Sonikasiya ilə asanlaşdırılan mikrobiom tədqiqatları və klinik analiz
Sonikasiya mikrobiom tədqiqatlarında və klinik analizdə geniş istifadə olunan, nümunələrin yüksək məhsuldarlıqla hazırlanmasını asanlaşdıran güclü bir üsuldur. Ultrasəs üsulu mürəkkəb bioloji nümunələrin, məsələn, tərkibində mikroorqanizmlər olan nümunələrin emalı üçün xüsusilə effektivdir. Sonikasiyanın tətbiqi hüceyrə lizisini, nuklein turşularının, zülalların və metabolitlərin ekstraksiyasını və analizini asanlaşdıraraq mikrob icmalarını və onların sağlamlıq və xəstəlikdəki rollarını daha dərindən anlamağa imkan verir. Hielscher yüksək məhsuldarlıqlı sonikatorları dəqiqliyi, səmərəliliyi və təkrarlana bilən nəticələri ilə tanınır və bu xüsusiyyətlər onları mikrobiom tədqiqatları üçün əla seçim edir.
Mikrobiom tədqiqatlarında yüksək məhsuldarlıqlı sonikasiyanın üstünlüklərindən yararlanın
96 yuvalı lövhələr üçün UIP400MTP sonikatoru nümunələri yüksək məhsuldarlıqla hazırlayaraq mikrobiom tədqiqatlarını asanlaşdırır
96 yuvalı lövhələr üçün UIP400MTP sonikatoru ilə nümunələrin yüksək məhsuldarlıqla hazırlanması
Sonikasiyanın mikrobiom tədqiqatlarında tətbiqləri
Səmərəli hüceyrə lizisi
Sonikasiya mikrob hüceyrələrinin, o cümlədən qram-müsbət bakteriyalar və göbələklər kimi möhkəm hüceyrə divarına malik olanların lizisində yüksək effektivliyə malikdir. Ultrasəs dalğaları nümunədə kavitasiya qabarcıqları yaradır; bu qabarcıqlar çökərək hüceyrə divarlarını və membranlarını parçalayan zərbə dalğaları əmələ gətirir. Bu proses hüceyrələrin tam parçalanmasını və DNA, RNA və zülallar kimi hüceyrədaxili komponentlərin səmərəli şəkildə sərbəstləşməsini təmin edir.
Nəzarət olunan DNA fraqmentasiyası
Yeni nəsil sekvensləmə kimi tətbiqlər üçün DNA-nı çox vaxt kəsici qüvvələrin təsiri ilə daha kiçik, eyni ölçülü fraqmentlərə parçalamaq lazımdır. Sonikasiya fraqmentasiya prosesinə dəqiq nəzarət etməyə imkan verir və tədqiqatçılara istənilən ölçüdə DNA fraqmentləri əldə etmək imkanı yaradır. Bu nəzarət sekvensləmə kitabxanalarının hazırlanması və yüksək keyfiyyətli sekvens məlumatlarının təmin edilməsi üçün həlledicidir.
Təkmilləşdirilmiş nümunə homogenləşdirilməsi
Mikrobiom tədqiqatlarında nümunələr çox vaxt müxtəlif mikroorqanizmlərin qarışığını ehtiva edir. Sonikasiya bu mikroorqanizmlərin nümunə daxilində bərabər paylanmasına kömək edərək sabit və təkrarlana bilən nəticələri təmin edir. Bu homogenləşdirmə mikroorqanizmlərin miqdarının müəyyənləşdirilməsi və ya konkret metabolik fəaliyyətlərin ölçülməsi kimi dəqiq kəmiyyət analizləri üçün həlledicidir.
Etibarlı metabolit ekstraksiyası
Sonikasiya ilə etibarlı metabolit ekstraksiyası metabolomikada kiçik molekulların bioloji nümunələrdən ayrılması üçün geniş istifadə olunan üsuldur. Sonikasiya hüceyrə membranlarını parçalayan mexaniki rəqslərdən istifadə edərək hüceyrədaxili metabolitlərin həllediciyə sərbəstləşməsini asanlaşdırır. Bu üsul səmərəlidir, təkrarlana bilən nəticələr verir və müxtəlif nümunə növləri ilə uyğundur; bu xüsusiyyətlər onu yüksək məhsuldarlıqlı və hədəflənmiş metabolomik tədqiqatlar üçün dəyərli vasitəyə çevirir. Ultrasəslə metabolit ekstraksiyası haqqında daha ətraflı oxuyun!
