Срязване на хроматина: висока производителност и безконтактна прецизност
Срязването на хроматина е критична стъпка в много работни процеси в молекулярната биология, позволяваща фрагментирането на хроматина в точни размери за приложения като ChIP и NGS. Многоямковият ултразвуков уред UIP400MTP революционизира този процес със своята високопроизводителна, безконтактна технология, предлагаща несравнима ефективност, възпроизводимост и цялост на пробата. Тази статия изследва как UIP400MTP опростява и подобрява срязването на хроматина, отговаряйки на изискванията на съвременните изследвания.
Срязване на хроматина в науките за живота
Срязването на хроматина, процесът на фрагментиране на хроматина в управляеми размери, е съществена стъпка в молекулярната биология, особено за епигенетични изследвания, хроматинова имунопреципитация (ChIP) и секвениране от следващо поколение (NGS). Тази техника се използва за изолиране на ДНК-протеинови комплекси, изследване на хистонови модификации и идентифициране на ДНК-свързващи протеини. Постигането на последователна и възпроизводима фрагментация на хроматина е от решаващо значение за получаването на висококачествени данни и това разчита до голяма степен на оборудването и методите, използвани по време на процеса на срязване.
Традиционните методи за срязване на хроматина често представляват предизвикателства като замърсяване на пробата, променливи резултати и неефективност във времето. С разрастването на научните изследвания, особено в условия с висока производителност, има нарастващо търсене на иновативни решения, които гарантират последователни резултати в множество извадки. UIP400MTP Multi-Well Plate Sonicator предлага усъвършенстван, високопроизводителен и безконтактен подход, поставяйки нов стандарт в срязването на хроматина.
Рационализиране на срязването на хроматина с Multili-Well Plate Sonicator UIP400MTP
Високопроизводителният звуков UIP400MTP се откроява сред техниките за срязване на хроматина, надминавайки традиционните методи като ензимно храносмилане и механично срязване. Чрез комбиниране на висока производителност с безконтактна ултразвук, той предлага превъзходна възпроизводимост, скорост и цялост на пробата, което го прави предпочитан избор за съвременни изследователски работни процеси.
- Висока производителност
Капацитетът на UIP400MTP да обработва няколко проби едновременно спестява значително време и усилия. Той елиминира необходимостта от повтаряща се, ръчна обработка на проби, което позволява на изследователите да се съсредоточат върху анализите надолу по веригата и увеличаването на общата производителност. - Безконтактна соникация за целостта на пробата
Безконтактната ултразвук не само предпазва пробите от замърсяване, но и минимизира риска от механично износване на оборудването. Това гарантира, че чувствителните биологични проби се обработват в контролирана и стерилна среда. - Равномерна фрагментация
Възпроизводимостта е крайъгълен камък на надеждните изследвания. UIP400MTP гарантира, че всеки кладенец получава идентична ултразвукова експозиция, което дава равномерни хроматинови фрагменти. Тази еднородност е от решаващо значение за експерименти като ChIP и NGS, където последователността в подготовката на пробите пряко влияе върху качеството на данните. - Мащабируемост и гъвкавост
UIP400MTP е подходящ както за малки експерименти, така и за мащабни проучвания. Изследователите могат лесно да настроят системата за различни обеми проби, което я прави универсален инструмент за различни приложения. - Намален риск от кръстосано замърсяване
Традиционните методи, които включват директен контакт, като ултразвук на сонда, носят риск от замърсяване от проба до проба. Безконтактният подход на UIP400MTP елиминира този риск, което го прави особено подходящ за чувствителни приложения като епигенетични изследвания.
Приложения на срязване на хроматина с UIP400MTP
UIP400MTP е идеален за:
- Хроматин имунопреципитация (ChIP): Прецизното срязване на хроматина осигурява оптимално свързване на антителата със специфични ДНК-протеинови комплекси.
- Секвениране от следващо поколение (NGS): Равномерната фрагментация на ДНК е от решаващо значение за подготовката на библиотеката за секвениране, осигурявайки висококачествено четене.
- Проучвания за модификация на хистони: Последователното приготвяне на хроматина позволява на изследователите да анализират взаимодействията между хистони и ДНК с висока точност.
