Metabolomika olakšana ultrazvukom visoke propusnosti
Metabolomika je istraživačko polje koje koristi tehnike visoke propusnosti za karakterizaciju i kvantificiranje malih molekula u različitim biofluidima, kao što su urin, serum, plazma, izmet i pljuvačka, otkrivajući jedinstvene metaboličke potpise. Sonikator visoke propusnosti UIP400MTP, dizajniran za ploče sa više jažica, moćan je alat za lizu ćelija u ovim uzorcima, olakšavajući oslobađanje metabolita za analizu nizvodno. Ovaj precizan i pouzdan pristup je od suštinskog značaja za metabolomiku, gdje su precizan dizajn studije, pedantna priprema uzoraka, optimizirana postavka platforme, sveobuhvatna analiza podataka i smislena biološka interpretacija najvažniji. Metabolomika koristi oba ciljana pristupa, koji se fokusiraju na specifične klase molekula poput ugljikohidrata, lipida i aminokiselina, i neciljane tehnike, koje pružaju širok pregled metaboličkih profila unutar uzorka, otkrivajući zamršenu složenost metaboličke signalizacije.
UIP400MTP je beskontaktni sonikator visoke propusnosti za lizu stanica i ekstrakciju metabolita u pločama s više jažica
Visoko propusna priprema uzoraka sa sonicatorom za ploče sa 96 jažica UIP400MTP
Upotreba beskontaktnog sonikatora UIP400MTP u kombinaciji sa pločama sa 96 jažica je efikasna metoda za homogenizaciju visokog protoka i ekstrakciju metabolita. Ova postavka izbjegava direktan kontakt s uzorkom, smanjujući rizik od unakrsne kontaminacije dok se istovremeno obrađuje više uzoraka.
Korak po korak protokol za homogenizaciju sa Sonicatorom sa 96 jažica UIP400MTP
- Priprema metabolomskih uzoraka
Primer plasmana: Svaki uzorak (npr. izmet, crijevno tkivo ili luminalni sadržaj) rasporedite u pojedinačne jažice ploče ili mikroploče sa 96 jažica.
rastvarač: Organski rastvarači, kao što su metanol, etanol, acetonitril, hloroform, i njihove (vodene) smeše, neophodni su za ekstrakciju metabolita, pomažući u oslobađanju intracelularnih metabolita iz ćelijskog matriksa. Upotrijebite 100–300 µL rastvarača po jažici, osiguravajući dovoljan volumen da se uzorak potpuno potopi.
Interni standardi: Opciono, dodajte interne standarde u svaku jažicu za normalizaciju tokom nizvodne metabolomske analize. - Podešavanje srednjeg spoja
Nivo vode: Postavite ploču sa 96 jažica na platformu za sonikaciju napunjenu vodom (medij za spajanje) kako je opisano u priručniku. - Konfiguracija parametara UIP400MTP
Postavke napajanja: Podesite ultrazvučnu amplitudu na 50–80% maksimalne snage za efikasnu homogenizaciju.
Pulsni način rada: Postavite ciklus sonikacije na naizmjenične impulse (npr. 30 sekundi UKLJUČENO, 30 sekundi ISKLJUČENO) kako biste omogućili hlađenje i spriječili pregrijavanje uzorka.
Ukupno vrijeme: 4-10 minuta, ovisno o složenosti i žilavosti uzorka.
Kontrola temperature: Koristite laboratorijski rashladni uređaj za održavanje vode na 4-8°C tokom ultrazvuka kako biste zaštitili metabolite osjetljive na toplinu. - proces sonikacije
Pokrenite UIP400MTP za cikluse sonikacije.
Pratite proces preko UIP400MTP interfejsa.
Efekt kavitacije će homogenizirati uzorke i lizirati ćelije unutar jažica, oslobađajući intracelularne metabolite u rastvarač. - PostSonication
Centrifugiranje: Nakon ultrazvuka, prenesite sadržaj ploče u epruvete za sakupljanje ako je potrebno. Centrifugirajte na 4.000–6.000 × g 10 minuta da biste peletirali nerastvorljivi otpad i ćelijski materijal.
