות גשוש, אפשר לבצע סוניקציה של מיקרופלטות שלמות בתנאים אחידים. כך ליזיס אולטרסוני של שמרים נעשה מהיר יותר, הדיר יותר וקל יותר לשילוב בתהליכי עבודה מודרניים במיקרוביולוגיה, בביטוי חלבונים, בסריקת אנזימים ובאומיקס.
בין שאתם צריכים לשחרר חלבונים רקומביננטיים מתוך P. pastoris, להכין ליזטים של שמרים לבדיקות אנזימטיות, לפרק תאי S. cerevisiae לצורך אנליזת חלבונים או לסרוק עשרות שיבוטי שמרים במקביל, מכשירי הסוניקציה למיקרופלטות של Hielscher מספקים פירוק תאים רב עוצמה המבוסס על קוויטציה, עם בקרת תהליך מדויקת.
זקוקים לליזיס הדיר של S. cerevisiae, P. pastoris, או זני שמרים אחרים במיקרופלטות? ספרו לנו על פורמט הפלטה, נפח הדגימה, צפיפות התאים והאנליט המיועד לבדיקה. נעזור לכם להגדיר פרמטרים מתאימים לסוניקציה בתהליך העבודה שלכם עם UIP400MTP או UIP550MTP.
מכשיר הסוניקציה לפלטות מרובות באריות של Hielscher לליזיס של שמרים – הכנת דגימות בתפוקה גבוהה
מדוע תאי שמרים דורשים ליזיס מכני יעיל
קשה יותר לבצע ליזיס של תאי שמרים מאשר של תאים רבים של חיידקים או יונקים, משום שהם מוגנים בדופן תא קשיחה המורכבת בעיקר מפוליסכרידים, גלוקנים, מנופרוטאינים וכיטין. דופן תא זו מספקת יציבות מכנית, אך גם מגבילה את שחרורם של חלבונים, חומצות גרעין, מטבוליטים ואנזימים מתוך התא.
שיטות מקובלות לליזיס של שמרים כוללות פירוק באמצעות חרוזים, עיכול אנזימטי, מחזורי הקפאה והפשרה, ליזיס כימי וסוניקציה באמצעות גשוש. שיטות אלה עשויות להיות יעילות, אך יש להן גם מגבלות. פירוק באמצעות חרוזים עלול להכניס שברי חומר ולגרום להתחממות, עיכול אנזימטי עלול להוסיף עלויות ושונות, וסוניקציה באמצעות גשוש של דגימה אחת בכל פעם גוזלת זמן כאשר יש לעבד מספר רב של דגימות.
קוויטציה אולטרסונית ממוקדת בעוצמה גבוהה מתגברת על מגבלות אלה באמצעות הפעלת כוחות גזירה מכניים עזים, תנודות לחץ וזרימות זעירות בתרחיף השמרים. התוצאה היא פירוק מהיר של דופנות התאים וממברנותיהם, שחרור משופר של רכיבים מתוך התאים והכנת דגימות בעלת הדירות גבוהה בפורמט פלטה.
סוניקציה במיקרופלטות להכנה מקבילה של דגימות שמרים
המכשירים UIP400MTP ו-UIP550MTP של Hielscher מיועדים לסוניקציה אחידה של מיקרופלטות, פלטות מרובות באריות, פלטות PCR ומעמדים מתאימים לדגימות. בניגוד לסוניקציה באמצעות גשוש, אין צורך לטפל בכל דגימה בנפרד. הפלטה השלמה נחשפת לאנרגיה אולטרסונית מבוקרת, ולכן תהליך העבודה מתאים במיוחד לעיבוד דגימות במקביל.