“Nəcis mikrobiomu nümunələrində bakteriyaların bərabər və sabit lizisi üçün UIP400MTP sonikatorunuzdan istifadə zamanı qazandığımız möhtəşəm təcrübəyə görə sizə təşəkkür etmək üçün yazıram. Biz yüksək məhsuldarlıqlı lizis texnologiyasının imkan sərhədlərini genişləndiririk və cihazınız bu iş üçün çox uyğundur. Əsas üstünlüklərdən bəziləri bunlardır:
- İstifadə rahatlığı – cihazdan istifadə etmək asandır və menyu seçimləri vasitəsilə fərdi sazlama sadədir
- Yüksək məhsuldarlıq – eyni vaxtda 96 nümunə ilə lövhələrin emalı üçün əladır
- Bütün qabların bərabər sonikasiyası – cihaz bütün yuvalara eyni miqdarda sonikasiya təsiri ötürə bildi və bu, tətbiqimiz üçün həlledici idi
- Hielscher komandasının dəstəyi – dəstək əla idi; təlim zamanı, suallarımızı cavablandırmaq və problemləri həll etmək üçün həmişə yanımızda oldunuz və məqsədimizə çatmağımıza kömək edən təkliflər verdiniz.
Protokollarımızı optimallaşdırmaq üzərində işləyərkən göstərdiyiniz kömək və dəstəyə görə bir daha təşəkkür edirik.”
Mark D. Driscoll, Ph.D. – Baş elmi direktor – Intus Biosciences
Sonikasiya mikrobiom tədqiqatlarında və diaqnostikada necə tətbiq olunur?
Metabolomika, metagenomika və metaproteomika mikrobiom tədqiqatlarında bir-biri ilə sıx bağlıdır, çünki birlikdə mikrob icmalarını və onların funksiyalarını hərtərəfli anlamağa imkan verir. Lizis, zülalların təmizlənməsi və DNA / RNA fraqmentasiyası nümunə hazırlığının vacib mərhələləridir və 96 yuvalı lövhələr üçün UIP400MTP sonikatorundan istifadə bu mərhələləri asanlaşdırır.
Metabolomika və metabolom analizi
Metabolomika bioloji sistemdəki kiçik molekullu metabolitlərin sistemli öyrənilməsini əhatə edir. Mikrobiom tədqiqatlarında sonikasiya mikrob hüceyrələrini lizisə uğradaraq hüceyrədaxili metabolitləri sərbəstləşdirmək üçün istifadə olunur. 96 yuvalı lövhələr üçün UIP400MTP sonikatorundan istifadə etməklə çox sayda nümunəni sürətlə emal etmək mümkündür. Ekstraksiya edilmiş metabolitlərin miqdarı daha sonra kütlə spektrometriyası (MS) və nüvə maqnit rezonansı (NMR) spektroskopiyası kimi qabaqcıl üsullarla müəyyənləşdirilir. Əldə olunan məlumatlar mikrobiomun metabolik vəziyyətinin həmin andakı mənzərəsini təqdim edir və mikrob icmalarındakı biokimyəvi fəaliyyətlər və qarşılıqlı təsirlər haqqında məlumat verir.
Metagenomika və metatranskriptomika
Metagenomika birbaşa ətraf mühit nümunələrindən əldə edilmiş genetik materialın hərtərəfli analizini əhatə edir. Sonikasiya yüksək keyfiyyətli DNA-nın ekstraksiyası üçün mikrob hüceyrələrini lizisə uğradaraq bu prosesdə həlledici rol oynayır; daha sonra mövcud mikrob növlərini müəyyənləşdirmək və onların miqdarını təyin etmək üçün DNA sekvenslənir. Metatranskriptomikada müxtəlif mikrob icmalarında gen ifadəsi profillərini öyrənmək üçün oxşar sonikasiya üsullarından istifadə etməklə RNA ekstraksiya edilir. DNA və RNA sekvenslənməsi üçün nuklein turşuları müəyyən sayda əsas cütündən ibarət uzunluqda fraqmentlərə parçalanmalıdır. Bütün bu işlər UIP400MTP yüksək məhsuldarlıqlı sonikatoru tərəfindən etibarlı və sürətli şəkildə yerinə yetirilir!