Kolekcija supernatanta: Pažljivo prebacite supernatant iz svake jažice u nove epruvete ili ploče za analizu.
Opciono sušenje: Osušite supernatante koristeći vakuum koncentrator (npr. SpeedVac) ako je potrebna koncentracija, a zatim ih rekonstituirajte u maloj količini odgovarajućeg rastvarača.
Iskoristite kapacitet obrade visoke propusnosti UIP400MTP sonikatora ploča sa više jažica i olakšajte svoje metabolomsko istraživanje i analizu!
UIP400MTP sonikator visokog protoka za metabolomska istraživanja na pločama sa više jažica, pločama sa 96 jažica, epruvetama i Petrijevim zdjelicama.
UIP400MTP Multiwell Plate Sonicator za visoko propusnu pripremu uzoraka u metabolomskim istraživanjima.
Princip beskontaktne sonikacije sa UIP400MTP
UIP400MTP primenjuje ultrazvučne talase na jažice ploče sa 96 jažica indirektno preko medija za spajanje (npr. vode). Ovi valovi stvaraju kavitaciju, koja ometa stanice i oslobađa metabolite bez fizičkog kontakta između sonde sonde i uzorka.
“Pišem da vam se zahvalim na našem fantastičnom iskustvu korištenja vašeg UIP400MTP sonikatora za ujednačenu i dosljednu bakterijsku lizu uzoraka fekalnog mikrobioma. Proširujemo okvir za tehnologiju lize visoke propusnosti, a vaš instrument je dobro prilagođen zadatku. Neki od ključnih naglasaka su:
- Jednostavnost rada – instrument je jednostavan za korišćenje, a prilagođavanje je jednostavno korišćenjem izbora menija
- visoka propusnost – odličan za rukovanje pločama, sa 96 uzoraka odjednom
- Čak i ultrazvuk svih plovila – uređaj je mogao isporučiti istu količinu ultrazvuka u sve bušotine, što je bilo ključno za našu primjenu
- Podrška Hielscher tima – podrška je bila odlična, uvijek ste bili uz nas na treninzima, odgovarali na naša pitanja i rješavali probleme, sa prijedlozima koji su nam pomogli da dođemo do cilja.
Hvala vam još jednom na pomoći i pomoći dok smo radili na optimizaciji naših protokola.”
Mark D. Driscoll, Ph.D. – Glavni naučni službenik – Intus Biosciences
Sonikator ploča sa više jažica UIP400MTP olakšava pripremu uzoraka visokog protoka, npr. u istraživanju i analizi metabolita.
Sonikator ploča sa 96 jažica UIP400MTP: Tečnost koja prenosi ultrazvuk okružuje sve jažice i obezbeđuje ujednačenu sonikaciju svakog uzorka
Ključne karakteristike UIP400MTP Sonicator ploča sa više jažica
| Sonikacija visoke propusnosti | Savršeno prikladan za ploče sa 96 jažica i druge ploče sa više jažica, UIP400MTP omogućava istovremenu, identičnu sonikaciju više uzoraka, značajno skraćujući trajanje pripreme uzorka i povećavajući propusnost testiranja velikog broja uzoraka. |
| Koristite višenamensku ploču po svom izboru | UIP400MTP je dizajniran za ultrazvučnu obradu svih standardnih ploča sa više jažica, PCR ploča ili mikrotitarskih ploča. Vi birate ploču koja najviše odgovara vašim eksperimentima. Kako UIP400MTP ne zahtijeva vlasnički potrošni materijal, to vam štedi mnogo novca! |
| Beskontaktna ultrazvuk | Multiwell Plate Sonicator UIP400MTP primjenjuje intenzivan ultrazvuk bez umetanja bilo čega u uzorak. Možete obraditi sonikirane ploče sa više jažica, zatvorene posude i bočice. Hielscher vam isporučuje prilagođene držače uzoraka za sve nestandardne bočice ili posude. |
| Preciznost i kontrola | Precizna kontrola i pametni softver omogućavaju vam da podesite ultrazvučne parametre tako da optimalno odgovaraju vašim specifičnim potrebama obrade. Dobivate maksimalnu efikasnost i efektivnost sonikacije za svaki eksperiment. |