הדבר שימושי במיוחד עבור:
- סריקת מוטנטים של S. cerevisiae או זני ביטוי של שמר זה
- ליזיס של שיבוטי P. pastoris / K. phaffii לאחר ביטוי חלבונים רקומביננטיים
- הכנת ליזטים של שמרים לבדיקות אנזימטיות
- מיצוי חלבונים לצורך SDS-PAGE, Western blot, ELISA, LC-MS/MS או בדיקת פעילות
- שחרור מטבוליטים מתוך התאים לצורך מטבולומיקה
- הכנת דגימות DNA ו-RNA לאחר טיהור מתאים בהמשך התהליך
- אופטימיזציה בתפוקה גבוהה של בופרים לליזיס, תוספים ותנאי מיצוי
כיצד קוויטציה אולטרסונית מפרקת תאי שמרים
במהלך סוניקציה, אולטרסאונד ממוקד בהספק גבוה יוצר מחזורים מתחלפים של דחיסה וקלישה בדגימה הנוזלית. בעוצמה מספקת, תנודות לחץ אלה יוצרות קוויטציה אקוסטית. בועות קוויטציה נוצרות, מתנודדות וקורסות, תוך יצירת כוחות גזירה מקומיים, סילונים זעירים, מערבולות ומפלי לחץ חזקים.
בתרחיפי שמרים, השפעות מכניות אלה מחלישות וקורעות את דופן התא ואת קרום התא. חלבונים תוך־תאיים, אנזימים, חומצות גרעין ומטבוליטים משתחררים אל בופר הפירוק. מכיוון שהתהליך מכני, ניתן להשתמש בו עם מערכות בופר רבות ושונות ולשלב אותו עם מעכבי פרוטאזות, חומרים מחזרים, דטרגנטים, מלחים או טיפול אנזימטי מקדים מתון.
פרוטוקול כללי: פירוק תאי שמרים במיקרופלטות
הפרוטוקול הבא מספק נקודת התחלה מעשית לפירוק תאי שמרים באמצעות מכשיר הסוניקציה למיקרופלטות Hielscher UIP400MTP או UIP550MTP. יש למטב את הפרמטרים בהתאם לזן השמרים, לצפיפות התאים, למולקולת המטרה, להרכב הבופר, לסוג הפלטה ולבדיקה בהמשך התהליך.
1. איסוף ושטיפת תאי השמרים
גדלו Saccharomyces, Pichia, Hansenula, Debaryomyces או זן שמרים אחר בתנאי הגידול הרצויים. אספו את התאים באמצעות צנטריפוגה והסירו את מצע הגידול. שטפו את המשקע במים מזוקקים קרים, ב־PBS או בבופר הפירוק שנבחר, כדי להסיר שאריות של רכיבי מצע העלולות להפריע לאנליזה בהמשך התהליך.
לצורך מיצוי חלבונים, שמרו את הדגימות קרות ועבדו במהירות. אם קיים חשש מפעילות פרוטאזות, קררו מראש את כל הבופרים והחומרים המתכלים.
2. הרחפה מחדש של משקע התאים
הרחיפו מחדש את משקע השמרים בבופר פירוק קר ומתאים. לצורך שחרור יעיל של חלבונים, צפיפות תאים גבוהה היא לעיתים קרובות יתרון. כנקודת התחלה, השתמשו בכ־10–20% w/v של משקע תאים רטוב או בתרחיף צפוף המתאים ל־OD600 > 10, בהתאם לבדיקה.
בופר פירוק טיפוסי למיצוי חלבונים משמרים עשוי להכיל:
- מערכת בופר כגון Tris-HCl, בופר פוספט או HEPES
- מלח כגון NaCl או KCl
- תערובת מעכבי פרוטאזות
- חומר מחזר לבחירה, כגון DTT או β-מרקפטואתנול
- דטרגנט לבחירה, כגון Triton X-100, NP-40, SDS או CHAPS, בהתאם להתאמה לשלבי המשך התהליך
- מעכבי פוספטאזות לבחירה לצורך מחקרי זרחון
עבור זני שמרים קשים לפירוק או לצורך מיצוי עדין מאוד של חלבונים, ניתן לבצע לפני הסוניקציה טיפול מקדים קצר באמצעות Zymolyase, Lyticase או אנזים אחר המעכל את דופן התא. טיפול אנזימטי מקדים זה הוא בגדר אפשרות, אך עשוי לשפר את יעילות הפירוק או להפחית את העוצמה האולטרסונית הנדרשת.