- Епигенетични изследвания: UIP400MTP подпомага изследването на моделите на метилиране на ДНК и други епигенетични модификации чрез възпроизводима обработка на проби.
Високоефективни ултразвукови апарати
- висока ефективност
- Най-съвременна технология
- надеждност & Стабилност
- регулируемо, прецизно управление на процеса
- партида & Вградени
- за всеки обем
- Интелигентен софтуер
- интелигентни функции (напр. програмируеми, протоколиране на данни, дистанционно управление)
- лесен и безопасен за работа
- ниска поддръжка
- CIP (почистване на място)
Проектиране, производство и консултиране – Качество, произведено в Германия
Ултразвуковите апарати Hielscher са добре известни със своите най-високи стандарти за качество и дизайн. Здравината и лесната работа позволяват безпроблемното интегриране на нашите ултразвукови апарати в промишлени съоръжения. Тежките условия и взискателните условия се справят лесно с ултразвуковите апарати на Hielscher.
Hielscher Ultrasonics е сертифицирана по ISO компания и поставя специален акцент върху високопроизводителните ултразвукови уреди, отличаващи се с най-съвременна технология и удобство за потребителя. Разбира се, ултразвуковите апарати на Hielscher са съвместими с CE и отговарят на изискванията на UL, CSA и RoHs.
Таблицата по-долу ви дава представа за приблизителния капацитет на обработка на нашите ултразвукови апарати с лабораторен размер:
| Препоръчителни устройства | Обем на партидата | Дебит |
|---|---|---|
| UIP400MTP 96-ямков соникатор за плочи | многоямкови / микротитрни плаки | Н.А. |
| Ултразвуков CupHorn | CupHorn за флакони или чаша | Н.А. |
| GDmini2 | ултразвуков микропоточн реактор | Н.А. |
| ФлаконВисокоговорител за високи честоти | 0.5 до 1,5 мл | Н.А. |
| UP100H | 1 до 500 мл | 10 до 200 мл/мин |
| UP200Ht, UP200St | 10 до 1000 мл | 20 до 200 мл/мин |
| UP400St | 10 до 2000 мл | 20 до 400 мл/мин |
| Ултразвуков шейкър за сито | Н.А. | Н.А. |
Литература / Препратки
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Често задавани въпроси
Какво е фрагментация на хроматина?
Фрагментацията на хроматина е процес на разграждане на хроматина, комплекс от ДНК и протеини, на по-малки, управляеми фрагменти. Това се постига, за да се улесни изучаването на ДНК-протеиновите взаимодействия, модификациите на хистоните или достъпността на ДНК в приложения на молекулярната биология като хроматинова имунопреципитация (ChIP) и секвениране от следващо поколение (NGS). Процесът гарантира, че хроматинът е фрагментиран до определен диапазон от размери, обикновено чрез физически методи като ултразвук или ензимно храносмилане, като същевременно се запазва целостта на ДНК-протеиновите комплекси за анализ надолу по веригата.
Какво е хроматиново омрежване?
Хроматиновото омрежване е биохимичен процес, използван за стабилизиране на взаимодействията между ДНК и протеини или други хроматин-асоциирани молекули. Това включва използването на омрежващи агенти, като формалдехид, за създаване на ковалентни връзки между взаимодействащи молекули, ефективно “замразяване” техните взаимодействия на място. Тази техника се използва широко в хроматиновата имунопреципитация (ChIP) и свързаните с нея анализи за запазване на естествената хроматинова структура и улесняване на идентифицирането на ДНК-протеин или протеин-протеин взаимодействия по време на анализа надолу по веригата.
Какво причинява уплътняване на хроматина?
Уплътняването на хроматина се причинява предимно от взаимодействия между хистоните и ДНК, както и от сгъване от по-висок порядък, медиирано от линкерни хистони (като H1), хроматин-асоциирани протеини и епигенетични модификации като метилиране или деацетилиране на хистони. Тези фактори насърчават по-плътното опаковане на нуклеозомите, намалявайки достъпа до ДНК. Клетъчните условия, като концентрации на йони и процеси като клетъчно делене или заглушаване на гените, също допринасят за уплътняването на хроматина.
Hielscher Ultrasonics произвежда високоефективни ултразвукови хомогенизатори от лаборатория да индустриален размер.