Proteomika
Proteomik analizlər zülalların mikrob hüceyrələrindən ekstraksiyasını tələb edir. Sonikasiya hüceyrələri parçalamaq və zülalları məhlula sərbəstləşdirmək üçün effektiv şəkildə istifadə olunur. Daha sonra bu zülalların mikrobiomdakı funksional rollarını və metabolik yollarda iştirakını anlamaq üçün onları təmizləmək və analiz etmək mümkündür. Çoxyuvalı lövhələr üçün UIP400MTP sonikatoru ilə lizis və zülal ekstraksiyasını bir neçə dəqiqə ərzində yerinə yetirə və mikrob icmalarında zülalların idarə etdiyi bioloji prosesləri anlamaq üçün təkrarlana bilən nəticələr əldə edə bilərsiniz.
Metaproteomika
Metaproteomika proteomik analizi bütöv mikrob icmalarına genişləndirir və mikrobiomda funksional ifadəni və qarşılıqlı təsirləri anlamaq üçün ümumi zülal tərkibini öyrənir. Sonikasiya hüceyrələri lizisə uğradaraq zülalları sərbəstləşdirmək üçün istifadə olunur; daha sonra bu zülallar təmizlənir və kütlə spektrometriyası kimi üsullarla analiz edilir. Bu yanaşma müxtəlif mühitlərdə mikrob icmalarının aktiv bioloji prosesləri və uyğunlaşmaları haqqında ətraflı məlumat verir.
Çoxyuvalı lövhələr üçün UIP400MTP sonikatorunun yüksək məhsuldarlıqlı emal imkanından yararlanın və mikrobiom tədqiqatlarınızı və analizlərinizi asanlaşdırın!
UIP400MTP yüksək məhsuldarlıqlı sonikatoru çoxyuvalı lövhələrdə, 96 yuvalı lövhələrdə, sınaq borularında və Petri qablarında mikrobiom tədqiqatları üçün.
Mikrobiom diaqnostikasında nümunələrin yüksək məhsuldarlıqla hazırlanması üçün çoxyuvalı lövhələrə uyğun UIP400MTP sonikatoru.
Çoxyuvalı lövhələr üçün UIP400MTP sonikatoru nümunələrin, məsələn, mikrobiom tədqiqatlarında və diaqnostikada yüksək məhsuldarlıqla hazırlanmasını asanlaşdırır.
96 yuvalı lövhələr üçün UIP400MTP sonikatoru: ultrasəsi ötürən maye bütün yuvaları əhatə edir və hər bir nümunənin bərabər sonikasiyasını təmin edir
Çoxyuvalı lövhələr üçün UIP400MTP sonikatorunun əsas xüsusiyyətləri
| Yüksək məhsuldarlıqlı sonikasiya | 96 yuvalı və digər çoxyuvalı lövhələr üçün mükəmməl uyğun olan UIP400MTP bir neçə nümunənin eyni vaxtda, eyni qaydada sonikasiyasına imkan verir, nümunə hazırlığı müddətini əhəmiyyətli dərəcədə qısaldır və çox sayda nümunənin sınaqdan keçirilməsində emal məhsuldarlığını artırır. |
| Seçdiyiniz çoxyuvalı lövhədən istifadə edin | UIP400MTP istənilən standart çoxyuvalı lövhənin, PCR lövhəsinin və ya mikrotitr lövhəsinin sonikasiyası üçün nəzərdə tutulub. Təcrübələriniz üçün ən uyğun lövhəni siz seçirsiniz. UIP400MTP istehsalçıya məxsus xüsusi sərf materialları tələb etmədiyindən bu, sizə xeyli pul qənaət etməyə imkan verir! |
| Təmassız ultrasəs emalı | Çoxyuvalı lövhələr üçün UIP400MTP sonikatoru nümunəyə heç nə daxil etmədən intensiv ultrasəs tətbiq edir. Hermetik bağlanmış çoxyuvalı lövhələri, qapalı qabları və flakonları sonikasiya edə bilərsiniz. Hielscher istənilən qeyri-standart flakon və ya qab üçün sizə fərdi hazırlanmış nümunə tutacaqları təqdim edir. |
| Dəqiqlik və nəzarət | Dəqiq nəzarət və ağıllı proqram təminatı ultrasəs parametrlərini konkret emal ehtiyaclarınıza optimal uyğunlaşdırmağa imkan verir. Hər bir təcrübə üçün maksimum sonikasiya səmərəliliyi və effektivliyi əldə edirsiniz. |