3. העברת הדגימות למיקרופלטה מתאימה
חלקו את תרחיף השמרים למיקרופלטה המתאימה לסוניקציה. לעיתים קרובות עדיפות פלטות בעלות תחתית עגולה, משום שהן משפרות את איסוף הדגימות ומצמצמות אזורים מתים. השתמשו בנפחי דגימה שווים בכל הבאריות כדי לשפר את ההדירות.
אטמו את הפלטה במשטח איטום או ביריעת איטום מתאימים כדי למנוע אידוי, היווצרות אירוסולים וזיהום צולב. ודאו שהאיטום מתאים לטמפרטורה ולתנאי הסוניקציה שנבחרו.
נפחי העבודה הטיפוסיים תלויים בפורמט הפלטה וביישום. פורמטים נפוצים כוללים פלטות בעלות 96 באריות, פלטות בעלות באריות עמוקות, פלטות PCR או מעמדים מתאימים למבחנות.
4. הכנת הקירור
פירוק תאי שמרים דורש עוצמה אולטרסונית גבוהה, ופירוק מכני מייצר חום. לפיכך, בקרת טמפרטורה חיונית, במיוחד לאנליזה של חלבונים, אנזימים, RNA או זרחון.
השתמשו בשיטת קירור מתאימה, כגון:
- בופר פירוק שקורר מראש
- מיקרופלטות שקוררו מראש
- הפסקות קירור בין פרקי הסוניקציה
- קירור חיצוני של פלטפורמת הסוניקציה, כאשר הדבר ישים
המטרה היא לשמור על הדגימה קרה במידה מספקת כדי למנוע דנטורציה של חלבונים, אובדן פעילות אנזימטית, פירוק RNA ושונות בין הדגימות הנגרמת מחום.
5. ביצוע סוניקציה של תרחיף השמרים
הניחו את הפלטה האטומה במכשיר הסוניקציה למיקרופלטות Hielscher UIP400MTP או UIP550MTP ובחרו תוכנית סוניקציה בפולסים. מומלץ להשתמש בפולסים משום שהם מאפשרים פירוק מכני בשלבי ההפעלה (ON) ופיזור חום בשלבי ההפסקה (OFF).
כנקודת התחלה לליזיס של תאי שמרים:
| פרמטר | טווח התחלתי מומלץ | מטרה |
|---|---|---|
| משרעת | 60–100% | עוצמת קוויטציה גבוהה לתאי שמרים עמידים |
| מצב פולסים | 10–30 שניות הפעלה (ON) / 30–60 שניות הפסקה (OFF) | ליזיס יעיל תוך בקרה על הצטברות החום |
| זמן הפעלה מצטבר | 5–15 דקות | התאימו בהתאם לזן, לצפיפות ולמולקולת המטרה |
| טמפרטורה | שמרו על הדגימות קרות | הגנה על חלבונים, אנזימים, RNA ומטבוליטים |
| איטום הפלטה | מומלץ | מונע אידוי, היווצרות אירוסולים וזיהום צולב |
עבור תרחיפי שמרים עמידים במיוחד, ביומסה צפופה של P. pastoris או מיצוי חלבונים רקומביננטיים שקשה למצותם, הגדילו בהדרגה את זמן ההפעלה המצטבר. עבור חלבונים רגישים לחום או מבחני פעילות אנזימטית, השתמשו בפולסים קצרים יותר, בהפסקות קירור ארוכות יותר ובמשרעת התחלתית נמוכה יותר.