| Kontrola temperature | Postavite određenu temperaturu za sonikaciju. UIP400MTP sonikator ploča može pratiti temperaturu uzorka i prilagoditi sonikaciju u skladu s tim. Recirkulacijska rashladna tečnost hladi svaki bunar u ploči za preciznu kontrolu temperature. |
| Protokoliranje i daljinsko upravljanje | Svakim izvođenjem ultrazvuka može se kontrolisati sa računara. Nije potrebna instalacija softvera. Možete koristiti svoj standardni pretraživač (npr. Chrome, Firefox, Edge ili Safari) na bilo kojem operativnom sistemu (npr. MacOS, Windows, Android, iOS ili Linux) za daljinsko upravljanje i nadgledanje UIP400MTP. Svaki izvođenje ultrazvuka proizvodi detaljan protokol sonikacije za evaluaciju i dokumentaciju. Datoteka protokola je u ne-vlasničkom CSV-formatu, koji možete otvoriti pomoću željenog programa, npr. Microsoft Excel, Apple Numbers ili OpenOffice Calc. |
| robustan i pouzdan | Dizajniran i proizveden u Njemačkoj prema najvišim standardima kvaliteta, UIP400MTP nije samo moćan već i izuzetno izdržljiv. Njegov dizajn ispunjava industrijske standarde i lako izdržava svakodnevnu upotrebu u zahtjevnom laboratorijskom okruženju. Možete koristiti UIP400MTP neprekidno 24 sata, 7 dana u nedelji u operacijama velike propusnosti. |
- visoka efikasnost
- najsavremenija tehnologija
- pouzdanost & robusnost
- podesiva, precizna kontrola procesa
- inteligentni softver
- pametne funkcije (npr. programiranje, protokoliranje podataka, daljinsko upravljanje)
- jednostavan i siguran za rad
- nisko održavanje
- CIP (čišćenje na mjestu)
Dizajn, proizvodnja i konsalting – Kvaliteta Made in Germany
Hielscher ultrasonicatori su poznati po najvišoj kvaliteti i standardima dizajna. Robusnost i jednostavan rad omogućavaju nesmetanu integraciju naših ultrazvučnih aparata u industrijske objekte. Hielscher ultrasonikatori lako se nose sa teškim uslovima i zahtevnim okruženjima.
Hielscher Ultrasonics je ISO sertifikovana kompanija i stavlja poseban naglasak na ultrazvučne aparate visokih performansi koji se odlikuju najsavremenijom tehnologijom i lakoćom korišćenja. Naravno, Hielscher ultrasonikatori su usklađeni sa CE i ispunjavaju zahtjeve UL, CSA i RoH.
Beskontaktni sonikator UIP400MTP za pripremu metabolomskih uzoraka u mikropločama.
Literatura / Reference
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Često postavljana pitanja o metabolomskom istraživanju
Šta je mikrobiom?
Mikrobiom se odnosi na kolektivnu zajednicu mikroorganizama, uključujući bakterije, viruse, gljive i arheje, kao i njihov genetski materijal, koji naseljavaju određeno okruženje, kao što je ljudsko tijelo. On igra kritičnu ulogu u zdravlju domaćina utječući na metabolizam, imunološku funkciju i zaštitu od patogena, dok ga oblikuju faktori kao što su prehrana, način života i okoliš.
Šta je metabolomika?
Metabolomika je sveobuhvatna studija metabolita, koji su mali molekuli proizvedeni tokom metaboličkih procesa unutar biološkog sistema. To uključuje identifikaciju, kvantifikaciju i analizu ovih molekula kako bi se razumjele ćelijske funkcije, metabolički putevi i kako oni reagiraju na genetske, ekološke ili patološke promjene.
Šta je Metabolom?
Metabolom je kompletan skup malih molekula, ili metabolita, prisutnih unutar biološkog sistema, kao što je ćelija, tkivo ili organizam, u datom trenutku. Odražava biohemijsku aktivnost i fiziološko stanje sistema, pružajući uvid u metabolizam i njegove interakcije sa okolinom.
Hielscher Ultrasonics proizvodi ultrazvučne homogenizatore visokih performansi lab to industrijska veličina.