| Temperaturun tənzimlənməsi | Sonikasiya üçün konkret temperatur təyin edin. Lövhələr üçün UIP400MTP sonikatoru nümunənin temperaturunu izləyə və sonikasiyanı buna uyğun tənzimləyə bilər. Təkrar dövr edən soyuducu maye temperaturun dəqiq tənzimlənməsi üçün lövhənin hər bir yuvasını soyudur. |
| Hesabatların qeydə alınması və uzaqdan idarəetmə | Hər bir sonikasiya icrası kompüterdən idarə oluna bilər. Proqram təminatının quraşdırılmasına ehtiyac yoxdur. UIP400MTP cihazını uzaqdan idarə etmək və izləmək üçün istənilən əməliyyat sistemində (məsələn, MacOS, Windows, Android, iOS və ya Linux) standart brauzerinizdən (məsələn, Chrome, Firefox, Edge və ya Safari) istifadə edə bilərsiniz. Hər bir sonikasiya icrası qiymətləndirmə və sənədləşdirmə üçün ətraflı sonikasiya hesabatı yaradır. Hesabat faylı qeyri-proprietar CSV formatındadır və onu seçdiyiniz proqramla, məsələn, Microsoft Excel, Apple Numbers və ya OpenOffice Calc ilə aça bilərsiniz. |
| Möhkəm və etibarlı | Almaniyada ən yüksək keyfiyyət standartlarına uyğun layihələndirilmiş və istehsal edilmiş UIP400MTP güclü olmaqla yanaşı, olduqca davamlıdır. Onun konstruksiyası sənaye standartlarına cavab verir və tələbkar laboratoriya mühitində gündəlik istifadənin ağır yüklərinə asanlıqla tab gətirir. UIP400MTP cihazından yüksək məhsuldarlıqlı əməliyyatlarda fasiləsiz olaraq gündə 24 saat, həftədə 7 gün istifadə edə bilərsiniz. |
- yüksək səmərəlilik
- ən müasir texnologiya
- etibarlılıq və möhkəmlik
- tənzimlənə bilən, dəqiq proses nəzarəti
- intellektual proqram təminatı
- ağıllı funksiyalar (məsələn, proqramlaşdırılma imkanı, məlumatların qeydə alınması, uzaqdan idarəetmə)
- asan və təhlükəsiz istifadə
- az texniki xidmət tələbi
- CIP (yerində təmizləmə)
Layihələndirmə, istehsal və məsləhət xidmətləri – Almaniya istehsalı keyfiyyət
Hielscher ultrasəs cihazları ən yüksək keyfiyyət və dizayn standartları ilə tanınır. Möhkəmlik və istifadə rahatlığı ultrasəs cihazlarımızın sənaye müəssisələrinə problemsiz inteqrasiyasına imkan verir. Hielscher ultrasəs cihazları ağır şəraitə və tələbkar mühitlərə asanlıqla tab gətirir.
Hielscher Ultrasonics ISO sertifikatlı şirkətdir və ən müasir texnologiyaya və istifadə rahatlığına malik yüksək effektivlikli ultrasəs cihazlarına xüsusi əhəmiyyət verir. Əlbəttə, Hielscher ultrasəs cihazları CE tələblərinə uyğundur və UL, CSA və RoHs tələblərinə cavab verir.
Təmassız UIP400MTP sonikatoru çoxyuvalı lövhələrdə mikrobiom nümunələrinin hazırlanması üçün.
Ədəbiyyat / İstinadlar
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- InfoGraphic UIP400MTP – 96-well plate Ultrasonicator for High-Throughput Sample Prep – english – Hielscher Ultrasonics
- Jannike L. Krause, Sven-Bastiaan Haange, Stephanie S. Schäpe, Beatrice Engelmann, Ulrike Rolle-Kampczyk, Katarina Fritz-Wallace, Zhipeng Wang, Nico Jehmlich, Dominique Türkowsky, Kristin Schubert, Judith Pöppe, Katrin Bote, Uwe Rösler, Gunda Herberth, Martin von Bergen (2020): The glyphosate formulation Roundup® LB plus influences the global metabolome of pig gut microbiota in vitro. Science of The Total Environment, Volume 745, 2020.