ליזיס של שמרים בתפוקה גבוהה בפלטות מרובות בארות באמצעות UIP400MTP
6. צילול הליזט
לאחר הסוניקציה, סרכזו את המיקרופלטה או העבירו את הדגימות למבחנות לצורך סרכוז. הסירו שברי תאים באמצעות סרכוז במהירות ובטמפרטורה מתאימות. אספו את הנוזל העליון להמשך האנליזה.
בהתאם ליישום, ניתן להשתמש בליזט לצורך:
- כימות חלבונים
- מבחני פעילות אנזימטית
- SDS-PAGE ותספיג Western
- ELISA ומבחנים אימונולוגיים
- פרוטאומיקה באמצעות LC-MS/MS
- אנליזה של מטבוליטים
- טיהור DNA או RNA
7. מיטוב השיטה ותיעודה
לקבלת ליזיס הדיר של שמרים, תעדו את כל הפרמטרים הרלוונטיים, לרבות הזן, תנאי הגידול, OD600, מסת התאים הרטובה, הרכב הבופר, סוג הפלטה, נפח הדגימה, המשרעת, מחזור הפולסים, זמן ההפעלה המצטבר, שיטת הקירור והטמפרטורה הסופית של הדגימה.
אם מכשיר הסוניקציה של Hielscher מצויד ברישום נתונים אוטומטי, ניתן להשתמש בנתוני התהליך לתיעוד, לפיתוח השיטה, להגדלת קנה המידה ולבקרת איכות.
טיפים למיטוב ליזיס של שמרים
לשחרור מרבי של חלבונים, השתמשו בתרחיפי שמרים צפופים, בעוצמה אולטרסונית גבוהה ובזמן הפעלה מצטבר מספק. עבור חלבונים רגישים, הפחיתו את המשרעת, האריכו את הפסקות הקירור ושמרו על הפלטה קרה לאורך כל ההפעלה.
אם הליזיס אינו מלא, האריכו בהדרגה את זמן הסוניקציה, בדקו טיפול מקדים אנזימטי, הפחיתו את צמיגות הדגימה או מטבו את הבופר. אם החלבונים מתפרקים או מאבדים פעילות, שפרו את הקירור, קצרו את פרקי ההפעלה (ON), הוסיפו מעכבים וודאו שמערכת הדטרגנטים מתאימה לחלבון המטרה.
מכיוון שזני שמרים נבדלים במידה ניכרת במבנה דופן התא, בשלב הגידול, במערכת הביטוי ובצפיפות הביומסה, מומלץ לערוך מטריצת ניסויים מצומצמת למיטוב. לדוגמה, בדקו שלוש משרעות, שני מחזורי פולסים ושני זמני הפעלה כוללים, ולאחר מכן העריכו את יעילות הליזיס ואת שלמות החלבונים.
בין שאתם מעבדים פלטות בדיקה אחדות ובין שאתם מבצעים סריקת שמרים בתפוקה גבוהה, Hielscher יכולה לעזור לכם לבחור את מכשיר הסוניקציה למיקרופלטות המתאים ולפתח פרוטוקול ליזיס אמין. צרו איתנו קשר וציינו את זן השמרים, תהליך העבודה ודרישות התפוקה שלכם!
יתרונות מכשירי הסוניקציה למיקרופלטות של Hielscher לליזיס של שמרים
מכשירי הסוניקציה למיקרופלטות של Hielscher אידיאליים למעבדות הזקוקות לליזיס הדיר בדגימות רבות. הם מייתרים את הטיפול האיטי בדגימה אחת בכל פעם הכרוך בסוניקציה באמצעות גשושית, ומפחיתים את השונות הנגרמת ממיקום ידני של הגשושית, מעומק הטבילה ומהבדלים בטיפול בין דגימה לדגימה.
היתרונות העיקריים כוללים:
- עיבוד בתפוקה גבוהה: בצעו סוניקציה של דגימות שמרים רבות במקביל במיקרופלטות או במעמדי דגימות תואמים.
- תנאים הדירים: תנאי סוניקציה זהים בכל הבארות לקבלת תוצאות ליזיס אחידות ובנות השוואה.
- ללא זיהום צולב באמצעות הגשושית: הדגימות נשארות אטומות במהלך הסוניקציה, וכך מצטמצמים מעבר חומר בין דגימות ושלבי הניקוי.
- התאמה לתאים עמידים: אולטרסאונד בעוצמה גבוהה מסייע בפירוק דופנות תאי שמרים.
- תהליך עבודה יעיל: אידיאלי לסריקת זנים, קלונים, תנאי ביטוי ובופרים לפירוק תאים.
- תהליך עבודה יעיל: הגדרות הניתנות לתכנות, רישום נתונים אוטומטי והתאמה לאוטומציה במעבדה.
יישומים בביוטכנולוגיה של שמרים ובמחקר במדעי החיים
פירוק אולטרסוני של תאי שמרים במיקרופלטות תומך בתהליכי עבודה רבים במחקר ובסריקה. בביטוי חלבונים רקומביננטיים, ניתן לפרק במקביל קלונים של P. pastoris ושל S. cerevisiae כדי להשוות רמות ביטוי או פעילות אנזימטית. בביולוגיה מערכתית ובתחומי האומיקה, פירוק תאים בתנאים אחידים משפר את יכולת ההשוואה בין תנאים. במיקרוביולוגיה, סוניקציה מסייעת להכנה מהירה של ליזטים מזנים מרובים, מתנאי מצע שונים או מטיפולי עקה שונים.
תחומי יישום נפוצים כוללים:
- מיצוי חלבונים משמרים
- סריקת חלבונים רקומביננטיים
- סריקת פעילות אנזימטית
- בחירת קלונים לאחר טרנספורמציה
- אופטימיזציה של תסיסה
- הכנת דגימות לפרוטאומיקה
- הכנת דגימות למטבולומיקה
- מחקרים על פירוק דופן התא
- בדיקות מיקרוביולוגיות בתפוקה גבוהה
פירוק אמין של תאי שמרים מתחיל בסוניקציה מבוקרת
פירוק תאי שמרים עלול להיות קשה כאשר מספר הדגימות גדל, אך מכשירי הסוניקציה למיקרופלטות של Hielscher הופכים את התהליך למהיר יותר, נקי יותר והדיר יותר. UIP400MTP ו-UIP550MTP מאפשרים לחוקרים לעבד פלטות שלמות בתנאים אולטרסוניים מוגדרים, וכך לשפר את התפוקה תוך צמצום הטיפול הידני.
עבור מיקרוביולוגים, ביולוגים מולקולריים, חוקרי חלבונים ומעבדות ביוטכנולוגיה, סוניקציה במיקרופלטות היא כלי רב-עוצמה לשחרור יעיל והדיר של רכיבים תוך-תאיים משמרים.
שאלות נפוצות על פירוק תאי שמרים באמצעות סוניקציה במיקרופלטות
האם ניתן לפרק תאי שמרים באמצעות סוניקציה?
כן. ניתן לפרק תאי שמרים כגון Saccharomyces cerevisiae ו-Pichia pastoris באמצעות סוניקציה בעוצמה גבוהה. קוויטציה אולטרסונית יוצרת כוחות גזירה מכניים חזקים המפרקים את דופן התא ואת קרום התא של השמרים, וכך משחררים חלבונים, אנזימים, חומצות גרעין ומטבוליטים.
מדוע קשה יותר לפרק תאי שמרים מאשר תאי חיידקים?
לתאי שמרים יש דופן תא עבה ועמידה מבחינה מכנית, המורכבת בעיקר מגלוקנים, מנופרוטאינים וכיטין. מבנה קשיח זה מקשה על פירוק שמרים בהשוואה לתאי חיידקים או יונקים רבים. לכן, פירוק תאי שמרים דורש בדרך כלל עוצמה גבוהה יותר, עיבוד ממושך יותר או טיפול אנזימטי מקדים כאפשרות נוספת.