- Tröscher-Mußotter, Johanna; Sáenz, Johan; Grindler, Sandra; Meyer, Jennifer; Kononov, Susanne; Mezger, Beate; Borda, Daniel; Frahm, Jana; Dänicke, Sven; Camarinha-Silva, Amelia; Huber, Korinna; Seifert, Jana (2021): Microbiome Clusters Disclose Physiologic Variances in Dairy Cows Challenged by Calving and Lipopolysaccharides. mSystems 2021.
- Jannike Lea Krause, Beatrice Engelmann, Stephanie Serena Schaepe, Ulrike Rolle-Kampczyk, Nico Jehmlich, Hyun-Dong Chang, Ulla Slanina, Maximillian Hoffman, Jörg Lehmann, Ana Claudia Zenclussen, Gunda Herberth, Martin von Bergen, Sven-Bastiaan Haange (2024): DSS treatment does not affect murine colonic microbiota in absence of thehost. Gut Microbes 2024.
Mikrobiom tədqiqatları haqqında tez-tez verilən suallar
Sonikasiya bakteriyalara necə təsir edir?
Sonikasiya yüksək tezlikli səs dalğalarından istifadə edərək bakteriya hüceyrələrini parçalayır və zərbə dalğaları və mexaniki qüvvələr yaradan kavitasiyaya səbəb olur; bu da hüceyrə lizisinə və hüceyrədaxili komponentlərin sərbəstləşməsinə gətirib çıxarır.
Mikrobiomları öyrənmək üçün hansı üsullardan istifadə olunur?
Mikrobiomların öyrənilməsi üsullarına 16S rRNA geninin sekvenslənməsi və metagenomika kimi DNA sekvensləmə üsulları, həmçinin mikrob funksiyalarının və qarşılıqlı təsirlərinin analizi üçün transkriptomika, proteomika və metabolomika daxildir. Yaranan böyük həcmli məlumatları şərh etmək üçün bioinformatika vasitələrindən istifadə olunur.
Mikrobiom analizində hansı üsullardan istifadə olunur?
Mikrobiom analizində istifadə olunan üsullara taksonomik profilləşdirmə üçün 16S rRNA geninin sekvenslənməsi, hərtərəfli genetik analiz üçün metagenomik sekvensləmə, gen ifadəsini öyrənmək üçün metatranskriptomika, zülalları analiz etmək üçün metaproteomika və metabolik məhsulları müəyyənləşdirmək üçün metabolomika daxildir. Bioinformatika vasitələri məlumatların emalı və şərhi üçün vacibdir.
Mikrobiom tədqiqatlarında metabolomika, metagenomika və metaproteomika nədir?
Mikrobiom tədqiqatlarında metabolomika mikrobların istehsal etdiyi kiçik molekulları və metabolitləri analiz edərək onların metabolik fəaliyyəti haqqında məlumat verir. Metagenomika mikrob icmalarının genetik tərkibini və funksional potensialını anlamaq üçün onların genomlarının bütövlükdə sekvenslənməsini əhatə edir. Metaproteomika mikrobiomun bütün zülal tərkibini öyrənərək genlərin funksional ifadəsini və zülalların mikrob icmasındakı rollarını aşkara çıxarır.
Mikrobiom tədqiqatlarında bakteriya koloniyaları nədir?
Mikrobiom tədqiqatlarında bakteriya koloniyaları bərk qidalı mühitdə bir və ya bir neçə hüceyrədən yetişdirilən və görünən qruplar əmələ gətirən bakteriya toplularıdır. Bu koloniyalar mikrob icmasında konkret bakteriya ştammlarının xüsusiyyətlərini, müxtəlifliyini və funksiyalarını öyrənmək üçün istifadə olunan klonal populyasiyaları təmsil edir.
Hielscher Ultrasonics yüksək effektivlikli ultrasəs homogenizatorlarını laboratoriya ölçüsündən başlayaraq sənaye ölçüsünədək istehsal edir.