אילו מכשירי סוניקציה של Hielscher מתאימים לפירוק תאי שמרים במיקרופלטות?
UIP400MTP ו-UIP550MTP של Hielscher מתאימים לפירוק תאי שמרים בתפוקה גבוהה במיקרופלטות. UIP400MTP אידיאלי להכנה שגרתית של דגימות במקביל, ואילו UIP550MTP מספק הספק אולטרסוני גבוה יותר למשימות פירוק תאים תובעניות, לתרחיפים צפופים ולזני שמרים עמידים.
האם ניתן לפרק תאי Pichia pastoris במכשיר סוניקציה למיקרופלטות?
כן. ניתן לפרק תאי Pichia pastoris, הידוע גם בשם Komagataella phaffii, באמצעות סוניקציה בעוצמה גבוהה במיקרופלטות. מכיוון ש-P. pastoris יכול ליצור ביומסה צפופה ויש לו דופן תא עמידה, מומלץ לבצע אופטימיזציה של האמפליטודה, מחזור הפולסים, הקירור וזמן הסוניקציה הכולל.
מהם הפרמטרים האופייניים לסוניקציה לצורך פירוק תאי שמרים?
טווח התחלתי שימושי הוא אמפליטודה של 50–80%, הפעלה בפולסים כגון 10–30 שניות הפעלה (ON) ו-30–60 שניות הפסקה (OFF), וזמן הפעלה מצטבר (ON) של 5–15 דקות. הפרמטרים המדויקים תלויים בזן השמרים, בצפיפות התאים, בנפח הדגימה, בסוג הפלטה, בבופר ובמולקולת המטרה.
מדוע יש לבצע פירוק תאי שמרים במצב פולסים?
מצב פולסים מפחית הצטברות חום במהלך הסוניקציה. בשלב ההפעלה (ON), קוויטציה אולטרסונית מפרקת את התאים. בשלב ההפסקה (OFF), הדגימה יכולה להתקרר. הדבר חשוב מכיוון שחום מופרז עלול לגרום לדנטורציה של חלבונים, להפחית פעילות אנזימטית, לפרק RNA ולפגוע בהדירות.
האם נדרש טיפול אנזימטי מקדים לפני סוניקציה של תאי שמרים?
טיפול מקדים אנזימטי אינו נדרש תמיד, אך הוא יכול לשפר את יעילות הליזיס. אנזימים כגון Zymolyase או Lyticase מעכלים חלקית את דופן תא השמר ומסוגלים להפחית את העוצמה האולטרסונית או את הזמן הדרושים לליזיס מלא. הדבר עשוי להועיל לחלבונים רגישים או לזנים קשים לפירוק.
כיצד ניתן למנוע התחממות יתר במהלך סוניקציה של שמרים?
השתמשו בבופרים שצוננו מראש, במצב פולסים, בהפסקות קירור ובמערכת מקוררת למיקרופלטות. שמרו על המיקרופלטה אטומה ונטרו את הטמפרטורה ככל האפשר. עבור חלבונים רגישים, השתמשו בפרקי הפעלה (ON) קצרים יותר ובפרקי השהיה (OFF) ארוכים יותר, ועבדו את הדגימות בתנאים קרים.
האם סוניקציה במיקרופלטות יכולה להחליף פירוק באמצעות חרוזים לצורך ליזיס של שמרים?
בתהליכי עבודה רבים, כן. סוניקציה במיקרופלטות יכולה להחליף פירוק באמצעות חרוזים כאשר נדרש ליזיס נקי, הדיר ומקבילי. היא מייתרת את הטיפול בחרוזים, מפחיתה את המורכבות הכרוכה בחומרים מתכלים ומפשטת את האוטומציה. עם זאת, יש לתקף כל יישום באמצעות השוואה של תפוקת הליזיס, שלמות החלבונים וביצועי המבחן.
האם סוניקציה במיקרופלטות מתאימה למיצוי חלבונים משמרים?
כן. סוניקציה במיקרופלטות מתאימה היטב למיצוי חלבונים משמרים, במיוחד כאשר יש להשוות בין קלונים רבים או תנאי גידול רבים. מעכבי פרוטאזות, בופרים קרים והגדרות פולסים מבוקרות מסייעים לשמר את איכות החלבונים.
האם ניתן להשתמש באותה שיטה למיצוי DNA, RNA וחלבונים?
ניתן להשתמש באותו עיקרון בסיסי של סוניקציה, אך יש להתאים את הבופר ואת תנאי התהליך למולקולת המטרה. תהליכי עבודה עם חלבונים דורשים עיכוב פרוטאזות ובקרת טמפרטורה. תהליכי עבודה עם RNA דורשים טיפול ללא RNase וקירור אינטנסיבי. תהליכי עבודה עם DNA עשויים לדרוש תנאי ליזיס וטיהור שונים, בהתאם לשאלה אם נדרש DNA גנומי שלם או DNA מקוטע.
באיזה סוג מיקרופלטה יש להשתמש לליזיס של שמרים?
השתמשו במיקרופלטה או בפלטת באריות עמוקות המתאימות לסוניקציה, עם אטימה מתאימה. פלטות בעלות באריות עם תחתית עגולה מועילות לעיתים קרובות לטיפול בתרחיפים. על הפלטה לעמוד בתנאי הסוניקציה שנבחרו, בטמפרטורת הדגימה ובשלבי הצנטריפוגה.
כיצד ניתן לדעת אם הליזיס של השמרים הושלם?
ניתן לבדוק את יעילות הליזיס באמצעות מיקרוסקופיה, תפוקת חלבונים, פעילות אנזימטית, ירידה בצמיגות, אנליזת SDS-PAGE, תפוקת DNA/RNA או השוואה לשיטת ליזיס מוכרת. לצורך פיתוח השיטה, העריכו הן את התפוקה והן את האיכות של מולקולת המטרה ששוחררה.
UIP400MTP או UIP550MTP: באיזה מכשיר סוניקציה למיקרופלטות כדאי לבחור?
UIP400MTP הוא מכשיר סוניקציה רב עוצמה למיקרופלטות, המיועד להכנה שגרתית של דגימות בתפוקה גבוהה, לרבות ליזיס של שמרים, מיצוי חלבונים, גזירת DNA, ניתוק ביופילם והכנה למבחנים. הוא מתאים למעבדות הזקוקות לסוניקציה הדירה בפורמטים סטנדרטיים של מיקרופלטות.
UIP550MTP מספק הספק אולטרסוני גבוה יותר ומומלץ כאשר יישומים תובעניים יותר דורשים עוצמה אקוסטית חזקה יותר, זמני עיבוד קצרים יותר, עומסי דגימות גבוהים יותר או תנאי פירוק עוצמתיים יותר. לצורך ליזיס של שמרים, UIP550MTP מועיל במיוחד לביומסה צפופה, לזנים קשים לפירוק, לנפחי עבודה גדולים יותר ולסינון ביטוי בתפוקה גבוהה.
האם ניתן לבצע אוטומציה של ליזיס שמרים באמצעות סוניקציה במיקרופלטות?
כן. סוניקציה המבוססת על מיקרופלטות מתאימה היטב לתהליכי עבודה אוטומטיים במעבדה, מכיוון שהדגימות נשארות בפורמט של מיקרופלטה. הדבר מאפשר שילוב עם מערכות פיפטציה, טיפול במיקרופלטות, צנטריפוגה, הכנה למבחנים ותהליכי סינון בתפוקה גבוהה.
ספרות / מקורות
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP550MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics 2024.
